Curso de Bioquimica

Curso de Bioquímica
TEMA 1. INTRODUCCIÓN.
Propiedades de los seres vivos.

Estructuras muy organizadas capaces de mantenerse y renovarse, autorreplicarse y en-
samblarse, efectuando un consumo continuo de energía.
Composición química de los seres vivos.

Las moléculas presentes en todos los seres vivos son iguales, lo que hace pensar en un
ancestro común.
Elementos que forman parte de los seres vivos:
Tienen que ser escogidos del entorno, formando parte de la corteza terrestre o de la at-
mósfera. La primera limitación es la composición de la corteza y la atmósfera. Los criterios son
que sea abundante y asequible. La composición de un ser vivo no es la misma que la de la
corteza o la atmósfera sino que unos elementos se escogen antes que otros.
Elementos más abundantes: son abundantes y necesarios para los seres vivos. C, N , H y O.
Elementos traza: presentes en mínima proporción, como el Al.
El He es inerte, no forma parte de los seres vivos.
El C abunda mucho porque es capaz de formar moléculas muy largas con enlaces distin-
tos, lo que da lugar a muchos compuestos diferentes. El Si también forma cadenas pero más
cortas (menos variación) y la energía del enlace Si-O es muy alta, formando moléculas muy
estables, prácticamente inmutables e imposibles de sintetizar.
Respuesta frente al agua:
La vida transcurre en entorno acuoso por lo que si un elemento debe formar parte de una célu-
la debe responder bien al agua. El Al está en forma de hidróxidos muy insolubles, pero como el
Fe es más soluble se escoge antes.
Bioelementos:
Se escogen los elementos más pequeños de cada grupo porque forman enlaces más estables.
El Co o el V son más grandes pero cumplen funciones especiales.
- El P y el S son componentes de todos los seres vivos (S de proteínas y P de ácidos nuclei-
cos).
- Iones: Na, Mg, Cl, K, Ca...
Al y Si: a pesar de ser abundantes no son mayoritarios de seres vivos.
- Eltos traza: Fe, Cu, Co, Zn, Mn... presentes en todos los organismos en pequeña cantidad. Y,
Mo sólo en algunos.
Enlaces:
C-H, C-C, C=C, O-H, C-O, C=O, N-H, C-N, C=N, P-O, P=O ...
Los enlaces no covalentes son muy importantes para la estructura tridimensional de la proteí-
na.
Enlaces esenciales:
Amida: aminoácidos para dar proteínas. -N-CO-
Tioéster: aporta energía en metabolismos. -C-S-CO-
Fosfoanhidro: aporta energía en metabolismos. O- O-

-P-O-P-
O- O-
Biomoléculas.
Reactividad de las biomoléculas:
Depende de los grupos funcionales:
Hidroxilo, carbonilo, carboxilo, aldehído, amino, imino, tiol, fosfato, pirofosfato, fosforito.
Todas las reacciones de la célula están catalizadas de manera específica, tanto que distinguen
hasta estereoisómeros. Por ello de todas las reacciones posibles sólo ocurren algunas.
Abundancia de las biomoléculas:
El 70% del peso de una célula es agua.. Las moléculas más abundantes son:
macromoléculas 20% (hidratos de carbono, lípidos, proteínas, ácidos nucleicos) y moléculas
pequeñas e iones en menor proporción.
Las moléculas pueden ser muy grandes como el DNA porque porta mucha información, si una
proteína debe unir varios ligandos ha de ser grande. Para sintetizar moléculas grandes hacen
falta muchas reacciones y muchos intermediarios, que ocupan espacio. Por ello las macromo-
léculas están formadas por monómeros.
Macromoléculas.
Hidratos de carbono.
Polisacáridos formados por monosacáridos. Como tienen muchos grupos OH son polares y
solubles. Las pentosas son importantes por constituir los ácidos nucleicos.
Funciones:
- Almacén de energía: glucógeno, almidón.
- Estructural: celulosa en paredes celulares.
Los monosacáridos se unen por medio de enlaces glicosídicos.
Lípidos.
Apolares e hidrofóbicos. El ácido graso es el lípido más sencillo (cadena hidrocarbonada con
carboxilo al final). Los lípidos son ácidos grasos más glicerol, lo que da una grasa (triglicéri-
do), Su función es exclusivamente reserva de energía. Cuando sobra energía se sintetizan
grasa para luego movilizarlas. Si en lugar de reaccionar con 3 ácidos grasos un sustituyente es
un derivado del fosfato se crea un fosfolípido que tiene 2 partes, una apolar (ácido graso) y otra
muy polar (fosfato). Es una molécula anfipática muy importante en la constitución de membra-
nas.
Ácidos nucleicos.
Son polinucleótidos unidos por enlaces fosfodiéster. Cada nucleótido está formado por 3 par-
tes:
Ribosa + base nitrogenada + fosfato
Como hay 5 bases nitrogenadas derivadas de purinas y pirimidinas hay 5 nucleótidos distintos.
Los genes se localizan en el DNA . El DNA y el RNAm cumplen funciones de expresión e in-
formación.
Hay nucleótidos que tienen función propia como el ATP.
El RNA tiene ribosa y el DNA desoxirribosa (porque le falta 1 OH).
Proteínas.
Aminoácidos unidos en polipéptidos unidos por enlaces amida (peptídicos). En el mismo car-
bono (α) tiene el grupo amino y el carboxilo, las diferencias surgen en los huecos, pues puede
tener sustituyentes polares y apolares. Las proteínas están formadas por 20 aminoácidos
esenciales. Son las moléculas más diversas en cuanto a tipo de función y estructura. Funcio-
nes:
- Enzimática: catalizadores de todas las reacciones.
- Transportadora: transporte de O2 por la hemoglobina.
- Estructural: colágeno, queratina.
- Defensa celular: anticuerpos.
- Señalización celular: hormonas.
Tal diversidad se consigue combinando monómeros para formar moléculas muy largas. Núme-
ro de posibilidades: NL donde N es el número de monómeros existentes y L número de
monómeros de la molécula.
Reactividad entre biomoléculas.

En la célula hay muchas moléculas juntas, por lo que hay muchas reacciones posibles.
Degradación:
Hay reacciones que degradan las moléculas convirtiendo los polímeros en monómeros que se
pueden volver a utilizar o hidrolizarlos para obtener energía.
Síntesis:
Se sintetizan monómeros y luego a partir de ellos polímeros, igual para estructuras supramole-
culares.Sintetizar algo implica aumentar el orden, los seres vivos se ordenan y mantienen su
orden. Los procesos desfavorecidos termodinámicamente se hacen a expensas del entorno,

desordenándolo por cesión de calor. Es necesario un aporte contínuo de energía para impulsar
procesos no favorables. La energía se extrae del entorno, se transforma y se usa para trabajos
de la célula (movimiento, síntesis).
Bioenergía.
Criterio de espontaneidad:
Un proceso es espontáneo si ∆S > 0 y ∆G < 0. ∆G = ∆Η − Τ∆ S. Tipos de reacciones:
Exergónica: ∆G < 0, posible.
Endergonica: ∆G > 0, imposible si no se aporta energía.
Sintetizar moléculas no es un proceso favorable por lo que se debe aportar energía. La única
manera de impulsar un proceso no favorables es acoplarle un proceso muy favorable. La trans-
formación de B en C es posible (∆G < 0) y se libera energía. Para transformar A en B se acopla
B en C y el proceso es favorable.
B
G A
C
No se acoplan las reacciones de degradación con las de síntesis sino que existe un acoplador
universal o moneda energética ATP. Al degradar moléculas se sintetiza ATP y al sintetizar se
usa el ATP. ADP + fosfato ATP
La fuente de energía son los nutrientes (alimentos o reservas), degradando moléculas orgáni-
cas muy complejas en moléculas más sencillas. Algunos organismos son fotosintéticos y usan
la energía de la luz para sintetizar moléculas orgánicas a partir de inorgánicas.
La síntesis de ATP es contínua. El metabolismo es el conjunto de reacciones de degradación
(catabolismo) y síntesis (anabolismo).
Flujo de energía en la biosfera:
luz
orgánica compleja
∆G < 0 ADP + fosfato ∆G < 0
catabolismo ATP anabolismo
sencillas sencillas
Para que los reactivos se transformen en productos contenido energético reactivos >
contenido energético productos, aunque la reacción puede ser muy lenta. Para que la veloci-
dad sea apreciable:
- Se ha de sobrepasar la energía de activación, por ello algunas moléculas no se transforman

en otras espontáneamente.
- Para ayudar a una reacción se puede aumentar la energía aumentando la temperatura, pero
no en una célula porque es constante. Para rebajar la energía de activación se usan cataliza-
dores, así que sólo ocurren las reacciones catalizadas por los enzimas. Muchas moléculas se
transformarían en otras espontáneamente en las condiciones celulares pero no es así porque
no sobrepasan la energía de activación. Los enzimas son proteínas muy específicas por lo que
de todas las reacciones sólo ocurren algunas. Cada reacción tiene su enzima.
Principio de máxima economía:
Una reacción sólo se produce cuando se necesita bloqueando la acción de algunos de los en-
zimas que intervienen en el proceso. Otros enzimas no están regulados, pero como están
encadenados una ruta se para al bloquear sólo uno.
Para sintetizar una molécula se ha de saber el orden de los monómeros y de ello se
encargan moléculas informadoras contenidas dentro de la célula: el DNA tiene la información
genética para hacer todas las proteínas y regular su síntesis. Todo el DNA forma el genoma de
la célula. Todas las células de un organismo tienen el mismo DNA en los cromosomas (forma-
dos por DNA y proteínas). Las proteínas acomplejan al DNA para regular su actividad y darle
estructura. En el DNA están localizados los genes, que son una zona del DNA que tiene la
información para la síntesis de una proteína. Unas células expresan unas proteínas y otras
otras por lo que se diferencian. Para sintetizar proteínas a partir de DNA se usa otro ácido nu-
cleico que es el RNA, que es una copia de un gen del DNA para hacer una proteína. La
molécula de DNA puede replicarse, a partir de una salen dos iguales. La célula gasta mucha
energía para que la fidelidad sea absoluta.
La célula.
Unidad estructural y funcional de los seres vivos más pequeña. Hay organismos unicelulares y
esta célula debe hacer todas las funciones que caracterizan al organismo. Hay organismos
pluricelulares con millones de células especializadas que en origen son iguales y luego se es-
pecializan aunque tengan el mismo DNA. La característica básica de la célula es la membrana
que le da individualidad respecto del medio. A ambos lados de la membrana la composición es
distinta y mantener ese estado cuesta energía. Las células pueden tener gran diversidad de
tamaños, desde 0.5 µm hasta centímetros. Las células se clasifican en:
Procariotas:
Bacterias, carecen de compartimentos interiores, ni siquiera para el DNA.
Eucariotas:
Más complicadas y grandes, tienen muchos orgánulos y compartimentos de membrana defini-
da. La composición de cada compartimento es definida.
Morfología de las procariotas:
- Membrana plasmática: rodea a la célula manteniendo la individualidad. Hay muchos trans-

portadores para meter o sacar moléculas. Además tiene la función de producir energía creando
un gradiente de concentración para que cuando se deshaga usar esa energía. Para crear este
gradiente se usa energía procedente de nutrientes o del sol.
- Pared celular: típica de procariotas, da rigidez, protege frente a daños e hinchamiento osmóti-
co. Está constituida por polisacáridos.
- Citoplasma: parte interior de la membrana, donde están el resto de componentes celulares:
proteínas, casi todos los enzimas, ribosomas... El DNA en procariotas tiene una estructura
fibrosa irregular y es de forma circular.
- Ribosomas: partículas formadas por proteínas y ácidos nucleicos que sintetizan proteínas.
- Pili: filamentos cortos empleados en la adhesión.
- Filamentos: movimiento celular y citoesqueleto.
Morfología de las eucariotas:
- Membrana plasmática: permite entrada o salida de componentes mediante multitud de trans-
portadores específicos. Así mismo tiene muchos receptores de señales. No está relacionada
con la producción de energía.
- Núcleo: contiene el DNA. Tiene una membrana con muchos poros para dejar entrar o salir
cosas.
- Nucleolo: más denso, síntesis de subunidades de ribosomas.
Formaciones membranosas.
- Retículo endoplásmico: serie de sacos membranosos.
- Aparato de Golgi.
Ambos son importantes para la síntesis, clasificación y secreción de muchas proteínas .
- Mitocondrias: es donde se fabrica mayor cantidad de energía (ATP) en la célula. La membra-
na interna de las mitocondrias es igual a la membrana plasmática de los procariotas.
Membrana interior presenta múltiples pliegues y se supone que parasitaban células hasta que
se integraron, pues poseen su propio DNA para sintetizar sus proteínas.
- Lisosomas: bolsas de pH muy ácido donde se hidrolizan los compuestos.
Vegetales:
La fotosíntesis se localiza en la membrana en el caso de procariotas y en los cloroplastos en
las eucariotas.
Diferencias con células animales:
- Son fotosintéticas.
- Poseen vacuolas que son grandes sacos membranosos que sirven para almacenar pigmen-
tos, proteínas ...
- Normalmente poseen pared celular.
Ancestor común:
Se supone que había un procariota a partir del cual se originaron todos los demás.
procariota
eucariotas
eubacterias (actuales) hongos
arqueobacterias
El agua.
La vida transcurre en un entorno acuoso, la célula puede tener hasta un 70-90% de agua. El
agua rellena todos los huecos .Un eritrocito estaría formado por:
- 80 moléculas de hemoglobina.
- 1000 moléculas orgánicas más pequeñas.
- 3000 iones
- 500.000 moléculas de agua
El agua determina la estructura tridimensional de las moléculas funcionales como proteínas y
ácidos nucleicos, que son polímeros formados por monómeros unidos por enlaces covalentes.
Los enlaces no covalentes son muy importantes por:
- Dan la estructura tridimensional a las moléculas funcionales, de la cual depende su función.
- Contacto temporal entre moléculas para interaccionar . Como es débil se forman y se rompen
contínuamente.
Interacciones débiles:
1- Iónicas: atracción o repulsión entre moléculas de cargas iguales. La fuerza viene dada por:
q1q2
F=
r 2ε
donde ε es la constante dieléctrica del medio.
La ε del agua es muy alta por lo que F no es muy grande a pesar de que dentro de las débiles
son fuertes. Este tipo de interacción es importante pues cuando las cargas están muy cerca.
Se dan entre moléculas cargadas, entre dipolos y moléculas o entre dos dipolos. (inducidos o
no). No son direccionales.
2-Fuerzas de Van der Waals:
Son más débiles que las anteriores y sólo se dan entre moléculas muy próximas o apiladas. Se
inducen dipolos por proximidad. A pesar de ser débiles son capaces de mantener dos cadenas
juntas por que hay muchas interacciones, como ocurre con las colas hidrocarbonadas en las
membranas.
3- Puentes de hidrógeno:
Es la más fuerte de todas las interacciones. Se establece entre un hidrógeno unido covalente-
mente a un átomo electronegativo (como O o N) de manera que el enlace está polarizado y el
hidrógeno tiene densidad de carga positiva. A este grupo se le denomina dador de puente de
hidrógeno. Este enlace se establece con elementos que tienen pares de electrones por com-
partir como O y N. Se pueden formar entre grupos de la misma molécula o entre moléculas
distintas. Las bases nitrogenadas tienen grupos aceptores y dadores en la misma molécula y
en moléculas distintas. Como hay muchos puentes las moléculas son muy estables. La estruc-
tura helicoidal de las proteínas está sustentada por puentes de hidrógeno.
4- Hidrofóbicas:
aquellas partes de la molécula que no son solubles en agua se esconden del entorno acuoso e
interactúan entre ellas con fuerzas de tipo Van der Waals.
Molécula del agua.

Puede tener dos tipos de interacciones débiles:
- Los hidrógenos están polarizados y puede ser dador y el oxígeno tiene dos pares de electro-
nes desapareados por lo que puede ser aceptor.
- Como es un dipolo puede tener interacciones iónicas.
Puede establecer puentes de hidrógeno entre ella misma o con otras moléculas. Una misma
molécula de agua puede ser dadora de 2 puentes y aceptora de 2 más, cuatro en total. Por ello
cuesta mucho cambiar su estado. En estado sólido cada molécula forma 4 puentes de hidróge-
no dada la disposición tridimensional tetraédrica, muy rígida. En este estado quedan huecos en
la red tridimensional. Para cambiar su estado se ha de aportar más calor del normal porque
hay que romper los puentes. En estado líquido también forma puentes, pero menos, por lo que
el calor de vaporización es también alto. Los huecos quedan rellenados.
Importancia para la vida:
Los huecos en el líquido están ocupados por agua, pero en el hielo no, por lo que es menos
denso y flota. Gracias a esto en zonas muy frías se forma una capa de hielo en la superficie y
bajo hay agua líquida y puede haber vida. Además el hielo aisla.
Que el calor de vaporización sea muy alto tiene dos ventajas:
1- A temperatura normal el agua es líquida lo que da a las moléculas un entorno fluido para
que se muevan.
2- Como al evaporarse absorve calor en la sudoración se consigue rebajar la temperatura cor-
poral.
Cuesta cambiar la temperatura del agua porque cuesta agitar las moléculas. Esto es importan-
te porque los seres vivos son muy dependientes de la temperatura y así se mitigan las
variaciones.
Para que puedan moverse en un entorno acuoso las moléculas deberán ser solubles, sino
precipitan y se tapan unas a otras disminuyendo la variación. Las que forman puentes de
hidrógeno o interacciones iónicas son solubles en agua (hidrofílicas) y esto es importante por-
que la célula está llena de agua. Ser hidrófobo en medio acuoso es desfavorable y tienden a
aislarse del agua aumentando la entropía . Si una molécula tiene una parte hidrofílica y otra
hidrofóbica se plegará sobre sí misma . Las hidrofóbicas más importantes están en la membra-
na. Los fosfolípidos que tienen una cabeza polar y una cola apolar se dispone de tres maneras
distintas:
- Monocapa: la parte polar se mantendrá cerca del agua y la apolar fuera.
- Micelas: al agitarlas se dispongan con las colas hacia dentro y la cabeza fuera.
- Bicapa: se disponen de manera que las colas están en contacto y sólo las cabezas to-
can el agua, es la misma estructura que una membrana.
TEMA 2. PROTEÍNAS
Funciones.
En general todas las de la célula:
- Catalizadores: aceleran las reacciones varios órdenes de magnitud.
- Estructural: gracias a su estructura fibrosa.
- Movimiento de las células: como es el caso de los músculos.
- Transmisión del impulso nervioso: el receptor es una proteína.
- Transporte: uniéndose a sustancias más pequeñas como la hemoglobina y el oxígeno.
- Almacén: en la hemoglobina el O es estable unido al Fe.
- Defensa: los anticuerpos son proteínas.
- Reguladores: regula expresión del DNA, tiene un papel importante en el crecimiento y dife-
renciación de las células.
Estructura.
Son polímeros de aminoácidos unidos por enlaces peptídicos. Algunas tienen entre 50 y
2500 aminoácidos. Como hay 20 aminoácido hay muchas variaciones: 20n donde n es el nú-
mero de monómeros. Desde el punto de vista estructural lo más importante es que tiene
estructura tridimensional. De todas las maneras posibles sólo se ordena de la forma que sea
más estable termodinámicamente. Para que funcionen tienen que tener estructura tridimensio-
nal, estar en conformación nativa. La desnaturalización es la pérdida de estructura
tridimensional, la cadena de aminoácidos está igual pero no funciona, está hidrolizada.
AMINOÁCIDOS.
α-aminoácidos:
Son los monómeros constituyentes. En el carbono α tienen un grupo amino y un grupo carboxi-
lo. El carbono es α porque está al lado del carbono más oxidado. Los otros 2 sustituyentes son
un hidrógeno y una cadena lateral R. Como hay 20 R distintos hay 20 aminoácido diferentes.
Según R el aminoácido tendrá unas propiedades u otras. A pH celular (7) el grupo carboxilo
está disociado (implica carga negativa) y el amino protonado. Aunque R no interaccione con
agua los otros grupos sí.
Cadenas laterales:
Apolares: no tienen tendencia a interaccionar con el agua iónicamente o por puentes de hidró-
geno.
1- Cadena alifática: alanina, valina, leucina, isoleucina.
2- Anillo aromático: fenilalanina, triptófano.
3- Azufre en R: metionina
4- Prolina: la cadena lateral se une al grupo amino del aminoácido formando una anillo.
Polares: una cadena polar tiene grupos que interaccionan con el agua. A pH fisiológico pueden
estar cargados o no.
No cargados:
- Glicina.
- Hidroxilo: serina, treonina, tirosina.
- Sulfhidrilo: cisteína, es importante porque sufre interacciones que no padece ningún otro,
porque se puede establecer un puente disulfuro entre las cadenas laterales.
- Amida: glutamina y asparagina. Son derivados de dos aminoácido ácidos (glutámico y aspár-
tico).
Cargados negativamente:
Tienen una carga negativa en la cadena lateral. como tienen u grupo carboxilo son aminoácido
ácidos.
- aminoácido ácidos: aspártico (β-carboxilo) y glutámico (γ-carboxilo).
Los amidas son amidas de éstos ácidos.
Cargados positivamente:
- Amino: lisina (ε-amino).
- Imidazol: histidina
- Guanidíneo: arginina (es el más fuerte como base, para disociarlo debe estar a pH 12 por lo
que difícilmente pierde la carga positiva).
Estos aminoácido son codificables porque en el DNA existe información distinta para
cada uno (están codificados en los codones). Otros aminoácido entran a formar parte de la
proteína pero no son codificables y son modificaciones de los 20 aminoácido. Son derivados
hidroxilados, en concreto hay 2 importantes: hidroxilisina e hidroxiprolina. Para que una proteí-
na tenga hidroxilaciones el DNA pone el aminoácido y cuando ya forma parte de la cadena
una enzima lo modifica (modificación post-traduccional). Además existen aminoácido no protei-
cos que no forman parte de las proteínas, cumplen funciones antibióticas, pared celular,
transmisión del impulso nervioso... A veces ni siquiera son α-aminoácidos. La tiroxina es una
hormona que es un derivado de la tirosina.
Propiedades de los aminoácidos.

Todos menos la glicina tienen 4 sustituyentes distintos en el carbono α por lo que tienen
un centro quiral y pueden existir en formas estereoisómeras (imágenes especulares) , tienen
actividad óptica y pueden ser levorrotatorios o dextrorrotatorios. Si hay otro carbono quiral
habrán más estereoisómeros. Menos treonina e isoleucina los demás tienen sólo un carbono
α. Para pasar de un configuración a otra se han de romper enlaces. Para distinguir la configu-
ración alrededor del carbono α se les llama L y D. Colocando el grupo carboxilo en el centro si
NH3 se queda a la derecha es D-aminoácido. Todos los aminoácido de las proteínas son L.
Todas las moléculas que tienen formas estereoisómeras en la Naturaleza se presentan sólo en
una forma. Si sintetizamos una mezcla de aminoácido habrán L y D al 50%. Pero como las
moléculas han de encajar para reaccionar se ha escogido sólo la forma L. Sí existen D-

aminoácido pero no forman parte de las proteínas.
Propiedades ácido base:
A pH fisiológico el grupo carboxilo está disociado y el amino tiene carga positiva. Puede actuar
como ácido cediendo el grupo amino un protón y como base aceptándolo el grupo carboxilo. El
estado de disociación depende del pH al que se encuentre la disolución y lo fuerte que sea el
ácido, habiendo muy fuertes y muy débiles. Independientemente de la cadena lateral tienen 2
grupos disociables, el α-amino y el α-carboxilo. Para tener el aminoácido totalmente protonado
el pH debe ser muy ácido. La tendencia a disociarse viene dada por el pK (pK más pequeño,
ácido más fuerte). Como el carboxilo tiene pK más bajo que el amino se disocia antes. Al au-
mentar el pH se disocia primero α-carboxilo y luego el amino.
Curva de valoración:
Un aminoácido con dos grupos disociables presenta una curva de valoración con dos saltos.
Hay una zona en la que el pH está amortiguado en torno al valor de pK, donde las concentra-
ciones de ambas especies son comparables. Ecuación de Henderson-Hasselback:
pH = pK + log
[A ] −
[ HA]
El primer punto de equivalencia es el punto isoeléctrico donde el aminoácido tiene carga eléc-
trica neutra, A tiene +1 y C -1. Cuando pH < pK predomina la forma no disociada.
pH C
A B C equivalentes de OH
Los aminoácido que tienen otro grupo disociable en la cadena lateral son los cargados. El as-
pártico y el glutámico tienen otro carboxilo:
H3N+ - asp - COOH pKΑCOOH H3N+ COO- pKRCOOH
COOOH COOH
carga +1 carga neutra
H3N+ COO- H2N COO-
COO- COO-
carga -1 carga -2
Cálculo del punto isoeléctrico:

S emisuma de los pK de los equilibrios que tiene a los dos lados la forma isoeléctrica, en
este caso:
pKαCOOH + pKRCOOH
PI =
2
pKs más usuales:

α-COOH: <3
α-N H3:
+
4
Cadena lateral:
ε- N+H3: 10
COOH: 4
+
N H3: 10
Imidazol: 6
Guanidíneo: 12
Tirosina: 10
Cisteína: 8.5
La histidina es el único aminoácido que es tampón a pH fisiológico porque se disocia.
Estado de disociación de un tripéptido:

Lys-Asp-His
H3N+ - CH - CO - NH - CH - CO - NH - CH - COOH
4 1
NH3 COOH IMIDAZOL

5 2 3
pH
(3+) (2-) α-COOH (3+) (1-) β-COOH (3+) (2-) Imidazol (2-) (2-)
α-NH3 (1+) (2-) ε-NH3 (2-)
Forma isoeléctrica
Imidazol + α − NH 3
PI =
2
La solubilidad de una proteína es mínima en el punto isoeléctrico porque como las molé-
culas ya no se repelen se asocian formando agregados.
Enlace peptídico.
Es de naturaleza covalente, por lo tanto muy estable. Se forma por condensación entre
un α-COOH y el α-N+H3 siguiente:
H3+N - CH - COO- + H3+N - CH - COO- ... - CO - HN - .......
Es un enlace tipo amida en el que se pierde una molécula de agua. Al unir un tercer ami-
noácido se une igual, por lo que todos los α-COOH y α-NH3 están implicados en el enlace y
dejan de ser operativos todos menos los dos de los extremos. Al α-NH3 del final de le denomi-
na N-terminal y al α-COOH C-terminal. Los péptidos se ordenan representando primero al
aminoácido que tenga el N-terminal libre. Si hay hasta 10 aminoácido se llama oligopéptido.
Los polímeros son lineales, como no tienen más grupos para formar enlaces no se ramifican. A
cada aminoácido se le llama residuo.
Nomenclatura de péptidos: Todos menos el último acaban en -il y el último permanece igual.
Características del enlace peptídico:
- El esqueleto covalente es siempre el mismo y sólo varían las cadenas laterales. También es
importante la secuencia, el orden que llevan.
- Es más corto que un enlace sencillo pero más largo que uno doble, carácter parcial de doble
enlace. Se suponen dos formas resonantes de enlace simple y doble:
O :O: :O:
Cα - C - NH - Cα - C - N¨H - - C = NH -
60% 40%
peptídico
- Como es doble no puede girar en torno suyo. Sólo gira el enlace simple del Cα , lo que da
lugar a isómeros cis - trans de los cuales la forma más estable es la trans. La forma trans tiene
un impedimento estérico. En la forma trans los Cα están lo más alejados posible. Como el O es
más electronegativo que el N el enlace está polarizado. El grupo NH del peptídico no se diiso-
cia a ningún pH. 2 grupos pueden formar parte de un puente de hidrógeno, el carbonilo (C=O)
sería aceptor y el NH dador. El C del carbonilo tiene 3 sustituyentes dirigidos hacia los vértices
de un triángulo en el mismo plano. De este modo, la cadena polipeptídica está formada por una
serie de planos que giran alrededor de los Cα. Plano rígido:
O Cα
C N
Cα H
NIVELES DE ORGANIZACIÓN.
ESTRUCTUA PRIMARIA.
La secuencia de aminoácidos en una cadena polipeptídica determina su estructura pri-

maria. Esta secuenci se especifica por la información genética. La primera proteína cuya
secuencia se descubrió fue la insulina.
ESTRUCTURA SECUNDARIA.
Organización de la cadena polipeptídica en el espacio mantenida por puentes de hidró-
geno entre los elementos del enlace peptídico (C=O y NH). Permite que la cadena adquiera
dos tipos de estructura comúnmente: helicoidal (se enrolla como un cilindro alrededor de un
eje) y laminar (plegada en forma de lámina). Se pueden encontrar en todos los tipos de proteí-
nas. Las estructuras más estables y frecuentes son hélice α y hoja β (propuestas por Pauling y
Corey).
Hélice α: hay 3.6 aminoácidos por cada vuelta, y cada vuelta tiene 5.4 angstroms. To-
das las cadenas laterales de los aminoácidos se quedan hacia fuera. Es muy frecuente porque
es muy estable y es siempre dextrógira. esta estructura está estabilizada por muchos puentes
de hidrógeno (el mayor número posible), todos los grupos carbonilo forman puente de hidróge-
no con el tercer aminoácido tras él. Los enlaces de hidrógeno son paralelos al eje de la hélice
por lo que la molécula no puede ser estirada. Hay proteínas que son α-hélice al 100% pero
otras pueden presentar menor porcentaje o no presentar nada.
Aminoácidos incompatibles:
Hay aminoácidos incompatibles con esta estructura debido a las propiedades de su cadena
lateral.
- El aspártico tiene la cadena lateral cargada por lo que si hay muchos juntos se repelen deses-
tabilizando la molécula. Sólo son estables si no están disociados.
- Hay aminoácidos que son muy voluminosos en su carbono β porque están sustituidos y el
residuo no puede extenderse. Son la treonina y la isoleucina.
- Hay otro aminoácido que rompe la α-hélice que es la prolina. Como el enlace no puede girar
la cadena da la vuelta. Ya que tiene el grupo α-amino sustituido no puede formas puentes de
hidrógeno. Se puede tener α-hélice antes y después de la prolina.
Una proteína puede tener α-hélice a lo largo de un trozo porque los aminoácidos son compati-
bles. La cadena se puede estirar rompiendo puentes de hidrógeno y el límite está en la cadena
polipeptídica.
Hoja β u hoja plegada:

Estructura secundaria mantenida por puentes de hidrógeno entre elementos de la cadena pep-
tídica. Aspecto laminar.
Diferencias con α-hélice:
- La cadena polipeptídica está lo más extendida posible.
- Distancia entre aminoácidos 3.5 angstroms.
- Estructura mantenida por puentes de hidrógeno, pero en lugar de formar puentes entre ele-
mentos de la misma cadena es con elementos de cadenas distintas (o de la misma que da la
vuelta). Los puentes de hidrógeno se establecen perpendiculares al eje de la lámina. Todos los
carbonilo forman puentes de hidrógeno con los amino, por lo que es igual de estable que la α-
hélice. Cuando hay 2 trozos existen 2 posibilidades:
- Si los 2 segmentos tienen direcciones distintas la hoja plegada es antiparalela. como los
puentes de hidrógeno son enlaces direccionales es más estable.
- Si los 2 segmentos tienen direcciones iguales la hoja plegada es paralela.
Las cadenas laterales van por encima y por debajo alternativamente porque la configuración
del enlace es trans. R
Cα
R R R
Cα
R
- Las cadenas laterales están más próximas que en la α-hélice, por lo que sólo es compatible
con aminoácidos de cadena lateral muy corta: glicina, alanina y serina (son los más pequeños).
Los otros aminoácidos sufren repulsiones de tipo estérico. En realidad como la cadena está un
poco retorcida cadenas más grandes caben.
Giro β:
Como la proteína se pliega sobre sí misma ha de cambiar de dirección y ser estable. De todos
los giros éste es el más estable y frecuente. Es un elemento de estructura secundaria porque
está estabilizado por puentes de hidrógeno entre el carbonilo y el amino del enlace peptídico.
Está formado por 4 aminoácidos y estabilizado por un puente de hidrógeno formado entre el
carbonilo del primer aminoácido y el amino del cuarto. Como hay poco espacio uno de los ami-
noácidos será pequeño, el tercero suele ser glicina y otro prolina, que tiene problemas de tipo
estérico pero es el que se necesita para cambiar la dirección.
ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA.
Asociaciones entre estructuras secundarias. Una hélice puede enrollarse con otra y for-
mar una superhélice. También hay combinaciones de hélices y hojas plegadas. Como son muy
frecuentes deben ser muy estables..
ESTRUCTURA TERCIARIA.
Mantenida por interacciones de las cadenas laterales. Las cadenas polipeptídicas no se
ordenan sólo en estructura de α-hélice porque se quedarían todas las cadenas laterales fuera y
muchas son hidrófobas, lo que generaría inestabilidad, por lo que la proteína se pliega sobre sí
misma dando lugar a una proteína compacta globular. Este plegamiento es complicado y sin
simetría. La norma que rige el plegamiento es que se pliega para esconder los residuos hidró-
fobos del agua. En una proteína globular la mayoría de los aminoácidos hidrófobos están
mirando hacia dentro para quedar excluidos, dejando fuera los residuos polares, por lo que la
proteína es soluble. Si quedan residuos hidrófobos hacia fuera la proteína será menos soluble.
La excepción son los residuos polares que la proteína guarda dentro para funciones específi-
cas. Si la proteína debe meter muchos residuos hidrófobos protegidos, un trozo de esqueleto
polipeptídico se queda mirando hacia dentro, con lo que sus grupos carbonilo y amino están en
el interior, pero es más favorable que estén fuera. Esto se soluciona emparejando estos grupos
que es lo que se consigue con la α-hélice y la β-hoja. Una proteína se pliega formando el ma-
yor número de puentes de hidrógeno internos dentro de la cadena polipeptídica formados
preferentemente entre elementos del enlace peptídico, por lo que la cadena será estable dentro
de la proteína. Los grupos que puedan interaccionar con el agua se quedan hacia fuera, por lo
que habrán muchas interacciones débiles con el agua participando las cadenas polares. Los
elementos del enlace peptídico no interaccionan con el agua sino entre ellos.
Manutención de la estructura terciaria:
- Puentes de hidrógeno e interacciones iónicas entre las cadenas laterales.
- Fuerzas de Van der Waals: sólo cuando los residuos están muy cercanos, ya que esta inter-
acción se da entre las partes hidrófobas escondidas dentro de la proteína.
- Puentes disulfuro: únicamente entre las cadenas laterales de cisteínas. De todas las interac-
ciones son las únicas covalentes.
Las cadenas laterales que interaccionan pueden estar muy alejadas entre sí en la cadena poli-
peptídica, cosa que no ocurre en la secundaria. Hay trozos de la proteína sin estructura porque
aunque los aminoácidos sean compatibles no puede dar la vuelta y es necesario para la estruc-
tura final.
Proteínas en entorno hidrófobo:
Son las proteínas de la membrana que tienen aminoácidos con cadenas laterales hidrófobas,
Presentan estructura en α-hélice para que todas las cadenas laterales estén hacia fuera.
Dominios estructurales:
Es un nivel de organización anterior a la estructura terciaria. Al observar una proteína globular
plegada se ven distintas regiones bien definidas. Para que haya más de uno la proteína debe
ser grande. Los dominios pueden ser iguales entre sí o distintos, se distinguen porque se ve
una norma de plegamiento definida. Una proteína con dos dominios tiene dos regiones conec-
tadas por un trozo de cadena polipeptídica (ambas regiones pertenecen a la misma cadena).
Un dominio es como una etapa del plegamiento, el primer dominio adquiere su estructura antes
de que el segundo esté sintetizado.
Las proteínas pueden tener varias cadenas polipeptídicas, reciben el nombre de oligoméricas y
cada cadena es una subunidad.
ESTRUCTURA CUATERNARIA.
Estudio de cómo se asocian las subunidades para dar la proteína funcional en la que
todas las subunidades son importantes. Cada subunidad tiene su estructura terciaria. Las ca-
denas pueden ser iguales o distintas y a veces unas son funcionales y las otras reguladoras
(para regular la actividad de la proteína). Las que mejor pueden regular su actividad son las
oligoméricas.
Los grupos que participan en la estructura cuaternaria son los que han quedado hacia
fuera. A veces no se esconden todos los grupos hidrofóbicos y así puede asociarse a otra sub-
unidad. Las cadenas no se unen con muchos enlaces disulfuro para no ser demasiado rígidas.
La ventaja de las oligoméricas frente a las monoméricas es que frente a errores de transcrip-
ción aunque una subunidad no funcione no se pierde la funcionalidad de la proteína entera,
disminuyendo el impacto de los errores.
EJEMPLOS DE PROTEÍNAS SEGÚN SU ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL.

PROTEÍNAS FIBROSAS.
Aspecto de fibra, formadas por cadenas polipeptídicas paralelas en torno a un eje. Si los
residuos son hidrófobos serán insolubles en agua. Su función es estructural, y si fueran solu-
bles se desharían con el tiempo.
Queratina:
Forma parte de la piel y derivados (lana, uñas, pelo...). Según composición y propiedades hay
2 grupos:
1.- α-queratina: Tienen mucha cisteína que forma puentes disulfuro. Cuanta más cisteína hay
más dura es la proteína gracias a los enlaces covalentes. La α-queratina tiene un contenido
muy alto en cisteína. Si no tiene muchos puentes disulfuro se puede estirar porque su estructu-
ra es una α-hélice con los residuos hidrófobos hacia fuera y los aminoácidos incompatibles con
la α-hélice no son frecuentes. Las α-hélices se asocian enrollándose una sobre otra en una
estructura supersecundaria, sin plegarse sobre sí mismas. Cada microfibra está formada por
11 microfibrillas, 2 en el centro y 9 rodeándolas. Cada microfibrilla está formada por dos grupos
de 2 α-hélices enrolladas hacia la derecha que se asocian enrollándose hacia la izquierda.
Estas estructuras son estabilizadas por puentes de hidrógeno y las fibras se mantienen juntas
por puentes disulfuro.
2 -Fibroína: Algunas queratinas no tienen cisteína, pero tienen muchos aminoácidos de cade-
nas pequeñas como glicina, alanina y serina. Una estructura frecuente es que uno de cada dos
sea una glicina:
Gly - Ala - Gly - Ser - Gly - Ala ...
La Fibroína adopta disposición de hoja plegada asociándose en láminas de hojas. No son ex-
tensibles. Las cadenas de aminoácidos son antiparalelas por lo que los puentes de hidrógeno
son perpendiculares al eje de avance de la cadena y son más fuertes. Estructura secundaria,
las cadenas laterales de los aminoácidos se quedan por arriba y por debajo de la hoja. Como
uno de cada dos aminoácidos es glicina (su cadena lateral es un hidrógeno) al apilarse las
hojas quedan huecos desiguales entre ellas. Las láminas se unen por interacciones de Van der
Waals.
Colágeno:
Su cadena polipeptídica no se dispone ni en α-hélice ni en hoja plegada. Es muy importante
cuantitativamente como es el caso de los mamíferos donde llega a ser el 30% de todas las
proteínas. Está presente en todos los organismos pluricelulares. Tiene función estructural for-
mando parte de huesos, tendones, cartílagos... Está formada por fibras paralelas y al
microscopio electrónico se ven estrías transversales separadas unos 70 nm.
Composición en aminoácidos: es muy particular, pues 1/3 de los aminoácidos son glicina y hay
mucha alanina, además de otros raros en gran proporción como prolina y aminoácidos modifi-
cados (no codificables) como hidroxiprolina (Hyp) e hidroxilisina (Hyl). El 50% de las prolinas
presentan hidroxilación en el C3 ó C4 y las lisinas en el C5. El OH sirve para establecer puentes
de hidrógeno que estabilicen la estructura. También tiene azúcares unidos a la hidroxilisina
(monosacáridos y disacáridos). Secuencialmente la glicina es uno de cada tres aminoácidos, lo
que es imprescindible para la estructura del colágeno. Como también es rico en hidroxiprolina e
hidroxilisina una secuencia típica es:
Gly - Pro - Hyp - Gly - X - Pro - Gly - Hyp - O - ....
Estructura tridimensional: La unidad estructural es una fibra de triple hélice enrollada hacia la
derecha llamada tropocolágeno. Es una proteína de las más largas y estrechas mide unos
3000 angstroms de largo y 15 de ancho. La triple hélice es un elemento de estructura secunda-
ria mantenida por puentes de hidrógeno transversales al eje del tropocolágeno. Es muy estable
y resistente. Tiene muchas prolinas e hidroxiprolinas que son aminoácidos de cadenas latera-
les lgrandes que rompen la α-hélice. Cada cadena tiene tres residuos por vuelta, estable por
repulsiones de tipo estérico y las prolinas están lo más alejadas unas de otras. Cuando se aso-
cian tres cadenas uno de los aminoácidos se tiene que quedar dentro, por eso hay tanta
glicina. Se establecen puentes de hidrógeno entre grupos del enlace peptídico. La prolina no
tiene dador porque la cadena vuelve a unirse al aminoácido. La cadena polipeptídica tiene ca-
beza y cola diferenciadas porque la secuencia de aminoácidos no permite adquirir estructura,
como consecuencia el principio y el final de la triple hélice está un poco desordenado. Cuando
se unen las caenas se desplazan un poco unas sobre otras y al solaparse cabezas y colas se
ven las estrías. Hay dos características que explican su gran estabilidad:
- Hay muchos aminoácidos hidroxilados que pueden aportar un OH extra para formar puentes
de hidrógeno, sin los aminoácidos hidroxilados el colágeno es más frágil. La hidroxilación de la
prolina se produce cuando ésta ya forma parte de la cadena gracias a la enzima hidroxilasa. Si
ésta falla el colágeno será más frágil. El escorbuto es una carencia de vitamina C que forma
parte de la composición de la hidroxilasa, al escasear produce fragilidad y consiguiente rotura
de capilares. Hay enlaces covalentes cruzados entre la misma triple hélice o entre distintas que
se establecen entre un residuos de lisina estando una de ellas oxidada por una oxidasa. El
número de enlaces covalentes cruzados aumenta con la edad haciendo los huesos más que-
bradizos.
PROTEÍNAS GLOBULARES.
Al medir volumen de la proteína y compararlo con el tamaño de su cadena polipeptídica
se observa que están muy plegadas. Son solubles porque tienen los residuos hidrofóbicos
escondidos del entorno acuoso y los polares fuera. Si pierden la estructura terciaria se desna-
turalizan y ya no son funcionales ni solubles.
Mioglobina: su estructura fue propuesta por Kendrew. Tiene una propiedad especial que
es la capacidad de unir O2 y almacenarlo de manera reversible. Como no hay ningún aminoá-
cido capaz de unir O2 a su cadena lateral necesita un grupo prostético. Este grupo es de
naturaleza no proteica y forma parte de la proteína para hacerla funcional. El de la mioglobina
es un grupo hemo. La mioglobina tiene una alto contenido en α-hélice, hasta 8 tramos. Al ple-
garse lo hace manera que forma un bolsilo para el grupo hemo cerca de la superficie para que
atrape el O2. Tiene sólo 2 residuos polares (histidina) que en lugar de estar fuera están dentro
para unir el grupo hemo.Todos los enlaces peptídicos están en posición trans y es tan compac-
ta que dentro sólo caben 4 moléculas de agua. También tiene prolina para darle la vuelta a la
α-hélice. Como existe una relación directa entre la estructura de la proteína y su función las
mioglobinas de organismos diferentes son muy parecidas, pero hay aminoácidos que cambian
y otros no. No cambian los que son esenciales para la estructura tridimensional, pero hay otros
que pueden ser sustituidos por otros de parecidas propiedades. Las dos histidinas son comu-
nes a todas.
Proteínas globulares oligoméricas: la hemoglobina tiene 4 subunidades parecidas a la
mioglobina (presenta estructura cuaternaria). Cada subunidad tiene estructura terciaria y se
pliegan igual que la mioglobina y tienen un grupo hemo cada una. Para que sea funcional las 4
subunidades han de estar juntas porque si no se quedan con los residuos apolares hacia fuera.
Plegamiento de proteínas.
El proceso de plegamiento es secuencial (la estructura se adquiere poco a poco) y co-
operativo. Es cooperativo porque cuando se forma un elemento estructural se favorece la
formación del siguiente. El esqueleto covalente tiene muchas posibilidades de ordenamiemto
espacial pero no se pliegan probando estructuras estables sino que cuando prueba a plegarse
y encuentra un intermediario apropiado (un trozo bien hecho) se guarda y se va estabilizando
por interacciones débiles. La principal directiz de una cadena es esconder los residuos hidrofó-
bicos. Luego debe adoptar la posición en que mayor número de puentes de hidrógeno pueda
formar entre elementos del enlace peptídico. Las cadenas laterales hidrofílicas se dejan fuera
para que formen puentes de hidrógeno con el agua. El plegamiento está condicionado por la
secuencia de aminoácidos, la estructura se adquiere siempre esponténeamente por lo que es
un proceso termodinámicamente favorecido (∆G<0). Como ∆G=∆H-T∆S, el factor entrópico se
opone al ordenamiento pero gracias a todas las interacciones que se forman el factor entálpico
lo compensa. La estructura final será la que más interacciones tenga aparte del enlace peptídi-
co.
Desnaturalización de proteínas.
Al modificar el entorno de la proteína podemos hacer que pierda su estructura tridimen-
sional, desanturalizándola, es decir, desplegando la cadena polipeptídica sin romper los
enlaces peptídicos. Ahora la proteína será insoluble y no funcional. Para desnaturalizar una
proteína se puede modifcar el medio de varias maneras:
- Cambiando el pH cambia el estado de disociación de los grupos y las interacciones no se
producirán.
- Aumentando la temperatura aumenta la aitación térmica que rompe los enlaces débiles.
- Añadiendo sustancias que formen muchos puentes de hidrógeno y compitan con el agua:
Urea: el NH2 es dador y el C=O aceptor
H2N
C=O
H2N
Cloruro de guanidíneo:
H2N - C - NH2
Cl- NH2+
- Añadiendo un detergente: la cola hidrofílica se mete dentro de la proteína y las caenas latera-
les interaccionan con ella. El SDS, dodecilsulfato sódico, tiene una larga cadena
hidrocarbonada y un grupo sulfato cargado.
En el puente disulfuro los S esán oxidados. Dos cisteínas se unen para formar una cisti-
na:
Cys - S -- S - Cys
Estructura terciaria entre cadenas laterales. La proteína no se pliega buscando enlaces disulfu-
ros sino puentes de hidrógeno. Si al plegarse la proteína parta escondes los residuos
hidrofóbicos dos cisteínas caen juntas se formará enlace disulfuro. Los puentes disulfuro que
tenga una proteína no se deshacen con los métodos anteriores. Para romperlo:
- Reducir el disulfuro con un reductor. Es reversible. El agente reductor puede ser:
- β−Mercatoetanol: HS - CH2 - CH2 - OH + cisteína S - CH2 - CH2 - OH
S - CH2 - CH2 - OH
El mercatoetanol se oxida y los SH de la proteína se reducen. Al añadir oxígeno se vuelven a
formar.
- Ácido perfórmico: el anlace se oxida completamente pasando a SO3- y la cisteína se con-
vierte en ácido cisteico. No es reversible.
- äcido tricloroacético.
Hay que señalar que para romper los puentes disulfuro hay que añadir antes urea porque pue-
den estar tan dentro de la molécula que el reactivo no llegue. Para eliminar la urea y el
mercatoetanol se usa la diálisis. Ésta consiste en la separación de moléculas en base a su
tamaño mediante una membrana semipermeable. Se pone la disolución a separar en una bolsa
de diálisis y se la rodea de un media sin reactivo, se establece el equilibrio trasvasando las
moléculas pequeñas. Se va renovando el medio hasta la total exxtracción.
Experiencia de Anfinsen: Al principio se pensaba que la desnaturalización era irreversi-
ble, Anfinsen experimentó con una proteína globular pequeña llamda ribonucleasa (RNasa).
Esta proteína tiene unos 120 aminoácidos con 8 cisteínas que pueden formar 4 enlaces disulfu-
ro.Anfinsen añadió urea 8 M y mercatoetanol a la ribonucleasa y la desplegó completamente
anulando sus funciones biológicas. Al eliminar la urea y el mercatoetanol se volvieron a formar
los puentes de hidrógeno y los disulfuros, la estructura se rehizo y recuperó el 100% de su
actividad biológica. Las conclusiones fueron:
- El plegamiento es espontáneo, por lo tanto es termodinámicamente favorable.
- La información sobre el plegamiento reside sólo en la cadena de aminoácidos.
Hay que tener en cuenta que en un experimento in vitro la concentración de proteínas es pe-
queña, pero en la célula es muy concentrada y el plegamiento es más eficaz porque hay otras
proteínas que ayudan.
Al eliminar sólo urea se recupera el 1% de actividad biológica.
TEMA 3. DINÁMICA DE PROTEÍNAS.
Función dinámica.
Las proteínas globulares tienen en común el unirse a otra molécula más pequeña llama-
da ligando para ser funcionales. Hay un sitio de unión perfectamente definido donde se une el
ligando de manera específica y selectiva. Es una parte pequeña de la proteína pero esencial.
Este sitio tendrá grupos funcionales que establezcan uniones de tipo débil con el ligando y
deberá ser accesible desde fuera. Normalmente el sitio de unión y el ligando son complementa-
rios, sólo cabe ése y no otro. Se forma un complejo proteína - ligando que es reversible
excepto en el caso de antígenos y anticuerpos . Si la proteína es un enzima catalizará la reac-
ción en que el ligando es el sustrato, la proteína se une al ligando que se transforma en
producto y luego se disocia y el enzima queda libre. La función se ejerce sobre el ligando.
Consideraciones generales sobre la interacción proteína - ligando.

Función de saturación.
1 sitio de unión por proteína.
P+L PL K=
[ P] ⋅ [ L ]
[ PL]
K es en el sentido de disociación del ligando. La actividad biológica depende de cuanto ligando
hay unido, por lo tanto de la concentración de ligando.
La función de saturación ν son los moles de ligando unidos partido por los moles de proteína
totales:
ν=
[ PL] = [ L]
[ P] + [ PL] K + [ L]
El valor máximo de la función de saturación es 1, como depende de la concentración de ligan-
do, cuanto más haya mayor será ν . Es la ecuación de una hipérbola con una asíntota en 1:
ν
1
/2 Cuando ν = 1/2 [ L] = K
K
[ L]
Transformando en una recta:
1/ν
K La pendiente es K y para calcularla no hay que llegar al 100%
1
/2 [ L]
Más de un sitio de unión por proteína.
Se ocupan con el mismo ligando. Si tiene 2 sitios de unión se ocupa primero uno y luego
el otro. Si todos los sitios son iguales (K iguales) hay dos posibilidades:
Sitios independientes:
Es el caso más sencillo. Si hay varios sitios iguales es porque la proteína tiene varias cadenas
iguales con un sitio cada una. Como son iguales K1 = K2 y no se puede saber cual se ocupa
primero, son independientes porque no hay conexión entre ellos. La ocupación de un sitio tiene
la misma constante aunque ya haya otro ocupado.
Si la proteína tiene dos sitios de unión:
ν=
[ PL] + [ LP] + 2[ PL2 ] ν=
∑ [ L] La asíntota estará en 2.
[ P] + [ LP] + [ PL] + [ PL2 ] K '+[ L]
Para compara proteína se usa la fracción de saturación: Y = ν/n
Ahora la variación es entre 0 y 1. Sigue siendo una hipérbola.
El porcentaje de saturación es Y x 100. Fracción y porcentaje de saturación van unidos a la
funcionalidad de la proteína.
Sitios que interaccionan:
Se produce un efecto llamado cooperatividad en el que cuando se ocupa un sitio activo la
unión de un segundo ligando en un sitio igual se ve afectada, siendo favorecida (cooperatividad
positiva) o perjudicada (cooperatividad negativa). Para que haya cooperatividad se deben dar
una serie de requisitos:
- Deben haber varios sitios iguales, por lo tanto varias cadenas iguales, la proteína será oligo-
mérica. Todas las oligoméricas presentan cooperatividad, la mayor parte de las veces positiva.
Ahora ν no es una hipérbola sino una curva sigmoidea:
n[ L]
c
ν=
K + [ L]
c
En el caso de la unión del O2 por la hemoglobina hay cuatro sitios. Las proteínas tienen poca
afinidad por el ligando al principio pero como presenta cooperatividad positiva cada vez se
unen más rápido y se obtiene un salto en la curva.
Explicación de la curva sigmoidea por Hill:
Si la cooperatividad fuera infinita en cuanto se uniera un ligando inmediatamente se unen los
demás, la proteína tendría una afinidad muy alta por el ligando.
n[ L]
c
ν=
K + [ L]
c
c es el coeficiente de Hill que cuantifica la cooperatividad. Si c=1 no hay cooperatividad. La

cooperatividad será positiva si c varía entre 1 y n y negativa si varía entre 0 y 1. Las proteínas
[ ]
cooperativas al representar ν frente a L sale una curva sigmoidea con asíntota en n, al re-
[ ]
presentar Y frente a L la asíntota estará en 1, y si son porcentajes la asíntota es 100.
Las proteínas cooperativas son más sensibles a los cambios en la concentración de ligando
porque para conseguir una variación en la saturación hay que variar menos la concentración
de sustrato porque la entrada de uno favorece las de los demás. Esto es importante para la
célula porque ahorra espacio.
Efecto homotrópico: efecto de la entrada de un ligando sobre la entrada de otro igual. La
mayor parte de las proteínas cuya función hay que controlar son cooperativas en la unión del
ligando son casi siempre oligoméricas..
Efecto heterotrópico: efecto de un ligando sobre otro distinto. Tienen otros sitios específicos
distintos para unir ligandos distintos llamados moduladores o efectores. La acción no se lleva a
cabo sobre él sino que puede afectar a la actividad de la proteína de 2 maneras distintas:
- Si el ligando se une mejor: el modulador es un activador que se une en un sitio distinto del
activo y favorece la unión del ligando.
- Si el ligando se une peor: el modulador es un inhibidor que perjudica la unión del ligando.
Este efecto se llama alosterismo. Las proteínas que es necesario regular presentan cooperati-
vidad en la unión del ligando y alosterismo porque son dos procesos muy ventajosos. Para que
haya alosterismo la proteína no debe ser oligomérica necesariamente Al actuar un activador la
curva sigmoidea se desplaza a la izquierda y el límite es la hipérbola, la cooperatividad baja
porque mejora la afinidad por el ligando (el efecto del sustrato es menor) y en la hipérbola es
nula.. Al actuar un inhibidor la curva se desplaza a la derecha.
Explicación estructural de la cooperatividad y el alosterismo.

Cuando el ligando se une se produce un cambio en la conformación.
Cooperatividad: al unirse el ligando la proteína se acomoda a él produciendo u pequeño cam-
bio en la conformación. Si la proteína presenta estructura cuaternaria las interacciones entre
las subunidades cambian, con lo que varía la conformación. Si es mejor que la anterior la co-
operatividad es positiva y si no negativa. Si se pierde la estructura cuaternaria se desunen las
subunidades y al no comunicarse se pierde la cooperatividad.
Alosterismo: igual para el activador, en el caso del inhibidor se dificulta la entrada del ligando.
Modelos moleculares.
Modelo concertado (Monod, Wyman, Changeux).
Propone que la proteína puede existir en dos conformaciones, la forma T (tensa) con poca
afinidad por el ligando y la forma R (relajada) con mucha afinidad. Las dos formas existen en
ausencia de ligando y la proteína es simétrica, cada subunidad no puede tener conformación
distinta a la otra. Todo lo que favorezca la forma R tendrá un efecto positivo sobre la unión del
ligando. Al añadir más ligando se va estabilizando la forma R y cada vez hay más.. En la co-
operación positiva el ligando se une a la forma R y la estabiliza para que no vuelva a la forma T
(como un activador) y en la negativa se estabiliza la forma T.
Constante alostérica: relación entre la forma de baja afinidad y la de alta. Cuanta más
cooperatividad hay más vale L.
L=
[T ]
[ R]
Modelo secuencial (Koshland, Nametry, Filmer).
La proteína puede existir en dos conformaciones, una de alta afinidad por el ligando y otra de
baja. El cambio en la conformación está inducido por la entrada del sustrato. Al unirse el ligan-
do cambia la conformación de la otra subunidad, afectando a las interacciones entre las
subunidades y permite la unión de otro ligando. Si K2 > K1 el efecto es positivo y si es al revés
es negativo.
ESTUDIO DE LAS PROTEÍNAS QUE UNEN O2.

Mioglobina.
Formada por una cadena polipeptídica. Necesita un cofactor (grupo prostético) para unir el O2
sin el cual no es funcional. Este grupo es el hemo, formado por una parte orgánica derivada de
las porfirinas llamada protoporfirina IX y una parte inorgánica esencial que es el Fe2+. Cada
cadena tiene su grupo hemo. El hierro tiene 6 posiciones de coordinación, 4 con la protoporfiri-
na con la cual forma un plano y otros dos, uno por encima y el otro por debajo. Uno de ellos se
une a la cadena polipeptídica por medio de la histidina F8 (cadena F, posición 8) también lla-
mada proximal porque está cerca del O2. La otra histidina es la distal. Para que el hierro esté
en forma de ferroso el entorno debe ser hidrofóbico, porque si hay agua pasa a férrico y la sex-
ta posición de coordinación está ocupada por el agua y el O2 no puede unirse. Sólo el grupo
hemo une O2, el resto de la proteína es para preservar el entorno hidrofóbico y que el Fe no se
oxide completamente. Cuando el O2 se une el Fe no es oxidado sino que se oxigena, porque el
O2 no cede completamente los electrones sino que cuando se va se los lleva
Diferencias con la hemoglobina:

- La hemoglobina tiene 4 cadenas iguales dos a dos (dos α y dos β). Cada cadena es igual a la
mioglobina (grupos hemo unidos a las mismas histidinas).
- La mioglobina tiene 1 cadena con 1 grupo hemo por lo que une 1 molécula de O2.
- La hemoglobina tiene 4 cadenas, 4 grupos hemo en total, por lo tanto puede unir 4 moléculas
de O2.
Unión del O2.

Mioglobina.
Mb + O2 MbO2
desoximioglobina oximioglobina
ν=
[ L] = [O2 ] = pO2
K + [ L] K + [ O2 ] K + pO2
A la presión parcial de O2 que el 50% de los sitios están ocupados se le llama P50 y es una
medida de la afinidad de la proteína por el ligando Si la P50 sube la pO2 debe ser alta para ocu-
par la mitad de los sitios, y si P50 es baja es que tiene mucha afinidad.
Hemoglobina.
Hemoglobina + 4O2 Hemoglobina(O2)4
desoxihemoglobina hemoglobina
n[ L]
n
ν=
K + [ L]
c
Coeficiente de Hill, c = 2.8. Cooperatividad positiva muy alta. El primer O2 se une con poca
afinidad y el cuarto con afinidad varios órdenes de magnitud más alta. Prácticamente o está
vacía o llena.
Y
1/2
P50 Mb P50 Hemoglobina

Representando Y para la mioglobina y la hemoglobina la asíntota está en 1. Se ve que la
hemoglobina es menos afín porque está desplazada a la derecha. El P50 de la mioglobina es
mucho mayor que el de la hemoglobina (26 mm Hg). La hemoglobina como tiene 4 subunida-
des tiene menos afinidad por el O2 que la mioglobina. La hemoglobina transporta el O2 desde
los pulmones o las branquias donde la pO2 es muy alta. Si la pO2 es alta las dos proteínas se
saturan. Como la pO2 es baja en los tejidos (20 - 30 mm Hg) al llegar la hemoglobina como
está en torno a su P50 libera el 50% del O2. Si la mioglobina estuviera en los eritrocitos no libe-
raría el O2 porque a esa pO2 tiene mucha afinidad. Por eso la hemoglobina es más adecuada
para el transporte. Cuando la hemoglobina suelta el O2 lo capta la mioglobina porque a esa pO2
es favorable. Cuando la pO2 en los tejidos baja lo libera la mioglobina.
Causa molecular de la cooperatividad.

Como el índice de cooperatividad es alto podemos tener desoxihemoglobina u oxihemo-
globina , pero las formas intermedias son poco importantes. Al ocupar el O2 un grupo hemo los
otros reaccionan produciendo un cambio conformacional que se comunica entre ellos por me-
dio de la estructura cuaternaria. Las estructuras de la forma oxihemoglobina y la
desoxihemoglobina son distintas. La forma T (desoxi) es más estable por la participación de
puentes salinos de naturaleza iónica y muchos puentes de hidrógeno. Estas interacciones fijan
la estructura e impiden la movilidad. La desoxihemoglobina se pliega dejando un hueco central
entre la 4 subunidades. En la oxihemoglobina no hay puentes salinos y la cavidad es más pe-
queña (forma R).
La hemoglobina tiene dos cadenas α y dos β. Hay interacciones muy fuertes entre αβ como si
la molécula tuviera dos dímeros iguales. Cuando entra una molécula de O2 se produce un
cambio en la conformación y un dímero gira con respecto al otro 15º.La conformación de la
forma con O2 y la que no tiene por tanto no es la misma. El paso de la forma T a la R lo deter-
mina la entrada de O2. Esto ocurre porque el O2 se une al Fe del hemo de cada cadena, en la
forma desoxi el Fe está por encima del plano que forma el grupo hemo unido a la histidina F8.
Al unirse el O2 y ocupar la sexta posición de coordinación el Fe pasa a tener 6 sustituyentes y
reordena sus electrones colocándose en el centro del grupo hemo. Al moverse el Fe arrastra
consigo a la histidina y ésta por medio de la hélice a toda la molécula. Por ello un grupo hemo
se comunica con otro por medio de la cadena polipeptídica. Al cambiar la conformación los
grupos que formaban los puentes salinos ya no estarán enfrentados y no interaccionarán. La
entrada de la primera molécula de O2 será más difícil porque se una a la forma T con lo cual es
más difícil mover el Fe hacia el plano del hemo por impedimentos de tipo estérico entre la histi-
dina y la valina del grupo hemo. Cuando se une el O2 la tensión es grande en la molécula y se
rompen puentes salinos, la proteína pasa a la forma R y la unión de O2 es más favorable.
Otros ligandos que pueden unirse a la hemoglobina.

La hemoglobina puede unir otros ligandos que afecten a la unión del O2 (efecto hetero-
trópico).Su efecto es la disminución de la afinidad de la hemoglobina por el O2.
Protones: se unen a grupos que se estén disociando a pH celular. Los grupos afectados
en la hemoglobina son el imidazol de la histidina y los 4 α-amino. Al aumentar la concentración
de protones disminuye la afinidad y la curva de ν se desplaza a la derecha. Como consecuen-
cia del metabolismo aumenta la concentración de protones en los tejidos periféricos y cuando
la hemoglobina llega disminuye su afinidad por el O2 y los suelta. Los protones se unen a los
grupos que formaban el puente salino que al protonarse vuelven a formarlo pasando a la forma
T. Al aumentar luego el pH se desprotonan y se rompen los puentes salinos. La primera molé-
cula de O2 rompe más puentes salinos que la segunda por lo que la cooperatividad es positiva.
Los protones no se unen al hemo, sino a otros grupos que son importantes porque determinan
en parte la conformación.
CO2: el CO2 es la forma más oxidada del C, es un producto final del metabolismo. Su
concentración aumenta en los tejidos donde se degrada la materia orgánica. Se transporta en
forma de ácido carbónico disuelto en la sangre hasta los pulmones donde se intercambia. Está
disociado en HCO3- y H+. Esos protones tienen efecto sobre la afinidad del O2. El CO2 se une a
la hemoglobina por medio del α-amino de la cadena polipeptídica:
NH2 + CO2 - N - COO-
H
Esta reacción da lugar a carbamatos que favorecen la formación de más puentes salinos al
introducir la caga negativa (se da sólo en la forma desoxi). La hemoglobina o tiene unidos H+ y
CO2 o tiene el O2:
H+ H+
Hemoglobina +O2 Hb(O2) +
CO2 CO2
+
Efecto Bohr: Efecto conjunto de H y CO2 sobre la afinidad de la hemoglobina por el O2. En los
tejidos se producen H+ y CO2 y el pH baja. Hay tendencia a que la hemoglobina suelte el O2.
En los pulmones la presión parcial de O2 es alta por lo que se capta el O2 y se eliminan H+ y
CO2 pasando a la forma oxihemoglobina.
2,3-Bifosfoglicerato (2,3-BPG): está cargado a pH fisiológico:
O
C - O-
H - C - O - PO3-2
CH -. OPO32-
Presente en alta concentración en la sangre, comprable a la de la hemoglobina. Es un ligando
que se une a la hemoglobina en proporción 1:1 por medio de la cavidad central del tetrámero.
Tendrán que haber muchas cargas positivas para estabilizarlo, uniéndose a ellas iónicamente.
Para soltarlo habrá que romper los enlaces iónicos por medio de energía. En la forma oxihe-
moglobina el hueco central es más pequeño y el 2,3-DPG no cabe. El efecto que produce es la
disminución de la afinidad porque aporta interacciones extra que hay que romper para pasar a
la forma oxi. Aumenta la cooperatividad desplazando la curva de ν a la derecha.
Significado fisiológico: la sangre se acomoda a diferentes presiones parciales de O2 modifican-
do la concentración de 2,3-DPG de modo que cuanta menos PO2 más aumenta la
concentración de 2,3-DPG. Esto es para que la hemoglobina pierda bastante afinidad por el O2
para que lo libere a una PO2 menor. Otro efecto es la oxigenación de la hemoglobina fetal, que
tiene composición distinta a la de los adultos. La HbA (adultos) tiene α2β2 y la HbF es α2γ2. La
diferencia estriba en la secuencia de aminoácidos. La HbF debe tener más afinidad por el O2
que la HbA que la nutre. En la cadena γ un residuo de histidina cargada positivamente es susti-
tuido por una serina (no cargada). Al eliminar una carga positiva el 2,3-DPG se une peor y es
más fácil pasar a la forma oxiHb.
ν HbF HbA
TEMA 4. NATURALEZA QUÍMICA DE LOS ENZIMAS.
Especificidad de los enzimas.

Los enzimas son proteínas catalíticas. Casi todas las reacciones celulares están catali-
zadas. Alguna actividad catalítica no reside en las proteínas sino en el RNA, es el caso de la
ribozima que tiene parte de RNA y parte proteica aunque la catálisis la efectúa el ácido nuclei-
co. Esto tiene una importancia evolutiva pues demuestra que el RNA catalizaba antes que los
enzimas que luego se especializaron. El RNA es peor catalizador. La función de los enzimas
estás relacionada con la unión de un ligando que será el sustrato. Se forma complejo enzima-
sustrato, que luego se convierte en producto:
enzima + sustrato enzima-sustrato enzima + producto
Como es un catalizador el enzima no se consume, acelerando la velocidad de reacción sin
modificar la posición de equilibrio. Las propiedades que tienen los enzimas que los hacen efec-
tivos como catalizadores son:
- Capaces de acelerar las reacciones en las condiciones suaves de la célula.
- Alto poder catalítico por su gran actividad molecular, aceleran las reacciones hasta 1017 ve-
ces. Esto es porque se une al sustrato en relación 1:1 y la reacción que ocurre en los confines
de éste ve rebajada su energía de activación como consecuencia de esa unión.
- Son muy específicos respecto a.
a) Tipo de reacción: ya que no son catalizadas reacciones de naturaleza distinta.
b) Respecto al sustrato: el enzima no puede unirse con cualquier sustrato. Hay enzimas más
específicos que otros. La especificidad puede ser tan alta que se distinga entre estereoisóme-
ros. Sin embargo los enzimas digestivos son poco específicos porque si no harían falta
demasiados. La ventaja de la especificidad reside en que se pueden catalizar muchas reaccio-
nes a la vez sin reacciones laterales ni que se acumulen los productos secundarios.
Centro activo.
El sitio de unión del ligando está muy bien definido. En él habrán distintos residuos que
aporten los grupos funcionales necesarios para cada función:
- Residuos catalíticos: son capaces de llevar a cabo la catálisis.
- Residuos de unión: aportan soporte para unir el enzima a su sustrato y no a otro.

- Residuos que participan en la estructura tridimensional.
La proteína al plegarse determina el centro activo que será una cavidad hidrofóbica (ambiente
especial). No habrá agua si no participa en la reacción. Se crea un microambiente especial
para que los grupos catalíticos sean más reactivos. La unión del centro activo y el enzima es la
base de la especificidad.
Proposición de Fisher: Un enzima distingue un sustrato igual que una cerradura y una llave. El
sustrato y el centro activo son complementarios. El centro activo sólo es complementario cuan-
do se a unido al sustrato, no antes.
Hipótesis de Koshland: ajuste inducido. El sitio activo es complementario después de la unión.
Un sustrato correcto induce un cambio de conformación adecuado y uno malo no. Cuando se
produce la unión el sustrato queda unido al centro activo de manera determinada por lo que
tiene menos movilidad que en entorno acuoso. La posición será la adecuada para que los gru-
pos catalíticos estén lo mejor orientados posible. La actividad molecular es muy alta porque es
la mejor posición para que actúen los grupos catalíticos. Los sustratos pasan por un estado de
transición tras superar la energía de activación antes de convertirse en productos. El cataliza-
dor ayuda a alcanzar ese estado de transición por lo que la reacción ocurre. El enzima es
complementario del estado de transición. Si la función del enzima debe estar regulada puede
tener moduladores.
Cofactores.
A veces se necesitan grupos catalíticos que no se encuentran en los aminoácidos por lo que se
necesita una molécula extra, un cofactor, que puede ser inorgánico (iones en general) u orgá-
nicos. Estos últimos pueden estar unidos reversiblemente (coenzimas) o permanentemente
(grupo prostético).
Catálisis de la hidratación de CO2 por la anhidrasa carbónica (que contiene Zn2+):
CO2 + H2O H+ + HCO3-
2+
Zn
Como ninguna cadena lateral de los aminoácidos puede formar OH el Zn aporta lo que se ne-
cesita. El Zn se une al H2O y luego se separan:
Zn --- H - O - H Zn --- H - O- + CO2 Zn2+ + HCO3-
H+
Los enzimas que catalizan reacciones redox necesita algún grupo donde transportar los elec-
trones y no hay ninguna cadena lateral de aminoácido que pueda, por lo que necesita un
cofactor. Muchos cofactores deben ser ingeridos porque la célula no los sintetiza. Las vitami-
nas suelen ser cofactores o precursores de cofactores. Las vitaminas B2 y B3 son precursores
de cofactores redox.
Clasificación de los enzimas.

Cada enzima es nombrado por 4 dígitos: EC a.b.c.d.
a.- Clase de enzima atendiendo a la clase de reacción que catalizan:
1.- Oxidorreductasas: participan en reacciones redox.

2.- Transferasas: catálisis de transferencias de grupos.
3.- Hidrolasas: hidrólisis.
4.- Liasas: adición de grupos para formar dobles enlaces o eliminación de grupos para formar
dobles enlaces.
5.- Isomerasas: isomerización cambiando de sitio los grupos.
6.- Ligasas: formación de enlaces que requieren aporte de ATP
b.- Tipo de grupo que interviene.
c.- Clase de sustrato sobre el que actúan.
d.- Orden de clasificación.
Normalmente se utiliza el nombre del sustrato y el tipo de reacción. Las oxidorreductasas se
conocen también por deshidrogenasas.
TEMA 3. DINÁMICA DE PROTEÍNAS.

Función dinámica.
Las proteínas globulares tienen en común el unirse a otra molécula más pequeña llama-
da ligando para ser funcionales. Hay un sitio de unión perfectamente definido donde se une el
ligando de manera específica y selectiva. Es una parte pequeña de la proteína pero esencial.
Este sitio tendrá grupos funcionales que establezcan uniones de tipo débil con el ligando y
deberá ser accesible desde fuera. Normalmente el sitio de unión y el ligando son complementa-
rios, sólo cabe ése y no otro. Se forma un complejo proteína - ligando que es reversible
excepto en el caso de antígenos y anticuerpos . Si la proteína es un enzima catalizará la reac-
ción en que el ligando es el sustrato, la proteína se une al ligando que se transforma en
producto y luego se disocia y el enzima queda libre. La función se ejerce sobre el ligando.
Consideraciones generales sobre la interacción proteína - ligando.

Función de saturación.
1 sitio de unión por proteína.
P+L PL K=
[ P] ⋅ [ L ]
[ PL]
K es en el sentido de disociación del ligando. La actividad biológica depende de cuanto ligando
hay unido, por lo tanto de la concentración de ligando.
La función de saturación ν son los moles de ligando unidos partido por los moles de proteína
totales:
ν=
[ PL] = [ L]
[ P] + [ PL] K + [ L]
El valor máximo de la función de saturación es 1, como depende de la concentración de ligan-
do, cuanto más haya mayor será ν . Es la ecuación de una hipérbola con una asíntota en 1:
ν
1
/2 Cuando ν = 1/2 [ L] = K
K
[ L]
Transformando en una recta:
1/ν
K La pendiente es K y para calcularla no hay que llegar al 100%
1
/2 [ L]
Más de un sitio de unión por proteína.
Se ocupan con el mismo ligando. Si tiene 2 sitios de unión se ocupa primero uno y luego
el otro. Si todos los sitios son iguales (K iguales) hay dos posibilidades:
Sitios independientes:
Es el caso más sencillo. Si hay varios sitios iguales es porque la proteína tiene varias cadenas
iguales con un sitio cada una. Como son iguales K1 = K2 y no se puede saber cual se ocupa
primero, son independientes porque no hay conexión entre ellos. La ocupación de un sitio tiene
la misma constante aunque ya haya otro ocupado.
Si la proteína tiene dos sitios de unión:
ν=
[ PL] + [ LP] + 2[ PL2 ] ν=
∑ [ L] La asíntota estará en 2.
[ P] + [ LP] + [ PL] + [ PL2 ] K '+[ L]
Para compara proteína se usa la fracción de saturación: Y = ν/n
Ahora la variación es entre 0 y 1. Sigue siendo una hipérbola.
El porcentaje de saturación es Y x 100. Fracción y porcentaje de saturación van unidos a la
funcionalidad de la proteína.
Sitios que interaccionan:
Se produce un efecto llamado cooperatividad en el que cuando se ocupa un sitio activo la
unión de un segundo ligando en un sitio igual se ve afectada, siendo favorecida (cooperatividad
positiva) o perjudicada (cooperatividad negativa). Para que haya cooperatividad se deben dar
una serie de requisitos:
- Deben haber varios sitios iguales, por lo tanto varias cadenas iguales, la proteína será oligo-
mérica. Todas las oligoméricas presentan cooperatividad, la mayor parte de las veces positiva.
Ahora ν no es una hipérbola sino una curva sigmoidea:
n[ L]
c
ν=
K + [ L]
c
En el caso de la unión del O2 por la hemoglobina hay cuatro sitios. Las proteínas tienen poca
afinidad por el ligando al principio pero como presenta cooperatividad positiva cada vez se
unen más rápido y se obtiene un salto en la curva.
Explicación de la curva sigmoidea por Hill:
Si la cooperatividad fuera infinita en cuanto se uniera un ligando inmediatamente se unen los
demás, la proteína tendría una afinidad muy alta por el ligando.
n[ L]
c
ν=
K + [ L]
c
c es el coeficiente de Hill que cuantifica la cooperatividad. Si c=1 no hay cooperatividad. La

cooperatividad será positiva si c varía entre 1 y n y negativa si varía entre 0 y 1. Las proteínas
[ ]
cooperativas al representar ν frente a L sale una curva sigmoidea con asíntota en n, al re-
[ ]
presentar Y frente a L la asíntota estará en 1, y si son porcentajes la asíntota es 100.
Las proteínas cooperativas son más sensibles a los cambios en la concentración de ligando
porque para conseguir una variación en la saturación hay que variar menos la concentración
de sustrato porque la entrada de uno favorece las de los demás. Esto es importante para la
célula porque ahorra espacio.
Efecto homotrópico: efecto de la entrada de un ligando sobre la entrada de otro igual. La

mayor parte de las proteínas cuya función hay que controlar son cooperativas en la unión del
ligando son casi siempre oligoméricas..
Efecto heterotrópico: efecto de un ligando sobre otro distinto. Tienen otros sitios específicos
distintos para unir ligandos distintos llamados moduladores o efectores. La acción no se lleva a
cabo sobre él sino que puede afectar a la actividad de la proteína de 2 maneras distintas:
- Si el ligando se une mejor: el modulador es un activador que se une en un sitio distinto del
activo y favorece la unión del ligando.
- Si el ligando se une peor: el modulador es un inhibidor que perjudica la unión del ligando.
Este efecto se llama alosterismo. Las proteínas que es necesario regular presentan cooperati-
vidad en la unión del ligando y alosterismo porque son dos procesos muy ventajosos. Para que
haya alosterismo la proteína no debe ser oligomérica necesariamente Al actuar un activador la
curva sigmoidea se desplaza a la izquierda y el límite es la hipérbola, la cooperatividad baja
porque mejora la afinidad por el ligando (el efecto del sustrato es menor) y en la hipérbola es
nula.. Al actuar un inhibidor la curva se desplaza a la derecha.
Explicación estructural de la cooperatividad y el alosterismo.

Cuando el ligando se une se produce un cambio en la conformación.
Cooperatividad: al unirse el ligando la proteína se acomoda a él produciendo u pequeño cam-
bio en la conformación. Si la proteína presenta estructura cuaternaria las interacciones entre
las subunidades cambian, con lo que varía la conformación. Si es mejor que la anterior la co-
operatividad es positiva y si no negativa. Si se pierde la estructura cuaternaria se desunen las
subunidades y al no comunicarse se pierde la cooperatividad.
Alosterismo: igual para el activador, en el caso del inhibidor se dificulta la entrada del ligando.
Modelos moleculares.
Modelo concertado (Monod, Wyman, Changeux).
Propone que la proteína puede existir en dos conformaciones, la forma T (tensa) con poca
afinidad por el ligando y la forma R (relajada) con mucha afinidad. Las dos formas existen en
ausencia de ligando y la proteína es simétrica, cada subunidad no puede tener conformación
distinta a la otra. Todo lo que favorezca la forma R tendrá un efecto positivo sobre la unión del
ligando. Al añadir más ligando se va estabilizando la forma R y cada vez hay más.. En la co-
operación positiva el ligando se une a la forma R y la estabiliza para que no vuelva a la forma T
(como un activador) y en la negativa se estabiliza la forma T.
Constante alostérica: relación entre la forma de baja afinidad y la de alta. Cuanta más
cooperatividad hay más vale L.
L=
[T ]
[ R]
Modelo secuencial (Koshland, Nametry, Filmer).
La proteína puede existir en dos conformaciones, una de alta afinidad por el ligando y otra de
baja. El cambio en la conformación está inducido por la entrada del sustrato. Al unirse el ligan-
do cambia la conformación de la otra subunidad, afectando a las interacciones entre las
subunidades y permite la unión de otro ligando. Si K2 > K1 el efecto es positivo y si es al revés
es negativo.
ESTUDIO DE LAS PROTEÍNAS QUE UNEN O2.

Mioglobina.
Formada por una cadena polipeptídica. Necesita un cofactor (grupo prostético) para unir el O2
sin el cual no es funcional. Este grupo es el hemo, formado por una parte orgánica derivada de
las porfirinas llamada protoporfirina IX y una parte inorgánica esencial que es el Fe2+. Cada
cadena tiene su grupo hemo. El hierro tiene 6 posiciones de coordinación, 4 con la protoporfiri-
na con la cual forma un plano y otros dos, uno por encima y el otro por debajo. Uno de ellos se
une a la cadena polipeptídica por medio de la histidina F8 (cadena F, posición 8) también lla-
mada proximal porque está cerca del O2. La otra histidina es la distal. Para que el hierro esté
en forma de ferroso el entorno debe ser hidrofóbico, porque si hay agua pasa a férrico y la sex-
ta posición de coordinación está ocupada por el agua y el O2 no puede unirse. Sólo el grupo
hemo une O2, el resto de la proteína es para preservar el entorno hidrofóbico y que el Fe no se
oxide completamente. Cuando el O2 se une el Fe no es oxidado sino que se oxigena, porque el
O2 no cede completamente los electrones sino que cuando se va se los lleva
Diferencias con la hemoglobina:
- La hemoglobina tiene 4 cadenas iguales dos a dos (dos α y dos β). Cada cadena es igual a la
mioglobina (grupos hemo unidos a las mismas histidinas).
- La mioglobina tiene 1 cadena con 1 grupo hemo por lo que une 1 molécula de O2.
- La hemoglobina tiene 4 cadenas, 4 grupos hemo en total, por lo tanto puede unir 4 moléculas
de O2.
Unión del O2.

Mioglobina.
Mb + O2 MbO2
desoximioglobina oximioglobina
ν=
[ L] = [O2 ] = pO2
K + [ L] K + [ O2 ] K + pO2
A la presión parcial de O2 que el 50% de los sitios están ocupados se le llama P50 y es una
medida de la afinidad de la proteína por el ligando Si la P50 sube la pO2 debe ser alta para ocu-
par la mitad de los sitios, y si P50 es baja es que tiene mucha afinidad.
Hemoglobina.
Hemoglobina + 4O2 Hemoglobina(O2)4
desoxihemoglobina hemoglobina
n[ L]
n
ν=
K + [ L]
c
Coeficiente de Hill, c = 2.8. Cooperatividad positiva muy alta. El primer O2 se une con poca
afinidad y el cuarto con afinidad varios órdenes de magnitud más alta. Prácticamente o está
vacía o llena.
Y
1/2
P50 Mb P50 Hemoglobina

Representando Y para la mioglobina y la hemoglobina la asíntota está en 1. Se ve que la
hemoglobina es menos afín porque está desplazada a la derecha. El P50 de la mioglobina es
mucho mayor que el de la hemoglobina (26 mm Hg). La hemoglobina como tiene 4 subunida-
des tiene menos afinidad por el O2 que la mioglobina. La hemoglobina transporta el O2 desde
los pulmones o las branquias donde la pO2 es muy alta. Si la pO2 es alta las dos proteínas se
saturan. Como la pO2 es baja en los tejidos (20 - 30 mm Hg) al llegar la hemoglobina como
está en torno a su P50 libera el 50% del O2. Si la mioglobina estuviera en los eritrocitos no libe-
raría el O2 porque a esa pO2 tiene mucha afinidad. Por eso la hemoglobina es más adecuada
para el transporte. Cuando la hemoglobina suelta el O2 lo capta la mioglobina porque a esa pO2
es favorable. Cuando la pO2 en los tejidos baja lo libera la mioglobina.
Causa molecular de la cooperatividad.

Como el índice de cooperatividad es alto podemos tener desoxihemoglobina u oxihemo-
globina , pero las formas intermedias son poco importantes. Al ocupar el O2 un grupo hemo los
otros reaccionan produciendo un cambio conformacional que se comunica entre ellos por me-
dio de la estructura cuaternaria. Las estructuras de la forma oxihemoglobina y la
desoxihemoglobina son distintas. La forma T (desoxi) es más estable por la participación de
puentes salinos de naturaleza iónica y muchos puentes de hidrógeno. Estas interacciones fijan
la estructura e impiden la movilidad. La desoxihemoglobina se pliega dejando un hueco central
entre la 4 subunidades. En la oxihemoglobina no hay puentes salinos y la cavidad es más pe-
queña (forma R).
La hemoglobina tiene dos cadenas α y dos β. Hay interacciones muy fuertes entre αβ como si
la molécula tuviera dos dímeros iguales. Cuando entra una molécula de O2 se produce un
cambio en la conformación y un dímero gira con respecto al otro 15º.La conformación de la
forma con O2 y la que no tiene por tanto no es la misma. El paso de la forma T a la R lo deter-
mina la entrada de O2. Esto ocurre porque el O2 se une al Fe del hemo de cada cadena, en la
forma desoxi el Fe está por encima del plano que forma el grupo hemo unido a la histidina F8.
Al unirse el O2 y ocupar la sexta posición de coordinación el Fe pasa a tener 6 sustituyentes y

reordena sus electrones colocándose en el centro del grupo hemo. Al moverse el Fe arrastra
consigo a la histidina y ésta por medio de la hélice a toda la molécula. Por ello un grupo hemo
se comunica con otro por medio de la cadena polipeptídica. Al cambiar la conformación los
grupos que formaban los puentes salinos ya no estarán enfrentados y no interaccionarán. La
entrada de la primera molécula de O2 será más difícil porque se una a la forma T con lo cual es
más difícil mover el Fe hacia el plano del hemo por impedimentos de tipo estérico entre la histi-
dina y la valina del grupo hemo. Cuando se une el O2 la tensión es grande en la molécula y se
rompen puentes salinos, la proteína pasa a la forma R y la unión de O2 es más favorable.
Otros ligandos que pueden unirse a la hemoglobina.

La hemoglobina puede unir otros ligandos que afecten a la unión del O2 (efecto hetero-
trópico).Su efecto es la disminución de la afinidad de la hemoglobina por el O2.
Protones: se unen a grupos que se estén disociando a pH celular. Los grupos afectados
en la hemoglobina son el imidazol de la histidina y los 4 α-amino. Al aumentar la concentración
de protones disminuye la afinidad y la curva de ν se desplaza a la derecha. Como consecuen-
cia del metabolismo aumenta la concentración de protones en los tejidos periféricos y cuando
la hemoglobina llega disminuye su afinidad por el O2 y los suelta. Los protones se unen a los
grupos que formaban el puente salino que al protonarse vuelven a formarlo pasando a la forma
T. Al aumentar luego el pH se desprotonan y se rompen los puentes salinos. La primera molé-
cula de O2 rompe más puentes salinos que la segunda por lo que la cooperatividad es positiva.
Los protones no se unen al hemo, sino a otros grupos que son importantes porque determinan
en parte la conformación.
CO2: el CO2 es la forma más oxidada del C, es un producto final del metabolismo. Su
concentración aumenta en los tejidos donde se degrada la materia orgánica. Se transporta en
forma de ácido carbónico disuelto en la sangre hasta los pulmones donde se intercambia. Está
disociado en HCO3- y H+. Esos protones tienen efecto sobre la afinidad del O2. El CO2 se une a
la hemoglobina por medio del α-amino de la cadena polipeptídica:
NH2 + CO2 - N - COO-
H
Esta reacción da lugar a carbamatos que favorecen la formación de más puentes salinos al
introducir la caga negativa (se da sólo en la forma desoxi). La hemoglobina o tiene unidos H+ y
CO2 o tiene el O2:
H+ H+
Hemoglobina +O2 Hb(O2) +
CO2 CO2
+
Efecto Bohr: Efecto conjunto de H y CO2 sobre la afinidad de la hemoglobina por el O2. En los
tejidos se producen H+ y CO2 y el pH baja. Hay tendencia a que la hemoglobina suelte el O2.
En los pulmones la presión parcial de O2 es alta por lo que se capta el O2 y se eliminan H+ y
CO2 pasando a la forma oxihemoglobina.
2,3-Bifosfoglicerato (2,3-BPG): está cargado a pH fisiológico:

O
C - O-
H - C - O - PO3-2
CH -. OPO32-
Presente en alta concentración en la sangre, comprable a la de la hemoglobina. Es un ligando
que se une a la hemoglobina en proporción 1:1 por medio de la cavidad central del tetrámero.
Tendrán que haber muchas cargas positivas para estabilizarlo, uniéndose a ellas iónicamente.
Para soltarlo habrá que romper los enlaces iónicos por medio de energía. En la forma oxihe-
moglobina el hueco central es más pequeño y el 2,3-DPG no cabe. El efecto que produce es la
disminución de la afinidad porque aporta interacciones extra que hay que romper para pasar a
la forma oxi. Aumenta la cooperatividad desplazando la curva de ν a la derecha.
Significado fisiológico: la sangre se acomoda a diferentes presiones parciales de O2 modifican-
do la concentración de 2,3-DPG de modo que cuanta menos PO2 más aumenta la
concentración de 2,3-DPG. Esto es para que la hemoglobina pierda bastante afinidad por el O2
para que lo libere a una PO2 menor. Otro efecto es la oxigenación de la hemoglobina fetal, que
tiene composición distinta a la de los adultos. La HbA (adultos) tiene α2β2 y la HbF es α2γ2. La
diferencia estriba en la secuencia de aminoácidos. La HbF debe tener más afinidad por el O2
que la HbA que la nutre. En la cadena γ un residuo de histidina cargada positivamente es susti-
tuido por una serina (no cargada). Al eliminar una carga positiva el 2,3-DPG se une peor y es
más fácil pasar a la forma oxiHb.
ν HbF HbA
ENZIMOLOGÍA
TEMA 4. NATURALEZA QUÍMICA DE LOS ENZIMAS.
Especificidad de los enzimas.

Los enzimas son proteínas catalíticas. Casi todas las reacciones celulares están catali-
zadas. Alguna actividad catalítica no reside en las proteínas sino en el RNA, es el caso de la
ribozima que tiene parte de RNA y parte proteica aunque la catálisis la efectúa el ácido nuclei-
co. Esto tiene una importancia evolutiva pues demuestra que el RNA catalizaba antes que los
enzimas que luego se especializaron. El RNA es peor catalizador. La función de los enzimas
estás relacionada con la unión de un ligando que será el sustrato. Se forma complejo enzima-
sustrato, que luego se convierte en producto:
enzima + sustrato enzima-sustrato enzima + producto
Como es un catalizador el enzima no se consume, acelerando la velocidad de reacción sin
modificar la posición de equilibrio. Las propiedades que tienen los enzimas que los hacen efec-
tivos como catalizadores son:
- Capaces de acelerar las reacciones en las condiciones suaves de la célula.
- Alto poder catalítico por su gran actividad molecular, aceleran las reacciones hasta 1017 ve-
ces. Esto es porque se une al sustrato en relación 1:1 y la reacción que ocurre en los confines
de éste ve rebajada su energía de activación como consecuencia de esa unión.
- Son muy específicos respecto a.
a) Tipo de reacción: ya que no son catalizadas reacciones de naturaleza distinta.
b) Respecto al sustrato: el enzima no puede unirse con cualquier sustrato. Hay enzimas más
específicos que otros. La especificidad puede ser tan alta que se distinga entre estereoisóme-
ros. Sin embargo los enzimas digestivos son poco específicos porque si no harían falta
demasiados. La ventaja de la especificidad reside en que se pueden catalizar muchas reaccio-
nes a la vez sin reacciones laterales ni que se acumulen los productos secundarios.
Centro activo.
El sitio de unión del ligando está muy bien definido. En él habrán distintos residuos que
aporten los grupos funcionales necesarios para cada función:
- Residuos catalíticos: son capaces de llevar a cabo la catálisis.
- Residuos de unión: aportan soporte para unir el enzima a su sustrato y no a otro.
- Residuos que participan en la estructura tridimensional.
La proteína al plegarse determina el centro activo que será una cavidad hidrofóbica (ambiente
especial). No habrá agua si no participa en la reacción. Se crea un microambiente especial
para que los grupos catalíticos sean más reactivos. <<la unión del centro activo y el enzima es
la base de la especificidad.
Proposición de Fisher: Un enzima distingue un sustrato igual que una cerradura y una llave. El
sustrato y el centro activo son complementarios. El centro activo sólo es complementario cuan-
do se a unido al sustrato, no antes.
Hipótesis de Koshland: ajuste inducido. El sitio activo es complementario después de la unión.
Un sustrato correcto induce un cambio de conformación adecuado y uno malo no. Cuando se
produce la unión el sustrato queda unido al centro activo de manera determinada por lo que
tiene menos movilidad que en entorno acuoso. La posición será la adecuada para que los gru-
pos catalíticos estén lo mejor orientados posible. La actividad molecular es muy alta porque es
la mejor posición para que actúen los grupos catalíticos. Los sustratos pasan por un estado de
transición tras superar la energía de activación antes de convertirse en productos. El cataliza-

dor ayuda a alcanzar ese estado de transición por lo que la reacción ocurre. El enzima es
complementario del estado de transición. Si la función del enzima debe estar regulada puede
tener moduladores.
Cofactores.
A veces se necesitan grupos catalíticos que no se encuentran en los aminoácidos por lo que se
necesita una molécula extra, un cofactor, que puede ser inorgánico (iones en general) u orgá-
nicos. Estos últimos pueden estar unidos reversiblemente (coenzimas) o permanentemente
(grupo prostético).
Catálisis de la hidratación de CO2 por la anhidrasa carbónica (que contiene Zn2+):
CO2 + H2O H+ + HCO3-
2+
Zn
Como ninguna cadena lateral de los aminoácidos puede formar OH el Zn aporta lo que se ne-
cesita. El Zn se une al H2O y luego se separan:
Zn --- H - O - H Zn --- H - O- + CO2 Zn2+ + HCO3-
H+
Los enzimas que catalizan reacciones redox necesita algún grupo donde transportar los elec-
trones y no hay ninguna cadena lateral de aminoácido que pueda, por lo que necesita un
cofactor. Muchos cofactores deben ser ingeridos porque la célula no los sintetiza. Las vitami-
nas suelen ser cofactores o precursores de cofactores. Las vitaminas B2 y B3 son precursores
de cofactores redox.
Clasificación de los enzimas.

Cada enzima es nombrado por 4 dígitos: EC a.b.c.d.
a.- Clase de enzima atendiendo a la clase de reacción que catalizan:
1.- Oxidorreductasas: participan en reacciones redox.
2.- Transferasas: catálisis de transferencias de grupos.
3.- Hidrolasas: hidrólisis.
4.- Liasas: adición de grupos para formar dobles enlaces o eliminación de grupos para formar
dobles enlaces.
5.- Isomerasas: isomerización cambiando de sitio los grupos.
6.- Ligasas: formación de enlaces que requieren aporte de ATP
b.- Tipo de grupo que interviene.
c.- Clase de sustrato sobre el que actúan.
d.- Orden de clasificación.
Normalmente se utiliza el nombre del sustrato y el tipo de reacción. Las oxidorreductasas se
conocen también por deshidrogenasas.
TEMA 5. CINÉTICA ENZIMÁTICA.
Cinética de Michaelis - Menten.

Las reacciones enzimáticas se caracterizan porque aunque se aumente la concentra-
ción de sustrato la velocidad no aumenta linealmente, aparece un efecto de saturación. La
saturación se debe a que todos los centros activos están ocupados. La velocidad depende de
la cantidad de enzima con sustrato suficiente. Consideraremos sólo la velocidad inicial de las
reacciones para cada concentración de sustrato cuano se construya una gráfica, evitando el
error introducido por el deterioro del enzima. Como en el primer momento no hay producto no
consideraremos la reacción contraria.
d [ P] d [ S ]
v= =
dt dt
v [ E] = cte
[S ]
La velocidad depende de una constante de velocidad K y de su inversa:
K1 K2
E+S ES E+P
K-1 K-2
El paso limitante en la velocidad es K2, por lo tanto la expresión de la velocidad será:
v = K 2 ⋅ [S ]
Donde K2 también recibe el nombre de KCAT. La concentración de enzima será mucho menor
que la de sustrato porque no se consume.
Los enzimas que siguen esta cinética se dice que siguen la cinética de Michaelis - Menten.
Al aumentar la concentración de enzima la gráfica es igual pero por arriba.
Ecuación de velocidad de Michaelis - Menten.

La concentración de sustrato libre será prácticamente la concentración inicial porque la canti-
dad de enzima es muy pequeña. Haremos las siguientes consideraciones:
[ ] [ ] [ ]
- S 0 = S + SE donde SE puede despreciarse.
- ET = [ E ] + [ ES ]
[ ]
- E ≠ ET
- La velocidad de transformación de sustrato en producto está limitada por K2
v 0 = K cat ∗ [ ES ]
- Hipótesis del estado estacionario: como la concentración de enzima es muy pequeña y la
concentración de sustrato muy grande en el primer momento se llega a una concentración de
complejo enzima - sustrato que es constante para toda la reacción.
d[S ] d [ P]
=v=
dt dt
S [ ES ] = cte
d [ ES ]
= cte
dt
t
- El enzima siempre tiene moléculas de sustrato en su centro activo de manera que la concen-
tración de enzima - sustrato será prácticamente constante por lo que :
velocidad de formación = velocidad de descomposición
K1 ⋅ [ E ] ⋅ [ ES ] = K −1 ⋅ [ ES ] + K cat ⋅ [ ES ]
[ ES ⋅ ( K + K )]
cat
K1 ⋅ [ ES ] ⋅ [ S ] [ E] ⋅ [S ]
[ ES ] = K −1 + K cat
=
K −1 + K cat
K1
A la relación entre constantes se le denomina constante de Michaelis - Menten:
K −1 + K cat
Km =
K1
En lugar de ponerlo en función de enzima libre lo ponemos en función de complejo enzima -
sustrato:
([ E ] − [ ES ]) ⋅ [ S ] = [ E ] ⋅ [ ES − [ ES ] ⋅ [ S ]]
[ E] = [ ET ] − [ ES ] ⇒ [ ES ] = T
Km
T
KM
K m ⋅ [ ES ] = [ E ] − [ S ] − [ ES ] ⋅ [ S ] ⇒ [ ES ]( K M + [ S ]) = [ E ] + [ S ]
[ ET ][ S ] = considerando que [ ES ] = E ⇒ K = E = V
v 0 = K cat [ ES ] = K cat
K m + [S ]
[ T ] cat [ T ]
Esto es válido para cuando todo el enzima esté formando complejo enzima - sustrato y si el
enzima sigue la cinética de Michaelis - Menten.
V ⋅ [S ]
v0 =
K m + [S ]
- Si la concentración de sustrato es muy pequeña podemos despreciarla en el denominador.
V
v0 =
Km
[S ]
La velocidad crece proporcionalmente a la concentración de sustrato , es de orden 1 respecto
a el sustrato.
- Si la concentración de sustrato es grande, Km es despreciable:
V = v0
La velocidad es independiente respecto a la concentración de sustrato. Es lo que ocurre en el
tramo final de la gráfica que tiende asintóticamente a V. Es la ecuación de una hipérbola.
El enzima presenta saturación de velocidad respecto a la concentración de sustrato. El enzima
no seguirá la cinética de Michaelis - Menten si tiene cooperatividad en la unión del sustrato por
lo que la curva será sigmoidea. La V será igual y la saturación dependerá e la concentración de
enzima. La saturación se alcanza para determinada concentración de enzima, si la concentra-
ción de enzima es el doble la velocidad será el doble. La velocidad y ν son dos formas de ex-
presar la actividad de una proteína.
Significado de los parámetros.

Km: Relación entre las constantes cinéticas. Caracteriza la interacción del enzima con su sus-
trato, aunque no depende de sus concentraciones. El valor fisiológico de Km va desde 10-1
hasta 10-7 M. Tiene unidades de concentración. Se puede calcular gráficamente su valor:
V V ⋅ [S ]
v0 = = ⇒ K m = [S ]
2 K m + [S ]
Km tiene el mismo valor que la concentración de sustrato.
v0 V
1/2
Km [S ]
Se suele relacionar con otras constantes:
- Si Kcat es mucho más pequeña que K-1, Kcat es despreciable en el numerador:
K −1 1
Km = =
K1 K afin
Por lo tanto Km es una medida inversa de la afinidad del enzima por el sustrato. Al aumentar
Km, Kafin baja.
Kcat: constante catalítica. Es la capacidad del enzima para llevar a cabo la transformación. Re-
cibe también el nombre de número de recambios, cantidad máxima de moléculas
transformadas por unidad de tiempo (sustrato, producto) por molécula de enzima o por número
de sitios activos. Siempre en condiciones de saturación de manera que la cantidad de sustrato
no sea limitante. Se mide en s-1. El número de recambios se calcula fácilmente:
V
K cat =
[ ET ]
K cat
: establecer eficacia catalítica del enzima. En las células para enzimas de Michaelis -
Km
Menten la concentración de sustrato es mucho más pequeña que Km, como mucho son iguales.
Si la concentración de sustrato es mucho menor la velocidad cambia mucho para intervalos de
concentración de sustrato pequeños. Podemos despreciar en el denominador:
V ⋅ [ S ] K cat K
v0 =
K
=
Km
[ E ] ⋅ [ S ] donde cat es la constante de un proceso que depende de las
Km
concentraciones de enzima y sustrato (es como si fuera su constante de velocidad). Tiene un
límite superior en K1. Ello significa que la reacción más rápida depende de K1 y ésta de la unión
de enzima y sustrato. Los enzimas con cinética más rápida son los de difusión de enzima -
sustrato más alta, que es la rapidez con la que el sustrato llega al sitio activo. Cada vez que un
sustrato llega a un sitio se transforma, por lo que la velocidad depende de lo rápido que llega el
sustrato al sitio.
lim K cat K1 ⋅ K cat

= = K1
K cat → 0 K m + K cat K1
+ K cat
K1 K cat
Por ello K cat = ∞ . Para el enzima más rápido la velocidad depende sólo de K1. Los enzimas
Kcat
con /Km = K1 son los más rápidos posible y se dice que han alcanzado la perfección cinética.
Kcat
/Km es el criterio de especificidad (grado de discriminación) que no depende de Km sino de
Kcat
/Km que permite distinguir entre dos sustratos con los que puede actuar.
E + A ÙEA Æ P VA
E + B Ù EB Æ p VB
VA
Si el enzima es más específico por A entonces VA >VB, /VB > 1 prefiere A.. Si se ponen en
concentraciones iguales siendo la concentración de enzima constante:
K CAT A K CAT B
VA = A
⋅ [ E ] ⋅ [ A] VB = B
⋅ [ E ] ⋅ [ B]
Km Km
A A
VA K CAT K m
=
VB K CAT B K CAT B
Cálculo gráfico.
v Vm [ E ] constante
Km [S]
Transformamos la ecuación en la de los dobles inversos con lo que sale la ecuación de una
recta, calculando sólo algunos puntos se puede obtener:
1 K + [S ] K m 1 1
= m = ⋅ +
v0 V ⋅ [S ] V [S ] V
pendiente ordenada en el origen

Km
1/v0 /V
1
/V
Km
Inhibición.
El efecto de un inhibidor es disminuir o bloquear la velocidad de una reacción cataliza-
da uniéndose al enzima. La mayor parte de los enzimas están afectados. Son específicos,
cualquier sustancia no sirve para unir cualquier enzima. Se alteran grupos importantes para la
función catalítica o se altera ligeramente la conformación (con lo que la proteína ya no es acti-
va) sin llegar a desnaturalizarlo. Los inhibidores sirven para distinguir los grupos esenciales.
Inhibición permanente: unión del inhibidor irreversible por medio de enlaces covalen-
tes provocando una modificación química de los grupos catalíticos. Una vez modificado el
enzima está siempre inhibido. Para distinguirlo de los reversible se someten a diálisis y si no se
separan enzima e inhibidor es permanente. Ejemplo: el iodoacetato reconoce grupos SH y OH
y envenena la cisteína.
S CH2 - COO-
HI
Inhibición reversible: la unión del inhibidor y el enzima es reversible. Al quitar el in-
hibidor del medio se recupera la actividad. Hay varios tipos:
- Competitiva: inhibidor y sustrato compiten por unirse al enzima en el mismo sitio de manera
que no se unen a la vez.
KI =
[ E] ⋅ [ I ]
[ EI ]
Para eliminar el inhibidor (y aumentar la velocidad) aumentamos la concentración de sustrato y
lo desplazamos. La V no se verá afectada porque V = KCAT [ET] aunque necesitaremos concen-
tración de sustrato más alta que en ausencia de inhibidor. Cinéticamente se puede distinguir el
tipo de inhibidor. Km determina la afinidad del enzima por el sustrato (concentración de enzima
y velocidad constantes). Un inhibidor competitivo es como si bajara la afinidad y Km será mayor.
La Km con inhibidor será Km2 x () donde () depende de:
- Concentración de inhibidor: influye positivamente (+inhibidor, +Km).
- KI: gobierna la unión de inhibidor y enzima. Como está escrita en el sentido de la disociación
cuanto más aumente KI menor será Km.
K m2 = K m ⋅ ( ) +
[I]
KI
Haciendo la gráfica de doble inverso se averigua si el inhibidor es competitivo:
1
/V0 Con inhibidor competitivo
Sin inhibidor
1
/[s]
La recta tendrá la misma V pero la pendiente será más grande porque Km es mayor, cortará en
el mismo punto de ordenadas. Al aumentar la concentración de inhibidor la Km sube y se origi-
na una familia de rectas que cortan a las ordenadas en el mismo punto y tienen la pendiente
más grande.
Un inhibidor competitivo ha de cumplir un requisito: ser parecido al sustrato estructu-
ralmente porque se acopla al mismo sitio activo. El succinato deshidrogenasa cataliza la
reacción redox del succinato:
COO- COO-
CH2 succinato CH
CH2 deshidrogenasa CH
-
COO COO-
Succinato Fumarato
Dos inhibidores competitivos del succinato deshidrogenasa:
- Oxalacetato: COO- - CO - CH3 - COO-
- Malonato: COO- - CH2 - COO-
- Inhibición acompetitiva: el inhibidor sólo se une al complejo enzima - sustrato, que ya no for-
mará producto, por lo que la velocidad bajará. El inhibidor no se une al centro activo sino a
cualquier otro sitio, lo que hace que cambie la conformación y el enzima ya no es tan efectivo.
K'I =
[E] ⋅ [ I ]
[ ESI ]
No se puede superar la inhibición aumentando la concentración de sustrato. La V con inhibidor

(VI) será más pequeña.
V
VI =
1+
[I]
K'I
Km
Km =
I
La Km será más pequeña, como si tuviera más afinidad:
1+
[I]
K'I
El resultado es una recta nueva que corta en un valor más grande de ordenadas y con pen-
diente igual. Si aumentamos la concentración de inhibidor obtenemos una familia de rectas con
pendiente igual y corte en ordenadas más grande.
1
/V0
1
/[S]
Inhibición mixta: intermedia entre acompetitiva y competitiva. El inhibidor (que no tiene porqué
parecerse al sustrato) no se une al centro activo aunque tiene efecto de competitivo. La unión
de uno y otro no son excluyentes. El resultado final depende de cual de los dos prevalezca.
E + S ES E + P
KI K’I
EI ESI
Competitiva.
V
Km sube Km = 1 +
[I]
1+
[I] KI
KI
Acompetitiva.
V no afectada Km baja Km = 1 +
[I]
K'I
Competitiva + Acompetitiva.
1+
[I]
KI
Km =
1+
[I]
K'I
El valor del punto de corte en ordenadas depende del efecto que prevalezca.
- Inhibición no competitiva: si KI = K’I el inhibidor se une por igual al enzima que al complejo
enzima - sustrato y KmI = Km. El punto de corte en abcisas es igual con inhibidor que sin él. En
ordenadas es más grande por lo que V baja. Si Km se mantiene igual y V baja la pendiente
aumenta.
E + S ⇔ ES Æ E + P
cKI cKII
EI ⇔ ESI
V
VI < V Æ V
I
=
1+
[I]
K'I
1+
[I]
KI
KIm Km Æ K
I
=
[I]
m
1+
K'I
constante
Sin inhibidor
El punto de corte con las abcisas da prueba de la importancia de relativa del efecto competitivo
o acompetitivo para que lo corte por encima o por debajo.
- Inhibición no competitiva: cuando KI = K’I. En este caso da igual unirse al enzima que al com-
plejo enzima - sustrato, aunque no se transformará igual de bien porque V es diferente. Cuanto
más se parezca el inhibidor al estado de transición del sustrato más eficaz será el inhibidor.
Son inhibidores muy potentes de la actividad catalítica del enzima.
Efecto del pH y de la temperatura sobre la actividad enzimática.

Efecto del pH: afecta al estado de disociación de los grupos, aunque todas las proteínas no se
ven afectadas de igual forma porque algunas no tienen grupos disociables. La mayor parte de
los enzimas tienen un pH óptimo. Si hay pequeños cambios de pH no se desnaturaliza el enzi-
ma. El pH puede afectar de dos maneras:
- La unión del sustrato es mejor o peor que antes.
- Que afecte a la velocidad catalítica de la reacción.
La velocidad enzimática se mide en M/t y la actividad enzimática en mol
/t, y la unidad internacio-
µmol
nal /min, cantidad de enzima que transforma un micromol de sustrato en producto en un
minuto en condiciones óptimas. Otra unidad es la cantidad enzimática que se requiere para
transformar 1 mol/s y se la llama katal.
- Efecto de la temperatura: cuando la temperatura sube la velocidad de reacción aumenta.
Existe una temperatura máxima a la cual la proteína se desnaturaliza dejando de ser funcional.
La mayor parte de los enzimas se desnaturalizan a unos 50ºC. La ribonucleasa se desnaturali-
za a temperaturas superiores a los 70ºC.
Regulación de la actividad enzimática.

Controlando la actividad del enzima se controla su velocidad y así se puede obtener el
producto final antes o después según convenga. La célula sigue el principio de máxima eco-
nomía dentro del mayor orden posible, minimizando la cantidad de intermediarios sin utilidad.
También se integran la reacciones de manera que no obtendrá energía si no la va a utilizar.
Tampoco se regula la actividad de los enzimas porque con regular sólo uno de la ruta de reac-
ciones se controla el resto, En una ruta hay reacciones que están contínuamente en equilibrio y
otras que no, el punto de control estará siempre estará en las últimas porque el enzima más
lento será el paso limitante de la velocidad. Es preferible que el paso limitante esté al principio
de la ruta porque así no se acumulan los intermediarios.
Regulación de la velocidad.
Una reacción enzimática depende de la concentración de enzima presente, modificán-
dola se varía la velocidad de dos maneras:
- Síntesis de la molécula.
- Degradación de la molécula.
Normalmente son respuestas a largo plazo, se puede dar cuando ------ la fuente de alimenta-
ción en las células. Otra posibilidad más rápida es controlar la actividad del enzima ya
sintetizado. Esta actividad dependerá de la concentración de enzima, Km y KCAT.
Codificación de la concentración de enzima.

La regulación de la síntesis de enzimas se puede hacer a nivel transcripcional o tra-
duccional. Este tipo de regulación existe en eucariotas y en procariotas. En eucariotas es a dos
niveles. En procariotas es a nivel transcripcional. La bacteria E. Coli varía los enzimas depen-
diendo del medio en el que se encuentre. Los enzimas que no varían nunca su concentración
en la célula de denominan constitutivos y a los otros inducibles.
Operón LAC.
Propuesto por Jacob y Monod. La bacteria puede utilizar como fuente de carbono la glucosa,
pero si no hay usará lactosa para obtenerla. En el DNA habrá un sitio donde está codificado el
enzima que romperá la lactosa en glucosa y galactosa. Cuando no hay lactosa este sitio no se
puede leer porque estará bloqueado por delante por una proteína. Si hay lactosa ésta se unirá
a esa proteína que ya no podrá bloquear al no poder unirse, consiguiéndose el enzima encar-
gado de la ruptura de la lactosa, la β-galactosidasa. Un operón es un mensajero con
información de varios genes. Es frecuente en procariotas y raro en eucariotas.
Otra manera de modificarlo es actuando sobre la degradación, a cargo de enzimas proteolíticos
llamados proteasas. Al disminuir la degradación aumenta la concentración de enzima. Se pue-
de incidir sobre el mismo enzima o sobre el que lo degrada. Existen señales para marcar a los
enzimas que van a ser degradados o no por las proteasas.
La velocidad de reacción también se puede regular de otra forma más rápida modificando la
actividad del enzima presente. La actividad del enzima dependerá de la concentración de sus-
trato presente, Km y KCAT. La regulación e la actividad sirve para bloquear o poner en marcha
una ruta metabólica en pocos segundos. El caso más sencillo es cuando el enzima es autorre-
gulable:
- Si la concentración de sustrato aumenta la actividad del enzima aumenta.
- Si la concentración de producto aumenta la actividad del enzima disminuye.
Hay enzimas regulados por otros ligandos distintos, moduladores de la actividad del enzima. S
unen a un sitio distinto del centro activo llamado centro regulador, que no poseen todos los
enzimas. Los que sí tienen se llaman enzimas alostéricos.
Saturación del enzima por el sustrato: cuando

[ S ]0.9 ≈ 80 el cambio en la concentración de
[ S ]0.1
sustrato es muy grande y la célula no lo permite. Si el enzima presenta cooperatividad en la
unión el cambio es mucho más pequeño ya que será más sensible a los cambios en la concen-
tración de sustrato:
[ S ]0.9 ≈ 4 . Por lo tanto será muy ventajosa la cooperatividad en la unión
[ S ]0.1
del sustrato. Cabe pensar que la proteína será oligomérica y tendrá varios sitios activos.
Dependencia de Km.
Si el producto se parece mucho al sustrato puede entrar en el centro activo actuando
como un inhibidor competitivo haciendo que Km aumente y Kafinidad disminuya. Hay moléculas
que se unen a otro sitio regulador distinto del activo haciendo que la velocidad de la reacción
disminuya y Km aumente.
- Los que hacen que Km suba, bajando la velocidad para la misma concentración de sustrato
son inhibidores.
- Los que hacen que Km baje, aumentando la velocidad para la misma concentración de sustra-
to son activadores.
Con un activador o un inhibidor modificamos la cooperatividad.
Los enzimas reguladores tienen varios centros activos (oligoméricos) con cooperatividad.
Feed-back: el producto final de una serie de reacciones suele actuar como inhibidor del
primer enzima uniéndose a un centro regulador. Es una inhibición alostérica. Este sistema no
es bueno cuando hay una ramificación en la ruta.
Ejemplo de enzimas alostéricos: aspartato carbamoilasa.
Cataliza la adición:
Asp + Carbamoil-P Æ Asp-carbamoil + P
Es la primera reacción de una ruta metabólica. El enzima que actúa es la aspartato carbamoi-
lasa que tiene 12 subunidades de las cuales 6 son catalíticas (organizadas en 2 dímeros) y 6
reguladoras (3 dímeros). Presenta cooperatividad respecto al sustrato (Asp). Está regulada por
los niveles de ATP y CTP que son moduladores alostéricos ya que no se parecen a la Asp. El
CTP es un inhibidor porque es el producto final de la ruta metabólica e inhibe al primer enzima
de la ruta de manera alostérica y Km aumenta. El ATP es una muestra de que hay mucha ener-
gía, por lo que se podrán sintetizar muchos ácidos nucleicos y la ruta puede funcionar. Por lo
tanto el ATP actúa de activador.
Dependencia de KCAT.
v 0 = K CAT ⋅ [ ES ]
Otra manera de modificar la acción del enzima es variar el valor de KCAT, cuanto mayor es ésta
mayor es la velocidad. Para modificar KCAT hay que cambiar la constante cinética de la reac-
ción. Se la conoce como modificación covalente y es muy efectivo para aumentar la velocidad
de la reacción. Modificar covalentemente es cambiar las cadenas laterales de los enzimas,
pudiendo existir en dos formas: enzima libre y enzima modificado. esta modificación es reversi-
ble. Las dos formas se diferencian en su KCAT, siendo uno mayor que el otro. Normalmente
sufren una transferencia de grupo, siendo la más común la de grupos fosfato (fosforilación).
Los grupos que se pueden fosforilar son normalmente los OH (Ser, Thr, Tyr). Siempre se re-
quiere la presencia de otro enzima para pasar de libre a modificado o viceversa, aunque los
enzimas son diferentes. Para fosforilar se requiere ATP que es el dador de grupos fosfato. La
eliminación la produce una reacción hidrolítica. Los enzimas que fosforilan a expensas del ATP
son las quinasas y los que hidrolizan el fosfato fosfatasas.
QUINASA
ATP E1 ADP
ENZIMA LIBRE ENZIMA MODIFICADO

P2 H2O
FOSFATASA
Las reacciones que catalizan E1 y E2 son irreversibles y sólo se dan en el sentido que indica el
esquema. Una de las formas es siempre activa y la otra inactiva. La forma activa podrá ser las
fosforilada o la otra. Para regular la velocidad de la reacción por modificación covalente es
imprescindible que sólo se dé una de las dos, esto es, que E1 y E2 nunca sean activos al mis-
mo tiempo en las condiciones celulares. Esto se consigue sometiendo a regulación coordinada.
Como E1 y E2 son enzimas alostéricos el mismo modulador activa a uno e inhibe al otro. El
aumento de la velocidad de reacción puede ser mucho mayor que variando Km.
Amplificación de señales.
En la regulación de la actividad enzimática puede conseguirse una amplificación muy
grande de la señal utilizando cascadas enzimáticas, una serie de enzimas cuya actividad está
regulada por modificación covalente y que actúan secuencialmente.
E0
E1 E*1
inactivo activo
E2 E*2
inactivo activo
E3 E*3 S Æ P
inactivo activo
Suponemos que cuando E0 actúa, 10 moléculas de E1 se transforman en 10 de E*1, como tam-
bién podemos transformar 10 moléculas de E2 tendremos finalmente 100 moléculas activas de
E*2 y 1000 de E*3. Cuantos más pasos demos el factor de amplificación será mejor y sólo ten-
dremos una señal.
Hay otra modificación covalente pero irreversible, lo que implica la ruptura de uno o
varios enlaces peptídicos. Ocurre en proteínas que se sintetizan en forma de precursores inac-
tivos que se transforman en proteínas activas más cortas. Todos los enzimas intestinales
siguen este modelo, y así se controla el lugar y el momento de la activación.
Existen cascadas de modificación covalente irreversible formadas únicamente por pro-

teasas. La coagulación de la sangre sigue este modelo, la señal inicial es la ruptura de un
tejido y el precursor será el fibrinógeno.
Tema 6: Mecanismos moleculares de la regulación enzimática.
Regulación de la actividad enzimática.

Controlando la actividad del enzima se controla su velocidad y así se puede obtener el

producto final antes o después según convenga. La célula sigue el principio de máxima eco-
nomía dentro del mayor orden posible, minimizando la cantidad de intermediarios sin utilidad.
También se integran la reacciones de manera que no obtendrá energía si no la va a utilizar.
Tampoco se regula la actividad de los enzimas porque con regular sólo uno de la ruta de reac-
ciones se controla el resto, En una ruta hay reacciones que están contínuamente en equilibrio y
otras que no, el punto de control estará siempre estará en las últimas porque el enzima más
lento será el paso limitante de la velocidad. Es preferible que el paso limitante esté al principio
de la ruta porque así no se acumulan los intermediarios.
Regulación de la velocidad.
Una reacción enzimática depende de la concentración de enzima presente, modificán-
dola se varía la velocidad de dos maneras:
- Síntesis de la molécula.
Normalmente son respuestas a largo plazo, se puede dar cuando ------ la fuente de alimenta-
ción en las células. Otra posibilidad más rápida es controlar la actividad del enzima ya
sintetizado. Esta actividad dependerá de la concentración de enzima, Km y KCAT.
Codificación de la concentración de enzima.

La regulación de la síntesis de enzimas se puede hacer a nivel transcripcional o tra-
duccional. Este tipo de regulación existe en eucariotas y en procariotas. En eucariotas es a dos
niveles. En procariotas es a nivel transcripcional. La bacteria E. Coli varía los enzimas depen-
diendo del medio en el que se encuentre. Los enzimas que no varían nunca su concentración
en la célula de denominan constitutivos y a los otros inducibles.
Operón LAC.
Propuesto por Jacob y Monod. La bacteria puede utilizar como fuente de carbono la glucosa,
pero si no hay usará lactosa para obtenerla. En el DNA habrá un sitio donde está codificado el
enzima que romperá la lactosa en glucosa y galactosa. Cuando no hay lactosa este sitio no se
puede leer porque estará bloqueado por delante por una proteína. Si hay lactosa ésta se unirá
a esa proteína que ya no podrá bloquear al no poder unirse, consiguiéndose el enzima encar-
gado de la ruptura de la lactosa, la β-galactosidasa. Un operón es un mensajero con
información de varios genes. Es frecuente en procariotas y raro en eucariotas.
Otra manera de modificarlo es actuando sobre la degradación, a cargo de enzimas proteolíticos
llamados proteasas. Al disminuir la degradación aumenta la concentración de enzima. Se pue-
de incidir sobre el mismo enzima o sobre el que lo degrada. Existen señales para marcar a los
enzimas que van a ser degradados o no por las proteasas.
La velocidad de reacción también se puede regular de otra forma más rápida modificando la
actividad del enzima presente. La actividad del enzima dependerá de la concentración de sus-
trato presente, Km y KCAT. La regulación e la actividad sirve para bloquear o poner en marcha
una ruta metabólica en pocos segundos. El caso más sencillo es cuando el enzima es autorre-
gulable:
- Si la concentración de sustrato aumenta la actividad del enzima aumenta.
- Si la concentración de producto aumenta la actividad del enzima disminuye.
Hay enzimas regulados por otros ligandos distintos, moduladores de la actividad del enzima. S
unen a un sitio distinto del centro activo llamado centro regulador, que no poseen todos los
enzimas. Los que sí tienen se llaman enzimas alostéricos.
Saturación del enzima por el sustrato: cuando

[ S ]0.9 ≈ 80 el cambio en la concentración de
[ S ]0.1
sustrato es muy grande y la célula no lo permite. Si el enzima presenta cooperatividad en la
unión el cambio es mucho más pequeño ya que será más sensible a los cambios en la concen-
tración de sustrato:
[ S ]0.9 ≈ 4 . Por lo tanto será muy ventajosa la cooperatividad en la unión
[ S ]0.1
del sustrato. Cabe pensar que la proteína será oligomérica y tendrá varios sitios activos.
Dependencia de Km.
Si el producto se parece mucho al sustrato puede entrar en el centro activo actuando
como un inhibidor competitivo haciendo que Km aumente y Kafinidad disminuya. Hay moléculas
que se unen a otro sitio regulador distinto del activo haciendo que la velocidad de la reacción
disminuya y Km aumente.
- Los que hacen que Km suba, bajando la velocidad para la misma concentración de sustrato
son inhibidores.
- Los que hacen que Km baje, aumentando la velocidad para la misma concentración de sustra-
to son activadores.
Con un activador o un inhibidor modificamos la cooperatividad.
Los enzimas reguladores tienen varios centros activos (oligoméricos) con cooperatividad.
Feed-back: el producto final de una serie de reacciones suele actuar como inhibidor del
primer enzima uniéndose a un centro regulador. Es una inhibición alostérica. Este sistema no
es bueno cuando hay una ramificación en la ruta.
Ejemplo de enzimas alostéricos: aspartato carbamoilasa.
Cataliza la adición:
Asp + Carbamoil-P Æ Asp-carbamoil + P
Es la primera reacción de una ruta metabólica. El enzima que actúa es la aspartato carbamoi-
lasa que tiene 12 subunidades de las cuales 6 son catalíticas (organizadas en 2 dímeros) y 6
reguladoras (3 dímeros). Presenta cooperatividad respecto al sustrato (Asp). Está regulada por
los niveles de ATP y CTP que son moduladores alostéricos ya que no se parecen a la Asp. El
CTP es un inhibidor porque es el producto final de la ruta metabólica e inhibe al primer enzima
de la ruta de manera alostérica y Km aumenta. El ATP es una muestra de que hay mucha ener-
gía, por lo que se podrán sintetizar muchos ácidos nucleicos y la ruta puede funcionar. Por lo
tanto el ATP actúa de activador.
Dependencia de KCAT.
v 0 = K CAT ⋅ [ ES ]
Otra manera de modificar la acción del enzima es variar el valor de KCAT, cuanto mayor es ésta
mayor es la velocidad. Para modificar KCAT hay que cambiar la constante cinética de la reac-
ción. Se la conoce como modificación covalente y es muy efectivo para aumentar la velocidad
de la reacción. Modificar covalentemente es cambiar las cadenas laterales de los enzimas,
pudiendo existir en dos formas: enzima libre y enzima modificado. esta modificación es reversi-
ble. Las dos formas se diferencian en su KCAT, siendo uno mayor que el otro. Normalmente
sufren una transferencia de grupo, siendo la más común la de grupos fosfato (fosforilación).
Los grupos que se pueden fosforilar son normalmente los OH (Ser, Thr, Tyr). Siempre se re-
quiere la presencia de otro enzima para pasar de libre a modificado o viceversa, aunque los
enzimas son diferentes. Para fosforilar se requiere ATP que es el dador de grupos fosfato. La
eliminación la produce una reacción hidrolítica. Los enzimas que fosforilan a expensas del ATP
son las quinasas y los que hidrolizan el fosfato fosfatasas.
QUINASA
ATP E1 ADP
ENZIMA LIBRE ENZIMA MODIFICADO

P2 H2O
FOSFATASA
Las reacciones que catalizan E1 y E2 son irreversibles y sólo se dan en el sentido que indica el
esquema. Una de las formas es siempre activa y la otra inactiva. La forma activa podrá ser las
fosforilada o la otra. Para regular la velocidad de la reacción por modificación covalente es
imprescindible que sólo se dé una de las dos, esto es, que E1 y E2 nunca sean activos al mis-
mo tiempo en las condiciones celulares. Esto se consigue sometiendo a regulación coordinada.
Como E1 y E2 son enzimas alostéricos el mismo modulador activa a uno e inhibe al otro. El
aumento de la velocidad de reacción puede ser mucho mayor que variando Km.
Amplificación de señales.
En la regulación de la actividad enzimática puede conseguirse una amplificación muy
grande de la señal utilizando cascadas enzimáticas, una serie de enzimas cuya actividad está
regulada por modificación covalente y que actúan secuencialmente.
E0
E1 E*1
inactivo activo
E2 E*2
inactivo activo
E3 E*3 S Æ P
inactivo activo
Suponemos que cuando E0 actúa, 10 moléculas de E1 se transforman en 10 de E*1, como tam-
bién podemos transformar 10 moléculas de E2 tendremos finalmente 100 moléculas activas de
E*2 y 1000 de E*3. Cuantos más pasos demos el factor de amplificación será mejor y sólo ten-
dremos una señal.
Hay otra modificación covalente pero irreversible, lo que implica la ruptura de uno o
varios enlaces peptídicos. Ocurre en proteínas que se sintetizan en forma de precursores inac-
tivos que se transforman en proteínas activas más cortas. Todos los enzimas intestinales
siguen este modelo, y así se controla el lugar y el momento de la activación.
Existen cascadas de modificación covalente irreversible formadas únicamente por pro-
teasas. La coagulación de la sangre sigue este modelo, la señal inicial es la ruptura de un
tejido y el precursor será el fibrinógeno.
Tema 7: Estructura y organización de los ácidos nucleicos.
Estructura y organización de los ácidos nucleicos.

La información en las células reside en el genoma, que está formado por DNA menos
en el caso de algunos virus que es RNA. El DNA es donde se almacena la información. Es la
única molécula capaz de autocopiarse en un proceso llamado replicación. Sölo ocurre cuando
la célula va a dividirse. La información contenida ha de expresarse, pero nunca toda a la vez
sino por fragmentos llamados genes, en el proceso llamado transcripción. Por este medio se
obtienen RNA y hay de varias clases:
- rRNA: ribosómico, es un componente importante de los ribosomas.
- tRNA: de transferencia, participa en la síntesis de proteínas y se encarga de reconocer a los
aminoácidos participantes.
- mRNA: mensajero, llevan un mensaje para hacer una proteína durante el proceso de traduc-
ción.
Flujo de información: es siempre unidireccional.
DNA mRNA proteínas
transcripción traducción
replicación
Estructura de los ácidos nucleicos.

Junto con las proteínas son las macromoléculas más abundantes en las células. Son
polinucleótidos porque sus monómeros son nucleótidos. Todo son cadenas covalentes linea-
les.
Nucleótidos: formados por tres componentes:
- Azúcar 5 C: Los nucleótidos se diferencian según el azúcar, si es una ribosa forma parte del
RNA y si es desoxirribosa del DNA.
- Fosfato.
- Base nitrogrenada: pueden ser de dos tipos:
- Purinas: derivados de la purina son adenina y guanosina.
- Pirimidinas: derivadas de la pirimidina, uracilo, timina y citosina.
En los ácidos nucleicos nunca están sin sustituir. Todas la bases tienen grupos que pueden
formar puentes de hidrógeno con más facilidad que la purina y la pirimidina. En el DNA las
purinas serán adenina y guanosina mientras que las pirimidinas serán timina y uracilo. En el
RNA las purinas son las mismas pero las pirimidinas serán uracilo y citosina pero nunca timina.
Las bases nitrogenadas se unen mediante un enlace N-glicosídico. El N es el 1-pirimidinas y el
9-purinas.
base nitrogenada + azúcar Æ nucleósido + P Æ nucelótido
El P siempre está en el carbono 5 del azúcar. Los nucleótidos pueden tener más de un grupo
P.
Molécula de adenina del DNA 1
CH2 unido a ribosa y ésta a una base. 1

Estas formas existen libres en la naturaleza y son muy importantes para la célula. Al enlace
que une P con otro átomo se le llama fosfoanhidro. Si las base en la adenina tendremos AMP,
ADP ó ATP respectivamente. Todos los nucleótidos de la misma cadena están orientados de la
misma forma y se une el 3’ de un nucleótido con el 5’ del siguiente. Al principio siempre habrá
un P libre (5’) y al final un OH (3’). Se representan siempre en dirección 5’Æ3’, que es la direc-
ción en que se sintetizan. El enlace que une dos nucleótidos es fosfodiéster y el esqueleto es
muy regular, siendo lo único que varía las bases. Esta secuencia de bases es la que recoge el
código genético.
Estructura primaria de los ácidos nucleicos: formada por la secuencia de nucleótidos.

No existe ninguna restricción respecto a la secuencia de bases.
Estructura secundaria de los ácidos nucleicos: tridimensional, mantenida por interac-

ciones débiles. Modelo estructural de la doble hélice propuesto por Watson y Crick. Se basaron
en las experiencias de Chargaff en cuanto a la composición de bases. Descubrió que la canti-
dad de adenina era igual a la de timina y que la de citosina igual a la de guanina, basándose en
difracción de rayos X. Propusieron un modelo de cadenas antiparalelas ordenadas en una es-
tructura helicoidal dextrógira, el modelo de la doble hélice. Resultó que una timina siempre
tenía delante una adenina, y una citosina tenía una guanina. Además T-A tiene 2 puentes de
hidrógeno y C-G tiene 3, por lo que las bases estarán formando puentes de hidrógeno que dan
estabilidad a la molécula. Al organizarse en una hélice el esqueleto, que es hidrofílico, medio
acuoso se queda hacia fuera con las bases (hidrofóbicas) hacia dentro. La disposición de las
bases es perpendicular al eje de la hélice. Además de los puentes de hidrógeno otras interac-
ciones débiles aportan estabilidad:
- Interacciones hidrofóbicas delas bases.
- Fuerzas de Van der Waals entre las bases.
- La carga negativa de los fosfatos.
El fosfato tiene pKa ≈ 1 por lo que a pH fisiológico estará disociado, por lo que habrán cargas
negativas que no estarán desestabilizando porque están asociadas a cargas positivas casi
siempre. Como la estructura ha de abrirse para llevar a cabo sus funciones, la molécula de
DNA podrá desnaturalizarse (separación de las dos cadenas). Esto se consigue cuando la
temperatura sube ( temperatura de fusión). A esta temperatura encontraremos 50% de doble
hélice y 50% de cadena sencilla. Cuanto mayor sea la cantidad de citosina y timina mayor será
la temperatura de fusión porque habrá que romper más puentes de hidrógeno.
Al formarse la doble hélice aparecen unos surcos que serán de dos tipos:
- Surco mayor: visto el DNA tumbado el pico de arriba.
- Surco menor: ídem el de bajo.
Estos surcos son importantes porque a través de ellos se pueden ver las bases.
A la forma mayoritaria de DNA se la conoce como DNA-B, de 10 nucleótidos por vuelta. Exis-
ten otras estructuras pero son minoritarias:
> DNA-A: cuando el DNA está en condiciones de deshidratación. Es más ancha (11 nucleóti-
dos por vuelta). Tiene un hueco en el centro porque las bases están un poco distorsionadas y
los surcos están poco diferenciados. También aparece cuando el DNA forma estructuras de
doble cadena helicoidales.
> DNA-Z: doble cadena enrollada a la izquierda de 12 residuos por vuelta. Aparece cuando en
la cadena hay citosina y timina alternadas y siempre en cortos fragmentos.
Estructura del RNA.

Los nucleótido está orientados en dirección 5’Æ3’. No existe la timina y en su lugar
está el uracilo, y ribosa en lugar de desoxiribosa. El enlace es el mismo. La diferencia más
importante es que el RNA es de cadena sencilla, aunque puede presentar estructura secunda-
ria por complementariedad de bases de la misma cadena.
Estructura de orden superior: DNA circular y superenrollado.

En las bacteria el DNA es de doble hélice y circular, uniendo los extremos 5’ y 3’. En
las células eucariotas existe en las mitocondrias y cloroplastos. Tiene una propiedad muy im-
portante y es que se puede superenrollar, lo que se podría considerar como estructura
terciaria. Hay 2 tipos de superenrollamiento:
- Positivo cuando se dan vueltas de más, a la izquierda.
- Negativo cuando se quitan vueltas, a la derecha.
Se enrolla sobre sí misma tantas veces como le demos vueltas o se las quitemos. Cuando no
está superenrollado se dice que está relajado. La forma relajada siempre está en un plano.
El superenrollamiento presenta una serie de ventajas:
- Hace a la molécula de DNA mucho más compacta.
. El DNA celular está superenrollado negativamente, como si le quitáramos una vuelta. lo que
hace que eliminemos tensión en la molécula y evitemos que las cadenas estén más separadas
debido a ésta.
A las moléculas de DNA que sólo se diferencian en el grado de superenrollamiento se les llama
topoisómeros y a los enzimas que se encargan de rebajar el grado de superenrollamiento to-
poisomerasas.
El superenrollamiento existe porque el DNA es muy largo y está anclado a proteínas por lo que
no tiene libre movimiento. También es debido a que la cadena de DNA está muy enrollada
sobre proteínas.
Organización del genoma y estructura de los genes.

Procariotas.
El genoma de un virus puede estar formado por DNA ó RNA y con cualquier combina-
ción. En general las bacterias tienen DNA de doble cadena cerrada y los eucariotas doble
cadena de DNA abierta. El genoma es el conjunto de material genético. Todos los genes están
en la misma molécula. El tamaño del genoma puede ser de unos 5000 genes y 106 pares de
bases. De estos genes sólo algunos estarán repetidos y estos codificarán para un mismo RNA.
La mayor parte de los pares de bases tienen significado. Esto sería el cromosoma de la bacte-
ria que en una bacteria está superenrollado para que ocupe un espacio menor, pero no lo
veremos circular. Aparte existen otras pequeñas moléculas de DNA llamadas plásmidos. Son
circulares y no llevan incorporadas proteínas esenciales, en muchos casos incorporan resis-
tencias a los antibióticos.
En procariotas es muy frecuente que las proteínas que trabajan juntas tengan coordi-
nada su expresión. La forma de expresión es el operón, y si se expresan conjuntamente es
porque se expresan con un único mensajero. A los mensajeros con más de una información se
les llama policistrónicos. Es muy frecuente en procariotas pero rarísimo en eucariotas.
Eucariotas.
En el genoma de los eucariotas no todos los genes están en la misma molécula sino en
varias llamadas cromosomas. El número de genes es mucho mayor al igual que el tamaño.
Molécula de DNA lineal. Muchos más genes repetidos aunque los policistrónicos no suelen
aparecer. Tiene zonas codificadas que no sirven para nada y en algunos casos están muy
repetidas. Los exones es lo que se expresa y los intrones lo que no. Los intrones pueden ser
eliminados con facilidad obteniendo así la proteína final.
El DNA está formado por cromatina, asociado a proteínas siendo mayoría las histonas, que
tienen cargas positivas por lo que se enlazarán al DNA que tiene negativas. La cromatina esta-
rá difusa en el núcleo y cuando se va a dividir se compacta y se pueden ver bien los
cromosomas.
Tipos de histonas: Hay 5 tipos: H1, H2A, H2B, H3 Y H4. Se organizan formando un oc-
támero sobre el que se enrolla el DNA. Al octámero de histonas rodeado por 2 vueltas y pico
de DNA se le conoce como nucleosoma y el DNA que hay entre nucleosomas es el DNA espa-
ciador. A la H1 se le llama sellando del nucleosoma. Forman una especie de collar de perlas.
Estructura del gen.

Un gen es una unidad de expresión y siempre dará lugar a un RNA. Algunos RNA dan
lugar a proteínas (mRNA 6%), otros funcionan como RNA en la célula (rRNA 80%), tRNA
(15%) y 5nRNA (RNA del núcleo, muy pequeño, algunos con función catalítica y otros que no
se sabe bien su utilidad). El proceso por el cual se obtiene RNA es la transcripción. El lugar
donde se inicia la transcripción es el promotor. Asociado a cada gen hay elementos regulado-
res que tienen que estar delante del promotor y constan de dos partes:
- Una proteína.
- Algo en el gen donde se une la proteína.
En los genes procariotas cada promotor tendrá un operón. Ahora el elemento regulador estará
tras el promotor y se le conoce como operador. En los genes eucariotas se copia todo y luego
el mensajero pierde los intrones en un proceso que se conoce como maduración del mensaje-
ro. Una vez eliminados los intrones se procede a la transcripción.
TEMA 8. REPLICACIÓN DEL DNA.
La replicación del DNA es cuando éste hace una copia de sí mismo por media de un
enzima que además de ser muy exacto posee un sistema de reparación de errores. El meca-
nismo de replicación es esencialmente el mismo en todas las células. Es un proceso
semiconservativo porque cada uno de los dos DNA hijo tiene una cadena del DNA anterior.
En las células procariotas hay 1 lugar origen de replicación y siempre veremos la horquilla de
replicación que señala el avance de la copia. La horquilla indica que se está haciendo la sepa-
ración y la replicación a la vez. El avance es bidireccional por lo que se acorta el tiempo. En el
sitio en que empieza la replicación se organizan las proteínas en un complejo llamado replis-
ma.
En eucariotas el proceso es esencialmente el mismo pero el DNA es mucho más grande y li-
neal. Hay varios orígenes de replicación y es bidireccional. El avance es más lento que en
procariotas ya que hay más proteínas asociadas al DNA que hay que soltar. Proceso semidis-
contínuo.
Enzimas polimerasas.
Sintetizan DNA. Kornberg descubrió el primero en 1958. catalizan la adición de un
nucleótido al extrem0 3’ mediante un enlace fosfodiéster. Este nucleótido estará en forma acti-
vada: nucleósido trifosfato. Al adicionar se separa un pirofosfato. Es una reacción muy
favorable porque romper pirofosfato en fosfato es muy favorable, desplazándose a la derecha.
Para que la DNA polimerasa funcione necesitamos 2 cosas:
- La cadena a sinteizar deberá tener un orden determinado de nucleótido por lo que necesita
una plantilla (semicadena de DNA) para añadir determinado nucleótido y no otro.
- Para que la polimerasa actúe necesitamos un cebador (3’ OH) que da el principio para alargar
la cadena.
La DNA polimerasa es un enzima procesivo, porque se une y luego se suelta al finalizar la sín-
tesis.
Procariotas.
Hay 3 tipos de DNA polimerasa, también llamada DNA dependiente porque necesita el
DNA:
- DNA polímerasa 1: es la mejor caracterizada, se encarga del proceso de replicación y repara-
ción del DNA. Reconoce los cortes (nicks).
- DNA polimerasa 2: no se sabe bien su utilidad.
- DNA polimerasa 3: implicada preferentemente en la replicación, formada por 10 subunidades
distintas y normalmente funciona como un dímero. Cada monómero copia una cadena.
Requieren 3’ OH por lo que sintetizan en una única dirección 5’Æ3’. Sölo son capaces de alar-
gar la cadena 5’Æ3’. La DNAp 3 tiene además función exonuclear para degradar DNA desde
los extremos 3’Æ5’ (una endonucleasa degradaría desde el medio). La ventaja de ser exonu-
cleasa es la de corregir errores. Si una base está mal puesta distorsiona la molécula, por lo que
se detecta el error, retrocede y lo corrige. La tasa de error es del orden de 10-5, pero con la
corrección desciende hasta 10-8.
Problema de avance: La horquilla de replicación se va abriendo y se van sintetizando
las cadenas. La DNA polimerasa sólo copia en dirección 5’Æ3’, aunque se sabe que las dos
cadenas se copian simultáneamente. La otra cadena se sintetiza en forma discontinua en tro-
zos de unos 1000 nucleótidos (fragmentos de Okazaki) por el mismo enzima. Pr esto se dice
que la replicación es un proceso semidiscontínuo. Esto fue descrito en 1968 por Okazaki.
La hebra conductora es la sintetizada de forma continua y la hebra retrasada o retardada es la
otra. Esto presenta dos problemas:
- Hay que unir los trozos con un enzima ligasa.
- Necesitamos muchos cebadores. Dentro del replisoma hay un enzima primasa que crea ce-
badores (trozo de RNA de unos 10 nucleótidos).
Hay proteínas helicasas que desenrollan la hélice para que el complejo de replicación avance.
Para que no se vuelva a enrollar otras proteínas se unen a la cadena sencilla, las SSB (Single
Stranded Binding)
El inicio de la replicación está favorecido por una secuencia determinada es reconocida por
proteínas específicas, codificadas por el gen dna A, que hacen que el DNA se desnaturalice y
se instalen los dos complejos de replicación. En E. Coli, que tiene DNA circular, el fin de la
replicación está a 180º del inicio. Las proteínas llamadas tus bloquean el avance de la horquilla
de replicación instalándose en la cadena y luego hacen que se separen las dos cadenas para
obtener dos cadenas hijas.
Reparación.
Sólo hay mecanismo de reparación para el DNA. Si éste resulta dañado se produce
una mutación, que es un fallo en la información , lo que provoca una alteración en la secuencia
de bases y como resultado un mensaje distinto. Puede que este cambio afecte a una proteína
esencial o que no importe, con lo que la mutación pasa a la descendencia.
La reparación disminuye los errores que pueden ser:
- Daños por agentes químicos: alquilación, oxidación, metilación del DNA, desaminación del
DNA.
- Errores de la DNA polimerasa.
- Espontáneos: desaminaciones, pérdida de bases.
- Luz ultravioleta: cuando hay dos timinas juntas puede producir dímeros uniéndolas covalen-
temente. La cadena se distorsiona y para replicar el DNA hay que romper estos enlaces
mediante varios mecanismos:
- Un enzima fotorreactivante reconoce la distorsión. Necesita la acción de la luz visible.
- Reparación por escisión: es más general, una endonucleasa reconoce la distorsión y
corta la cadena de nucleótidos por dos sitios. Necesita una helicasa que siempre requiere
energía. Para reparar el hueco una DNA polimerasa 1 se engancha al OH y lo alarga. Una
ligasa une los trozos al final..
Daño por desaminacón: es muy importante porque espontáneamente una base se

transforma en otra, por ejemplo, una citosina en uracilo:
Al replicar ahora se pone una base equivocada y el error se propaga. Para corregirlo primero
un enzima capaz de romper la base (enlace N - Glicosídico). Una glicosidas reconoce específi-
camente la distorsión producida por el error, que no se unirán por tres puentes de hidrógeno .
Ahora otro enzima recorre el sitio sin base, una nucleasa repone el nucleótido sin base.
TEMA 9: Transcripción.
Para expresar la información del DNA se copian trozos, segmentos de información. Se

trasncribe y la información del DNA pasa al RNA. Hay genes que se expresan en todas las
células, son esenciales (constitutivos) y otros sólo se usan a veces. En organismos muy dife-
renciados hay genes que se expresan en unos sitios y en otros no, estando regulados a
muchos niveles. Es importante el nivel de transcripción, incidiendo en el enzima DNA polimera-
sa que une monómeros (ribonucleótidos) que forman el RNA cogiéndolos del entorno. Necesita
ATP, CTP, GTP y UTP, nucleósidos trifosfatos en forma activada que hacen de molde). Como
se han de unir en un orden necesita plantilla por lo que se llama DNA dependiente. Coloca ATP
enfrente de timina y así con los otros. No necesita cebador porque añade ribonucleótidos igual
que DNA polimerasa en dirección 5’Æ3’ uniéndose al OH de nucleótido anterior. RNA tiene un
extremo con fosfato y otro con OH. La cadena que copia es la codificante y el molde la com-
plementaria.
Características importantes de los genes para la transcripción.
La polimerasa se une a una secuencia llamada promotor que normalmente está delan-
te de la secuencia que especifica el RNA. El primer nucleótido que está e el RNA (incluido en el
promotor) es el +1 y todas las bases se toman desde ese punto de referencia, delante - y de-
trás +. El resto del promotor no se transcribe.
Procariotas: el promotor tiene dos zona comunes que son puntos de reconocimiento de polime-
rasa en las regiones -10 y -35. Esta secuencia de bases está bastante conservada:
Región -10: TATAAT
Región -35: TTGACA
La eficiencia de la transcripción depende de lo bien que reconozca la polimerasa al promotor,
que pueden se diferentes en eficacia. Uno muy fuerte se transcribe muy rápido (1/ 2s) y otros
menos fuertes más lentamente (1/10min). Cuanto más se parece el promotor a los anteriores
más fuerte es. Las proteínas muy necesaria tienen genes con promotores fuertes. Hay secuen-
cias reguladoras de polimerasas en el mismo promotor. Todos los genes tienen un sitio de
término bien definido. En muchos casos en el sitio de término se forman estructuras secunda-
rias, lo que depende de la proteína rho. A veces el mensaje es para varias cosas: RNA
policistrónico. En u operón hay u promotor controlando la transcripción de varios genes juntos
y al final hay una terminación común para todos.
Eucariotas: Todos los genes tienen promotor y término. No hay policistrónicos. Con mucha
frecuencia en los promotores se da una secuencia llamada caja TATA que está en la región -
20. No hay zona en -35. Muchos genes tienen secuencias que pueden estar lejos de ellos para
reactivar la transcripción (enhancers). Esto se logra porque una proteína (elementos trans) se
une a una secuencia (elemento cis).:
- El mensaje está interrumpido por intrones que el RNA se pierden. Las terminaciones se pier-
den y aunque no se sabe bien para qué sirven parece que hay un procesamiento del RNA, El
RNA se va muy lejos y otro enzima lo corta. Es muy común que muchos RNA mensajeros ter-
minen en una cola común llamada poliA añadida por una endonucleasa posteriormente (no
codificada). La cola sirve para separarlos del resto.
Hay tres tipos de genes en eucariotas:

Familia 1: muy repetidos, codifican para RNA ribosómico. Son grandes y normalmente son
precursores del que después se parte y da los distintos RNA.
Familia 2: mensajeros, cola poliA, intrones, exones ... Todo explicable. Muchos mensajeros
distintos, sólo repetidos los de histonas.
Familia 3: codifican para tRNA y para uno ribosómico pequeño (rRNA 55). A veces tienen pro-
motores internos pero no en 5’.
RNA polimerasa DNA dependiente.

Lleva a cabo transcripción, necesita mole pero no cebador. Añade nucleósido trifosfato
al OH del nucleótido anterior de manera que alarga en dirección 5’Æ3’ quedando pirofosfato
que se hidroliza y desplaza la reacción. No puede corregir los errores que comete. Tasa de
error 1/100.000.
Procariotas: sólo hay una forma α2ββ‘σ formada por cadenas (holoenzima). Se separa cuando
el enzima trabaja. α se une a elementos reguladores, β tiene el centro activo, β‘ permite unirse
al molde, en esa unión participa σ que es importante para reconocer al promotor.
Eucariotas: varias subunidades, varias clases de RNA polimerasa.
RNA polimerasa 1: transcripción genes tipo 1.
RNA polimerasa 2: mensajeros.
RNA polimerasa 3: los restantes.
Seleccionan los nucleótidos según el molde y forma enlace fosfodiéster. Primero localiza pro-
motor y luego se suelta para dejar el RNA libre. Debe ser sensible a señales reguladoras que
aceleren o retarden.
Proceso de transcripción.
Iniciación de la transcripción.
Procariotas.
RNA asociado al promotor. En E. Coli pueden haber 2000 promotores. La RNA políme-
rasa se une a cualquier sitio de la molécula y busca el promotor rápidamente deslizándose
hasta encontrarlo. Se posa donde ve un promotor, pero otras órdenes exteriores le indican el
promotor correcto, reconociéndolo estableciendo puentes de hidrógeno en uno determinado.
Las zonas de interacción son -10 y -35 dentro del promotor. Cuanto más fuerte sea el promotor
más interacciones podrá formar. Este proceso es rápido porque para reconocer promotores no
es necesario desenrollar el promotor, se leen las bases a través del surco mayor. En el recono-
cimiento del promotor interviene σ.
Eucariotas.
Requieren presencia de proteínas para reconocer promotores, estos factores transcrip-
cionales se unen al promotor formando un complejo que se une al RNA polimerasa.
- Complejo cerrado: polimerasa se fija al promotor produciendo un cambio conformacional que

da lugar al complejo abierto (porque hay un trozo de hélice desenrollado). Se separan las dos
cadenas del promotor del DNA, lo que da lugar a una burbuja de transcripción. Imprescindible
desenrollamiento para que sirva de molde. separados por unos 17 nucleótidos que se mantie-
nen dentro. Son más de los nucleótidos necesarios para dar una vuelta pero menos que para
dar dos. La transcripción produce superenrollamiento negativo, lo que favorece porque desen-
rolla del DNA. El primer nucleótido del RNA da la posición +1. Una parte grande del promotor
no se copia en el DNA sino a partir de +1. Primer y segundo ribonucleótido se usan para formar
fosfodiéster. Ribonucleótidos con 3 fosfatos. RNA polimerasa no necesita cebador. Selecciona
ribonucleótidos en base a los apareamientos de la doble hélice de Watson y Crick. Escogiendo
los complementarios que mejor formen interacciones. El primer nucleótido del RNA deriva de
una purina: adenina o guanina y se pone en +1. La burbuja se desplaza y se sintetizan unos 5
nucleótidos antes de abandonar el promotor.
Elongación.
Alargamiento de la cadena. La RNA polimerasa pierde σ al pasar a esta etapa. El cam-
bio conformacional determina la pérdida de σ. La burbuja se desliza separando las hebras
(unos 17 nucleótidos) para leerlas. Luego el DNA vuelve a enrollarse. El trozo recién sintetiza-
do se enrolla al DNA en una estructura helicoidal. Dentro de la cadena hay un dúplex de tipo
híbrido de ambas cadenas, tipo A.
Terminación de la transcripción.
Procariotas.
Terminación muchas veces asociada a una secuencia. Normalmente en el gen hay
secuencias ricas en guanina y citosina repetidas pero invertidas para asociarse entre ellas. Hay
otras ricas en adenina y timina. La diferencia entre ambas es que guanina y citosina interaccio-
nan con tres puentes de hidrógeno y adenina y timina sólo con dos. La zona invertida y
repetida forman horquillas que interaccionan (secuencias polindrónicas). Forman estructura
secundaria, la RNA polimerasa se hace muy lenta, la secuencia de bases nuevas están unidas
al molde más débilmente por lo que se suelta. RNA polimerasa sin σ no tiene mucha afinidad
por lo que se libera del DNA, vuelve al citosol y recupera σ. Normalmente como procesos en
dirección fija a veces la síntesis de un segundo mensajero por un gen antes de que acabe el
primero ya se está sintetizando.
Otra forma de acabar la transcripción es la que depende de las proteínas rho que tienen 6 sub-
unidades y es capaz de interaccionar con una zona específica de algunos RNA. Rho tiene
actividad ATPasa, capaz de hidrolizar ATP, obteniendo energía. Rho se une al sitio de RNA
acabando de sintetizar y gracias a la energía se mueve hacia la burbuja de transcripción. Se
une al complejo por medio de sus subunidades. Se coloca entre RNA y RNA e impide que in-
teraccionen.
Eucariotas.
RNA se sintetiza y un enzima lo corta a trozos, terminación por procesamiento de la molécula.

Hay dos tipos de antibióticos que bloquean la transcripción matando a procariotas:
- Rifampicina y actimicina D (mata a eucariotas, utilidad oncológica porque inhibe crecimiento
celular).
- Amanitas: bloquean la actividad de la RNA polimerasa 2 por la α-aminitina.
Regulación a nivel transcripcional.

Genes con promotores más fuertes se transcriben mejor que otros. Muchos genes
tienen su expresión regulada por activadores de la transcripción, proteínas que se unen a se-
cuencias específicas y transforman promotor débil en fuerte. Activador cerca del promotor. Hay
proteínas alostéricas que en unas condiciones se unen y en otras no. Unión a la secuencia
modulada por ligandos. También hay represores que son moléculas que pueden impedir que la
RNA polimerasa se una al promotor bloqueando su movimiento. También son proteínas. Los
represores se unen cerca del promotor. Modificación aumentan velocidad de síntesis o dismi-
nuirla. Siempre hay secuencia de nucleótidos a la que se unen activadores y represores. estas
secuencias están el genoma de todas las células. En una célula habrán proteínas activadoras y
en otras no. Las proteínas se pueden modificar para que se unan en unas condiciones y en
otras no. Cuando la proteína tape promotor no habrá transcripción. Las secuencias intensifica-
doras normalmente cerca del promotor, pero no siempre. Normalmente a la izquierda del 5’ del
promotor (antes) y otras veces dentro del gen. Ejemplos:
Regulación de la transcripción en procariotas: E. Coli.
Gen implicado en la utilización de la lactosa. El medio en que se halla la bacteria puede
variar mucho. Los genes se expresan en determinadas condiciones y en otras no. En el entor-
no de la bacteria hay sustrato que puede metabolizar e induce síntesis de mensajeros
implicados en su utilización (regulación positiva). Si está sintetizando algo que luego encuentra
en el medio deja de sintetizarlo (regulación negativa). La lactosa es una fuente de carbono que
usa la bacteria rompiendo el enlace glicosídico rompiéndola en glucosa y galactosa. Se usan
varios genes coordinados (operón, mismo mensajero). El operón lactosa tiene tres genes con
un mismo promotor:
- LacZ: codifica enzima encargado de romper lactosa (galactosidasa).
- LacY: encargado de dejar entrar la lactosa dentro de la célula colocándose en la membrana,
es una permeasa.
- LacA: codifica para proteínas implicadas en metabolismo lactosa (transacetilasa).
Se expresan las tres juntas porque se utilizan a la vez. Otro gen está separado, el LacI codifica
proteínas que es un represor del gen lactosa. Su sitio de unión es al lado del promotor y se
llama operador. Impide que la RNA polimerasd avance y copie al unirse. En condiciones nor-
males el operón lactosa no se expresa por culpa de LacI. Cuando en el medio hay lactosa y la
bacteria tenga que metabolizarla se expresa el operón. La lactosa se une a LacI que ya no
puede unirse al operador. Los niveles de glucosa en el medio determinan que se exprese el
operón lactosa porque glucosa se metaboliza mejor. Hay dos mecanismos de regulación:
- Sólo si hay lactosa.
- Sólo si no hay nivel de glucosa, que es el sustrato metabólico más importante.
Al bajar la concentración de glucosa se activa la expresión de algunos genes relacionados con
otros sustratos energéticos que palian el déficit de glucosa. Mientras haya no une lactosa y
velocidad de transcripción es pequeña. La velocidad se hace alta cuando concentración de
glucosa es baja para usar lactosa, uniéndose una proteína que activa transcripción se une
cerca del promotor. Activa operón lactosa y otros genes controlados por el nivel de glucosa.
Cuando el nivel de glucosa es bajo la proteína anterior se une al DNA. Otra molécula relaciona
el nivel de glucosa y la activación de la proteína activador. Al bajar el nivel de glucosa aumenta
el de AMP cíclico 3’Æ5’ que se une a la proteína y ambos se unen al DNA. El AMP cíclico im-
portante para metabolismo y mecanismos de regulación, es un nucelótido especial derivado de
adenina. El fosfato está unido al 5’ y el 3’. A la proteína se le llama proteína reguladora activa-
dor del AMP cíclico (CAP ó CRP).
Procesamiento post-transcripcional.
Después de sintetizado el RNA se transforma. La mayor parte del RNA se sintetiza en
forma de precursor no funcional. Modificaciones:
- Implican que el transcrito, que puede ser más grande que el funcional necesita nucleasas que
quitan trozos de cadena.
- Si el transcrito es más pequeño se adicionan nucleótidos no codificados.
- Modificación química de las bases, obteniendo además de los cuatro otros.
Tipos de RNA y sus modificaciones.
- Los de transferencia y ribosómicos no tienen diferencias entre procariotas y eucariotas.
. tRNA: se sintetiza un transcrito que incluye varios tRNA. Actúan nucleasa. Otras modificacio-
nes son que se añaden nucleótidos que no están en el gen (no codificados): en el extremo 5’
tiene CGA todos.
- rRNA: todos sintetizados en forma de precursor que se escinden por nucleasas. Según se
necesiten ribosomas
- mRNA:
Procariotas: no sufren procesamiento, funcionales tal y como son sintetizados. Participan en
la síntesis de proteínas incluso antes de acabarse de sintetizar.
Eucariotas:
1- Procesamiento en los extremos de las moléculas. A veces mensaje interrumpido.
2- Si hay intrones se eliminan. Todos los mRNA son modificados en el 5’ (los 3 fosfatos) y se le
añade una guanina que luego se metila. Guanina no especificada en los genes. Extremo 5’
también conocido cono gorra.
La modificación el extremo es importante para la estabilidad de la molécula y síntesis de pro-

teínas. La gorra 5’ es esencial para ser reconocida por el ribosoma.
La modificación 3’: hay secuencia AAUAAA reconocida por endonucleasa que corta cerca de
ella y añade cola poliA de 200 ó 250 adeninas seguidas (señal de poliadenilación). No hay
codificación génica para la cola poliA. Las histonas no tienen poliA ni los mRNA de los cloro-
plastos o mitocondrias porque provienen de procariotas.
3- Sólo si hay intrones: proceso implica cortar cadena polinucleotídica y volver a unirla. Proce-
so de corte y unión (Splicing). Primero una nucleasa corta dos enlaces fosfodiéster, y el trozo
se suelta. Luego se vuelve a formar fosfodiéster. El sistema (espliceosoma)es muy complejo y
preciso a la hora de cortar. El espliceosoma detecta intrones, reconoce secuencia a cortar,
quedándose con los trozos de DNA unidos para enlazarlos. Los intrones son ,muy distintos en
tamaño aunque hay secuencias consenso que se reconocen para cortar. No se sabe la utilidad
de los intrones, pero a veces un exón codifica un dominio de la proteína, lo que es una forma
de facilitar la evolución porque es como si hubiesen módulos que se combinan para formar
proteínas. Los exones se disponen a veces en lazos para que sean fáciles de procesar.
TEMA 10. SÍNTESIS DE PROTEÍNAS: TRADUCCIÓN.

La secuencia de nucleótidos da lugar a una secuencia de aminoácidos unidos por con-

densación. Formar el enlace peptídico es fácil, el COO- está activado y proporciona la energía
necesaria. Lo complicado de la traducción es leer la información para poner los aminoácidos
en orden. Ahora los aminoácidos no son complementarios de los nucleótidos, hay que modifi-
carlos para que lo sean.
Código genético.
Cada aminoácido está representado por tres nucleótidos (64 combinaciones). A cada
triplete se le llama codon. La correspondencia entre tripletes y aminoácidos es el código gené-
tico, que a veces es redundante porque más de un triplete codifica el mismo aminoácido.
Nunca es ambiguo, ningún codon especifica más de un aminoácido. Como los codones está
uno al lado del otro sin separación podrían leerse hasta tres mensajes distintos. Lo que deter-
mina la pauta de lectura es la señal (codon de iniciación Æ AUG) para el inicio de la traducción.
Por lo tanto para encontrar un mensaje en un gen ha de empezar por ATG, que especifica el
aminoácido metionina, por lo que las proteínas empiezan por metionina. Hay tres señales para
acabar: UAA, UAG, UGA. La región codificante es el trozo de mRNA que codifica una proteína.
Los aminoácidos que están representados por más de un triplete son los que más frecuente-
mente aparecen y son similares. La tercera base de un triplete puede que no sea importante
que se reconozca bien, porque parece que no encaja perfectamente. Los tripletes que se dife-
rencian en la tercera posición codifican aminoácidos muy parecidos, lo que disminuye el efecto
de las mutaciones.
Moléculas participantes en la traducción.

En los eucariotas el DNA está en el núcleo pero la traducción se produce en el citosol.
El DNA no participa.
- mRNA: proporciona información sobre el orden de los aminoácidos con su secuencia de nu-
cleótidos. Se hace en el núcleo y sale al citosol. Otros se producen en mitocondrias y
cloroplastos. Hay dos tipos de mensajeros:
- Célula procariota: secuencia de nucleótidos 5’Æ3’. Parte del RNA codifica proteína: región
codificante o pauta de lectura abierta (ORF). Los nucleótidos que no aparecen en la proteína
están a los dos laos y se llaman UTRC (Untranslated Region), son imprescindibles para la es-
tabilidad y la función. Punto de inicio y final de la traducción bien definidos con triplete de
iniciación y STOP. El triplete de iniciación codifica el primer aminoácido, el N-terminal. El triple-
te de parada está inmediatamente detrás del que especifica el ultimo aminoácido.
Frecuentemente los mensajeros son policistrónicos, el gen codificante tiene un solo promotor
aunque origine varias proteínas. La parte no codificante se une a ribosoma proporcionando
estabilidad.
Célula eucariota: Sólo hay una región codificante cuando ya está procesado. Hay dos regiones
no codificantes:
- 5’ es la líder, no traducible.
- 3’ tiene cola poliA.

Todos los mensajeros tienen dos modificaciones en los extremos, una guanosina metilada y
una cola poliA en 3’.
Ribosomas.
Donde se localiza la síntesis de proteínas. Son partículas formadas por RNA y proteí-
nas. Son funcionales en el citosol, excepto los de mitocondrias y cloroplastos. Los de
eucariotas y procariotas son esencialmente iguales. La síntesis de una proteína o de otra de-
pende del mRNA. Constan de dos subunidades, una (LS) aproximadamente el doble que la
otra (SS). Recogen la mayor parte del RNA celular.
Estructura y composición: durante el funcionamiento las subunidades pueden asociar-
se y disociarse. Cada subunidad tiene una molécula de RNA grande y proteínas, y a veces
otros RNA. En u gradiente de densidad tienen un coeficiente de sedimentación:
- Procariotas: 70s. La subunidad grande tiene rRNA grande y muchas proteínas. 23s. La sub-
unidad pequeña tiene 5s, molécula de RNA 16s y unas 20 proteínas distintas
- Eucariotas: 60s. mensajero subunidad grande 28s y pequeña 18s. Muchas proteínas.
La funcionalidad recae en el RNA y no en las proteínas. El ribosoma se ve al microscopio elec-
trónico, se sabe dónde se localizan las proteínas y por lo tanto dónde se producen las
funciones.
Funciones:
- Reconocer mensajero y ponerse en sitio adecuado para la traducción (sitio A).
- Sitio A: sitio definido para la entrada de aminoácidos que se van añadiendo.
- Sitio P: donde se une la cadena de polímeros.
Los sitios están en contacto con el mensajero para saber qué aminoácido poner.
- Sitio E: es el de salida.
- tRNA: Los aminoácidos han de ser complementarios de los tripletes, por lo que es necesaria
esta molécula adaptadora, es un ácido nucleico porque debe ser capaz de reconocer codones
y complementarlos. El tRNA lleva aminoácidos y se encarga de que participen en la síntesis de
proteínas, formando un derivado del aminoácido y tRNA, el aminoacil-tRNA. Debe haber tantos
tRNA como tripletes. Si el aminoácido es sustituido tras la formación del derivado se pondrá
erróneamente. La derivación debe ser una reacción muy exacta catalizada por un enzima que
produzca pocos errores.
Los tRNA son muy pequeños, mucha estructura secundaria, compactos, forma tridimensional
de L. Constan de dos partes esenciales:
- Parte que reconoce el triplete, un anticodon complementario del codon.
- Zona a la que se une el aminoácido, extremo 3’. En todos este extremo termina en CCA, es el
aceptor del aminoácido que se une a la adenina final. El anticodon y el sitio aceptor son opues-
tos.
La reacción de unión está llevada a cabo por enzimas aminoacil-tRNA-sintasa. Los sustratos
son los aminoácidos y e tRNA y la energía la aporta el ATP. Reacción en dos etapas:
- aminoácido + ATP Æ derivado activado del aminoácido (aa+AMPÆderivado aminadenilado)
+ pirofosfato
- El mismo enzima transfiere el aminoácido activado al extremo 3’ del tRNA.
Con la formación del derivado se consiguen dos cosas:
- Formar un derivado complementario del codon.
- Forma activada del grupo carboxilo que se une al aminoácido siguiente por condensación.
Corrección de errores de la aminoacil-tRNA-sintasa: cada tRNA sólo se carga con el
aminoácido adecuado, y a veces un compuesto mal formado es hidrolizado antes de salir del
enzima, porque el enzima discrimina entre aminoácidos pero a veces se confunde. El gasto
energético es muy alto. Hay un enzima para cada aminoácido.
Parte pequeña del ribosoma reconoce al mensajero y se le une. Todos los tRNA tienen la mis-
ma forma porque entran en el mismo sitio. Se selecciona un tRNA y no otro según el codon
que complemente. El ribosoma tiene un túnel para proteger los primeros 30 aminoácidos de la
cadena. El enlace peptídico se forma en la subunidad grande, recayendo la actividad en el
RNA grande (23s).
Funcionamiento del ribosoma en la traducción: Al principio las dos subunidades están
separadas, ensamblándose en el codon de iniciación. Luego se desplaza y va leyendo y colo-
cando aminoácidos. Al final se disocia del mensajero, se suelta y vuelve a empezar. Si al
mismo mensajero se asocian varios ribosomas (polirribosoma o polisoma) se producen varias
proteínas. el ribosoma cerca de 5’ sintetizará una cadena más corta que el de 3’. Todos los
componentes se reciclan si no se estropean. El N-terminal se incorpora primero, el último es el
C-terminal.
En procariotas la traducción puede empezar antes de que finalice la transcripción. Una vez
hecho el extremo 5’ puede empezar, de ahí el poco procesamiento.
En eucariotas no puede ser porque la transcripción y la traducción ocurren en lugares distintos
Etapas de la traducción.
Iniciación.
Procariotas.
Empieza con las subunidades separadas, comenzando la pequeña que une un mensa-
jero por el primer aminoácido (metionina) unido a un tRNA especial. Hay factores proteicos que
según la etapa en que participen se llaman IF, EF y RF (con E delante si son eucario-
tas).Participan tres factores:
- IF1 e IF3: estabilizan la subunidad pequeña separada de la grande.
- IF2: permite que el primer aminoacil-tRNA se una. Al unirse lo hace al sitio P, asociado a IF2
que ha de estar en forma activa (uniendo un nucleótido GTP) y es esencial. Es el único ami-
noacil-tRNA que se une cuando sólo está la subunidad pequeña. La metionina está formilada
en el α-amino (formilmetionina). Cuando se une la subunidad grande se disocian todos los
factores proteicos. IF1 e IF3 salen pero IF2 ha de hidrolizar el GTP para salir. El mensajero se
posiciona sobre el codon de AUG adecuadamente para que luego se vean los codones. Para
ello todos los mensajeros de procariotas tienen el codon de iniciación AUG y a su izquierda
tienen una secuencia (Shine-Dalgarno) muy conservada rica en purina complementaria de la
secuencia del RNA de la subunidad pequeña (16s). Se supone que interaccionan igual que la
doble hélice colocando el mensajero.
Eucariotas.
Es más complicada por:
- Muchos más factores de iniciación.
- No hay secuencias de Shine-Dalgarno, la colocación es por otros procedimientos, el tRNA no
tiene una zona complementaria.
- Metionina no formilada.
La metionina unida al tRNA inciador es lo único que se une a sólo una de las dos subunidades
en el sitio P mal definido. Reacciona con EIF2. El primer aminoácido (metionina) se une con
EIF2, cuando el ribosoma tiene el primer aminoácido se une al mensajero. El mRNA en euca-
riotas tiene gorra 5’, es el punto de enganche de la subunidad pequeña que ya tiene el primer
aminoácido. Se desliza por el mensajero hasta encontrar el codon de iniciación y se para por-
que el tiene el aminoacil-tRNA que establece interacciones. Implica gasto de ATP porque hay
estructuras que deshacer, hay factores proteicos que ayudan a deslizarse. Al entrar la subuni-
dad grande se sueltan los factores proteicos.
Elongación.
Formación de los enlaces peptídicos desde el segundo aminoácido hasta el C-terminal.
Ribosoma ya preparado. Entra el segundo aminoácido en el sitio A (la metionina está en el P) y
se forma enlace peptídico. el ribosoma se desplaza, en el sitio P estarán la metionina y el se-
gundo y en el sitio A el tercero. La entrada en el sitio A depende del codon.
En procariotas y eucariotas es casi igual. Hay tres factores de elongación:
EF-Tu EEF-1α
EF-Ts EEF-1βγ
EF-G EEF-2
Un aminoácido para entrar en el ribosoma ha de estar unido a un factor proteico (EF-Tu o EEF-
1α)llamado aminoacil-tRNA:
CH3 - CH - CO - tRNA Ala - EF-Tu-GTP
NH3 codonÆsitio A
El factor proteico nunca une ni tRNA iniciador ni tRNA sin aminoácido. El tRNA seleccionado
según complementariedad dl codon.
Sitio P:
O = C - HN - CH - R
H CO
tRNAf (el primero)
Los aminoácidos unidos por el carboxilo. Para formar peptídico el carboxilo 1º + amino 2º. Im-
plica transferencia porque el CO que está activado se transfiere al α-amino participando una
peptidiltransferasa.
CO - NH
CH - CO - tRNA Ala ...
En el sitio A queda un dipéptido unido por el tRNA del segundo. En el P queda tRNA vacío que
se sale pasando por el sitio E. No necesita factor proteico extra. El RNA grande de la subuni-
dad grande es la peptidiltransferasa. Tiene actividad catalítica. Para unir el siguiente
aminoácido en el sitio A el tercer codon ha de estar desocupado, por lo que el complejo se ha
de mover 3 nucleótidos (traslocación). Requiere factor proteico G activado con GTP. El factor
proteico G ha de salir para que entre otro aminoácido porque sólo ayuda a moverse. Para salir
hidroliza GTP. Se disocia porque solapa el sitio de Tu. El factor Ts sirve para reciclar Tu reacti-
vándolo. Los factores se pueden usar varias veces si hay energía.
Terminación
Implica la disociación del complejo ribosoma + tRNA + proteína nueva.. Cuando en el
sitio A aparezca un codon de parada tras el C-terminal o sin sentido, la peptidiltransferasa en
lugar de transferir el peptídico a otro aminoácido lo transfiere al agua, gracias a los factores
proteicos RF ó ERF.
Modificaciones post-traduccionales.
1.- Transformaciones para que la proteína sea nativa. Las diferencias entre la proteína sinteti-
zada y la nativa son:
- Puede perder aminoácidos por ruptura del enlace peptídico. Es común la pérdida del N-
terminal (Met).
- Modificaciones químicas de las cadenas laterales de los aminoácidos codificados. Pueden ser
durante la síntesis (cotraduccionales) o después (post-traduccionales). Siempre tras la incorpo-
ración del aminoácido a la cadena. A veces implica reaccionar con hidratos de carbono,
metilación, hidroxilación ...
2.- Es esencial que la cadena polipeptídica se pliegue (estructuras secundaria y terciaria). El

plegamiento ocurre cuando la proteína se sintetiza, no espera a que esté la cadena completa,
porque los grupos hidrofóbicos molestarían. Puede ser que los primeros plegamientos no sean
los óptimos, por lo que ayudan carabinas moleculares protegiendo las regiones hidrofóbicas,
para lo que se unen reversiblemente.
3.- Para que sean funcionales deben localizarse dentro de la célula. En los eucariotas hay mu-
chas membranas que deben ser traspasadas. En eucariotas hay síntesis de proteínas:
- Dentro de mitocondrias y cloroplastos, que sintetizan para ellos mismos con ribosomas pro-
pios aunque necesiten proteínas del exterior.
- A partir del DNA nuclear se sintetizan proteínas por los ribosomas en el citosol.
Las proteínas sintetizadas en el citosol pueden tener varios destinos:
- Para distinguir entre varios destinos tendrán que tener una señal de localización.
- En el orgánulo habrá un receptor que reconozca esa señal.
Una célula no se puede obtener a partir del DNA. hace falta más información, epigenética, que
diga qué cosa ha de ir dónde. Las proteínas que se han de quedar en el citosol no tienen señal
porque siempre hay un sitio por defecto.
Transportar una proteína a través de una membrana se puede hacer de dos maneras::
- Si ha de pasar a través de la membrana no podrá haberse plegado. Si la proteína es globular
no podrá pasar porque la membrana es hidrofóbica, por lo que tendrá que estar parcialmente
desplegada y protegida por carabinas.
- Se puede englobar las proteínas dentro de una vesícula que se fusione con la membrana y
las libere dentro. Las proteínas deben estar dentro del retículo y pueden estar plegadas.
- El núcleo tiene poros por los que pueden pasar las proteínas ya plegadas.
Hay dos tipos de transporte:
- Post-traduccional: las proteínas primero se sintetizan y luego se transportan.
- Cotraduccional: siempre van al retículo endoplásmico. El retículo rugoso tiene ribosomas que
sintetizan proteínas que se quedan dentro (tienen una señal que hace que se peguen al retícu-
lo). Luego se suelta el ribosoma. Las proteínas de las membranas entran siempre dentro del
retículo. Como tienen muchos trozos hidrofóbicos al sintetizarse se incorporan a la membrana y

ya no salen de ella. Viajan en vesículas.
Regulación de la traducción.
Todas las moléculas que intervienen pueden ser reguladores (tRNA, mRNA...).
- Como hay aminoácidos representados por varios codones hay tRNA más abundantes que
otros, lo que limita la expresión del codon, ya que un tRNA difícil de encontrar se usa menos.
- Factores que potencien o no la traducción del mensajero. En procariotas si la secuencia de
Shine - Dalgarno está tapada por una proteína reguladora no puede haber traducción del men-
sajero.
- Alteración de los factores proteicos IF y EF por modificación covalente (fosforilación). El punto
de control más importante es el I (iniciación) porque es la etapa más lenta). Los antibióticos
matan bacterias bloqueando la síntesis de proteínas. A los eucariotas no les afecta porque el
mecanismo es otro. El cloramfenicol bloquea la síntesis del enlace peptídico.
TEMA 11. SISTEMA ATP - ADP.

Fuentes de energía.
- Células fotosintéticas: fuente de energía la luz. Organismos autótrofos.
- Células no fotosintéticas: organismos heterotrofos.
Independientemente de la fuente, la energía se obtiene degradando moléculas
complejas como hidratos de carbono, grasas, proteínas ...
Obtención de la energía.
Las moléculas complejas tienen un alto contenido en energía potencial
que al degradarlas se desprende. Esto es termodinámicamente favorable. Si
las reacciones de degradación no están acopladas a otras la energía se pierde
en forma de calor, lo que no es útil (los seres vivos son isotérmicos). Se trans-
porta la energía desde donde se produce hasta donde se necesita acoplando
los procesos. Si en una reacción ∆G<0 es favorable, pero si ∆G>0 se acoplan a
procesos muy favorables:
∆G = ∆G1 + ∆G2 ∆G1>0 ∆G2<0
Si ∆G<0 es termodinámicamente favorable. La forma de acoplar reacciones es
con un intermediario común. Las reacciones favorables producen el intermedia-
rio que luego las desfavorables usan. Para que el metabolismo sea versátil el
intermediario ha de ser único, el ATP.
Las reacciones de degradación por oxidación producen ATP a partir de ADP y
Pi. El ATP es un nucleósido trifosfato derivado de la adenina. Para sintetizar
una molécula el ATP se descompone en ADP y ce energía.
Si la oxidación se produce en condiciones aerobias ocurre en dos etapas:
1.- Oxidación del sustrato nutriente: reacciones catalizadas por enzimas
deshidrogenasas que eliminan electrones. Como las proteínas están formadas
por aminoácidos que no tiene ninguna cadena lateral adecuada para el trans-
porte electrónico, los enzimas necesitan un cofactor para el transporte. Son dos
dinucoeótidos, el NAD+ y el FAD. Una vez recogidos los electrones dan lugar a
la forma reducida del cofactor, NADH y FADH2. En esta etapa se sintetiza ATP.
2.- Los cofactores son oxidados por el O2 que recoge los electrones y se
reduce a H2O. Los cofactores se reoxidan, NAD+ y FAD y se vuelven a usar. Se
sintetiza mucho más ATP que en la etapa anterior.
Como el trabajo es continuo pero el aporte de energía no lo es, el ATP ni se

almacena ni se transporta, sino que se produce cuando ser necesita. Cuando
sobra energía se aumentan las reservas energéticas.
Catabolismo: reacciones que acompañan a los procesos de degradación y ob-
tención de energía.
Anabolismo: a partir de compuestos sencillos se forman macromoléculas me-
diante aporte de energía.
A las dos juntas se les llama metabolismo. El ATP producido en el catabolismo
se quema en el anabolismo.
Estructura del ATP.

Es un nucleósido trifosfato derivado de la adenina. a pH fisiológico tiene
una carga negativa en cada grupo fosfato. Los grupos fosfato se unen median-
te enlaces fosfoanhidrilo. Si en lugar de tres tiene dos fosfatos es ADP y si
tiene uno es AMP.
AMP
ADP
ATP
Función del ATP.
Impulsa reacciones transmitiendo grupos fosfato. Si el aceptor fuera el agua, la

reacción de hidrólisis sería:
ATP + H2O Æ ADP + Pi
ATP + H2O Æ AMP + Pi + pirofosfato
∆Gº’ es ∆G en condiciones estándar y a pH 7. ∆G 0 -31 KJ/mol, es muy favora-
ble, el ATP tiene mucha tendencia a ceder Pi o PPi.
∆Gº’ = -2.3 RT log Kequilibrio.
Al subir Kequilibrio ∆G se hace muy negativa, por lo que la constante debe ser
grande para que cuando participe pueda impulsar otras reacciones.
K equilibrio =
[ ADP] ⋅ [ Pi]
[ ATP]
Kequilibrio es tan grande porque influyen dos factores:
- Al perder un Pi tiene menos cargas negativas por lo que es favorable.
- El ADP y el Pi están estabilizados por formas resonantes.
Requisitos para poder ser moneda energética.

La ruptura debe ser favorable y la molécula estable (las transformacio-
nes deben ocurrir a poca velocidad). La energía de activación de ATP + H2O Æ
ADP + Pi es grande por lo que espontáneamente no ocurre. No hay enzimas
que hidrolicen ATP porque la energía se pierde en forma de calor. Si en lugar
de agua es otra molécula el sustrato se fosforila.
Hay dos maneras de activar un proceso:
- Que el sustrato forme un derivado con parte de la molécula dando AMP - sus-
trato.
- Que el sustrato se fosforile.
Los procesos evolucionan hacia el equilibrio, cuanto más lejos de él más
energía dará la transformación.
∆G = ∆Gfinal - ∆Ginicio ∆Gfinal = ∆Gequilibrio
∆G’ depende de las concentración de reactivos y productos en ese momento.
∆G' = ∆G º '+2.3RT log

[ ADP] ⋅ [ Pi] .
[ ATP]
En condiciones celulares la cantidad de energía que se obtiene al transformar

ATP es mucho mayor que ∆Gº’. La relación ATP
/ADP está muy lejos de lo que
gobierna el equilibrio y la célula gasta mucha energía en mantenerlo así porque
∆G será mucho más grande.
El ATP es capaz de impulsar una reacción con ∆G>>0 porque participa este-
quiométricamente en ella. Como la reacción es muy favorable es capaz de
impulsar la reacción tanto como lejos está del equilibrio.
El sistema ATP - ADP en la célula.

Para sintetizar ATP por fosforilación del ADP tenemos acoplando al catabolis-
mo:
ADP + Pi Æ ATP + H2O
Sintetizar ATP requiere mucha energía procedente de reacciones de oxidación.
Al usar ATP se descompone en ADP ó AMP. Si sólo existieran estas reaccio-
nes nos quedaríamos pronto sin ATP, por lo que otras reacciones usan ADP y
AMP:
AMP + 2 ATP Æ 2 ADP Æ 2 ADP + Pi Æ ATP
Los enzimas que fosforilan pasan Pi a partir del ATP y se llaman quinasas
(adenilato quinasa recupera AMP). Para recuperar PPi:
PPi + H2O Æ 2 Pi
pirofosfatasa
GTP, UTP y CTP sirven igual que el ATP:
GTP + H2O Æ GDP + Pi Æmisma energía que para ATP
Para recuperar el GDP se usa siempre ATP:
GDP + ATP ÆGTP + ADP
Fuentes de energía. Estrategias para la síntesis de ATP.

Síntesis acoplada a reacciones de degradación por oxidación. En este proceso
los cofactores se reducen y se produce energía para sintetizar ATP de ADP +
Pi. En la mayor parte de células consta de dos fases:
Sustancias Nutritivas
ADP + Pi NAD+, FAD

H2O
I e-
II
ATP NADH, FADH2
O2
ADP + Pi ATP
Compuestos simples
I.- Fosforilación a nivel de sustrato: fosforilación de ADP. Asociada a la fracción
soluble de la célula. No requiere O2.
II.- Fosforilación oxidativa: se sintetiza mucho más ATP. Síntesis ATP relacio-
nada con la formación de un compuesto fosforilado con potencial de
transferencia de grupos fosfato mucho mayor que el ATP para poder cederlo al
ADP. Hay mucho compuestos fosforilados pero pocos que puedan cederlo. Es-
tas moléculas se forman como intermediarios de las reacciones metabólicas.
En la reacción de oxidación de aldehído a ácido durante la degradación de la
glucosa, con ∆G grande, el gliceraldehído-3-fosfato por tanto se transforma en
3-fosfoglicerato. Para acoplar la síntesis de ATP se divide la reacción en dos
etapas con la formación de un intermediario, el 2,3-BPG:
CH2OP - CHOH - COH Æ -----------COO-
NAD+ NADH
NAD+ NADH ADP ATP
1,3-BPG
CH2OP - CHOH - C=O
O-P
Es inestable, tiene tendencia a ceder el P al ADP.
Hay otros dos compuestos con potencial de transferencia mayor que el ATP:
- Fosfoenolpiruvato (PEP): también interviene en la oxidación de la glucosa.
- Fosfocreatina: almacén en el músculo.
Membranas transductoras.
En la fosforilación oxidativa la cadena está asociada a transporte de
electrones. La energía para la síntesis de ATP la proporcionan las reacciones
redox durante la cadena de transporte. El proceso está siempre asociado a
membranas transductoras de energía que cambian una forma de energía (re-
dox) en otra (ATP). No todas las membranas son transductoras. En las células
eucariotas animales las transductoras están en la membrana interna de las mi-
tocondrias, y en las vegetales además en la membrana tilacoidal del
cloroplasto. En procariotas la transductora es la membrana plasmática.
Características comunes a todas las membranas transductoras:
Síntesis de ATP acoplada a transporte de electrones. Requisitos:
- Sistema enzimático encargado de la síntesis de ATP (ATP sintasa). Es casi
igual para todas las células.
- Conjunto de proteínas que formen una cadena de transporte de electrones.
Según la célula sea fotosintética o no hay dos tipos
1.- Membrana interna de la mitocondria: encargada de la respiración.
Transporte de electrones se realiza a favor de gradiente de potencial (es es-
pontáneo). Los electrones van desde los sustratos (NADH, FADH2) hasta un
aceptor final con más tendencia a recibir los electrones. Si hay O2 es el aceptor
final.
2.- Membrana tilacoidal: encargada de la fotosíntesis. Es en contra de
gradiente de potencial, no es un proceso termodinámicamente favorable. Sólo
funciona con la ayuda de la energía de la luz.
Acoplamiento entre la cadena de transporte electrónico y la ATP sintasa.
Por medio de un gradiente de protones. La cadena de transporte y la ATP sin-
tasa están en la misma membrana. Se crea un gradiente a través de
membrana por medio de las reacciones redox. La ATP sintasa usa ese gradien-
te para sintetizar ATP. Además de sintetizar ATP también se usa en muchos
procesos.
Tema 12. Biomembranas y transporte.
Estructura y propiedades de las membranas biológicas.
Características.
- Permeabilidad selectiva: papel activo en la diferenciación con el entorno per-
mitiendo el paso de unas sustancias y rechazando otras.
- Acepción de energía en las células fotosintéticas.
- Reconocimiento celular (como en el caso antígeno - anticuerpo).
Estructura.
- Bicapa lipídica: mosaico fluido. El interior de la membrana es hidrofóbico gra-
cias a las colas hidrocarbonadas.
- Hay proteínas dentro de la membrana o asociadas a ellas que dan las funcio-
nes. Hay membranas con muy alta proporción de proteínas.
Lípidos.
Hay de tres clases, han de tener componentes polares y apolares.
1.- Glicolípidos: tienen un grupo hidrato de carbono, glucosa, galactosa, mono-
sacáridos ...
2.- Fosfolípidos: derivado del glicerol con dos cadenas hidrocarbonadas y un
grupo fosfato con grupo polar,. En entorno acuoso es estable en estructura bi-
capa.
3.- Esfingolípidos: derivados del alcohol esfingosina.
Esteroles.
Colesterol. Componente esencial, tiene un grupo OH polar y anillos hidrofóbi-

cos.
Estructura bicapa.
Es estable porque las colas hidrofóbicas están dentro interaccionando para huir
del entorno acuoso. Si la membrana está ordenada y todas las colas interac-
cionando la estructura es muy organizada y se llama estructura rígida. No es la
idónea para las funciones biológicas porque debe ser fluida. La estructura fluida
se alcanza aumentando la temperatura. Hay una temperatura llamada de tran-
sición por debajo de la cual la estructura es rígida y por encima fluida. Esta
temperatura depende de las características de los lípidos que la forman, cuanto
más larga sea la cola más rígida será, influenciada por el número de insatura-
ciones (mayor número más fluida). El colesterol es esencial para la fluidez
porque se mete entre las colas y no deja que se organicen bien.
Proteínas de membrana.
Caracterizan la funcionalidad de la membrana. Hay 2 grupos:
- Proteínas solubles: se extraen fácilmente. están asociadas débilmente a pro-
teínas globulares (hidrofílicas). algún residuo permite asociarse a la membrana.
Algunas se asocian más permanentemente uniéndose de forma covalente a
algo hidrofóbico, las cadenas laterales de los aminoácidos reaccionan con un
ácido graso que se inserta dentro de la membrana.
- Proteínas muy poco solubles inmersas dentro de la estructura de la membra-
na, hay que romper la membrana para extraerlas. La cadena polipeptídica les
permite estar dentro por medio de fragmentos de 20 ó 25 aminoácidos hidrofó-
bicos llamados transmembrana (estructura α hélice), la cantidad necesaria para
atravesarla. Hay proteínas con 1 transmembrana y otras con 12. Si una proteí-
na atraviesa muchas veces la membrana crea un canal de residuos polares
que permite la entrada de moléculas polares.
Características de la membrana.
- Todos los lípidos y las proteínas se mueven dentro de la membrana (fluida).
Movilidad lateral, indispensable para el funcionamiento, y transversal (más difi-
cultosa, lo que provoca asimetría).
- Hay hidratos de carbono que modifican las proteínas o lípidos. Oligosacáridos
o glucosa en general.
- La membrana delimita un espacio cerrado con composición diferente. La parte
intermedia es apolar, no permeable a iones (polares). Los apolares atraviesan
la membrana.
Permeabilidad selectiva: sistema especial de transporte de moléculas polares e
iones. Hay proteínas específicas transportadoras, algunas polares. El agua es
muy pequeña por lo que atraviesa las membranas sin dificultad.
- Las membranas son capaces de mantener gradientes iónicos. Como no pa-
san libremente se puede establecer una diferencia de potencial a ambos lados
de la membrana.
Transporte a través de membrana.

Aspectos termodinámicos.
El transporte de moléculas cuya concentración sea superior fuera hay que

aportar energía,
∆G’>0. Al revés es favorable y ∆G’<0, se desprende energía que se acumula
en forma de gradiente. Relacionado con la síntesis de ATP.
Si c2 es la concentración del interior de la célula y c1 la del exterior,
c2
∆G' = RT ln
c1
- Si la molécula transportada es neutra:
c2>c1 ∆G>0 es desfavorable, se ha de aportar energía.
c2<c1 ∆G<0 es favorable, se favorece la entrada y se desprende energía.
c2=c1 ∆G=0 está en equilibrio y no hay transporte.
.- Si la molécula transportada está cargada:
Además del gradiente de concentración se ha de considerar el potencial eléc-
trico. ∆G depende de la carga y el potencial entre las partes:
∆G = mF∆Ψ criterio de signos: ∆Ψ = int − ext
El transporte de moléculas cargadas con el mismo signo que las de dentro es
desfavorable y si son de signo contrario no.
Normalmente influyen gradiente de concentración y potencial de membrana
c2
: ∆G = mF∆Ψ + RT ln = ∆µ ion
c1
∆G es la diferencia de potencial (gradiente) electroquímico, informa sobre el

trabajo para transportar un ion o la energía que libera. Si ∆µ<0 libera energía.
Normalmente se usa gradiente de protones para µion:
∆µ H + = F∆Ψ + 2.3 RT log

[H ]
+
int
y como -log [H+] = pH
[H ]
+
ext
∆µ H + = F∆Ψ + 2.3RT∆pH (int − ext )
Mecanismos de transporte a través de membrana.

- Transporte sin aporte de energía: transporte pasivo, ocurre cuando es a favor
de gradiente.
- Transporte aportando energía: transporte activo
- Difusión simple: las sustancias hidrofóbicas atraviesan libremente la membra-

na. Sólo pasivo. Moléculas solubles en la membrana y muy pequeñas como el
agua, oxígeno ...
- Difusión facilitada: por proteínas transportadoras. Activo. Es específico y se
puede saturar, lo que depende de la cantidad de proteínas transportadoras. Si
se satura es facilitado.
Tipos de transporte pasivo:
La proteína forma un canal polar que permite el paso de iones. Pasivo cuando
es a favor de gradiente. Hay 3 posibilidades:
- Canal con entorno polar que atraviesa la membrana,
- Hay moléculas transportadoras llamadas ionóforas que son solubles en la
membrana. Como pasan libremente pueden unir un ion y soltarlo dentro cuan-
do el gradiente aumenta.
- Hay proteínas integrales transportadoras que al unir un ion cambia su confor-
mación y lo libera al otro lado donde la concentración es más pequeña.
Tipos de transporte activo:
Sólo ocurre cuando hay transportadores. Requiere energía porque es contra
gradiente
- Transporte activo primario: a la vez que el transporte se da una reacción
química que aporta la energía necesaria. Ejemplos:
a.- Bomba de Na+-K+: se transportan Na+ y K+ al mismo tiempo que se
hidroliza ATP.
b.- Acoplando transporte de H+ al transporte electrónico en contra de
gradiente. La energía necesaria viene de la reacción redox del transporte de
electrones.
Transporte activo secundario: la fuente de energía necesaria para el trans-
porte proviene de otro sistema.
Estos dos tipos de transporte hacen referencia a la dirección del transporte ió-
nico, cotransporte si van en la misma dirección y antiporte si van en direcciones
contrarias. El aporte energético viene dado casi siempre por la hidrólisis del
ATP, ya que es en contra de gradiente. Un sistema enzimático en la membra-
na, la ATPasa , transportará Na+ y K+ a través de la membrana,
La ATPasa se encarga de mantener la diferencia de potencial. Saca 3 Na+ y
mete 2 K+. Otro sistema aprovecha la vuelta del Na+ a favor del gradiente crea-
do por la ATPasa. Esta energía es aprovechada para el transporte de glucosa

en contra de gradiente.
Teoría quimiosmótica,
La síntesis de ATP desde la fosforilación oxidativa siempre está asociada a una
membrana que debe tener ATP sintasa y transporte de electrones. La fuente de
energía para la síntesis de ATP es un transporte de iones a favor de gradiente
y la encargada será la ATP sintasa. El gradiente será de H+. La cadena de
transporte está acoplada al bombeo de H+. La ATP sintasa es un sistema re-
versible, cuando hay gradiente de H+ sintetiza ATP y cuando no lo hay utiliza la
hidrólisis del ATP para crearlo.
Las membranas han de ser impermeables a los H+ para crear el gradiente, que
se usa para otras cosas como cotransporte, producción de calor para aumentar
la temperatura, ...
ATP sintasa.
Sistema enzimático que sintetiza ATP por fosforilaión oxidativa. Asocia-
do a la membrana. La energía necesaria la aporta el gradiente de protones
creado por la cadena de transporte electrónico, que está en la misma membra-
na. Cuando se transportan electrones se bombean protones creando un
potencial electroquímico. Sólo se sintetiza ATP cuando existe este gradiente
(síntesis acoplada al transporte de electrones). Los protones entran a favor de
gradiente, pasan a través del complejo enzimático para volver y la energía libe-
rada es usada.
La ATP sintasa tiene tres componentes:
- F1: atraviesa la membrana creando un canal para los protones. Está formada
por 3 componentes: a, b y c. La que tiene mayor número de subunidades igua-
les en c. Alguna de sus componentes sobresale un poco para enganchar F0.
- Porción catalítica donde se unen ADP + Pi Æ ATP
- F0: está fuera de la membrana y es hidrosoluble. Está en el lado de menos
concentración de protones. Tiene 5 subunidades: α, β, γ, δ y ε. Tiene 3 copias
de α y β, y 1 de las otras. Sólo β tiene sitios activos para la síntesis de ATP (3).
Los sitios interaccionan funcionando de manera alternada. Cada sitio pasa `por
3 estados: unir, formar y soltar ATP. γ hace de puerta para los protones.
Es un sistema muy complejo formado por muchas cadena polipeptídicas que
puede funcionar de manera reversible. Al hidrolizar ATP se sacan protones en
contra de gradiente
La ATP sintasa está regulada estrictamente para que no haga la función
inversa, bombear protones hidrolizando ATP cuando la concentración de ATP
es alta. En mitocondrias y cloroplastos hay subunidades adicionales. La ATP
sintasa de las mitocondrias tiene un componente llamado OSDP (péptido que
confiere sensibilidad a la oligomicina). La oligomicina es un antibiótico que in-
hibe la síntesis de ATP.
Para la síntesis de ATP por fosforilación oxidativa se han aprovechado meca-
nismos que la célula ya tenía que bombean protones hidrolizando ATP.
Funcionando al revés sintetiza ATP.
Estructura de los cofactores.

NAD: adenin nicotín dinucleótido. Puede transportar dos electrones a la vez
con la nicotinamida y un H+. capta iones hidruro formando NADH. Hay una for-
ma fosforilada, NADP que tiene un P en el C2, no participa en la cadena
respiratoria, sólo en reacciones de biosíntesis. Los enzimas con NAD participan
en la oxidación de grupos OH formando grupos carbonilo. Siempre unido dé-
bilmente al enzima (coenzima).
FAD: flavin adenín dinucleótido. Lleva los e- en el anillo de isolocsatina en el
anillo de flavina. Transporta e- de 2 en 2 y 2 átomos de H+ (H2). El mononu-
cleótido con el anillo de isolocsatina puede funcionar como FMN
(flavilmononucleótido). FAD y FMN se unen normalmente de forma covalente al
enzima (grupos prostéticos). Si el enzima forma doble enlace suele llevar FAD.
TEMA 13. CADENAS RESPIRATORIAS.
Hay 2 tipos de cadenas de transporte electrónico:

- A favor de potencial de reducción con ∆G<0. La energía se utiliza para crear
µH Æ cadena respiratoria.
- En contra de potencial de reducción, no espontáneo, ∆G>0. Aporte de ener-
gía. La energía de la luz da lugar a reacciones que crean µ Æ cadena de
transporte fotoelectrónico. Asociado a la fotosíntesis.
La cadenas pueden localizarse:
- Membrana interna de la mitocondria (eucariotas). En las bacterias que respi-
ran en la membrana plasmática.
- En el cloroplasto en la membrana tilacoidal. Bacterias fotosintéticas en la
membrana plasmática.
Glucosa: C6H12O6. Cualquier célula la degrada de 2 maneras:

- Fermentación: la glucosa no se degrada completamente porque no se
oxida sino que se crean 2 moléculas más pequeñas (de 3 carbonos). Se crea
lactato en la fermentación láctica y etanol en la alcohólica. La fermentación no
requiere oxígeno. ∆G<0 = -217 KJ/mol.
- Degradación completa hasta CO2. Se necesita la ayuda del O2:

C6H12O6 + 6 O2 Æ 6 CO2 ∆G<0 = -2810 KJ/mol
No se produce la combustión completa de la glucosa en una sola reacción sino
que se hace en muchas etapas liberando energía en porciones utilizables.
Cadena respiratoria.
Los e- procedentes de las oxidaciones de la célula vendrán formando
parte del NADH y FADH2 que los cederán al O2 debido al Eco (potencial de re-
ducción) que es más positivo cuanto mayor es la tendencia a captar los e-.
Ceder los e- al O2 es favorable. La cesión de O2 ocurre en varios pasos de oxi-
dación reducción, por eso es una cadena, Tendremos pequeñas porciones de
∆G que se usarán para sintetizar ATP pero no directamente. La cadena respira-
toria está siempre en una membrana y almacena la energía en forma de
gradiente de concentración. Este gradiente es el que se encarga de sintetizar el
ATP, En la misma membrana deberá haber ATP sintasa que aproveche el
bombeo de H+. Se sintetiza ATP en el lado donde haya menor concentración
de H+.
Transportadores.
Flavoproteínas.
Proteínas que tienen grupo prostético derivado de la flavina, FAD ó FMN. Pue-
den transportar 2 e- y 2h+ a la vez, es decir, moléculas de H2.
Metaloproteínas.
Hemoproteínas. (citocromos)
El Fe transporta los e- y forma parte del grupo hemo. El Fe puede ser Fe2+o
Fe3+. Los citocromos pueden transportar los e- de 1 en 1. Presentan color por-
que absorben luz visible, color distinto si la forma es la reducida o la oxidada.
Varios tipos de citocromos: a, a3, b, c, c1, d y o. Los d y o son específicos de
determinas cadenas respiratorias. El hemo del citocromo b es igual al de la
hemoglobina, la diferencia funcional está en la cadena polipeptídica. Grupo
hemo unido covalentemente a la proteína (citocromo c, a residuos de C4) o no
(restantes). Menos el c todas las demás son proteínas internas de membrana.
Ferrosulfuradas.
El Fe no forma parte del grupo hemo, en su lugar hay centros ferrosulfurados.
Hay 2 tipos: Fe2S2 y Fe4S4. Los FeS están unidos a 4 S de las cisteínas. Trans-
porte de e- de 1 en 1.
Quinonas.
Único transportador no asociado a proteínas. En los mamíferos tiene 10 sub-
unidades de isopreno y se le llama ubiquinona. Soluble en el entorno
hidrofóbico de la membrana. Puede aceptar 2 e- y 2 H+, estará reducida u oxi-
dada. Si acepta los e- de 1 en 1 se llama semiquinona.
Organización y funcionamiento de la cadena respiratoria,

Muchos componentes, alguno de ellos organizados en complejos. Todas las
cadenas tienen siempre transportadores organizados en complejos y otros mó-
viles que unen los anteriores. Los móviles son la UQ y el cit c. Los e- se
transfieren de un complejo a otro por choque. Transporte siempre organizado a
favor de un Eº. El punto por donde los e- se incorporan no es siempre el mismo,
depende del Eº ya que ha de ser favorable. El NADH tiene más tendencia a
ceder los e- que el FADH2 por lo que se obtendrá más energía cuando se oxide
el NADH que cuando lo haga el FADH2. Cuando los e- los aporta el NADH se
incorporan al principio de la cadena y participan 3 complejos:
NADH I UQ III cit c IV
FADH2 II O2
Este proceso no se puede variar ya que están ordenados atendiendo a un Eº
cada vez más +.
El FADH2 no se une por el mismo sitio sino que lo hace a través del complejo II,
de ahí los cede a la UQ y a partir de entonces es todo igual,
El ascorbato también se une por otro sitio y lo hará a partir del cit c.
Orientación en la membrana y bombeo de H+.

Los e- que llegan a la cadena siempre lo hacen desde el interior de la
mitocondria, es decir, el NADH está en la matriz mitocondrial. Cuando los e. se
transfieren desde el NADH hacia el O2, que también está en el interior de la
mitocondria, los H+ se bombean hacia el espacio intermembranoso, hacia el
exterior de la mitocondria. La ATP sintasa estará en esa posición y el ATP se
sintetiza en el interior de la mtocondria. Cuando los e- pasan por estos comple-
jos se bombean H+ creando un gradiente (almacén de energía). Los
transportadores tienen un nombre en función de la acción que realizan. Todos
catalizan reacciones redox.
Complejo I: oxida el NADH y reduce UQ Æ NADH - UQ - reductasa.
Complejo III: UQ - cit c - reductasa
Complejo IV: cit c - oxidasa.
Complejo II: recoge los e- que vienen del FADH2 y que proceden siempre del
ciclo del ácido cítrico. Como es el succinato, succinato - UQ - reductasa.
Estos complejos tienen todos varios transportadores de electrones:
Complejo I: FMN y centros FeS.
Complejo II: FAD, centros FeS y 1 cit b.
Complejo III: centros FeS y citocromos b y c1.
Complejo IV: cit a, cit a3 e iones de Cu.
El transporte dentro de un complejo también está organizado a favor de Eº y
siempre el que coja los e- tendrá Eº más positivo que el que los cede.
Espacio intermembranoso. H+ H+
H+
I III cit c
IV
memb int UQH2
FMN FMNH2 FeS e- e- citb FeS cit c1
CuA cit a CuB
2 e- UQ Fe3+ Fe2+
cit a3
matriz H+
O2 2H2O
NADH NAD+ H+ H+ 4 H+
Cu2+ Cu+
II
3+ 2+
Fe Fe
FAD FADH2 e- FeS
succinato fumarato
Los 2 e- son recogidos por el FMN del complejo I que pasa a la forma reducida
FMNH2, cogiendo para ello 1 H+ de la matriz. Los e- del FMNH2 pasan a un FeS
que los transporta de 1 en 1 quedando os H+ libres que pasan al espacio inter-
membranoso. Los e- saldrán del complejo I por el FeS pasando a la UQ que es
capaz de transportar 2 e- y 2 H+. Coge los 2 H+ del medio que le hacen falta
para reducirse a UQH2. El paso de los e- por el complejo I provoca un bombeo
de H+ desde el interior de la mitocondria. Esta UQ cede los e- al complejo III
donde sólo se transportan e-. El primer componente que actúa es el cit b y la
UQ le va dando los e- de 1 en 1. El cit b recoge os e- en el Fe del hemo que
pasa de Fe3+ a Fe2+ y los cederá a un FeS quedando de nuevo en estado Fe3+.
Del FeS pasa al cit c1 que lo pasa al cit c que está fuera del complejo III y ade-
más está en la superficie. Este cit c los pasa al complejo IV cediéndoselos al
CuA, cit a. Cu B y finalmente el cit a3, que se los cede al O2. El complejo IV
actúa como una bomba de H+ que funciona gracias a la energía obtenida por
las reacciones redox. Estos H+ provienen de las cadenas de los aminoácidos
que se disocian. La formación de H2O requiere e- y H+ que coge de la matriz

mitocondrial.
Cada vez que el NADH se reoxida cede 2 e- por lo que sólo es capaz de reducir
1 átomo de O2, se necesita que lleguen 4 e- a la vez. Existen mecanismos que
explican cómo la célula recoge 4 e- a la vez para que el O2 no se vaya redu-
ciendo poco a poco a partir de especies intermedias. Hasta que no tiene 4 e-
juntos no se reduce para dar 2 moléculas de H2O.
Los e- que entran por el FAD provienen del ciclo de Krebs a partir del succinato
que se encuentra en la matriz mitocondrial, Este succinato da lugar al fumarato
mediante la pérdida de 2 H+ que recoge el FAD dando lugar al FADH2. Los e-
pasarán a un FeS y de ahí a la UQ. En el complejo II no existe bombeo de H+.
Síntesis de ATP.
Para bombear H+ se tiene que utilizar energía que proviene de las reac-
ciones redox. Para la síntesis de ATP hay que tener en cuenta la relación P/O
(nº de moléculas de ATP que se sintetizan cada vez que se consume un átomo
de O2 o que se transportan 2 e- por la cadena). Según el nivel en el que están
los e- la relación P/O será mayor o menor. Se ha comprobado que cuando los
e- son aportados por el NADH la relación P/O = 3. Si no hubiera cadena de
transporte electrónico no se reoxidarían los coenzimas y no se podrían volver a
utilizar. Cuando los e. los aporta el FADH2 P/O = 2 y cuando es el ascorbato
P/O = 1.
NADH I UQ III cit c IV O2
FADH2 II
Entonces hay 3 sitios donde se conserva la energía (I, III, IV) pero no se sinteti-
za ATP en estos sitios. Como el complejo II no crea ningún gradiente de H+ no
se conserva la energía.
Este proceso está regulado porque para que haya síntesis de ATP tiene que
funcionar la cadena de transporte electrónico para crear gradiente de H+. Ade-
más, si la célula no sintetiza ATP porque no lo necesita no habrá cadena de
transporte electrónico porque no se podrán reoxidar los coenzimas. Para que
se dé la síntesis necesitamos NADH, O2, ADP y Pi, siendo el ADP el que con-
trola la velocidad de la cadena de transporte electrónico (control respiratorio).
Control respiratorio.
Al aumentar la concentración de ADP aumenta la velocidad de la cadena de
transporte electrónico y viceversa. Se puede explicar desde 2 puntos de vista:
Físico - químico: si no hay ADP no hay síntesis de ATP, no se consume gra-
diente de protones por parte de la ATP sintasa. Si sigue funcionando la cadena
de transporte electrónico el gradiente es cada vez más grande, se llega a un
punto en el que la energía para bombear H+ es muy grande y la cadena de
transporte electrónico se para porque no puede proporcionar bastante energía
para seguir bombeando. Disminuye el consumo de O2.
Fisiológico: si baja la concentración de ADP es porque hay mucho ATP y a la
célula no le interesa sintetizar más, si la cadena de transporte electrónico no
funciona los coenzimas no se reoxidan y todos los procesos se paran. Al au-
mentar la concentración de ADP se pon en marcha la cadena de transporte
electrónico, todos los procesos se activan y se crea gradiente de H+ para la
síntesis de ATP.
Inhibición del transporte electrónico (síntesis de ATP).

Hay 2 tipos de inhibidores que inhiben la cadena de transporte electrónico y la
síntesis de ATP.
Inhibidores de la cadena.
Se han descrito inhibidores específicos para cada uno de los complejos de la
cadena.
- Complejo I: rotenona y amitol.
- Complejo II: malonato.
- Complejo III:
- Complejo IV: cianuro, CO y azida.
Si se bloquea la cadena de transporte electrónico cesa el consumo de O2. Es-
tos inhibidores han sido importantes para determinar el orden de los complejos
en la cadena de transporte electrónico. Si no hay consumo de O2 no habrá gra-
diente de H+ y no se sintetizará ATP.
Inhibidores de la síntesis de ATP.

El inhibidor de la ATP sintasa es la oligomirina, que bloque la cadena y la sínte-
sis de ATP.
Desacopladores: otras moléculas inhiben la síntesis de ATP desacoplan-
dola de la cadena de transporte electrónico, y aunque no haya síntesis la
cadena sigue funcionando. Un desacoplador deshace el gradiente de H+ sin
parar la cadena. El más común es el 2,4-dinitrofenol que es soluble en la mem-
brana y su grupo oh se puede disociar. Esto libera energía en forma de calor.
Tanto el ATP como el ADP necesitan un transportador para salir y entrar de la
matriz mitocondrial y este transporte está favorecido por el gradiente de H+. En
la membrana interna de la mitocondria hay un transportador que a la vez que
saca atp mete ADP + Pi y esto está dirigido por el potencial de membrana. Los
Pi entran gracias a un transportador que se mueve por un gradiente de concen-
tración. Este transportador cotransporta H+ y Pi y aprovecha la energía del
gradiente para a la vez que se introduce H+ introducir Pi. Los desacopladores
pueden ser fuente de calor para aumentar la temperatura de la célula. Esto es
utilizados por neonatos y animales que hivernan. A esta proteína desacoplado-
res se le llama termogenina.
Otras cadenas de transporte de electrones.

En bacteria, donde no ha mitocondrias, las cadenas residen en la membrana
plasmática y funcionan esencialmente con el mismo tipo de moléculas pero son
más cortas y más eficientes. No todas utilizan como aceptor final de e- el O2.
Serán cadenas anaerobias donde el aceptor final puede ser un compuesto de S
ó N. Esta membrana plasmática también tendrá ATP sintasa.
Tema 14. Cadenas de transporte fotoelectrónico.
Esta cadena va en contra del potencial de reducción por lo que necesita

una energía que será aportada por la luz. Los transportadores serán los mis-
mos que en el tema anterior pero ahora serán capaces de captar la luz, estos
pigmentos forman parte de los complejos llamados fotosistemas. Gracias a los
fotosistemas todos los tramos de la cadena van en contra del potencial de re-
ducción (hace que aumente).
Fotosíntesis.
transforma la energía de la luz en energía para la vida. Proceso endergónico de
todas los componentes celulares. Permite la síntesis de componentes celulares
a partir de CO2 y H2O. También hay fotosíntesis del SO42-, NO -
3 y PO42-, pero
nos centraremos en la del CO2.
La reacción global es la siguiente:
CO2 + H2O (CH2O)n + O2
ATP ADP + Pi X- X e- (aporte energía
de la luz)
El O2 es sólo producto de la fotosíntesis cuando el H2O es el dador de electro-

nes, se le conoce como fotosíntesis oxigénica. Este proceso necesita 2 cosas:
ATP y aporte de energía.
Para que perdure el dador de electrones se debe regenerar. Para que sea favo-
rable deber ser espontáneo o tener el H2O mayor tendencia que X a ceder los
electrones. Además debe ser abundante y estar en todas partes. Como no es

espontáneo requerirá aporte energético de la luz. La luz será absorbida por
unos pigmentos que impulsarán la reacción. En el caso de la fotosíntesis X es
NADP+ y X- es NADPH. El NADPH será el poder reductor de la célula. este
energía se utiliza para crear un gradiente de protones.
En una segunda etapa el gradiente de H+ dirigirá la síntesis de ATP a través de
la ATP sintasa.
∆µH Æ ATP sintasa Æ ADP + Pi Æ ATP
Esta ATP junto con NADPH se usan para la síntesis de hidratos de carbono:
CO2 + {ATP, NADPH} Æ (CH2O)n
Normalmente se han distinguido 2 etapas, fase oscura y luminosa pero esto no
es cierto.
Cuando la luz incide sobre una molécula puede ser que sea absorbida o se dis-
perse. La luz que llega a la tierra corresponde a la zona del visible (400 - 700
nm). Si una molécula absorbe energía pasa a un estado excitado mandando 1
electrón a otro orbital. Las moléculas pueden estar unidas por enlaces dobles
(e- en orbital π) o enlaces sencillos (e- orbital σ), se necesitan cantidades de
energía diferentes para que se produzca el salto del electrón. esta energía es
menor que la λ que llega a la Tierra. La energía necesaria disminuye a medida
que aumenta el número de dobles enlaces debido a la deslocalización eléctrica
que existe en los dobles enlaces conjugados (más de 7 dobles enlaces conju-
gados es suficiente).
Pigmentos fotosintéticos.
Los pigmentos está organizados y normalmente forman grandes agrupaciones
llamadas fotosistemas.
Clorofila: la clorofila a es esencial para la fotosíntesis. La clorofila puede ab-
sorver luz porque tiene 7 enlaces conjugados y una cadena lateral que la hace
muy soluble en lípidos.
Pigmentos accesorios: carotenoides y ficobilinas. Complementan el espectro
visible absorviendo luz que no captan las clorofilas. Tienen más de 7 enlaces
conjugados.
Cuando absorven luz las moléculas 1 electrón salta y la molécula pasa a un

estado excitado transitorio. Luego vuelven al estado original perdiendo 1 elec-
trón y un poco de energía por resonancia. La mayoría de las clorofilas se
activan y vuelven al estado fundamental pasando la energía a una molécula
vecina. La luz consigue una separación de cargas. A la clorofila que sufre la
separación se la conoce como centro de reacción y es una clorofila a porque es
especial por el entorno que la rodea. Todos los fotones van dirigidos hacia ella .
A este conjunto de pigmentos se le conoce como sistema antena.
Esquema del proceso:
Cl a* NADPH (poder reduc-
tor)
luz pigmentos antena Cl a e-
Cl a+ NADP+
D+ D
H2O O2
En la biosfera muchos organismos hacen fotosíntesis: plantas y algas utilizan

como dador de e- al H2O, también hay bacterias que pueden hacerla:
H2O + NADP+ Æ(luz)Æ NADPH + H+ + ½ O2
Las bacterias pueden hacer fotosíntesis oxigénica y de otro tipo. En este caso
el control de la reacción lo llevará la bacterioclorofila a (BCl a). En la mayoría
de los casos la fotosíntesis no oxigénica funciona de la siguiente forma:
BCl a*
e-
BCl a
En plantas y algas la fotosíntesis se da en los cloroplastos y más concretamen-
te en la membrana tilacoidal. Los tilacoides forman sacos para crear
gradientes. Hay 2 tipos de tilacoides:
- Grana: están apilados.
- Lavela: actúan de conexión.
Al espacio que queda en el tilacoide se le llama estroma y es donde el CO2 se
transforma en hidratos de carbono. El que está en el interior del tilacoide se
llama lumen. En procariotas al no haber cloroplastos la fotosíntesis ocurre en el
citosol.
Fotosistemas.
Son la antena y el centro de reacción. Todos los organismos que realizan foto-
síntesis oxigénica tienen 2 tipos de fotosistemas, PSI y PSII. Son distintos
aunque ambos tienen como centro de reacción una clorofila a. Los máximos de
absorción son distintos:
PSI: P700
PSII: P680
Si no es oxigénica sólo habrá un fotosistema.
Los dos fotosistemas trabajan en serie y el esquema de la fotosíntesis propues-
to por Hill y Bendall se denomina esquema z.
Esquema Z.
Para activar la clorofila se requiere la absorción de un fotón:
NADPH
NADP+
hν
hν P700
H2O
P680
O2
∆µH
Se crea un gradiente de H+ que permite sintetizar ATP. Para impulsar el trans-
porte de e- se necesitan 2 fotones. Para obtener una molécula de NADPH
hacen falta 2e-, por lo que necesitaremos 4 fotones en total. Para formar 1 O2
hacen falta 4 e-, en total 8 fotones.
Transporte electrónico.
En bastantes sólo existe el PSI:
P700 Æ(luz)Æ P700+ ÆFerredoxina (memb) Æ Ferredoxina sol Æ Flavoproteí-
na NADP+
FAD
NADPH
FADH2
La ferredoxina es una proteína unida a la membrana. Tiene centros Fe4S4 y
llevan los e- en ese Fe. Hay varias ferredoxinas implicadas. No se sabe quien
es el primer aceptor de los e- (se piensa que puede ser otra clorofila a). De aquí
pasa a una ferredoxina que ahora es soluble. Esta lo pasa a una flavoproteína
que está asociada débilmente a la membrana por el lado del estroma y se en-
cargará de dar los e- al NADP+. Como consecuencia de esto la P700+ se queda
cargada positivamente.
PSII.
P680 Æ(luz)Æ P680+ Æ PQA PQB Æ PQ Æ cit b-f Æ plastocianina
H+
Desde la P680+ los e- pasan a las plastoquinonas. En esta transformación hay
implicada otra molécula que es la feofitina que será el primer aceptor. Ésta se
los pasa a los PQA PQB (asociados al PSI) y de ahí a PQ. Ahora pasan a un
complejo de cit b y cit f que es básicamente igual al complejo III. De aquí pasa
a un transportador móvil como es la plastocianina que tiene un átomo de Cu
donde lleva los e-. Está asociada a la membrana de forma periférica, al lado del
lumen. Esta es la que cede los e- a la P700+. Ahora sólo queda compensar la
carga + de la P680+ y esto se hace con H2O. P680+ es un agente oxidante más
fuerte que el H2O por lo que quita e- al agua. En la ruptura del H2O está impli-
cada una proteína que tiene Mn. Esta Mn-proteína es la encargada de coger
los e- y pasárselos a P680+, aunque este proceso no se conoce muy bien. El
H2O sólo se romperá cuando se hayan absorvido 4 fotones y como el P680+
sólo puede soltar 1 e- cada vez se supone que el complejo Z es capaz de acu-
mular cargas + hasta que se absorven 4 fotones y podrá volver al estado
fundamental y recoger los e- del H2O
1 e- Mn
P680+ P700
2 H2O
Mn-prot Z Æ Z+ Æ Z2+ Æ Z3+ Æ Z4+
O2
El PSI, PSII, cit b y cit f atraviesan la membrana, La ruptura del H2O también
ocurre en el lado del lumen. Cuando se transportan e- por la cadena se crea un
gradiente de protones de manera que la concentración de H+ es mayor en el
interior del tilacoide. La ATP sintasa deberá estar orientada hacia el estroma de
forma que el NADPH y el ATP se quedarán en el estroma que s donde se van a
utilizar. En las zonas apiladas nunca hay ATP sintasa ni PSI, sólo estarán en
las membranas laterales y en los tilacoides de conexión. Como resultado del
transporte de e- tenemos síntesis de ATP, en la cadena de transporte electróni-
co cuando circulan e- se crea un gradiente de H+ en el lumen. ∆µH = ∆pH + ∆ψ.
∆pH es el único que cuenta porque casi no se crea potencial de membrana. El
que el potencial eléctrico no se tenga en cuenta es porque a la vez que se in-

troduce H+ se saca Mg2+ al estroma.
H2O + NADP+ + ADP + Pi Æ(luz)Æ O2 + NADPH + ATP
Hay veces en que se produce ATP pero no O2. Esto ocurre cuando a la vez no
se produce NADPH, Se postuló que no se produce porque no hay una entrada
y salida de e- en esa cadena de transporte electrónico. Se pensó que existía
una cadena de transporte cíclico de manera que los e- que lanza cuando está
excitado vuelven de nuevo al principio. Los e- no se gastan en ese transporte
pero sí habrá síntesis de ATP, lo que se llama fotofosforilación cíclica,
Fotofosforilación cíclica.
en principio sólo funciona uno de los dos fotosistemas, aquél que no rompe el
H2O (ya que no se produce O2), el PSI. El e- se lo devolverá a la P700 pero no
directamente sino a través de la PQ con lo que se generará un gradiente de H+,
acompañando al flujo de e- habrá síntesis de ATP. No se forma NADPH porque
la ferredoxina no cede el e- al enzima encargado de ello.
El flujo cíclico se dará en la célula cuando no necesite NADPH (poder reductor
y esté más necesitado de ATP.
También se puede inhibir la cadena de transporte fotoelectrónico. Hay herbici-
das que se encargan de bloquear esta cadena y en concreto el DCMV bloquea
las PQ haciendo que sólo se obtenga un NADPH ya que no se puede regene-
rar la P700 primitiva. tampoco se podrá obtener O2 aunque la P680 se pueda
activar bien pero se saltará el proceso del PSII porque no habrá ningún aceptor
de los electrones. Al no haber transporte de electrones no habrá gradiente de
H+ y no se sintetizará ATP.
Otras cadenas de transporte fotosintético,

Estas cadenas son de bacterias. hay que distinguir:
- Las cianofíceas (algas verdeazuladas) se comportan como los cloroplastos
eucariotas.
- Las otras bacterias no hacen la fotosíntesis oxigénica y sólo tienen 1 PS que
funciona siempre de forma cíclica y en ausencia de O2.
Ese transporte cíclico también crea un gradiente electroquímico por lo que la
ATP sintasa puede generar ATP. no se producirá poder reductor porque al ser
cíclica los e- no salen de la cadena. Como también necesitan poder reductor lo

tendrá que obtener de otra forma, como cadenas de transporte de e- que fun-
cionan al revés (el aceptor final tiene que ser el NADH). La energía será
aportada por el gradiente de H+ anterior. Estas cadenas estarán asociadas a la
cadena de transporte de e- cíclica.
El centro de reacción será una clorofila a y su máximo de absorción será 870
(PS870). La ATP sintasa tendrá que tener la F1 mirando hacia dentro de la cé-
lula para no expulsar el ATP al exterior.
AUTOEVALUACIÓN (BIOENERGÉTICA).
1-d 2-a 3-b 7-c 8-b 9-e 10-e 11-d 12-e 13-a 14-d 15-a 16-c 17-d 18-c
19-c
18- La plastocianina está sólo en la cadena fotosintética
Tema 15: Panorama del metabolismo y de su control.
Metabolismo es el conjunto de todas las reacciones que ocurren en la

célula o en el organismo. Hay reacciones exergónicas que se utilizan para rea-
lizar las endergónicas. Esta energía será en forma de ATP. Una ruta
metabólica son n conjunto de reacciones secuenciales consecutivas que tienen
como finalidad formar determinado producto (como la glicolisis). a cada uno de
los intermediarios se le llama metabolito. Se pueden dividir en:
- Catabolismo: conjunto de todas las reacciones de degradación, normalmente
oxidación. Se formarán productos más simples y se generará ATP al degradar
las moléculas. También se obtienen precursores que luego se usan para sinte-
tizar componentes celulares.
- Anabolismo: reacciones en las que se sintetizan todos los componentes celu-

lares. Requiere gasto de energía, impulsado por el ATP obtenido en el
catabolismo. Sólo los fotosintéticos pueden sintetizar glucosa a partir de CO2,
nosotros la sintetizamos a partir de compuestos C3.
Las reacciones del catabolismo se caracteriza porque todas las rutas
son convergentes, se va reduciendo el número de intermediarios y al final, si lo
oxidamos todo obtenemos CO2. el anabolismo es divergente, a partir de unos
pocos intermediarios se sintetizan todos los componentes de la célula.
Características de las rutas metabólicas.

- Todas son irreversibles y globalmente exergónicas.
- Las rutas en los dos sentidos nunca pueden ser iguales porque si lo fuesen
uno de los dos nunca se podría realizar. Los pasos distintos permiten asegurar
los procesos en los dos sentidos. Hay muchos pasos comunes pero ni todos.
- Las rutas metabólicas están localizadas en unos compartimentos específicos
lo que permite regular muy bien las rutas.
- Todas las rutas tienen un paso que compromete. Esto quiere decir que hay
una reacción que suele estar al principio de una ruta que es irreversible y des-
prende mucha energía, ya que tiene que llegar al final.
- Todas las rutas están reguladas, con regular el paso limitante es suficiente y
no será necesario controlar todas las reacciones de la ruta. Cada reacción ten-
drá su enzima. Se puede regular:
a.- Controlando la energía:
- Incidiendo sobre su síntesis (transcripción, tradución).
b.- Actividad del enzima:
- Modificación covalente.
- Regulación alostérica.
La carga energética habla sobre la disponibilidad de la moneda energética
(ATP, ADP, AMP).
Carga Energetica =
[ ATP] + 12 [ ADP]
[ ATP] + [ ADP] + [ AMP]
En la célula [ATP] + [ADP] + [AMP] es constante.
Si la carga energética es alta sobra ATP y el catabolismo estará inhibido (in-

hibidor) y al anabolismo activado (activador). Si la carga energética es baja
falta ATP y el catabolismo estará activado y el anabolismo inhibido.
Etapas de la de degradación de hidratos de carbono, proteínas y lípidos.
Primera etapa.
Descomposición en monómeros sin obtención de energía. Esta etapa se puede
dar fuera de la célula (en animales en el tubo digestivo).
proteínas aminoácidos 2
CO2
H de C monosacáridos Æ piruvato Æ acetil-CoA Æ C.A.C.
NADH
lípidos ácidos grasos
FADH2
glicerol fosfato
transporte de e-
ATP
Segunda etapa.
Todos estos componentes se convierten en una única molécula llamada acetil-
CoA. Se produce algo de NADH y FADH2. También se produce algo de ATP
pero muy poco.
Tercera etapa.
El acetil-CoA se oxida completamente en el ciclo de Krebs y el grupo carboxilo
aparece en forma de CO2. Aquí se produce mucho NADH y FADH2 que, en la
cadena de transporte electrónico , producen la mayor cantidad de ATP.
Tema 16: El acetil-CoA.
El acetil-CoA es un producto común a todas las reacciones de degrada-

ción de todas las moléculas orgánicas. Una ruta metabólica nunca está
separada de las demás.
Estructura.
- Resto acetilo: restos de 2 carbonos (C2) que proceden de la degradación de
las moléculas. Siempre asociado a la segunda parte.
- CoA: coenzima descubierto por Lipman. Transportador universal de grupos
acetilo y también de cadenas más largas. Estos restos se unen al CoA por me-
dio de un enlace tioéster.
Cuando el grupo acetilo tenga que tomar parte en una reacción de transferen-
cia deberá estar unido al CoA. La parte más importante es el grupo sulfhidrilo
que es por donde se unen los restos al acetil-CoA. La formación del enlace es
importante porque la ruptura libera mucha energía. Su ∆G es tan negativa co-
mo la hidrólisis del ATP. Tiene una gran importancia en la transferencia de
grupos acetilo. el grupo acetilo está activado y es muy fácil transferirlo cuando
forma parte del CoA. Como libera la misma cantidad de energía al romperlo,
tendré suficiente energía para formar ATP.
O
CH3 - C
SCoA
el acetil-CoA procede de cualquier sustancia o molécula que degrademos para

obtener energía.
- Lípidos Æ n ácidos grasos Æ n/2 acetil-CoA
- Hidratos de carbono Æ acetil-CoA (siempre a través de la glicolisis)
H de C Æ glicolisis Æ piruvato Æ acetil-CoA
- Proteínas Æ aminoácidos Æ glicolisis Æ piruvato Æ acetil-CoA
Æ acetil-CoA
Destinos del acetil-CoA.

- El resto acetilo se puede oxidar completamente dando 2 CO2 y el CoA no se
oxida. Para ello el acetil-CoA entra en el ciclo de Krebs produciéndose la oxida-
ción completa.
- Puede formar ácidos grasos cuando se unen varios acetil-CoA y formarán
componentes de membrana (ácidos grasos).
- Puede utilizarse para sintetizar colesterol.
- También se puede usar para formar cuerpos cetónicos en condiciones espe-
ciales del metabolismo. Estos cuerpos cetónicos pueden usarse como
sustratos energéticos. El único que no puede usar esta fuente de energía es el
hígado.
- Sólo en algunos casos se podrá utilizar para crear hidratos de carbono (semi-
llas y microorganismos). Para ello hace falta tener el ciclo del glioxilato.
El ciclo de Krebs.
El acetil-CoA es un resto de 2 carbonos unido al CoA. Estudiaremos la oxida-
ción completa hasta 2 moléculas de CO2. el acetato es difícil de oxidar, por lo
que se une a otro compuesto por condensación.
C2 + C4 C6 CO2
C5 CO2
C4
Para que sea rentable la oxidación el aceptor debe regenerarse por sí mismo
en el ciclo de Krebs. En eucariotas, en la mitocondria, siempre se hace el ciclo
del ácido cítrico (C.A.C.). En este ciclo sólo se oxida el acetil-CoA. Hay 3 eta-
pas (así se obtiene más energía):
Entrada del acetato.
El C4 es siempre el oxalacetato:
O = C - COO- H2O CH2 - COO-

CH2 - COO- + CH3 - CO SCoA HO - C - COO-
oxalacetato HSCoA CH2 - COO-
ácido cítrico
Es una reacción de condensación favorecida por la ruptura del enlace tioéster,
El enzima participante es la citrato sintasa. La hidrólisis es para que se libere el
CoA. Reacción irreversible, es un punto de control importante del C.A.C..
Descarboxilaciones oxidativas,
La concentración de oxalacetato es muy pequeña en la célula. El ácido cítrico
es una molécula simétrica con donde el alcohol es terciario. Como es difícil de
oxidar se transforma en un alcohol primario más fácil de oxidar.
citrato isocitrato
CH2 - COO- CH2 - COO- CO2
OH - C - COO- aconitasa CH - COO- isocitrato deshidro-
genasa
CH2 - COO- OH - CH - COO-
H2O H2O
CH2 - COO-
C - COO-
CH - COO-
cis-aconitato
Este alcohol secundario sufrirá la primera descarboxilación y los e- los recogerá
el poder reductor, en este caso el NAD+ ya que será dependiente del isocitrato.
Se obtiene un C5 que es el α-oxoglutarato. lo que primero se hace es la elimi-
nación de los e- (NAD+ Æ NADH) y luego se produce la descarboxilación. esta
reacción en condiciones celulares tiene ∆G<0, también será punto de control.
Este C5 se vuelve a descarboxilar de manera oxidativa, obteniéndose NADH y
la segunda molécula de CO2. Como también tiene ∆G<0 será punto de control.
La α-glutarato deshidrogenasa va a necesitar muchos cofactores porque es un
complejo enzimático con 3 actividades distintas.
COO-
CO2 CH2 CO2
COO-
CH2 α-oxoglutarato deshidrogenasa

CH2
NAD+ NADH C=O NAD+ NADH
CH2
COO-
COSCoA
α-oxoglutarato
succinil CoA
El α-oxoglutarato es igual al piruvato en cuanto a funcionamiento (ver glicolisis).
La succinil CoA es un derivado del succinato. Se forma un enlace tioéster lla-
mado ricoenergético. cuando se rompe libera mucha energía, la suficiente para
dirigir la síntesis de ATP:
COO- COO-
CH2 GDP + Pi GTP CH2
CH2 succinil CoA sintasa CH2
COSCoA COO-
succinil CoA HSCoA succinato
El enzima requiere GTP en lugar de ATP. A partir de GTP puede obtenerse
ATP mediante la nucleodifosfo quinasa. Es el único paso en que se obtiene
ATP de manera directa. Esta síntesis es fosforilación a nivel de sustrato y no a
través de la cadena de transporte electrónico. Este succinato tiene que volver a
transformarse en oxalacetato (regenerar el aceptor
Regeneración del aceptor.
el succinato en un primer paso se oxidará dando fumarato. El FAD es un coen-
zima. La succinato deshidrogenasa es el único enzima no soluble ya que es
una vía de entrada de e- en la cadena respiratoria formando parte del complejo
II. Este enzima siempre forma el isómero trans. La succinato deshidrogenasa
tiene un inhibidor competitivo, el malonato. El fumarato se hidratará formándo-
se sólo uno de los compuestos posibles. El paso catalizado por la malato
deshidrogenasa tiene ∆G>0, aunque se da porque la concentración de oxalace-
tato es muy pequeña.
COO- H COO- COO-
CH2 succinato desH C H2O HO - C - H malato desH O

= C - COO-
CH2 FAD FADH2 C fumarasa CH2 NAD+ NADH
CH2 - COO-
COO- COO- H COO-
oxalacetato
succinato fumarato L-malato
Balance energético del ciclo de Krebs:

acetil-CoA + GDP + Pi + 3 NAD+ (1) + FAD + 2 H2O (2) Æ 2 CO2 + HSCoA +
GTP + 3 NADH + FADH2
(1) Para que funcione el ciclo es obligatorio que esté oxidado.
(2) Isomerasa, citratosintasa.
El ciclo de Krebs es dependiente del O2 ya que éste recibe los e- que vienen del
NADH y FADH2 para poder regenerar NAD+ y FAD. Dentro de la mitocondria,
donde está la cadena de transporte electrónico, es donde se regeneran los co-
factores.
NADH 3 ATP
O2
NAD+
FADH2 2 ATP
O2
FAD
Entonces: 1 GTP Æ 1 ATP
3 NADH Æ 9 ATP
1 FADH2 Æ 2 ATP
12 ATP
Cada vez que se oxida una molécula de acetil-CoA se obtienen 12 ATP, de los
cuales sólo 1 se obtiene directamente y los otros 11 a través de la ATP sintasa.
Regulación.
Los puntos de control están siempre en los pasos irreversibles. La carga ener-
gética es un punto de regulación porque si es alta el ciclo de Krebs funciona de
manera más lenta. Si es baja (mucho ADP) funcionará más rápido. Hay 3 en-
zimas que reglan el ciclo:
Citratosintasa.
Su actividad depende de la concentración de 2 sustratos como el acetil-CoA y
la succinil CoA. La succinil CoA inhibe porque ocupa el sitio del acetil-CoA. Si la
concentración de succinil CoA sube mucho se inhibe, si sube es porque se
acumulan los intermediarios. El ATP también inhibe porque al aumentar su con-
centración la Km sube.
Isocitrato deshidrogenasa.
Está inhibida por niveles altos de ATP y NADH, activado por ADP y NAD+. El
ADP hace que aumente la afinidad por el sustrato.
α-oxoglutarato deshidrogenasa.
Inhibido cuando los niveles de NADH son altos y cuando aumenta la concen-
tración de succinil CoA, ya que ambos son productos. También regulado por la
carga energética.
Carácter anfibólico del C.A.C. y reacciones anapleróticas.

Carácter anfibólico significa que participa tanto en el catabolismo como en el
anabolismo. Hay 4 intermediarios que se pueden usar para otras cosas:
- α-oxoglutarato: por medio de una reacción puede dar lugar a 2 aminoácidos,
Gly y Asp.
- Oxalacetato: reacción de transaminación con 2 sustratos:
oxoácido1 + aminoácido2 ⇔ aminoácido1 + oxoácido2
- Succinil CoA: precursor de la síntesis de porfirinas que son la base de los gru-
pos hemo.
- Citrato: participa en la síntesis de ácidos grasos.
Si se gastan los intermediarios disminuye su concentración y se ralentiza el
ciclo porque cada vez se gastará menos acetil-CoA, ya que cada vez se rege-
nera menos oxalacetato. Para reponer estos intermediarios están las
reacciones anapleróticas.
- Una forma de reponerlos son las reacciones de transaminación con Gly y Asp.
- Otra reacción sería:
piruvato + CO2 + ATP oxalacetato + ADP + Pi
piruvato carboxilasa
La piruvato carboxilasa es un regulador muy importante porque puede reponer

los niveles de oxalacetato. Para carboxilar se necesita un coenzima, la biotina.
Si los niveles de acetil-CoA son altos es porque no se puede meter bien en el
ciclo de Krebs ya que falta oxalacetato. De esta forma se activa la piruvato car-
boxilasa para poder obtener oxalacetato.
Ciclo del glioxilato.

Esta es otra reacción anaplerótica. Es una forma modificada del C.A.C. y per-
mite obtener uno de los intermediarios: 2 acetil-CoA Æ 1 succinato. Sólo existe
en semillas y algunos microorganismos. Sólo los que tengan el ciclo del glioxila-
to podrán sintetizar hidratos de carbono a partir de lípidos.
Tema 16. Metabolismo de hidratos de carbono.
Glicolisis.
Transformación de glucosa en piruvato. Participan 10 enzimas y la secuencia
de reacciones es la misma para todos los organismos, las diferencias están en
la regulación de los enzimas y el destino del piruvato. Cualquier célula la de-
grada de 2 maneras:
- Fermentación: la glucosa no se degrada completamente porque no se
oxida sino que se crean 2 moléculas más pequeñas (de 3 carbonos). Se crea
lactato en la fermentación láctica y etanol en la alcohólica. La fermentación no
requiere oxígeno. ∆G<0 = -217 KJ/mol.
- Degradación completa hasta CO2. Se necesita la ayuda del O2:
C6H12O6 + 6 O2 Æ 6 CO2 ∆G<0 = -2810 KJ/mol
No se produce la combustión completa de la glucosa en una sola reacción sino

que se hace en muchas etapas liberando energía en porciones utilizables. Hay
varias etapas:
Primera etapa o glicolisis:
C6H12O6 6 CO2
FADH2, NADH
Oxidación, intervienen muchos enzimas que recogen todos los electrones del
sustrato, para ello necesitan cofactores. Al final de esta etapa tenemos el es-
queleto carbonado en forma de CO2 y los electrones recogidos en la
deshidrogenasa.. No se libera toda la energía, parte la conservan los cofacto-
res.
Segunda etapa:
Los cofactores ceden los electrones al O2 formando H2O. Los cofactores se han
de regenerar. La cadena respiratoria transporta los electrones desde los cofac-
tores al O2. La cantidad de energía depende de la tendencia de los cofactores a
ceder los electrones y la del O2 para captarlos. Es espontáneo, muy favorable.
Al transportar electrones se bombean protones a través de la membrana:
C6H12O6 6 CO2
NAD+ NADH
FAD FADH2
H2O
O2
Degradación de la glucosa por proceso llamado glicolisis en el cual la

glucosa de 6 C da lugar a 2 piruvatos de 3 C, formando durante esta reacción
NADH. El piruvato para degradarse se descarboxila dando 2 de CO2 y 2 de
HAc, que se une siempre al acetil-CoA. Se forma NADH. Para degradar el ace-
til-CoA entra en el ciclo de los ácidos tricarboxílicos (del ácido cítrico o de
Krebs).
Cada molécula:
glicolisis 2co2
glucosa acetil-CoA Krebs
NADH
2x2 CO2
H2O NADH FADH2
O2
El acetil-CoA se degrada a 2 de CO2. Acoplado al ciclo se crea mucho NADH y

algo de FADH2 que ceden los electrones al O2 formando H2O. En las mitocon-
drias esta cesión se hace en etapas para liberar porciones de energía.
Si el aceptor final es el O2 se trata de respiración aerobia y si es distinto anae-
robia. El aceptor final puede ser S que se transforma en SH2 (bacterias del
azufre) o el CO2 que pasa a CH4 (bacterias metanogénicas).
GLICOLISIS.
Descripción.
Ocurren 10 reacciones a través de las cuales la glucosa se transforma en 2
moléculas de piruvato.
- La glucosa se fosforila nada más entrar en la célula a expensas del ATP y se
convierte en glucosa-6-P. Si el P procede del ATP la reacción la cataliza una
quinasa que como puede actuar sobre otras hexosas (aunque tiene mayor afi-
nidad por la glucosa) recibe el nombre de hexoquinasa. También se puede
fosforilar por otro enzima que no intervenga en la cadena glicolítica. El específi-
co de la glucosa es la glucoquinasa. Tiene una afinidad por la glucosa menor
que la quinasa (Km más grande). Sólo actúa cuando la concentración de glu-
cosa es muy alta. El paso de glucosa a G6P tiene ∆G’<0 pero es irreversible.
- Para facilitar una segunda fosforilación se pasa a un isómero. La G6P pasa a
fructosa-6-fosfato gracias a la fosfoquinasa.
- Se fosforila a expensas del ATP gracias a la fosfofructoquinasa convirtiéndose
en fructosa-1,6-bifosfato (o FBP). P en C1 y C6. Este paso es irreversible, enzi-
ma principal punto de control de la glicolisis. Ésta molécula de degrada, no se
almacena.
- La molécula se parte en 2 de 3 carbonos fosforiladas: gliceraldehído-3-fosfato
y fosfato dihidroxi acetona. Enzima encargado aldolasa que lleva a cabo una
condensación aldoica. ∆G’>0, la glicolisis ocurre porque como los productos se

consumen se desplaza a la derecha.
- Los 2 isómeros pueden transformarse el uno en el otro por medio de una trio-
sa fosfato isomerasa. Este enzima tiene perfección cinética, va todo lo rápido
que le llega el sustrato al sitio activo. En el equilibrio el 90% es PDHA. todo se
convierte en Gd3P por lo que la reacción Gd3P ⇔ PDHA está desplazada a la
izquierda. El Gd3P recoge todos los carbonos de la glucosa:
1,6 C(1)H2OP
2,5 C(2)HOH
3,4 C(3)OH
Hasta ahora se han gastado 2 ATP. En la segunda etapa del Gd3P se convier-
te en piruvato:
- Oxidación del aldehído a ácido 3-fosfoglicerato.-
- La célula guarda la energía de oxidación formando un intermediario acoplado
con alto potencial de transferencia de Pi, el 1,3-bifosfoglicerato Por medio de la
gliceraldehído 3P deshidrogenasa. El enlace ~ tiene gran tendencia a perderse.
Ese grupo dirige la síntesis de ATP. Los electrones los recoge el cofactor de la
deshidrogenasa, el NAD. Se forma 1 NADH por cada BPG.
- Se forma 3-fosfoglicerato por medio de la 3-fosfoglicerato quinasa con gasto
de 1 ATP.
- El P tiene poco potencial de transferencia por lo que se cambia a la posición 2
por medio de la fosfoglicerato mutasa, siendo el resultado 2-fosfoglicerato.
- Se deshidrata por medio de una enolasa dando una forma enólica fosforilada
del piruvato, el fosfoenolpiruvato (PEP), que tiene un alto potencial de transfe-
rencia del P.
- Por medio de la piruvato quinasa (que está regulado) se obtiene piruvato que
conserva los carbonos de la glucosa:
1,6 CH3
2,5 C=O
3,4 COO-
Glicolisis:
Gd3P
ATP ADP ATP ADP
(CH2OP)-(CHOH)-(COH)
glucosa G6P F6P F1,6BP

aldolasa
glucoquinasa fosfoquinasa fosfofructoquinasa (CH2OH)-
(C=O)-(CH2OH)
PDHA
NAD+ NADH
O
Gd3P ⇔ PDHA 3PG [(CH2OP)-(CHOH)-(COO-)] 1,3BPG (CH2OP)-
(CHOH)-(C~O)
gliceraldehído 3P deshidrogenasa
ATP ADP
3PG (CH2OP)-(CHOH)-(COO-) 2PG (CH2OH)-
(HCOP)-(COO-)
3-fosfoglicerato quinasa fosfoglicerato mutasa
H2O ADP ATP

PEP (CH2)=(C-O-P)-(COO-) piruvato (CH3)-(C=O)-(COO-)
enolasa piruvato quinasa
Balance: 1 glucosa = 2 piruvato. Se gastan 2 ATP para los 2 gliceraldehído. En

la segunda parte 1 gliceraldehído = 1 piruvato, se producen 2 NADH (1 por ca-
da Gd). Por cada Gd se sintetizan 2 ATP, en total 4 ATP.
Balance neto: glucosa + NAD+ + 2 ADP + 2 Pi Æ 2 piruvato + 2 NADH + 2 H+
+ 2 ATP
fosforilación a
nivel de sustrato
El NADH debe reoxidarse para que la glicolisis no se pare. Si hay O2 es me-
diante la cadena de transporte electrónico, si no hay otras moléculas se
reducen. Depende del entorno del piruvato la manera de oxidarse.
∆G’ = 686 Kcal/mol
Si hay O2 suficiente el NADH se reoxida en la cadena de transporte electrónico.
Para degradar la glucosa completamente entra en el ciclo de Krebs. Para que
el piruvato entre en este ciclo se transforma en acetil-CoA.
2 CO2
piruvato acetil-CoA C.A.C. 2 CO2

2 CO2 3 NADH, FADH2, GTP
se reoxida en la cadena de transporte electróni-
co
Otros sustratos glicolíticos.

Glucógeno.
Polisacárido formado por moléculas de glucosa unidas por enlaces glicosídicos.
Almacén de glucosa. Para liberar la glucosa se hace una fosforolisis rompiendo
con el fósforo y obteniendo el polímero con una unidad menos y una glucosa
fosforilada en el C1. Para incorporarla a la ruta se transforma en G6P mediante
mutasa..
Monosacáridos.
Fructosa,
Hay dos maneras:
1- Hexoquinasa la fosforila y entra directamente.
2- Hexoquinasa tiene más afinidad por la glucosa, si hay mucha no fosforila
fructosa. En lugares con mucha glucosa como el hígado se fosforila la fructosa
en el C1 con fructoquinasa obteniendo F1P. F1P Æ Gd + PDHA. Sólo queda
fosforilar Gd mediante triosa quinasa.
Galactosa.
Se fosforila mediante quinasa específica formándose galactosa 1 P (epímero
de la glucosa). Como debe estar activada se une a UDP dando UDP-
glucosa1P, luego se suelta obteniendo glucosa1P. En general deben dar inter-
mediarios tras fosforilarse de la glicolisis.
Disacáridos.
Sacarosa, lactosa, y por degradación de otros polímeros, maltosa. No entran
directamente en la célula sino que se hidrolizan obteniendo los monosacáridos
correspondientes:
- Sacarosa: glucosa + fructosa.
- Lactosa: glucosa + galactosa.
- Maltosa: glucosa + glucosa.
Regeneración del NAD+.

Hay varias posibilidades relacionadas con el destino del piruvato.
- Si hay O2 funciona la cadena de transporte electrónico y los cofactores se re-
oxidan.
- Si no hay O2 no hay cadena de transporte electrónico y el piruvato o produc-
tos relacionados con él reoxidan el cofactor por fermentación.
Fermentación láctica.
Transforman el piruvato en ácido láctico.
NADH NAD+
piruvato (CH3)-(C=O)-(COO-) ácido láctico (CH3)-
(CHOH)-(COO-)
lactato deshidrogenasa
Puede ir en los 2 sentidos según tengamos NAD+ ó NADH.
Balance neto: glucosa + 2 ADP + 2Pi Æ 2 lactato + 2 ATP
Se obtiene una pequeña parte de la energía de la glucosa porque no se degra-
da completamente. El proceso es rentable porque se obtienen 2 ATP sin O2 y
porque se puede recuperar el lactato sintetizando glucosa. Fermentación lácti-
ca en el citosol por fosforilación a nivel de sustrato. Los organismos aerobios la
utilizan cuando escasea el O2 y no llega lo suficientemente rápido para reoxidar
los cofactores.
∆G’ = -46 Kcal/mol
Fermentación alcohólica.
Primero el piruvato se descarboxila quedando acetaldehído. Se necesita cofac-
tor porque actúa una carboxilasa, puede ser la TPP (tiamina pirofosfato). Luego
se transforma en etanol regenerando NAD+.
CO2 NADH
NAD+
piruvato (CH3)-(C=O)-(COO-) acetaldehído (CH3)-(COH)
(CH3 )-(CH2OH)
piruvato descarboxilasa alcohol deshidroge-
nasa (etanol)
Balance: glucosa + 2 ADP + 2Pi Æ 2 CO2 + 2 etanol + 2 ATP
Transformación del piruvato en acetil-CoA.

CO2 NADH
piruvato (CH3)-(C=O)-(COO-) CH3-CO-SCoA

piruvato deshidrogenasa
Ocurre una reacción de descarboxilación oxidativa, los e- recogidos por el co-
fator hacen que pase a NADH (habrá que regenerarlo. La piruvato
deshidrogenasa en los eucariotas está en la mitocondria. El piruvato de la glico-
lisis ocurre en el citosol, si hay O2 entra en la mitocondria por medio de un
transportador específico y el acetil-CoA se libera dentro.
Piruvato deshidrogenasa.
Complejo formado por 3 enzimas distintos. Muchas cadenas polipeptídicas (60-
80). 3 actividades distintas.
E1 es la piruvato deshidrogenasa, E2 es la dihidrolipoil transacetilasa y E3 es la
dihidrolipoil deshidrogenasa. Necesitan 5 cofactores distintos: TPP (E1),
HSCoA, NAD+, FAD (E3 depende de FAD). El cofactor de E2, el ácido lipoico,
se une covalentemente a la proteína formando un enlace amida por lo que
cuando forma parte de la proteína se le llama lipoamida. Además hay 2 enzi-
mas reguladores. La piruvato deshidrogenasa es igual a otro que participa en
Krebs pero el sustrato es distinto, el α-oxoglutarato (intermediario en Krebs):
CH2 - COO- CO2 NADH
CH2 - COO-
CH2 α-oxoglutarato deshidrogenasa
CH2
CO - COO-
CO-SCoA
oxoácido α.oxoglutarato
succinil CoA
igual al del piruvato igual a piruvato deshidrogenasa
Balance global de la oxidación total de la glucosa:
glucolisis mitocondria 2co2 2

CO2
glucosa 2piruvato acetil-CoA C.A.C. 2
CO2
2 ATP 2 NADH (1) 2 NADH
2x3 NADH Æ
18 ATP
Se regenera en la cadena de transporte electrónico 2x FADH2
Æ 4 ATP (2x2)
1 GTP = 1 ATP
Æ2 ATP (2x1)
2x3 = 6ATP Total 24 ATP de
Krebs
(1) No puede entrar en la mitocondria, manda sólo los e- por medio de una lan-
zadera
Total ATP = 24 (Krebs) + 6 (piruvato deshidrogenasa) + 4 (NADH citosol) + 2

(glicolisis a nivel de sustrato) = 36 ATP
Lanzadera del glicerolfosfato.

El NADH cede e- al glicerolfosfato que atraviesa la membrana externa. En la
interna un enzima lo convierte en PDHA. El cofactor es el FAD que al recoger
los e- pasa a FADH2. Así los e- que estaban en forma de NAD en el exterior
pasan al interior en forma de fadh2. Se obtienen 2 ATP porque FADH2 cede los
e- al CoQ (potencial de unión más pequeño). Se produce un gasto de ATP al
meter NADH en la mitocondria por lo que al final se obtienen 4 ATP por fosfori-
lación oxidativa.
- Otra lanzadera obtiene 3 ATP por cada NADH. Como no implica gasto de
energía igual mete NADH que lo saca. Sólo en el corazón.
Gluconeogénesis.
Síntesis de glucosa a partir de precursores no hidratos de carbono. Se puede a
partir de CO2 (fotosintéticos) o a partir de restos de 2 (sólo células que tengan
el ciclo del glioxilato) ó 3 carbonos. Proceso inverso a la glicolisis. Principales
precursores: lactato, glicerol de los lípidos (lípidos son glicerol más ácido graso,
no convertibles en hidratos de carbono) y aminoácidos glucogénicos. La gluco-
sa se sintetiza porque se usa como fuente de energía y porque el esqueleto
carbonado sirve para construir cosas como ribosas. Hay reservas de glucosa
en forma de glucógeno para la energía. Hay células muy selectivas en cuanto
al sustrato energético como las cerebrales que sólo admiten glucosa. Si falla el
aporte de glucosa se sintetiza para uso de éstas células. La reserva es sólo
para 1 día, luego se degradan proteínas.
La gluconeogénesis tiene lugar en el citosol igual que la glicolisis. No son pro-
cesos iguales porque en la glicolisis ∆G’<<0, no se puede usar la ruta al revés.
Sólo se usan las 7 reacciones que están en equilibrio y no las 3 irreversibles,
sino que se da un rodeo.
Glicolisis:
hexoquinasa fosfofructoquinasa
glucosa 3 G6P ⇔ fg 2 F1,6BP ⇔ 2x {(Gd3P +PDHA)
⇔⇔⇔PEPÆ1piruvato}
ATP ADP ATP ADP
Gluconeogénesis:
piruvato acetil-CoA
(oaa⇔citratoÆmalato)
CO2
CO2
ATP piruvato carboxilasa (biotina)
oxalacetato
NADH
NAD+
malato
sale al citosol
CO2
malato oxalacetato PEP
NADH NAD+ GTP
Todos los intermediarios del ciclo de Krebs pueden salir de la mitocondria me-
nos el oxalacetato que no tiene transportador. Se transforma en malato porque
esta reacción es reversible en el ciclo del ácido cítrico. El oxalacetato en el ci-
tosol se transforma en fosfoenolpiruvato.
Para dar el rodeo se gastan 2 ATP. El CO2 se gasta y luego se libera y el
NAD+ se regenera. Si en la otra reacción se producía ATP ahora se gasta, lo
mismo para NAD. Para formar una molécula se 6 carbonos se necesitan 2 piru-
vatos y 2 gliceraldegídos. Se parte siempre de dos piruvatos y el gasto
posterior se multiplica por 2. Al llegar a F1,6BP se quita el fosfato mediante una
hidrólisis. La fructosa bifosfatasa es el punto de control más importante de la
gluconeogénesis:
F1,6BP F6
Pi H2O
Al llegar a G6P: [glucosa 6 fosfatasa]
ADP ATP
G6P glucosa
H2O Pi
Balance: Si glucolisis y gluconeogénesis ocurrieran simultáneamente se perde-

rían 4 ATP.
Regulación de la glicolisis y gluconeogénesis.

Ha de ser conjunta para gluconeogénesis y glicolisis, ha de poner en marcha
uno parando el otro. La carga energética es un modulador, cuando está alta
activa gluconeogénesis y desactiva glicolisis y viceversa. Son puntos importan-
tes de control la hexoquinasa, la fosfofructoquinasa y la piruvato quinasa.
Regulación de la glicolisis.
- Hexoquinasa: inhibida por G6P que es el producto de la reacción. No fosfori-
lará más si la concentración de G6P es alta. El ATP es un inhibidor también.
- Fosfofructo quinasa: punto más importante de control. Inhibido por ATP y
activado por ADP. También inhibido por citrato (primer producto del C.A.C.). Si
la concentración de citrato es alta el C.A.C. va más despacio de lo que el sus-
trato (acetil-CoA) llega para degradar, la concentración de glucosa será más
alta. En el C.A.C. se produce mucho NADH y fadh2, para que funcionen se han
de reoxidar en la cadena de transporte electrónico creando gradiente de proto-
nes. Si el gradiente no se gasta los coenzimas no se reoxidan y el C.A.C. se
para.
- Fructosa 2,6 bifosfato: único regulador en glicolisis y gluconeogénesis. Acti-
vador para la glicolisis. Se forma a partir de F6P por fosfofructoquinasa1 que
regula también la destrucción (PFK2): F6P
PFK2 PFK1
F26BP
Si la concentración de F26BP es alta es porque hay exceso de glucosa y se
activará la degradación.
Regulación de la gluconeogénesis.
- Piruvato carboxilasa: primer punto de control. Sólo activa cuando esté pre-
sente el acetil-CoA. Si la concentración de ATP es alta activa la
gluconeogénesis.
- FBPasa: punto más importante de control. Las condiciones celulares determi-
narán que no funcionen a la misma velocidad porque hidrolizarían ATP. La
FBPasa se activa por el ATP y se inhibe por ADP y AMP. Este paso está aún
más regulado por estar más controlado.
ATP PFK ADP
F6P F1,6BP
FBPasa
Pi H2O
La F26BP regula los dos flujos metabólicos, siendoa activa para la PFK e in-
hibidora para la FBPasa. Cuando aumenta la concentración de FBPasa la
glicolisis se activa y se bloquea la gluconeogénesis. Los niveles de F”&BP está
regulados por los niveles de glucosa. Se forma a partir de F6P por una fosfori-
lación. Estos enzimas varían su actividad por modificación covalente ya que se
pueden fosforilar por una quinasa llamada proteín quinasa a, Cuando fosforila a
la PFK2 la forma es inactiva y cuando fosforila al otra es activa. La proteín qui-
nasa a se activa cuando los niveles de glucosa son bajos. En ese momento
aparece en la sangre una hormona llamada glucagón que al llegar a la célula
que puede sintetizar glucosa es reconocida y se activa la proteín quinasa a, de
forma que se activará la FBP2 para que disminuyan los niveles de f26bp, se
activa la gluconeogénesis y se inhibe la glicolisis.
- Piruvato deshidrogenasa: está muy regulado porque tiene que ver con la
producción de energía. También está regulado por fosforilación (modificación
covalente). Hay 2 formas del enzima, la inactiva es la fosforilada. Si hay mucha
energía (concentración de ATP alta) la quinasa estará inactiva. El acetil-CoA es
otro modulador positivo, como el NADH. La fosfatasa se ve afectada por la pre-
sencia de iones Ca2+.
Principales sustrato glucogénicos.

Lactato: la lactato deshidrogenasa funciona al revés que en la fermentación
láctica.
NAD+ NADH
lactato piruvato glucosa
lactato deshidrogenasa
Glicerol: se obtiene principalmente a partir de las grasas. Es un alcohol de 3 C.

ATP ADP
glicerol glicerol 3P
glicerol 3P .....
Este glicerol 3P se puede transforma en PDHA que ya es un intermediario de

la gluconeogénesis. Estos 2 componentes participan en la lanzadera para in-
troducir NADH en la mitocondria.
Aminoácidos: se incorporan por reacciones de transaminación que dan lugar

a los correspondientes oxoácidos que van a la cadena de gluconeogénesis.
Ala Æ piruvato, Asp Æ oxalacetato, Glu Æ α-oxoglutarato.
El requisito para construir glucosa es que sean C3.
Otras rutas de utilización de la glucosa.

Ciclo del glioxilato.
Es la única manera de obtener glucosa a partir de C2, normalmente el acetil-
CoA. En células animales el paso de C3 a C2 está muy restringido. En el ciclo
del glioxilato a partir de dos moléculas C2 se obtiene un C4 que se descarboxila
y se obtiene un C3. Este ciclo es muy importante en semillas para almacenar
más cantidad de energía en menos espacio, en forma de grasas en lugar de
ser hidratos de carbono. Las grasas al degradarse lo hacen en forma de C2, por
lo que tienen que ser capaces de utilizarlos para obtener todos los hidratos de
carbono que necesiten. Este ciclo se realiza en el glioxisoma y es una variación
del ciclo de Krebs.
Balance neto: 2 acetil-CoA Æ 1 succinato.
2 CO2
Acetil-CoA citrato isocitrato
succinil CoA
isocitrato liasa
oxalacetato acetil-CoA
malato sintasa C2 C4
malato glioxilato succinato
fumarato
En este ciclo a partir del isocitrato actúa un enzima distinto, ya que debe rom-
perse, la isocitrato liasa. Da lugar a 1 C4 (succinato)+ 1 C2 (glioxilato). El
glioxilato puede aceptar otra molécula de acetil-CoA formando malato gracias a
la malato sintasa. Tanto el isocitrato liasa como el malato sintasa se sintetizan
cuando se necesitan.
Ruta de los fosfatos de pentosa.

Es una ruta secundaria pero muy importante que existe en todas las células,
Tiene lugar en el citosol. Permite obtener pentosas fosforiladas que se usan
para sintetizar nucleótidos ya que es la fuente de ribosa necesaria. También se
forma NADPH que es el poder reductor. La glucosa al entrar en la célula es
G6P y por medio de la G6Pasa se convierte en fosfoglucono lactona con re-

ducción de NAD+.
G6P fosfogluconolactona fosfogluconato
G6Pasa lactonasa
NADP+ NADPH dh CO2
NADPH
R-5P Ribulosa 5P
La fosfoglucono lactona se hidroliza con la lactonasa, obteniendo fosfoglucona-

to que se descarboxila oxidativamente. Actúa una deshidrogenasa dependiente
del NADP+. Al descarboxilarse se obtiene un C5, la ribulosa 5P que es fuente
de energía de la ribosa 5P. La célula necesita más poder reductor que 5 C,
como le sobran azúcares de 5 C los utiliza para regenerar los productos de 6 C.
Por esto tendrá que ocurrir 6 veces el ciclo para la degradación total de una
molécula de glucosa. Si la reacción ocurre 6 veces:
6 G6P Æ 12 NADPH + 6 CO2 + 6 Ru5P
6 C5 Æ 5 C6P
6 G6P + 6 C5P Æ 12 NADPH + 6 CO2 + 6 C5P + 5 C6P
En total: 1 G6P Æ 12 NADPH + 6 CO2
Intervienen varios tipos de enzimas:
- Isomerasas.
- Epimerasas: transforman un epímero en otro.
- Transacetolasas (TC): catalizan transferencias de C2.
- Transaldolasas (TA): catalizan transferencias de C3 siempre de cetosa a aldo-
sa.
Cuando el ciclo ha dado 6 vueltas tenemos 6Ru5P que se han de transformar
en 5 de G6P.
Ribulosa 5 fosfato
Ru5P epimerasa Æ Å Ru5P iso-
merasa
Xilulosa 5 P Ribosa 5 P
3 2 1
Å transacetolasa Æ
Sedoheptulosa 5P Gd3P
Å transaldolasa Æ
Eritrosa 5P
ÅtransacetolasaÆ
Gd3P ⇔ PDHA Fructosa 6P Fructosa 6P
Esta ruta es esencial, se da en el citosol de todas las células
Fijación autotrófica del CO2.

El CO2 es la forma más oxidada del C. Los organismos fotosintéticos son los
únicos capaces de sintetizar una molécula reducida a partir de una oxidada (el
CO2 atmosférico). Para la síntesis requiere ATP y poder reductor (lo que hemos
formado anteriormente). En eucariotas esto se produce en el estroma del clo-
roplasto (porción soluble). El proceso acaba al sintetizar una triosa fosfato que
tras salir al citosol se convierte en glucosa como antes. La forma de transportar
la glucosa por la planta es en forma de sacarosa, que se forma en el citosol.
Normalmente el proceso es igual para todas las células, el ciclo de Calvin. Se
usó CO2 marcado radioactivamente y se comprobó que la primera molécula
marcada era una molécula de 3 carbonos por lo que se las llamó plantas C3.
Este resto se identificó como 3-fosfoglicerato. El CO2 no es aceptado por un C2
sino que se une a un C5 y luego se rompe en dos C3. El C6 no se separa nunca
del enzima.
Ciclo de Calvin.
Primera etapa: carboxilación.

(CH2OP) - (CO) - (HCOH)2 - (CH2OP) + CO2 Æ 2X { (COO-) - (CHOH) -
(CH2OP)
Ribulosa 1,5 bifosfato RUBISCO 3-fosfoglicerato
La RUBISCO es el único enzima de este ciclo no presente en animales. Es una
proteína muy importante en células vegetales y está sometido a regulación.
Tiene subunidades catalíticas (L) y reguladoras (S) más pequeñas. Muy abun-
dante en cloroplastos, hasta el 50% del peso de hoja fresca (más abundante en
el mundo). Tal cantidad hace pensar que se use de reserva, por ejemplo de N
dada la gran cantidad de aminoácidos.
Las reacciones son termodinámicamente favorables, aunque el enzima presen-
ta un problema, que puede usar O2 también de sustrato. El CO2 y el O2
compiten por el sitio activo, la enzima tendrá actividad carboxilasa y oxigenasa.
Si oxigena rompe en 2 la molécula:
(CH2OP) - (CO) - (HCOH)2 - (CH2OP)+O2 Æ (CH2OP) - (COO-) + (CH2OH) -
(HCOH) - (CH2OP)
Ribulosa ,5 bifosfato RUBISCO fosfoglicolato fosfogli-
cerato
Segunda etapa: fase reductiva.

Transformar 3PG en Gd3P. Misma reacción que en la gluconeogénesis.
ADP ATP NADP+ NADP+
2x 3PG 1,3BPG
2x Gd3P
3 fosfoglicerato quinasa glicerato 3 fosfato deshidroge-
nasa
ATP y NADP+ producido acoplados a la cadena de transporte fotoelectrónico.
Hasta ahora sólo 1 carbono procede del CO2, por lo que ha de dar 3 vueltas
para que todos sean del CO2.
6 ATP 6 NADP+ Gd3P novo
6x 3PG 13BD 6x Gd3P
5x C3P (para re-
generar aceptor final)
3x Ru1,5BP + 3 CO2 6x 3PG
RUBISCO
Segunda etapa: regeneración del aceptor final.

5 C3P Æ 3 C5P. Cada C5P se ha de fosforilar para que sean bifosfato por medio
de una quinasa.
Los enzimas que son distintos son: fosforibulosa quinasa, RUBISCO y sedorri-
bulosa-1,7-bifosfatasa.
Balance neto: 3 CO2 Æ 6 ATP (de fosforilar 3PG) + 3 ATP (de fosforilar Ru5P)
3 CO2 + 9 ATP + 6 NADPH Æ triosa fosfato + 6 NADP+ + 9 ADP
Regulación del ciclo de Calvin.

Sólo ocurre cuando hay luz porque hace falta NADPH y ATP. La regulación
asegura la fijación de CO2 cuando hay luz y funciona la cadena de transporte
fotoelectrónico. Regulación a nivel de RUBISCO a varios niveles relacionados
con el periodo luminoso.
La actividad de RUBISCO depende de:
- Si el pH sube se activa. Si la cadena de transporte fotoelectrónico funciona se
bombean H+ dentro del tilacoide y el pH sube en el estroma donde RUBISCO
es activa. ∆µH = ∆ψ (potencial de membrana) + ∆pH (gradiente de concentra-
ción). En el cloroplasto ∆ψ es poco importante porque se transportan H+ pero
se sacan Mg2+ y no se crea potencial. Al aumentar la concentración de Mg2+
aumenta la actividad.
- Si sube la concentración de Mg2+ se activa.
- Si sube la concentración de NADPH se activa. La cadena de transporte fotoe-
lectrónico produce NADPH.
Relacionados con la fase luminosa mediante la cadena de transporte fotoelec-
trónico de la membrana tilacoidal.
Otra regulación más general (de todos los procesos del cloroplasto) activado
por F6P e inhibido por F1,6BP. Se pueden interconvertir por medio de la
F1,6Bifosfatasa, enzima de la gluconeogénesis. Está reglado por la luz median-
te el poder reductor. Al funcionar la cadena de transporte fotoelectrónico
aumenta el poder reductor en el cloroplasto. En muchos procesos la estabilidad
del mensajeros es el regulador y depende del estado redox. Tienen todas las
cisteínas de dos maneras, formando puentes disulfuro o no. La forma SH es la
reducida, muchas proteínas deben estar reducidas para funcionar. Para pasar
de oxidada a reducida necesitaremos e- de la cadena de transporte fotoelectró-
nico vía ferredoxina. La quinasa del final está igual regulada.
Fotorrespiración.
Es el consumo de O2 en presencia de luz. Este problema es resultado de la
actividad oxigenasa de la RUBISCO. Si no hay luz RUBISCO está inactiva.
Balance neto: el O2 se consume y se desprende CO2, lo opuesto a lo deseado
en la fotosíntesis. No se produce energía, se reduce la eficiencia de la fotosín-
tesis. Problema para la agricultura porque aparece menos biomasa. RUBISCO
2 actividades y una molesta porque la conformación del enzima hace que pue-
da aceptar O2, aunque es más afín por el CO2. Si la fotosíntesis es continua
aumenta mucho la concentración de O2 y disminuye la concentración de CO2
por lo que se convierte en un competidor peligroso.
Defensa: Km < CO2, la Km es alta para CO2. Nadie sabe la utilidad de la fun-
ción oxigenasa. Al principio no había O2 en la atmósfera con lo que no era un
problema.
Algunas plantas disminuyen la actividad oxigenasa porque separan espacial-
mente las 2 fases de la fotosíntesis. En la zona donde se transportan e- se
produce O2 y en la zona de actividad de RUBISCO se consume. Las hojas tie-
nen una anatomía especial, tienen células donde se transportan e- y otras con
actividad de RUBISCO. Las células del mesófilo de la hoja fijan CO2 temporal-
mente, pero no por RUBISCO. PEP recoge el CO2 (PEP carboxilasa). Al fijar
CO2 se forma OAA que se transforma en malato que viaja a las células donde
está RUBISCO. El malato ahora se descarboxila, produce C3 (piruvato) y resul-
ta CO2. Donde es activa la RUBISCO la concentración de CO2 aumenta y la
concentración de O2 disminuye. La fijación es favorecida. El piruvato vuelve a la
otra célula y se transforma en PEP. Al marcar radioactivamente aparece prime-
ro OAA, por lo que se llaman plantas C4 (CO2 fijado en un C4). La molécula de
4 carbonos sólo transporta el CO2 hasta RUBISCO. De este tipo son muchas
plantas tropicales.
CO2
PEP OAA
piruvato malato
CO2
En otras plantas la separación es temporal, aunque son C4 igualmente. Por la
noche se abren los estomas que fijan el CO2 igual que en el caso anterior (la
luz no es necesaria). Por el día cierra los estomas liberando el CO2. Son plan-
tas tropicales.
Metabolismo de polisacáridos.
En las células animales la glucosa se almacena en forma de glucógeno y en las
vegetales en forma de almidón. El glucógeno es un polisacárido formado por
glucosas unidas por medio de enlaces glicosídicos α1Æ4. Las ramificaciones

están unidas por enlaces α1Æ6. Tiene un extremo reductor y otro no reductor.
El no reductor es en la cadena α1Æ4 el que no ofrece el C1.
Que la molécula está ramificada es una ventaja porque así tiene muchos ex-
tremos no reductores a la vista. También es más soluble. Forma gránulos en el
citosol en los que normalmente están añadidos los enzimas que lo metabolizan
dos tipos de células almacenan glucógeno, las musculares y las hepáticas,
aunque para funciones distintas.
Glucogenolisis.
Estudiada por los Cori. Se puede hidrolizar el enlace, pero en la célula se hace
por medio de un fosfato (fosforolisis). La ventaja es que se obtiene glucosa ya
fosforilada por lo que no tiene que actuar la hexoquinasa:
(Glu)n + Pi G1P + (Glu)n-1
glucógenofosforilasa
Se degrada siempre empezando por el extremo o reductor rompiendo los enla-
ces glicosídicos α1Æ4. El enzima no puede degradar completamente el
glucógeno, al llegar al extremo hay repulsiones estéricas. Se para a 4 residuos
de la ramificación. Necesita otro enzima con 2 actividades enzimáticas:
- Transferasa α1Æ4: coge los 2 primeros y los transfiere a un extremo no re-
ductor.
- Glicosidasa: coge el residuo del punto de ramificación con enlace α1Æ6 y lo
hidroliza quedando una glucosa sin fosforilar. Las glucosas almacenadas apa-
recen todas fosforiladas menos las de las ramificaciones.
Para degradar las glucosas han de aparecer intermediarios de la glicolisis, la
mayor parte G1P:
Glucosa G6P
hexoquinasa glicolisis
G1P G6P
fosfoglucomutasa
Al movilizar el hígado el glucógeno libera glucosa y G1P que para salir de la
célula ha de perder el fosfato, se transforma primero en G6P y con enzima
G6fosfatasa (de la gluconeogénesis) elimina el P . La G6Pasa salva el paso de
la fosfoquinasa.
Glucogenogénesis.
Requiere extremo no reductor para incorporar las glucosas por ese lado. El en-
zima es la glucogenosintasa. Estudiado por Laloir. La glucosa debe estar
activada combinándola con nucleótidos (derivado de la uridina, UTP). Activa-
ción:
glucosa G6P ⇔ G1P + UTP
hexoquinasa
G1P + P-P-P-uridina UDP-glucosa + PPi
UDP glucosapirofosforilasa
Siempre que el pirofosfato sea un producto la reacción va hacia la derecha. El
enzima glucogenosintasa añade resto de glucosa formando α1Æ4 y libera
UDP. Punto de control más importante. El UDP se necesita como UTP por lo
que para recuperarlo se necesita ATP por medio de una nucleósido difosfoqui-
nasa.
Para las ramificaciones coge un trozo ya sintetizado de unos 7 monómeros y lo
mueve hacia dentro de la cadena (unas 11 glucosas). Se transfiere entero en
posición 6 a una glucosa ya unida. De esto se ocupa una transferasa. Ahora
una sintasa une por los 2 sitios. La separación entre ramas es de por lo menos
4 glucosas para poder degradarlo luego.
(Glu)n + UDP-Glu (Glu)n+1
glucógeno sintasa
La glucógeno sintasa siempre necesita cebador (extremo no reductor). Casi
siempre el cebador es el glucógeno que no se degrada del todo nunca. Para
sintetizar desde cero el cebador es una proteína que se puede glicosidar (aña-
dir azúcar). El azúcar se une a los OH de Ser y Thr formando un enlace
glicosídico.
Regulación.
El glucógeno está almacenado en el citosol donde se hallan los enzimas encar-
gados de degradarlo y sintetizarlo. Las 2 rutas no pueden funcionar al revés.
La síntesis implica activar glucogenosintasa cuando haya mucha glucosa. Si la
concentración de glucosa es alta no es necesario movilizar las reservas. La
degradación ocurre al bajar el nivel de glucosa (es el modulador). Estos dos
procesos nunca son activos a la vez.
Células hepáticas.
La glucogenofosforilasa está regulada por:
- Modificación covalente, por lo que puede existir en dos formas, la no fosforila-
da es inactiva.
ATP ADP
Glucosa fosforilada glucosa fosforilada
OH (Ser) glucogenofosforilasa quinasa
P
forma b forma b
fosfatasa
forma a forma b
H2O Pi
La forma b está regulada alostéricamente. Modulador positivo concentración de
AMP alta (falta ATP). Si la concentración de AMP es alta pasa a la forma a.
Si la concentración de glucosa baja el glucógeno se degrada y la glucosa pasa
a la sangre. Modulación regulada por hormonas, que son moléculas señaliza-
dores de organismos pluricelulares, producidas en algunos sitios para advertir
de determinadas cosas. La concentración de glucosa e sangre dispara la pro-
ducción de algunas hormonas que actúan sólo sobre células que tengan el
receptor específico. Al llegar la hormona la célula desencadena una respuesta.
- Tras comer aumenta la concentración de glucosa en la sangre y se produce
insulina por el páncreas. La insulina potencia la síntesis de glucógeno. Si hay
insulina la glucógeno sintasa está activa y la fosforilasa no.
- Entre comidas se produce glucagón que favorece la degradación activando la
fosforilasa.
Para coordinar ambos procesos la señal ha de ser la misma.
Al producirse glucagón algunas células con receptores, entre ellas las hepáti-
cas, lo recogen. Al unirse al receptor cambia el metabolismo celular y
desencadena el aumento de otro mensajero, el cAMP (3’ y 5’ unidos). Esto es
porque la hormona no puede entrar dentro de la célula. Se favorece la síntesis

de cAMP por la adenilato ciclasa que a partir de ATP sintetiza cAMP. Activa-
ción mediada por proteínas muy importantes llamadas proteínas G, que pueden
unir GTP. Transmiten señales dentro de la célula y tienen 3 tipos de cadenas:
α, β y γ.
α: une GDP ó GTP. Es activa cuando une GTP. La proteína G se autorregula
porque hidroliza GTP (es GTPasa) en la cadena α. La proteína G media el
efecto entre el receptor y la adenilato ciclasa. El receptor favorece el paso a
forma activa. Al unirse la hormona y r receptor, la proteína G, que también está
en la membrana, pasa a activa y pone en marcha a la adenilato ciclasa. La pro-
teína G es activa hasta que se hidrolice el GTP. El cólera produce diarreas
debido a una toxina que bloquea la actividad GTPasa de la proteína G, que ya
no puede desconectarse, y no para de transportar iones y H2O hasta la des-
hidratación.
El cAMP actúa de modulador para la proteínquinasa. Está formada por 2 sub-
unidades catalíticas y 2 reguladoras cuando está inactiva (L2R2). El cAMP se
une a las R que se separan de las catalíticas y la molécula queda activada. La
proteínquinasa puede modificar a la glucógeno fosforilasa quinasa, que puede
estar fosforilada o no. A expensas del ATP modifica el enzima activándolo, lo
que inicia la cascada enzimática disparada por una hormona activa cuando la
concentración de glucosa es baja.
La PKA puede fosforilar la glucógenosintasa que pasa a inactiva. Al activar
PKA se pone en marcha una y para la otra.
Para invertir el efecto de una quinasa actúa una fosfatasa (que también está
regulada). La fosfatasa es activa si la concentración de glucosa aumenta, des-
fosforila el enzima bloqueando un proceso timina empezando el otro.
- cAMP puede romperse para que desaparezca la señal pasando a AMP y no
activa la proteínquinasa. El enzima que lo rompe es la fosfodiesterasa.
Células musculares.
El glucógeno se almacena para consuma propio de la célula. El glucagón no
actúa sobre las células musculares. La cascada enzimática es la misma pero
disparada por la adrenalina. El músculo necesita mucho ATP, requiere glucosa.
Un esfuerzo continuado moviliza el glucógeno igual que antes. Las señales que
determinan la contracción muscular son cambios en la concentración de iones.

Al aumentar la concentración de Ca2+ dentro de la célula se activa la degrada-
ción de glucógeno (coordinando los dos procesos de lisis y síntesis). El Ca2+
activa la glucógeno fosforilasa quinasa uniéndose a la subunidad calmodulina.
El efecto de la adrenalina es adelantarse a la situación teniendo ya preparada
la glucosa antes de que la concentración de Ca2+ aumente.
Tema 18: Metabolismo de lípidos.
Los lípidos son moléculas con grandes diferencias estructurales de unas

a otras. Tienen características comunes de insolubilidad en agua. Tienen 2 fun-
ciones preferentes:
- Componentes esenciales de membrana (fosfolípidos).
- Depósito de energía más importante de la célula (triglicéridos). Los triacilglice-
roles son los principales sustratos energéticos, almacenados en el citosol de
las células del tejido adiposo. El hígado es muy importante en el metabolismo
de lípidos y síntesis de ácidos grasos. Cuando sobra energía sintetiza lípidos.
Los ácidos grasos suelen tener un número par de átomos de C. Se diferencian

en la longitud de la cadena y el número de insaturaciones.
O
CH3 - CH2 - CH2 - C ácido graso
Cω Cβ Cα C1 O-
En la síntesis de una grasa se une 1 glicerol con 3 ácidos grasos para dar tria-
cilglicerol:
CH2O CH2O - CH2 - CH2 - COO-
HCOH esterificación HCO - CH2 - CH2 - COO-
CH2O CH2O - CH2 - CH2 - COO-
glicerol triacilglicerol
La ruptura es por hidrólisis mediante una lipasa. Los ácidos grasos se degrada-
rán dando C2 que es el acetil-CoA que entrará en el C.A.C. dando CO2. El
glicerol mediante glicolisis da piruvato y éste acetil-CoA que sigue el mismo
proceso. El glicerol viene de la glucosa por medio de la ruta glicolítica. Para
sintetizar grasas hacen falta hidratos de carbono porque la glucosa es necesa-
ria para formar C3. También a partir de acetil-CoA.
Las grasas son un buen almacén de energía, mejor que el glucógeno porque
los componentes de los triacilgliceroles están muy reducidos, se obtiene más
energía al oxidarlos. Las grasas son insolubles en agua y el glucógeno es solu-
ble, por lo que puede estar en forma hidratada. Esto es importante a la hora de
almacenar porque con el mismo pero del glucógeno se obtiene menos energía
porque está menos reducido y parte es agua. Obtenemos 6 veces más energía
de la grasa.
Fuentes de triacilglicéridos.
Dieta.
El 90% de los lípidos son triacilgliceroles (TG), otros fosfolípidos (PL), otros
colesterol (C) y ésteres del colesterol (EC). Hay que hidrolizarlos antes de que
entren en el intestino. Si las grasas son insolubles y el enzima es soluble hay
un problema. Para que el enzima pueda actuar han de estar en forma de emul-
sión, lo que se consigue con sales biliares y movimientos peristálticos del
intestino. El enzima que hidroliza los lípidos es una lipasa del intestino, segre-
gada por el páncreas en forma de precursor inactivo llamado prolipasa. El
precursor se activa en presencia de una proteína producida en la pared intesti-
nal llamada colipasa. La lipasa digiere las grasas hidrolizando el enlace éster y
liberando los ácidos grasos. Normalmente libera los de los extremos dando
2.monoacilglicerol. Una vez dentro del intestino se vuelven a unir formando el
triacilglicerol. Se han de romper para poder pasar. Una vez resintetizado va por
el torrente sanguíneo a todo el organismo. Como la sangre es acuosa al sinteti-
zarlos en la mucosa se unen a lípidos polares (PL, E, EC) y con proteínas
(lipoproteínas). Las lipoproteínas hacen que sean solubles. Hay varios tipos
según su composición, aunque la estructura es muy parecida en todas. La de la
mucosa intestinal es la quilomicrón. Porcentaje de TG muy alto, hasta el 95%,
con lo que son muy poco densas. Pasan a la sangre transportando TG por el
sistema linfático. Una vez en la sangre son usados por 2 tipos de células, las
hepáticas y los adipocitos. En la célula sólo entran los ácidos grasos, por lo que
una la lipoproteínlipasa los separa. Los ácidos grasos pueden ir libres por la
sangre unidos a la proteína albúmina de la sangre (seroalbúmina).
Tejido adiposo.
En el tejido adiposo los ácidos grasos se pueden almacenar en forma de TG.
Estos se hidrolizan y sintetizan continuamente, por lo que cuando falta glucosa
los ácidos grasos salen a la sangre y se usan como sustrato energético. La li-
pasa está controlada hormonalmente, existe en dos formas según esté
fosforilada (activa) o no por la proteínquinasa A. Hormonas como el glucagón
producen un aumento del nivel de AMP que activa PKA que a su vez activa a la
lipasa. Si el nivel de glucosa sube se secreta insulina que bloquea la lipasa.
Células hepáticas.
Los ácidos grasos se almacenan en forma de TG que se sintetizan e hidrolizan

continuamente. El hígado es un sitio muy importante se síntesis de ácidos gra-
sos a partir de otras moléculas. A partir de sustratos sobrantes sintetiza ácidos
grasos que por esterificación dan TG, que son enviados al tejido adiposo uni-
das a proteínas en lipoproteínas distintas a los quilomicrones. Éstas son
sintetizadas por el hígado, tienen distinta proporción de componentes. Tienen
muy poca densidad, las VLDL (Very Low Density Level). Su función es trans-
portar los ácidos grasos sintetizados por exceso de hidratos de carbono.
Para recogerlos el adipocito se necesita un enzima igual al anterior que los
hidrolice. La lipoproteína suelta parte de los TG y pasa a LDL, más densa y
especialmente rica en colesterol, que manda a tejidos periféricos. La HDL es
más densa, el colesterol en esta forma no es malo porque se transporta de
vuelta al hígado para ser metabolizado. El tejido adiposo no puede degradar el
glicerol porque no puede fosforilarlo. El hígado sí puede (glicolisis, gluconeogé-
nesis).
Degradación de ácidos grasos.
Primera etapa: activación.

La degradación de ácidos grasos ocurre en la mitocondria y la lipasa está en el
citosol. Para poder entrar en la mitocondria ha de activarse. En el citosol se une
al CoA. Este es un punto de control importante. Se activa por medio del ATP.
La reacción transcurre en 2 etapas:
ATP HSCoA
R - COO- acilCoa sintasa R - CO - SCoA
ácido graso acilCoA
ATP HSCoa AMP
- -
R - COO R - COO - AMP + PPi R
- CO - SCoA
Se activa uniéndose al nucleótido. Se cede el grupo al CoA. El PPi
se hidroliza
La parte del nucleótido forma un con pirofosfatasa, lo que despla-
za la reacción
derivado activado. a la derecha.
Esta es una reacción previa al metabolismo de ácidos grasos. Entra 1 ATP y

sale 1 AMP. Siempre que esto ocurre es como si se gastaran 2 ATP.
Segunda etapa: transporte dentro de la mitocondria.

El CoA no tiene transportador. El grupo acilo entra transfiriéndose a una molé-
cula de la membrana de la mitocondria que la transporta (translocasa). El único
modo de que entre es por medio de la carnitina que recoge el ácido graso y lo
mete dentro en forma de acilcarnitina (ambos).
carnitina HSCoA CH3
R - CO - SCoA H3C - N - CH2 - CH - CH2 -
COO-
carnitina aciltransferasa I OH Å El acilo se une
aquí
La transferasa da el acilo y deja el CoA en el citosol. Está localizada en la
membrana interna de la mitocondria mirando al citosol. Dentro de la mitocon-
dria hay otro enzima igual que cumple la función inversa (carnitina
aciltransferasa II). La CAT1 es el punto de control más importante.
Tercera etapa: β-oxidación.

Se oxida el Cβ del ácido graso separando C2 en forma de acetil-CoA. Los 4 en-
zimas de la mitocondria no están dispuestos formando un complejo. Consta de
4 etapas:
R - CH2 - CH2 - CO - SCoA Se forma doble enlace en-
tre los C α y β.
FAD acilCoA deshidrogenasa Siempre se forma el isóme-
ro trans.
FADH2
H O
R - C = C - C - SCoA enoilCoA
H enoilCoA hidratasa (sólo actúa sobre isómero trans, estereoes-
pecífica
respecto al producto de la reacción.)
OH H O
R - C - C - C - SCoA L-hidroxiacilCoA Se pierde el H del carbono
β.
H H
NAD+ L-hidroxiacilCoA deshidrogenasa
NADH
O O
R - C - CH2 - C - SCoA Se rompe el enlace pero
no por hidrólisis
tiolasa sino por grupo tiol de
otro CoA (tiolisis).
HSCoA
O O
R - C - SCoA + CH2 - C - SCoA
vuelve al principio
Balance: si el ácido graso tiene número par de átomos de C sólo quedará ace-
til-CoA. Si hubiera sido el palmitato (16 C):
palmítico Æ 8 acetil-CoA, 7 NADH y 7 ATP
Degradación del acetil-CoA en el ciclo del ácido cítrico.
Se darán 8 vueltas del C.A.C. Æ 16 CO2, 24 NADH, 8 FADH2 y 8 GTP.

O lo que es lo mismo, a 12 ATP por vuelta, 96 ATP.
Los NADH y FADH2 de la β-oxidación dan 35 ATP más.
Total ATP: 131 ATP de la degradación 1 molécula de palmítico.
Balance de la oxidación del palmitato: 16 CO2 y 131 ATP de los que se deben
restar 2 porque se forma palmitoilCoA con gasto de ATP.
Balance neto: 129 ATP.
16 C + 129 ADP + 129 Pi Æ 16 CO2 + 129 ATP
La degradación sólo ocurre en presencia de O2 porque es necesario para rege-
nerar los coenzimas. Todo el metabolismo dentro de la mitocondria es aerobio.
Como cada vez que pasan 2 e- por la cadena de transporte electrónico se for-
ma H2O, de lo que resultan 146 moléculas de H2O. Las grasa son fuente de
energía y de agua.
Un ácido graso está más reducido que un hidrato de carbono, por lo que se
obtiene más energía:
ácido graso: 129 ATP/16 C = 8.1 ATP/C
glucosa: 36 ATP/6 C = 6 ATP/C
Las reacciones de la β-oxidación son iguales a las del C.A.C.. Las 4 etapas de
la β-oxidación son iguales a las de regeneración del oxalacetato:
CH2 - COO- succinato
CH2 . COO-
FADH2 succinato deshidrogenasa
H COO- fumarato
C
C
O-OC H
H2O
HO CO- L-malato
C
C
H COO-
NADH2 deshidrogenasa
O = C - COO- oxalacetato
CH2 - COO-
Si el ácido graso tiene un número impar de átomos de C el residuo C3 que que-
da al final (propionil -CoA) se metaboliza incorporándose al C.A.C.:
propionil CoA + CO2 Æ C4 (succinil CoA)
Biosíntesis de ácidos grasos saturados.

Se da en el citosol. Preferentemente en células hepáticas, adipocitos y glándu-
las mamarias. En la síntesis se produce reducción, hará falta aportar e-. Los
dadores no son NADH y FADH2 sino el NADPH (provienente de la ruta de los
fosfatos de pentosa). Todos los intermediarios (la cadena que se sintetiza) es-
tán unidos al grupo SH de la ACP (Acil Carrier Protein). El grupo prostético se
llama fosfopanteteína y es igual a un trozo del CoA. Se unen moléculas C2 su-
cesivamente. Si el ácido graso es impar el primer C2 es el propionil-CoA.
Primero se une un acetil-CoA y luego es preciso que el acetil-CoA esté activa-
do por medio de una carboxilación que da como resultado malonil-CoA. El CO2
solo tiene una función catalítica, favorece la condensación y luego se separa.
Síntesis.
El acetil-CoA se forma a partir de piruvato por la piruvato deshidrogenasa de-
ntro de la mitocondria. También puede venir de la β-oxidación, para que salga
al citosol se condensa con oxalacetato para dar citrato, Si hay mucha energía
el C.A.C. está inhibido. El citrato por medio de una transportador sale al citosol
y se rompe liberando los C2.
ATP, HSCoA acetil-CoA, ADP + Pi
citrato oxalacetato
Como el OAA no tiene transportador ha de pasar a malato (igual que en el
C.A.C). El malato se transforma en piruvato::
CO2 NADPH
malato piruvato
El piruvato ya puede volver dentro y dar OAA otra vez. Para sintetizar acetil-
CoA ha de sobrar energía y haber hidratos de carbono. Para que pueda salir el
citrato ha de estar parado el C.A.C., es decir, sobrar energía y haber hidratos

de carbono (para que hayan piruvato y oxalacetato). El OAA siempre está en
niveles bajos en la mitocondria. Al sobrar hidratos de carbono se sintetiza áci-
dos grasos.
Activación del acetil-CoA.

ATP
Acetil-CoA malonil-CoA {(O- OC)- CH2 - CO - SCoA} +
ADP + Pi
acetil-CoA carboxilasa
Esta es la etapa limitante de la velocidad y el punto de control más importante.
Todas las carboxilasas tienen biotina. La reacción ocurre en 2 etapas. La bioti-
na, que está unida covalentemente al enzima, se une al CO2 para que sea más
fácil transferirlo. Se forma carboxibiotina. Se agrega el acetil-CoA y se trans-
forma en malonil-CoA.
Enz - biotina + ATP + CO2 carboxibiotina - enz + ADP + Pi
acetil-CoA
malonil-CoA + Enz - biotina
En E. Coli se han hallado 3 cadenas distintas con funciones específicas:
- Cadena portadora de biotina (unida a Lys).
- Cadena que carboxila la biotina (carboxilasa) catalizando la reacción.
- Cadena que transfiere el grupo al acetil-CoA (transcarboxilasa).
El citrato es un modulador positivo de la acetil-CoA carboxilasa. Si hay citrato
hay acetil-CoA y el enzima más importante de la ruta está en forma activa: acti-
va el punto de control y saca el acetil-CoA del citosol.
Condensación.
Participan 7 enzimas. En procariotas hay 7 cadenas distintas pero en eucario-
tas forman un complejo enzimático llamado sistema ácido graso sintasa. El
complejo ofrece la ventaja de la rapidez. Varias actividades catalíticas residen
en la misma cadena, son multifuncionales. En la parte central del complejo está
la ACP con un largo brazo al que se unen los intermediarios por medio del gru-
po SH. También participa otro SH de una Cys.
El primer C2 es el acetil-CoA y luego todos son malonil-CoA. Si el ácido graso
es impar el primero es el propionil-CoA. En el proceso de carga del enzima se
transfieren al SH de la ACP por medio de la ACP acetil/malonil transferasa. El
primer C2 es transferido a la Cys guardando el malonil-CoA en la ACP. Se pro-
duce una reacción de condensación entre acetilo y malonilo facilitada por la
descarboxilación, que dirige la reacción. El enzima condensante es la oxoacil
ACP sintasa y es donde está localizada la Cys. Se forma acetoacil.
HS - Cys
CH3 - CO - CH2 - CO - S - ACP
+ CO2 (metido al convertir acetil-CoA y
malonil-CoA)
Para reducir el carbonilo hay 3 etapas inversas de la β-oxidación:
Reducción formándose grupo hidroxilo en el Cβ
CH3 - CO - CH2 - CO - S - ACP CH3 - CHOH - CH2 -
CO - S - ACP
NADPH NADP+
hidroxiacilo
Deshidratación:
H2O
CH3 - CHOH - CH2 - CO - S - ACP CH3 - CH = CH - CO - S -
ACP
Reducción:
CH3 - CH = CH - CO - S - ACP CH3 - CH2 - CH2 - CO -
S - ACP
NADPH NADP+
Ahora se une con otro malonil-CoA y vuelve a empezar.
HS - Cys
CH3 - CH2 - CH2 - CO - CH2 - CO - S - ACP
malonil-CoA NADPH
NADPH
HS - Cys
CH3 - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 - CO - S - ACP
El último C es el que forma el grupo carbonilo. Cuando el resto es de 16 carbo-
nos cesa la actividad de la ácido graso sintasa porque no puede cargar con una
cadena tan larga y poner 2 más. Se hidroliza y se separa el palmitato. Si hay
insaturaciones se ponen luego y si la cadena es más larga se hace en otro si-
tio. Algunos insaturados son esenciales y no se pueden sintetizar, se han de
ingerir.
Balance de la síntesis del palmitato:
1 acetil-CoA+7 malonil-CoA(CO2+acilo) + 14NADPHÆpalmitato + 8HSCoA +
7CO2 + 14NADP+
para 7 malonil-CoA: 7 CO2 + 7 acetil-CoA + 7 ATP Æ 7 malonil-CoA
8 acetil-CoA + 14 NADPH + 7 ATP Æ palmitato + 14 NADP+ + 7 ADP + 7 Pi
del ciclo de fosfatos de pentosa
Destinos de los ácidos grasos.

Normalmente no se hallan libres, se incorporan en forma de fosfolípidos de
membrana o triacilglicéridos (TG) como depósito de energía. Han de esterificar
al glicerol en los dos casos que ha de estar fosforilado (glicerol 3P). El glicerol
3P viene de:
- PDHA que a su vez viene de la glucosa, se consume 1 NADH actuando la
glicerol 3 P deshidrogenasa .
- Directamente del glicerol por medio de la glicerol 3P quinasa. Este glicerol
viene de las grasa hidrolizadas. Se esterifica con ácidos grasos activados (acil-
CoA):
ATP AMP + PPi
ácido graso + HSCoA acil-CoA
acil-CoA sintasa
2 acil-CoA pueden esterificar los OH del glicerol 3P:
CH2 - O - CO - R1
CH2 - O - CO - R2 Å ácido fosfatídico, precursor de fsfolípidos y triacilglicero-
les.
CH2 - O - P
Para formar el triacilglicerol se sustituye P por medio de una fosfatasa. Luego
se añade acil-CoA para dar TG (CH2 - O - CO - R3).
Regulación.
Lipasa
triacilgliceroles ácidos grasos + glicerol
esterificacíon
La conversión de TG a ácidos grasos + glicerol ocurre continuamente en el teji-
do adiposo. Cuando sobra energía se sintetizan TG con ácidos grasos y
glicerol. La glucosa aporta el Gd3P necesario, por lo que sólo se esterificará
cuando sobren hidratos de carbono. Cuando hay poca glucosa se degradan
grasas. La lipasa está regulada por hormonas, cuando está fosforilada es acti-
va. La activación la desencadena el glucagón que a través de la cascada
enzimática pone en marcha la PKA que fosforila la lipasa. Cuando la concen-
tración de glucosa es alta se secreta insulina que favorece la esterificación. Se
sintetizan ácidos grasos a partir de acetil-CoA y su degradación da la misma
molécula. La síntesis a partir de acetil-CoA se da cuando la carga energética es
alta y hay hidratos de carbono (para sacar acetil-CoA con OAA). No deben
haber ácidos grasos.
Puntos de regulación.
- Síntesis: punto de control es el enzima que modifica el acetil-CoA, la acetil-
CoA carboxilasa.
- Degradación: enzima que activa acetil-CoA para entrar ácidos grasos e mito-
condria transfiriéndolos a la carnitina, la carnitina aciltransferasa I.
Regulación de la síntesis: acetil-CoA carboxilasa.

- Regulada a nivel hormonal por glucagón (inhibe) e insulina (activa).
- Regulado también alostéricamente:
Modulador +: citrato, que favorece la conformación más activa además de sa-
car el acetil-CoA.
Modulador -: palmitoil-CoA, que es el producto de la reacción. También la carga
energética, concretamente el AMP.
- Regulado covalentemente Fosforilada es inactiva. Si la quinasa está favoreci-
da bloquea la síntesis de ácidos grasos y si lo es la fosfatasa activa el enzima.
La insulina favorece la fosfatasa y el glucagón la quinasa.
-Regulación a largo plazo: el enzima puede variar su concentración, se puede
inducir su síntesis. El ayuno prolongado y luego una dieta rica en hidratos de
carbono y pobre en grasa aumenta mucho la concentración del enzima.
Regulación de la degradación: carnitina aciltransferasa 1.

Es modulador - el malonil-CoA que es el producto de la acetil-CoA carboxilasa.
Si sube su concentración es porque sobra energía y hay hidratos de carbono y
al estar inhibido el enzima no pueden entrar los acetil-CoA en la mitocondria.
Cuerpos cetónicos.
Acetoacetato: (CH3) - (CO) - (CH2) - (COO-)
Hidroxibutirato: (CH3) - (CHOH) - (CH2) - (COO-)
Acetona: (CH3) - (CO) - (CH3)
Al degradar ácidos grasos se obtiene acetil-CoA que puede ir al C.A.C. si hace
falta energía, pero hace falta OAA. Si faltan hidratos de carbono el acetil-CoA
no puede entrar en el C.A.C. porque el OAA forma glucosa. Si no hay hidratos
de carbono los niveles de OAA están comprometidos y no podemos degradar
acetil-CoA. Cuando se ayuna y en la diabetes (enfermedad en la que no se
usan bien los hidratos de carbono y es como si no hubiera glucosa) se degra-
dan muchos ácidos grasos. Aumenta mucho la concentración de acetil-CoA
que no puede ir al C.A.C. por lo que forma complejos cetónicos, de los cuales
se puede obtener energía .
Formación.
Se forman sobre todo en el hígado dentro de las mitocondrias por condensa-

ción:
HSCoA
2 acetil-CoA acetoacetil-CoA + HSCoA
tiolasa
Recoge otro acetil-CoA y luego pierde CO2 y HSCoA:
acetil-CoA HSCoA CO2
acetoacetil-CoA 3-hidroximetil-glutaril-CoA
acetoacetato
El otro cuerpo cetónico se convierte en hidroxibutirato por medio de una des-
hidrogenasa y la acetona se obtiene del acetoacetato por medio de una
descarboxilación. El acetoacetato se usa convirtiéndolo en acetoacil-CoA reci-
biendo una molécula de HSCoA del succinil-CoA
citrato
acetil-CoA oxalacetato
acetoacetil-CoA succinato
transferasa
acetoacetato succinil-CoA
hidroxibutirato
Todos los tejidos menos el hepático puede usar los cuerpos cetónicos como
sustrato energético porque tienen la transferasa. Si la concentración de cuer-
pos cetónicos es muy alta disminuye el pH de la sangre, el enfermo hace olor a
acetona y puede llegar al coma diabético. El cerebro puede acostumbrarse a
usar cuerpos cetónicos en condiciones de ayuno prolongado, lo que evita tener
que degradar proteínas.
Tema 19: Metabolismo de compuestos nitrogenados.

Metabolismo de aminoácidos.
Procedencia.
- De proteínas de la dieta que se absorven y dan aminoácidos.
- De proteínas funcionales de la célula que se recambian.
Muchos aminoácidos se reutilizan para sintetizar proteínas. También pueden
degradarse para obtener energía en los siguientes casos:
- Cuando se ingieren muchas proteínas.
- Cuando hay déficit de glucosa y hace falta energía.
Degradación.
Hay 2 etapas:
- Desaminación, el grupo amino aparece en forma de NH4+y queda el esqueleto

carbonado.
- Eliminación del grupo amino.
El NH4+ es muy tóxico y los vertebrados terrestres lo eliminan transformándolo
en urea que se excreta.
El esqueleto carbonado se transforma en 7 productos dependiendo del ami-
noácido.
Acetil-CoA, acetoacetatil-CoA, piruvato e intermediarios del C.A.C. (OAA, αOG,
succinil-CoA y fumarato). Si hace falta energía se degradan en el C.A.C..
Si se ingieren muchas proteínas los esqueletos se almacenan en forma de áci-
dos grasos (grasas) o en forma de glucosa (glucógeno). Depende del destino
del destino del esqueleto:
- Aminoácido cetogénicos: acetil-CoA, acetoacetato. Como no poseemos el
ciclo del glioxilato no pueden producir glucosa.
- Aminoácido glucogénicos: piruvato e intermediarios del C.A.C.. dan lugar a
glucosa.
Degradación de aminoácidos.
Se pierde el grupo amino. Actúa enzima glutamato transaminasa que quita el
grupo amino y lo transfiere a un oxoácido. Casi todos los aminoácidos tienen el
mismo oxoácido, el αOG que pasa a glutámico y el aminoácido forma un oxoá-
cido:
aminoácido2 + oxoácido1 Æ oxoácido2 + glutámico1
Tiene la ventaja de que todos los aminos están en el glutámico, se canalizan
hacia la misma molécula. Algunos aminoácido lo ceden a la alanina, que es el
oxoácido del piruvato:
aminoácido + piruvato Æ oxoácido + alanina
Si la alanina es el aminoácido2 todos se recogen en el glutámico.
Alanina H3+N - CH - COOH
CH3
Piruvato O = C - COO-
CH3
asparragina + piruvato Æ oxalacetato + alanina
Asparragina: H3+N - CH - COO-
CH2
COO-
Oxalacetato: O = C - COO-
CH2
COO-
Las transaminasas tienen como grupo prostético el fosfato de piridoxal (deriva-
do de la vitamina B6) que sirve para transportar aminos. La Asp cede el amino
al enzima que lo transporta en el piridoxal y luego lo cede al glutámico. Éste
sufre una desaminación oxidativa:
glutámico + NAD+ + H2O α-oxoglutarato + NH4+ +
NADH
glutamato deshidrogenasa
El NH4+ puede usarse para sintetizar aminoácidos haciendo la reacción al revés
por el mismo enzima que ahora depende de NADPH. Enzima regulado alostéri-
camente. La reacción de desaminación ocurre en todas las células.
Eliminación del NH4+.

Si se absorve el amonio en la sangre el αOG se convierte en glutámico y no
habrán intermediarios del C.A.C.. La transformación en algo inocuo ocurre en el
hígado. Para transportar los NH4+ hasta allí se adhieren a la cadena lateral de
la glutamina (es como el glutámico pero en lugar de el grupo carboxilo tiene un
amino):
Glutámico + NH4+ + ATP Glutamina + ADP + Pi
COO- glutamina sintasa C=O
NH2
Al llegar al hígado se hidroliza y suelta el grupo amino:
glutamina + H2O glutámico + NH4+
glutaminasa
Ciclo glucosa - alanina.
Otra posibilidad de transporte hasta el hígado del NH4+ es que se recoja en for-
ma de alanina, preferentemente en las células musculares:
músculo si el músculo trabaja hay glicolisis Æ glucosa
proteínas piruva-
to
aminoácidos transaminación
NH4+ Æ NH4+-Glutámico alanina + αOG (puede volver a
dar glutámico)
La alanina lo transporta por la sangre y en el hígado una transaminasa hace lo
mismo al revés:
glucosa Å piruvato glutámico Æ NH4+ ÆÆ urea
alanina α-oxoglutarato
el piruvato puede ser para la gluconeogénesis y da glucosa que por la sangre
vuelve al músculo.
Ciclo de la urea.
Descubierto por Krebs y Henseleit. Para eliminar el amonio se convierte en
urea. Ocurre preferentemente en el hígado y se ven implicados enzimas mito-
condriales y del citosol.
NH2
urea: C=O
NH2
El CO2 procede de la atmósfera. Los NH2 vienen uno del amonio y otro del as-
pártico. Esta ruta requiere mucho ATP. En el citosol la arginina se hidroliza
liberando urea y ornitina (aminoácido no proteico) por medio del enzima argina-
sa.
Arginina H3+N - CH - COO- Ornitina: H3+N - CH - COO-
CH2 (CH2)3
NH NH3+
guanidíneo C = NH2+
NH2
A partir de la ornitina se sintetiza arginina, La ornitina entra en la mitocondria y
recibe el primer amino del glutámico por medio de la glutamato deshidrogena-
sa. En cuanto se forma el NH4+ reacciona con CO2 (en forma de HCO3-, del
C.A.C. ...). Necesita 2 ATP, uno para la energía y otro para el fosfato. Aparecen
2 ADP + 1 Pi.
Glutámico
glutamato NADH
deshidrogenasa αOG CO2 2 ATP 2ADP + Pi
NH4+ NH2 - CO - P
carbamoilfosfato sintasa carbamoil fosfato
El grupo carbamoilo (NH2 - CO) se transfiere a la ornitina que da citrulina y as-
parragina:
NH2 - C - P citrulina { H3+N - CO - COO- } + Asp
ornitina transcarbamoilasa (CH2)3 NH3
NH condensa-
ción
CO
NH2
La citrulina es un aminoácido no proteico. La citrulina sale al citosol y recibe el
segundo amino aportado por la Asp por reacción de condensación (el grupo
amino de la Asp puede venir de cualquier aminoácido por medio de una tran-
saminasa). Necesita 1 ATP. Se forma argininsuccinato. El ATP forma AMP.
Una liasa rompe en Arg y fumarato (intermediario del C.A.C.).
ATP AMP + PPi
citrulina argininsuccinato Arg + fumarato Ç
argininsuccinato H3+N - CH - COO- liasa H

-
COO
sintasa (CH2)3 C
NH C
-
C = NH2 O OC
H
HN Asp
COO- - CH2 - CH - COO-
Balance neto:
NH4+ + Asp + HCO3- + 2 ATP + 2 ATP Æ urea + fumarato + 2 ADP + 2 Pi +
AMP + PPi
Los 2 ATP es porque ATP Æ AMP es como si se gastaran 2 ATP.
Degradación del esqueleto carbonado.

Al perder el grupo amino queda el oxoácido correspondiente al aminoácido.
Hay 20 oxoácidos distintos que se convierten pasando por el C.A.C. en 7 in-
termediarios por medio de rutas convergentes: Acetil-CoA, acetoacetil-CoA,
piruvato e intermediarios del C.A.C. (OAA, αOG, succinil-CoA y fumarato). Se
usan para obtención de energía y fabricar glucosa. La leucina es el único que
es sólo cetogénico. De los otros aminoácidos algún C aparecerá en forma de
glucosa.
Biosíntesis de aminoácidos.
Hay diferencias entre los organismos respecto a la capacidad de sintetizar ami-
noácidos y la fuente de N que usan. Un aminoácido se sintetiza uniendo el
oxoácido correspondiente con NH4+. El hombre solo puede sintetizar 10 ami-
noácido, los otros son esenciales y se han de ingerir. La arginina es importante
para neonatos, los adultos tienen bastante con la sintetizada en el ciclo de la
urea.
Fuentes de N.
El N es necesario además para la síntesis de purinas, pirimidinas y sus deriva-
dos. Todos los organismos pueden usar el NH4+ para formar enlaces C - N. La
fuente más importante de N es el atmosférico, pero sólo algunos seres son ca-
paces de sintetizar NH3, lo que es aprovechado por los demás.
Fijación de N2.
Proceso por el cual el N atmosférico se convierte en una forma útil. Sólo pue-
den hacerlo procariotas, algunas bacterias y algas verdeazuladas
(cianobacterias), y las leguminosas porque tienen una bacteria simbionte.
Reacción de fijación.
Es como la reacción de síntesis industrial de NH3:
N2 + 3 H2 Æ 2 NH3 T = 500ºC P = 300 atm
El enzima nitrogenasa cataliza la reacción de reducción (necesitará e- y ATP).
Es un enzima muy inestable y se inactiva en presencia de O2. Tiene 2 compo-
nentes, la nitrogenasa y una reductasa que recoge los e-. Ambos tienen Fe, son
ferroproteínas y la nitrogenasa tiene hemoglobina. La reacción global sí es co-
nocida:
N2 + 8 e- + 8 H+ + 16 ATP Æ 2nh3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi
El ATP solo impulsa la reacción. Como el O2 inhibe el enzima las leguminosas
fabrican una proteína en los nódulos donde están las bacterias que une cova-
lentemente el O2, la leghemoglobina.
Ciclo del nitrógeno.
N2 atm
fijación
aminoácidos NH3
proteínas NO2-
aminoácidos NH3 NO3-
Una vez fijado el N2 otras bacterias lo oxidan para obtener energía transfor-
mándolo en nitrito y otras lo oxidan a nitrato. Éstas son my abundantes y
activas y todo el NH3 se transforma en NO3-, lo que se llama nitrificación del
suelo. El nitrato es usado por otras bacterias y plantas como fuente de nitróge-
no. La planta vuelve a transformarlo en NH3 (desnitrificación). Esto es como
una cadena de transporte electrónico donde el aceptor final es el NO3-. El NH3
en las plantas se incorpora a los aminoácidos que forman proteínas que al ser
degradadas vuelven a dar NH3. Sólo hay una entrada de N2, por fijación.
Biosíntesis de aminoácidos.
Nosotros sólo podemos usar el NH4+ que viene de los aminoácidos. Para sinte-
tizar aminoácidos necesitamos el oxoácido correspondiente y NH4+. El que da
el amonio al oxoácido es el glutámico.
Incorporación del NH4+ al αOG. Es una reacción inversa a la de degradación de
aminoácidos:
NH4+ + αOG + NADPH glutámico + NADP+
glutamato deshidrogenasa
El glutamato por transaminación da el grupo amino a los aminoácidos.
Otra molécula importante es la glutamina:
NH4+ + glutámico + ATP glutamina + ADP + Pi
glutamina sintasa
Otra reacción que permite la síntesis directa de glutámico (dador glutamina):
αOG + glutamina + NADPH 2 glutámico + NADP+
glutamato sintasa
Por la acción secuencial de glutamina sintasa y glutamato sintasa se obtiene la
misma reacción que NH4+ + αOG, pero se gastan 1 ATP y 1 NADPH. Esto es
útil cuando la concentración de amonio es muy baja porque la glutamato des-
hidrogenasa tiene Km para glutámico muy alta (ha de haber mucho glutámico).
El glutámico puede ceder el amino a cualquier oxoácido:
glutámico oxoácido
αOG aminoácido
Formación de los oxoácidos.

Los aminoácidos se pueden agrupar en 6 familias atendiendo a su precursor.

Son intermediarios de la glicolisis, C.A.C. y ruta de los fosfatos de pentosa. Pi-
ruvato (alanina), 3PG, OAA (aspártico), αOG (glutámico), R5P (histidina si hay
ciclo del glioxilato) y eritrosa 4P.
Regulación.
Preferentemente a nivel de glutamina sintasa. Enzima con muchos modulado-
res alostéricos (acumulativos) en los puntos de bifurcación para dar varios
aminoácidos. También modulación covalente pero no por fosforilación. Puede
inhibirse su síntesis (cambios en su concentración).

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Propiedades de los seres vivos.

Composición química de los seres vivos.

Amida: aminoácidos para dar proteínas. -N-CO-

Tioéster: aporta energía en metabolismos. -C-S-CO-

Fosfoanhidro: aporta energía en metabolismos. O- O-

Reactividad entre biomoléculas.

orden. Los procesos desfavorecidos termodinámicamente se hacen a expensas del entorno,

Flujo de energía en la biosfera:

∆G < 0 ADP + fosfato ∆G < 0

catabolismo ATP anabolismo

- Se ha de sobrepasar la energía de activación, por ello algunas moléculas no se transforman

- Membrana plasmática: rodea a la célula manteniendo la individualidad. Hay muchos trans-

eubacterias (actuales) hongos

Molécula del agua.

Propiedades de los aminoácidos.

moléculas han de encajar para reaccionar se ha escogido sólo la forma L. Sí existen D-

H3N+ - asp - COOH pKΑCOOH H3N+ COO- pKRCOOH

H3N+ COO- H2N COO-

Cálculo del punto isoeléctrico:

pKs más usuales:

Estado de disociación de un tripéptido:

NH3 COOH IMIDAZOL

α-NH3 (1+) (2-) ε-NH3 (2-)

La secuencia de aminoácidos en una cadena polipeptídica determina su estructura pri-

Hoja β u hoja plegada:

EJEMPLOS DE PROTEÍNAS SEGÚN SU ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL.

TEMA 3. DINÁMICA DE PROTEÍNAS.

Consideraciones generales sobre la interacción proteína - ligando.

K La pendiente es K y para calcularla no hay que llegar al 100%

c es el coeficiente de Hill que cuantifica la cooperatividad. Si c=1 no hay cooperatividad. La

Explicación estructural de la cooperatividad y el alosterismo.

ESTUDIO DE LAS PROTEÍNAS QUE UNEN O2.

Diferencias con la hemoglobina:

Unión del O2.

P50 Mb P50 Hemoglobina

Causa molecular de la cooperatividad.

Otros ligandos que pueden unirse a la hemoglobina.

TEMA 4. NATURALEZA QUÍMICA DE LOS ENZIMAS.

Especificidad de los enzimas.

- Residuos de unión: aportan soporte para unir el enzima a su sustrato y no a otro.

Clasificación de los enzimas.

1.- Oxidorreductasas: participan en reacciones redox.

TEMA 3. DINÁMICA DE PROTEÍNAS.

Consideraciones generales sobre la interacción proteína - ligando.

K La pendiente es K y para calcularla no hay que llegar al 100%

c es el coeficiente de Hill que cuantifica la cooperatividad. Si c=1 no hay cooperatividad. La

Efecto homotrópico: efecto de la entrada de un ligando sobre la entrada de otro igual. La

Explicación estructural de la cooperatividad y el alosterismo.

ESTUDIO DE LAS PROTEÍNAS QUE UNEN O2.

Unión del O2.

P50 Mb P50 Hemoglobina

Causa molecular de la cooperatividad.

Al unirse el O2 y ocupar la sexta posición de coordinación el Fe pasa a tener 6 sustituyentes y

Otros ligandos que pueden unirse a la hemoglobina.

2,3-Bifosfoglicerato (2,3-BPG): está cargado a pH fisiológico:

TEMA 4. NATURALEZA QUÍMICA DE LOS ENZIMAS.

Especificidad de los enzimas.

transición tras superar la energía de activación antes de convertirse en productos. El cataliza-