Cuando entregó el control de las aduanas terrestres a la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) y de las marítimas a la Secretaría de la Marina (Semar), el presidente Andrés Manuel López Obrador también dejó a las instituciones castrenses el control de un fideicomiso dotado de recursos multimillonarios provenientes de las tarifas aduanales; en escasos meses, la Sedena y la Semar gastaron una parte de esos recursos en contratos por cerca de mil millones de dólares para la instalación de escáneres de rayos X.
Por los montos y los intereses en juego, las licitaciones de los escáneres de rayos X implicaron maniobras diplomáticas de Estados Unidos para evitar la entrega de contratos a una empresa paraestatal de China, así como ataques entre empresas del sector a través de columnas de negocios. Finalmente, la estadunidense Rapiscan resultó la gran ganadora de esta contratación, pues vendió su tecnología al gobierno mexicano por más de 800 millones de dólares.
En diciembre de 2021 López Obrador entregó, por decreto presidencial, la administración de 21 aduanas terrestres a la Sedena –19 de ellas en la frontera con Estados Unidos–, la administración de 17 aduanas marítimas a la Semar y el control de 12
