Apuntes Microbiología Aplicada
Apuntes Microbiología Aplicada
Apuntes Microbiología Aplicada
El mundo microbiano sostiene el equilibrio ambiental de los ecosistemas, ya que llevan a cabo mecanismos
sumamente importantes: descomposición de la materia orgánica, procesos de oxigenación, participación en
los ciclos de flujos de nutrientes, liberación de gases sulfurosos, relaciones simbióticas, procesos
industriales, procesos redox (biominería), utilización de genes bacterianos y su incorporación a plantas
transgénicas, descontaminación por mineralización de agua, producción de energía (biodiesel a partir de
algas unicelulares y cianobacterias), descontaminación con bacterias de suelos afectados con material
radiactivo, etc. Estos procesos están altamente facilitados por el tamaño de los microorganismos y la enorme
cantidad que hay de ellos en La Tierra.
Las bacterias aparecieron hace 4000 millones de años. A lo largo de la historia evolutiva de La Tierra han
estado en contacto con una enorme diversidad de situaciones que les han permitido adquirir tal grado de
especialización. La distribución de los microorganismos sobre La Tierra sería mayor en el subsuelo marino,
mientras en el subsuelo terrestre estarían en torno a un 26% de la misma, seguida de la superficie del suelo,
los océanos y otros hábitats.
Existen microorganismos viables y cultivables y otros viables pero no cultivables, se escapan a los métodos
de cultivo actuales.
El impacto de los microorganismos en los humanos es notorio: salud humana, comida y agricultura,
generación de energía, descontaminación del ambiente, etc. En 1900, el impacto de los microorganismos
sobre los humanos era sumamente afectivo. Con el paso de los años, esto se ha mejorado, rebajando el
impacto de su efecto en el humano.
Los microorganismos están también relacionados con los procesos digestivos (rumen) y la agricultura
(Rizobium). Existe una alta comunidad de biota microbiana en la cavidad oral humana. Muchos de los
organismos que se encuentran en la garganta son patógenos. Pero muchos otros se encuentran realizando
simbiosis en equilibrio. En cuanto a la comida, son importantes en la generación de quesos (el sabor del
queso depende de la cantidad de propionato y los ojos del queso del CO 2). En generación de energía, son
útiles para generar y recolectar metano, aceite de motor por producción de etanol. También pueden ser
utilizados para mejorar los mecanismos de producción de determinadas sustancias con fines industriales.
Se define la biotecnología como el uso de los organismos vivos (o algunos de sus componentes) para llevar a
cabo un proceso definido que presente una cierta aplicación industrial. La microbiología aplicada es una
parte importante de la biotecnología, ya que las bacterias presentan habilidades extraordinarias susceptibles
a la explotación para nuestro beneficio.
Microbiología aplicada.
a) Química verde.
La química industrial está relacionada con un gran consumo de materia fósil y generación de consumo. La química
verde intenta evitar estos procesos altamente contaminantes.
b) Biotecnología industrial.
Campo de trabajo multidisciplinar (bioquímica, genética molecular,…). Todo esto permite desarrollar o conocer con
más detalle los instrumentos a utilizar en los procesos biotecnológicos llevados a cabo por células microbianas, células
vegetales o alguno de sus componentes, etc.
Hasta la crisis del petróleo, se utilizaba la materia prima de los derivados del mismo. Con este problema se estimuló el
desarrollo de los recursos renovables. También fue un momento crucial para impulsar los procesos de biotecnología
microbiana. En base a su peso, los recursos renovables son mucho más baratos que los recursos fósiles.
e) Procesos de fermentación.
La biotecnología industrial puede ser utilizada para generar gran cantidad de compuestos químicos. La fermentación
industrial se refiere al uso de los microorganismos para la obtención de estos productos de manera más eficiente. Hay
muchos productos que se producen únicamente por intervención microbiana. Desde el nacimiento de esta tecnología
se han invertido gran cantidad de recurso a mejorar todos estos procesos de producción.
Los recursos renovables son más baratos que los fósiles, por lo que ofrecen un potencial excelente para la obtención
de metabolitos.
(…)
La filosofía de este proceso es producir rentabilidad a partir de un proceso industrial. Así, este proceso puede ser
desechado en beneficio de un proceso químico más rentable. Por ejemplo el etanol, antes de los años 30, se producía
por fermentación. Posteriormente se producía a partir de petróleo, pero con la crisis del mismo replanteamiento de
la obtención a partir de biomasa vegetal.
La microbiología industrial se basa en el uso principal de las eubacterias y algunos eucariontes (hongos). Las
arqueobacterias también son utilizadas en procesos biotecnológicos (enzimas termófilas de bacterias termófilas).
Los microorganismos son llamativos en el uso de estos procesos por las siguientes causas:
Desde el punto de vista industrial, los filos de bacterias más importantes son las proteobacterias, bacterias gram
positivas (Firmicutes) y actinobacterias.
[Actinomycetos crecen más lentamente que el resto de bacterias capacidad para producir antibióticos]
En general, los microorganismos deben ser capaces de crecer en un medio simple, preferiblemente sin factores de
crecimiento (menos económico). Deben ser capaces de crecer vigorosa y rápidamente. Deben producir el material
deseado en un corto espacio de tiempo, cuanto más rápido crece, más rápido se producen los metabolitos (en fase
primaria o en fase secundaria). Los productos finales no deben ser tóxicos y su extracción debe ser fácil. El organismo
debe ser resistente a la depredación. Su demanda de oxígeno no debe ser alta. Sería bueno que el microorganismo
fuera fácilmente manipulable genéticamente.
Pueden obtenerse del ambiente, por técnicas moleculares o por colección de cultivos.
Los medios de cultivos deben proporcionar al microorganismo para su crecimiento los nutrientes básicos necesarios
para que éste tenga lugar. Estos nutrientes son carbono, nitrógeno, minerales, agua y factores de crecimiento. Desde
una perspectiva global, el medio de cultivo debe cumplir en la medida de lo posible los siguientes criterios:
- Facilitará el máximo rendimiento del producto o biomasa por gramo de sustrato utilizado.
- Producirá la máxima concentración de producto o biomasa.
- Debe ser rentable a lo largo de un año.
- No es conveniente que ofrezca especiales dificultadas relacionadas con los procesos de aireación y aplicación
sobre fermentadores, tampoco a la hora de extraer los productos purificados.
En algunas ocasiones debe recordarse que el medio de cultivo seleccionado afecta al diseño del fermentador (tanque
de fermentación).
Criterios a tener en cuenta para elegir una materia prima que pueda ser utilizada en esos medios:
- Coste del material.
- Disponibilidad y reproducibilidad de esta materia prima.
- Coste de transporte.
- Facilidad para desechar o tratar los desechos.
- Uniformidad y calidad a lo largo del año de la materia prima.
- Composición química adecuada de la misma.
- Presencia de precursores relevantes.
- Rendimiento adecuado en la producción del metabolito.
Algunos de los productos más utilizados en los procesos industriales son: licor de maíz (excedente de la industria
utilizado como fuente de carbono y energía; obtenido de la manufactura del maíz); pharmamedia (embriones de la
semilla de algodón, tratados adecuadamente; ricos en proteínas, carbohidratos, etc.), etc.
Los factores de crecimiento deben estar presentes en estos nutrientes en la medida de lo posible. Si no están
incorporados, han de incorporarse extrínsecamente estos factores de crecimiento, lo que encarecería el producto.
El agua también debe ser incorporada.
Algunos sustratos utilizados como fuentes esenciales de energía en forma de carbohidratos (alcachofa, arroz, papa,..) y
como fuente de proteína (harina de cacahuete, sangre, pescado,…).
A pesar de que los nutrientes se producen de manera abundante y son renovables, ha de tenerse en cuenta que gran
parte de estos compuestos poseen gran cantidad de oligosacáridos, estructuras complejas. Esto supone una dificultad
añadida para el uso directo de los mismos. Deben disponerse de enzimas necesarias para hidrolizar estos polímeros y
dejarlos en estructuras monoméricas asimilables.
Polímeros presentes en la biomasa: celulosa, hemicelulosa y lignina.
Raramente un proceso de fermentación en el laboratorio se comporta de igual manera que a escala piloto o a escala
industrial. La aireación y el mezclado son parámetros fisiológicos que deben estar en perfecto equilibrio para que el
proceso tenga lugar.
El proceso de escalado tiene lugar en cuatro etapas fundamentales. En algunas circunstancias en los procesos de
escalado hay estrategias de producción de algún tipo de metabolito que se queda a medias porque no es posible
conseguir la eficiencia en un tanque grande de fermentación.
Los procesos de escalado tienen una serie de problemas: reducción en la calidad del mezclado para que el
metabolismo crezca eficientemente, lo que crea una situación de estrés para el desarrollo del microorganismo; esto
debe remediarse removiendo largas distancias para facilitar la disponibilidad de oxígeno y sustrato en cualquier parte
del tanque al microorganismo; otro efecto negativo es la modificación metabólica; se ha comprobado que los cambios
en las condiciones de cultivo estresan la producción del metabolismo, produciéndose un desacople de las rutas; para
solucionar esto debe producirse una reducción en el tiempo de generación, desaceleración de la velocidad metabólica,
reducción de la temperatura (acelera los procesos metabólicos); buscar nuevas cepas más resistentes a estas
situaciones de estrés. Otro efecto negativo estabilidad de los plásmidos.
Biocatálisis. Los biocatalizadores llevan a cabo transformaciones químicas de manera muy precisa y selectiva bajo
condiciones controladas. El biocatalizador puede ser una enzima aislada o una célula completa. En el diseño de
sistemas de bioconversión, debe seleccionarse un biocatalizador. La selección de una enzima aislada o de una célula
entera va a depender del proceso de transformación que se quiera llevar a cabo y de las exigencias de la enzima (si
requiere cofactores, es más útil, rentable y barato utilizar la célula entera).
En ocasiones se utilizan métodos de inmovilización de la biomasa de microorganismos. Estos métodos pueden ser
físicos o químicos. El objetivo de la inmovilización es que la transformación y obtención del sustrato se produzca de
manera constante durante largo tiempo. En el proceso de inmovilización de una enzima, su centro activo no debe
bloquearse. La inmovilización va a ocasionar efectos conformacionales, estéricos, de partición, transferencia de masa,
etc.
En el proceso de producción de una sustancia, debemos introducir los microorganismos y un medio estéril en una
cámara de fermentación. Una vez así, se lleva a cabo el proceso de fermentación. Finalmente se produce la recogida
del producto de interés y la eliminación de los desechos. Todas estas fases deben realizarse de manera aséptica y
monitorizada para garantizar el flujo y la obtención correcta del producto final.
Técnicas de control.
El tanque de fermentación está completamente controlado por un sistema de sensores que darán información durante
todo el proceso de los parámetros que deben controlarse, tanto físicos, como químicos o biológicos, así como las
propiedades de las células. Los sistemas fermentadores deben proporcionar las garantías suficientes para obtener una
rentabilidad adecuada en la obtención del producto. Dentro de los parámetros o condiciones de fermentación hay tres
condiciones fundamentales: el biorreactor, el modo de operación y el microorganismo. Hay que controlar los 5
parámetros básicos para que el sistema de producción funcione de manera correcta. Para controlar los parámetros se
utilizan una serie de sensores que pueden ser de distintos tipos: pueden estar en contacto directo, otros operan
mediante el análisis de muestras que se están sacando constantemente de dentro del fermentador, otros que no entran
en contacto nunca con el tanque de fermentación. Los sensores a los que se ha hecho alusión se denominan como:
sensores in-line, on-line, off-line.
Para controlar la temperatura, puede realizarse por un proceso de autorregulación. A medida que va aumentando el
tanque de fermentación a de disiparse el calor que se genera durante el proceso. Cuando se trata de fermentadores de
tamaño medio, existen las camisas de refrigeración. En fermentadores grandes es necesario recurrir a las camisas
(circuito de refrigeración que se encuentra alrededor del tanque), pero también dentro del propio tanque es necesario
introducir un serpentín que ayuda a regular la temperatura por recirculación de agua dentro del tanque. En tanques de
laboratorio, simplemente basta con sumergir el pequeño tanque en un baño de agua.
En cuanto al control del pH, se pueden utilizar soluciones tampón que se introducen dentro del cultivo o sondas de pH,
que conectan con sistemas automáticos que presentan dos botellas, una con ácida y otra con base, que contrarresta el
efecto de pH que tiene lugar en el tanque según sea alto o bajo añadiendo base o ácido, respectivamente.
La producción de espuma tiene serias consecuencias en el tanque, ya que su presencia obliga al sistema a dejar un
espacio libre sin adición del medio de fermentación. Cuando se escapa la espuma por los tubos de gas exhaustos puede
generarse contaminación. Cuando asciende puede arrastrar nutrientes, células y producto que se está generando dentro
del tanque. El control de la espuma así, es sumamente importante. El patrón de comportamiento que tienen los agentes
antiespumantes, depende de la composición del medio y de la naturaleza y actividad que llevan a cabo los
microorganismos. El control de la espuma puede hacerse por: modificación de la composición del medio, por
irruptores mecánicos de espuma (sensores que se encuentran en la parte superior), antiespumantes químicos que se
añaden dentro del propio tanque de fermentación. Pueden ser antiespumantes o despumantes. Hay muchos tipos de
antiespumantes, pero habitualmente en laboratorio se utilizan una serie específica de detergentes. Las propiedades que
debe reunir un antiespumante son: no deben ser tóxicos, no tener efecto sobre el olor y el sabor (porque estarán
relacionados después con el producto de extracción), ser autoclavable, no ser metabolizado por microorganismos
(sería una fuente de carbono más), no producir transferencia de oxígeno y ser activo en bajas concentraciones.
Con todos estos procesos de control se persigue conseguir un automatismo lo más completo posible del sistema.
Geobacter spp es capaz de transferir electrones de su cadena respiratoria a un ánodo sumergido. Desde el ánodo los
electrones son transferidos al cátodo generando una corriente eléctrica.
5.6 Biotransformaciones.
Se trata de obtener una biomasa microbiana, que una vez sumergida en tampón, se pone en contacto con un sustrato
para obtener una transformación puntual. Una vez que se obtiene un cultivo microbiano puede ser interesante llevar a
cabo una transformación. Para ello se utiliza una reacción química antes que una biológica, ya que es más rentable.
Estas reacciones solo pueden producirse en reacciones suaves porque sólo pueden ser catalizadas por enzimas.
Potenciar el efecto del producto obtenido no es más importante que disminuir la toxicidad del mismo. La utilización
microbiana en el proceso de síntesis de compuestos disminuye los pasos de elaboración de producto, sumamente
rentable en la producción industrial. Las frecuentes mejoras en el proceso abaratan también el precio del producto.
El uso de los esteroles por medio de su hidroxilación es muy diverso. Planteando procesos de bioconversión, pueden
introducirse 25 hidroxilaciones distintas sobre la molécula básica de esterol, modificando las acciones que ésta puede
llevar a cabo.
Cuando se aplicaron las biotransformaciones sobre la diosgenina fue un avance importante. Mediante
transformaciones químicas y biológicas de la misma se obtienen productos altamente rentables. La diosgenina se aísla
de cultivos de batata.
Los microorganismos pueden tener efectos en los alimentos: beneficiosos, indeseables o neutrales. Los
microorganismos llegan a los alimentos desde el suelo, donde se cultivan mucho de los mismos, a través de la
recolección, cosecha, embalaje, transporte o manipulación. Los microorganismos pueden provocar efectos indeseables
relacionados por su propia actividad bioquímica o su única presencia en el alimento. La actividad del microorganismo
implicada en la fermentación del alimento, pueden tornarse indeseables si estos procesos no se controlan
adecuadamente. El crecimiento de patógenos es otra de las vías por la cual se puede producir el deterioro. De esta
manera, debe limitarse el crecimiento para conservar la calidad del producto y evitar la transmisión de enfermedades.
Los alimentos no son todos iguales; dependiendo de sus características físicas o químicas, podemos determinar el
grado de susceptibilidad del mismo a la actividad microbiana. Así, habrá alimentos perecederos, semiperecederos, no
perecederos, siendo estos últimos los más estables (los más secos).
El crecimiento de los microorganismos en la comida va a depender de los factores extrínsecos o intrínsecos de los
alimentos. Si esto se controla, se controla la calidad del producto final.
Desde el punto de vista de la disponibilidad de agua, para crecer, los microorganismos necesitan alta cantidad de la
misma. Las bacterias exigen una disponibilidad de agua por encima de 0.90. Aún así hay bacterias que pueden crecer
por debajo de este umbral de disponibilidad. Sin embargo los hongos suelen colonizar alimentos más secos, al
contrario que las bacterias.
Los microorganismos presentes en un alimento, si están controlados los factores internos o externos, no hay problema.
Si algo de esto se altera, los microorganismos se convierten en una comunidad microbiana cambiante (no todos los
microorganismos, aquellos más adaptados).
HACCP: análisis de puntos o peligros de control crítico. Las medidas de prevención para evitar el deterioro y la
intoxicación por alimento han estado en especial desarrollo durante los últimos años. Se han ido dinamizando una
serie de búsquedas de reglamentos para garantizar la salud final del consumidor. De esta manera ha nacido esta
estrategia de análisis que pretende evaluar los peligros desde el campo hasta la mesa. En un principio este análisis
estaba muy limitado a aquellos alimentos más peligrosos. Estos análisis intentan evitar las infecciones de alimento por
crecimiento microbiano o intoxicación alimentaria por toxinas que produzcan dichos microorganismos. Para evitar
esto deben manipularse, procesarse y almacenarse los alimentos de manera correcta.
Frío.
Ambientes ácidos.
Secado o deshidratación.
Las bacterias son poco competidoras en ambientes con poco agua. Se usan altas concentraciones de soluto como sal y
azúcar, lo que inhibe el crecimiento bacteriano. La deshidratación se utiliza sobre muchos alimentos, por ejemplo la
leche en polvo. Puede existir también un proceso de combinación de congelación y secado, liofilización.
Calor.
El calor reduce la carga microbiana de alimentos líquidos o de elevada humedad. Pude utilizarse para esterilizar. La
pasteurización es lo más habitual, pero han surgido variantes. No todos los productos sometidos a pasteurización
pueden ser tratados de la misma manera. En la UTH, al ser un proceso que tiene lugar durante un periodo muy corto
de tiempo, garantiza la conservación de las propiedades organolépticas del alimento.
Desde su descubrimiento por Fleming, la importancia a lo largo de la historia de los mismos ha quedado
puesta de manifiesto.
Las características que deben reunir los antibióticos y que debemos tener presentes a la hora de la búsqueda
y selección de los mismos:
1. Toxicidad selectiva basada en los niveles de tolerancia que puede tener el hospedador y el
microorganismo diana sobre el que va a ser aplicada esta molécula. El nivel de dosis terapéutico es la
dosis adecuada para eliminar al patógeno de manera eficiente. En el estudio de las moléculas
antibióticas existe una gran discusión entre los niveles de tolerancia del individuo y la dosis
necesaria para mantener un equilibrio entre los mismos y que hayan los menos efectos secundarios
posibles. El índice quimioterapéutico es la relación que existe entre la dosis máxima que elimina al
microorganismo y la dosis mínima que mata al microorganismo de manera efectiva. Este balance da
una información relativa al poder que tiene esta molécula. Nos dice que cuanto menos sea la cantidad
de antibiótico que se pueda tomar para matar a un microorganismo, mejor índice quimioterapéutico
tendrá el antibiótico.
2. Acción antimicrobiana. Hay antibióticos que con bacteriostáticos y otros que son bactericidas.
3. Espectro de actividad que pueden ser: amplio espectro o espectro reducido. En función de esta
característica podrá ser utilizado o no en uno u otro tipo de infección.
4. Distribución por los tejidos, el metabolismo y la excreción del antibiótico. En función de la
tolerancia al antibiótico por el individuo o no, podrá ser aplicado o no por una vía u otra.
5. Posibilidad de que existan entre ellos efectos sumatorios o combinados: cinéticos, antagónicos,
aditivos.
6. Efectos adversos o secundarios: toxicidad, alergia, afectación sobre la microbiota del cuerpo
humano. Esto es muy importante a la hora de buscar una molécula. Las moléculas antibióticas
descubiertas son muchísimas, pero las comerciales muy pocas a causa de lo anterior. El abuso de
antibióticos puede producir toxicidad. Por alergia a un antibiótico puede producirse un shock
anafilático. La rotura de la microbiota general suele producirse sobre todo por antibióticos de alto
espectro.
7. Resistencia a antimicrobianos. La resistencia puede ser innata o intrínseca (no hay diana para el
antibiótico) o adquirida (alteración de sitios diana para enmascarar el ataque del antibiótico). Este
tipo de resistencia altera las estrategias de búsqueda de las moléculas centrando la atención en puntos
concretos, puntos diana que presentan los organismos.
8. Costes de producción. La búsqueda y modificación de estas moléculas cada vez va siendo más
costoso. El objetivo es abaratar todo el proceso. Muchas de estas moléculas siendo activas a su
estado natural, después son sometidas a un campo de investigación en relación a modificaciones
estructurales con el fin de cambiar algunas características que puedan producir efectos adversos, etc.
Screening relacionado con el cultivo del microorganismo. Una vez aislada una bacteria en el laboratorio y
realizado un test sobre ella, se comprueba que esas peculiaridades antibióticas no están descritas para otro
microorganismo. Se estudian ahora la mejora de su producción.
Biosíntesis de antibióticos.
Las rutas de biosíntesis de estas moléculas pueden ser relativamente sencillas o extremadamente complejas.
Son considerados metabolitos secundarios. La complejidad de otras rutas bioquímicas permite competir y
relacionarse de manera adecuada a los organismos. Esta es la característica que parece explicar la
importancia o función de estas moléculas antibióticas. Normalmente, la investigación microbiana ha puesto
de manifiesto este tipo de interrelaciones entre poblaciones microbianas.
La ruta de las penincilinas y de las cefalosporinas es de las más sencillas. La unión de aminohexandioato,
cisteína y valina da lugar a una molécula intermedia ACV, por acción de pcB (¿) da lugar a penincilina
N. por acción de pende penincilina G. (…)
La ruta de la estreptomicina es más compleja. Los tres componentes de la estreptomicina provienen de tres
rutas bioquímicas diferentes. La dihidroestreptomicina P y estreptomicina P inactivas. La generación
final de la molécula viene relacionada con un metabolito que aparentemente no tiene nada que ver con la
ruta. En el disparo de esa ruta bioquímica participa una molécula no estructuralmente relacionada factor
A debe acumularse hasta un determinado nivel en el líquido extracelular del caldo de cultivo para que se
dispare la ruta de biosíntesis de la estreptomicina. En otras ocasiones la ruta puede verse disparada por otras
causas.
Los antibióticos poliquéticos son sintetizados por sistemas multienzimáticos. El compuesto multienzimático
va a haciendo crecer la molécula añadiendo residuos al transferirse de unos grupos a otros. 7 residuos se
desprenden del sistema modular multienzimático, y la molécula se pliega dando lugar a la eritromicina. El
sistema multienzimático secuencial puede manipularse por ingeniería microbiótica. Esto causa una
modificación de la estructura final de la eritromicina. Solo queda saber si estas modificaciones mejora o
empeora las propiedades de la molécula.
La vancomicina se produce por un estreptomices aislado de suelos de indonesia. También se produce por un
sistema complejo modular. Funciona como un proceso de elongación parecido al de la síntesis de una
proteína (suma de varios aminoácidos). En este caso se van añadiendo residuos de aminoácidos hasta la
obtención final de vancomicina. Se produce una epimerización final para que los aminoácidos isoméricos se
tornen efectivos.
La mayoría de los antibióticos son producidos por hongos y bacterias. Pueden presentar un amplio espectro,
generando también otro tipo de compuestos antiparasitarios y antitumorales.
Uno de los grandes problemas en el tratamiento de las infecciones producidas por microorganismos
eucariontes es la disponibilidad de antibiótico suficiente para evitar o reducir el ataque del microorganismo
al hospedador.
Antibióticos antitumorales.
La naturaleza de los tumores: cada célula del cuerpo tiene una función determinada. Dentro de cada órgano tiene una
función especial que ayuda con la actividad final del órgano. Llega un determinado momento, no se sabe por qué, la
célula comienza a dejar de cooperar y comienza a multiplicarse. Puede originarse cáncer, sarcoma.
Los tumores o neoplasmas habitualmente son tratados por tres estrategias:
Estos agentes antitumorales funcionan mediante diferentes estructuras. Atendiendo a su naturaleza química:
antraciclinas, actinomicinas y bleomicinas.
Modos de acción: