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Biofísica estrutural dos receptores nucleares e proteínas relacionadas

Processo: 06/00182-8
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de junho de 2006 - 31 de outubro de 2009
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Convênio/Acordo: NSF - Universidades Americanas (Química)
Pesquisador responsável:Igor Polikarpov
Beneficiário:Igor Polikarpov
Pesq. responsável no exterior: Adrian E. Roitberg
Instituição no exterior: University of Florida, Gainesville (UF), Estados Unidos
Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Pesquisadores principais:
Munir Salomao Skaf
Bolsa(s) vinculada(s):10/08585-0 - Simulação por dinâmica molecular de sistemas envolvendo o receptor ativador da proliferação de peroxissomo, BP.DR
09/14333-6 - Caracterização estrutural dos complexos entre os receptores ativadores da proliferação de peroxissomos (PPARs) dos tipos alfa e gama e seus agonistas, BP.DD
09/14108-2 - Simulações de dinâmica molecular de receptores nucleares: estimativas de energia livre ligante-proteína, BP.DR
+ mais bolsas vinculadas 09/10901-0 - Busca por novos agonistas do receptor ativado por proliferadores peroxissomais gama, BP.IC
09/05328-9 - Expressão, purificação e ensaios de cristalização dos domínios de ligação ao ligante dos receptores nucleares PPAR-alfa e PPAR-gamma, BP.IC
08/08718-0 - Expressão, purificação, análise bioquímica e ensaio de cristalização do co-ativador GRIP-1, além de estudos de sua interação com o receptor de hormônios tireoidianos (TR)., BP.IC
08/05637-9 - Estudos dos três isotipos do receptor ativador de proliferação de peroxissomos (hPPAR) e da interação destes com receptor de retinoides X hRXRalfa em solução usando espalhamento de raios-X a baixo ângulo, BP.PD
08/01236-0 - Dinâmica molecular de receptores de andrógenos: estrutura nativa e mutantes funcionalmente importantes, BP.PD
07/58443-4 - Estudos estruturais e funcionais dos receptores ativadores da proliferação de peroxissomos, BP.DD
08/00078-1 - Estudos estruturais e biofísicos de complexos formados entre receptores nucleares, seus ligantes, elementos responsivos de DNA e proteínas co-reguladoras, BP.PD
06/58002-5 - Biofísica estrutural dos receptores nucleares e proteínas relacionadas, BP.TT - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Cristalografia de proteínas  Transcrição genética  Fatores de transcrição  Receptores citoplasmáticos e nucleares 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Biofisica Molecular | Cristalografia De Proteinas | Estruturas Tridimensionais | Fatores De Transcricao | Receptores Nucleares | Biofísica Molecular Estrutural
Publicação FAPESP:https://www.fapesp.br/tematicos/saude_polikarpov.pdf

Resumo

Os receptores nucleares estão dentre as mais importantes moléculas envolvidas na regulação intracelular, pois participam na transmissão de diferentes sinais internos e externos para a regulação de programas genéticos. A programação genética estabelecida ou modificada por essas proteínas afeta praticamente todos os aspectos da vida de organismos multicelulares. A regulação transcricional e a seletividade promovida pelos receptores nucleares estimulam a intensa pesquisa que vêm sendo realizada na tentativa de decifrar a complexa rede de eventos moleculares que promovem a sua capacidade de regulação da transcrição e descobrir as regras que definem seu controle, no espaço e no tempo, sobre as interações proteína-proteína e proteína-DNA, abrindo possibilidades para o desenvolvimento de drogas mais eficientes com valores terapêuticos superiores. No presente projeto, planeja-se estudar os receptores nucleares por cristalografia de proteínas, espalhamento de raios-X a baixo ângulo (SAXS), métodos bioquímicos e biofísicos, bem como por simulações biocomputacionais, para se entender como a ligação de ligantes específicos (agonistas e antagonistas) induz respostas conformacionais na estrutura tridimensional dos receptores e influencia seus estados de oligomerização e as interações com proteínas co-reguladoreas (co-ativadoras e co-repressoras), bem como modifica a sua estabilidade. Planeja-se também estudar o reconhecimento dos elementos responsivos de DNA por receptores nucleares por cristalografia de proteínas, SAXS e anisotropia de fluorescência. Finalmente, planeja-se investigar papel de dinâmica dos receptores nucleares no seu funcionamento, objetivando determinação dos caminhos preferenciais de dissociação dos ligantes dos receptores nucleares através de simulações computacionais pro dinâmica molecular e os estudos experimentais das mudanças da mobilidade dos receptores usando a técnica de troca hidrogênio/deutério em combinação de espectroscopia de massa. É importante ressaltar que estas são metas com impacto imediato na procura racional de agonistas ou antagonistas hormonais e se inserem dentro de uma perspectiva de promoção do desenvolvimento científico-tecnológico na área de receptores nucleares com vínculos estreitos com os interesses da indústria farmacêutica, da medicina e do setor produtivo. (AU)

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Publicações científicas (26)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; WATANABE, LEANDRA; BLEICHER, LUCAS; COLAU, DIDIER; DUMOUTIER, LAURE; LEMAIRE, MURIEL M.; RENAULD, JEAN-CHRISTOPHE; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of a soluble decoy receptor IL-22BP bound to interleukin-22. FEBS Letters, v. 583, n. 7, p. 1072-1077, . (06/01534-5, 06/00182-8)
DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; WATANABE, LEANDRA; BLEICHER, LUCAS; COLAU, DIDIER; DUMOUTIER, LAURE; LEMAIRE, MURIEL M.; RENAULD, JEAN-CHRISTOPHE; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of a soluble decoy receptor IL-22BP bound to interleukin-22. FEBS LETTERS, v. 583, n. 7, p. 6-pg., . (06/01534-5, 06/00182-8)
PUHL, ANA C.; WEBB, PAUL; POLIKARPOV, IGOR. Structural dataset for the PPAR gamma V290M mutant. DATA IN BRIEF, v. 7, p. 1430-1437, . (06/00182-8)
CUNHA LIMA, SUZANA T.; NGUYEN, NGOC-HA; TOGASHI, MARIE; APRILETTI, JAMES W.; NGUYEN, PHUONG; POLIKARPOV, IGOR; SCANLAN, THOMAS S.; BAXTER, JOHN D.; WEBB, PAUL. Differential effects of TR ligands on hormone dissociation rates: Evidence for multiple ligand entry/exit pathways. JOURNAL OF STEROID BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 117, n. 4-5, p. 125-131, . (06/00182-8)
MATOZO‚ H.C.; SANTOS‚ M.A.M.; DE OLIVEIRA NETO‚ M.; BLEICHER‚ L.; LIMA‚ L.M.T.R.; IULIANO‚ R.; FUSCO‚ A.; POLIKARPOV‚ I.. Low-Resolution Structure and Fluorescence Anisotropy Analysis of Protein Tyrosine Phosphatase [eta] Catalytic Domain. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 92, n. 12, p. 4424-4432, . (99/03387-4, 06/00182-8)
BLEICHER‚ L.; APARICIO‚ R.; NUNES‚ F.; MARTINEZ‚ L.; DIAS‚ S.G.; FIGUEIRA‚ A.; SANTOS‚ M.; VENTURELLI‚ W.; DA SILVA‚ R.; DONATE‚ P.; et al. Structural basis of GC-1 selectivity for thyroid hormone receptor isoforms. BMC STRUCTURAL BIOLOGY, v. 8, n. 1, p. 8, . (06/00182-8)
NASCIMENTO‚ A.; CATALANO-DUPUY‚ D.; BERNARDES‚ A.; NETO‚ M.; SANTOS‚ M.; CECCARELLI‚ E.; POLIKARPOV‚ I.. Crystal structures of Leptospira interrogans FAD-containing ferredoxin-NADP+ reductase and its complex with NADP+. BMC STRUCTURAL BIOLOGY, v. 7, n. 1, p. 69, . (06/00182-8, 04/08070-9)
MARTINEZ, LEANDRO; SOUZA, PAULO C. T.; GARCIA, WANIUS; BATISTA, FERNANDA A. H.; PORTUGAL, RODRIGO V.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; NAKAHIRA, MARCEL; LIMA, LUIS M. T. R.; POLIKARPOV, IGOR; SKAF, MUNIR S.. On the Denaturation Mechanisms of the Ligand Binding Domain of Thyroid Hormone Receptors. Journal of Physical Chemistry B, v. 114, n. 3, p. 1529-1540, . (06/06831-8, 06/00182-8)
AMBROSIO, ANDRE L. B.; DIAS, SANDRA M. G.; POLIKARPOV, IGOR; ZURIER, ROBERT B.; BURSTEIN, SUMNER H.; GARRATT, RICHARD C.. Ajulemic acid, a synthetic nonpsychoactive cannabinoid acid, bound to the ligand binding domain of the human peroxisome proliferator-activated receptor gamma. Journal of Biological Chemistry, v. 282, n. 25, p. 18625-18633, . (06/00182-8, 98/14138-2, 03/00231-0, 99/03387-4)
DE ARAUJO, ALEXANDRE SUMAN; MARTINEZ, LEANDRO; NICOLUCI, RICARDO DE PAULA; SKAF, MUNIR S.; POLIKARPOV, IGOR. Structural modeling of high-affinity thyroid receptor-ligand complexes. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS, v. 39, n. 11, p. 1523-1536, . (06/06831-8, 06/01977-4, 06/00182-8)
WATANABE, LEANDRA; DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; NASCIMENTO, ALESSANDRO SILVA; COLAU, DIDIER; DUMOUTIER, LAURE; RENAULD, JEAN-CHRISTOPHE; POLIKARPOV, IGOR. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of human IL-22 bound to its soluble decoy receptor IL-22BP. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 65, n. 2, p. 102-104, . (04/08070-9, 06/00182-8, 06/01534-5, 06/60860-0)
LIBERATO, MARCELO VIZONA; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; AYERS, STEVEN D.; LIN, JEAN Z.; CVORO, ALEKSANDRA; SILVEIRA, RODRIGO L.; MARTINEZ, LEANDRO; SOUZA, PAULO C. T.; SAIDEMBERG, DANIEL; DENG, TUO; et al. Medium Chain Fatty Acids Are Selective Peroxisome Proliferator Activated Receptor (PPAR) gamma Activators and Pan-PPAR Partial Agonists. PLoS One, v. 7, n. 5, . (04/08070-9, 06/06831-8, 06/00182-8)
KIM, KYOUNG-YUN; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; GOLUBEV, ALEXANDER M.; POLIKARPOV, IGOR; KIM, CHUNG-SEI; KANG, SU-IL; KIM, SU-IL. Catalytic mechanism of inulinase from Arthrobacter sp. S37. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 371, n. 4, p. 600-605, . (04/08070-9, 06/00182-8)
WATANABE, LEANDRA; DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; BLEICHER, LUCAS; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; ZAMORANO, LAURA S.; CALVETE, JUAN J.; SANZ, LIBIA; PEREZ, ALICIA; BURSAKOV, SERGEY; ROIG, MANUEL G.; et al. Crystal structure and statistical coupling analysis of highly glycosylated peroxidase from royal palm tree (Roystonea regia). Journal of Structural Biology, v. 169, n. 2, p. 226-242, . (06/00182-8)
MARTINEZ, LEANDRO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; NUNES, FABIO M.; PHILLIPS, KEVIN; APARICIO, RICARDO; DIAS, SANDRA MARTHA G.; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; LIN, JEAN H.; NGUYEN, PHUONG; APRILETTI, JAMES W.; et al. Gaining ligand selectivity in thyroid hormone receptors via entropy. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 106, n. 49, p. 20717-20722, . (06/00182-8)
BATISTA, FERNANDA A. H.; TRIVELLA, DANIELA B. B.; BERNARDES, AMANDA; GRATIERI, JOYCE; OLIVEIRA, PAULO S. L.; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; WEBB, PAUL; POLIKARPOV, IGOR. Structural Insights into Human Peroxisome Proliferator Activated Receptor Delta (PPAR-Delta) Selective Ligand Binding. PLoS One, v. 7, n. 5, . (06/00182-8, 09/53853-5, 10/17048-8)
NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; DIAS, SANDRA MARTHA GOMES; NUNES, FÁBIO M.; APARÍCIO, RICARDO; AMBROSIO, ANDRE L. B.; BLEICHER, LUCAS; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; SANTOS, MARIA AUXILIADORA M.; OLIVEIRA NETO, MÁRIO DE; FISCHER, HANNES; et al. Structural rearrangements in the thyroid hormone receptor hinge domain and their putative role in the receptor function. Journal of Molecular Biology, v. 360, n. 3, p. 586-598, . (06/00182-8)
GOLUBEV, ALEXANDER M.; ROJAS, ADRIANA L.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; BLEICHER, LUCAS; KULMINSKAYA, ANNA A.; ENEYSKAYA, ELENA V.; POLIKARPOV, IGOR. Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Laminarinase from Rhodothermus marinus: A Case of Pseudomerohedral Twinning. PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, v. 15, n. 10, p. 1142-1144, . (04/08070-9, 06/00182-8)
GARCIA, WANIUS; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; NETO, MARIO DE OLIVEIRA; DE GUZZI, CAROLINA A.; BUZZA, HILDE H.; PORTUGAL, RODRIGO V.; CALGARO, MARCOS R.; POLIKARPOV, IGOR. Probing conformational changes in orphan nuclear receptor: The NGFI-B intermediate is a partially unfolded dimer. Biophysical Chemistry, v. 137, n. 2-3, p. 81-87, . (02/14041-6, 03/09462-5, 06/00182-8)
BLEICHER, LUCAS; DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; WATANABE, LEANDRA; COLAU, DIDIER; DUMOUTIER, LAURE; RENAULD, JEAN-CHRISTOPHE; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of the IL-22/IL-22R1 complex and its implications for the IL-22 signaling mechanism. FEBS Letters, v. 582, n. 20, p. 2985-2992, . (06/01534-5, 06/00182-8, 06/60860-0)
MARTINEZ, LEANDRO; POLIKARPOV, IGOR; SKAF, MUNIR S.. Only subtle protein conformational adaptations are required for ligand binding to thyroid hormone receptors: Simulations using a novel multipoint steered molecular dynamics approach. Journal of Physical Chemistry B, v. 112, n. 34, p. 10741-10751, . (06/06831-8, 06/00182-8)
KRAUCHENCO, SANDRA; MARTINS, NADIA H.; SANCHES, MARIO; POLIKARPOV, IGOR. Effectiveness of commercial inhibitors against subtype F HIV-1 protease. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, v. 24, n. 3, p. 638-645, . (99/03387-4, 04/11890-8, 06/00182-8, 04/12201-1)
FIGUEIRA, A. C. M.; SAIDEMBERG, D. M.; SOUZA, P. C. T.; MARTINEZ, L.; SCANLAN, T. S.; BAXTER, J. D.; SKAF, M. S.; PALMA, M. S.; WEBB, P.; POLIKARPOV, I.. Analysis of Agonist and Antagonist Effects on Thyroid Hormone Receptor Conformation by Hydrogen/Deuterium Exchange. MOLECULAR ENDOCRINOLOGY, v. 25, n. 1, p. 15-31, . (08/00078-1, 06/00182-8, 03/09462-5)
MIGLIORINI FIGUEIRA, ANA CAROLINA; LIMA, LUIS MAURICIO T. R.; LIMA, LEONARDO H. F.; RANZANI, AMERICO T.; MULE, GUILHERME DOS SANTOS; POLIKARPOV, IGOR. Recognition by the Thyroid Hormone Receptor of Canonical DNA Response Elements. BIOCHEMISTRY, v. 49, n. 5, p. 893-904, . (08/00078-1, 03/09462-5, 06/00182-8, 07/01441-0)
WATANABE, LEANDRA; DE MOURA, PATRICIA RIBEIRO; NASCIMENTO, ALESSANDRO SILVA; COLAU, DIDIER; DUMOUTIER, LAURE; RENAULD, JEAN-CHRISTOPHE; POLIKARPOV, IGOR. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of human IL-22 bound to its soluble decoy receptor IL-22BP. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 65, p. 3-pg., . (04/08070-9, 06/01534-5, 06/00182-8, 06/60860-0)
BERNARDES, AMANDA; BATISTA, FERNANDA A. H.; NETO, MARIO DE OLIVEIRA; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; WEBB, PAUL; SAIDEMBERG, DANIEL; PALMA, MARIO S.; POLIKARPOV, IGOR. Low-Resolution Molecular Models Reveal the Oligomeric State of the PPAR and the Conformational Organization of Its Domains in Solution. PLoS One, v. 7, n. 2, . (06/00182-8, 10/17048-8, 08/00078-1, 07/58443-4, 08/05637-9)

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