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La trépanation est une technique de perçage qui consiste à pratiquer un trou en réalisant une découpe circulaire, à la différence de la craniectomie qui sectionne un ou plusieurs os du crâne. C'est également le nom générique d'une opération chirurgicale qui consiste à pratiquer un trou, grâce à un appareil — de type foret — appelé trépan, dans la boîte crânienne ou à enlever un morceau d'os crânien afin d'accéder au cerveau, notamment pour soulager une hyperpression intracrânienne.
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