Informe Bioinformatica

INTROCUCCION
El dogma central de la biologia molecular fue postulado por Watson y Crick y aborda la
forma en como se expresa la informacion genetica en los seres vivos, principalmente se
establecio que la informacion genetica fluye desde la molecula del ADN hacia el ARN que
finalmente da lugar a la informacion de proteinas, pero hay algunas excepciones a esta
regla como en el caso de los retrovirus los cuales expresan su informacion genetica a partir
de ARN. Los procesos en los cuales el ADN se lee en ARN y luego a proteinas se conoce
como trascripcion y traduccion respectivamente.
Para poder analizar y entender como ocurren este tipo de procesos se ha desarrollado un
nuevo campo de investigacion llamado Bioinformatica, donde diversos investigadores han
creado bases de datos publicas donde se encuentran secuenciados varios genomas de
multiples organismos, estas bases de datos permiten manipular las secuencias de ADN con
el fin de analizar que es lo que ocurre en una proteina cuando se modifica la secuencia
inicial de ADN.
la informacion de secuenciacion del ADN se encuentran en varias bases de datos, para
esta practica se utilizara el GenBank de la base de datos del NCBI( National Center for
Biotecnology Information) y el sofware llamado Bioedit que permite realizar procesos de
Transcripcion y Traduccion.
La aplicacion de ejercicios bioinformaticos hoy en dia se catalogan de mucha importancia
para entender los conceptos de estructura y expresion genica. Se utilizan codigos que han
sido secuenciados totalmente para analizar a traves del dogma de la biologia molecular la
expresion de genes, relaciones entre la secuencia y la proteina y los efectos que una
mutacion efectua sobre el producto proteico codificado
OBJETIVOS
 Manipular y analizar secuencias de genes y aminoacidos obtenidos del gen Bank
 Observar el efecto que induce una mutacion causada por la insercion de un
transposon en un determinado gen
DISCUSION Y RESULTADOS
Para este ejercicio bioinformatico se utilizo la secuencia de los genes Unc-22 y Tc5 tomados
de las bases de datos Gen Bank de la pagina NCBI, estas secuencias genicas son
provenientes del nematodo de vida libre en el suelo llamado caenorharbditis elegans, este
es un orgnismo modelo empleado frecuentemente en analisis geneticos moleculares en un
amplio rango de investigaciones en biologia. el gen Unc-22 codifica para una proteina
denominada Twitchin que hace parte del musculo de la pared corporal del nematodo, esta
proteina esta implicada en el proceso de relajacion del musculo despues de la contraccion
que se lleva a cabo durante el movimiento de desplazamiento del nematodo.
en la base de datos para el gen Unc-22 se encontro la secuencia de nucleotidos que
conforman la cadena de ADN, la secuencia de aminoacidos que conforman la proteina
Twitchin y las posiciones de los intrones y los exones de la cadena de ADN inicial, estas
secuencias fueron manipuladas en el sofware Bioedit para iniciar los proceso de
transcripcion y traduccion
inicialemnte se tomo la secuencia del gen Unc-22, es decir la secuencia de nucleotidos,
sobre esta secuencia se realiza el corte de intrones y empalme de exones, imitando el
proceso de Splicing que sufre el ADN antes de ser transcrito en ARNm, los intrones son
secuencias de nucleotidos no codificantes que deben ser eliminadas para conformar el ADN
codificante maduro, es decir las secuencias exonicas, que sera la cadena molde para
transcribir el ARNm.
el corte de intrones en Bioedit se realiza en orden inverso es decir desde el ultimo intron
hasta el el primer intron, esto debe realizarse de esta manera ya que si se corta desde el
primer intron la posicion de los demas intrones cambiara y se realizara este proceso de
manera incorrecta.
Luego de haber hecho el corte de intrones se realiza la remosion de una secuencia de
nucleotidos , esta secuencia corresponde al capuchon que protege a la secuencia de ARNm
para evitar ser degradada en el momento en el que sale del nucleo, al eliminar los intrones
y el capuchon tenemos una secuencia de ADN mas corta pero en la que se encuentra la
informacion que sera transcrita en ARNm es decir hemos dejado la secuencia de ADN
codificante el cual dara lugar a la proteina requerida, sobre esta secuencia se realiza la
busqueda del ORF (open reading frame) o marco abierto de lectura, el ORF es una
secuencia de nucleotidos que comprende desde un codon de inicio hasta un codon de
terminacion a partir de la cual se realiza el proceso de traduccion, en la cual el ARNm se
convierte en un peptido o proteina basado en una secuencia de aminoacidos, la proteina
Twitchin resultante en este proceso es considerada como silvestre ya que no ha sufrido
ninf¿guna mutacion o alteracion en su secuencia inicial.
Luego se procedio a realizar la mutacion del gen Unc-22 insertando la secuencia genica del
transposon TC5, un transposon es un fragmento de ADN movil que puede insertarse en
cualquier parte de una secuencia de ADN e inducir mutaciones en la misma, lo cual a
menudo tiene efectos perjudiciales en la expresion genica y la funcion de la proteina, en
ese caso la mutacion del gen Unc-22 causada por el transposon Tc5 da lugar a una
contraccion muscular inapropiada y el nematodo adquiere un tick-corporal distintivo como
una especie de temblorina o espasmos
El transposon es insertado en el ORF de la secuencia del gen Unc-22 en el tercer exon,
esto da como resultado una alteracion en la cual se cambian dos aminoacidos de la proteina
silvestre y se produce una señal de terminacion prematura que da como resultado una
proteina incompleta, a este tipo de mutacion se le conoce como mutacion sin sentido la cual
es un tipo de mutacion puntual que provoca la aparicion de un codon de terminacion
prematuro que da como resultado una proteina incompleta.
En este caso la proteina Twitchin silvestre u original tiene un total de 6048 aminoacidos y
la prteina Twichin mutada por el transposon Tc5 tiene un total de 542 aminoacidos se
videncia que la mutacion ocaciono que a la proteina le hicieran falta 5506 aminoacidos una
cantidad muy elevada lo que ocaciona su mal funcionamiento ya que le hace falta gran
parte de su estructura.
De acuerdo con esto se puede inferir que la secuencia de ADN es el molde para la
fabricacion de proteinas, en esta secuencia esta la informacion necesaria para la traduccion
de proteinas, cualquier alteracion que ocurra dentro de esta cadena o secuencia inicial de
ADN se vera refeljado en la proteina resultante para la cual codifica dicho ADN, esto
confirma el dogma central de la biologia molecular en el cual se dice que la informacion
genetica fluye desde el ADN al ARN y por ultimo a la formacion de PROTEINAS mediante
los procesos de Trancripcion y Traduccion.
METODOLOGIA
1. Mediante el ingreso a la pagina del NCBI, se descargaron los diferentes archivos

necesarios para efectuar la practica.
Tras haber descargado los diferentes archivos, se realizaron los correspondientes
cambios, especificamente al gen UNC-22, al cual se el borraron los intrones.
CUESTIONARIO
1. Como determinar la referencia apropiada de las secuencias entre las muchas

obtenidas de la busqueda usando Entrez?
La referencia apropiada debe contener la siguiente informacion
 secuencia del gen UNC-22
 la localizacion de los intrones y exones dentro de UNC-22
 La secuencia de aminoacidos de una sola letra de la proteina Twitchin
codificada por un UNC-22
 Datos de la localizacion de la cap y la poly a
2. Cual es la utilidad de cada una de las herramientas del software empleadas
durante el desarrollo de este ejercicio?
BIOEDIT
 File/Open: Esta opcion nos permite abrir el archivo de nuestra escogencia,
que previamente haya sido guardado en un programa que pueda ser leido
por Bioedir como: Block de Notas o WordPad
 Sequense/Select Options (Edicion de secuencias): con esta herramienta
podemos seleccionar parte o toda la secuencia, en el caso que se desee que
la secuencia selecccionada se copee, se utiliza el comando Edit/Copy
sequence, en el caso que se desee cortar la secuencia seleccionada se
utiliza el comando Sprimir
 File/save As: se utiliza para guardar la secuancia en formato Bioedit
 para determinar un marco de lectura abierto u ORF se utiliza el comando
squence/nucleic acid/find nex ORF
 File/New alignment: Esto nos permite abrir una nueva ventana
 Buscar Ctrl+F: nos permite buscar una secuencia especifica en el caso del
ejercicio se urilizo para encontrar el sitio de insercion de TC5
 Mode=Edir: esta ventana nos permite manipular y modificar la secuencia
 Sequence/Traslate in select frame(permanent): esta seleccion nos
permite cambiar o procesar la secuancia de nucleotidos a una secuancia de
amonoacidos de una sola letra para la proteina
 Funcion Ctrl+F8: permite copiar la secuencia seleccionada
 Funcion Ctrl+F9: permite pegar la secuencia seleccionada y copiada con
anterioridad
 Alignment/ Create concensus sequence: con esta opcion creamos una
secuencia consenso que nos permite efectuar la comparacion por
homologia, donde se muestra que alineacion son comunes a las demas
proteinas
 Shade identitres and similarttes inalignment window: este icono ubicado
en la barra de herramientas que presenta bases nitrogenadas agrupadas en
columnas
3. Cuantos aminoacidos son codificados por el ORF del gen Unc-22 silvestre?
Son 6048 aminoacidos los que codifica el ORF del gen Unc-22 silvestre, sin cortar el codon
de paro representado con un (*)
4. En cual codon del ORF de unc-22 es insertado Tc5? que efectos tiene la
insercion del Tc5 sobre este codon? cuantos aminoacidos son codificados por el
ORF del gen unc-22 mutante?
El Tc5 es insertado ente el tercer nucleotido del codon 542 y el primer nucleotido
del codon 543, la insercion de Tc5 causa una alteracion en el ORF de unc.22 que
hace que se genere un codon de paro prematuro y por ende una proteina truncada
o incompleta, este ORF mutado genera una proteina con 542 aminoacidos
5. Como difiere la proteina producto Twitchin obtenida del gen Unc-22 mutante
Tc5 de la silvestre de C elegans?
Estas se diferencian en el numero de aminoacidos ya que la mutada tiene 542
aminoacidos y la silvestre tiene 6048 aminoacidos, antes del codon de paro de la
proteina mutada fueron cambiados a los de la proteina silvestre.
6. Plantee una explicacion del por que la insercion del Tc5 en el gen Unc-22
resulta en el fenotipo mutante Twitcher. RTA/ el producto final del gen unc-22 es una
proteina denominada quinasa que puede regular las contracciones de las fibras musculares
en el nematodo C. Elegans, al insertar el Tc5 en el ORF ocaciona una señal de paro
anticipado en la traduccion de la secuencia por lo tanto la proteina generada no puede
regular la contraccion posteriormente sino que se produce una derie de espasmos en el
cuerpo del nematodo
7. El unc-22 silvestre que proceso es idnetico a la secuencia de aminoacidos que
obtuvo del gen Bank? si no es asi puede elaborar una hipotesis para explicar posibles
errores?
si, el unc-22 silvestre que se proceso es identico a la secuencia de aminoacidos del
Gen Bank
8. en un diagrama detalle, ilustre……………………………….
CONCLUSIONES
 Con este ejercicio bioinformatico se logro establecer la relacion que existe entre la
secuencia nucleotidica y las proteinas, una relacion totalmente directa en la cual
cualquier alteracion que suceda en la secuencia nucleotidica del ADN va afectar la
proteina codificada por esta secuencia, afirmando con esto el dogma central de la
biologia molecular.
 la bioinformatica es una herrameinta muy util para procesar informacion genetica
consignada en bases de datos que permiten simular procesos biologicos que nos
ayudan a entender como se desarrollan dentro de los sistemas vivos
 las mutaciones que afectan a la secuencia de ADN altera directamente la estructura
de la proteina para la cual codifica altertando por ende la funcion que est cumple en
el organismo vivo.
REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS

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1. Mediante el ingreso a la pagina del NCBI, se descargaron los diferentes archivos

1. Como determinar la referencia apropiada de las secuencias entre las muchas

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