UNIVERSIDAD NACIONAL DE SANTA

E.A.P. BIOTECNOLOGÍA

ASIGNATURA: Bioinformática

TEMA: Estructura de proteínas (I)

GRUPO: B4

CICLO: VI

DOCENTE: Mg. Gustavo Sandoval

ALUMNOS:

- Estrada Mendoza Kussy Wayta

- Gayoso Silva Angie Belen
- Liñan Del Castillo Shirley Paola
- Maldonado Lizama Nicole Alisson
- Montañez Romero Flor Indira
- Montenegro Valderrama Crhistian loMark
- Morales Garcia Margoth Valery

NUEVO CHIMBOTE - 2020

ÍNDICE

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I.- INTRODUCCIÓN

II.- METODOLOGÍA

III.- DIAGRAMA DE FLUJO

IV.- RESULTADO

V.- DISCUSIÓN

VI.- CONCLUSIONES

VII.- BIBLIOGRAFÍA

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I. INTRODUCCIÓN:

La bioinformática es el análisis de expresión génica, El estudio de lo datos de expresión

utilizado para responder cuestiones biológicas acerca de variedades de organismos de las
cuales una de la páginas más usadas es el NCBI ( centro nacional para la información
biotecnológica ) nos ofrece herramientas Bioinformáticas para el análisis de secuencias de
ADN , ARN y PROTEÍNAS , siendo BLAST la más usada .(J.capel y F.Lisboa , 2016).

La proteína PP7 de Arabidopsis thaliana, es una enzima Serina/Treonina (Ser/Thr) fosfatasa,

miembro de la familia de las PPP (Fosfoproteína fosfatasa); y está relacionada con la familia
PP5/rdgC, que funcionan en las vías de traducción de la señalización de animales; pero se
sugiere que las fosfatasas (ya caracterizados y también desconocidos) son necesarios para el
estrés y la transducción de señales hormonales en las plantas (Andreeva, A., 1998); PP7
contiene dentro de su sitio catalítico, dos subdominios: Subdominio N-terminal que contiene
la mayoría de los residuos que coordinan dos iones metálicos, y el subdominio C-terminal es
el principal responsable de la interacción con sustratos e inhibidores (Andreeva, A., 1998);
PP7 es estimulado por los iones metálicos: (Mn+2 o Fe+2), y es inhibido por: (Ni+2 y Zn+2)
(Mikhail A. Kutuzov, 1998). El pH óptimo de la enzima PP7 con Mn+2, estimulado con p-
nitrofenilfosfato exhibió una actividad máxima a pH 7.6-7.8, sin embargo, con sustratos de
proteínas, el pH óptimo se cambió a 6.8 para la caseína y 7.2 para la proteína básica de
mielina (Mikhail A. Kutuzov, 1998).

En el presente informe, analizaremos de la proteína PP7 de Arabidopsis thaliana, los

parámetros calculados por la herramienta computacional, “ExPASy ProtParam”, como:
peso molecular, pI teórico, composición de aminoácidos, composición atómica, coeficiente
de extinción, vida media estimada, índice de inestabilidad, índice alifático y gran promedio
de hidropática (GRAVY), el peso molecular y el pI teórico como, pI / Mw (Wilkins M.R,
1999); y con el método basado en redes neuronales, “PHD secondary structure
prediction”, se pueden predecir las estructuras secundarias, de una secuencia de
aminoácidos, como: alfa-hélices (H), beta-laminar (E), y Loops (L), además permite
clasificar el tipo de proteína, dependiendo del porcentaje de estructuras secundarias, como:
“all-alpha” (%H>45 and %E< 5), “all-beta”(%H<5 and %E>45), “alpha-beta”(%H>30 and
%E>20), y “mixed” (el resto de variantes) (Rost, 1994).

OBJETIVO:

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● Analizar la estructura primaria de la proteína seleccionada.

● Analizar la estructura secundaria de la proteína seleccionada.
● Analizar la homología de la proteína seleccionada.

II. MATERIALES Y MÉTODOS:

2.1. BÚSQUEDA DE LA PROTEÍNA

Primeramente se realizó la búsqueda de la proteína serina/threonine phosphatase 7 de

Arabidopsis thaliana en NCBI. Luego se obtuvo el código de accesión de la proteína para una
busqueda mas rapida , el código de accesión que se obtuvo fue (NP_851258.2).Asimismo se
dio clic en FASTA para obtener la secuencia de aminoácidos en dicho formato para luego
ingresarla a las bases de datos para su estudio respectivamente.

Fig 1.

2.2. ANÁLISIS DE LA ESTRUCTURA PRIMARI

Para la obtención de su estructura primaria se realizó una búsqueda en ProtParam , el

ProtParam nos permitió analizar los diferentes parámetros físicos y químicos de la proteína
que se estudió. En el ProtParam se copió la secuencia de aminoácidos luego se procedió a

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colocar la secuencia en la ventana. Se pego y se dio clic en el botón “compute parameters” el

cual pasó a calcular los parámetros de la proteína.

Fig 2.

2.3. ANÁLISIS DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA

Para el análisis de la estructura secundaria se realizó una búsqueda en “ PHD Secondary

structure prediction”. Esta plataforma se basa en el empleo de redes neuronales. Se ingresó la
secuencia de aminoácidos, luego se dio clic en submit para la obtención de los resultados. Se
dio clic en FASTA para obtener la secuencia de aminoácidos en dicho formato para luego
ingresarla a las bases de datos para su estudio respectivamente.

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Fig 3. Análisis de estructura secundaria en Prabi.

2.4. ANÁLISIS DE HOMOLOGÍA:

Para este análisis de homología se utilizó la base de datos de BLAST de NCBI. En la

plataforma se ingresa el código de accesión ya antes obtenido o la secuencia Fasta. En este
caso se ingresó el código de accesión, luego en DataBase se selecciona Protein Data Bank
proteins (PDB) finalmente se le da clic en BLAST y se esperan los resultados.

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Fig 4.Análisis de Homología en Blast.

III. DIAGRAMA DE FLUJO

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Fig 5. Diagrama de flujo para la estructura de proteínas.

IV. RESULTADOS
● Los resultados en BLAST en base de datos pdb nos mostró 413 aminoácidos y
dominios conservados de familia MPP-PP7 dominio de metalophosphatase , PP7
es una fosfoproteína fosfatasa vegetal se expresa en subconjunto de estomas y

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desempeña un papel importante en la señalización sensorial actuando como regulador

positivo en señalización de aguas y fitocromo . Las MPP comparten un dominio
conservado con un sitio activo que consta de dos iones metálicos ( manganeso ,
hierro, o zinc) coordinado con geometría octaédrica por una jaula de residuos de
histidina, aspartato y asparagina .

4.1 EN EL BLAST SE OBTUVO :

ADHESIÓN Max. DESCRIPCIÓN LONGI VALO P.

puntaje TUD R .E IDENT

5 JJT-A 186 Cadena A.fosfatasa 5.de 479 1e-53 37.01%

serina /treonina-proteina
A.thaliana.

5 OBL-A 185 Cadena.A,serina/treonina 505 3e53 37.01%

-proteína fosfatasa 5 A.thaliana

Cd 07418 - MPP-PP7 dominio de metalo 479 0e+00 37.01%

phosphatase , fosfoproteína
vegetal .

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1S95-A 175 C.A.serina Treonina proteína 333 7e-51 35.03%

fosfatasa 5 Homo sapiens.

3H60-A 174 C.A,dominio catalítico de serina 315 8e-51 35.03%

humana TREONINA
FOSFATASA 5 Homo
sapiens .

5 HPE-A 174 C. A,serina /treonina -proteína 350 1e-50 36.42%

fosfatasa 5,hsp90 Homo
sapiens.

● Las puntuaciones de alineaciones varían de 80 a 200 .

4.2 EN EL PROTPARAM SE OBTUVO :

NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 413 Aa

PESO MOLECULAR 47618,97Da / 46,61 KDa bajo peso

molecular

PI TEÓRICO 5.65 es de naturaleza ácida y carga

negativa

AMINOÁCIDO CON MENOR Y El aminoácido más abundante es

MAYOR PORCENTAJE Leucina con 10.9% y la menos
abundante es cisteína Cys con 1.9%.

RESIDUOS CARGADOS ● Positivamente: Ácido

POSITIVAMENTE Y (Aspartico +Glutámico ):55
NEGATIVAMENTE
● Negativamente:(Arg+Lys) :44

30 horas en reticulocitos de
mamíferos , in vitro

- 20 horas en levadura , in vivo

VIDA MEDIA ESTIMADA - 10 horas en E.coli , in vivo
Lo que más se asemeja a nuestro
organismo es en levadura

ÍNDICE DE INESTABILIDAD Proteína estable .

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4.2.1 CLASIFICACIÓN DE GRUPOS DE AMINOÁCIDOS:

R grupos R grupos No R grupos R grupos R grupos

polares sin Polares , cargados cargados Aromáticos
carga alifáticos . positivos Negativo

Serina Glicina Lisina Aspartato Fenilalanina

Treonina Alanina Arginina Glutamato Tirosina
Cisteina Prolina Histidina Triptofano
Asparagina Valina
Glutamina Leucina
Isoleucina
Metionina

4.2.2CLASIFICACIÓN DE TIPOS DE AMINOÁCIDOS.

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4.2.4 PORCENTAJE DE AMINOÁCIDOS.

- Según este gráfico de barras el aminoácido más abundante es Leucina

9ñppppppñññcon un porcentaje de 13.4% y el menos abundante es cisteina con 1,9%

4.3.EN PRABI:

Se obtuvo una combinación de información evolutiva de redes neuronales para predecir las
estructuras secundarias de proteínas ; con una longitud de secuencia de 413 se muestra que
las alfa hélice con 104 que es porcentaje de 25,18% con un cadena extendida igual a 68 que
es 16,6% y bobina aleatoria de 241 que es 58,35% llegando a decir que las regiones superan
el umbral y se forman estructuras secundarias .

4.3.1 Archivos de resultados con predicción de perfil Heidelberg :PHD

Porcentaje de estructura secundaria

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SecTor: H E L

%previsto 25,2 16,5 58,4

● Todo alfa:%. H>45. y % E<5

● Todo beta :% H <5 y. % E> 45
● Alfa Beta:% H>30. y% E<20 mixto

la predicción de redes neuronales en PHD resultó ser de clase mixta.

VI DISCUSIÓN

● En el presente trabajo práctico se ha realizado el análisis bioinformático de la proteína PP7 de

Arabidopsis thaliana involucrada en la regulación positiva de la señalización de luz medida por
el criptocromo. La búsqueda y el análisis de la estructura primaria, secundaria y la homología
de la proteína con respecto a la búsqueda de la proteína PP 7 utilizamos el NCBI para extraer
el código de adhesión, con respecto al análisis de la estructura primaria utilizamos el programa
ProtParam en el cual se analizan los parámetros físicos y químicos de la proteína el cual dio
como resultado la presencia de 413 Aa aminoácidos, el bajo peso molecular de 47618,97 Da /
46,61 KDa, el P. Isoeléctrico de 5.65 de naturaleza ácida y carga negativa, el aminoácido más
abundante es la Leucina con un porcentaje de 10.9 % y la menos abundante es Cisteína con
porcentaje de 1.9 %, residuos cargados positiva y negativamente positivamente: Ácido
(Aspartico +Glutámico ) y cargados negativamente (Arg+Lys) :44 y vida media estimada de
20 horas en levaduras el cual se asemeja más al tiempo de vida media en las plantas.
● Para predecir la estructura secundaria de la proteína se utilizó el programa PRABI el cual dio
como resultado la longitud de secuencia es de 413,también muestra que las alfa hélice con
104 que es porcentaje de 25,18% con un cadena extendida igual a 68 que es 16,6% y bobina
aleatoria de 241 que es 58,35% llegando a decir que las regiones superan el umbral y se
forman estructuras secundarias .

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● Para el análisis de la homología se utilizó Blast en el cual podemos observar el análisis de la

homología el cual dio como resultado la presencia de 413 aminoácidos, dominios conservados
de familia MPP-PP 7 y PP7, longitud de secuencias encontradas de 479 no obstante su P.
identidad está en el porcentaje de 37.01 % mencionando que P.identidad normal es por encima
del 50% cuando debería llegar al 100% Eso se debe principalmente a diferencias en la
porción C-terminal de la secuencia de aminoácidos.
● Según Alexandra V. Andreeva (1997) La secuencia de aminoácidos de PP7 está relacionada
sólo de forma lejana con las subfamilias reconocidas de PPP y muestra (dentro del núcleo
catalítico conservado) una identidad del 27-29% con las enzimas de los grupos PP1, PP2A y
PP2B. Se encuentra una identidad ligeramente mayor con rdgC y PP5 (32%). Este grado de
identidad de secuencia es menor que el encontrado dentro y entre diferentes grupos fosfatasa
PPP conocidos. Por lo tanto, PP7 no se puede clasificar en ninguna de las cuatro subfamilias
principales de PPP y parece representar una nueva rama evolutiva de la proteína eucariota
fosfatasas Ser / Thr. Según esto está más relacionado con los eucariotas, Saccharomyces
cerevisiae, y Homo sapiens, comparándolo con nuestro “BLAST”, nos salió alrededor del
35%, incluyendo Homo Sapiens.
● Según Malu et al (2015). nos hace mención al análisis de la proteína SAG 29 y nos dice que
al realizar la predicción les dio como resultado de que la proteína SAG 29 posee 292
aminoácidos con un peso molecular de 32.9 kDa. Así mismo, SAG 29 tiene un punto
isoeléctrico de 8.20 y una proporción de 20 aminoácidos ácidos versus 22 aminoácidos
básicos. Empleando la herramienta BLAST se encontró que la proteína en estudio presenta
porcentajes de similitud del 94% con la proteína nodulina de Arabidopsis lyrata
(XP_002873602.1) y 91% con el transportador de azúcares SWEET 15 de Camelina sativa
(XP_010453373.1). Además se logró determinar la posición de dos regiones conservadas
comprendidas entre los aminoácidos 12-99 (E-value: 3.36e-25) y 134- 218 (E-value: 6.34e-27)
correspondientes al dominio MtN3_slv (Pfam: 03083). Posteriormente se realizó la predicción
de estructuras secundarias, encontrándose que la proteína SAG 29 poseen 38.7% de hélices α,
31.5% de láminas β, y 29.8% de loop internos. Dichos resultados muestran congruencia con la
mayoría de nuestros resultados obtenidos.

V CONCLUSIÓN

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● Durante esta investigación para la realización del presente informe sobre la proteína
PP7 de Arabidopsis thaliana utilizando “ExPASy ProtParam”, obteniendo peso
molecular, pI teórico, composición de aminoácidos, composición atómica, coeficiente
de extinción, vida media estimada, índice de inestabilidad y redes neuronales en PHD
así como también la estructura primaria con tendencia a formación secundaria y su
homología con otras proteínas concluyendo Así que el aminoácido más abundante es
leucina y el de menor abundancia cisteína .

● En Prabi se concluye que según los resultados la clase predicha es de tipo clase
mixta como también lo aminoácidos de alfa hélice ,puente beta en cadena extendida y
bobina aleatoria; estas regiones superan el umbral con una tendencia a formar
estructuras secundarias.

● En protparam concluimos que nuestra proteína PP7 es estable con una tendencia de
indice en 38.09 y alifático con bajo peso molecular y ácida con carga negativa .

Bibliografía:

1. Wilkins, M. R., Gasteiger, E., Bairoch, A., Sanchez, J. C., Williams, K. L., Appel, R.
D., & Hochstrasser, D. F. (1999). Protein identification and analysis tools in the
ExPASy server. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 112, 531–552.
https://doi.org/10.1385/1-59259-584-7:531
2. Andreeva, A., Evans, D., Hawes, C., Bennett, N., & Kutuzov, M. (1998). PP7, a plant
phosphatase representing a novel evolutionary branch of eukaryotic protein Ser/Thr
phosphatases. IUBMB Life, 44(4), 703–715. doi:10.1080/15216549800201752
3. Rost, B., & Sander, C. (1994). Combining evolutionary information and neural
networks to predict protein secondary structure. Proteins: Structure, Function, and
Genetics, 19(1), 55–72. doi:10.1002/prot.340190108

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4. Kutuzov, M. A., Evans, D. E., & Andreeva, A. V. (1998). Expression and

characterization of PP7, a novel plant protein Ser/Thr phosphatase distantly related to
RdgC/PPEF and PP5. FEBS Letters, 440(1-2), 147–152.
5. J. Capel y F. Lisboa (2016) Aplicaciones a la Bioinformática, Editorial universidad de
Almería .
6. E.Clough y T.Barret ,(2016) NCBI GEO (The Gene Expression omnibus Database) :
https:/www.ncbi.nlm.nih.gov
7. Chavez M, Carrasco M, La Rosa R y Sandoval G. (2015). “Análisis bioinformático de
la proteína SAG29 de Arabidopsis thaliana involucrada en la respuesta al estrés
salino”. :
https:/https://www.researchgate.net/publication/305324158_Analisis_bioinformatico_
de_la_proteina_SAG29_de_Arabidopsis_thaliana_involucrada_en_la_respuesta_al_es
tres_salino/fulltext/5788864e08ae95560407c4d1/Analisis-bioinformatico-de-la-
proteina-SAG29-de-Arabidopsis-thaliana-involucrada-en-la-respuesta-al-estres-
salino.pdf
8. Ahmad, M. y Cashmore, AR (1993). El gen HY4 de A. thaliana codifica una proteína
con características de fotorreceptor de luz azul. Nature 366 , 162-166. [ PubMed ] [
Google Académico ].

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