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tabix(1) manual page
NAME tabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position files SYNOPSIS tabix [-0lf] [-p gff|bed|sam|vcf] [-s seqCol] [-b begCol] [-e endCol] [-S lineSkip] [-c metaChar] in.tab.bgz [region1 [region2 [...]]] DESCRIPTION Tabix indexes a TAB-delimited genome position file in.tab.bgz and creates an index file (in.tab.bgz.tbi or in.tab.bgz.csi) when region is absent from the command-line. The inp
natureinf 2020/06/03
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VCFtools - アメリエフの技術ブログ
tokunagaです。今日はVCFtoolsについてご紹介したいと思います。 URL:http://vcftools.sourceforge.net/ VCFToolsは、NGSのデータ解析で出力されたVCFファイルを加工するのに役に立つツールです。 VCFtoolsを使用する際にはbgzip、tabixの使用が必要となります。例えばマージする場合まずbgzipで固めます。 bgzip $FILE1.vcf bgzip $FILE2.vcf 次にtabixでインデックスを付けます。 tabix $FILE1.vcf.gz tabix $FILE2.vcf.gz これでVCFToolsを実行することが出来ます。 vcf-merge $FILE1.hetero.gz $FILE2.hetero.gz|bgzip -c > $OUT.vcf.gz 前処理はちょっと手間はかかりますが、複数の
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