A modalidade CEPID (Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão) apoia as pesquisas produzidas em centros multidisciplinares, a serem desenvolvidas sob a responsabilidade de um Pesquisador Principal vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo, A duração máxima de um CEPID é de 11 anos, com seleção feita por meio de análise pelos pares.