Escríbase la diferencia entre proteínas, péptidos y polipéptidos.

Las moléculas con pesos moleculares que van desde varios miles hasta varios millones de
daltones (D) se denominan polipéptidos. Aquellas con pesos moleculares bajos, que constan de
menos de 50 aminoácidos, se denominan péptidos. El término proteína describe
específicamente las moléculas con un contenido de más de 50 aminoácidos. Cada proteína
consta de una o de varias cadenas polipeptídicas.
Indíquese cuáles de los siguientes aminoácidos son polares, no polares,
ácidos o básicos:
a) Glicina. No polar.
b) Tirosina. Polar.
c) Ácido glutámico. Ácido.
d) Histidina. Básico.
e) Prolina. No polar.
f) Lisina. Básico.
g) Cisteína. No polar.
h) Asparagina. Ácido.
i) Valina. No polar.
j) Leucina. No polar.
La arginina tiene los valores de pK;¡ siguientes: pKI = 2.1 7, pK2 = 9.04,
pKR = 12.48 Establézcanse la estructura y la carga neta de la arginina a
los valores de pH siguientes: 1, 4, 7,10, 12.
pH ESTRUCTURA CARGA NETA
1 +2

4 +1

7 +1

10 0

12 0

A continuación, se presenta la curva de titulación de la histidina. a. ¿Qué

especies se encuentran presentes en cada meseta? b. Utilizando la
curva de titulación, determínese el pKa de cada ionización de la
histidina. c. ¿Cuál es el punto isoeléctrico de la histidina?
a. Carboxilo, imidazol, y grupo alfa-amino
b. 1.82, 6, 9.17
c. 7.59.
Considerese la siguiente molecula:
¿Cuál es su nombre? b. Utilizando las abreviaturas de tres letras de los aminoácidos, ¿cómo podría
representarse esta molécula?
La rotación alrededor del enlace peptídico en la glicilglicina se dificulta.
Dibújense las formas de resonancia del enlace peptídico y explíquese la
causa.
El carácter de doble enlace parcial del enlace peptídico lo hace rígido y plano. Por tanto, está
impedida la rotación alrededor de este enlace.

Enlístense seis funciones de las proteínas en el organismo.

Estructural: Algunas proteínas constituyen estructuras celulares:
a. El colágeno del tejido conjuntivo fibroso.
b. La elastina del tejido conjuntivo elástico.
c. La queratina de la epidermis.
Enzimática: Las proteínas con función enzimática son las más numerosas y especializadas. Actúan
como biocatalizadores de las reacciones químicas del metabolismo celular
Hormonal: Algunas hormonas son de naturaleza protéica, como la insulina y el glucagón (que
regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipófisis como la del
crecimiento o la adrenocorticotrópica (que regula la síntesis de corticosteroides) o la calcitonina
(que regula el metabolismo del calcio).
Reguladora: Algunas proteínas regulan la expresión de ciertos genes y otras regulan la división
celular (como la ciclina).
Defensiva:

 Las inmunoglobulinas actúan como anticuerpos frente a posibles antígenos.

 La trombina y el fibrinógeno contribuyen a la formación de coágulos sanguíneos para evitar
hemorragias.
 Las mucinas tienen efecto germicida y protegen a las mucosas.
 Algunas toxinas bacterianas, como la del botulismo, o venenos de serpientes, son proteínas
fabricadas con funciones defensivas.
Transporte:

 La hemoglobina transporta oxígeno en la sangre de los vertebrados.

 La hemocianina transporta oxígeno en la sangre de los invertebrados.
 La mioglobina transporta oxígeno en los músculos.
 Las lipoproteinas transportan lípidos por la sangre.
 Los citocromos transportan electrones.

Diferénciense los términos en cada par de los siguientes conceptos:

 a. proteínas fibrosas y globulares: las proteínas fibrosas son moléculas largas
con forma de varilla que son insolubles en agua y físicamente correosas.
Las proteínas fibrosas, como las queratinas de la piel, del pelo y de las
uñas, tienen funciones estructurales y protectoras. Las proteínas globulares
son moléculas esféricas compactas y en general hidrosolubles. De forma
característica, las proteínas globulares tienen funciones dinámicas.
b. proteínas simples y conjugadas: Las proteínas simples, como la albúmina
sérica y la queratina, contienen sólo aminoácidos. Por el contrario, cada
proteína conjugada consta de una proteína simple combinada con un
componente no proteico, que se denomina grupo protésico.
c. apoproteína y holoproteína: Una proteína sin su grupo protésico se
denomina apoproteína. Una molécula proteínica combinada con su grupo
protésico se denomina holoproteína.
Defínanse los siguientes términos:
a. carbono asimétrico: Un carbono asimétrico tiene cuatro átomos (o grupos) diferentes
unidos a él.
b. proteína motora: Las proteínas m otoras son componentes de máquinas biológicas que se
unen a nucleótidos. La hidrólisis de nucleótidos impulsa cambios precisos en la forma de la
proteína
c. grupo protésico: Un grupo protésico es la porción no proteínica de una proteína
conjugada: es esencial para la actividad biológica de ésta. A menudo es una molécula
orgánica compleja.
d. estructura primaria: La estructura primaria de un polipéptido es su secuencia de
aminoácidos.
e. glóbulo fundido: Un glóbulo fundido es el sitio parcialmente globular de un polipéptido
en plegamiento que se asemeja al estado nativo de la molécula.

Indíquese el nivel o los niveles de la estructura proteínica en; los que

contribuyen cada uno de los siguientes conceptos:
a. secuencia de aminoácidos: Los polipéptidos son polímeros formados por
aminoácidos unidos por enlaces peptídicos. El orden de los aminoácidos en
el polipéptido se denomina secuencia de aminoácidos
b. lámina plegada B: se forman cuando se alinean dos o más segmentos de la
cadena polipeptídica uno al lado del otro.
c. enlace de hidrógeno: es una fuerza de atracción entre un hidrógeno
polarizado de un grupo molecular y los átomos electronegativos de oxígeno
o nitrógeno de grupos moleculares alineados en la proximidad.
d. enlace disulfuro: Este enlace puede producirse en una cadena individual
para formar un anillo o entre dos cadenas separadas para formar un puente
intermolecular.
¿Qué tipo de estructura secundaria es más probable en las siguientes
secuencias de aminoácidos?
d. Poliprolina. Hélice alfa
e. Poliglicina. Hélice alfa.
f. Ala-Val-Ala-Val-Ala-Val. Lamina plegada Beta
g. Gly-Ser-Gly-Ala-Gly-Ala. Lamina plegada Beta.
 Menciónense tres factores que no favorezcan la formación de la hélice
alfa.
Las características estructurales de varios aminoácidos no fomentan la formación de la hélice a.
Debido a que el grupo R de la glicina es demasiado pequeño, la cadena polipeptídica se hace m uy
flexible. El anillo rígido de la prolina impide la rotación necesaria del enlace N— C. Las secuencias
que tienen un mayor número de aminoácidos con cadenas laterales con carga (p. ej., el glutamato) y
cadenas laterales voluminosas (p. ej., el triptófano) también son incompatibles con la formación de
hélices a.
La desnaturalización es la pérdida de la función de una proteína por un cambio
estructural o por una reacción química. ¿En qué nivel de la estructura
proteínica o mediante qué reacción química actúan cada uno de los siguientes
agentes desnaturalizantes?
a. Calor: Al aumentar la temperatura, aumenta la velocidad de vibración molecular.
Por último se rompen las interacciones débiles como los enlaces-de hidrógeno, y la
proteína se despliega.
b. ácido fuerte: Los cambios de pH dan lugar a la protonación de algunos grupos
laterales de la proteína, lo cual altera los patrones de los enlaces de hidrógeno y de
los puentes salinos. Al acercarse la proteína a su punto isoeléctrico, ésta se hace
insoluble y se precipita de la solución
c. solución salina saturada: Cuando la concentración de sal aumenta en una solución
acuosa de proteína, algunas de las moléculas de agua que interactúan con los
grupos ionizables de la proteína son atraídas hacia los iones de la sal
d. solventes orgánicos: Los solventes orgánicos hidrosolubles, como el etanol,
interfieren con las interacciones hidrófobas, debido a que interactúan con los
grupos R no polares y forman enlaces de hidrógeno con el agua y con los grupos
polares de las proteínas. Algunos solventes no polares también interrumpen las
interacciones hidrófobas.

Un polipéptido posee un valor elevado de pI. Sugiéranse los aminoácidos que lo

forman
Alalina, Glicina, Acido glutámico.
Esquematícense los pasos para aislar a una proteína típica. ¿Qué se consigue
en cada paso?
La extracción de una proteína requiere la rotura y la homogeneización de la célula. A menudo este
proceso es seguido por centrifugación diferencial y, si la proteína es un componente de un organelo,
por centrifugación en gradiente de densidad
Resúmanse los pasos necesarios para purificar una proteína. ¿Qué criterios se
utilizan para evaluar la pureza?
Para la purificación de una proteína se tienen en cuenta varios criterios, entre ellos:
La fuente de donde se obtendrá la proteína: Es importante evaluar la fuente de donde se piensa
obtener la proteína de interés pues si se busca un grado de pureza mayor se buscará obtener la
mayor cantidad posible en el proceso.
Método de aislamiento: Actualmente existe una variedad de métodos para el aislamiento de
proteínas, por lo cual, es necesario analizar que método dará mejores resultados según la fuente y la
naturaleza de la proteína.
Método de Purificación: Es importante la selección del método de purificación pues dependiendo de
este será mayor o menor el grado de pureza del producto y así será mayor su vida útil.
Enlístense los tipos de cromatografía que se utilizan para purificar las
proteínas. Descríbase cómo opera cada método de separación.
Los tres métodos cromatográficos que se emplean de forma habitual en la purificación de proteínas
son la cromatografía de filtración en geles, la cromatografía de intercambio iónico y la
cromatografía por afinidad.
La cromatografía de filtración en geles es una forma de cromatografía por exclusión de tamaños
en la cual una columna empaquetada con un polímero gelatinoso separa a las moléculas según su
tamaño y su forma. Las moléculas que son mayores que los poros del gel quedan excluidas y por lo
tanto se mueven con rapidez a través de la columna. Las moléculas que son más pequeñas que los
poros del gel se difunden dentro y fuera de los poros, de forma que se retrasa su movimiento a
través de la columna. Las diferencias de estas velocidades separan la mezcla de proteínas en bandas,
que se recogen separadas.
La cromatografía de intercambio iónico separa las proteínas según su carga. Las resinas de
intercambio aniónico, que están formadas por materiales con carga positiva, se unen de forma
reversible con los grupos con carga negativa de una proteína. De igual forma, las resinas de
intercambio catiónico se unen a los grupos con carga positiva. Tras eliminar las proteínas que no se
han unido a la resina, se recupera la proteína de interés por medio de un cambio adecuado del pH
del solvente y de la concentración salina, o de ambos. (Un cambio de pH altera la carga neta de la
proteína.
La cromatografía por afinidad utiliza las singulares propiedades biológicas de cada proteína; es
decir, utiliza una afinidad de unión no covalente especial entre la proteína y una molécula especial,
el ligando. Éste está unido de forma covalente a una matriz insoluble, que se coloca en una
columna. Tras pasar a través de la columna las moléculas de proteína que no se unen, la proteína de
interés se separa alterando las condiciones que afectan a la unión (i.e., el pH o la concentración
salina).
Cuando se secuencia una proteína utilizando carboxipeptidasa, primero se
rompe la proteína en fragmentos más pequeños, que luego se separan uno del
otro. Después, se secuencia cada fragmento de forma individual. Si esta
fragmentación inicial no se lleva a cabo, los residuos de aminoácidos podrían
reconstruirse en el medio de reacción. ¿Cómo inhibiría su presencia la
secuenciación?
En la secuenciación de un polipéptido, el siguiente residuo en una secuencia se determina con base
en el incremento de altura del pico en el analizador de aminoácidos. Si hay una gran cantidad de ese
aminoácido presente en la solución, podría ser difícil (si no imposible) detectar cualquier cambio en
la altura del pico. Los fragmentos pequeños tienen sólo unos pocos amino ácidos y en tal caso no se
presenta este problema.
Defínanse los siguientes términos:
a. Proteína mosaico
Contienen numerosas copias duplicadas o imperfectas de uno o más dominios las cuales se unen en
serie
b. Polipéptido homólogo
Polipéptidos que tienen secuencias de aminoácidos y funciones semejante
c. Unión cooperativa
Es un fenómeno biológico producida por enzimas o receptores que presentan diversos sitios de
unión. También se da cooperatividad en moléculas con largas cadenas formadas por subunidades
idénticas o casi idénticas cuando estas moléculas sufren cambios de fase como cuando se funden o
se despliegan.
d. Condensación aldólica
Es una reacción química orgánica donde en medio básico un ion enolato, o vía enol si el medio es
ácido, reacciona con un grupo carbonilo para dar lugar a un β-hidroxialdehído (aldol) o una β-
hidroxicetona.
e. Proteína globular
Las proteínas globulares, o esferoproteínas se pliegan en forma esférica y forman una estructura
más compleja, diferenciándose fundamentalmente de las proteínas fibrosas por ser más o menos
solubles en disoluciones acuosas siendo las fibrosas prácticamente insolubles.

En un análisis de aminoácidos se rompe una proteína grande en sus

fragmentos superpuestos utilizando enzimas específicas ¿Por qué deben estar
superpuestas las secuencias?
Para mantener el efecto hidrófobo
Defínanse los siguientes términos:
a. Electroforesis
La electroforesis es un a clase de técnicas en las cuales se separan moléculas con base en
diferencias de carga neta.
b. Enfermedad molecular
Una enfermedad molecular es causada por un gen mutante.
c. Carbono IX

El carbono adyacente al grupo carboxilo en un aminoácido es el carbono .

d. Punto isoeléctrico
El punto isoeléctrico es el pH al cual un aminoácido o un péptido es eléctricamente neutro
e. Enlace peptídico
Un enlace peptídico es un enlace amida entre dos aminoácidos.
Descríbanse los problemas vinculados con el uso de la secuencia primaria de
un polipéptido para determinar su forma tridimensional final.
Como sabemos la estructura primaria de una proteína se refiere a la secuencia de aminoácidos que
conforman a las proteínas, sin embargo, determinar la forma tridimensional de estas, a partir de la
secuencia primaria presenta ciertas dificultades, pues para realizar una representación en forma
tridimensional que sea congruente se deben tomar en cuenta las interacciones entre los residuos de
aminoácidos, su función y sus relaciones con otras proteínas.
Descríbanse las fuerzas implicadas en el plegamiento de proteínas
La principal fuerza impulsora para el plegamiento de proteínas es la necesidad de alcanzar un
estado de baja energía sin importar el decremento de entropía que ocurre cuando la estructura
tridimensional de la proteína se hace más ordenada. Entre las consideraciones clave se incluyen la
energía relacionada con los diferentes ángulos de enlace y la rotación de enlace, las propiedades
químicas de las cadenas laterales de los aminoácidos (p. ej., si la cadena lateral tendrá carga o no al
pH de la célula), e interacción es entre cadenas laterales. De las interacciones no covalentes que son
posibles, las interacciones hidrófobas revisten especial importancia. (Recuérdese que las
interacciones hidrófobas son impulsadas en parte por el aumento de entropía en las moléculas de
agua circundantes).
¿Cuáles son las características de las proteínas motoras? ¿Cómo las utilizan los
organismos?
Las proteínas motoras son aquellas proteínas que convierten energía química en un trabajo
mecánico, generalmente por medio de una ATPasa. Las proteínas de unión a NTP realizan una
amplia variedad de funciones en los organismos eucariotas.
Resúmanse las funciones de los chaperones moleculares en el plegamiento
proteínico.
Los chaperones moleculares al parecer ayudan a las proteínas desplegadas de dos formas. En primer
lugar, durante un tiempo finito entre la síntesis y el plegamiento, las proteínas deben estar
protegidas de las interacciones proteína-proteína inadecuadas. En segundo lugar, las proteínas deben
plegarse de forma rápida y precisa en sus conformaciones correctas. Algunas deben ensamblarse en
complejos formados por múltiples subunidades. Las investigaciones del plegamiento proteínico en
diversos organismos han descubierto que en este proceso participan dos clases principales de
chaperones.
Defínanse los siguientes términos:
a. Aminoácido hidrófobo
Un aminoácido hidrófobo tiene un grupo lateral no polar.
b. Puente salino
Un puente salino es una interacción electrostática entre grupos iónicos con cargas opuestas en una
proteína.
c. Dabsil-aminoácido
Un dabsilaminoácido es un derivado de aminoácido terminal N que contiene un grupo dabsilo, un
marcador fluorescente que se une de manera selectiva a un aminoácido terminal N de una proteína.
Dado que dicho marcador puede analizarse mediante HPLC, este método permite identificar el
aminoácido terminal N de una proteína.
d. Mutagénesis de sitio específico dirigida
La mutagénesis de sitio específico dirigida es una técnica que introduce cambios de secuencia
específicos en genes clonados.
e. Proteómica
La proteómica es el análisis de los proteomas, que son el conjunto de todas las proteínas producidas
por una célula en un conjunto dado de condiciones.