MySQLを使い出して間もないのですが（というよりDBの勉強を始めて間もない・・・）、SQL文を発行する際、問い合わせ条件で［where］が使われます。

回答が大変長くなってしまいました。ご迷惑をお掛けしますが、よかったら、読んでください。

seadwellさんが既によく考えた例の方がわかりやすいと思いますので、前々回のご質問 http://q.hatena.ne.jp/1174771937 を具体例として、その質問のコメントに書いたＳＱＬを使って解説致します。※[カテゴリソート]フィールドと[サブカテゴリソート]フィールドを加え、それに伴ってＳＱＬを多少変更しました。※なお、LEFT JOIN～USINGを重ねる順番など、kurukuru-nekoさんから教え頂きました。

●カテゴリTB

[カテゴリID],[カテゴリ名],[カテゴリソート]

1, アウトドアスポーツ,C

2, 園芸 ,A

3, 建設機器 ,B

●サブカテゴリTB

[サブカテゴリID],[サブカテゴリ名],[サブカテゴリソート]

1, スクール , b

2, 販売 , a

3, レンタル , c

●カテtoサブカテTB

[カテゴリID],[サブカテゴリID]

1, 1

1, 2

2, 1

2, 3

3, 2

3, 3

●メンバーtoカテtoサブカテTB

[メンバーID],[カテゴリID],[サブカテゴリID]

1, 1, 2

1, 2, 3

2, 2, 1

2, 3, 2

●SQL文

SELECT A.カテゴリID, カテゴリ名, A.サブカテゴリID, サブカテゴリ名, IF(メンバーID IS NULL,0,1) AS 登録
FROM カテtoサブカテTB AS A
LEFT JOIN カテゴリTB      USING(カテゴリID)
LEFT JOIN サブカテゴリTB  USING(サブカテゴリID)
LEFT JOIN メンバーtoカテtoサブカテTB AS B
ON A.カテゴリID = B.カテゴリID AND A.サブカテゴリID = B.サブカテゴリID AND メンバーID = '1'
ORDER BY カテゴリソート, サブカテゴリソート ;

●以下の(1)～(6)のように、SQLが実行され、結果テーブルが変化していくとイメージするとわかり易いと思います。

(1)FROM カテtoサブカテTB AS A

[カテゴリID],[サブカテゴリID]
1, 1
1, 2
2, 1
2, 3
3, 2
3, 3

(2)LEFT JOIN カテゴリTB USING(カテゴリID)

[カテゴリID],[サブカテゴリID][カテゴリ名],[カテゴリソート]
1, 1, アウトドアスポーツ, 3
1, 2, アウトドアスポーツ, 3
2, 1, 園芸              , 1
2, 3, 園芸              , 1
3, 2, 建設機器          , 2
3, 3, 建設機器          , 2

(3)LEFT JOIN サブカテゴリTB USING(サブカテゴリID)

[カテゴリID],[サブカテゴリID][カテゴリ名],[ソート],[サブカテゴリ名],[サブカテゴリソート]
1, 1, アウトドアスポーツ, C, スクール, b
1, 2, アウトドアスポーツ, C, 販売    , a
2, 1, 園芸              , A, スクール, b
2, 3, 園芸              , A, レンタル, c
3, 2, 建設機器          , B, 販売    , a
3, 3, 建設機器          , B, レンタル, c

(4)LEFT JOIN メンバーtoカテtoサブカテTB AS B

ON A.カテゴリID = B.カテゴリID AND A.サブカテゴリID = B.サブカテゴリID AND メンバーID = '1'

[カテゴリID],[サブカテゴリID][カテゴリ名],[カテゴリソート],[サブカテゴリ名],[サブカテゴリソート],[メンバーID]
1, 1, アウトドアスポーツ, C, スクール, b, NULL
1, 2, アウトドアスポーツ, C, 販売    , a, 1
2, 1, 園芸              , A, スクール, b, NULL
2, 3, 園芸              , A, レンタル, c, 1
3, 2, 建設機器          , B, 販売    , a, NULL
3, 3, 建設機器          , B, レンタル, c, NULL

(5)ORDER BY カテゴリソート, サブカテゴリソート

[カテゴリID],[サブカテゴリID][カテゴリ名],[カテゴリソート],[サブカテゴリ名],[サブカテゴリソート],[メンバーID]
2, 1, 園芸              , A, スクール, b, NULL
2, 3, 園芸              , A, レンタル, c, 1
3, 2, 建設機器          , B, 販売    , a, NULL
3, 3, 建設機器          , B, レンタル, c, NULL
1, 2, アウトドアスポーツ, C, 販売    , a, 1
1, 1, アウトドアスポーツ, C, スクール, b, NULL

(6)SELECT A.カテゴリID, カテゴリ名, A.サブカテゴリID, サブカテゴリ名, IF(メンバーID IS NULL,0,1) AS 登録

[カテゴリID],[カテゴリ名],[サブカテゴリID],[サブカテゴリ名],[登録]
2, 園芸              , 1, スクール, 0
2, 園芸              , 3, レンタル, 1
3, 建設機器          , 2, 販売    , 0
3, 建設機器          , 3, レンタル, 0
1, アウトドアスポーツ, 2, 販売    , 1
1, アウトドアスポーツ, 1, スクール, 0

●ONとWHEREで違いが出る例とLEFT JOINとINNER JOINの違いを説明します。

(4)のON～の一部を変更して、次のようにWHEREを使った場合の例を示します。上記(4)と比較すると違いが分かります。

LEFT JOIN メンバーtoカテtoサブカテTB AS B

ON A.カテゴリID = B.カテゴリID AND A.サブカテゴリID = B.サブカテゴリID

WHERE メンバーID = '1'

[カテゴリID],[サブカテゴリID][カテゴリ名],[カテゴリソート],[サブカテゴリ名],[サブカテゴリソート],[メンバーID]
1, 2, アウトドアスポーツ, C, 販売    , a, 1
2, 3, 園芸              , A, レンタル, c, 1

WHEREでは結果テーブルがその制限を受けます。上記のように、その条件に当てはまらないレコードは残しません。

ONはあくまでも結合する際の基準です。ON～で指定された結合条件に当てはまらないものを残すかどうかは、LEFT JOINかINNER JOINかなどで決まります。

INNER JOINならば、結合条件に当てはまらないレコードは、結果テーブルに残しません。

LEFT JOINならば、左側に書いたテーブルのデータは、結合条件に当てはまらないレコードも残します。右側に書いたテーブルのデータは、該当するものがないので、代わりにNULLという値が入ります。

http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/left-join-optimisation.ht...

マニュアルから引用です。（ちょっと変更しました。）

LEFT JOIN の条件は、右側のテーブルからのレコードの取り出し方法の判定に使用される。このとき、WHEREの条件は使用されない。

WHEREの条件にマッチするレコードがあり、右側のテーブルにON条件にマッチするレコードがない場合、左側のカラムの値が NULL に設定されたレコードが生成される。

●その他

SQL文を記述する際、テーブルが複数ある場合、同じフィールド名がある場合があります。どのテーブルのフィールドかを判定するために「テーブル名.フィールド名」という書き方にします。なお、FROM以降でテーブル名を指定する部分に「テーブル名 AS ～」と書くと、「～」をそのテーブル名の代わりに用いることができるようになります。

下記の２つは、同じ意味です。

USING( [フィールド名] )

ON [JOINの左側のテーブル名].[フィールド名] = [JOINの右側のテーブル名].[フィールド名]