Citogenetica Clinica
Citogenetica Clinica
Citogenetica Clinica
Human cytogenetics
Tjio JH, Levan A. The chromosome number of man. Hereditas, 1956, 42:1-16.
1960: Conferencia de Denver
Citogenética clínica
Técnicas
Citogenética convencional
Hibridación “in situ” fluorescente (FISH)
Arrays genómicos (CGH arrays)
Aplicaciones
Constitucional
Cromosomopatías
Abortos / infertilidad
Retraso mental
Neoplasias
Citogenética clínica
Técnicas
Citogenética convencional
Hibridación “in situ” fluorescente (FISH)
Arrays genómicos (CGH arrays)
Aplicaciones
Constitucional
Cromosomopatías
Abortos / infertilidad
Retraso mental
Neoplasias
TÉCNICAS
CITOGENÉTICA
MOLECULAR
Alteraciones numéricas
C-8 C-7 C-8 C-7
+8 -7
FISH en interfase
BCBBR
1960: Cromosoma Philadelphia
t(9;22)(q34;q11)
Arrays Genómicos
Wellcome Trust Sanger
Institute 1 Mb clone Set
Depósito (500ng-1ug/ul)
Purificación
MICROGRID II
CGH arrays (arrays genómicos)
Deleción
Patient DNA Control DNA
Aplicaciones
Constitucional
Cromosomopatías
Abortos / infertilidad
Retraso mental
Neoplasias
CITOGENÉTICA
CLINICA
Constitucional Oncológica
Constitucional Oncológica
? 47,XY,+21
Un gameto con un cromosoma supernumerario
Puede formarse
Como consecuencia de una no-disyunción
En la meiosis I
Meiosis I o II
Meiosis II
Mecanismos de no disyunción meiótica
Hassold, 2001
Sin tener en cuenta el cromosoma afectado,
la no disyunción en la meiosis I materna
es la causa más frecuente de trisomía
(80-90%)
Una reducción significativa
en la recombinación
genética es el mecanismo
más común de todas las
trisomías producidas en la
meiosis I
La meiosis en la
Mujer:
La oogénesis
Puede haber sido
Décadas antes
La espermatogénesis comienza en la pubertad,
Pero finaliza poco antes de la fecundación
MONOSOMÍA X
Síndrome de Turner
?
Otras Cromosomopatías:
S. De Klinefelter: XXY
S. Edwards: +18
S. Maullido del gato: 5p-
Conducta gresiva: XYY
9Cromosomopatías
9Causas aborto / infertilidad
9Retraso mental
Las alteraciones cromosómicas son una causa frecuente de abortos
espontáneos y problemas fetales en el parto
Probability
Frequency of abnormality of
(%) abnormal
fetus
surviving
to term
Spontaneous Stillbirths Livebirths (%)
abortions 20 weeks-
term
All
chromosome 50 5 0.6 5
abnormalities
1986
Probability
Frequency of abnormality of
abnormal
(%) fetus
Chromosome Spontaneous Stillbirths Livebirths surviving
abnormality abortions to term
(%)
All abnormalities 50 5 0.5 5
Trisomy: 7.5 - - 0
16
13, 18, 21 4.5 2.7 0.14 15
XXX,
XXY, 0.3 0.4 0.15 75
XYY
All others 13.8 0.9 - 0
Sex
chromosome
8.7 0.1 0.01 1
monosomy
(45, X)
Triploidy 6.4 0.2 - 0
Tetraploidy 2.4 - - 0
Las trisomías son la alteración genética más
frecuente que causan pérdidas fetales
Probability
Frequency of abnormality of
(%) abnormal
fetus
surviving
Chromosome Spontaneous Stillbirths Livebirths to term
abnormality abortions (%)
All 50 5 0.5 5
abnormalities
Trisomy: 7.5 - - 0
16
13, 18, 21 4.5 2.7 0.14 15
XX X, 26 4 0,3
XX Y, 0.3 0.4 0.15 75
XY Y
All others 13.8 0.9 - 0
Sex
chromosome
monosomy 8.7 0.1 0.01 1
(45, X)
Triploidy 6.4 0.2 - 0
Tetraploidy 2.4 - - 0
Structural
abnormality 2.0 0.8 0.3 45
Hassold, 1986
Las monosomías de autosomas no
causan abortos …
?
Array-CGH (100 kb resolution):
chromosome 1
N LOG 2 Patient/Ctrl
0,8
0,6
0,4
0,2
0
-0,2
-0,4
-0,6
-0,8
-1
Mb sorted
Duplicaciones
No diagnosis
16
22
16
Las enfermedades genómicas se caracterizan por
la presencia, a nivel del ADN, de duplicaciones
segmetarias, que predisponen a esa secuencia a
tener reordenamientos recurrentes
~ 5% genoma humano
9 Tamaño >1 kb
Síndrome de Angelman
50-70% deleciones maternas
1-5% disomías paternas
≥25% otras, (mutaciones UBE3A )
CITOGENÉTICA
CLINICA
Constitucional Oncológica
50,000
40,000
50,000 casos
30,000
38,032 aberraciones
20,000 3,211 alteraciones recurrentes
10,000
Traslocación recíproca
Alteraciones cromosómicas recíprocas
recurrentes en la leucemia aguda mieloblástica
t(1;3)(p36;q21) t(3;17)(q26;q22) t(9;11)(p22;q24) t(11;17)(q23;q23)
t(1;12)(p36;q13) t(3;21)(q26;q22) t(9;17)(p22;p13) t(11;17)(q23;q25)
t(1;17)(p36;q21) inv(4)(p13q28) t(9;11)(p21;q23) t(11;19)(q23;p13)
t(1;11)(p32;q23) t(4;12)(q11;p13) inv(9)(p11q13) t(11;20)(q23;q13)
t(1;2)(p22;q31) t(4;12)(q12;p13) t(9;11)(q21;q23) t(11;21)(q23;q22)
t(1;22)(p13;q13) t(4;11)(q21;p15) t(9;11)(q22;q23) t(11;22)(q23;q11)
t(1;7)(p11;p11) t(4;11)(q21;q23) t(9;10)(q34;q22) t(11;22)(q23;q13)
t(1;7)(p11;q11) inv(4)(p13q28) t(9;13)(q34;q12) t(11;17)(q24;q21)
t(1;13)(q11;q11) t(5;21)(q13;q22) t(9;17)(q34;q12) inv(12)(p13q22)
t(1;6)(q21;q27) t(5;6)(q31;q21) t(9;22)(q34;q11) t(12;22)(p13;q12)
t(1;16)(q32;p13) t(5;7)(q34;q21) t(10;11)(p15;q21) t(12;22)(p13;q13)
t(2;3)(p23;q26) t(6;9)(p23;q34) t(10;11)(p14;q13) t(12;17)(p11;q11)
t(2;4)(p23;q25) t(6;21)(q13;q22) t(10;11)(p14;q21) t(12;19)(q13;q13)
t(2;3)(p22;q28) t(6;9)(q22;q34) t(10;11)(p13;q13) t(13;18)(q14;q23)
t(2;11)(p21;q23) t(6;11)(q27;q23) t(10;11)(p13;q21) t(14;18)(q32;q21)
t(2;11)(p21;q24) t(7;11)(p15;p15) t(10;11)(p13;q23) t(15;17)(q22;q21)
t(2;16)(p11;q22) t(7;12)(p15;p13) ins(10;11)(p11;q23q13) t(15;17)(q24;q21)
t(2;21)(q21;q22) t(7;12)(q21;q13) ins(10;11)(p11;q23q24) t(15;17)(q26;q22)
t(2;11)(q37;q23) t(7;11)(q22;p15) inv(10)(p11q22) inv(16)(p13q13)
inv(3)(p25q21) t(7;21)(q31;q22) t(10;11)(p11;q23) inv(16)(p13q22)
t(3;7)(p21;q35) t(7;12)(q32;p13) inv(11)(p15q22) t(16;16)(p13;q22)
t(3;8)(p21;p21) t(7;12)(q36;p13) t(11;20)(p15;q11) t(16;21)(p11;q22)
t(3;12)(p14;q24) inv(8)(p21q22) t(11;11)(q13;q23) t(16;21)(q24;q22)
t(3;21)(p14;q22) inv(8)(p11q13) t(11;12)(q13;p13) t(17;21)(p13;q11)
ins(3;3)(q21;q21q26) t(8;16)(p11;p13) t(11;14)(q13;p11) t(17;18)(p11;q11)
inv(3)(q21q26) t(8;19)(p11;q13) t(11;19)(q22;p11) t(21;21)(p11;q11)
t(3;3)(q21;q26) t(8;22)(p11;q13) t(11;12)(q23;p13) t(21;22)(q11;q13)
t(3;3)(q21;q29) t(8;16)(q22;q24) t(11;15)(q23;q12) t(X;6)(p11;p23)
t(3;5)(q21;q31) t(8;21)(q22;q22) t(11;15)(q23;q14) t(X;6)(p11;q23)
t(3;6)(q21;p21) t(9;11)(p22;q13) t(11;16)(q23;p13) t(X;10)(p11;p11)
t(3;5)(q24;q32) t(9;11)(p22;q23) t(11;17)(q23;q12) t(X;11)(q13;q23)
t(3;5)(q25;q34) t(9;11)(q22;q23) t(11;17)(q23;q21) t(X;17)(p11;q25)
Alteraciones cromosómicas recíprocas
recurrentes en los tumores mesenquimales
100
80
Leucemia aguda mieloblástica
Síndromes mielodisplásicos
40 Linfomas B
20 Linfomas T
Tumores mesenquimales
Tumoresepiteliales
t(8;21)(q22;q22) t(15;17)(q22;q12)
inv(16)(p13q22) t(8;16)(p11;p13)
Y con tumores mesenquimales
Sarcoma de Ewing Liposarcoma mixoide
t(11;22)(q24;q12) t(12;16)(q13;p11)
t(9;22)(q22;q12) t(X;18)(p11;q11)
Impacto pronóstico de las alteraciones
citogenéticas en las leucemias agudas
mieloblásticas
Alteración Pronóstico
t(8;21)(q22;q22) Favorable
t(15;17)(q22;q12) Favorable
inv(16)(p13q22) Favorable
+8 Intermedio
11q23 abn Intermedio
inv(3)(q21q26) Malo
t(6;9)(p23;q34) Malo
t(8;16)(p11;p13) Malo
Impacto pronóstico de las alteraciones
citogenéticas en las leucemias agudas linfoblásticas
del niño
Proporción de supervivientes
100%
t(12;21)
75%
t(1;19)
50%
t(4;11)
25% t(9;22)
0 1 2 3 4 5
Supervivencia (años)
ABL1◆●○▲▼■◇ CCND2▼ FHIT□ IL21R▼ MN1◆○▲△ PICALM◆●▼ SSX4△
ABL2◆● CCND3▼■ FIP1L1○ IL3● MSF◆ PIM1▼ STL●
AF1Q◆ CDK6▼ FLI1△□ IRF1● MSI2○ PIST△ SYK▲
AF3P21◆ CDKN2A●▼ FN1◆ IRF4■ MTCP1◇ PLAG1△□ TAF15 ◆●△
AF5A◆ CDX2◆ FNBP1◆ JAK2●○ MUC1▼ PML◆ TAL1 ●□
AF5Q31● CEP1○ FOXO1A△ JAZF1△ MYB□ PMX1◆ TAL2 ●
AF15Q14◆● CHIC2◆ FOXO3A◆ JJAZ1△ MYC●▼■◇ PNUTL1◆ TCEA1□
ALK◆▼◇△ CLTC◇△ FSTL3▼ KTN1□ MYH11◆○▲ POU2AF1● TCF3◆●
ALO17◇ CLTCL1◇ FUS◆●△ LAF4● MYST3◆▲ PPARG□ TCF12△
ALPHA□ COL1A1△ FVT1▼ LAMA4△ MYST4◆▲ PRCC□ TCL1A●◇
ARHGEF12◆ COL1A2△ GAS7◆ LASP1◆ NCOA2◆ PRDM16◆▲ TCL2●
ARHH▼■ COX6C△ GMPS◆ LCK● NCOA4□ PRKAR1A□ TCL6●
ARNT◆ CREBBP◆●▲ GOLGA5□ LCP1▼ NFKB2▼■◇ PSIP1◆ TCTA●
ASPSCR1△□ CSF1◆ GPHN◆ LCX◆ NONO□ PVT1●▼ TFE3△□
ATF1△ CSF2◆ GR6◆ LHFP△ NOTCH1● RABEP1▲ TFEB□
ATIC◇△ CSF3○ GRAF◆ LHX4● NPM1◆▼◇ RAD51L1△ TFG◇□
ATM◇ CTNNB1□ GSTP1○ LIFR□ NR4A3△ RANBP2△ TFPT●
BCL2●▼ D10S170○□ HAS2△ LMO1● NRG1□ RANBP17● TIF1□
BCL3▼ DDIT3△ HEAB◆ LMO2● NSD1◆ RAP1GDS1● TLX1●◇
BCL6●▼ DDX6● HERVK○ LPP◆△ NTRK1□ RARA◆ TLX3●
BCL7A▼ DDX10◆▲ HIP1▲ LYL1● NTRK3◆△□ RBM15◆ TNFRSF17◇
BCL8▼ DEK◆○▲ HIST1H4I▼ MAF■ NUMA1◆ RDC1△ TOP1◆▲
BCL9●▼ ELKS□ HLF● MAFB■ NUP98◆●○▲ REL●▼ TPM3◇□
BCL10▼ ELL◆●▲ HLXB9◆ MALT1▼■ NUP214◆●○▲ RET□ TPM4◇
BCL11A▼ EP300◆ HMGA1△□ MAML2□ NUT□ RFG9□ TPR□
BCL11B● EPS15◆ HMGA2▼△□ MDS1◆○▲ ODZ4□ ROS1△ TRA@ ●▼◇
BCR◆●○▲▼■◇ ERG◆●△ HOXA9◆○▲ MDS2▲ OLIG2● RPL22P1◆○ TRB@◆●◇
BIRC3▼■ ERVWE1▼ HOXA11○ MECT1□ PAFAH1B2▼ RPN1◆▲ TRD@ ●◇
BRCA2▲ ETS1▼ HOXA13◆▲ MHC2TA▼ PAX3△ RPS10□ TRG@ ●◇
BRD4□ ETV1△ HOXC11◆ MKL1◆ PAX5●▼ RUNX1◆●○▲ TRIM33□
BTG1▼ ETV4△ HOXC13◆ MLF1◆ PAX7△ SEPT6◆ TRIP11◆
BVR1▼ ETV6◆●○▲▼◇△□ HOXD11◆ MLL◆●○▲▼◇ PAX8□ SFPQ□ TTL●
C12orf9△ EVI1◆○▲ HOXD13◆ MLLT1◆● PBX1◆● SFRS3▼ WHSC1■
CARS△ EWSR1●△□ HPR□ MLLT2◆● PCM1□ SH3GL1◆ WT1△
CBFA2T1◆○▲ FACL6◆ HSRNAFEV△ MLLT3◆●▲ PCSK7▼ SIL● ZNF145◆
CBFA2T3◆▲ FCGR2B▼ IGH@●▼■◇ MLLT4◆● PDGFB▼△ SS18△ ZNF198 ○
CBFB◆○▲ FGFR1◆○ IGK@▼■ MLLT6◆ PDGFRA○ SS18L1△ ZNF278 △
CBL◆ FGFR1OP◆○ IGL@●▼■ MLLT7◆● PDGFRB◆○▲ SSH3BP1◆ ZNF331□
CCND1▼■ FGFR3■◇ IL2◇ MLLT10◆●▼ PER1◆ SSX1△ ZNF384 ◆●
SSX2△ ZNFN1A1▼
Leucemia aguda mieloblástica Lecemia aguda linfoblástica Síndromes mieloproliferativos Síndromes mielodisplásicos
Mieloma y otras proliferaciones de céluas plasmáticas Linfomas T Tumores mesenquimales Tumoresepiteliales Linfomas B
”Genes del Cáncer”
>300 desregulados or reordenados por
fusiones