Die Frankfurter Historische Kommission ist eine Historische Kommission, um die systematische Erforschung der Geschichte von Frankfurt am Main durch Quelleneditionen und Publikation wissenschaftlicher Darstellungen zu fördern.
Sie wurde am 8. Mai 1906 als außerordentliche Deputation durch Magistratsbeschluss gegründet und bestand zunächst aus dem Vorsitzenden, Stadtrat Julius Ziehen, dem Archivdirektor Rudolf Jung und dem Akademieprofessor Georg Küntzel. Erstes Projekt war die Herausgabe der Geschichte der Freien Stadt Frankfurt, die der Frankfurter Gymnasiallehrer Richard Schwemer verfasste. Das Werk erschien in drei Bänden 1910, 1912 und 1915/1918.
Nach dem Zweiten Weltkrieg erneuerte der Frankfurter Magistrat am 26. April 1948 die Kommission. Zu ihren Mitgliedern gehörten damals unter anderen die Stadträte Reinert und Seliger, der Historiker Fried Lübbecke und der Journalist Richard Kirn. Die Kommission hat derzeit 30 Mitglieder, Vorsitzender ist der Historiker Lothar Gall.
Die Kommission arbeitet unabhängig, aber in enger Verbindung mit der Arbeitsgemeinschaft der Historischen Kommissionen des Landes Hessen. Seit 1984 verleiht die Kommission jährlich einen von Johann Philipp von Bethmann gestifteten Studienpreis. Der Preis ist mit 4000 Euro dotiert und wird an junge Wissenschaftler für hervorragende Projekte zur Erforschung der Frankfurter Stadtgeschichte verliehen.
Die Frankfurter Historische Kommission gibt zwei Publikationsreihen heraus: Die Studien zur Frankfurter Geschichte, von denen bislang 56 Bände erschienen sind, und die Veröffentlichungen der Frankfurter Historischen Kommission mit derzeit 23 Bänden.