A modalidade Ensino Público destina-se a financiar pesquisas aplicadas sobre problemas concretos do ensino fundamental e médio em escolas públicas paulistas. Os projetos são desenvolvidos sob a responsabilidade de um Pesquisador Principal, vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo, com a participação de profissionais vinculados às escolas públicas. A seleção é feita por meio de análise pelos pares.