Bioquímica Estructural
Bioquímica Estructural
Bioquímica Estructural
2) Los óxidos de los metales u óxidos básicos reaccionan con el agua para
formar hidróxidos. Muchos óxidos no se disuelven en el agua, pero los
óxidos de los metales activos se combinan con gran facilidad.
3) Algunos metales descomponen el agua en frío y otros lo hacían a
temperatura elevada.
4)El agua reacciona con los no metales, sobre todo con los halógenos, por
ej: Haciendo pasar carbón al rojo sobre el agua se descompone y se forma
una mezcla de monóxido de carbono e hidrógeno (gas de agua).
5)El agua forma combinaciones complejas con algunas sales,
denominándose hidratos.
En algunos casos los hidratos pierden agua de cristalización cambiando de
aspecto, y se dice que son eflorescentes, como le sucede al sulfato cúprico,
que cuando está hidratado es de color azul, pero por pérdida de agua se
transforma en sulfato cúprico anhidro de color blanco.
Por otra parte, hay sustancias que tienden a tomar el vapor de agua de la
atmósfera y se llaman hidrófilas y también higroscópicas; la sal se dice
entonces que delicuesce, tal es el caso del cloruro cálcico.
El agua como compuesto quimico:
H-O-H
Fig.1
Fig.3
Fig.2
1. Acción disolvente
El agua es el líquido que más sustancias disuelve, por eso decimos
que es el disolvente universal. Esta propiedad, tal vez la más
importante para la vida, se debe a su capacidad para formar
puentes de hidrógeno con otras sustancias que pueden presentar
grupos polares o con carga iónica ( alcoholes, azúcares con grupos R-
OH , aminoácidos y proteínas con grupos que presentan cargas + y
- , lo que da lugar a disoluciones moleculares Fig.7. También las
moléculas de agua pueden disolver a sustancias salinas que se
disocian formando disoluciones iónicas.(Fig.6)
Fig.6 Fig.7
En el caso de las disoluciones iónicas (fig.6) los iones de las sales son
atraídos por los dipolos del agua, quedando "atrapados" y recubiertos
de moléculas de agua en forma de iones hidratados o solvatados.
Este efecto puede verse en esta animacisn, donde vemos a las moliculas de
agua separando los iones, e impidiendo que istos vuelvan a unirse.
• precipitación selectiva
• capacidad amortiguadora
• propiedades osmóticas
• (3) el pH
Los iones H+ y OH- del agua provocan efectos parecidos, pero además de
afectar a la envoltura acuosa de las proteínas también afectan a la carga
eléctrica de los grupos ácidos y básicos de las cadenas laterales de los
aminoácidos. Esta alteración de la carga superficial de las proteínas elimina
las interacciones electrostáticas que estabilizan la estructura terciaria y a
menudo provoca su precipitación. La solubilidad de una proteína es mínima
en su punto isoeléctrico, ya que su carga neta es cero y desaparece
cualquier fuerza de repulsión electrostática que pudiera dificultar la
formación de agregados.
• (4) la temperatura
Miescher en 1871 aisló del núcleo de las células de pus una sustancia
ácida rica en fósforo que llamó "nucleína". Un año más tarde, en 1872, aisló
de la cabeza de los espermas del salmón un compuesto que denominó
"protamina" y que resultó ser una sustancia ácida y otra básica. El nombre
de ácido nucleico procede del de "nucleína" propuesto por Miescher.
Las bases nitrogenadas que forman parte de los ácidos nucleicos son de dos
tipos, púricas y pirimidínicas. Las bases púricas derivadas de la purina
(fusión de un anillo pirimidínico y uno de imidazol) son la Adenina (6-
aminopurina) y la Guanina (2-amino-6-hidroxipurina). Las bases
pirimidínicas (derivadas de la pirimidina) son la Timina (2,6-dihidroxi-5-
metilpirimidina o también llamada 5-metiluracilo), Citosina (2-hidroxi-6-
aminopirimidina) y Uracilo (2,6-dihidroxipirimidina). Las bases nitrogenadas
que forman normalmente parte del ADN son: Adenina (A), Guanina (G),
Citosina y Timina (T). Las bases nitrogenadas que forman parte de el ARN
son: Adenina (A), Guanina (G), Citosina (C) y Uracilo (U). Por tanto, la Timina
es específica del ADN y el Uracilo es específico del ARN.
Bases Púricas Bases Pirimidínicas
Tanto los nucleótidos como los nucleósidos pueden contener como azúcar la
D-ribosa (ribonucleótidos y ribonucleósidos) o la pentosa 2-desoxi-D-ribosa
(desoxirribonucleótidos y desoxirribonucleósidos).
Una vez demostrado que los ácidos nucleicos eran los portadores de la
información genética, se realizaron muchos esfuerzos encaminados a
determinar su estructura con exactitud. Watson y Crick (1953) fueron los
primeros investigadores en proponer una estructura para los ácidos
nucleicos y su labor investigadora se vio recompensada con el Premio Nobel
en 1962, Premio Nobel que compartieron con M. H. F. Wilkins y que se les
concedió por sus descubrimientos en relación con la estructura molecular de
los ácidos nucleícos y su significación para la transmisión de la información
en la materia viva.. Para realizar su trabajo emplearon dos tipos de datos ya
existentes.
• Por un lado, utilizaron los datos obtenidos varios años antes por
Chargaff (1950), relativos a la composición de bases nitrogenadas en
el ADN de diferentes organismos.
• El otro tipo de datos eran los procedentes de estudios de difracción
de rayos X sobre fibras de ADN. Para determinar la estructura
tridimensional o disposición espacial de las moléculas de ADN, se
hace incidir un haz de rayos X sobre fibras de ADN y se recoge la
difracción de los rayos sobre una película fotográfica. La película se
impresiona en aquellos puntos donde inciden los rayos X,
produciendo al revelarse manchas. El ángulo de difracción
presentado por cada una de las manchas en la película suministra
información sobre la posición en la molécula de ADN de cada átomo o
grupo de átomos.
Cuartetos de Guanina
ABSORBANCIA A 260 nm
Por tanto, la absorbancia a 2.600 Å se puede utilizar como una medida del
estado físico de la molécula de ADN. Las curvas de fusión tienen forma de S
observándose un aumento brusco de la absorbancia al llegar a una
temperatura determinada, la temperatura de fusión.
Endonucleasas de restricción
Pintura
FISH trigo (Triticum GISH: Híbrido Pintura cromosómica
cromosómica
intermedium) (Liliaceae) (humanos)
(ratón)
En algunos animales las grasas acumuladas bajo la piel sirven como aislante
térmico o para regular la flotabilidad, pues son malas conductoras del calor y
menos densas que el agua.
Son lípidos simples formados por glicerol esterificado por uno, dos, o tres
ácidos grasos, en cuyo caso: monoacilglicérido, diacilglicérido o
triacilglicérido respectivamente.
Clasificación. Atendiendo a la temperatura de fusión se clasifican en:
A) Aceites. Si los ácidos grasos son Insaturados o de cadena corta o ambas
cosas a la vez, la molécula resultante es líquida a temperatura ambiente y
se denomina aceite.
Se encuentra en las plantas oleaginosas: el fruto del olivo es rico en ácido
oleico (monoinsaturado), las semillas del girasol, maíz, soja etc. son ricos en
poliinsaturados como el linoleico, algunas plantas que viven en aguas frías
contienen linolénico y eicosapentanoico, que también se acumulan en las
grasas de los pescados azules que se alimentan de ellas como el salmón.
a) Gliceroglucolípidos
- Glicerolípidos
b) Glicerofosfolípidos (fosfolípidos)
a) Esfingoglucolípidos
- Esfingolípidos
b) Esfingofosfólípidos
1.- Glicerolípidos.
Céridos o ceras
Terpenos o Isoprenoides
Bioquímica celular
Catabolismo
Respiración celular
• Glucólisis
• Ciclo de Krebs
• Fosforilación oxidativa
Vías glucolíticas
Los alimentos: fuente de energía
Todas las unidades biológicas se alimentan, con la finalidad de proveerse
tanto de energía como de materia prima para su crecimiento y desarrollo.
Los alimentos pueden agruparse en tres grandes grupos: Carbohidratos,
Proteínas y Grasas.
Estos tres tipos de alimentos al final pueden metabolizarse como energía
para el organismo.
Grupo alimenticio Unidad Transformación
metabolizada convergente
Proteínas Aminoácidos
Para comprobarlo, solo tiene que revisar los tres esquemas anteriores.
ANTES DE CONTINUAR ALGUNOS CONCEPTOS IMPORTANTES.
Antes de continuar con el tema es preciso tener en claro que son el NAD y el
FAD.
Bueno, inicialmente podemos definirlos como "vehículos biológicos para la
transferencia de electrones". O sea estos dos compuestos sirven para
equilibrar las reacciones de oxidación y reducción al absorber o aportar
electrones.
Presentación Presentación
oxidada reducida
NAD NADH
FAD FADH
Y este Acetil CoA es el que ingresa a las crestas mitocondriales para iniciar
el Ciclo de Krebs.
Nótese la importancia que tiene el oxigeno como aceptor de electrones para
formar agua y volver a habilitar al NAD para continuar los procesos.
GLUCÓLISIS: VÍAS ANAEROBIAS.
Cuando existe escasez de oxigeno, el NADH deja de oxidarse y por lo tanto
se acumula, para comenzar una serie de reacciones distintas a la vía
aerobia.
Contamos con dos casos para exponer: la fermentación alcohólica producida
por levaduras y la fermentación acidoláctica que ocurre en los músculos.
Para el primer caso, la fermentación alcohólica, esta es producida por
levaduras las cuales transforman el piruvato en acetaldehido (al igual que
en la vía aerobia) y posteriormente este se reduce para formar etanol.
Recuerde que esto ocurre por el exceso de NADH presente en el organismo.
Vea el gráfico:
El ciclo de Krebs (también llamado ciclo del ácido cítrico o ciclo de los
ácidos tricarboxílicos) es una serie de reacciones químicas que forman
parte de la respiración celular en todas las células aerobias, es decir que
utilizan oxígeno. En organismos aeróbicos, el ciclo de Krebs es parte de la
vía catabólica que realiza la oxidación de hidratos de carbono, ácidos grasos
y aminoácidos hasta producir CO2, liberando energía en forma utilizable
(poder reductor y GTP).
Los dos carbonos del Acetil-CoA son oxidados a CO2, y la energía que estaba
acumulada es liberada en forma de energía química: GTP y poder reductor
(electrones de alto potencial): NADH and FADH2. NADH and FADH2 son
coenzimas (moléculas capaces de unirse a enzimas) capaces de acumular la
energía en forma de poder reductor para su conversión en energía química
en la fosforilación oxidativa.
Reactiv Product
os/ os/
Molécula Enzima Tipo de reacción
Coenzi Coenzi
mas ma
I. Citrato 1. Aconitasa Deshidratación H2O
II. cis-
2. Aconitasa Hidratación H 2O
Aconitato
3. Isocitrato NADH +
III. Isocitrato Oxidación NAD+
deshidrogenasa H+
IV.
4. Isocitrato
Oxalosuccinat Descarboxilación
deshidrogenasa
o
NADH +
V. α- 5. α-cetoglutarato Descarboxilación NAD+ + +
H
cetoglutarato deshidrogenasa oxidativa CoA-SH
+ CO2
VI. Succinil- 6. Succinil-CoA GDP GTP +
Hidrólisis
CoA sintetasa + Pi CoA-SH
7. Succinato
VII. Succinato Oxidación FAD FADH2
deshidrogenasa
8. Fumarato
VIII. Fumarato Adición (H2O) H 2O
Hidratasa
9. Malato NADH +
IX. L-Malato Oxidación NAD+
deshidrogenasa H+
X.
10. Citrato sintasa Condensación
Oxaloacetato
Regulación
Fosforilación oxidativa
Cadena transportadora de electrones
Pero para entrar en la mitocondria debe ser previamente activado. Para ello
se hidroliza una molécula de ATP y se obtiene energía necesaria para
aportársela al ácido graso y este se una a una CoA, formando Acil-CoA. Este
proceso viene favorecido por el sistema enzimático Acil-CoA sintetasa o
Ácido graso tioquinasa.
Hidratación
Tiolisis
El paso final para la hendidura del Cetoacil-CoA por el grupo tiol de otra
molécula de CoA. Esta reacción es catalizada por Β-cetotiolasa. que es
insertada entre C-2 y C-3, mientras la molécula de acetil CoA y un acil CoA
molécula, que es 2 C más pequeña. Este proceso continúa hasta que la
molécula completa esta unida a las unidades del Acetil CoA . Por cada ciclo,
una molécula de FADH 2, NADH Y acetil CoA es formada.
Esto supone una visión de un ciclo en espiral ya que repite los mismos
pasos pero con diferentes sustancias procedentes del ciclo anterior. Por ello
se le llama hélice de Lynen.
Productos de la β-Oxidación de los Ácidos grasos(AG)
El glucógeno
1. Resumen:
2. Introducción:
3. Importancia Biomédica del Glucógeno:
4. Catabolismo del Glucógeno (glucogenólisis):
5. Cascada amplificadora de la degradación del glucógeno,
estimulada por adrenalina:
6. Funciones de las reservas de glucógeno en el músculo y el
hígado:
7. Fisiopatologías del metabolismo del glucógeno:
8. Bibliografia
Resumen:
El glucógeno representa la principal forma de almacenamiento de
carbohidratos tanto en animales como en las plantas. Cuando existe una
disminución significativa de glucosa en sangre, el glucógeno es degradado
por medio de una serie de enzimas para cubrir las necesidades energéticas
de nuestro organismo. Las glucogenosis son enfermedades en donde
existen deficiencias congénitas de la mayoría de las enzimas relacionadas
con el metabolismo del glucógeno, en donde los órganos más afectados
son: el hígado y el músculo esquelético.
Los signos y síntomas clínicos más característicos son: hepatomegalia,
hipoglucemia, osteoporosis, entre otros y en ocasiones son débiles y poco
aparentes. Existen diversas pruebas de laboratorio para realizar un
diagnóstico específico.
Palabras clave:
Glucógeno, glucostato, enzimas, cascada amplificadora de degradación de
glucógeno, glucogenosis.
Introducción:
El glucógeno es la forma principal de almacenaje de carbohidratos en los
animales, se encuentra en proporción mayor en el hígado (hasta 6%) y en el
músculo, donde rara vez excede de 1%. Sin embargo, debido a su masa
mayor, el músculo almacena tres a cuatro veces la cantidad de glucógeno
que tiene el hígado como reserva. Al igual que el almidón, es un polímero
ramificado de alfa-glucosa .(9)
En las células hepáticas, el glucógeno aparece en forma de grandes
gránulos, constituidos por agrupaciones de simples moléculas, muy
ramificadas, por lo que tiene un peso molecular muy elevado. A semejanza
de la amilopectina, el glucógeno es un polisacárido de la D-glucosa con
enlaces alfa 1-4, sin embargo, está más ramificado, y su molécula es más
reducida que la amilopectina; las ramificaciones aparecen cada 8 a 12
residuos de glucosa.
El glucógeno puede aislarse de los tejidos animales digiriéndolos con
disoluciones calientes de KOH en las que los enlaces no reductores alfa 1-4
y alfa 1-6 son estables. (5)
Importancia Biomédica del Glucógeno:
La función del glucógeno muscular es actuar como una fuente de fácil
disponibilidad de unidades de hexosa para la glucólisis dentro del propio
músculo. El glucógeno hepático sirve en gran parte para exportar unidades
de hexosa para la conservación de la glucosa sanguínea, en particular entre
comidas.
Después de 12 a 18 horas de ayuno, el hígado casi agota su reserva de
glucógeno. El glucógeno muscular sólo disminuye de manera significativa
después de ejercicio vigoroso prolongado. Puede inducirse un almacenaje
mayor de glucógeno muscular con dietas ricas en carbohidratos después de
la depleción por el ejercicio. Las "enfermedades por almacenamiento de
glucógeno" son un grupo de trastornos hereditarios que se caracterizan por
movilización deficiente del glucógeno y depósito de formas anormales del
mismo, conduciendo a debilidad muscular e inclusive muerte. (9).
Molécula de Glucógeno:
(9) Murray, Robert K., Granner, Daryl K., Mayes, Peter, A. ,Rodwell, Víctor
W.F. "Bioquímica de Harper". 1992. 14a. edición. Editorial: El Manual
Moderno. Página 132
1. Metabolismo Bioquímico del Glucógeno
1.1. Digestión de Almidón y Glucógeno:
En los animales, la digestión del almidón y del glucógeno empieza en la
boca, con la acción de la alfa-amilasa que se secreta en la saliva. Esta
enzima rompe con los enlaces internos alfa 1-4 de ambos polímeros. En el
intestino, la digestión continúa, facilitada por la alfa- amilasa secretada por
el páncreas. Esta enzima degrada la amilosa a maltosa y un poco de
glucosa. Sin embargo, solo degrada parcialmente la amilopectina y el
glucógeno, porque no es capaz de romper los enlaces alfa 1,6 que se
encuentran en los puntos de ramificación. El producto de la digestión
completa de la amilopectina o del glucógeno por la alfa-amilasa se
denomina dextrina límite, para continuar su degradación es necesaria la
acción de una "enzima desramificante", la alfa 1-6 glucosidasa (también
llamada isomaltasa). Esta acción expone un nuevo grupo de ramificaciones
con enlaces alfa 1-4, que pueden ser atacadas por la alfa-amilasa, hasta
alcanzar una nueva serie de ramificaciones con enlaces alfa 1-6.
El resultado final de la acción secuencial de estas dos enzimas es la
degradación completa del almidón o glucógeno a maltosa y algo de glucosa.
La maltosa se rompe hidrolíticamente por la maltasa, dando 2 moléculas de
glucosa, que se absorbe a continuación al torrente circulatorio y se
transporta a los diversos tejidos para su utilización. (7)
Introducción
El ión amonio es una base débil y la forma sin protonar una base fuerte los aminoácidos y
proteínas y entran en la cadena alimenticia. Los seres humanos solo pueden sintetizar 11 de
los 20 aminoácidos que se necesitan para la síntesis de las proteínas. Aquéllos que no se
pueden sintetizar de novo se denominan aminoácidos esenciales, ya que se deben de obtener
de la dieta. Además de ser las unidades monoméricas de las proteínas, los aminoácidos son
metabolitos energéticos y son precursores de muchos compuestos conteniendo nitrógeno,
como el grupo hemo, las aminas, el glutatión, los nucleótidos y las coenzimas nucleotídicos.
El exceso de aminoácidos no se almacenan ni se excretan, se convierten en precursores de
otros metabolitos, como el Pyr, OAA y el α CG. Por lo tanto los aminoácidos son también
precursores de los ácidos grasos, glucosa y cuerpos cetónicos, es decir, fuel metabólico.
Un organismo adulto tomando una dieta completa y variada está normalmente en balance
nitrogenado, un estado en el que el nitrógeno que se toma en la dieta está equilibrado con el
que se excreta, y por lo tanto no existe un cambio neto en el nitrógeno del organismo. El
nitrógeno que se excreta procede del recambio proteico, es decir, síntesis y degradación, y
por digestión del exceso de proteínas. En determinadas condiciones, el organismo está en
balance positivo o negativo. En el balance negativo, más se excreta que se toma, lo que
ocurre en el ayuno o en ciertas enfermedades. Durante el ayuno las cadenas de los
aminoácidos se necesitan para formar intermediarios para la gluconeogénesis y el nitrógeno
se excreta en forma de urea y no reincorporado en proteína. Una dieta deficiente en un
aminoácido esencial también da lugar a un balance negativo ya que las proteínas del
organismo se degradan para proveer dicho aminoácido esencial. Los otros 19 aminoácidos
se metabolizan en consecuencia. También se puede dar en la senescencia. El balance
positivo se da en los niños, que incoporan los aminoácidos de la dieta en proteínas. La Cys
y la Arg no son esenciales en los adultos pero sí en los niños ya que se sintetizan a partir de
la Met y de la Orn. También puede darse en el embarazo y en la alimentación después del
ayuno.
Las dos rutas para la adquisición del N en la biosfera son la asimilación del nitrato y la
fijación del nitrógeno. Ambas rutas dan lugar a la formación de amonio, el cual es
incorporado en los compuestos orgánicos.
La asimilación del nitrato ocurre en dos pasos. Reducción del nitrato en nitrito por 2 e -,
catalizado por la nitrato reductasa, que cataliza la reacción NO 3- + 2H+ + 2e- → NO2- + H2O .
La secuencia es la siguiente: NADH → [-SH → FAD → cyt b557 → MoCo] → NO3 - . El
MoCo es un centro especial que contiene molibdeno. Las nitrato reductasas son típicamente
homodímeros α 2 de 210-270 kD. Reducción de nitrito en amonio por 6 e -, catalizado por la
nitrito reductasa, NO2 - + 8H+ + 6e- → NH4 + + 2H2O. La secuencia es la siguiente: Luz → 6
Fdred → [(4Fe-4S) → sirohemo] → NO2 - . Las nitrito reductasas son proteínas
monoméricas de unos 63 kD con un sirohemo y un grupo (4Fe-4S). En las plantas
superiores la nitrito reductasa se encuentra en los cloroplastos, donde está cerca de la
ferredoxina que le proporciona los electrones. La nitrato reductasa se encuentra en el
citosol. Las nitrito reductasas bacterianas son más complejas que las de las plantas
superiores, pareciéndose a las nitrato reductasas. La asimilación del nitrato es la forma
predominante por la cual los microorganismos, algas y plantas verdes adquieren el
nitrógeno (99%).
La fijación del nitrógeno es la reducción del nitrógeno atmosférico mediante un sistema
enzimático que es procariótico ( N2 + 8H+ + 8e- → 2NH3 + H2 ), o bien libre o bien en forma
de simbiontes. El corazón de este sistema es la nitrogenasa. Menos del 1% del N asimilado
en la biosfera pasa por esta vía. De manera particular es interesante el sistema formado por
el grupo Rhizobia. Son bacterias que fijan el nitrógeno atmosférico en simbiosis con plantas
leguminosas, teniendo una gran importancia económica. Infectan las raíces, proliferan y
forman nódulos que son los lugares de la fijación del nitrógeno. La planta contiene una
proteína, la leghemoglobina que se une al O2 y mantiene la [O2] muy baja o nula. El
nitrógeno fijado pasa a la planta, mientras que esta da a las bacterias compuestos de
carbono. El total de N2 fijado por lo microrganismos diazotrópicos es del orden de 10 11 kg
por año, un
60% del nitrógeno fijado de nuevo en la Tierra. La luz y la radiación UV fijan un 15% y los
procesos industriales fijan el 25% restante. Todos los sistemas de fijación son iguales, por
lo que parece ser que surgió una sola vez en la evolución biológica. Todos estos sistemas
requieren:
3. ATP
4. Condiciones anaeróbias
5. Controles regulatorios
En una primera aproximación, dos son los controles más importantes: ADP, que inhibe a la
enzima, por lo tanto la relación ATP/ADP regula la actividad de la enzima, y el NH4 +, que
reprime la expresión de los genes nif (se conocen más de 20), los genes que codifican las
proteínas del sistema fijador.
El amonio (NH3 ≡ NH4+) entra en los compuestos orgánicos mediante tres vías principales
El grupo amida de la Asn proviene de la Gln y no del amonio libre como en la Gln. Se
necesita ATP y se forma AMP y PPi.
En organismos que habitan ambientes con mucho amonio, las reacciones de la GDH y GS
actúan en secuencia, proporcionando la fuente más importante para la incorporación del
amonio, con gasto de 1ATP y 1 NADPH.
Sin embargo, la GDH tiene un alto Km para el amonio, mayor que el de la GS. De esta
manera, en organismos con limitación de acceso al amonio, la GDH no es muy efectiva y la
reacción de asimilación es básicamente la reacción de la GS. Tal situación crea una
necesidad de llenar un nicho y este está ocupado por la glutamato sintasa (GOGAT), de
glutamato:oxo-glutarato aminotransferasa. La GOGAT forma 2 Glu a partir de la
aminación reductiva del α CG, siendo el Gln el donador.
Estos Glu formados pueden ser ahora aceptores de amonio y convertirse en Gln. Algunos
organismos usan NADH (levaduras), otros NADPH (bacterias) y ferredoxinas reducidas
(plantas). Son proteínas grandes y complejas. En E.coli, la GOGAT tiene 800 kD, es una
flavoproteina, que contiene FMN y FAD, además de centros [4Fe-4S]. En este caso, la
actuación conjunta de la GS y GOGAT constituyen otra ruta de asimilación del nitrógeno,
siendo la función de la GS de asimilación y de la GOGAT de regeneración del Glu.
La PII es un tetrámero (4x11 kD) y cada uno de estos monómeros está sujeto a modificación
covalente (uridilación) por la UT. Esta reacción está inhibida por la Gln y activada por el
α CG. La UT también cataliza la desuridilación de la PII. La reación hidrolítica de la UTT
está activada por la Gln. De esta manera la uridilación/desuridilación esta últimamente
ligada a la relación [Gln]/[α CG]. Alta [Gln] indica suficiente nitrógeno, la GS se adenila y
se inactiva. Alta [α CG] indica limitación de nitrógeno, la GS se desadenila y se activa.
El estado de la PII controla la dirección de actuación de la AT. Si PII no está uridilada, forma
PIIA, el complejo AT:PIIA adenila la GS. Cuando la PII está uridilada, forma PIID, el complejo
AT:PIID ncataliza la desadenilación de la GS. Los centros activos de las formas AT:P IIA y
AT:PIID son diferentes. Además estas formas están reguladas alostéricamente por el α CG
(inhibe la AT:PIIA y activa la AT:P IID) y la Gln (activa la AT:P IIA e inactiva la AT:P IID).
Paso 1b
[UB-CO-AMP.E1] → UB-CO-S-E1
Paso 4
(UB-CO-)n-Proteína + ATP → UB-COOH + AMP + Péptidos
Otras degradaciones de proteína tienen lugar en los lisosomas, pero no es el mecanismo más
importante de degradación de las proteínas celulares. Las proteasas dependientes de calcio,
denominadas calpainas, están presentes en todas las células y parece ser que están
implicadas en el recambio de las proteínas.
La mayor parte de las proteínas se encuentran en el músculo y por lo tanto los aminoácidos.
Cuando se necesita energía, las proteínas del músculo se degradan y los grupos amino de
los aminoácidos se transfieren a la Gln y Ala y se transportan al hígado o al riñón. Los
esqueletos carbonados se utilizan para proporcionar energía o se transportan al hígado para
la gluconeogénesis. En estos órganos, el amonio se libera por la alanina aminotransferasa, la
glutaminasa o la glutamato deshidrogenasa. La glutamato deshidrogenasa no solo libera
NH3, sino también NADH y α CG, un intermediario glucogénico. Muchos tumores
producen la caquesia o gasto de las proteínas del músculo. Esto se produce, no a nivel de
regulación en la degradación de las proteínas del músculo, pero sí por un aumento en la
velocidad de a la que el hígado quita los aminoácidos del plasma. Cuando la cantidad de
glucagón circulante es alta, señal de que se necesita intermediarios para la
gluconeogénesis), aumenta el metabolismo de los aminoácidos estimulando la toma de los
aminoácidos por el hígado.
Ciclo de la urea
El ciclo de la urea y el ciclo de los ácidos tricarboxílicos fueron descubiertos por Hans
Krebs y colaboradores. En los animales mamíferos terrestres el ciclo de la urea es el
mecanismo utilizado para la excreción del nitrógeno (ureotélicos), mientras que el ácido
úrico se excreta por los reptiles terrestres y los pájaros (uricotélicos) y los animales
acuáticos excretan el amonio como tal (amonotélicos). Las plantas reciclan virtualmente
todos los grupos amino y la excreción del N es muy rara. Los dos N de la molécula de urea
se derivan de amonio libre y de Asp. El ciclo comienza y acaba con la ornitina (Orn). A
diferencia del TCA, donde los átomos de C son diferentes al principio y al final, en el ciclo
de la urea son los mismos en la Orn. La urea se sintetiza en el hígado, segregada en la
sangre y secuestrada por el riñón.
La reacción neta es
NH3 + HCO3 - + Asp + 3ATP→ Urea + Fumarato + 2ADP + 2Pi + AMP + PPi
La carbamoilfosfato sintetasa I no forma parte del ciclo de la urea pero es esencial para él.
Ya que la Arg se produce a partir de los carbonos y nitrógenos de la Orn, amonio y Asp, es
un aminoácido no esencial. Sin embargo, en niños, la síntesis de Arg no es suficiente y este
aminoácido es esencial.
Los carbonos del Asp se liberan en forma de fumarato, y pueden entrar en la mitocondria
donde se metabolizan a OAA por el TCA. Este se puede transaminar, al menos
teóricamente, y entrar de nuevo en el ciclo. En principio el ciclo de la urea convierte dos
grupos amino, uno del amonio y otro del Asp, junto con un carbono del bicarbonato, en un
producto de excreción relativamente no tóxico, la urea, con un coste de 4 enlaces de alta
energía (3ATP hidrolizados en 2ADP, 2Pi, AMP y PPi, este último hidrolizado rápidamente
en 2Pi). El fumarato puede formar de nuevo Asp (el donador de N, proveniente de otro
aminoácido por transferencia), y en este proceso se forma un NADH. El NH3 puede
proceder del Glu por la glutamato deshidrogenasa, a su vez de otro aminoácido, y también
forma un NAD(P)H. Por lo tanto el gasto de ATP en el proceso se ve compensado por la
formación de NADH.
La urea se transporta el riñón para su filtrado y excreción. La urea que entra en el tracto
intestinal se rompe por la ureasa bacteriana, y el amonio resultante se absorbe y utiliza por
el hígado. El ciclo de la urea es el mecanismo más importante para la eliminación del
amonio, una substancia muy tóxica. Los desórdens metabólicos que surgen por una
disfunción en los enzimas del ciclo de la urea son potencialmente fatales y causan el coma
cuando la [NH4 +] es muy alta. Además, una gran [NH4 +] secuestra el α CG para formar
Glu y de resultas el ciclo de los ácidos tricarboxílicos no funciona. La síntesis de fumarato
es importante además porque liga el ciclo de la urea con el TCA. El fumarato puede
hidratarse a malato y este oxidarse a OAA. El OAA puede transaminarse hasta Asp, puede
convertirse en glucosa por la gluconeogénesis, puede formar citrato y puede convertirse en
Pyr.
Los rumiantes excretan parte de la urea al rumen, donde los microorganismos la utilizan
para sintetizar aminoácidos, siendo estos absorbidos posteriormente por el animal. El
reciclado de la urea les permite reducir las necesidades de ingestión de proteína y
producción de orina, además de que les permite mejor alimentarse con forraje con poca
proteína y en un ambiente relativamente seco. Esto tiene también lugar en el camello, por lo
que reduce también la necesidad de disponer de agua para su excreción.
Gluconeogénesis
Los precursores que se pueden convertir en glucosa son: lactato y piruvato, producidos en la
glicolisis, intermediarios del ciclo de los ácidos tricarboxílicos y los esqueletos carbonados de la
mayoría de los aminoácidos (glucogénicos, dan lugar a la síntesis neta de Pyr o OAA). En
primer lugar todos estos precursores tienen que convertirse en OAA, que es la molécula que
comienza la gluconeogénesis. Los únicos aminoácidos que no se pueden convertir en OAA son
la Leu y la Lys (cetogénicos) ya que producen acetil-CoA y acetoacetato y los animales no
tienen ninguna ruta que les permita convertir el acetil-CoA en OAA (solo en plantas). Por la
misma razón los ácidos grasos no pueden utilizare para la síntesis de glucosa en los animales ya
que se degradan acetil-CoA. El glicerol, formado en la rotura de los triacilgliceroles, forma G3P
con gasto de ATP (glicerol quinasa) y después DHAP (G3P deshidrogenasa).
Los ácidos grasos con número impar n de átomos de carbono o ramificados (derivados de
laclorofila, por ejemplo) dan lugar a propionato,
La fructosa puede dar lugar a glucosa. La F se fosforila a F1P en el hígado y esta se rompe por
una aldolasa específica en DHAP y gliceraldehido. El gliceraldehido se reduce a glicerol, este
forma G3P con gasto de ATP (glicerol quinasa) y después DHAP (G3P deshidrogenasa). Las
dos moléculas de DHAP formadas pueden ser utilizadas en la formación de glucosa o bien en la
glicolisis.
La formación de PEP a partir de Pyr necesita energía y esto se consigue convirtiendo el Pyr
primero en OAA y después este en PEP. Este proceso requiere dos enzimas, la piruvato
carboxilasa, que forma OAA a partir de Pyr, HCO3 - y ATP, y la PEP carboxiquinasa, que
convierte el OAA en PEP utilizando GTP. La piruvato carboxilasa es una proteína tetramérica
(4 x 120 kD), con 4 grupos prostéticos de biotina y localizada solamente en la mitocondria. La
biotina funciona como un transportador de grupos CO2. La biotina está unida covalentemente al
enzima por una unión amida entre su cadena lateral de valerato y un grupo e-amino de un resto
de Lys, formando la biocitina o biotinillisina. La biotina está por tanto unida a la proteína por
una cadena flexible de unos 14A, de manera parecida al grupo lipoil-lisilo del complejo de la
piruvato deshidrogenasa. La biotina es un factor esencial en la dieta humana, pero su carencia es
rara ya que es abundante en los alimentos y es sintetizado por la flora intestinal. Unicamente se
produce en personas que se alimentan de muchos huevos crudos, ya que tienen una proteína, la
avidina, que une a la biotina muy fuertemente (no ocurre en los cocinados por que la avidina
está desnaturalizada). Parece ser que la avidina funciona como bactericida para inhibir el
crecimiento de los microorganismos en el huevo.
La generación del OAA a partir del Pyr o de los intermediarios del ciclo de los ácidos
tricarboxílicos ocurre en la mitocondria, mientras que los enzimas que convierten el PEP en
glucosa son citosólicos. La PEP carboxiquinasa está en la mitocondria del hígado de paloma y
conejo, en el citosol del hígado de ratón y rata, y en cobayas y humanos tanto en la mitocondria
como en el citosol. Para que la gluconeogénesis continue o bien el OAA o bien el PEP deben de
salir de la mitocondria. El PEP tiene transportadores específicos situados en la membrana
mitocondrial, pero no así para el OAA. Se debe de convertir o bien en Asp o bien en malato
para poder salir a través de transportadores específicos. La diferencia entre ambos tipos de
transporte radica en la utilización de los equivalentes de reducción. La ruta de la malato
deshidrogenasa da lugar al transporte de equivalentes de reducción del NADH desde la
mitocondria hacia el citosol, mientras que la ruta de la aspartato aminotransferasa no. Como se
necesita NADH para la gluconeogénesis en el citosol, la ruta del malato es más necesaria. En el
caso de que el precursor de la glucosa fuera el lactato, como su oxidación para generar Pyr
proporciona NADH, se puede utilizar cualquier ruta. Obviamente, ambas rutas se pueden
utilizar en sentido inverso para transportar equivalentes de reducción en forma de NADH dentro
de la mitocondria (lanzadera del malatoaspartato).
GLICOLISIS
INVERSO DE LA GLICOLISIS
GLUCONEOGENESIS
Gluconeogénesis – Glicolisis
Regulación de la gluconeogénesis
Los mecanismos dominantes son las interacciones alostéricas y las modificaciones covalentes
dependientes de AMPc (fosforilación/desfosforilación). Esta modificación covalente hace que el
sistema sea sensible al control por el glucagón y otras hormonas que afectan los niveles de
AMPc. El más importante de los efectores alostéricos es el F2,6-BP que activa la PFK e inhibe
la FBPasa. El nivel de F2,6-BP está controlado por las velocidades de su síntesis y de rotura por
la PFK-2 y la FBPasa-2 respectivamente. Aunque estas enzimas catalicen reacciones que no
pertenecen estrictamente a las rutas de la glicolisis o de la gluconeogénesis, su control es muy
importante. Las actividades de la PFK-2 y de la FBPasa-2 ocurren en dominios separados de la
misma enzima (enzima bifuncional o enzima tándem), están sujetas a regulación alostérica y
modificación covalente. La activación de la gluconeogénesis en el hígado implica también la
inhibición de la glicolisis a nivel de la piruvato quinasa. La piruvato quinasa del hígado está
inhibida por la Ala y por fosforilación. En contraste, la degradación del glucógeno está
estimulada por fosforilación. Ambas rutas confluyen en la G6P, que se convierte en glucosa
para ser exportada al cerebro y al músculo.
La piruvato quinasa del músculo no está regulada; esto sería contraproducente en el músculo ya
que este tejido no posee la habilidad de sintetizar glucosa por la gluconeogénesis.
Forzando estas reacciones se inhibe la síntesis de glucosa porque limita las cantidades de Pyr y
OAA presentes para las reacciones catalizadas por la piruvato carboxilasa y la PEP
carboxiquinasa respectivamente.
La contracción del músculo está sostenida por el consumo de ATP, que se regenera por la
fosforilación oxidativa en las mitocondrias en las fibras musculares rojas y por la glicolisis, que
da lugar a lactato, en las fibras musculares blancas. Las rojas también producen lactato cuando
la demanda excede la capacidad de producción de ATP por la fosforilación oxidativa. El lactato
se transfiere a través de la sangre, al hígado, donde se convierte en piruvato por la lactato
deshidrogenasa y después en glucosa por la gluconeogénesis. Gracias al torrente sanguíneo, el
hígado y el músculo participan de un ciclo metabólico conocido como el ciclo de Cori. Esto
sería el ciclo fútil glicolisis/gluconeogénesis pero ahora no ocurren en el mismo lugar (célula)
sino en diferentes (tejidos). El ATP del hígado se utiliza para resintetizar glucosa a partir del
lactato producido en el músculo, y la glucosa resintetizada vuelve de nuevo al músculo para ser
utilizada o almacenada en forma de glucógeno. Este ciclo también tiene lugar de manera
importante en los eritrocitos. La formación de lactato ahorra tiempo y desvía parte de la carga
metabólica desde el músculo hasta el hígado.
El ciclo de la alanina resulta del transporte de la alanina por la sangre relacionando el músculo y
el hígado. En el músculo se forma alanina a partir del piruvato producido en la glicolisis. La Ala
al llegar al hígado da lugar a piruvato y amonio. Este último por la ureogénesis da lugar a urea
que se segrega en la sangre para ir al riñón, mientras que el Pyr da lugar a glucosa a través de la
gluconeogénesis. En este caso el NADH generado en la formación de Pyr no se utilizan para
formar lactato, sino que se pueden utilizar para la producción de ATP, en contraste con el ciclo
de Cori, donde el NADH se gasta en formar lactato a partir de Pyr. El ciclo de la alanina es más
eficiente que el ciclo de Cori, aunque hay que tener en cuenta que la formación de urea es
bastante costosa energéticamente hablando.
Estos ciclos son funcionales solo entre el hígado y tejidos que no oxiden la glucosa
completamente a CO2 y H2O.
Dado que los átomos de C de las molecúlas de acetato que entran en el ciclo de los ácidos
tricarboxílicos aparecen ochos pasos más tarde en el OAA parecería que el ciclo de los ácidos
tricarboxílicos es capaz de generar OAA a partir de acetato y por tanto capaz de formar PEP
para la síntesis de glucosa. Sin embargo, un examen de la estequiometría revela que no hay
conversión neta de acetato en OAA ya que por cada dos C que entran en forma de acetato dos
salen en forma de CO2. En las plantas, en algunos invertebrados y en algunos microorganismos,
como en E. coli, el acetato puede servir de combustible rico en energía y al mismo tiempo de
proporcionar PEP para la síntesis de glucosa. La ruta del glioxilato es una ruta por la cual estos
organismos convierten el acetil-CoA en glucosa gracias a la síntesis de OAA a partir del acetil-
CoA. Esta ruta comparte enzimas de la mitocondria y del glioxisoma, y podría ser anterior
evolutivamente hablando al TCA. El OAA de la mitocondria se condensa con acetil-CoA para
formar citrato y este isomerizado a isocitrato como en el TCA. La isocitrato liasa del glioxisoma
rompe el isocitrato en succinato y en glioxilato. El succinato se transporta a la mitocondria
donde entra en el ciclo de los ácidos tricarboxílicos para convertirse de nuevo en OAA. La ruta
del glioxilato da lugar entonces a la conversión neta de glioxilato a partir de una molécula de
acetil- CoA y no de dos moléculas de CO2, como en el TCA. El glioxilato se convierte en OAA
gracias a dos enzimas: la malato sintasa, enzima del glioxisoma, que condensa glioxilato y otra
molécula de acetil-CoA para formar malato, y la malato deshidrogenasa, del citosol, que oxida
el malato en OAA gracias al NAD+. La reacción conjunta es la formación de una molécula de
OAA a partir de dos acetil CoA.
Estas dos enzimas, la isocitrato liasa y la malato sintasa, enzimas del ciclo del glioxilato
existentes solamente en plantas, permiten a las semillas convertir los triacilgliceroles en glucosa
a través del acetil- CoA. Los enzimas que son comunes a ambos ciclos están presentes como
isoenzimas, tanto en la mitocondria como en el glioxisoma (el glioxisoma no tiene la succinato
deshidrogenasa, la fumarasa y la malato deshidrogenasa). Los glioxisomas no se encuentran en
todos los tejidos de las plantas y en todo momento. Se desarrollan sobre todo en semillas en
germinación, antes de que las plantas adquieran la capacidad de sintetizar glucosa a través de la
fotosíntesis.
Algunos disacáridos se sintetizan para su uso futuro como molécula de reserva energética como
la lactosa o b-galactosil-(1®4)-glucosa, que se sintetiza en la glándula mamaria por la lactosa
sintetasa. El donante es el UDP-galactosa, formado por epimerización de la UDP-glucosa,
siendo el aceptor la glucosa. La lactosa sintetasa consiste en dos unidades, la galactosil
transferasa, la subunidad catalítica, que está presente también en numerosos tejidos donde
cataliza la reacción entre la UDP-galactosa y la Nacetilglucosamina para dar N-
acetillactosamina, presente en numerosos oligosacáridos, y la a- lactalbúmina, una proteína
presente en la glándula mamaria, sin actividad catalítica, que cambia la especificidad de la
transferasa para que utilice glucosa como aceptor en vez de N-acetilglucosamina.
La ruta de las pentosas fosfato (ruta del fosfogluconato) es una ruta alternativa para la
degradación de la glucosa, cuya función principal es la de producir NADPH, la fuente de
equivalentes de reducción para las biosíntesis, y la ribosa-5-fosfato (R5P), el precursor de los
ácidos nucléicos, a partir de G6P. Los tejidos que sintetizan ácidos grasos y colesterol
activamente (hígado, glándula mamaria, tejido adiposo, testículos y corteza adrenal) tienen una
gran cantidad de enzimas que participan en la ruta de las pentosas fosfato, así como en el
eritrocito, para poder generar glutatión reducido, esencial para su estructura y viabilidad.
Aproximadamente un 20-30% de la oxidación de la glucosa en hígado tiene lugar a través de
esta vía. Otros tejidos no lo utilizan prácticamente como el músculo esquelético. Los enzimas de
la ruta se encuentran en el citosol, lugar donde se encuentran también los enzimas implicados en
la síntesis de los ácidos grasos. También se podría pensar de esta vía como una forma de cortar
azúcares de 6C un C cada vez.
3. Una serie de reacciones que convierten dos Xu5P y un R5P en dos moléculas de F6P y una de
G3P (gliceraldehido-3-fosfato)
Estas dos últimas son reversibles y por lo tanto los productos varían según las necesidades de la
célula. Por ejemplo, cuando R5P se necesita para la síntesis de nucleótidos, se forman menos
F6P y G3P. Si en cambio se forma más de R5P del necesario para lo que se necesita en la
síntesis de nucleótidos, este se transforma en F6P y G3P, intermediarios de la glicolisis.
REACCIONES INDIVIDUALES
7. En otra reacción, la transquetolasa transfiere una unidad de 2C de una segunda Xu5P a la E4P
formando G3P y otra molécula de F6P.
Por lo tanto, el G6P se puede utilizar como sustrato tanto en la glicolisis como en la ruta de las
pentosas fosfato. La célula realzia la elección de acuerdo a sus necesidades biosintéticas y
energéticas. Si la G6P se transfiere hacia la glicolisis se forma gran cantidad de ATP. Si lo que
se necesita es NADPH y R5P, entonces se transfiere hacia la ruta de las pentosas fosfato. Esta
decisión depende básicamente de la fosfoglucoisomerasa que transforma la G6P en F6P, que a
su vez la fosfofructoquinasa, fuertemente regulada, la convierte en F1,6BP, o bien de la
glucosa-6-fosfato deshidrogenasa, también fuertemente regulada, que convierte el G6P en
gluconolactona. Por lo tanto, la G6P dependerá de las actividades relativas de estas dos enzimas.
Dependiendo de las necesidades relativas de la célula, la glicolisis y la ruta de las pentosas
fosfato s epueden combinar de varias maneras diferentes:
1. Tanto NADPH como R5P se necesitan en la célula. En este caso predominan las cuatro
reacciones primeras de la ruta de las pentosas fosfato.
2. Se necesita más R5P que NADPH. Se puede sintetizar R5P sin producir NADPH si las
reacciones primeras de la ruta de las pentosas fosfato no se producen. En este caso, es el F6P y
la G3P, pero no el G6P, los que se utilizan (provenientes de la glicolisis), y mediante las
enzimas transquetolasa y transaldolasa convertidos en R5P.
3. Se necesita más NADPH que R5P. Esto se puede realizar si la G6P entra en la ruta de las
pentosas fosfato para producir NADPH y el R5P producido se recicla a F6P y G3P que puede
formar G6P mediante la gluconeogénesis.
4. Se necesita ATP y NADPH pero no R5P. Esto se puede realizar si la G6P entra en la ruta de
las pentosas fosfato para producir NADPH y el R5P producido se recicla a F6P y G3P que van a
la glicolisis para generar ATP formando Pyr, que a su vez podría generar más ATP
posteriormente mediante el TCA.
Fase oxidativa
Fase no oxidativa