El 17 de febrero de 1810 un gran convoy de carros fuertemente custodiado por tropas francesas salió de Roma. La carga era desconocida por la mayoría de los miembros de la expedición. Llevaban 117 cajas pesadas. Algunos pensarían que se trataba de oro, joyas u obras de arte, lo normal. Las tropas napoleónicas llevaban años saqueando media Europa para enriquecer los tesoros franceses. Pero la carga era en realidad el primer envío de los fondos del Archivo Secreto Vaticano que en principio estaban destinados a Reims pero que acabaron en París.
Cuando Napoleón se propuso crear un gran Archivo General de Europa, las dos principales víctimas fueron España y el Vaticano. España era ya la principal potencia archivística de Europa, con los archivos de Simancas e Indias como pilares fundamentales (el Archivo Histórico Nacional no se había creado todavía). Las tropas francesas se instalaron en Simancas y recibieron la orden de trasladar todo el archivo a Francia. El enorme volumen (habrían sido necesarias más de 12 000 cajas) lo hizo imposible. Pero hubo saqueo: 212 cajas fueron enviadas a París.
Con el traslado de la residencia del papa a Avignon desaparecieron numerosas piezas
Del Archivo Secreto Vaticano salieron 3239 cajas, con un peso total de más de 500 000 kilos. Junto a la documentación salió también el responsable del archivo, Gaetano Marini, para ir ordenando la documentación en el palacio Soubise, de París. Allí siguió trabajando en los fondos junto a su sobrino Marino y Emanuele de Gregorio. Y los tres recibieron la orden de preparar un nuevo traslado tras la entrada de las tropas aliadas en París, el 31 de marzo
