L'AJ Auxerre joue lors de la saison 2015-2016, sa quatrième saison consécutive en deuxième division. Guy Cotret entame sa troisième saison à la présidence du club alors que Jean-Luc Vannuchi débute sa seconde saison complète au club. Cette saison voit le club s'engager dans trois compétitions que sont la Ligue 2, la coupe de France et la coupe de la Ligue.