Growl for Windows の 設定フォルダ内の History フォルダへの書き込み権限を自分から奪うと幸福実現できた。growlnotify 叩いてる分には特に問題は起きていない。便利。

追記

全く問題ないというわけでも無いですね( exit code とか違うかも)。