またまたタレコミ記載のBUGTRAQの情報 [securepoint.com]で恐縮なのですが、

Description・
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ActivePerl is a binary package of perl for Linux, Solaris or Windows system
developed by ActiveState. ActivePerl for windows has a dynamic link library,
perlIS.dll, which is a ISAPI extension to provide high-performance perl
interface for Microsoft IIS server.

って書いてありますので大丈夫なのでは…。
Active Perl のインストール時にChoose Setup Options で
・Add Perl to the PATH environment variable
・Create Perl file extension association
・Create IIS script mapping for Perl
・Create IIS script mapping for Perl ISAPI
が選択項目としてありますが、Apache for win32 を使っている場合は後半2項目は
グレーになっていて選択できないようになっているはずです。

とはいえ、私は Apache 1.3.20 (Win32) と ActivePerl を使っていますが気分悪いので入れ替えちゃいました。