Bioquimica 9 Temas
Bioquimica 9 Temas
Bioquimica 9 Temas
Proceso rreversible
0ºk y 1 atm
Estado de Equilibrio o espontáneo o
favorable
25º C, 1atm
Entropía
Entropía y liberación de energía
La difusión como un proceso
impulsado por la entropía
La entropía en un sistema aislado tenderá a aumentar hacia un valor
máximo
Ejemplos de estados de entropía baja
y de entropía elevada
ENERGÍA LIBRE DE GIBBS (G) Aplicado
a sistemas biológicos
Reglas de la energía libre
Interrelación de la entalpía y la entropía en
la transición de hielo a agua
Contribución de la entalpía y la
entropía
Contribución de la entalpía y la
entropía
Contribución de la entalpía y la
entropía
Efecto de la temperatura sobre la variación
de la energía libre para un proceso o
reacción
Potencial Químico de una sustancia
Equilibrio a través de una membrana
Hidratos de Carbono
Hidratos de Carbono y Sacáridos
• Fórmula Hidratos de Carbono • Sacáridos pueden tener grupo
(𝐶𝐻2 𝑂) n amino, sulfato y fosfato.
• Azúcar sinónimo de
monosacárido no derivado.
• Sacarosa: Disacárido formado
por glucosa y fructosa.
• Glucanos: Oligosacáridos y
polisacáridos
Glucosa (Monosacárido)
Maltosa
Amilosa
Ciclo energético de la Vida
Funciones de los Polisacáridos
Monosacáridos
• (𝐶𝐻2 𝑂) n. n= 1
Monosacáridos
• (𝐶𝐻2 𝑂) n. n= 3 Triosas.
Aldosas y Cetosas La numeración de los Carbonos se
inicia en todas las aldosas por el
aldehído y en las cetosas por el
carbono terminal más próximo al
grupo cetona
GLUCOLISIS
Material elaborado por: J. Monza, P. Díaz y S. Signorelli.
La glucólisis es una vía que permite obtener ATP a las células
La glucólisis (o glicólisis) es una vía catabólica a través de la cual tanto las células de los animales como
vegetales, hongos y bacterias oxidan diferentes moléculas de glúcidos y obtienen energía. El hecho de
que esta vía ocurra en organismos muy diversos, indica que es una vía metabólica conservada, es decir
presente en organismos filogenéticamente distantes.
• Para su estudio, describiremos 9 reacciones enzimáticas que ocurren en el citoplasma y
permiten la transformación de una molécula de glucosa a dos moléculas de piruvato (figura 1).
La degradación hasta priuvato es parte del proceso catabólico o degradativo de los glúcidos,
porque estas moléculas pueden seguir oxidándose y continuar entregando energía a la célula.
Figura 1. Esquema de la Glucólisis. Se representan los principales intermediarios, su número de carbonos (C) y las
fases de consumo y producción de ATP (primera y segunda fase respectivamente). Modificado de vi.cl
9
GLUCOLISIS
Figura 2. Esquema general con la secuencia de reacciones que incluye la glucólisis. GA3P, gliceraldehído 3-P;
D3P, dihidroxicetona 3-P. Se numeran las reacciones tal cual están descriptas en el texto.
La fase de gasto de energía va desde una hexosa no fosforilada hasta el GA3P y D3P
Reacción 1
La glucosa, se fosforila y rinde glucosa 6P (G6P), una molécula con mayor energía. La enzima
responsable de la reacción, una quinasa (hexoquinasa) consume una molécula de ATP y libera ADP. La
misma hexoquinasa fosforila otras hexosas como fructuosa, galactosa y manosa.
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GLUCOLISIS
Reacción 2
La G6P se isomerisa a fructosa-6-fosfato (F6P) por acción de una isomerasa, que facilita la isomerización
de estas hexosas en los dos sentidos: de F6P a G6P o de F6P a G6P, la reacción es reversible.
G6P ↔ F6P
Reacción 3
Consiste en la fosforilación de la F6P en el C1, que rinde fructosa 1,6-bifosfato (F1-6P). En esta reacción,
catalizada por otra quinasa, la fosfofructoquinasa (FFQ), se consume ATP. Esta enzima merece especial
atención porque, como se mencionará más adelante, participa en la regulación de la glucólisis.
Reacción 4
En esta reacción la F1-6P se rompe en 2 moléculas de 3 carbonos (triosas): la dihidroxiacetona 3-fosfato
(D3P) y gliceraldehído 3-fosfato (GA3P) mediante una reacción reversible catalizada por una liasa
(aldolasa).
Reacción 5
El GA3P sigue los pasos de la glucólisis, la otra triosa generada, D3P, por isomerización produce otra
molécula de GA3P. La reacción es reversible, y está catalizada por una isomerasa.
Éste es el último paso de la Fase con gasto de energía en la que se consumieron 2 ATP.
• Así, en el cuarto paso se genera una molécula de GA3P, y en el quinto paso se genera la
segunda molécula de éste. De aquí en adelante, las reacciones ocurrirán dos veces, debido a
que se generan dos moléculas de GA3P por hexosa.
• Hasta el momento solo se han consumido 2ATP, sin embargo, en la segunda etapa, el GA3P se
transforma en una molécula de alta energía, a partir de la cual se obtendrá el beneficio final de 4
moléculas de ATP.
11
GLUCOLISIS
Reacción 6
Consiste en la oxidación del GA3P e incorporación de un fosfato a la molécula, de manera que se genera
un compuesto con mayor energía. En este paso, que en realidad implica dos reacciones, actúa una
deshidrogenasa que utiliza NAD+ y se genera NADH.H. Se verá al finalizar la descripción de la vía, cómo
y por qué es necesario reoxidar este cofactor.
Reacción 7
En este paso el grupo fosfato del 1,3-bifosfoglicerato se transfiere a una molécula de ADP, por una
quinasa, generando así la primera molécula de ATP de la vía. Esta manera de obtener ATP, en la que no
participa la cadena respiratoria, se denomina fosforilación a nivel de sustrato.
Reacción 8
Consideramos aquí a dos reacciones sucesivas, de las cuales una, la isomerización del 3-fosfoglicerato a
2-fosfoglicerato, no aparece representada en la figura 2 y la otra corresponde a la transformación del 2-
fosfoglicerato en fosfoenolpiruvato (PEP), por acción de la enolasa.
Reacción 9
En la última reacción, irreversible, se desfosforila el PEP y se obtiene piruvato y ATP. La transferencia
del grupo fosfato del PEP al ADP la cataliza una quinasa (piruvato quinasa). Es la segunda fosforilación a
nivel de sustrato: se fosforila el ADP a ATP independientemente de la cadena respiratoria.
12
GLUCOLISIS
13
GLUCOLISIS
Figura 3. A. Reoxidación del NADH.H glucolítico por Fermentación. El NADH.H se reoxida a NAD mientras el
piruvato se reduce a lactato. Este proceso, la fermentación láctica, es una forma de reoxidar el NADH.H generado
en la glucólisis. B. Reoxidación del NADH.H glucolítico por la Lanzadera del glicerol 3-P. El poder reductor del
NADH.H es transferido a la mitocondria por el glicreol 3-P, y desde éste a la cadena respiratoria a través del FAD,
lo que permite la producción de 2 ATP.
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GLUCOLISIS
Figura 4. Resumen de la regulación de la glucólisis a través de la modulación por ATP/ADP sobre dos
enzimas claves: la fosfoructoquinasa 1 (FFQ o PPK1) y la piruvato carboxilasa. El ATP modula
negativamente sobre la FFQ, haciendo que disminuya el flujo de moléculas a través de la glucólisis,
15
GLUCOLISIS
mientras activa la piruvato carboxilasa que permite la formación de PEP. El ADP y AMP (este último no
representado en el esquema) modulan negativamente sobre la piruvato carboxilasa y positivamente sobre
la FFQ, aumentando el flujo a través de la glicólisis, y por lo tanto la síntesis de ATP.
• La piruvato carboxilasa, también una enzima alostérica, se inhibe por ADP-AMP favoreciendo así
que el piruvato, en las células aerobias, se metabolice a través del ciclo de Krebs con la
consecuente formación de ATP. Cuando la cantidad de ATP es alta, la enzima se activa y
permite la síntesis de PEP (figura 4).
• La síntesis de PEP a partir de piruvato saltea una reacción irreversible de la glucólisis, y es el
inicio de una vía anabólica, la glucogénesis.
• De esta forma, el estado energético de la célula, más ATP o más ADP-AMP, es el principal
mecanismo de regulación de la glucólisis.
En células del hígado la hexoquinasa (figura 2 y reacción 1), es el primer punto de control, dado que
esta enzima alostérica se inhibe por altas concentraciones de G6P, y es independe de la
concentración de ATP (figura 2, reacción 1).
La glucogénesis corresponde a la vía anabólica que permite la síntesis de glucosa a partir de moléculas
no glucídicas como el lactato, piruvato, glicerol, así como algunos aminoácidos e intermediarios del ciclo
de Krebs. Esta vía ocurre en algunos órganos como el hígado y el riñón.
Bibliografía consultada
Mathews van Holde. Bioquímica, Editorial Mc Graw Hill – Interamericana 1999.
Nelson y Cox, Lenhinger principios de bioquímica. Editorial Omega. Ediciones varias.
http://iescarin.educa.aragon.es
Links de videos
http://www.youtube.com/watch?v=mmACA_eVLTE&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=x-stLxqPt6E&NR=1
http://www.youtube.com/watch?v=YoM4y1PGBrM
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VÍA DE LAS PENTOSAS FOSFATO
Ruta de degradación con función de biosíntesis: proporciona NADPH y ribosa-5-fosfato para reacciones
de biosíntesis, pero también puede degradar glucosa, o pentosas de los nucleótidos procedentes de la hidrólisis
de los ácidos nucleicos de la dieta, hasta CO2 y agua. Tiene dos fases:
La fase oxidativa genera por cada molécula de glucosa; 2 moléculas de NADPH, 1molécula de
ribulosa-5-fosfato y una molécula de CO2. Consta de tres reacciones:
1
Reacción 3. Descarboxilación oxidativa a ribulosa-5-fosfato (6-fosfogluconato deshidrogenasa).
La oxidación del grupo hidroxilo origina un β-cetoácido que se descarboxila con facilidad
La fase no oxidativa convierte 3 azúcares fosfato de 5 carbonos en 2 azúcares fosfato de 6 carbonos y 1 azúcar
fosfato de 3 carbonos
Isomerización y epimerización de la ribulosa 5-fosfato
2
Diagrama esquemático simplificado que muestra la
ruta de seis pentosas (5C) a cinco hexosas (6C).
Balance global
3 glucosa 6-P + 6 NADP+ + 3 H2O → 2 fructosa 6-P + gliceraldehído 3-P + 6 NADPH + 6 H+ + 3 CO2
Esquema de las reacciones no oxidativas de la ruta de las pentosas fosfato. Estas reacciones convierten
pentosas fosfato de nuevo en hexosas fosfato, permitiendo que continúen las reacciones de oxidación.
Los enzimas transaldolasa y transcetolasa son específicos de esta ruta; los otros enzimas también
actúan en las rutas glucolítica o gluconeogénica. Cada reacción es reversible; las flechas
unidireccionales sólo se utilizan para clarificar la dirección durante la oxidación constante de la
glucosa 6-P.
3
La rotura de un enlace carbono-carbono deja a
menudo un par de electrones libre o carbanión en uno
de los productos y la fuerte tendencia del carbanión a
formar un nuevo enlace da lugar generalmente a un
intermedio inestable. El anillo de tiazolio de la TPP
estabiliza el intermedio carbanión al proporcionar una
estructura electrofílica (deficiente en electrones) en la
que los electrones del carbanión pueden deslocalizarse
por resonancia. A las estructuras con estas
propiedades se las llama frecuentemente “sumideros
de electrones”
4
El centro activo de la aldolasa (clase I), esta formado
por un residuo de lisina para formar una base de
Schiff con el carbono carbonilo, un residuo de cisteina
que acepta un protón del grupo hidroxilo en el C4, que
lo devuelve a un residuo de histidina tras la ruptura
entre C3 y C4
Mecanismo de reacción
5
LÍPIDOS
01 02
HIDRÓFOBOS ALMACENAMIENTO DE
ENERGÍA
03 04
SEÑALIZACIÓN Y FORMACIÓN
NO SON
DE ESTRUCTURAS DE LA
MEMBRANA HIDROSOLUBLES
05 06
ASOCIACIÓN MEDIANTE NATURALEZA
FUERZAS COVALENTES ANFIPÁTICA
S
TO
07 08
Cabeza Hidrófila Cola
polar hidrocarbonada
DA
hidrófoba apolar
ÁCIDOS
GRASOS
un grupo carboxilato hidrófilo unido a
un extremo de una cadena
hidrocarbonada (a menudo larga).
Saturados ácido esteárico
Se usa para formar cremas,
Todos los carbonos desodorantes y lociones
de la cola tienen
enlaces simples
Tipos de
ácidos
grasos
INSATURADOS ácido oléico
Algunos carbonos tienen Se encuentra en el aceite de
1 o más enlaces simples oliva, canola
Trigliceroles: grasas
Las cadenas hidrocarbonadas largas
de los ácidos grasos sirven para el
almacenamiento de energía, ya que
contienen carbono en
una forma totalmente reducida.
Las grasas con abundantes ácidos
grasos insaturados (como el aceite de
oliva) son líquidas a temperatura
ambiente, mientras que las que tienen
un contenido más elevado de ácidos
grasos saturados (como la
mantequilla) son más sólidas.
Esterificación con Glicerol
Jabones y detergentes
SDS
Las sales de dodecil sulfato con los
cationes divalentes (p. ej., Ca2+ y Mg2+)
son más solubles. El SDS se utiliza mucho
para formar micelas alrededor de las
proteínas en la electroforesis en gel.
Triton x-100
Detergente sintético no iónico
CERAS
Glicerofosfolípidos
Componentes
Esfingolípidos y
lpídicos de Glucoesfingolípidos
las
membranas Glucoglicerolípidos
biológicas
Colesterol
OXIDACIÓN DE LOS
ÁCIDOS GRASOS
DISARÁCIROS Y POLISACÁRIDOS
DE
ESTRUCTURA Y DE RESERVA
Donde se encuentran
El almidón se encuentra en
abundancia en las semillas de
los cereales, tubérculos y las
frutas no maduras.
La amilosa, la amilopectina y el
glucógeno son polímeros de α-D-
glucopiranosa.
AMILOSA
AMILOSA
la cadena lineal de amilosa con su único
extremo no reductor, para el almacenamiento
de la glucosa a largo plazo
AMILOPECTINA
La estructura ramificada de la
amilopectina posee muchos
extremos no reductores que
pueden engancharse
simultáneamente, lo cual
permite la rápida movilización
de la glucosa cuando sea
necesaria.
Amilopectina
Las proteínas son las macromoléculas biológicas más importantes. Hay gran variedad de proteínas y
cumplen gran variedad de funciones en los organismos. Expresan la información genética en los
seres vivos: componen las estructuras celulares y hacen posible las reacciones químicas del
metabolismo celular. En la mayoría de los seres vivos (a excepción de las plantas que tienen más
celulosa) representan más de un 50% de su peso en seco. Una bacteria puede tener cerca de 1000
proteínas diferentes, en una célula humana puede haber 10.000 clases de proteínas distintas.
Químicamente son polímeros de aminoácidos, unidos por enlaces covalentes (enlaces peptídicos) y
dispuestos de forma lineal. Las células producen proteínas con propiedades muy diferentes a partir
de 20 aminoácidos.
Aminoácidos
Los aminoácidos son moléculas orgánicas pequeñas que contienen un grupo carboxilo (COOH) y
un grupo amino (NH ). El grupo carboxilo es ácido débil, mientras que el grupo amino es básico
2
débil.
Todas las proteínas se construyen a partir de 20 aminoácidos, aunque se conocen muchos más
aminoácidos, que no forman parte de las proteínas. Algunas proteínas contienen otras moléculas que
no pertenecen a ese conjunto de 20 aminoácidos, y que en muchas ocasiones son aminoácidos
modificados durante la formación de la proteína.
Aminoácidos α : son los únicos que forman proteínas en cualquier organismo. Algunos péptidos
elaborados por microorganismos contienen otra clase de aminoácidos (aminoácidos D). Los
organismos heterótrofos pueden sintetizar la mayoría de los aminoácidos, aquellos que no pueden
sintetizarse se denominan aminoácidos esenciales, y deben ser incorporados con la dieta (en el ser
humano son 10).
Estructura de un α-aminoácido
Los aminoácidos se pueden clasificar por su cadena R. Se han definido 5 grupos principales:
Apolares (alifáticos): el grupo R es apolar e hidrófobo. En las proteínas, permanecen en el
interior. La glicina es el aminoácido más simple de este grupo.
Aromáticos: son relativamente apolares (hidrófobos). Su cadena R es aromática (grupo fenilo).
Polares: son hidrófilos (solubles en agua).
Básicos: algunos tienen una carga positiva neta y otros (los más reactivos) pueden tener carga
positiva o negativa.
Ácidos: hay 2 aminoácidos en este grupo, con carga negativa neta.
En las células, los aminoácidos se suelen presentar ionizados. En disolución, un aminoácido puede
actuar como ácido o base:
Enlace peptídico
Se llama enlace peptídico a la unión de dos aminoácidos mediante la pérdida de una molécula de
agua entre el grupo amino de un aminoácido y el grupo carboxilo del otro. El resultado es un enlace
covalente CO-NH. El enlace peptídico sólo permite formar estructuras lineales, sin ramificaciones,
que se denominan péptidos; estas estructuras son muy estables, pues los enlaces peptídicos son
covalentes. Todos los péptidos tienen un grupo amino en un extremo y un grupo carboxilo en el
otro.
En condiciones fisiológicas estándar, el equilibrio está desplazado hacia los aminoácidos. Para
favorecer la reacción, el grupo carboxilo debe ser modificado (activado) para que el grupo hidroxilo
pueda ser eliminado más fácilmente.
La estructura de los péptidos se compone de un gran número de enlaces covalentes, que permiten la
rotación de cada una de sus partes.
Se llama conformación a cada una de las disposiciones tridimensionales que pueden adoptar los
átomos de un péptido conservando todos sus enlaces covalentes. De todas las posibles, sólo se dan
unas pocas en condiciones fisiológicas. Una conformación se puede estabilizar por las interacciones
entre los grupos que las forman, como puentes de hidrógeno y enlaces disulfuro y con el solvente
(agua).
El enlace peptídico impone restricciones a las posibles conformaciones, ya que no es posible el giro
alrededor del enlace C-N, por lo que tiene un comportamiento similar al de un doble enlace. Todos
los átomos unidos al carbono y el nitrógeno del enlace peptídico están en el mismo plano y
mantienen unas distancias y ángulos característicos.
Enlace peptídico en 3D
Estructura primaria
Los enlaces peptídicos forman el esqueleto de la proteína, del que emergen las cadenas laterales de
los aminoácidos.
Estructura secundaria
El término “estructura secundaria” se refiere a la estructura que adopta espacialmente una parte del
polipéptido. Ocurre cuando los hidrógenos de la secuencia interactúan mediante puentes de
hidrógeno.
Puente de hidrógeno: se comparte un protón entre dos moléculas, formando un enlace débil.
Dos tipos de estructuras son particularmente estables y frecuentes en las proteínas: la hélice α y la
lámina β.
Hélice α: la cadena adopta una estructura helicoidal, que se mantiene mediante puentes de
hidrógeno, con los grupos R orientados hacia el exterior. Para formar esta estructura, el grupo
carboxilo de cada aminoácido (n) se une mediante un puente de hidrógeno al grupo amino de otro
aminoácido (n+4). Es una estructura estable porque da lugar a un máximo número de interacciones.
Hélice α
Conformación β: la cadena queda estirada y la estructura se dispone espacialmente en zigzag
formando láminas (hojas plegadas β). La disposición puede ser paralela o antiparalela. Puede darse
entre regiones próximas o distantes del polipéptido. Los grupos R sobresalen de la lámina en ambos
sentidos, de forma alterna. La conformación β se estabiliza mediante puentes de hidrógeno, como
en el caso anterior.
En las láminas β los giros se forman por la unión mediante un puente de hidrógeno del aminoácido
n y el n+3.
Al representar la estructura de una proteína, si se desea resaltar su estructura secundaria, las hélices
alfa se representan como cintas en espiral, las láminas beta como cintas en flecha y las regiones con
otro tipo de estructura como líneas finas (“random coil”).
Representación de la estructura secundaria de una proteína.
Estructura terciaria
Es la estructura plegada y completa de la cadena en 3D. Ocurre cuando ciertas atracciones están
presentes entre hélices alfa y hojas plegadas (conformación β).
Las regiones de la proteína con una estructura secundaria definida se llaman dominos. La estructura
terciaria define las interacciones entre los diferentes dominios que la forman.
Las proteínas mantienen su estructura y función dentro de la célula, pero un cambio en las
condiciones puede suponer la alteración de su estructura terciaria, llegando incluso a perder su
función.
Estructura cuaternaria
Sólo está presente en las proteínas que constan de más de una cadena de aminoácidos. La estructura
cuaternaria se refiere a las uniones entre las distintas cadenas polipeptídicas que forman la proteína,
dando lugar a una estructura tridimensional.
En la siguiente figura tenemos un resumen de los distintos niveles de la estructura de una proteína:
Bibliografía
http://depa.pquim.unam.mx/proteinas/estructura/Prottem.html
Harper's Illustrated Biochemistry ( Robert K. Murray y otros). ISBN 0-07-138901-6. 26ª edición.
http://www.biologia.edu.ar/macromoleculas/aminoaci.htm
http://www.biologia.edu.ar/macromoleculas/structup.htm
AMINO Á C I D O S
Y
PÉPT I D O S
1 Introducción a las proteínas