Location via proxy:   [ UP ]  
[Report a bug]   [Manage cookies]                

Tipos de PCR

Descargar como pdf o txt
Descargar como pdf o txt
Está en la página 1de 3

TIPOS DE PCR

dNTPs Cebadores Cofactores ADN polimerasas Agua T° T° Anillamiento T° Número de ciclos Detección Aplicación
Desnaturalización / hibridación Elongación
2 (forward – reverse) • Electroforesis • Arqueología
PCR • Concentración Oligonucleótidos cortos Mg++ 0.5 - 2.5 mM Taq polimerasa obtenida Agua ultrapura 94°C por 1 54° C por 45 72°C por 2 30 -40 ciclos en gel agarosa • Medicina forense
convencional inicial en (varían entre 18 y 30 a partir de Thermus calidad tipo I. minuto segundos minutos bajo un buffer o • Medicina clínica
solución stock nucleótidos) aquaticus (mQ) Libre de tampón TAE o • Diagnóstico de enfermedades infecciosas
(2,5 mM) Forward Y Reverse: DNAsas, TBE. • Demostración de genes indicadores de
• Concentración RNAsas, patología
final en la • Concentración Proteasas • Oncogenes
reacción (0,25 inicial en solución Máxima pureza: • Genes supresores de tumor
mM) stock (10 uM (10 Estéril para
• Estudio y pronóstico de tumores.
• Volumen para pmol/uL) PCR (A0103)
20 uL (2) • Concentración
final en la
reacción (10 uM (
10 pmol / uL)
• Volumen para 20
uL (0,2)

• 100 µl de • Sonda • Cuantificación de la expresión genética


qPCR o PCR en mezcla de 2 (forward – reverse) Mg++ 0.5 y 2.5 Taq polimerasa Agua ultrapura 95 ° C por 5 50 °C – 60 °C 72° C por 30 Puede variar de fluorogenica: • Verificación de microarrays
tiempo real dNTP, 10 mM 0,375 uL. mM obtenida a partir de calidad tipo I. minutos por segundos 40, 35 y 30 ciclos. TaqMan • Control de calidad y validación de
de cada uno de Los cebadores deben Thermus aquaticus (mQ) Libre de 45 segundos • Colorante de ensayos
dATP, dCTP, tener nucleótidos de DNAsas, unión al ADN de • Detección de patógenos
dGTP y dTTP longitud entre (18 -24) RNAsas, doble hebra • Genotipada de SNP
Proteasas especifico: • Variación del número de copias
Máxima pureza: SYBR Green • Análisis de microARN
Estéril para
• Cuantificación viral.
PCR (A0103)

• 100 µl de • Primer oligo(dT) • La transcriptasa 90 °C – 94 °C por 50° C – 60 °C 72 °C por 7 30 – 40 ciclos • Sondas • Diagnóstico de tumores
mezcla de (12 -18 • MgCl2 (1,5 inversa del virus 2 minutos por 15 minutos minutos. fluorescentes. • Respuesta a medicamentos en cuanto a
dNTP, 10 mM deoxitimidinas) mM) de la Agua de grado • Electroforesis cáncer humano
de cada uno de • Primers • Mg ++ 0.5 - mieloblastosis RT-PCR, no en gel de • Genotipado de muestras a partir de la
dATP,, dCTP, específicos (SSPs, 2.5 mM aviar (AMV), tratada con agarosa o cuantificación y diferenciación de alelos
RTPCR o dGTP y dTTP Sample Specific posee actividad DEPC. El agua poliacrilamida. • Detección de polimorfismos llegando
retrotrancriptasa Primers) (RT - ARNasa H de calidad RT- incluso a detectar polimorfismos
inversa PCR PCR de un solo PCR está nucleotídicos (SNP)
paso ) • Transcriptasa certificada
• Random primers inversa originada como carente
(aproximadamente del virus de de
6 nucleotidos) leucemia murina endonucleasas
Moloney (M- y de
MLV)que carece contaminación
sustancialmente con ácidos
de actividad de nucleicos que
ARNasa H puede causar
falsas señales
• Transcriptasa positivas en la
inversa, RT-PCR
retrotranscriptasa
rTth ADN
polimerasa de
Thermus
thermophilu

• Visual • Detección rápida de ARN de coronavirus


Amplificación dNTPs de 10 mM en 4 – 6 cebadores La enzima utiliza • Bst polimerasa Agua ultrapura no son necesarios • Flujo lateral (COVID-19)
isotérmica un volumen de 3.5 uL • Externos F3 (2 el cofactor Mg+2 obtenida Bacillus calidad tipo I. ciclos de cambio • Gel • Detección directa de ARN de SARS-CoV-
Mediada por (1.4 mM final) µM) y B3 (2 µM) que a su vez stearothermophil (mQ) Libre de de temperatura • Turbidez 2 del medio de transporte universal
bucle (LAMP) • Internos FIP (16 puede ser us (66 °C) DNAsas, • Utiliza temperatura constante de 60 – 65 °C para la separación • Fluorescencia • Filariasis en humanos e insectos
µM) y BIP (16 µM) utilizado como RNAsas, de las hebras
• Aplicaciones de campo de calidad de
• Bucle LF (4 µM) ayuda para la • Bsm polimerasa Proteasas como sucede en la
reacción de obtenida de Máxima pureza: PCR agua y alimentos
(hacia adelante) y
LB (4 µM) (hacia detección Bacillus smithii Estéril para • Detección del virus Zika en muestras
atrás) (63 °C) PCR (A0103) humanas.

• N/A (WGA) • Investigación forense


• PEP - PCR • Phi29 ADN Agua ultrapura • Enfermedades Genéticas
Amplificación dNTPs de 10 mM en (cebadores Mg++ polimerasa (25 - calidad tipo I. • Nuevas tecnologías como secuenciación
del genoma un volumen de 3.5 uL aleatorios) (100 mM) 40 °C) (mQ) Libre de • Utiliza temperatura constante de 30 °C no son necesarios de próxima generación y la matriz CGH
completo (1.4 mM final) • DOP – PCR • Bst ADN DNAsas, ciclos de cambio ( hibridación genómica comparativa)
(WGA) y (cebadores polimerasa (66 RNAsas, de temperatura • Secuenciación de sanger
Amplificación semidegenerados) °C) Proteasas para la separación • Genotipado con microarrays
de (10 – 5 uM) Máxima pureza: de las hebras • Genotipado de polimorfismo de
desplazamient Nota: el genoma se Estéril para como sucede en la nucleótido único
o múltiple amplifica durante la PCR (A0103) PCR
(MDA) reacción de
amplificación por
desplazamiento múltiple
(MDA)

• 2 cebadores • MgCl2 ADN polimerasa Agua ultrapura no son necesarios • Fluorescencia. • Diagnostico de carga viral
dNTPs de 10 mM en externos de (100mM) desplazamiento de calidad tipo I. ciclos de cambio (en tiempo real • Análisis serológicos
un volumen de 3.5 uL protuberancia cadena generalmente (mQ) Libre de • Utiliza temperatura constante de 60 °C de temperatura usando tintas o • Detección de variables genéticas de virus
(1.4 mM final) • 2 cebadores Concentración DNAsas, para la separación sondas con alta tasa de mutación
Amplificación de internos con final recomendada • Bst ADN RNAsas, de las hebras intercalantes)
desplazamiento regiones de cola de 3 – 3,5 mM polimerasa Proteasas como sucede en la
de hebra (SDA) 5´ que contienen Máxima pureza: PCR
sitio de • Fragmento Estéril para
reconocimiento de grande o PCR (A0103)
la enzima fragmento klenow
melladora (3’ – 5´exo)

Mg++ • ADN polimerasa l no son necesarios • Flujo lateral • Detección de marcadores de seguimiento
Amplificación Como la PCR solo (100 mM) E. coli UvrD Agua ultrapura ciclos de cambio • Fluorescencia en fuentes microbiana.
dependiente de dNTPs de 10 mM en requiere 2 cebadores. • ADN polimerasa calidad tipo I. • Utiliza una temperatura constante de 65 °C de temperatura (sondas marcadas • Detección rápida de patógenos
helicasa (HDA) un volumen de 3.5 uL • Biotinilados Concentración ll E. coli UvrD (mQ) Libre de para la separación con un extintor y un • Empleada en varios dispositivos de
(1.4 mM final) • Específcos final recomendada DNAsas, de las hebras
(75 – 100 nM) de 1,5 – 3,0 mM • Helicasa RNAsas, como sucede en la
fluorocromo) diagnóstico y pruebas aprobadas por la
FDA.
termoestable Tte Proteasas PCR
– UvrD de Máxima pureza:
Estéril para
Thermoanaerobacter
PCR (A0103)
tengcongenesis

• RPA utiliza 2 • Bsu ADN Agua ultrapura no son necesarios • Fluorescencia • Detección de patógenos en humanos y
Amplificación oligonucleótidos • Mg polimerasa calidad tipo I. ciclos de cambio • Flujo lateral animales y recientemente para
de la dNTPs de 10 mM en como cebadores (CH3COO) obtenida a partir (mQ) Libre de • Utiliza una temperatura constante de 37 °C de temperatura enfermedades en plantas y la detección
recombinasa un volumen de 3.5 uL inversos • Mg++ (100 de Bacillus DNAsas, para la separación de begomovirus
polimerasa (1.4 mM final) • SIBA incluye un mM) subtilis RNAsas, de las hebras • Aplicación de amplificación de
(RPA) y la oligo de invasión Concentración Proteasas como sucede en la recombinasa polimerasa con flujo lateral
amplificación mas largo final recomendada Máxima pureza: PCR para una detección a simple vista de
basada en la de 1,5 – 3,0 mM Estéril para Lysteria monocytogenes en superficies
amplificación PCR (A0103) de procesamientos de alimentos.
de cadena • Amplificación de recombinasa polimerasa
(SIBA) (RPA) combinada con inmunoensayo de
flujo lateral para la detección rápida de v
Salmonella en alimentos.

Amplificación • Uno de los • Mg++ (100 • RNasas H de E. Agua ultrapura no son necesarios • Fluorescencia • Evaluación de la seguridad
basada en dNTPs de 10 mM en cebadores debe mM) coli calidad tipo I. • Utiliza una temperatura constante de 40° C ciclos de cambio (Molecular microbiológica y la autenticidad de
secuencia de un volumen de 3.5 uL incluir una Concentración • Transcriptasa (mQ) Libre de – 55 °C de temperatura Beacon o sonda productos cárnicos
ácidos (1.4 mM final) secuencia final recomendada inversa del virus DNAsas, para la separación de hibridación) • Usadas en variedad de diagnósticos
nucleicos promotora de la de 1,5 – 3,0 mM de la RNAsas, de las hebras clínicos
(NASBA) y ARN polimerasa mieloblastosis Proteasas como sucede en la
amplificación de T7 en el aviar (AMV) Máxima pureza: PCR
mediada por extremo 5´ • ARN polimerasa Estéril para
transcripción • Cebador a+: del fago de T7 PCR (A0103)
(TMA) presenta una
secuencia
complementaria al
extremo 5´ de la
molécula de ARN
• Cebador b-: este
cebador es
complementario al
extremos 3´ del
ARN y además
presenta una
secuencia
promotora de t7
en 5´,

INTEGRANTES.

• Adriana Lucia Bautista


• Lorena Pamplona
• Martha Liliana Bonilla
• María Gabriela Castillo
• Liseth Hernández Caballero
• David Murcia Gómez
Referencias
1. Amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) | NEBRASKA. (s. f.). Recuperado 21 de octubre de 2020, de https://international.neb.com/protocols/2014/06/17/loop-mediated-isothermal-amplification-lamp
2. Blaser, S., Diem, H., von Felten, A., Gueuning, M., Andreou, M., Boonham, N., … Bühlmann, A. (2018). A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for rapid identification of bemisia tabaci. Journal of Visualized Experiments, 2018(140).
https://doi.org/10.3791/58502
3. Erwinia amylovora. (2018). Protocolos de diagnóstico para plagas reglamentadas. Recuperado 21 de octubre de 2020, de https://www.ippc.int/static/media/files/publication/es/2018/12/DP_13_2016_Es_2018-11-05_LRGRev.pdf
4. Kimball, J. W. (3 de mayo de 2014). PCR. En Kimball's biology pages (Páginas de biología de Kimball). Consultado en http://www.biology-pages.info/P/PCR.html.
5. Moreno, N., & Agudelo-Flórez, P. (2010). Aplicación de las pruebas de PCR convencional simple y múltiple para la identificación de aislamientos de Leptospira spp. en Colombia. Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, 27(4), 548–556.
https://doi.org/10.17843/rpmesp.2010.274.1526
6. Penélope Aguilera1, M. R. T., & Martha Graciela Rocha Munive4, B. P. O. y M. E. C. C. (s. f.). PCR en tiempo real. Recuperado 21 de octubre de 2020, de http://www2.inecc.gob.mx/publicaciones2/libros/710/pcrtiempo.pdf
7. Pcr, N. (n.d.). Neb: Polymerases and Amplification FAQs. Manual, 10–13.
8. Pcr, N. (n.d). Neb: Whole Genome Amplification & Multiple Displacement Amplification. Manual.
9. Pcr, N. (n.d). Neb: Loop-Mediated Isothermal Amplification. Aplications.
10. Promega. (2010). Access RT-PCR System Technical Bulletin, TB220. Retrieved from https://worldwide.promega.com/-/media/files/resources/protocols/technical-bulletins/0/access-rt-pcr-system-protocol.pdf
11. Sedano S., A., Pinto J., C. E., Siuce M., J., & Calle E., S. (2016). Estandarización de una Técnica de PCR en Tiempo Real con Sondas TaqMan para la Detección de Leptospira spp Patógenas en Orina de Canes Domésticos. Revista de Investigaciones
Veterinarias Del Perú, 27(1), 158. https://doi.org/10.15381/rivep.v27i1.11454
12. Serrato Díaz, A., Flores Rentería, L., Aportela Cortez, J., & Sierra Palacios, E. (s. f.). PCR: reacción en cadena de la polimerasa.
13. Zhang, G. F., Lü, Z. C., Wan, F. H., & Lövei, G. L. (2007). Real-time PCR quantification of Bemisia tabaci (Homoptera: Aleyrodidae) B-biotype remains in predator guts. Molecular Ecology Notes, 7(6), 947-954. https://doi.org/10.1111/j.1471-
8286.2007.01819.x
14. Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky, P. V. y Jackson, R. B. (2011). Forensic evidence and genetic profiles (Evidencia forense y perfiles genéticos). (10° ed., págs. 430-431). San Francisco, CA: Pearson.
15. Helicase Dependent Amplification | Point of Care Testing from Quidel. (s. f.). QUIDEL. Recuperado 21 de octubre de 2020, de https://www.quidel.com/molecular-diagnostics/helicase-dependent-amplification-tests
16. Barreda Garcia, S., Miranda Castro, R., Miranda Ordieres, A. J., Lobo Castañon, M. J., & Alvarez, N. (2017, 20 septiembre). Helicase-dependent isothermal amplification: a novel tool in the development of molecular-based analytical systems for rapid
pathogen detection. PubMed Central (PMC). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7079856/
17. ¿Cuales son las diferencias entre PCR, RT PCR, qPCR y RT qPCR? (2017, 24 mayo). AllScience. https://www.e-allscience.com/blogs/news/cuales-son-las-diferencias-entre-pcr-rt-pcr-qpcr-y-rt-qpcr
18. PCR Basics | Thermo Fisher Scientific - NL. (s. f.). Recuperado 21 de octubre de 2020, de https://www.thermofisher.com/nl/en/home/life-science/cloning/cloning-learning-center/invitrogen-school-of-molecular-biology/pcr-education/pcr-reagents-
enzymes/pcr-basics.html
19. Neb. Isothermal amplification. Techniques. Recuperado 21 octubre de https://view.ceros.com/neb/isothermal-amplification-techniques/p/5
20. Overview on whole genoma amplification. QIAGEN. Recuperado 21 octubre de https://www.qiagen.com/dk/service-and-support/learning-hub/technologies-and-research-topics/wga/overview-on-wga/
21. Thermo Scientific Molecular Biology. The Long and Short of isothermal amplification. Thermo Fisher Scientific. NL. (S. F.) Recuperado 21 octubre de https://www.thermofisher.com/co/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-
biology-learning-center/molecular-biology-resource-library/spotlight-articles/isothermal-amplification.html
22. 3M Health Care Academy.(2015). Uso y ventajas de amplificación isotérmica en la detección de microorganismos patógenos en alimentos y control ambiental. https://www.achipia.gob.cl/wp-content/uploads/2018/08/1-3M-Uso-y-ventajas-de-
amplificacion-isot--rmica-en-la-deteccion-microorganismos-004.pdf
23. Aguilera, P., Ruiz Tachiquín, M., Rocha Munive, M. G., Pineda Olvera, B., Chánez Cárdenas, M. E., & Chain, P. (2015). Herramientas moleculares aplicadas en ecología. PCR en tiempo real. Herramientas Moleculares Aplicadas En Ecología, 13(3),
175–202. http://www2.inecc.gob.mx/publicaciones2/libros/710/pcrtiempo.pdf
24. Cultek. (2006). Amplificación de ácidos nucleicos in vitro. Manual, 1–12. https://catedrabiologiamolecularusal.files.wordpress.com/2020/04/amplificacion-de-los-acidos-nucleicos-in-vitro.pdf
25. IBIAN TECHNOLOGIES, S. L. (2013). Método PCDR y la SD Polimerasa – SD Polimerasa Hotstart. https://www.ibiantech.com/metodo-pcdr-y-la-sd-polimerasa-sd-polimerasa-hotstart/
26. Martínez, C., & Silva, E. (2004). Metodos fisico quimicas en biotecnologia-PCR. Analytical Chemistry, 62(13), 1202–1214. http://www.ibt.unam.mx/computo/pdfs/met/pcr.pdf
27. Notomi, T., Okayama, H., Masubuchi, H., Yonekawa, T., Watanabe, K., Amino, N., & Hase, T. (2000). loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Research, 28(12), e63.
https://watermark.silverchair.com/2800e63.pdf?token=AQECAHi208BE49Ooan9kkhW_Ercy7Dm3ZL_9Cf3qfKAc485ysgAAAmYwggJiBgkqhkiG9w0BBwagggJTMIICTwIBADCCAkgGCSqGSIb3DQEHATAeBglghkgBZQMEAS4wEQQMy3AQPdcwVpshAVuIA
gEQgIICGSfU5ehJRqbIy2A_4pd12_oNbrQem7FM_kTE9ZYQL40XC4l
28. Reyna, P., & Rodriguez Pardina, P. (2018). Evaluación de la técnica de amplificación por recombinasa y polimerasa (RPA) para la detección de begomovirus presentes en cultivos de soja y poroto en Argentina. AgriScientia, 35.
https://revistas.unc.edu.ar/index.php/agris/article/view/19319/29296
29. S. Azinheiro, J. Carvalho, M. Prado, A. Maestu. Application of Recombinase Polymerase Amplification with Lateral Flow for a Naked-Eye Detection of Listeria monocytogenes on Food Processing Surfaces. MDPI. Foods 2020, 9(9),
1249; https://doi.org/10.3390/foods9091249
30. J. Li, B. Ma, J. Fang, A. Zhi, E. Chen, Y. Xu, X. Yu, C. Sun, M. Zhang. Recombinase Polymerase Amplification (RPA) Combined with Lateral Flow Immunoassay for Rapid Detection of Salmonella in food. MDPI. December 2019
Foods 9(1):27DOI: 10.3390/foods9010027

También podría gustarte