Practica No. 2 Bioquimica

Escuela Superior Politécnica del Litoral
FACULTAD CIENCIAS DE LA VIDA
BIOQUIMICA (BIOG1006)
Guía Práctica de Laboratorio
Práctica Nº 2: Análisis de proteínas y sus estructuras in silico

Unidad Nº 1: Introducción a la Bioquímica
Objetivo de Aprendizaje: Enumerar los factores ambientales que afectan a la actividad
enzimática y como ejercen estos factores sus efectos sobre las enzimas
1. INTRODUCCIÓN
Las proteínas son macromoléculas que poseen un 16% de nitrógeno en su estructura y que
cumplen un gran número de funciones en las células de los seres vivos. Durante el proceso de
crecimiento y desarrollo estas proteínas son las que forman parte de la estructura de los
tejidos; creándolos reparándolos y manteniéndolos. Las proteínas están formadas por una larga
cadena lineal constituida por aminoácidos. Estos están unidos por un enlace peptídico,
constituidos por un grupo amino y un grupo carboxilo, que se encuentran unidos al mismo
carbono de la molécula.[ CITATION Aug06 \l 3082 ]
Algunas proteínas facilitan las reacciones químicas del cuerpo y otras trabajan como
transportadoras llevando nutrientes como lípidos, vitaminas o minerales. Poseen una función
reguladora, lo que facilita la expresión de genes y la división celular. También presentan una
función defensiva, ya que forman anticuerpos que luchan contra los antígenos agresores para
prevenir enfermedades. (Ortiz, 2019)
En las células vivas las cadenas polipeptídicas de las proteínas no se encuentran extendidas ni
plegadas al azar, sino que cada una de ellas se encuentra plegada de un modo característico,
que es igual para todas las moléculas de una misma proteína, por lo que recibe el nombre de
estructura tridimensional. [ CITATION Jos17 \l 3082 ]
La naturaleza química de la cadena lateral de los aminoácido determina si éste es acido, básico,
polar o no polar. Como por ejemplo, la metionina y la alanina son de naturaleza no polar o
hidrófoba, mientras que los aminoácidos como la serina, la treonina y la cisteína son polares y
tienen cadenas laterales hidrófilas. La lisina y arginina son aminoácidos básicos, ya que sus
cadenas laterales se encuentran cargadas positivamente. El grupo amino de la prolina no se
encuentra desprendido de la cadena lateral, por lo que este aminoácido no posee una
estructura estándar, formando una estructura parecida a un anillo.[ CITATION Wil \l 3082 ]
2. OBJETIVO:
Identificar los diferentes niveles de organización de las proteínas utilizando herramientas

bioinformáticas.
Reconocer los procesos biológicos donde las proteínas intervienen, con énfasis en las enzimas.
3. MATERIALES:
Computadoras
Realizado por: Katherine Milena Segarra Armijos. Página | 1
Aprobado por: Pablo Antonio Chong Aguirre.
4. PROCEDIMIENTO:
Actividad experimental N° 1: “Análisis de los niveles estructurales en las proteínas.”
Desarrollo
1. Acceder al sitio web WorlWide Protein Data Bank ( http://www.wwpdb.org)
2. Escoger la base de datos RCSB PDB (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)
3. Analizar las opciones que se muestran y describen en la página web.
4. Escribir en la barra de búsqueda “1TRN” y realizar la búsqueda.
a) ¿En qué fecha fue depositada la proteína?
b) ¿Quién descubre y publica esta información?
5. Escoger la opción “Sequence”.
a) ¿De cuántos residuos está compuesta la cadena de aminoácidos?
b) ¿De cuántas cadenas está compuesta la proteína?
c) ¿Cuántos puentes disulfuro se visualizan?
d) Copiar la secuencia de aminoácidos
6. Escoger la opción “Annotation”
a) ¿Cuál es la función molecular de la enzima?
b) ¿En qué procesos biológicos se encuentra involucrada?
7. Escoger la opción “3D View”
8. Inspeccionar las distintas opciones disponibles
9. Visualizar la molécula como palos y bolas.
10. Visualizar la molécula como espacio relleno
11. Visualizar la molécula por colores según su hidrofobicidad.
a) ¿Cuál es ligando de la proteína?
b) Mencionar 3 aminoácidos que se encuentren en el centro activo de la enzima.
Actividad experimental N° 2:
Refuerza lo aprendido contesta las preguntas realizadas anteriormente, seleccionando 2
proteínas que sean de interés en tu carrera.
5. RESULTADOS A REPORTAR:
Actividad experimental N° 1: “Análisis de los niveles estructurales en las proteínas.”
Proteína: Tripsina 1 Humana
1) ¿En qué fecha fue depositada la proteína?
16 de marzo de 1995.
2) ¿Quién descubre y publica esta información?
Gaboriaud, C., Fontecilla-Camps, JC.
3) ¿De cuántos residuos está compuesta la cadena de aminoácidos?
La cadena de aminoácidos está compuesta aproximadamente por 448 residuos.
4) ¿De cuántas cadenas está compuesta la proteína?
La proteína está compuesta por 2 cadenas, la cadena A y la cadena B.
5) ¿Cuántos puentes disulfuro se visualizan?
Se visualizan 5 puentes disulfuro.
6) Copiar la secuencia de aminoácidos
IVGGYNCEENSVPYQVSLNSGYHFCGGSLINEQWVVSAGHCYKSRIQVRLGEHNIEVLEGNEQFIN

AAKIIRHPQYDRKTLNNDIMLIKLSSRAVINARVSTISLPTAPPATGTKCLISGWGNTASSGADYPDEL
QCLDAPVLSQAKCEASYPGKITSNMFCVGFLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGQLQGVVSWGDGCA
QKNKPGVYTKVYNYVKWIKNTIAANS
7) ¿Cuál es la función molecular de la enzima?
 Unión de iones
 Unión catiónica
 Unión de iones metálicos
 Actividad catalítica
 Actividad endopeptidasa
 Actividad endopeptidasa de tipo serina
 Actividad peptidasa
 Actividad peptidasa de tipo serina
 Actividad hidrolasa
 Actividad de serina hidrolasa
 Actividad catalítica, actuando sobre una proteína
8) ¿En qué procesos biológicos se encuentra involucrada?
 Proceso celular
 Organización de componentes celulares
 Desmontaje de componentes celulares
 Desmontaje de la matriz extracelular
 Organización de la matriz extracelular
 Organización de la estructura extracelular
 Organización de componentes celulares o biogénesis
9) Visualizar la molécula como palos y bolas.
10) Visualizar la molécula como espacio relleno

11) Visualizar la molécula por colores según su hidrofobicidad.

Ligandos

Glicina
Serina
Ácido aspártico
Actividad experimental N° 2:
Refuerza lo aprendido contesta las preguntas realizadas anteriormente, seleccionando 2
proteínas que sean de interés en tu carrera.
Proteína: Albúmina Sérica Humana
18 de junio de 2013.
Wang, Z., Ho, JX, Ruble, J., Rose, JP, Carter, DC.
La cadena de aminoácidos está compuesta aproximadamente por 1.170 residuos.
La proteína está compuesta por 2 cadenas, la cadena A y la cadena B.
Se visualizan 17 puentes disulfuro.
DAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSL
HTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEPERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDN
EETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLK
CASLQKFGERAFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICE
NQDSISSKLKECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYE
YARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFEQLGEY
KFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVVLNQLCVLHEKT
PVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTLSEKERQIKKQTALVELVKHK
PKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLVAASQAALGL

actividad antioxidante

 Enlace proteico
 Enlace de acompañante
 Enlace de iones de cobre
 Unión de iones
 Unión de iones de metal de transición
 Unión de ácido nucleico
 Unión al ADN
 Unión de compuestos cíclicos orgánicos
 Unión de compuestos heterocíclicos
 Unión a drogas
 Unión de macrólidos
 Unión de aniones
 Unión a enterobactina
 Unión a proteínas exógenas
 Unión de ácidos grasos
 Unión de lípidos
 Unión de ácido carboxílico
 Unión de ácido monocarboxílico
 Unión de moléculas pequeñas
 Unión de ácidos orgánicos
 Unión a proteínas idéntica
 Unión de vitaminas
 Unión de piridoxal fosfato
 Unión de vitamina B6
 Unión a sustancias tóxicas
 Unión de iones de zinc
 Proceso celular
 Proceso del organismo multicelular
 Remodelación compleja que contiene proteínas
 Remodelación del complejo proteína-lípido
 Remodelación de partículas de lipoproteínas plasmáticas
 Remodelación de partículas de lipoproteínas de alta densidad
 Organización de subunidades complejas que contienen proteínas
 Regulación del proceso biológico
 Regulación biológica
 Organización de subunidades del complejo proteína-lípido
 Organización de partículas de lipoproteínas plasmáticas
 Regulación de los niveles de partículas de lipoproteínas plasmáticas
 Localización
 Mantenimiento de ubicación
 Localización de orgánulos
 Localización celular
 Localización de mitocondrias
 Mantenimiento de ubicación en celda
 Mantenimiento de la ubicación del organelo
 Mantenimiento de la ubicación de la mitocondria
 Regulación de la calidad biológica
 Muerte celular
 Regulación de la muerte celular
 Muerte celular programada
 Regulación de la muerte celular programada
 Regulación negativa de la muerte celular programada
 Regulación negativa del proceso biológico
 Regulación negativa del proceso celular
 Regulación del proceso celular
 Regulación negativa de la muerte celular


Ligando

Fenilalanina
Prolina
Arginina
Proteína: Colágeno X NC1 Humano

12 de diciembre de 2001.
Bogin, O., Kvansakul, M., Rom, E., Singer, J., Yayon, A., Hohenester, E.
La cadena de aminoácidos está compuesta por 160 residuos.
La proteína está compuesta por 1 cadena.
No se visualizan puentes disulfuro.
MPEGFIKAGQRPSLSGTPLVSANQGVTGMPVSAFTVILSKAYPAIGTPIPFDKILYNRQQHYDPRTG
IFTCQIPGIYYFSYHVHVKGTHVWVGLYKNGTPVMYTYDEYTKGYLDQASGSAIIDLTENDQVWLQ
LPNAESNGLYSSEYVHSSFSGFLVAPM
 Actividad de la molécula estructural
 Constituyente estructural de la matriz extracelular
 Constituyente estructural de la matriz extracelular que confiere resistencia a la
tracción
 Unión de iones
 Proceso celular
 Organización de la matriz extracelular
 Organización de la estructura extracelular


Ligandos
Valina
Triptófano
Asparagina
6. Preguntas:
1. ¿Cuál es el significado de realizar experimentos in silico desde el punto de vista
bioquímico?
Los experimentos in silico son simulaciones o análisis por medio del uso de algoritmos
computacionales, con los cuales se puede identificar relaciones estructurales,
funcionales, etc.[ CITATION Bre13 \l 3082 ]
2. Investigar sobre hechos históricos del uso de la bioinformática.

En 1958 Sanger ganó el Premio Nobel de química gracias al descubrimiento de que
cada proteína posee una estructura primaria única. Y a partir de ese suceso, se
desarrollaron métodos de secuenciación más eficientes, como por ejemplo, la reacción
de degradación de Edman, las columnas de intercambio iónico y la electroforesis, los
cuales contribuyeron a la industrialización de la secuenciación y al desarrollo de
librerías de aminoácidos. El logro de Sanger marco un factor determinante que
significaría el progreso del camino hacia la bioinformática, pues dio a notar la necesidad
de ésta para la interpretación de la información que contienen las secuencias de ADN,
ARN y proteínas. Pero la nueva ciencia no hubiera sido posible sin la presencia de las
computadoras digitales de alta velocidad, las cuales fueron Inventadas en el marco de
programas de investigación para diseñar armamento bélico durante la segunda guerra
mundial. Con el tiempo, la creación de algoritmos fue necesaria debido a que la
difusión de nuevas técnicas para secuenciar cadenas de ADN y proteínas fue cada vez
mayor. [CITATION MAR08 \l 3082 ]
La doctora Dayhoff fue pionera en la creación de estos algoritmos, ya que desarrolló
métodos computacionales, con los cuales logro comparar secuencias proteicas y a
partir de los alineamientos entre ellas investigar las relaciones y la historia evolutiva
entre los diferentes reinos, phyla y taxa biológicos. Su investigación recopilaba todas las
secuencias proteicas conocidas hasta ese entonces y fue publicada en 1965 en un libro
denominado “Atlas de secuencia y estructura de proteínas”. En 1980, la doctora
Dayhoff creó la primera base de datos computadorizad, la cual poseía secuencias de
ácidos nucleicos y de proteínas, esto fue posible gracias a la utilización de una
computadora casera. Para 1983 la Protein Sequence Database (PSD) era la base de
datos más grande del mundo, con más de 2 millones de nucleótidos secuenciados, con
sus respectivas referencias y anotaciones. Sin embargo, este avance no hubiera sido
posible sin las facilidades que le proveyó la llegada del internet. Entre las décadas de
1980 y 1990, el trabajo de Margaret Oakley Dayhoff provoco el despegue de la
generación de bases de datos como GenBank, FASTA y BLAST. GenBank se encargaba
de almacenar y catalogar las secuencias de ADN y de proteínas, Mientras que BLAST se
encargaba de comparar con mayor rapidez que FASTA las secuencias de interés contra
cada una de las secuencias contenidas dentro de la inmensa base de datos. [CITATION
MAR08 \l 3082 ]
En la actualidad ya existen bases secundarias, las cuales contienen el conocimiento
biológico acumulado que se requiere para comprender el funcionamiento de todos los
niveles de organización de un ser vivo.[CITATION MAR08 \l 3082 ]
7. Bibliografía:
Fina, B., Lombarte, M., & Rigalli, A. (2013). INVESTIGACIÓN DE UN FENÓMENO NATURAL:
¿ESTUDIOS IN VIVO, IN VITRO O IN SILICO? Obtenido de
https://ri.conicet.gov.ar/bitstream/handle/11336/21655/CONICET_Digital_Nro.25729.
pdf?sequence=1&isAllowed=y
Franco, M., Cediel, J., & Payán, C. (2008). Breve historia de la bioinformática. Obtenido de
http://www.scielo.org.co/pdf/cm/v39n1/v39n1a15.pdf
Martínez, O., & Martínez, E. (2006). Proteínas y péptidos en nutrición enteral. Obtenido de
http://scielo.isciii.es/pdf/nh/v21s2/original1.pdf
Ortiz, A. (1 de junio de 2019). ¿Qué son las proteínas y para qué sirven? Obtenido de
https://www.alimente.elconfidencial.com/nutricion/2019-06-01/proteinas-
aminoacidos-para-que-sirven_1522540/
Ramírez, J. (2017). Proteinas Biologia Celular y Molecular. Obtenido de
https://www.studocu.com/latam/document/universidad-tecnologica-de-
santiago/biologia-celular-y-mol/resumenes/proteinas-biologia-celular-y-
molecular/4302386/view
William & Flora Hewlett Foundation, Bill & Melinda Gates Foundation, Michelson 20MM
Foundation, Maxfield Foundation, Open Society Foundations, Rice University. (s.f.).
Proteínas. Obtenido de
https://cnx.org/contents/GFy_h8cu@9.87:2zzm1QG9@7/Proteins


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Práctica Nº 2: Análisis de proteínas y sus estructuras in silico

Identificar los diferentes niveles de organización de las proteínas utilizando herramientas

Realizado por: Katherine Milena Segarra Armijos. Página | 2

10) Visualizar la molécula como espacio relleno

11) Visualizar la molécula por colores según su hidrofobicidad.

b) Mencionar 3 aminoácidos que se encuentren en el centro activo de la enzima.

Realizado por: Katherine Milena Segarra Armijos. Página | 4

7) ¿Cuál es la función molecular de la enzima?

Realizado por: Katherine Milena Segarra Armijos. Página | 5

10) Visualizar la molécula como espacio relleno

Realizado por: Katherine Milena Segarra Armijos. Página | 7

11) Visualizar la molécula por colores según su hidrofobicidad.

b) Mencionar 3 aminoácidos que se encuentren en el centro activo de la enzima.

Proteína: Colágeno X NC1 Humano

 Organización de la estructura extracelular

10) Visualizar la molécula como espacio relleno

11) Visualizar la molécula por colores según su hidrofobicidad.

b) Mencionar 3 aminoácidos que se encuentren en el centro activo de la enzima.

2. Investigar sobre hechos históricos del uso de la bioinformática.

Realizado por: Katherine Milena Segarra Armijos. Página | 13

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