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    No. del grupo y fecha del laboratorio: Grupo 2.

    29 de octubre, 2019

    Práctica No. 6: Optimización de un medio de cultivo para producción de biomasa de Escherichia coli

    Integrantes: Antonia Gacharná, Laura Paola Diaz y María Fernanda Conde

    ANOVA – Minitab
    Se analiza por separado los datos de la biomasa producida con dos fuentes de carbono (1 y 2) y la producida
    con la fuente de nitrógeno.

    Análisis del ANOVA


    1. Interpretación de las gráficas de cajas “Boxplot BIOMASA”

    Grafica 1. Boxplot de biomasa vs carbono 1

    Grafica 2. Boxplot de biomasa vs carbono 2


    Grafica 3. Boxplot de biomasa vs nitrógeno

    a. ¿Hay diferencias aparentes en la gráfica de cajas con la variable respuesta BIOMASA?

    En las gráficas 1 y 2, se observa que la biomasa es dependiente a la fuente de carbono a la que se expone. En la
    gráfica 1 se observa que el C1 y el C2 tienen un rango similar de biomasa, mientras que C3 presenta un rango
    mayor. En la gráfica 2, a comparación de la gráfica 1, se observa que C1, C2 Y C3 están en rangos cercanos y los
    tres presentan mayor amplitud en el rango. En la gráfica 3, donde la fuente es nitrógeno y se observa una gran
    diferencia entre N1, N2, N3 Y N4. Estos presentan rangos de biomasa más pequeñas en comparación a los de las
    fuentes de carbono. También se observa que con N3 se obtiene mayor biomasa y con N4 menos.

    b. ¿Cuál parece ser la mejor fuente, la de carbono o la de nitrógeno?


    Según las gráficas se observa que la fuente de nitrógeno presenta rangos menores de biomasa, lo que se puede
    interpretar como que los valores son más precisos al encontrarse más cercanos y también presenta el valor más alto
    de biomasa comparado con los valores obtenidos en la de fuente de carbono.

    2. Interpretación de las gráficas de intervalos de confianza de la desviación estándar agrupada “Interval


    Plot of BIOMASA vs FACTOR”

    Grafica 4. Intervalo de confianza de biomasa vs carbono 1


    Grafica 5. Intervalo de confianza de biomasa vs carbono 2.

    Grafica 6. Intervalo de confianza de biomasa vs nitrógeno.

    En la gráfica 5, correspondiente a la fuente de carbono 2, se observan mayores intervalos cercanos entre C1, C2 Y
    C3, mientras que la gráfica 6 presenta intervalos más pequeños y lejanos entre ellos. Por otra parte, la gráfica 4,
    presenta rangos similares, pero los rangos de C1 y C2 están cercanos y el rango de C3 se aleja de estos dos.
    a. Si los intervalos de confianza entre algunos/todos los tratamientos del factor (fuente de carbono,
    fuente de nitrógeno) se sobrelapan, ¿qué implica tal resultado?
    Como se observa en las grafica 4, solo los intervalos para C1 Y C2 se sobrelapan, mientras que
    C3 no, esto significa que los datos son estadísticamente significativos. Para la gráfica de fuente de
    carbono 2, los tres intervalos observados se sobrelapan. Por tanto, sus datos no son
    estadísticamente significativos. Por otra parte, los intervalos de la gráfica 6, ninguno de estos se
    sobrelapa por lo que las medias son estadísticamente significativas[1].

    3. Interpretación del resultado obtenido con el ANOVA.


    Figura 1. Resultados del ANOVA para el carbono 1 (1), para el carbono 2 (2) y para el nitrógeno
    (3).

    a. ¿Qué valor de p-value obtiene?


    Los valores de p-value obtenidos para la fuente de carbono 1 y la fuente de nitrógeno son de cero (Ver
    figura 1). Por otro lado, el valor obtenido de p-value para la fuente de carbono 2 fue de 0.778.

    b. ¿Rechaza o acepta la hipótesis nula?


    La hipótesis nula, que corresponde a que todos mis datos son iguales, debe ser rechazada en el caso de la
    fuente de carbono 1 y la fuente de nitrógeno debido a que el valor de p-value arrojado es menor a 0.05.
    Por el contrario, el p-value arrojado para el carbono 2 es mayor a 0.05 y, por ende, la hipótesis nula no se
    rechaza.

    c. Por qué (¡por ahora, pues falta ver si se cumplen los supuestos!)?
    Por ahora se pueden analizar los datos obtenidos en la práctica e ingresados. Tanto la fuente de carbono 1
    como la fuente de nitrógeno tienen un valor que está muy lejano a la media. Eso se puede observar en la
    figura 1, en la sección 1 y la sección 3 en la parte inferior donde dice “means”. C3 de la fuente de carbono
    1 tiene un valor de casi el doble en comparación con lo demás datos. En cuanto a la fuente de nitrógeno,
    todos los datos tienen un intervalo amplio de diferencia, por ejemplo: N4 es menos de la décima parte de
    N3.

    4. Interpretación de las pruebas de Tukey y Fisher


    Grafico A

    Grafico B

    Grafico C

    Grafica 7. Test de Fisher para (A) carbono1, (B) carbono 2, (C) nitrógeno.
    Grafico A

    Grafico B

    Grafico C

    Graficas 8. Test de Tukey para (A) carbono1, (B) carbono 2, (C) nitrógeno

    a. ¿Qué puede concluir de esta prueba?


    Para la prueba de Fisher y la prueba Tukey, en la gráfica 7 y 8, en la parte A, se observa que los datos
    correspondientes al carbono 1, en el intervalo C2-C1 cruzan por cero por lo que los datos están más cercanos a la
    media. Por otro lado, los otros dos intervalos se encuentran alejados y no pasan por cero, lo que los hace
    significativamente diferentes. Para la parte B, correspondiente al carbono 2 se observa que los tres rangos cruzan
    por cero y son de tamaño similar por lo que se concluye que los datos son más cercanos a la media y no son
    significativamente diferentes entre ellos. Finalmente, como se observa en la parte C, la prueba para la fuente de
    nitrógeno presenta intervalos muy diferentes entre ellos y más alejados del 0, el intervalo N4-N1 y el intervalo N2-
    N1 están cercanos al cero, sin embargo, debido a que no están sobre ese valor se puede interpretar que los datos
    entre ambos son significativamente diferentes.

    b. ¿Cuál de las 2 pruebas es más adecuada de aplicar para el grupo de datos que tenemos? ¿Por qué?
    La prueba más adecuada parar aplicar es de Tukey debido a que esta prueba realiza comparaciones en pareja y es
    adecuada cuando se realiza un elevado numero de comparaciones unicamente a diferencia de Fisher que realiza
    comparaciones multiples sin tener proteccion a falsos positivos aumentando el riesgo global.[2]

    5. Pruebas de normalidad

    a. Test de normalidad Carbono 1


    1. Anderson-Darling

    2. Ryan-Joiner (Shapiro-wilk)
    3. Kolmogorov-Smirnov

    Gráfico 9. Normalidad para la fuente de carbono 1

    b. Test de normalidad Carbono 2


    1. Anderson-Darling

    2. Ryan-Joiner (Shapiro Wilk)

    3. Kolmogorov-Smirnov
    Gráfico 10. Normalidad para la fuente de carbono 2

    c. Test de normalidad nitrógeno

    1. Anderson-Darling

    2. Ryan-Joiner (Shapiro Wilk)

    3. Kolmogorov-Smirnov
    Gráfico 11. Normalidad para la fuente de nitrógeno

    a. ¿Se cumple el supuesto de normalidad?

    Principalmente, cabe resaltar que el método de Anderson-Darling arroja p-values muy diferentes con
    respecto a los dos métodos en las diferentes fuentes analizadas. Por lo tanto, para el análicis de la
    normalidad se tuvieron en cuenta los valores arrojados por el método de Shapiro-Wilk y Kolmogorov-
    Smirnov. Para todas las fuentes (carbono 1, carbono 2 y nitrógeno) se obtuvieron p-values de >0.1 y >0.15
    en los métodos de Shapiro-Wilk y Kolmogorov-Smirnov, respectivamente. De ese resultado se puede
    concluir que el supuesto de la normalidad se puede aceptar, ya que sus datos tienen un comportamiento
    normal. Eso se puede observar en todos los gráficos ya que los puntos están muy cerca de la línea recta.

    6. Homocedasticidad

    Grafica 12. Homostecidad carbono 1 vs biomasa


    Grafica 13. Homostecidad carbono 2 vs biomasa

    Grafica 14. Homostecidad nitrogeno vs biomasa

     ¿Se cumple el supuesto de homocedasticidad?


    La homostecidad está directamente relacionada a la homogeneidad de la varianza de los datos. En el
    caso de la fuente de carbono 1 (ver gráfico 12), tanto C1 como C2 y C3 se sobrelapan. Eso quiere decir
    que las varianzas no son estadísticamente diferentes y, por ende, homogéneas. De la misma forma
    ocurre para la fuente de carbono 2 y la fuente de nitrógeno. En los tres casos (gráficos 12, 13 y 14) se
    obtuvieron p-values mayores a 0.05, por lo tanto, el supuesto de homostecidad se cumple para las tres
    fuentes analizadas.
     ¿Se cumple la independencia de los datos?
    Grafica 15. Gráficos de las diferentes suposiciones para fuente de carbono 1

    Grafica 16. Gráficos de las diferentes suposiciones para fuente de carbono 2

    Grafica 17. Gráficos de las diferentes suposiciones para fuente de nitrógeno

    En los gráficos del 15 al 17 se puede observar uno en específico que dice “Versus order” en la esquina
    inferior derecha. Si el cambio en los datos no es uniforme se puede decir que los datos son independientes.
    Con respecto a las fuentes de carbono 1 y 2 se puede observar que las gráficas (15 y 16) muestran un
    comportamiento que no es uniforme, esto quiere decir que los datos son independientes. Por otro lado, el
    gráfico de la fuente de nitrógeno (gráfico 17) muestra más uniformidad ya que las tendencias de los picos
    son muy parecidas en una misma distancia. Se puede concluir que los datos del nitrógeno no son
    independientes y que, por ende, el supuesto se rechaza.

    Referencias
    [1] Minitab.Uso de comparaciones múltiples para evaluar las diferencias en las medias de grupo,
    Tomado de https://support.minitab.com/es-mx/minitab/18/help-and-how-to/modeling-
    statistics/anova/supporting-topics/multiple-comparisons/using-multiple-comparisons-to-assess-
    differences-in-means/
    [2] Minitab. Interpretar los resultados clave para Gráfica de intervalo, Tomado de
    https://support.minitab.com/es-mx/minitab/19/help-and-how-to/graphs/interval-plot/interpret-the-
    results/key-results/

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