SOS sekvence
Sekvence SOS ("SOS boxes, SOS boxy") je oblast promotoru různých genů, na které se váže LexA represor. Při navázání má účinky na transkripci bílkovin indukovaných při mechanismu SOS odpovědi. SOS sekvence, je tedy využívána například po dokončení opravy DNA na místě poškození. V přítomnosti narušení DNA je vázání LexA neaktivní a to díky přítomnosti RecA aktivátoru. Sekvence SOS jsou odlišné vzhledem k tomu v jakém organismu se nachází. Lze i nalézt více než jednu SOS sekvenci v jednom promotoru (kdy se především jedná o duální SOS box).
Příklad SOS sekvencí
[editovat | editovat zdroj]| Fylogeneticky příbuzní | Sekvence | Reference |
|---|---|---|
| Alfaproteobacteria | GAAC(N)7GAAC GTTC(N)7GTTC |
[1][2] |
| Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria | CTGT(N)8ACAG | [3] |
| Deltaproteobacteria | CTRHAMRYBYGTTCAGS | [4] |
| Grampozitivní bakterie | CGAACRNRYGTTYC | [5][6] |
| Sinice | RGTAC(N)3DGTWCB | [7] |
Reference
[editovat | editovat zdroj]V tomto článku byl použit překlad textu z článku SOS box na anglické Wikipedii.
- ↑ Fernández de Henestrosa AR, Rivera E, Tapias A, Barbé J. Identification of the Rhodobacter sphaeroides SOS box. Mol. Microbiol.. June 1998, s. 991–1003. Dostupné online. DOI 10.1046/j.1365-2958.1998.00860.x. PMID 9663685.[nedostupný zdroj]
- ↑ Tapias A, Barbé J. Regulation of divergent transcription from the uvrA-ssb promoters in Sinorhizobium meliloti. Mol. Gen. Genet.. August 1999, s. 121–30. DOI 10.1007/s004380051066. PMID 10503543.
- ↑ Erill I, Escribano M, Campoy S, Barbé J. In silico analysis reveals substantial variability in the gene contents of the gamma proteobacteria LexA-regulon. Bioinformatics. November 2003, s. 2225–36. Dostupné online. DOI 10.1093/bioinformatics/btg303. PMID 14630651.
- ↑ Campoy S, Fontes M, Padmanabhan S, Cortés P, Llagostera M, Barbé J. LexA-independent DNA damage-mediated induction of gene expression in Myxococcus xanthus. Mol. Microbiol.. August 2003, s. 769–81. Dostupné online. DOI 10.1046/j.1365-2958.2003.03592.x. PMID 12864858.[nedostupný zdroj]
- ↑ Winterling KW, Chafin D, Hayes JJ, etal. The Bacillus subtilis DinR Binding Site: Redefinition of the Consensus Sequence. J. Bacteriol.. 15 April 1998, s. 2201–11. Dostupné online. PMID 9555905.
- ↑ Davis EO, Dullaghan EM, Rand L. Definition of the Mycobacterial SOS Box and Use To Identify LexA-Regulated Genes in Mycobacterium tuberculosis. J. Bacteriol.. June 2002, s. 3287–95. Dostupné online. DOI 10.1128/JB.184.12.3287-3295.2002. PMID 12029045.
- ↑ Mazón G, Lucena JM, Campoy S, Fernández de Henestrosa AR, Candau P, Barbé J. LexA-binding sequences in Gram-positive and cyanobacteria are closely related. Mol. Genet. Genomics. February 2004, s. 40–9. DOI 10.1007/s00438-003-0952-x. PMID 14652736.