Aminocidos, Pptidos y Protenas

Estructura tridimensional de la mioglobina

Aminocidos

Definicin: son los unidades monomricas relativamente simples y de pequeo peso que constituyen las protenas. Son compuestos que contienen un grupo cido, carboxilo (-COOH) y un grupo bsico, amina (-NH2), unido al carbono alfa.

Todas las protenas son polmeros y los monmeros que se combinan para formarlas son los alfa aminocidos. Al carbono alfa de cada aminocido tambin estn unidos un tomo de hidrgeno y una cadena lateral (R). Los distintos alfa AA se diferencian por sus cadenas laterales.

El pKa de los grupos carboxilo y amino de los alfa AA es aproximadamente 2 y 10, respectivamente. Por consiguiente, en la proximidad del ph neutro (el margen de pH fisiolgico es prximo a la neutralidad), el grupo carboxilato habr perdido un protn (-COO-)y el grupo amino habr captado un protn (-NH3+), para dar la forma zwitterion. Cada AA puede comportarse como un cido o como una base. El trmino anftero se utiliza para describir esta propiedad. Las molculas neutras que llevan un nmero igual de cargas positivas y negativas de forma simultnea se denominan zwitteriones.

Estereoqumica de los Alfa AA

Debido a que los carbonos alfa de 19 de los 20 AA estn unidos a cuatro grupos diferentes se denominan carbonos asimtricos o quirales. La glicina o glicocola es una molcula simtrica ya que su carbono alfa est unido a dos hidrgenos. Las molculas con carbonos quirales pueden existir como estereoismeros, molculas que slo se diferencian en la disposicin espacial de sus tomos.

Los dos ismeros son imgenes especulares uno de otro. Molculas as, denominadas enantimeros, no pueden superponerse una sobre otra. Las propiedades fsicas de los enantimeros son idnticas, excepto que desvan la luz polarizada plana en direcciones opuestas. (En la luz polarizada plana, que se produce haciendo pasar la luz sin polarizar a travs de un filtro especial, las ondas luminosas slo vibran en un plano.) Las molculas que poseen esta propiedad se denominan ismeros pticos.

Un ismero desva el haz de luz en el sentido de las agujas del reloj y se denomina dextrgiro (se designa por +). El otro ismero, denominado levgiro (se designa por -), y desva el haz en la direccin opuesta hasta un grado igual. A los ismeros pticos se les suele denominar D o L.

Todos los AA incorporados por los organismos a las protenas son de la forma L. No est claro por qu debe ser as, ya que los AA L no presentan ninguna superioridad intrnseca obvia sobre sus ismeros D en lo que se refiere a la funcin biolgica.
Los AA D existen en la naturaleza, y algunos desempean funciones bioqumicas importantes.

Aminocidos

Clasificacin
Glicina (Gly) G Alanina (Ala) A Valina (Val) V Leucina (Leu) L Isoleucina (Ile) I

AA alifticos

AA cclico: Prolina (Pro) P - Es un iminocido.

AA aromticos

Fenilalanina (Phe) F Tirosina (Tyr) Y Triptfano (Trp) W Lisina (Lys) K Histidina (His) H Arginina (Arg) R

AA bsicos

Serina (Ser) S
AA con cadenas laterales contienen OH y S que

Cistena (Cys) C Treonina (Thr) T Metionina (Met) M

c. Asprtico (Asp) D Asparagina (Asn) N AA cidos y sus amidas c. Glutmico(Glu) E Glutamina (Gln) Q

Propiedades de las cadenas laterales de los AA.

AA con cadenas laterales alifticas. Poseen cadenas laterales alifticas, o alcanos.

A medida que el grupo R se extiende ms, se hace ms hidrfobo. Por ejemplo la Ile es ms hidrofbica que la Gly, y se encuentra normalmente en el interior de las molculas proteicas, donde estn escudados del agua.

Prolina Es un iminocido. Es difcil encajarla en alguna categora, comparte muchas propiedades con los AA alifticos.

A pesar de que se trata de un AA cclico, su cadena lateral tiene un carcter principalmente aliftico. Sin embargo, la rigidez del anillo, en comparacin con la flexibilidad de la mayora de las cadenas laterales de los AA, suele dificultar el plegado de los residuos de Pro en las estructuras proteicas. La prolina, difiere de los otros AA estndar en que su grupo amino es secundario, formado por un cierre en anillo entre el grupo R y el nitrgeno amino.

Aminocidos aromticos. Presentan cadenas laterales aromticas.

La Phe, junto con los AA alifticos valina, leucina e isoleucina, es uno de los AA ms hidrfobos. La tirosina y el triptfano (tiene un grupo indol) tambin presentan un carcter ligeramente hidrfobo, aunque atenuado por los grupos polares de sus cadenas laterales. La tirosina puede ionizarse a ph elevado. Los AA aromticos presentan una fuerte absorcin de luz en la regin del espectro ultravioleta cercano. Esta absorcin se usa con frecuencia para la deteccin analtica de las protenas.

AA con cadenas laterales que contienen hidroxilo o azufre.

En la metionina los electrones no enlazantes del tomo de azufre pueden formar enlaces con electrfilos como los iones metlicos. Aunque el grupo sulfhidrilo de la cistena es apolar, puede formar enlaces de hidrgeno dbiles con el oxgeno y el nitrgeno. Los grupos sulfhidrilo, que son muy reactivos, son componentes importantes de muchas enzimas. Estos AA, debido a que sus cadenas laterales son dbilmente polares, son en general ms hidrfilos que sus anlogos alifticos, a pesar de que la metionina es bastante hidrfoba. Puede destacarse la Cys en dos aspectos:

*La cadena lateral puede ionizarse a Ph elevado:

*Puede producirse una oxidacin entre pares de cadenas laterales de cistena para formar un enlace disulfuro.

El producto de esta oxidacin recibe el nombre de cistina . La cistina se forma siempre por oxidacin de dos cadenas laterales de cistena y no est codificada por el DNA. La presencia de estos enlaces disulfuro entre los residuos de cistena en las protenas suele desempear un papel estructural importante.

Aminocidos bsicos.

Llevan grupos bsicos en sus cadenas laterales. La histidina es el menos bsico de los tres, el anillo imidazol de su cadena lateral pierde su protn a un ph de aproximadamente 6. Cuando la histidina se incorpora a las protenas, el pKa se eleva hasta aproximadamente 7. Dado que la cadena lateral de la histidina puede intercambiar protones cerca del Ph fisiolgico, suele participar a menudo en la catlisis enzimtica que comporta la transferencia de protones.

La lisina (tiene un amino en posicin psilon) y la arginina (tiene grupo guanidnico) son AA ms bsicos y, como indican sus valores de pKa, sus cadenas laterales estn siempre cargadas positivamente en condiciones fisiolgicas.

Los AA bsicos son fuertemente polares y en consecuencia suelen hallarse normalmente en las superficies exteriores de las protenas, donde pueden hidratarse por el entorno acuoso que les rodea.

AA cidos y sus amidas. El cido asprtico y el cido glutmico son nicos AA que llevan cargas negativas a Ph 7.

Los valores de pKa de los AA cidos son tan bajos que incluso cuando los AA se incorporan a las protenas, la carga negativa de la cadena lateral se conserva en condiciones fisiolgicas. Por lo tanto, se suele denominar a estos residuos de AA aspartato y glutamato. La asparagina y la glutamina tienen cadenas laterales sin carga, aunque son claramente polares, tambin son claramente hidrfilos y tienden a encontrarse en la superficie de las molculas de protena, en contacto con el agua que las rodea.

Titulacin de los AA.

Debido a que los AA contienen grupos ionizables, la forma inica predominante de estas molculas en disolucin depende del Ph. La titulacin de un AA explica el efecto del ph sobre la estructura del AA. Considere la Alanina, que tiene dos grupos titulables. Durante la titulacin con una base fuerte como el NaOH, la alanina pierde dos protones de forma escalonada.

En una disolucin muy cida, la alanina se encuentra presente fundamentalmente en la forma sin carga en el grupo carboxilo. En estas circunstancias la carga neta de la molcula es +1, debido a que el grupo amonio est protonado. El descenso de la concentracin de H+ hace que el grupo carboxilo pierda su protn y se transforme en un grupo carboxilato con carga negativa. En este punto, la alanina no tiene carga neta y es elctricamente neutra. El punto al que se produce esto se denomina punto isoelctrico(pI). Debido a que no hay carga neta en el punto isoelctrico, a este pH los AA son menos solubles. (Los zwitteriones cristalizan con facilidad). Al continuar la titulacin, el grupo amonio pierde su protn, dejando el grupo amino sin carga. La molcula tiene entonces una carga neta negativa debida al grupo carboxilato.

Anflito : una molcula que contiene grupos con valores de pKa cidos y bsicos. Ej.: los aminocidos.

Zwitterion : es un anflito que se encuentra con igual nmero de cargas positivas y negativas.
A pH celular los AA se encuentra como zwitterion o forma de ion dipolar del AA.

AA polares
Aspartato Glutamato Arginina Asparagina Glutamina Histidina Lisina Serina Tirosina Treonina

AA apolares
Fenilalanina Triptfano Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina Prolina Metionina Cistena

Reacciones de los Aminocidos

Formacin del enlace peptdico.

Los polipptidos son polmeros lineales formados por AA unidos por enlaces peptdicos. Los enlaces peptdicos son enlaces amida que se forman cuando el par de electrones sin compartir del tomo de nitrgeno alfa-amino de un AA ataca al carbono alfa-carboxilo de otro en una reaccin de sustitucin nuclefila. Dado que esta reaccin es una deshidratacin los AA unidos se denominan residuos de AA.

Cuando dos molculas de AA se unen, el producto se llama dipptido. Un tripptido contiene 3 residuos de AA, un tetrapptido cuatro, y as sucesivamente. Por convenio, el residuo de AA con el grupo amino libre se denomina residuo N-terminal y se escribe a la izquierda. El grupo carboxilo libre en el residuo C-terminal aparece a la derecha.

Oxidacin de la cistena

El grupo sulfhidrilo de la cistena es muy reactivo. La reaccin ms comn de este grupo es una oxidacin reversible que forma un disulfuro. La oxidacin de dos molculas de cistena forma cistina, una molcula que contiene un enlace disulfuro. Cuando dos residuos de cistena forman un enlace as, ste se denomina puente disulfuro. Este enlace puede producirse en una nica cadena para formar un anillo o entre dos cadenas separadas para formar un puente intermolecular. Los puentes disulfuro ayudan a estabilizar muchos polipptidos protenas.

Aminocidos esenciales
Son los que han de proporcionarse en el alimento para garantizar un equilibrio nitrogenado y crecimiento adecuado. El organismo no los puede sintetizar. Son: Phe Ile Leu Lys Met Thr Trp Val Arg y His (son esenciales para los nios).

AA biolgicamente importantes que no se hallan en las protenas.

Nombre Beta alanina D-Alanina c. gamma aminobutrico c. D-glutmico L-Homoserina L-Ornitina Sarcosina L-Tiroxina Origen bioqumico, funcin. Vit. c. Pantotnico y en algunos pptidos naturales. En pptidos en algunas paredes cel. bacterianas. Cerebro, otros tej. animales; acta como neurotransmisor. En polipptidos en algunas paredes celulares bacterianas. Muchos tej.; un intermediario del metab. de los AA. Muchos tej.; un intermediario de la sntesis de arginina. Muchos tej.; un intermediario de la sint de los AA. G. tiroides; es la hormona tiroidea.

AA Modificados de las protenas

Varias protenas contienen derivados de AA que se forman tras la sntesis de la cadena polipeptdica.

Entre estos AA modificados se encuentra el c. Gamma carboxi glutmico , un residuo de AA que une el calcio que se encuentra en la protena de la coagulacin de la sangre protrombina.

La 4-hidroxiprolina y la 5hidroxiprolina son componentes estructurales importantes del colgeno, la protena ms abundante del tejido conjuntivo.

La fosforilacin de los AA que contienen hidroxilo, serina, treonina y tirosina suele utilizarse para regular la actividad de las protenas. Por ejemplo, la sntesis del glucgeno est significativamente restringida cuando la enzima glucgeno sintasa est fosforilada.

Pptidos y Enlace Peptdico.

Pptidos. Definicin: Son polmeros de AA, tienen pesos moleculares bajos, y constan de menos de 50 aminocidos. Los aminocidos pueden unirse de modo covalente por formacin de un enlace amida entre grupos alfa amino y alfa carboxilo. Este enlace se denomina enlace peptdico y los productos que se forman a partir de esta unin se llaman pptidos . Clasificacin: *Dipptido: combinacin de 2 AA. *Tripptido: Combinacin de 3 AA. *Tetrapptido: combinacin de 4 AA. *Oligopptidos: Polmeros que constan de 2 a 10 AA. *Polipptidos: Son los que tienen ms de 10 residuos.

Formacin del Enlace Peptdico

Enlace peptdico

La formacin del enlace peptdico no esta favorecida termodinmicamte en medio acuoso.

Enlace peptdico

El enlace peptdico es casi plano y esta favorecida la forma trans.

Trans

Cis

Enlace peptdico

Hay dos enlaces en torno a los cuales puede girar un plano amida respecto al contiguo: el enlace del C con el C carbonilo () el del C con el N ( ) .

Estructura del enlace peptdico

Es un enlace amida. Casi invariablemente los enlaces C=O y N-H son paralelo o casi paralelos, y no se produce un giro considerable alrededor del enlace C-N. Los tomos O, C, N y H son casi coplanares, porque el enlace peptdico tiene una parte importante de carcter de doble enlace. El enlace peptdico puede considerarse un hbrido de resonancia de dos formas.

Incluso cuando son coplanares, el grupo de tomos alrededor del enlace peptdico puede darse en dos configuraciones posibles, trans y cis. Suele estar favorecida la forma trans, dado que en la configuracin cis pueden interferir los grupos R voluminosos sobre los carbonos alfa adyacentes. La excepcin ms importante es el enlace en la secuencia X-Pro, donde X es cualquier otro AA. En este enlace en ocasiones se permite la configuracin cis, a pesar de que la configuracin trans an resulta favorecida en una proporcin de 4:1.

Estructura del enlace peptdico

Estabilidad y Formacin del enlace peptdico.

Los polipptidos son metaestables, slo se hidrolizan rpidamente cuando estn presentes catalizadores. La hidrlisis peptdica puede catalizarse de distintas maneras. Un mtodo general que fragmenta todos los enlaces peptdicos, consiste en calentar en un cido mineral fuerte. Se logra un catlisis ms especfica mediante enzimas proteolticas o proteasas. Algunas de stas son especficas con relacin a los enlaces que fragmentan. Una reaccin no enzimtica que rompe un enlace peptdico especfico utiliza el reactivo bromuro de ciangeno, el cual rompe especficamente el enlace peptdico en el lado del carboxilo de los residuos de metionina.

La inestabilidad termodinmica de los polipptidos plantea la cuestin de cmo pueden sintetizarse en el medio acuoso de la clula. Para eso se precisa el acoplamiento de la reaccin sinttica con la hidrlisis del ATP.

Todos los aminocidos deben activarse por una reaccin dirigida por el ATP antes de que puedan incorporarse a las protenas.

Los polipptidos como polianflitos

Adems del grupo amino libre en el N-terminal y el grupo carboxilo libre en el C-terminal, los polipptidos suelen contener algunos AA que tienen grupos ionizables en sus cadenas laterales. Estos distintos grupos poseen una amplia gama de valores de pKa, pero todos grupos dbilmente cidos o bsico. Los polipptidos son ejemplos excelentes de los polianflitos (molculas grandes con varios grupos cidos y bsicos). La solubilidad de muchas protenas es mnima en el punto isoelctrico (pH al que todas las formas de la molcula tiene carga 0), puesto que las molculas ya no se repelen unas a otras cuando su carga neta es igual a cero. Si el punto isoelctrico es bajo es porque predominan ms los grupos cidos y si es alto es porque predominan ms los grupos bsicos.

Electroforesis : Forma de separacin de sustancias cargadas cuando se le aplica una corriente elctrica. Ninguna molcula en su punto isoelctrico migra en una electroforesis. Salting out : es el hecho de precipitar las protenas por concentraciones salinas extremadamente altas. Salting in : es el efecto de disolver las protenas incrementando la concentracin salina.
Estos dos fenmenos se deben a que los polianflitos recogen sobre ellos una atmsfera contrainica , rica en pequeos iones con carga opuesta, y esta nube de iones tiende a apantallar las molculas unas de otras. O sea cuanto ms elevada la concentracin de pequeos iones, ms eficaz ser este apantallamiento electrosttico.

Pptidos de importancia biolgica

Glutatin ( gamma-glutamil-L-cisteinilglicina) contiene un enlace gamma amida poco habitual. El glutatin que se encuentra en casi todos los organismos participa en muchos procesos biolgicos importantes, entre los que se encuentran la sntesis de protenas y de DNA, el metabolismo de frmacos y toxinas ambientales, y el transporte de AA. Un grupo de las funciones del glutatin explota su efectividad como agente reductor. El glutatin protege a las clulas de los efectos destructores de la oxidacin por las reacciones con sustancias como los perxidos. Por ejemplo, en los eritrocitos, el perxido de hidrgeno oxida el hierro de la Hb a su forma frrica. La metahemoglobina, el producto de esta reaccin, es incapaz de unir O2. El glutatin protege frente a la formacin de metahemoglobina reduciendo el H2O2 en una reaccin catalizada por la enzima glutatin peroxidasa. En el producto oxidado GSSG, dos dipptidos estn unidos por un enlace disulfuro: 2 GSH + H2O2 GSSG + 2H2O

Oxitocina: producido en el hipotlamo, estimula la salida de la leche por las glndulas mamarias durante la lactancia e influye sobre el comportamiento sexual, maternal y social. La oxitocina que se produce en el tero estimula la contraccin del msculo uterino durante el parto. Vasopresina o (ADH) hormona antidiurtica , contiene 9 residuos de AA. Se sintetiza en el hipotlamo. Se libera en la hipfisis en respuesta a la disminucin de la presin sangunea o a una elevacin de la concentracin de Na+. Estimula la retencin de agua por los riones.

Son pptidos opiceos, que se encuentran predominantemente en las clulas del tejido nervioso. Son molculas que alivian el dolor y producen sensaciones placenteras: Met-Encefalina Leu-Encefalina

Factor Natriurtico Auricular (ANF) : es un pptido que produce clulas especializadas del corazn como respuesta al estiramiento y en el sistema nervioso, estimula la produccin de una orina diluida. El ANF ejerce su efecto, en parte, aumentando la eliminacin de Na+, un proceso que aumenta la eliminacin de agua, e inhibiendo la secrecin de renina por el rin.

Estimulan la percepcin del dolor: Sustancia P Bradiquinina Son estimuladores del apetito: Hormona estimulante de los alfa melanocitos Colecistoquinina Galanina Neuropptido Y

Protenas
Definicin: Son polipptidos de secuencia definida, con pesos moleculares mayores de 10000 dalton, estn compuestas por ms de 50 aminocidos. Constan de una o varias cadenas polipeptdicas. Cada protena tiene un orden definido de residuos de AA. Esta secuencia se denomina estructura primaria . Las protenas con mltiples cadenas son comunes. Por ejemplo, la Hemoglobina, tiene 4 cadenas polipeptdicas: dos de cada una de dos secuencias diferentes pero muy similares. Estas cadenas se mantienen juntas por fuerzas no covalentes.

Funciones de las protenas

Catlisis: Las enzimas son protenas que dirigen y aceleran miles de reacciones bioqumicas en procesos como la digestin, la captura de energa y la biosntesis. Estructura: Algunas protenas proporcionan proteccin y sostn por ejemplo el colgeno, la fibrona y la elastina. Movimiento: Las protenas participan en todos los movimientos celulares. Por ejemplo, la actina, la tubulina y otras protenas forman el citoesqueleto.

Defensa: Una extensa variedad de protenas son protectoras, como ejemplo estn la queratina y las protenas de la coagulacin de la sangre (fibringeno y trombina) as como las inmunoglobulinas o anticuerpos.

Regulacin: La unin de una molcula hormonal o un factor de crecimiento a receptores en sus clulas diana modifica la funcin celular. Entre los ejemplos de hormonas peptdicas se encuentra la insulina y el glucagn, la hormona del crecimiento, los factores de crecimiento (factor de crecimiento derivado de plaquetas y el factor de crecimiento epidrmico).

Transporte: Muchas protenas actan como molculas transportadoras de molculas o iones a travs de las membranas o entre las clulas. Ejemplos de protenas de membrana Na-K ATPasa y el transportador de glucosa. Otras protenas transportadoras hemoglobina, las lipoprotenas LDL y HDL, la transferrina y la ceruloplasmina. Almacenamiento: Determinadas protenas actan como reserva de nutrientes esenciales. Por ejemplo la ovoalbmina y la casena. Respuesta a las agresiones: La capacidad de los seres vivos para sobrevivir a diversos agresores abiticos esta mediada por determinadas protenas. Por ejemplo el citocromo P450 y la metalotionena.

Clasificacin de las protenas.

Segn su forma:

Fibrosas: son molculas largas con forma de varilla que son insolubles en agua y fsicamente correosas. Tienen funciones estructurales y protectoras. Globulares: son molculas esfricas compactas, normalmente hidrosolubles. Tienen funciones dinmicas

Segn su composicin: En simples y conjugadas.

-

Simples: contienen slo AA. Albminas: son solubles en agua, tienen carcter cido, son globulares. Se encuentran en tejidos animales y vegetales. Globulinas: son insolubles en agua pura, globulares, se encuentran tambin en el plasma sanguneo. Histonas: son muy bsicas y se unen al ADN. Glutelinas y gliadinas: en granos de cereales, harina de trigo, maz. Escleroprotenas o albuminoides: son insolubles, fibrosas. Ej: queratinas, colgeno, elastina.

Conjugada: Consta de una protena simple combinada con un componente no proteico, que se denomina grupo prosttico . (Una protena sin su grupo prosttico se denomina apoprotena . Una molcula proteica combinada con su grupo prosttico se denomina holoprotena .)

Las protenas conjugadas se clasifican de acuerdo con la naturaleza de su grupo prosttico. *Glucoprotenas : Contienen Hidratos de carbono. *Ncleoprotenas: Las histonas se unen al ADN por medio de enlace tipo salino. *Lipoprotenas: Contienen molculas de lpidos. *Metaloprotenas: Contiene iones metlicos (Fe, Cu, Zn, Mg, Mn). *Fosfoprotenas : Contienen grupos fosfato. *Cromoprotena s: Hemoglobina, citocromos. Flavoprotenas. Prpura visual o rodopsina.

Estructura proteica
Se han identificado varios niveles en la organizacin estructural de las protenas:

Estructura primaria : Secuencia de AA, est especificada por la informacin gentica. Estructura secundaria: Plegado de la cadena polipeptdica formndose determinadas disposiciones localizadas de los AA adyacentes. Estructura terciaria : Forma tridimensional global que asume un polipptido. Estructura cuaternaria : Protenas que constan de dos o ms cadenas polipeptdicas (o subunidades)

Estructura primaria

Cada polipptido tiene una secuencia de AA especfica. Las interacciones entre los residuos de AA determinan la estructura tridimensional de la protena, su papel funcional y sus relaciones con otras protenas.

Los polipptidos que tienen secuencias de AA y funciones semejantes se dice que son Homlogos . Los residuos de AA que son idnticos en las protenas homlogas que se denominan invariables, se supone que son esenciales para la funcin de la protena.

Estructura primaria

Estructura Secundaria

Los tipos de estructura secundaria que se observan con mayor frecuencia son la hlice alfa y la lmina plegada beta. Tanto la hlice alfa como la lmina plegada beta estn estabilizadas por enlaces de hidrgeno entre los grupos carbonilo y N-H del esqueleto polipeptdico. La hlice alfa es una estructura rgida en forma de varilla que se forma cuando una cadena polipeptdica se retuerce en una conformacin helicoidal a derechas. Se forman enlaces de hidrgeno entre el grupo N-H de cada AA y el grupo carbonilo del AA que se encuentra 4 residuos ms adelante.

Existen 3.6 residuos de AA por vuelta de la hlice, y el paso (la distancia entre los puntos correspondientes de cada vuelta) es 54nm. Los grupos R de los AA se extienden hacia fuera de la hlice.

Debido a varias restricciones estructurales( esto es, la rigidez de los enlaces peptdicos y los lmites permitidos a los valores de los ngulos fi (carbono alfa C)y psi (carbono alfa N)), determinados AA no estimulan la formacin de hlice alfa ej: glicina, prolina, glutamato, aspartato,triptfano.

Estructura secundaria

Las lminas plegadas beta se forman cuando se alinean de lado dos o ms segmentos de cadenas polipeptdicas. Cada segmento individual se denomina una cadena beta. En lugar de estar enrollada, cada cadena beta est totalmente extendida. Las lminas plegadas beta estn estabilizadas por enlaces de hidrgeno que se forman entre los grupos N-H y carbonilo del esqueleto polipeptdico de cadenas adyacentes.

Hay dos tipos de lminas plegadas beta: _ Paralelas: Las cadenas polipeptdicas estn colocadas en la misma direccin. _ Antiparalelas: Las cadenas polipeptdicas van en direcciones opuestas. Las Lminas beta antiparalelas son ms estables que las lminas beta paralelas debido a que se forman enlaces de hidrgeno totalmente colineales. En ocasiones se observan lminas beta paralelas y antiparalelas mezcladas.

Favorecen la hlice alfa

Ala Cys Leu Met Glu Gln His Lys

Favorecen lminas beta

Val Ile Phe Tyr Trp Thr

Favorec en giros
Gly Ser Asn Pro Asp

La Arg no se le considera en ningn grupo. Tiene probabilidades en todos los grupos.

Estructura terciaria

Seala las conformaciones tridimensionales nicas que asumen las protenas globulares al plegarse en sus estructuras nativas (biolgicamente activas).

El plegamiento proteico, un proceso en el que una molcula desorganizada naciente (recin sintetizada) adquiere una estructura muy organizada, se produce como consecuencia de las interacciones entre las cadenas laterales en su estructura primaria.

La estructura terciaria tiene varias caractersticas importantes:

_ Muchos polipptidos se pliegan de forma que los residuos de AA distantes en la estructura primaria quedan cerca. _ Debido al eficaz empaquetamiento al plegarse la cadena polipeptdica, las protenas globulares son compactas. Durante este proceso, la mayora de las molculas de agua quedan excluidas del interior de la protena permitiendo las interacciones entre los grupos polares y apolares. _ Las protenas globulares grandes suelen contener varias unidades compactas denominadas dominios . Los dominios son segmentos estructuralmente independientes que poseen funciones especficas.

La estructura Terciaria se estabiliza por las interacciones siguientes:

_ Interacciones hidrfobas: Al plegarse un polipptido, los grupos R hidrfobos se acercan debido a que son excluidos del agua. Luego, las molculas de agua muy ordenadas en cubiertas de solvatacin se liberan del interior, aumentando el desorden (entropa). La variacin entropa favorable es una fuerza impulsora fundamental en el plegamiento proteico. _ Enlaces de Hidrgeno: Se forman un nmero significativo de enlaces de hidrgeno dentro del interior de una protena y sobre su superficie. Adems de formar enlaces de hidrgeno entre ellas, las cadenas laterales polares de los AA pueden interaccionar con el agua o con el esqueleto polipeptdico. De nuevo, la presencia de agua impide la formacin de enlaces de hidrgeno con otras especies.

_ Interacciones Electrostticas: La interaccin electrosttica ms fuerte en las protenas se produce entre los grupos inicos de carga opuesta. Denominados puentes salinos , estos enlaces no covalentes slo son significativos en las regiones de la protena donde est excluido el agua, debido a la energa que se requiere para eliminar las molculas de agua de los grupos inicos cerca de la superficie. Se ha observado que los puentes salinos contribuyen a las interacciones entre las subunidades adyacentes en las protenas complejas. Lo mismo ocurre con las interacciones electrostticas ms dbiles (ion-dipolo, dipolo-dipolo, van der Waals). Son significativas en el interior de la protena plegada y entre las subunidades o en las interacciones protena-ligando. (En las protenas que constan de varias cadenas polipeptdicas cada polipptido se denomina una subunidad . Los ligandos son molculas que se unen a lugares especficos en molculas mayores, como las protenas.) Los bolsillos de unin del ligando son regiones sin agua de las protenas.

_ Enlaces covalentes: Las uniones covalentes se crean por reacciones qumicas que alteran la estructura del polipptido durante su sntesis o posteriormente. Los enlaces covalentes ms destacados en la estructura terciaria son los puentes disulfuro, que se encuentran en muchas protenas extracelulares.

Reglas para el plegado terciario

Las protenas globulares tienen un interior y un exterior. Las lminas beta estn generalmente enrolladas o envueltas en estructuras cilndricas. La cadena polipeptdica puede doblar las esquinas. Giros beta y Giros gamma. Las protenas globulares no solamente pueden tener: hlice alfa, lmina beta y giros. Algunas protenas tienen ovillos aleatorios en N o C terminales.

Chaperoninas

Protenas que facilitan el ensamblaje adecuado de la estructura proteica. Su funcin consiste en acompaar a las cadenas polipeptdicas, en algunos casos impidindolas que se plieguen o se asocien con otras cadenas prematuramente, y en otros aparentemente ayudndolas a plegarse.

Movimientos en las molculas proteicas

Clase Tipo de movimiento

Vibraciones y oscilaciones de tomos y grupos individuales. Movimientos concertados de elementos estructurales como hlices alfa y grupos de residuos. Movimientos de dominios completos; apertura y cierre de hendiduras.

Estructura Cuaternaria

Muchas protenas, especialmente las que tienen pesos moleculares elevados, estn formadas por varias cadenas polipeptdicas. Cada componente polipeptdico se denomina una subunidad . Las subunidades en un complejo proteico pueden ser idnticas o bastante diferentes. Las protenas con varias subunidades en las que alguna o todas las subunidades son idnticas de denominan oligmeros. Los oligmeros estn formados por protmeros , que pueden estar formados por una o varias subunidades. Un gran nmero de protenas oligomricas contienen 2 o 4 subunidades protomricas, denominadas dmeros y tetrmeros , respectivamente

Las subunidades polipeptdicas se ensamblan y se mantienen unidas por interacciones no covalentes, como el efecto hidrfobo, las interacciones electrostticas y los enlaces de hidrgeno, as como los entrecruzamientos covalentes. Como con el plegamiento proteico, el efecto hidrfobo es claramente el ms importante ya que las estructuras de las superficies de unin complementarias entre las subunidades son semejantes a las observadas en el interior de los dominios de las protenas globulares.

Aunque son menos numerosos, los entrecruzamientos covalentes estabilizan significativamente determinadas protenas con varias subunidades. Ej: los puentes disulfuro de las Ig y los enlaces de desmosina y lisinonorleucina en determinadas protenas del tejido conjuntivo. Los entrecruzamientos de desmosina conectan 4 cadenas polipeptdicas en la protena elastina del tejido conjuntivo, semejante a la goma. Se forman como consecuencia de diversas reacciones que implican la oxidacin de las cadenas laterales de lisina. Se produce un proceso semejante en la formacin de lisinonorleucina, una estructura entrecruzada que se encuentra en la elastina y el colgeno.

Interacciones protena-protena: *Homotpicas: mismas subunidades. *Heterotpicas: subunidades diferentes.

Los 4 niveles de estructura proteica

Desnaturalizacin proteica

Muchos agentes fsicos y qumicos pueden romper la conformacin nativa de una protena. El proceso de destruccin de la estructura se denomina desnaturalizacin . La desnaturalizacin normalmente no inlcuye la ruptura de los enlaces peptdicos. Dependiendo del grado de desnaturalizacin, la molcula puede perder parcial o totalmente su actividad biolgica. La desnaturalizacin con frecuencia da lugar a cambios observables de las propiedades fsicas de las protenas.

Las principales condiciones desnaturalizantes son:

cidos y bases fuertes : Los cambios de Ph da lugar a la protonacin de algunos grupos laterales de la protena, lo cual altera los patrones de enlace del hidrgeno y los puentes salinos. Al acercarse la protena a su punto isoelctrico, sta se hace insoluble y precipita la disolucin. Disolventes orgnicos : Los disolventes orgnicos hidrosolubles, como el etanol, interfieren con las interacciones hidrfobas, ya que interaccionan con los grupos R apolares y forman enlaces de hidrgeno con el agua y los grupos polares de la protena. Detergentes: Estas molculas anfipticas rompen las interacciones hidrfobas, haciendo que se desplieguen las protenas en cadenas polipeptdicas extendidas.

Agentes reductores : En presencia de reactivos como la urea, los agentes reductores, como el beta-mercaptoetanol, convierten los puentes disulfuro en grupos sulfhidrilos. La urea rompe los enlaces de hidrgeno y las interacciones hidrfobas. Concentracin salina : La unin de iones salinos a los grupos ionizables de una protena disminuye la interaccin entre los grupos de carga opuesta sobre la molcula proteica. Las molculas de agua pueden entonces formar esferas de solvatacin alrededor de estos grupos. Cuando se aaden cantidades de sal a una protena en disolucin se forma un precipitado. El gran nmero de iones salinos puede competir de forma eficaz con la protena por las molculas de agua, es decir, se eliminan las esferas de solvatacin que rodean a los grupos ionizados de la protena. Las molculas proteicas se agregan y luego precipitan. Este proceso se denomina salting out. Debido a que el salting out es reversible, suele emplearse como un primer paso en la purificacin de protenas.

Iones metlicos pesados: Los metales pesados, como el mercurio y el plomo, afectan de varias maneras a la estructura proteica. Pueden romper los puentes salinos al formar enlaces inicos con los grupos con carga negativa. Los metales pesados tambin forman enlaces con los grupos sulfhidrilo, un proceso que puede dar lugar a cambios significativos de la estructura y funcin proteica. Cambios de temperatura: Al aumentar la temperatura, aumenta la velocidad de vibracin molecular. Finalmente, se rompen las interacciones dbiles como los enlaces de hidrgeno, y la protena se despliega. Algunas protenas son ms resistentes a la desnaturalizacin por el calor, y este hecho puede utilizarse en los procedimientos de purificacin. Agresin mecnica : Las acciones de agitacin y trituracin rompen el delicado equilibrio de fuerzas que mantiene la estructura proteica.

Protenas Fibrosas

Contienen caractersticamente proporciones elevadas de estructuras secundarias regulares, como hlices alfa y lminas plegadas beta. Tienen funciones estructurales ms que dinmicas. Ejemplos: alfa queratinas, colgeno, fibrona de la seda.

Alfa queratina

La unidad estructural de las alfa queratinas, una clase de protenas que se encuentra en el pelo, la lana, la piel, los cuernos y las uas, es un polipptido con hlice alfa. Los polipptidos de queratina se asocian para formar un dmero de ovillo enrollado. Dos hileras de estos dmeros colocadas de forma antiparalela forman una estructura superenrollada a izquierdas denominada protofilamento. Los enlaces de hidrgeno y los puentes disulfuro son las interacciones principales entre las subunidades de protofilamento. Cientos de filamentos, cada uno de ellos con 4 protofilamentos, se unen para formar una microfibrilla. Cada clula de pelo, llamada tambin una fibra, contiene varias microfibrillas. Por lo tanto, una hebra de pelo consta de numerosas clulas muertas empaquetadas con molculas de queratina.

Muchas de las propiedades fsicas de las alfa queratinas estn reflejadas en su composicin de AA. Poseen una estructura regular de hlice alfa debido a que carecen de AA que interrumpen la hlice, como la prolina, y tienen residuos que favorecen la hlice, como la alanina y la leucina. Debido a que los grupos R dse encuentran en el exterior de las hlices alfa, el elevado contenido de AA hidrfobos de las alfa queratinas hacen a este grupo de protenas muy poco hidrosoluble. Sus residuos de cistena y la formacin de puentes disulfuro entre las hlices hacen a la alfa queratina relativamente resistente al estiramiento.

Queratina

Colgeno

El colgeno es la protena ms abundante de los vertebrados. La sintetizan las clulas del tejido conjuntivo, que la segregan al espacio extracelular para formar parte de la matriz del tejido conjuntivo. Es una glucoprotena. Slo llega hasta estructura secundaria.La unidad bsica de la fibra es la molcula de TROPOCOLGENO. Est formado por 3 hlices polipeptdicas a izquierdas, con 1000 residuos de AA cada una, 3,3 residuos por vuelta. Se enrollan una sobre la otra para formar una triple hlice a derechas. Las molculas de colgeno tipo I, que se encuentran en los dientes, el hueso, la piel y los tendones, tienen aproximadamente 300nm de longitud y 1.5nm de grosor. (Existen 20 familias principales de molculas de colgeno. Aproximadamente el 90% del colgeno que se encuentra en el ser humano es de tipo I).

La composicin de AA del colgeno es caracterstica: La glicina: constituye un tercio de los residuos de AA. La prolina y la 4-hidroxiprolina: hasta el 30% de la composicin de AA de una molcula de colgeno. Pequeas cantidades de 3-hidroxiprolina y 5-hidroxilisina. (Las reacciones de hidroxilacin ocurren dentro del RER, y requieren de cido ascrbico).

La secuencia de AA del colgeno est formada principalmente por un gran nmero de tripletes que se repiten con la secuencia Gly-X-Y, donde X e Y son frecuentemente prolina e Hidroxiprolina. Tambin se encuentra en la posicin Y la hidroxilisina. Diversos grupos de hidratos de carbono sencillos se encuentran unido al grupo hidroxilo de residuos de hidroxilisina.

Se requieren los componentes hidratos de carbono del colgeno para la fibrilognesis, el ensamblaje de las fibras de colgeno en sus localizaciones extracelulares, como los tendones y el hueso. La enzima lisil oxidasa convierte algunos de los grupos laterales de las lisinas y las hidroxilisinas en aldehdos mediante un desaminacin oxidativa, lo que facilita la formacin no enzimtica espontnea de aldimina fortalecida entrecruzamientos aldlicos. (Las aldiminas son bases de Schiff que se forman por la reaccin reversible de una amina con un grupo funcional aldehdo.) Tambin se producen entrecruzamientos entre los hidratos de carbono ligados a la hidroxilisina y el grupo amino de otros residuos de lisina e hidroxilisina en molculas adyacentes.

La glicina es notable en las secuencias de colgeno debido a que la triple hlice se forma por enlaces de hidrgeno intercadena con participacin de residuos de glicina. La triple hlice se fortalece an ms por los enlaces de hidrgeno entre los polipptidos (producidos principalmente por el gran nmero de residuos de hidroxiprolina) y los enlaces lisinonorleucina, que estabilizan los dispositivos ordenados de triples hlices en la fibrilla final de colgeno.

Colgeno

Biosntesis y ensamblaje del colgeno .

Traduccin en el ribosoma. Hidroxilacin de Pro y Lys mediante la prolil hidroxilasa y la lisil hidroxilasa. Liberacin del ribosoma y adicin de azcares para producir tropocolgeno. Formacin de la triple hlice y plegado de los dominios globulares.

Secrecin desde la clula. Eliminacin de los dominios N y C terminales mediante la colgeno peptidasa. Desaminacin de residuos de lisina para formar aldehdo mediante la lisil oxidasa y formacin de enlaces cruzados que mantienen juntas a las molculas formando una fibra dura de colgeno.

Biosntesis y ensamblaje del colgeno.

Fibrona de la seda

Varios insectos y araas producen seda, una sustancia que consta de la protena fibrosa fibrona integrada en una matriz amorfa. En la fibrona, que se considera una beta queratina, las cadenas polipeptdicas estn dispuestas en conformaciones de lmina plegada beta antiparalelas. Las lminas plegadas beta se forman debido al contenido elevado de AA de la fibrona con grupos R relativamente pequeos, como la glicina y la alanina o la serina.

La seda es un tejido fuerte ya que las cadenas estn totalmente extendidas. Un mayor estiramiento requiere la rotura de enlaces covalentes fuertes de los esqueletos polipeptdicos. Debido a que las lminas plegadas estn unidas laxamente una a otra (principalmente con fuerzas de van der Waals dbiles), se deslizan fcilmente unas sobre otras. Esta disposicin proporciona su flexibilidad a las fibras de seda.

Elastina

Esta protena fibrosa se encuentra en los ligamentos y vasos sanguneos arteriales. La cadena polipeptdica de la elastina es rica en glicina, alanina y valina, y es muy flexible y puede extenderse fcilmente. Su conformacin probablemente se parece a la de un ovillo aleatorio, que carece casi totalmente de estructura secundaria.

La secuencia contiene cadenas laterales de lisina, que pueden participar en enlaces cruzados. Los enlaces cruzados de la elastina estn diseados para mantener juntas a varias cadenas. Pueden combinarse 4 cadenas laterales de lisina para producir un enlace cruzado de desmosina.

Protenas globulares

Las funciones biolgicas de las protenas globulares normalmente implican la unin precisa de pequeos ligandos o grandes macromolculas como los cidos nucleicos u otras protenas. Cada una tiene una estructura terciaria singular. Las hlices alfas y/o lminas beta se pliegan unas sobre otras. Cada protena posee una superficie nica y compleja que contiene cavidades o hendiduras cuya estructura es complementaria a la de ligandos especficos. Tras la unin del ligando se produce un cambio conformacional de la protena. Las protenas mioglobina y hemoblobina que unen oxgeno son ejemplos interesantes y bien analizados de protenas globulares.

Hemoglobina y Mioglobina.

Son protenas globulares, de carcter bsico, rica en AA bsicos. Tienen un 70% de hlice alfa. Ambos son miembros de las hemoprotenas. El grupo hemo en ambas protenas es responsable de la unin reversible del oxgeno molecular.

Las propiedades qumicas del hemo dependen del ion ferroso en el centro del grupo prosttico. El ion ferroso forma 6 enlaces coordinados. El tomo de hierro est unido a los 4 nitrgenos en el centro del anillo de protoporfirina III o IX. Hay otros dos enlaces coordinados disponibles, uno en cada lado de la estructura plana del hemo. En la mioglobina y la Hb el quinto enlace de coordinacin es para el tomo de nitrgeno de un residuo de histidina, y el sexto enlace de coordinacin se encuentra disponible para la unin del oxgeno.

Estructura de las porfirinas

Mioglobina

La mioglobina, que se encuentra en una concentracin elevada en el msculo esqueltico y el cardaco, proporciona a estos tejidos su color rojo caracterstico. El componente proteico de la mioglobina, que se denomina globina es una nica cadena polipeptdica que contiene 8 secciones de hlice alfa. La cadena de globina plegada forma una hendidura (bolsillo hidrofbico) que encierra casi completamente al grupo hemo. El hemo libre posee una afinidad elevada por el O2 y se oxida de forma irreversible para formar hematina. La hematina no puede unir el O2 .

Las interacciones no covalentes entre las cadenas laterales de los AA y el anillo de porfirina apolar dentro de la hendidura de unin del oxgeno disminuye la afinidad del hemo por el O2 . La disminucin de la afinidad protege al ion ferroso de la oxidacin permite la unin reversible del O2 Todos los AA que interaccionan con el hemo son apolares, con l excepcin de dos histidinas, una de las cuales (la histidina proximal) se une directamente al tomo hierro del hemo. La otra (la histidina distal) estabiliza el lugar de unin del oxgeno.

Mioglobina

Hemoglobina

La hemoglobina es una molcula aproximadamente esfrica que se encuentra en los eritrocitos, donde su funcin principal es transportar oxgeno desde los pulmones a todos los tejidos del cuerpo. La Hb tambin transporta una pequea cantidad del CO2, pero no unido al Hemo sino a la globina. La HbA est formada por dos cadenas alfa y dos cadenas beta. La molcula de HbA se denomina alfa 2 beta 2 . Hay otro tipo de Hb en el adulto. Aproximadamente el 2% de la Hb humana es HbA 2 , que contiene cadenas delta en lugar de las cadenas beta.

Antes del nacimiento se sintetizan otros polipptidos de Hb. La cadena psilon, que aparece pronto en la vida embrionaria, y la cadena gamma, que se encuentra en el feto, se parecen mucho a la cadena beta. Dado que las Hb alfa 2 psilon 2 y alfa 2 gamma 2 poseen una mayor afinidad por el oxgeno que la HbA, el feto puede absorber preferentemente el oxgeno del torrente sanguneo materno. HbA1c: Hemoglobina glicosilada. Incorpora en forma no enzimtica unidades de glucosa. CarboxiHemoglobina: Es cuando la Hb se une al CO. La Hb tiene ms afinidad por el CO que por el O2.

Las 4 cadenas de la Hb estn dispuestas en 2 dmeros idnticos, que se designan alfa 1 beta 1 y alfa2 beta2. Cada polipptido de globina posee una unidad de unin del hemo semejante a la descrita para la mioglobina. Aunque tanto la mioglobina como la Hb unen oxgeno de forma reversible, la ltima molcula posee una estructura compleja y unas propiedades de unin ms complicadas. Las numerosas interacciones no covalentes (principalmente hidrfobas) entre las subunidades en cada dmero alfa beta permanecen en gran medida sin alterar cuando la Hb se interconvierte entre sus formas oxigenada y desoxigenada. De forma diferente, el nmero relativamente pequeo de interacciones entre los dos dmeros cambia de forma sustancial durante esta transicin.

Cuando la Hb est oxigenada, los puentes salinos se rompen y determinados enlaces de hidrgeno al deslizarse los dmeros alfa1beta1 y alfa2beta2 uno sobre otro y girar 150. La conformacin desoxigenada de la Hb (desoxiHb) suele denominarse estado T(tau) y la Hb oxigenada (oxiHb) se dice que est en el estado R (relajado). Debido a las interacciones de las subunidades, la curva de disociacin del oxgeno posee una forma sigmoidea. La unin del primer O2 a la Hb potencia la unin de otro O2 a la misma molcula. Este patrn de unin, se denomina unin cooperativa. La unin del primer O2 facilita la unin de las 3 molculas de O2 restantes a las molculas tetramricas de Hb.

En los pulmones, donde la tensin de O2 es elevad, la Hb se satura rpidamente. En los tejidos sin O, la Hb suelta la mitad de su oxgeno. A diferencia de la Hb, la curva de disociacin de la mioglobina tiene un forma hiperblica. La mioglobina suelta el oxgeno slo cuando la concentracin de oxgeno de la clula muscular es muy baja (es decir, durante el ejercicio extenuante). Adems, como la mioglobina tiene una mayor afinidad por el oxgeno que la Hb, el oxgeno se mueve desde la sangre al msculo.

Efecto alostrico: Efecto de otra sustancia sobre la afinidad de la Hb sobre el O2. Se presenta slo en la Hb y no en la mioglobina. La unin de ligando diferentes al oxgeno afecta las propiedades de unin de la Hb. Por ejemplo, la disociacin del oxgeno de la Hb se potencia al disminuir el pH (Efecto Bohr). El efecto Bohr es la disminucin de la afinidad de la Hb por el O2, por la disminucin del Ph (aumenta la concentracin de CO2). Es una forma de efecto alostrico.

Efecto Bohr en la Hemoglobina

Efectos combinados del CO2 y del BPG sobre la unin del oxgeno por la Hb.

El 2,3-bisfosfoglicerato (BPG) es un regulador importante de la funcin de la Hb. Los eritrocitos poseen una cantidad considerable de BPG. El BPG deriva del glicerato-1,3-bisfosfato, un intermediario de la degradacin de la glucosa. El BPG estabiliza la forma tensa de la Hb o sea la desoxihemoglobina.

En ausencia de BPG, la Hb tiene una afinidad elevada por el oxgeno. En los pulmones una concentracin elevada de oxgeno impulsa la conversin de la configuracin desoxiHb a la oxiHb. El cambio de la estructura tridimensional de la protena iniciado por la unin de la primera molcula de oxgeno libera el CO2, el protn y el BPG unidos. El protn se vuelve a combinar con el bicarbonato para formar cido carbnico, que posteriormente se disocia para formar CO2 y H2O. Luego, el CO2 difunde desde la sangre a los alvolos.

Hemoglobina

Actina y Miosina
Todos los msculos, al igual que algunos otros sistemas contrctiles se basan en la interaccin de dos protenas principales, la actina y la miosina. Actina: Se encuentra en forma de un polmero helicoidal alargado (actina fibrosa o actina F).

El monmero de actina G, es una molcula de 2 dominios. La unin de ATP por un monmero de actina G conduce a la polimerizacin y el ATP se hidroliza a continuacin, mientras el ADP se mantiene en el filamento de actina. En los filamentos de actina F, los monmeros de actina G estn dispuestos en una hlice de doble hebra.

El filamento de actina F tiene una direccionalidad definida, y a sus dos extremos se les denomina extremo ms y extremo menos . El extremo ms crece con mucha mayor rapidez que el extremo menos. El filamento de actina contiene lugares de unin para la miosina cada subunidad.

Filamento Fino: *Polmero de actina F. *Tropomiosina: Protena fibrosa que se encuentra en forma de dmeros alargados situados a lo largo del surco de la hlice de actina F o cerca del mismo. *Troponinas I, C y T.

Miosina: La molcula funcional de miosina est formada por 6 cadenas polipeptdicas; 2 cadenas pesadas idnticas y 2 de cada una de las dos clases de cadenas ligeras.

Las cadenas pesadas poseen largas colas de hlice alfa, que estn entrelazadas en un ovillo enrollado de doble hebra, y unos dominios de cabeza globulares a los que estn unidas las cadenas ligeras. Entre cada dominio de cabeza y dominio de cola hay un tallo flexible. El dominio de cola puede romperse en un punto especfico por la tripsina para dar fragmentos denominados meromiosina ligera y meromiosina pesada . La ulterior ruptura de la meromiosina pesada corta los tallos para dar fragmentos S1 , formados por dominios de cabeza que llevan las cadenas ligeras.

La miosina tiene aspectos de las protenas fibrosas y de las globulares. Los dominios de cola tienen una pronunciada tendencia a la agregacin, que hace que las molculas de miosina formen el tipo de filamentos gruesos. Los dominios de cabeza, con sus cadenas ligeras unidas se denominan a menudo cabeceras y tienen una fuerte tendencia a unirse a la actina.

Segn el modelo de filamento deslizante para la contraccin muscular, las cabeceras de miosina caminan a lo largo de los filamentos de actina interdigitados, traccionando de ellos y acortando, por tanto, el sarcmero. Para esto es preciso gastar energa y para ello el complejo actina-miosina posee actividad ATPasa. La sustancia crucial que estimula la contraccin no es el ATP, sino el Calcio. La entrada de calcio estimula la contraccin, porque el ion se une a la troponina C, lo que da lugar a un reordenamiento del complejo troponina-tropomiosina.

Molcula de Miosina

Actina G

Actina y Miosina no musculares

La actina y la miosina pueden desempear funciones en la motilidad celular y en los cambios de forma de la clula. La actina constituye al parecer, un componente importante del citoesqueleto: la estructura fibrosa que existe en casi todos los tipos de clulas y que les confiere una forma especfica. La miosina est tambin asociada con esta red. Otro proceso intracelular en el que parece participar un complejo contrctil de actina-miosina intracelular es la citocinesis, la divisin de las clulas en las fases finales de la mitosis.

Sistemas de Microtbulos para la motilidad

Se utilizan en lugares tan diversos como el huso mittico, los fladelos de los protozoos y los espermatozoides, y los axones nerviosos, etc. Estn formados por microtbulos, estructuras tubulares muy largas construidas a partir de una envoltura helicoidal de la protena tubulina. Existen dos clases de subunidades de tubulina, alfa y beta. El microtbulo es una estructura formada por 13 filas o protofilamentos, constituidos por unidades alfa y beta alternadas. El microtbulo tiene una direccionalidad definida.El ensamblaje de los microtbulos requiere GTP.

todo de

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studio

rotenas

Cuando se intenta comprender los procesos qumicos en clulas y organismos, nos enfrentamos a un enorme reto. La ms simple de las clulas es una estructura compleja, formada por miles de distintos tipos de compuestos. Antes de poder entender las interacciones y cambios, es necesario AISLAR los distintos constituyentes celulares, identificarlos y estudiar sus estructuras y propiedades.

Para separar molculas, es necesario aprovechar las diferencias existentes entre ellas. Tales diferencias pueden ser:

Tamao Masa Carga elctrica Afinidad por otras molculas

Una parte sustancial del tiempo del investigador se dedica a la extraccin y purificacin de las protenas debido a varios problemas que se pueden presentar: Las clulas contienen miles de sustancias diferentes, las protena que interesa se encuentra en pequeas cantidades. Las protenas suelen ser inestables y pueden requerir manipulacin especial. Suelen ser sensibles al pH, la temperatura o la concentracin salina.

TCNICAS DE AISLAMIENTO
El primer paso en cualquier proyecto es poner a punto un anlisis de la protena que interesa. Debido a que la protena suele extraerse de fuentes que contienen cientos de molculas semejantes, el anlisis debe ser especfico. Tambin debe ser fcil de realizar. La extraccin de una protena comienza con la ruptura y homogeneizacin de la clula, tras lo cual se realiza una centrifugacin diferencial y, si la protena es un componente de un orgnulo, una centrifugacin en gradiente de densidad.

PURIFICACIN
Tras obtener la fraccin que contiene la protena para potenciar la purificacin, pueden realizarse varios mtodos: El SALTING OUT es una tcnica para precipitar protenas; se utiliza concentraciones elevadas de sales, como el sulfato de amonio. Cada protena tiene un punto Salting Out caracterstico, esta tcnica elimina muchas impurezas. Al irse purificando la muestra proteica, para conseguir mayor purificacin se emplean mtodos ms sofisticados (cromatografa y electroforesis).

CROMATOGRAFA
Existe una inmensa variedad de tcnicas cromatogrficas que pueden utilizarse para separar mezclas de protenas de acuerdo con las propiedades moleculares. Con frecuencia para obtener una protena con una pureza determinada, deben emplearse varias tcnicas en forma secuencial: La mezcla proteica se disuelve en un lquido conocido como fase mvil. Al pasar las protenas a travs de la fase estacionaria (matriz slida), se separan unas de otras debido a su distribucin diferente entre las 2 fases.

 cromatografa

Gran parte de la bioqumica moderna se basa en la utilizacin de mtodos cromatogrficos en columna para separar molculas. Los mtodos cromatogrficos comportan el paso de una solucin a travs de un medio que presenta una adsorcin selectiva para los distintos componentes solutos. Se llena una columna con un material que pueda adsorber molculas de modo selectivo debido a alguna diferencia de su estructura qumica. Inicialmente se humedece la columna con la solucin tampn adecuada.

 cromatografa

A continuacin se coloca la mezcla de las molculas que se van a separar en la parte superior de la columna y se hace pasar lentamente a lo largo de la columna una solucin tampn. Se toman fracciones, utilizando un colector automtico de fracciones, mientras contina este proceso de elucin. Algunas clases de molculas slo se adsorben (no confundir con absorber) dbilmente o no se adsorben en absoluto, y son las primeras que eluyen.

cromatografa

Cromatografa de Filtracin en Geles

Una columna empaquetada con un polmero gelatinoso separa las molculas de acuerdo a su tamao y forma. Las molculas que son mayores que los poros del gel quedan excluidas y por lo tanto se mueven rpidamente a travs de la columna. Las molculas que son menores que los poros difunden dentro y fuera de los poros y se retrasa su movimiento a travs de la columna.

Cromatografa de Filtracin en Geles

Cromatografa de Intercambio Inico

Separa las molculas de acuerdo a su carga elctrica. Se utilizan resinas de intercambio inico, que son polianiones o policationes. Suponiendo que se desea separar tres clases de molculas, una de las cuales est cargada negativamente, otra con una dbil carga positiva y la tercera con una carga positiva fuerte, se utilizar una resina aninica, que lleva grupos cargados negativamente, para el material de la columna. Las molculas de la mezcla cargadas negativamente pasarn a travs sin

 cromatografa de intercambio inico

Los dos tipos de molculas con carga positiva sern ligados por la resina, aunque las de carga positiva dbil quedarn fijas con menor fuerza. Dado que los aumentos de concentracin salina tienden a romper las interacciones electrostticas de este tipo, puede utilizarse un gradiente salino una vez recogido las primeras fracciones. A continuacin eluirn los cationes fijados dbilmente y los fijados intensamente con fuerte carga positiva slo eluirn con la concentracin salina ms

cromatografa de intercambio inico

Cromatografa de Afinidad
Es una clase de cromatografa ms especfica, ideal para aislar una o unas pocas protenas de una mezcla compleja. Este mtodo se basa en una propiedad biolgica de algunas protenas: su capacidad de unin especfica, no covalente con otra molcula denominada ligando. Muchas protenas presentan interacciones bastante fuertes con otras molculas, por ejemplo las interacciones de las enzimas con los anlogos de sus sustratos con cofactores. Las molculas adecuadas, acopladas de modo covalente a una matriz inerte, actuarn como anzuelos moleculares para captar la molcula deseada.

 cromatografa de afinidad

Todas las protenas restantes simplemente pasarn a travs de la columna. Las molculas proteicas capturadas pueden liberarse a continuacin eluyendo la columna con una solucin tampn que contenga copias libres de las molculas anzuelo, o algn otro reactivo que pueda romper la interaccin. En una variante de este mtodo, se acoplan a la resina anticuerpos para una sustancia concreta y proporcionan una retencin muy especfica del producto

ELECTROFORESIS
Las protenas se mueven en un campo elctrico como consecuencia de su carga elctrica, se denomina Electroforesis. Las molculas se separan unas de otras debido a su diferencia de su carga neta: - Las molculas con carga neta positiva migran hacia el ctodo - Las molculas con carga neta negativa migran hacia el nodo La electroforesis que ms se utiliza en bioqumica, se realiza casi siempre utilizando geles como los de poliacrilamida o agarosa.

 electroforesis

El prototipo de todos los mtodos modernos es la electroforesis libre o de frente mvil: Una disolucin tamponada de la mezcla de protenas se coloca en una clula de observacin de forma de U, depositando una capa de tampn puro sobre la disolucin de protena. La clula se mantiene sumergida en un bao a temperatura constante, aislada de vibraciones, y se establece un campo elctrico entre los electrodos.

 electroforesis

Con objeto de obtener una imagen completa de todas las protenas existentes en una mezcla, se escoge por lo general un valor de pH en el que la mayor parte o todas las protenas posean la misma carga, pero su movilidad sea diferente. Las medidas pticas de los cambios del ndice de refraccin a lo largo de la clula electrofortica proporcionan los diagramas electroforticos, llamados diagramas interferomtricos, que muestran la direccin y la velocidad

 electroforesis

Si se determina la movilidad electrofortica de una protena cualquiera a diferentes valores de pH, se puede obtener por extrapolacin el pH isoelctrico de la protena. Durante muchos aos, la electroforesis de frente mvil ha constituido el mtodo ms valioso para el anlisis cuantitativo de mezclas complejas de protenas, por ejemplo, las del plasma sanguneo.

 electroforesis

La electroforesis libre ha sido sustituida en gran medida por diversas formas de electroforesis de zona: Son mucho ms sencillas, poseen mayor capacidad de resolucin y requieren muestras menores. La disolucin acuosa de protenas se inmoviliza en una matriz slida o soporte, un material poroso hidratado que posea rigidez mecnica y elimine las alteraciones debidas a la conveccin y vibracin.

 electroforesis

Los soportes ms utilizados son el papel de filtro o las tiras de acetato de celulosa, materiales que son relativamente inertes y que no interactan con las protenas que emigran, ni las retardan en su movimiento. El proceso electrofortico se deja proseguir hasta que los principales componentes proteicos se separan en zonas distintas; de aqu el nombre de electroforesis de zona. Tiene un poder de resolucin claramente superior a la electroforesis libre.

 electroforesis
Se utiliza frecuentemente para medir las cantidades de las protenas principales en el plasma sanguneo. Existe adems otra variante de la electroforesis de zona, llamada electroforesis de disco. Esta forma recibe el nombre de discontinua debido al tampn discontinuo que se emplea y a la apariencia discoidal de las distintas zonas de protenas.

electroforesis Electroforesis de zona

electroforesis

 electroforesis

El mtodo electrofortico ms ingenioso y eficaz es, quizs, el denominado de enfoque isoelctrico o electroenfoque: La mezcla de protenas se somete a la accin de un campo elctrico en un soporte gelificado en el que se ha establecido con anterioridad un gradiente de pH. Cada protena migra y queda enfocada en aquella porcin del gradiente de pH cuyo valor es igual al de su pH isoelctrico, y forma all una banda estacionaria bien definida.

 electroforesis

La capacidad del enfoque isoelctrico es extraordinaria: puede resolver las protenas del plasma sanguneo humano en 40 bandas o ms. Se emplea normalmente como instrumento analtico, pero puede utilizarse tambin a gran escala para la preparacin de protenas purificadas.

electroforesis Electroforesis de electroenfoque

1. 2. 3. 4.

Preparacin de los geles y formacin de las cavidades para las siembras. Sembrado del marcador de tamao Sembrado de las muestras a separar Conexin de la fuente y aplicacin del campo elctrico Avance de la corrida Fin de la corrida y comparacin de tamao con el marcador

5. 6.

Como se observa en la imagen las molculas migran hacia el polo opuesto a su carga y las neutras migran hacia el negativo por accin del FEO (Flujo electroendosmtico)

El primer paso para la caracterizacin de una protena es la determinacin del nmero de cada clase de residuos de aminocidos presente en la molcula. El proceso para obtener esta informacin se denomina Composicin de Aminocidos y comienza con la hidrlisis completa de todos los enlaces peptdicos con HCl 6N, durante 10 100 horas; luego se realiza el anlisis de los aminocidos resultantes que se denomina Hidrolizado

COMPOSICIN DE AMINOCIDOS

Para analizar los Hidrolizados de protenas se emplean 2 mtodos automticos:

1. Cromatografa de Intercambio Inico 2. Cromatografa Lquida de Alta Resolucin (HPLC)

composicin de aminocidos

Para analizar los Hidrolizados de protenas se emplean 2 mtodos automticos:

1. Cromatografa de Intercambio Inico 2. Cromatografa Lquida de Alta Resolucin (HPLC)

composicin de aminocidos
Cromatografa de Intercambio Inico Debido a que la mayora de los aminocidos posee carga positiva a pH=3, desplazan a los iones positivos y se unen a las cargas negativa de la resina; segn van emergiendo de la columna los aminocidos, stas se analizan de forma cuantitativa. El calentamiento de los aminocidos con nihidrina proporciona un producto prpura (Prpura de Ruhemann)

composicin de aminocidos

composicin de aminocidos
Cromatografa Lquida de Alta Presin (HPLC) Tras tratar el Hidrolizado con compuesto como el reactivo de Edman, los productos se llevan a presin elevada a travs de una columna de acero inoxidable empaquetada con una fase estacionaria. Cada derivado de aminocido se identifica de acuerdo con su tiempo de retencin en la columna. El tiempo que se requiere para HPLC es de aproximadamente de 1 hora

composicin de aminocidos

SECUENCIACIN DE AMINOCIDOS Para resolver la secuencia de aminocidos de

1.

una protena hay que realizar varios pasos: Rotura de todos los enlaces disulfuro

2. 3. 4. 5.

Determinacin de los aminocidos en Nterminal y C-terminal Rotura del poliptido en fragmentos Determinacin de las secuencias de los fragmentos peptdicos Ordenamiento de los fragmentos peptdicos

 secuenciacin de aminocidos
Rotura de todos los enlaces disulfuro Se utiliza la oxidacin con cido perfrmico.

Determinacin de los aminocidos N-terminal y C-terminal

* Se utiliza el mtodo de Sanger para determinar el aminocido N-terminal. * Un grupo de enzimas denominado carboxipeptidasa, se utilizan para determinar el residuo C-terminal

 secuenciacin de aminocidos

Rotura del polipptido en fragmentos

Por problemas tcnicos, los polipptidos largos no se pueden secuenciar directamente, razn por la cual se rompe en pptidos ms pequeos. Se utilizan varios reactivos, cada uno rompe la cadena en lugares diferentes, creando conjuntos solapantes. Ordenamiento de los fragmentos peptdicos La informacin de la secuencia de aminocidos obtenidos de 2 o ms conjuntos de fragmentos polipeptdicos se analiza para descubrir los fragmentos solapantes.

DETERMINACIN DEL PESO MOLECULAR

1.

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Se dispone de varios mtodos para determinar el PM de la protena: Cromatografa en columna de filtracin en geles Debe calibrarse en forma cuidadosa el gel de la columna, lo cual se realiza mediante la medida cuidadosa de varias magnitudes SDS-PAGE Emplea el detergente con carga negativa dodecil sulfato sdico. El detergente se une a las regiones hidrfobas de las molculas proteicas Ultracentrifugacin Separa los componentes de acuerdo a su tamao, rea superficial y densidad

Determinacin del Peso Molecular

La mayor parte de la informacin estructural tridimensional sobre las protenas se ha obtenido mediante esta tcnica. En esta tcnica se expone especmenes cristalinos muy ordenados a un haz de rayos X. Al golpear el cristal, son dispersados por los tomos del cristal. El patrn de difraccin a que da lugar se registra sobre una placa forogrfica

CRISTALOGRAFA DE RAYOS X

CRISTALOGRAFA DE RAYOS X

Muchas Gracias