O acordo com o CNPq estabelece os seguintes convênios:
- CNPq - Iniciação Científica Júnior
- CNPq - Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCTs)
- CNPq - Pesquisa Ecológica de Longa Duração (PELD)
- CNPq - Políticas Públicas para o SUS (PPSUS)
- CNPq - Programa Cooperação Brasil-União Européia na Área de Biocombustíveis de Segunda Geração
- CNPq - Programa Cooperação CNPq-FAPESP
- CNPq - Programa Primeiros Projetos
- CNPq - REFLORA - Herbário Virtual Autenticado de Espécies da Flora do Brasil
- CNPq - REPENSA - Redes Nacionais de Pesquisa em Agrobiodiversidade e Sustentabilidade Agropecuária
- CNPq - SISBIOTA-Brasil - Sistema Nacional de Pesquisa em Biodiversidade
- CNPq - Pronex