Institut Wellcome Sanger
Institut Wellcome Sanger, prethodni naziv The Sanger Centre i Wellcome Trust Sanger Institute, je neprofitna britanska istraživačka institucija u oblasti genomike i genetike , koja se prvenstveno finansira iz fondacije Wellcome Trust.[1]
| INSTITUT WELLCOME SANGER ranije The Sanger Centre i Wellcome Trust Sanger Institute | |
|---|---|
 Logo Instituta | |
| Skraćenica | WSI |
| Datum osnivanja | 1992. |
| Vrsta | Genomsaka istraživanja, kreator i domaćin više baza podataka |
| Status | Aktivna |
| Cilj | Genomska i genetička istraživanja |
| Glavno sjedište | Hinxton, Cambridgeshire, Ujedinjrno Kraljevstvo, Wellcome Genome Campus, Evropski institut za bioinformatiku 52°05′N 0°11′E / 52.083°N 0.183°E |
| Članstvo | Multinacionalno |
| Jezik | Engleski |
| Br. zaposlenih | ~900, 32 fakulteta |
| Br. volontera | Neograničen |
| Veb-sajt | sanger |
Nalazi se u Wellcome Genome Campusu u selu Hinxton, izvan Cambridgea. Dijeli ovu lokaciju sa Evropskim institutom za bioinformatiku. Osnovan je 1992. godine i imenovan po dvojniku nobelovca Fredericka Sangera.[2][3] Zamišljen je kao veliki centar za sekvenciranje DNK i učešće u Projektu ljudskog genoma, a dao je najveći pojedinačni doprinos zlatnoj standardnoj sekvenci ljudskog genoma. Institut je od svog osnivanja uspostavio i održavao politiku razmjena podataka, a veliki dio svog istraživanja provodi u saradnji.
Od 2000. godine Institut je proširio svoju misiju na razumijevanje „uloge genetike u zdravlju i bolestima ".[4] Sada zapošljava oko 900 ljudi[5] i fokusitran je na pet glavnih područja istraživanja:
- kancer,
- starenje i somatske mutacije,
- citogenetika,
- genetika čovjeka,
- paraziti i mikrobi, te
- filogenetsko stablo života.
Objekti i resursi
urediKampus
uredi
U 1993.,tada 17 zaposlenika Sanger centra preselilo se u privremeni laboratorijski prostor u Hinxton Hallu u Cambridgeireu.[6] Ova lokacija od 55-acre (220,000 m2) trebala je postati Wellcome Genome Campus, sa sve većom populacijom od oko 1.300 zaposlenih, od kojih približno 900 radi na Institutu Sanger.[7] Genome Campus također uključuje konferencijski centar Wellcome Trust [8] i Evropski institut za bioinformatiku. Veliko proširenje kampusa službeno je otvoreno 2005;[9] u zgrade uselile su nove laboratorije <Centar baze podataka i eminentno osoblje.[10] U diskusiji o imenu centra, Sanger (još živ kada je centar otvoren) rekao je Johnu Sulstonu, direktoru osnivača, da je "bolje da centar bude dobar". Sulston je komentirao: "Volio bih da nisam pitao."[11]
Sekvenciranje
urediOsoblje za sekvenciranje Instituta Sanger rukuje milionima uzoraka DNK svake sedmice. Institut "kapitalizira vrhunske tehnologije kako bi odgovorio na pitanja na koja nije bilo odgovora rije samo nekoliko godina".[12] Napredak tehnologije omogućava Institutu Sanger da izvrši sekvenciranje genoma pojedinačnih ljudi, kičmenjačkih vrsta i patogena, sve bržim tempom i smanjenjem troškova. Institut ima više od 100 projekata u sekvenciranju patogena.[13] Ishod Instituta Sanger iznosi oko 10 milijardi baza sirovih podataka o sekvencama dnevno.[14]
Naučni resursi
uredi- 2015.
Bioinformatički Izvori baza podataka jedan su od rezultata istraživačkih programa u kojima je uključen Institut Sanger. Oni čiji je domaćin Institut Sanger uključuju:
- COSMIC,[15] katalog somatskih kancerogenih mutacija
- DECIPHER, baza podataka o hromosomskoj neravnoteži i fenotipovima ljudi, koristeći Ensemblove resurse [16]
- Ensembl,[17] pretraživač genoma čiji je domaćin Evropski institut za bioinformatiku.
- GeneDB,[18] baza podataka o sekvencama patogena
- Projekt genetike miševa, uključujući bazu podataka standardizirane fenotipske analize za mnoge stotine mutiranih miševa.
- Vega,[19] izvor označavanja genoma kičmenjaka
Nekoliko baza podataka pokrenuto je na Institutu Sanger, ali su sada smještene na drugom mjestu:
- MEROPS,[20] baza podataka o peptidazama
- Pfam,[21] a baza podataka o porodicama proteina
- Rfam,[22] baza podataka o porodicama RNK
- TreeFam,[23] baza podataka za filogenetska stabla životinjskih gena.
- WormBase,[24]baza podataka o biologiji i sekvencama modelnih organizama C. elegans i ostalih srodnih Nematoda.
- WormBase ParaSite, baza podataka genomici parazitskih helminta (i Nematoda i Platyhelminthes).
Saradnja
urediVeliki dio istraživanja Instituta Sanger provodi se u partnerstvu sa širom naučnom zajednicom; više od 90 posto istraživačkih radova instituta uključuje saradnju sa drugim organizacijama. [25] Značajne saradnje uključuju:
- Projekat 1000 genoma
- GENCODE i ENCODE (ENciklopedija DNK elemenata)
- Međunarodni konzorcij za genom raka
- Međunarodni projekat HapMap [26]
- Međunarodni konzorcij za nokaut-miševe
- Međunarodni konzorcij za fenotipiziranje miševa
- Konzorcij za SNP (jednonukleotidne polimorfizme)
- Projekt varijacije broja kopija [27]
- Sekvenciranja genoma S. pombe, C. elegans, miševa i malarijskih parazita.
- Projekt ljudskog genoma
- Projekt 10.000 UK genoma (UK10K)[28]
- Wellcome Trust – Alijansa Odsjek za biotrhnologiju, Indija [29]
Institut Sanger otvoren je 1993., tri godine nakon početka rada Projekta ljudskog genoma, i dao je najveći pojedinačni doprinos zlatnoj standardnoj sekvenci ljudskog genoma, objavljenoj 2004. godine.[30] Institut je sarađivao na sekvenci osam od 23 para ljudskih hromosoma: 1, 6, 9, 10, 13, 20, 22 i X).[31] Od objavljivanja ljudskog genoma, istraživanja provedena na Institutu razvila su se dalje od sekvenciranja organizama u različita područja biomedicinskih nauka, uključujući studije o bolestima poput raka, malarije i dijabetesa.
References
uredi- ^ "MRC Centre United Kingdom: Wellcome Trust Sanger Institute". Medical Research Council (UK). Arhivirano s originala, 21. 5. 2012. Pristupljeno 2008-12-22.
- ^ Walker, John (2014). "Frederick Sanger". Nature. 505 (7481): 27. Bibcode:2014Natur.505...27W. doi:10.1038/505027a. PMID 24380948.
- ^ Sanger, F. (1988). "Sequences, Sequences, and Sequences". Annual Review of Biochemistry. 57: 1–29. doi:10.1146/annurev.bi.57.070188.000245. PMID 2460023.
- ^ "Wellcome Sanger Institute - About us". Wellcome Sanger Institute. Pristupljeno 2010-06-28.
- ^ www-core (webteam). "Our People". www.sanger.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 2020-04-21.
- ^ "Wellcome Trust Sanger Institute - History". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 7. 7. 2010. Pristupljeno 2010-06-28.
- ^ "Wellcome Sanger Institute - Work and study". Wellcome Sanger Institute. Pristupljeno 2010-06-28.
- ^ "Welcome to the Wellcome Genome Campus Conference Centre". Wellcome Genome Campus Conference Centre. Pristupljeno 30 March 2018.
- ^ "Wellcome Trust Genome Campus Extension Opened: Visit by Her Royal Highness, The Princess Royal". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 11. 5. 2008. Pristupljeno 2009-01-07.
- ^ Doctorow, C. (2008). "Big data: Welcome to the petacentre". Nature. 455 (7209): 16–21. doi:10.1038/455016a. PMID 18769411.
- ^ Sulston, John. "Interview with John Sulston". Cold Spring Harbor Laboratories digital archive. Pristupljeno 13 November 2015.
- ^ "Wellcome Sanger Institute - Sequencing". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 7. 7. 2010. Pristupljeno 2010-06-28.
- ^ "Wellcome Sanger Institute - Pathogen genomics". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 21. 10. 2015. Pristupljeno 2010-06-28.
- ^ Jones, I. "Feature: Highly cited". Wellcome Trust. Arhivirano s originala, 10. 10. 2010. Pristupljeno 2009-01-22.
- ^ Forbes, S. A.; Beare, D; Gunasekaran, P; Leung, K; Bindal, N; Boutselakis, H; Ding, M; Bamford, S; Cole, C; Ward, S; Kok, C. Y.; Jia, M; De, T; Teague, J. W.; Stratton, M. R.; McDermott, U; Campbell, P. J. (2015). "COSMIC: Exploring the world's knowledge of somatic mutations in human cancer". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D805–11. doi:10.1093/nar/gku1075. PMC 4383913. PMID 25355519.
- ^ Bragin, E; Chatzimichali, E. A.; Wright, C. F.; Hurles, M. E.; Firth, H. V.; Bevan, A. P.; Swaminathan, G. J. (2014). "DECIPHER: Database for the interpretation of phenotype-linked plausibly pathogenic sequence and copy-number variation". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D993–D1000. doi:10.1093/nar/gkt937. PMC 3965078. PMID 24150940.
- ^ Cunningham, F; Amode, M. R.; Barrell, D; Beal, K; Billis, K; Brent, S; Carvalho-Silva, D; Clapham, P; Coates, G; Fitzgerald, S; Gil, L; Girón, C. G.; Gordon, L; Hourlier, T; Hunt, S. E.; Janacek, S. H.; Johnson, N; Juettemann, T; Kähäri, A. K.; Keenan, S; Martin, F. J.; Maurel, T; McLaren, W; Murphy, D. N.; Nag, R; Overduin, B; Parker, A; Patricio, M; Perry, E; et al. (2015). "Ensembl 2015". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D662–9. doi:10.1093/nar/gku1010. PMC 4383879. PMID 25352552.
- ^ Logan-Klumpler, F. J.; De Silva, N; Boehme, U; Rogers, M. B.; Velarde, G; McQuillan, J. A.; Carver, T; Aslett, M; Olsen, C; Subramanian, S; Phan, I; Farris, C; Mitra, S; Ramasamy, G; Wang, H; Tivey, A; Jackson, A; Houston, R; Parkhill, J; Holden, M; Harb, O. S.; Brunk, B. P.; Myler, P. J.; Roos, D; Carrington, M; Smith, D. F.; Hertz-Fowler, C; Berriman, M (2012). "GeneDB--an annotation database for pathogens". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D98–108. doi:10.1093/nar/gkr1032. PMC 3245030. PMID 22116062.
- ^ Wilming, L. G.; Gilbert, J. G.; Howe, K; Trevanion, S; Hubbard, T; Harrow, J. L. (2008). "The vertebrate genome annotation (Vega) database". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D753–60. doi:10.1093/nar/gkm987. PMC 2238886. PMID 18003653.
- ^ Rawlings, N. D.; Waller, M; Barrett, A. J.; Bateman, A (2014). "MEROPS: The database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D503–9. doi:10.1093/nar/gkt953. PMC 3964991. PMID 24157837.
- ^ Finn, R. D.; Bateman; Clements, J; Coggill, P; Eberhardt, R. Y.; Eddy, S. R.; Heger, A; Hetherington, K; Holm, L; Mistry, J; Sonnhammer, E. L.; Tate, J; Punta, M (2014). "Pfam: The protein families database". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D222–30. doi:10.1093/nar/gkt1223. PMC 3965110. PMID 24288371.
- ^ Nawrocki, E. P.; Burge, S. W.; Bateman, A; Daub, J; Eberhardt, R. Y.; Eddy, S. R.; Floden, E. W.; Gardner, P. P.; Jones, T. A.; Tate, J; Finn, R. D. (2015). "Rfam 12.0: Updates to the RNA families database". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D130–7. doi:10.1093/nar/gku1063. PMC 4383904. PMID 25392425.
- ^ Schreiber, F; Patricio, M; Muffato, M; Pignatelli, M; Bateman, A (2014). "Tree Fam v9: A new website, more species and orthology-on-the-fly". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D922–5. doi:10.1093/nar/gkt1055. PMC 3965059. PMID 24194607.
- ^ Harris, T. W.; Baran, J; Bieri, T; Cabunoc, A; Chan, J; Chen, W. J.; Davis, P; Done, J; Grove, C; Howe, K; Kishore, R; Lee, R; Li, Y; Muller, H. M.; Nakamura, C; Ozersky, P; Paulini, M; Raciti, D; Schindelman, G; Tuli, M. A.; Van Auken, K; Wang, D; Wang, X; Williams, G; Wong, J. D.; Yook, K; Schedl, T; Hodgkin, J; Berriman, M; et al. (2014). "Worm Base 2014: New views of curated biology". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D789–93. doi:10.1093/nar/gkt1063. PMC 3965043. PMID 24194605.
- ^ Podaci zasnovani na podacima za 2008. preuzeti sa web stranice SCOPUS -a
- ^ -, -; Gibbs, R. A.; Belmont, J. W.; Hardenbol, P.; Willis, T. D.; Yu, F.; Yang, H.; Ch'Ang, L. Y.; Huang, W.; Liu, B.; Shen, Y.; Tam, P. K. H.; Tsui, L. C.; Waye, M. M. Y.; Wong, J. T. F.; Zeng, C.; Zhang, Q.; Chee, M. S.; Galver, L. M.; Kruglyak, S.; Murray, S. S.; Oliphant, A. R.; Montpetit, A.; Hudson, T. J.; Chagnon, F.; Ferretti, V.; Leboeuf, M.; Phillips, M. S.; Verner, A.; et al. (2003). "The International HapMap Project" (PDF). Nature. 426 (6968): 789–796. Bibcode:2003Natur.426..789G. doi:10.1038/nature02168. hdl:2027.42/62838. PMID 14685227. S2CID 4387110.CS1 održavanje: numerička imena: authors list (link)
- ^ (webteam), www-core. "Programmes - Wellcome Sanger Institute". www.sanger.ac.uk. Pristupljeno 30 March 2018.
- ^ UK10K (the UK 10,000 Genomes Project)
- ^ http://www.wellcomedbt.org/Mini_symposium_final_poster_schedule.pdf
- ^ Human Genome Sequencing Consortium (2004). "Finishing the euchromatic sequence of the human genome". Nature. 431 (7011): 931–945. Bibcode:2004Natur.431..931H. doi:10.1038/nature03001. PMID 15496913.
- ^ Pennisi E (2003). "Reaching Their Goal Early, Sequencing Labs Celebrate". Science. 300 (5618): 409. doi:10.1126/science.300.5618.409. PMID 12702850. S2CID 206577479.
Vanjski linkovi
uredi