利用客の減少に歯止めを掛けるため、京丹後市が主体となり、2006年(平成18年)10月より同市域を運行する路線の運賃上限を200円に設定した[8]。設定から3年後の2010年(平成22年)の利用客数は最も減少した時期の2倍にまで回復し、丹後海陸交通の運賃収入も2割近くアップし、2011年現在も増え続けている[8]。利用者の中には、移動手段を自家用車からバスへ切り替えた者もいる[8]。2013年(平成25年)10月1日からは丹後地域全域(同市隣接の宮津市・伊根町・与謝野町)に適用範囲が拡大された[9][10][11]。 しかし運転手の人手不足が深刻化しており2024年2月、同年9月末及び2025年3月末をもって一部路線の再編・減便・廃止(福知山市からの撤退含む)を検討していると発表した[12][13][14]。2024年6月1日には6路線で路線短縮や減便・休日運休化を行い、さらに10月1日に
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