Copia de Guía de Prácticas Genética
Copia de Guía de Prácticas Genética
Copia de Guía de Prácticas Genética
CUSCO
FACULTAD DE CIENCIAS AGRARIAS
GUÍA DE PRÁCTICAS
GENÉTICA ANIMAL
2024
Práctica N° 1
Reconocimiento de páginas de interés en Genética
Propósito General de las Prácticas
Gracias a la tecnología del Internet y a páginas especializadas en genética podemos
tener acceso a toda la base de datos de los recursos genéticos, extraer información de los
mismos y a utilizar algunas de las herramientas bioinformáticas y de biología
computacional más comúnmente empleadas para el análisis de secuencias de ADN,
ARN y proteínas, desde el nivel de la estructura de la molécula hasta el análisis de datos
a nivel individual, poblacional, intra e interespecífico.
g) Poner título y autores del artículo donde se han publicado estas secuencias.
Guardar 3 secuencias aminoacídicas que le agraden, sólo guárdelas para usarlas
en Multalin
Práctica N° 4
UTILIZACIÓN DE ENSEMBL
Propósito de la práctica
No sólo existe NCBI como página de datos en temas de genética, ahora conoceremos a
ENSEMBL http://www.ensembl.org/index.html
El manejo es súper sencillo así que se realizará el presente trabajo guiado en Google
Meet.
2 217
4 182
5 4.514
Práctica N° 5
VISITA AL LABORATORIO DE GENÓMICA DE LA ESCUELA
PROFESIONAL DE MEDICINA VETERINARIA CANCHIS UNSAAC
Propósito de la práctica
Para poder realizar investigaciones, experimentación y enseñanza pedagógica adecuada
que estén relacionados con la biotecnología, es necesario llevarlos a cabo laboratorios
correspondientes a esta área. Los laboratorios deben reunir condiciones para el buen
funcionamiento, así como es necesario el tener un conocimiento de los equipos y
materiales con los que cuenta el laboratorio, saber su funcionamiento, y en caso de
materiales, cuales tienen algún riesgo para el personal que lo manipule.
Los materiales y equipos que se verán están separados por laboratorios, cada uno con
una función específica, estos son:
a) Laboratorio de extracción: Aquí enumeraremos cada equipo y material, ver
funciones.
b) Laboratorio de secuenciación: Aquí enumeraremos cada equipo y material, ver
funciones.
c) Laboratorio de bioinformática: Aquí enumeraremos cada equipo, ver funciones.
En esta práctica debe describirse cada equipo y materiales en imágenes.
Práctica N° 6
Extracción y cuantificación de ADN
6.1 Introducción
El ácido desoxiribonucleico (DNA) es la molécula que guarda el código genético de
todas las células. El DNA genómico total de la célula eucariota incluye tanto al ADN
nuclear (organizado en forma de cromosomas y contenido dentro de la membrana
nuclear), al ADN mitocondrial (localizado dentro de la mitocondria). Por su parte, en la
célula procariotas, el ADN se encuentra tanto en forma de cromosoma como en forma
de ADN extracromosomal (plasmídico). Aunque todas las células de todos los tejidos
del organismo tienen exactamente el mismo ADN, tanto la cantidad como la calidad de
su extracción varían considerablemente en función de las características bioquímicas y
fisiológicas de cada tejido, así como del tiempo y el método de preservación que se
hayan empleado.
6.1.1 Extracción y purificación de ADN
Si bien existen diversos protocolos para la preparación de las muestras y la extracción
de ADN, en todos ellos pueden distinguirse una serie de pasos generales,
fundamentados en las propiedades fisicoquímicas de la célula y de las biomoléculas que
la conforman. En general, un protocolo de extracción incluye la preservación de los
tejidos, la liberación de los ácidos nucleicos a partir de estos, su purificación o
aislamiento (tanto de otras biomoléculas como de otros tipos o variedades de ácido
nucleico) y la estabilización o protección final del ADN para su almacenamiento y
posterior análisis.
6.1.2 Evaluación de la cantidad y la calidad del ADN por electroforesis
La electroforesis es un método en el que se utiliza una corriente eléctrica controlada con
la finalidad de separar biomoléculas según su tamaño y carga eléctrica. Cuando una
mezcla de moléculas ionizadas y con carga neta es colocada en un campo eléctrico,
estas experimentan una fuerza de atracción hacia el polo que posea la carga opuesta; las
moléculas con carga neta positiva se desplazarán hacia el polo negativo y aquellas con
carga neta negativa lo harán hacia el polo positivo. El movimiento de las moléculas está
gobernado también por otras dos fuerzas; la fricción y la difusión. La velocidad de
migración electroforética depende de la densidad de carga de la molécula (relación
carga / peso), del voltaje aplicado y de la concentración (porosidad) de la matriz de gel.
El voltaje no se puede incrementar indiscriminadamente porque se genera un excesivo
calor, pero al aplicar bajo voltaje puede ocurrir una pobre separación por causa de la
difusión. Una vez que hayan completado la separación electroforética de los fragmentos
de DNA contenidos en sus muestras, podrán visualizarlos usando un marcador
específico para el ADN (p.e. bromuro de etidio, SyberGreenTM). Paralelamente,
determinarán su tamaño al contrastarlo con un marcador estándar que contiene
fragmentos lineares de longitud conocida (escalera de ADN). Una concentración alta de
ADN se refleja en un brillo intenso en el gel, mientras que las concentraciones muy
bajas no permiten evidenciar la presencia de este. Por su parte, el ADN de alta calidad
presenta tamaños moleculares relativamente grandes (>10,000 pares de bases), pero
diversos factores puede alterar su integridad, degradándolo en fragmentos cada vez más
pequeños.
6.2 Objetivo
Extraerán ADN a partir de diferentes tejidos de algún organismo de interés en
veterinaria (p.e. sangre, pelo, piel, heces, etc.).
● Extraerán ADN mediante la técnica de Fenol-Cloroformo.
● Evaluarán el ADN purificado mediante electroforesis en gel de agarosa.
● Cuantificarán el ADN purificado por fluorometría.
6.3.1. Materiales
▪ Guantes de nitrilo.
▪ Papel secante.
6.3.2 Instrumental
▪ Balanza analítica.
▪ Microcentrífuga.
▪ Vórtex.
▪ Campana de extracción.
▪ Fluorómetro.
▪ Gel de agarosa.
6.3.3 Reactivos
▪ Fenol:cloroformo:isoamílico (25:24:1)
▪ RNAsa [10mg/mL].
6.4. Desarrollo
Extracción de ADN
PRECAUCIÓN: El fenol y cloroformo son solventes orgánicos irritantes y
neurotóxicos, por lo que deberán de trabajar con ellos en la campana de extracción y
disponer en recipientes especiales todas las puntas y tubos que hayan sido impregnadas
con estos solventes.
1. Pesen aproximadamente 30 mg de tejido y transfiéranlo a un tubo estéril de
microcentrífuga. Manténganlo en hielo.
2. Adicionen 300 µl de amortiguador de lisis SNET, 3 µL de proteinasa K [10mg/m] y 2
µL de RNAsa [10mg/mL) .
3. Homogenicen con un pistilo estéril el tejido hasta disgregarlo, asegúrense de cerrar
perfectamente el tubo e incúbenlo a 55 °C durante 30-45 min con agitación.
4. Centrifuguen el tubo por 5 min a 11,000 x g.
5. Transfieran el sobrenadante a un tubo de microcentrífuga limpio y añadan un
volumen (≈0.3 mL) de fenol:cloroformo:alcohol isoamílico (25:24:1).
6. Agiten vigorosamente usando el vórtex a velocidad alta durante 15 s. 11.
Centrifuguen 5 min a 11,000 x g para separar la fase acuosa de la orgánica.
7. Transfieran el sobrenadante (fase acuosa) a un tubo de microcentrífuga limpio y
añadan un volumen (≈0.3 mL) de isopropanol.
8. Asegúrense que el tubo este perfectamente cerrado y mezclen por inversión unas 5
veces antes de incubarlos por 10 min a -70°.
9. Centrifuguen a 13,250 x g durante 15 min.
10. Eliminen el isopropanol por decantación teniendo precaución de no perder el
precipitado de ADN.
11. Agreguen 0.5 mL de etanol al 70% frío para lavar el precipitado y centrifuguen por
otros 5 min a 13,250 x g.
12. Descartar el etanol al 70% por decantación y colocar los tubos con la boca hacia
abajo sobre papel secante durante 15 min.
13. Dejen que el ADN se resuspenda en 30 μl de amortiguador TE 0.1X (T°A 6-12 h).
14. Almacenar a -20 °C.
Cuantificación de ADN
Se realizará mediante el equipo de fluorometría Qubit, el cual es un fluorómetro de gran
precisión para evaluar integridad del ADN.
Precaución:
Tener cuidado de trabajar en una campana de bioseguridad, ya que el marcador que usa
Qubit causa dolor de cabeza y es teratogénico. Descongelar la solución estándar,
dejándola 10 minutos a medio ambiente.
Preparación de las muestras
1. Mezclar la solución estándar (10 µl) con la solución buffer (190 µl) en tubos
eppendorf pequeños. Dar un vortex de 5 segundos.
2. Poner de 1 a 20 µl de ADN y la mezcla anterior en un volumen final de 200 µl.
3. Dejar reposar 2 minutos.
4. Realizar la lectura en el equipo Qubit (Figura 2).
Resumen (hasta 1 punto): No es indispensable, pero de incluirse, éste no debe ser extenso y
debe justificar la importancia del estudio, los aspectos más relevantes de la metodología y las
principales conclusiones. Para el caso de un reporte de práctica de laboratorio, se les
recomienda usar no más de 100 palabras. Un resumen debe presentarse en un solo párrafo,
deben evitarse las referencias y no debe contener un exceso de valores numéricos
correspondientes a los resultados. Podrán obtener hasta una décima de punto extra cuando el
resumen cumpla con los requisitos antes mencionados.
Objetivo (5 puntos): El objetivo debe definir que es lo que se pretende como producto del
estudio. Debe ser claramente redactado, medible y alcanzable. Se recomienda redactarlo con
un verbo en infinitivo que haga referencia a la búsqueda de un conocimiento (p.e. evaluar,
analizar, aplicar, estudiar, elaborar, etc.)
Materiales y Métodos (15 puntos): En esta sección se deben describir los materiales,
procedimientos o métodos experimentales usados en el estudio. No debe presentarse una lista
de materiales y reactivos. Los materiales y métodos empleados deben ser congruentes con el
objetivo planteado. Los métodos de laboratorio deberán detallarse con el objeto de que
puedan ser reproducidos. En caso de que los métodos sean relativamente comunes, pueden
sólo indicarse la(s) referencia(s) bibliográfica(s).
* Por ejemplo, al registrar la temperatura del agua en un estanque, las variaciones entre la
madrugada, medio día y noche generan un patrón de ascenso, estabilidad y descenso en los
registros. Es obvio que este resultado se debe al calentamiento natural por efecto de la luz
solar, pero el hacerlo notar no implica discusión alguna, sino una observación. Si la variación de
la temperatura es mayor a la que normalmente se presenta o si existe alguna evidencia de que
esta afectando de forma importante la tasa de eclosión, crecimiento o sobrevivencia, entonces
la discusión deberá enfocarse a demostrar dichos efectos.
Discusión (40 puntos): Los resultados obtenidos se compararán con los de otros estudios,
otros investigadores o, para el caso del reporte de laboratorio, con los de sus compañeros.
Deberán resaltarse las diferencias y/o las semejanzas, así como una posible explicación sobre
las mismas.
Citas y Bibliografía (5 puntos): Deberán incluir la lista de las referencias consultadas que
deberán citarse correctamente en el reporte. Las páginas de la Internet que hayan consultado
también deben de incluirse como parte de la bibliografía. Para ello deberán apegarse a alguno
de los formatos que se indican a continuación.
a) Cuando se trate a un autor, se deberá citar el apellido paterno y el año: (Fernández, 2007) ó
(Fernández 2007).
b) Cuando se trate de dos autores, se citarán los apellidos paternos de cada uno de éstos y el
año: (Fernández y Vilanova, 2002) ó (Fernández y Vilanova 2002).
c) Cuando se trate de tres o más autores se citará el apellido principal del primer autor seguido
de et al. y el año: (Ceballos et al., 2007) ó (Ceballos et al. 2007).
d) Cuando sean más de una, se colocarán en orden cronológico y separado por coma, o bien,
por punto y coma dependiendo del formato que se este siguiendo (Gómez, 1999; Farfán, 2001;
Ramírez, 2005) ó (Gómez 1999, Farfán 2001, Ramírez 2005).
e) Cuando el autor tiene varias publicaciones para un año, se deben añadir a éste una letra
minúscula (a, b, c, etc.): (Nuñez, 1984a; Nuñez, 1984b) ó (Nuñez 1984a, Nuñez 1984b).
a) Se colocará el apellido paterno seguido del año entre paréntesis: León (2007); Columbo
(2008) y Vásquez (2007); Ceballos et al. (2011) ó Ceballos y colaboradores (2011).
Literatura citada
a) Artículos en revistas:
CHANDRAMOHAN, B.C., Renieri, C., La Manna, V.L., La Terza, A. 2015. The Alpaca
Melanocortin 1 Receptor: Gene mutations, transcripts, and relative levels of expression in
ventral skin biopsies. The Scientific World Journal, Article ID 265751, 9 pages.
b) Libros:
CIOBANUD.C., Lonergan S. M., Huff-Lonergan E. J. 2011. Genetic of the pig. Edited by Max F.
Rothschild and Anatoly Rubinsky. CABI publishing group. UK.
c) Tesis:
BROWN, C.R. 1985. The costs and benefits of coloniality in the Cliff Swallow. Tesis de
Doctorado. Princeton University, Princeton, NJ.
e) Recursos de Internet:
2. Antes de empezar el trabajo en el laboratorio tienes que familiarizarte con los elementos de
seguridad disponibles.
3. Es necesario localizar las salidas principales y de emergencia por si se diese el caso de una
evacuación por fuego o por cualquier otro incidente, así como conocer la localización exacta de
extintores, duchas de seguridad y duchas de ojos.
6. Sí un producto químico te salpica los ojos, utiliza inmediatamente una ducha de ojos y lava
completamente el ojo afectado durante 15 minutos sin interrupción. Actúa siempre con
urgencia, en menos de 10 segundos. No dirijas una corriente de alta presión de agua de un
grifo directamente al ojo porque podrías lesionarlo. Informa al encargado del laboratorio de lo
que ha sucedido y si es necesario pide asistencia médica.
7. El uso de bata (preferentemente de algodón) es obligatorio, ya que por mucho cuidado que
se tenga al trabajar, las salpicaduras de productos químicos son inevitables.
9. No comer ni beber en el laboratorio, ya que hay la posibilidad de que los alimentos o bebidas
se hayan contaminado con productos químicos.
10. Los recipientes del laboratorio nunca deben utilizarse para el consumo y conservación de
alimentos y bebidas; tampoco las neveras u otras instalaciones destinadas al empleo en los
laboratorios.
11. Lavarse siempre las manos después de hacer cualquier análisis y antes de salir del
laboratorio.
15. Para pipetear los líquidos utilice siempre una bombilla pipeteadora, no absorber
directamente con la boca.
16. Cuando calienten tubos de ensayo háganlo siempre en la parte superior del líquido y con
agitación suave (nunca por el fondo), inclinando el tubo y dirigiendo la boca del mismo en una
dirección en la que no se encuentre ninguna persona.
17. No deben transportarse innecesariamente los reactivos de un sitio para otro del
laboratorio. Sí hubiese la necesidad, háganlo con precaución. Las botellas siempre deben
tomarse por el fondo (nunca por la boca) y trasportarse en una charola para evitar derrames.
18. El área de trabajo debe mantenerse, despejada, limpia y ordenada en todo momento. Los
libros, chamarras, bolsos y computadoras deberán colocarse en los estantes correspondientes.
19. La conducta en el laboratorio debe ser seria, sin bromas, sin correr, jugar, empujar, gritar,
etc.
22. No utilices material de cristal en mal estado ya que aumenta el riesgo de accidentes.
23. El material y los aparatos utilizados tienen que dejarse siempre limpios y en perfecto
estado de uso.
24. Todos los productos químicos tienen que ser manejados con mucho cuidado de acuerdo
con las especificaciones contenidas en las hojas de seguridad de cada una de las sustancias.
Esta información se encuentra a la vista en la etiqueta del rombo de seguridad que deberá
tener todo reactivo (Fig.1).
26. No inhales los vapores de productos químicos. Deberás trabajar en la campana extractora
cuando manipules productos tóxicos, irritantes, corrosivos o lacrimógenos.
Figura 1. Rombo de seguridad empleado para indicar el nivel de riesgo y peligrosidad de cada
reactivo, solución o mezcla empleada en el laboratorio.
Figura 2. Tabla de incompatibilidad de reactivos y mezclas químicas.
b) Medidas de Seguridad Generales en Caso de Accidente
Plan general de emergencia
∙ Dar aviso y activar la alarma.
∙ Ponerse a salvo.
Fuego en el laboratorio
∙ Evacuar el laboratorio, por pequeño que sea el fuego, por la salida principal o por la salida de
emergencia, sí la principal está bloqueada.
∙ Avisar a todos los compañeros de trabajo sin que se extienda el pánico y conservando siempre
la calma.
∙ Retirar los productos químicos inflamables que estén cerca del fuego. No utilices nunca agua
para extinguir un fuego provocado por la inflamación de un disolvente.
∙ Para fuegos grandes aislar el fuego, utilizar los extintores adecuados, sí el fuego no se puede
controlar rápidamente accionar la alarma de fuego, avisar al servicio de extinción de incendios
y evacuar el edificio.
Fuego en el cuerpo
Sí se te incendia la ropa, pide inmediatamente ayuda.
∙ Es tu responsabilidad ayudar a alguien que se está quemando, cúbrele con una manta
antifuego, condúcele hasta la ducha de seguridad, si está cerca, hazle rodar por el suelo, no
utilices nunca un extintor sobre una persona.
∙ Una vez apagado el fuego, mantén a la persona tendida, procurando que no coja frío y
proporciónale asistencia médica.
Quemaduras
∙ Las pequeñas quemaduras producidas por material caliente, baños, placas, etc., se tratarán
lavando la zona afectada con agua fría durante 10-15 minutos.
∙ Las cortadas se tienen que lavar bien, con abundante agua corriente, durante 10 minutos
como mínimo.
∙ Sí la cortada es pequeña y deja de sangrar en poco tiempo, lávala con agua y jabón y tápala
con una venda.
∙ Los productos químicos que se hayan vertido sobre la piel han de ser lavados inmediatamente
con agua corriente abundantemente, como mínimo durante 15 minutos.
∙ Cuando se produce una corrosión por álcalis, lave la zona afectada abundantemente con agua
corriente y aclárala con una disolución de ácido acético al 1%, seca y cubre la zona afectada con
una pomada de ácido tánico.
∙ Lava los dos ojos con agua corriente abundantemente durante 15 minutos como mínimo en
una ducha de ojos, y, si no hay, con un frasco de lavar los ojos.
∙ Es necesario mantener los ojos abiertos con la ayuda de los dedos para facilitar el lavado
debajo de los párpados.
∙ Es necesario recibir asistencia médica, por pequeña que parezca la lesión. Ingestión de
productos químicos ∙ Antes de cualquier actuación pide asistencia médica.