Possui bacharelado em Ciência da Computação (1997) pela Universidade Estadual de Campinas, doutorado em Ciência da Computação (2002) pela Universidade Estadual de Campinas e pós-doutorado em Bioinformática (2011) pelo Virginia Bioinformatics Institute (Virginia Tech). Atualmente é Professor Associado (Livre Docente, nível MS-5.3) do Instituto de Computação (IC) da Unicamp, Vice-Chefe do Departamento de Teoria da Computação (DTC) e coordenador dos cursos de extensão de Ciência de Dados (www.ic.unicamp.br/~datascience), de Mineração de Dados Complexos (www.ic.unicamp.br/~mdc) e de Processamento de Linguagem Natural (www.ic.unicamp.br/~nlp). Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Aprendizado de Máquina, Bioinformática, Biologia Computacional e Otimização Combinatória. (Fonte: Currículo Lattes)
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O Centro de Ciência de Dados para a Indústria Inteligente atua como um hub de análise de dados avançados para a indústria, visando melhorar a eficiência operacional, a qualidade dos produtos, a inovação e a sustentabilidade, através da aplicação de técnicas de ciência de dados e análise de dados em processos industriais. O contacto com as indústrias será mediado pelo SENAI e operacionaliz…
O tema central deste projeto é a investigação de diversos problemas sobre objetos de natureza discreta, tendo como foco o estudo de algoritmos e de questões estruturais e teóricas sobre esses objetos. Daremos ênfase ao tratamento de "problemas difíceis"(formalmente conhecidos como problemas NP-difíceis), mas não nos restringiremos a esta classe de problemas. Consideraremos também problema…
Rearranjo de Genomas é uma área de pesquisa motivada, na biologia, pela comparação de genomas. Em particular, objetiva-se estimar a similaridade entre dois genomas e, por conseguinte, entre duas espécies. Esse estudo é importante, por exemplo, para construção de árvores filogenéticas, anotação de genomas ou correção de anotações já existentes. Os fenômenos responsáveis pelas diferenciaçõ…
O problema de partição comum mínima de strings é um problema de otimização combinatória com grande relevância tanto pelo seu aspecto teórico quanto prático. Esse problema tem como objetivo encontrar o número mínimo de substrings necessárias para formar duas strings distintas dadas como entrada, mudando apenas a ordem em que as substrings são concatenadas. Várias relações foram estabelecid…
Neste projeto, abordamos problemas de cobertura considerando a conceitos de justiça. Dados um conjunto universo U, uma família de subconjuntos S e uma função C de coloração dos elementos de U, dizemos que uma cobertura (X em S) é justa quando a quantidade de elementos cobertos é dividida igualmente entre as classes de cores. Dados também uma função de peso para os elementos de U e um inte…
Neste trabalho vamos propor algoritmos para resolver o problema de particionar o conjunto de arestas de um grafo em subconjuntos, de forma que o subgrafo induzido por cada subconjunto de arestas é um circuito, visando maximizar a quantidade de subconjuntos da partição. Projetaremos também algoritmos para uma variação desse problema em que as arestas do grafo possuem cores (pretas ou cinza…
Rearranjos de genomas são mutações globais, que afetam grandes porções dos genomas, diferentemente das mutações pontuais, que afetam nucleotídeos. O número de mutações ocorridas entre genomas pode ser utilizado como um indicador da distância evolutiva entre eles. Pelo princípio da parcimônia, assumimos que a distância de evolução entre dois indivíduos é dada pela sequência mínima de rearr…
Problemas de distância de rearranjo são problemas computacionais inspirados pela biologia que tiveram muitas variações estudadas no decorrer dos anos. Esses problemas consistem em encontrar uma sequência mínima de eventos de rearranjo, mutações em larga escala, necessárias para transformar um genoma em outro. Originalmente, problemas de distância de rearranjo consideravam apenas a sequênc…
Uma forma de comparar dois genomas é computar uma distância entre eles. Uma abordagem para fazer isso é encontrar o menor número de mutações em larga escala, os rearranjos de genomas, que ocorreram para transformar um genoma no outro. Quando representamos os genomas como permutações, o objetivo é ordenar uma dada permutação com o menor número de rearranjos. Reversões e transposições são o…
CV Lattes
ORCID