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Variantes de SARS-CoV-2

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Plantilla:Breve descripción

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El coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), el virus que causa la enfermedad por coronavirus 2019, posee múltiples variantes notables que corresponden a alteraciones puntuales a nivel de sus diferentes proteínas virales con aparente importancia particular. Las mutaciones o cambios en el ARN viral son detectables a través de la secuenciación genómica completa. Se cree que la secuencia WIV04/2019 es probablemente la secuencia original que infecta a los humanos, conocida como "secuencia cero".[1]​

Cientos de genomas de SARS-CoV-2 muestreados a nivel mundial están disponibles de forma pública.[2]​

Hasta enero de 2021, se han descrito al menos 5 variantes con significado clínico-epidemiológico.[3]​

Clados

Tabla de Correspondencias de las Nomenclaturas de SARS-CoV-2[4]​
Sublinajes de Rambaut et al. Notas (detalles en Rambaut et al.) Clados de Nextstrain Clados de GISAID Variantes notables
A.1–A.6 19B S
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O*
B.2 V
B.1 B.1.5 al B.1.72 20A G El clado B.1 incluye la D614G
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3 al B.1.66 20C Incluye 501.V2 alias 20C/501Y.V2 ó linaje B.1.351
B.1.1 20B GR Incluye VOC-202012/01 alias 20B/501Y.V1 ó linaje B.1.1.7, y B.1.1.207
B.1.177 20A.EU1[5]​ GV*[6]​
Nota: En otra fuente[6]​, GISAID nombra un conjunto de 7 clados sin el clado 'O' pero incluye un clado 'GV'.

Si bien hay muchos miles de variantes de SARS-CoV-2,[7]​ también hay agrupaciones mucho más grandes llamados clados. Se han propuesto varias nomenclaturas para los diferentes clados del SARS-CoV-2.

  • A diciembre de 2020, GISAID—refiriéndose al SARS-CoV-2 como hCoV-19[4]​— identificó siete clados (O, S, L, V, G, GH y GR).[8]​
  • También a diciembre de 2020, Nextstrain identificó cinco (19A, 19B, 20A, 20B, and 20C).[9]​
  • En un artículo de la edición de noviembre de 2020 de la International Journal of Infectious Diseases, Guan et al. identificaron cinco clados globales (G614, S84, V251, I378 and D392).[10]​
  • Rambaut et al. propusieron el término "linaje" en un artículo de 2020 en Nature Microbiology;[11]​ a diciembre de 2020, se han identificado cinco linajes principales (A, B, B.1, B.1.1 y B.1.177).[12]​

Variantes notables

Con la mutación N501Y

N501Y denota un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición del aminoácido 501,[13]​ la agencia de Salud Pública de Inglaterra asume que ello aumenta la afinidad de unión.[14]​

501.V2

Artículo principal: 501.V2

La variante 501.V2, también conocida como linaje 501Y.V2,[15]​ 20C/501Y.V2 ó B.1.351, fue detectada por primera vez en Sudáfrica y notificada por el Departamento de Salud de Sudáfrica el 18 de diciembre de 2020.[16]​

Los investigadores y funcionarios informaron que la prevalencia de la variante era mayor entre los jóvenes sin condiciones de salud subyacentes y, en comparación con otras variantes, conlleva de manera más frecuente a enfermedad grave en esos casos.[17]​[18]​

El Departamento de Salud de dicho país también puntualizó que la variante puede estar impulsando la segunda ola de la pandemia de COVID-19 en el país debido a que la variante se propaga a un ritmo más rápido que otras variantes anteriores del virus.[16]​[17]​

Los científicos observaron que la variante posee varias mutaciones que le permiten unirse más fácilmente a las células humanas debido a las siguientes tres mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína de la espícula viral (spike): N501Y,[16]​[19]​ K417N y E484K.[20]​[21]​ También se ha detectado la mutación N501Y en el Reino Unido.[16]​[22]​

Variante de Preocupación 202012/01

Artículo principal: VUI-202012/01

La Variante de Preocupación 202012/01 (VOC-202012/01),[23]​ previamente conocida como la primer Variante En Investigación en Diciembre de 2020 (VUI – 202012/01)[24]​ y también como linaje B.1.1.7 ó 20B/501Y.V1,[25]​[26]​[15]​ se detectó por primera vez en octubre de 2020 durante la pandemia de COVID-19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior.[27]​ Desde ese entonces, sus odds de prevalencia se han duplicado cada 6.5 días, el presunto intervalo generacional —tiempo mínimo para generar descendencia—.[28]​[29]​ Este se correlaciona con un aumento significativo en la tasa de infección por COVID-19 en el Reino Unido. Se cree que este aumento se debe, al menos en parte, a la mutación N501Y dentro del dominio de unión al receptor de la espícula viral, el cual es imprescindible para unirse a la ECA2 en células humanas.

Cluster 5

Artículo principal: Cluster 5

El Cluster 5, también denominado ΔFVI-spike por el Instituto Serológico Estatal Danés (SSI),[30]​ fue descubierto en el norte de Jutlandia en Dinamarca y se cree que se transmitió de visones a humanos a través de granjas de visones. El 4 de noviembre de 2020, se anunció que la población de visones en Dinamarca sería sacrificada para prevenir la posible propagación de esta mutación y reducir el riesgo de que ocurran nuevas mutaciones. Se implementaron restricciones de viaje y cuarentena en siete municipios del norte de Jutlandia para prevenir la posible propagación de esta mutación, lo que pudo haber comprometido las respuestas nacionales o internacionales a la pandemia de COVID-19.

La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha indicado que el cluster 5 posee una "sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes".[31]​ El SSI advirtió que la mutación podría reducir el efecto de las vacunas COVID-19 en desarrollo, aunque era muy poco probable que las vuelva ineficaces. En consecuencia a la cuarentena y la aplicación de pruebas masivas, el SSI anunció el 19 de noviembre de 2020 que era muy probable que el Cluster 5 se hubiera extinguido por completo.[32]​

A701B

El Ministerio de Salud de Malasia anunció el 23 de diciembre de 2020 que se había descubierto una mutación de SARS-CoV-2 que designaron como "A701B" entre 60 muestras recolectadas del cluster Benteng Lahad Datu en Sabah. Por analogía con D614G, esta tiene una sustitución en el aminoácido A (alanina) con un aminoácido B (que se traduce en una ambigüedad: ácido aspártico o asparagina) en la posición del codón 701. La mutación se caracteriza por ser similar a la encontrada recientemente en ese tiempo en Sudáfrica, Australia y los Países Bajos, aunque no se sabe si la mutación A701B es más infecciosa o agresiva que las anteriores.[33]​ El gobierno provincial de Joló en el vecino país de Filipinas suspendió temporalmente los viajes a Sabah en respuesta al descubrimiento de A701B debido a la incertidumbre de la naturaleza de la mutación.[34]​

B.1.1.207

La secuenciación realizada por el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en Nigeria descubrió una variante con la mutación P681H, compartida en común con VOC-202012/01. Secuenciada por primera vez en agosto de 2020,[35]​ las implicaciones para la transmisión y la virulencia no están claras, pero ha sido catalogada como una variante emergente por los Centros para el Control de Enfermedades de EE. UU.[36]​ No comparte otras mutaciones con VOC-202012/01 y para finales de diciembre de 2020, esta variante representó alrededor del 1% de los genomas virales secuenciados en Nigeria, aunque esto puede aumentar.[35]​ El sitio de la mutación es muy variable en los coronavirus.[36]​[37]​

D614G

D614G es una variante que afecta la proteína del espículo del SARS-CoV-2. La variante G (glicina en la posición 614) ha aumentado en frecuencia durante la pandemia. G ha reemplazado al D (ácido aspártico) en muchos países, especialmente en Europa, aunque más lentamente en China y el resto de Asia oriental, lo que respalda la hipótesis de que G aumenta la tasa de transmisión, lo que es consistente con títulos virales e infectividad más altos in vitro.[1]​

En julio de 2020, se informó que se había convertido en la forma dominante (y por ende, más infecciosa) en ese momento de la pandemia.[38]​[39]​[40]​[41]​

La prevalencia global de D614G se correlaciona con la prevalencia de pérdida del olfato (anosmia) como síntoma de COVID-19, posiblemente mediada por una mayor unión de la variante G al receptor ACE2 o una mayor estabilidad proteica y, por tanto, una mayor infectividad del epitelio olfativo.[42]​

Los virus que contienen la variante G se consideran parte del clado G por GISAID y parte del clado B.1 por la herramienta Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages (PANGOLIN).[1]​[43]​

B.1.1.248

Artículo principal: B.1.1.248

El linaje B.1.1.248 también conocido como "variante brasileña",[44]​ fue detectado en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID). La nueva variante aislada se encontró en cuatro personas que llegaron a Tokio tras viajar desde el estado de Amazonas el 2 de enero de 2021.[45]​

La Fundación Oswaldo Cruz —una institución estatal brasileña—, ha confirmado la suposición de que la variante estaba circulando en la selva amazónica.[46]​

Esta variante de SARS-CoV-2 tiene 12 mutaciones en su proteína spike, incluidas N501Y y E484K.[47]​

Véase también

  • RaTG13, el pariente filogenético conocido más cercano del SARS-CoV-2.

Referencias

  1. ↑ a b c Zhukova, A; Blassel, L; Lemoine, F; Morel, M; Voznica, J; Gascuel, O (24 de noviembre de 2020). «Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2». Comptes Rendus Biologie: 1-20. PMID 33274614. doi:10.5802/crbiol.29. 
  2. ↑ «Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling» (en inglés). 20 de abril de 2020. Consultado el 7 de mayo de 2020. 
  3. ↑ «WHO - SARS-CoV-2 Variants» (en inglés). 31 de diciembre de 2020. Consultado el 3 de enero de 2021. 
  4. ↑ a b Alm, E.; Broberg, E. K.; Connor, T.; Hodcroft, E. B.; Komissarov, A.B.; Maurer-Stroh, S.; Melidou, A.; Neher, R. A.; O’Toole, Áine; Pereyaslov, D.; The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group et al. (2020). «Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020». Euro Surveillance: Bulletin Europeen Sur les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin 25 (32). PMC 7427299. PMID 32794443. doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. 
  5. ↑ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1, COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK), 20 de diciembre de 2020, p. 2 .
  6. ↑ a b «clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')». www.gisaid.org (en inglés). 4 de julio de 2020. Consultado el 7 de enero de 2021. 
  7. ↑ Koyama, Takahiko; Platt, Daniel; Parida, Laxmi (Junio 2020). «Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes». Bulletin of the World Health Organization 98 (7): 495-504. PMC 7375210. PMID 32742035. doi:10.2471/BLT.20.253591. «Detectamos en total 65776 variantes con 5775 variantes distintas.» 
  8. ↑ «hCoV-19 clades» (JPG). www.gisaid.org. Consultado el 24 de diciembre de 2020. 
  9. ↑ «Nextclade». clades.nextstrain.org. Consultado el 24 de diciembre de 2020.  Citado en Alm et al.
  10. ↑ Guan, Qingtian (2020). «A genetic barcode of SARS-CoV-2 for monitoring global distribution of different clades during the COVID-19 pandemic». International Journal of Infectious Diseases 100: 216-223. PMC 7443060. PMID 32841689. doi:10.1016/j.ijid.2020.08.052. 
  11. ↑ Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O’Toole, Á. (2020). «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature Microbiology (en inglés) 5 (11): 1403-1407. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5.  S2CID 220544096. Citado en Alm et al.
  12. ↑ «Lineages». cov-lineages.org. Consultado el 24 de diciembre de 2020. 
  13. ↑ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1, COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK), 20 de diciembre de 2020, p. 7 .
  14. ↑ Chand et al. "Potential impact of spike variant N501Y" (p. 6).
  15. ↑ a b CDC. «Emerging SARS-CoV-2 Variants» (en inglés estadounidense). Centers for Disease Control and Prevention. Consultado el 4 de enero de 2021. 
  16. ↑ a b c d «South Africa announces a new coronavirus variant». The New York Times. 18 de diciembre de 2020. Consultado el 20 de diciembre de 2020. 
  17. ↑ a b Wroughton, Lesley; Bearak, Max (18 de diciembre de 2020). «South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'». The Washington Post. Consultado el 20 de diciembre de 2020. 
  18. ↑ Mkhize, Dr Zwelini (18 de diciembre de 2020). «Update on Covid-19 (18th December 2020)». Sudáfrica. COVID-19 South African Online Portal. Consultado el 23 de diciembre de 2020. «Nuestros médicos también nos han advertido que las cosas han cambiado y que las personas más jóvenes, previamente sanas, ahora se están enfermando gravemente.» 
  19. ↑ Abdool Karim, Salim S. (19 de diciembre de 2020). «The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant, 11th slide». www.scribd.com. 
  20. ↑ Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants, World Health Organization, 22 de diciembre de 2020, consultado el 23 de diciembre de 2020 .
  21. ↑ Lowe, Derek (22 de diciembre de 2020). «The New Mutations». In the Pipeline. American Association for the Advancement of Science. Consultado el 23 de diciembre de 2020. «Debo puntualizar que hay otra cepa en Sudáfrica que está generando preocupaciones similares. Esta tiene ocho mutaciones en la proteína Spike, con tres de ellas (K417N, E484K y N501Y) que pueden tener algún papel funcional.» 
  22. ↑ Novel mutation combination in spike receptor binding site, GISAID, 21 de diciembre de 2020, consultado el 23 de diciembre de 2020 .
  23. ↑ Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 de diciembre de 2020), Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01, Public Health England, consultado el 23 de diciembre de 2020 .
  24. ↑ «PHE investigating a novel strain of COVID-19». Public Health England. 14 de diciembre de 2020. 
  25. ↑ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020), Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations, Escrito en nombre del COVID-19 Genomics Consortium UK, consultado el 20 de diciembre de 2020 .
  26. ↑ Kupferschmidt, Kai (20 de diciembre de 2020). «Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear». Science Mag (en inglés). Consultado el 21 de diciembre de 2020. 
  27. ↑ «Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK». BBC News. 20 de diciembre de 2020. 
  28. ↑ «New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment». khub.net. 15 de diciembre de 2020. 
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  30. ↑ Lassaunière, Ria (11 de noviembre de 2020). «SARS-CoV-2 spike mutations arising in Danish mink and their spread to humans». Dinamarca: Statens Serum Institut. Archivado desde el original el 10 de noviembre de 2020. Consultado el 11 de noviembre de 2020. 
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  32. ↑ «De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland» [La mayoría de las restricciones disminuyeron en el norte de Jutlandia]. Sundheds- og Ældreministeriet. 19 de noviembre de 2020. 
  33. ↑ «Malaysia identifies new Covid-19 strain, similar to one found in 3 other countries» (en inglés). The Straits Times. 23 de diciembre de 2020. Consultado el 10 de enero de 2020. 
  34. ↑ «Duterte says Sulu seeking help after new COVID-19 variant detected in nearby Sabah, Malaysia» (en inglés). GMA News. 27 de diciembre de 2020. Consultado el 10 de enero de 2021. 
  35. ↑ a b «Detection of SARS-CoV-2 P681H Spike Protein Variant in Nigeria». Virological (en inglés estadounidense). 23 de diciembre de 2020. Consultado el 01-01-2021. 
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  38. ↑ Schraer, Rachel (18 de julio de 2020). «Coronavirus: Are mutations making it more infectious?». BBC News. Consultado el 3 de enero de 2021. 
  39. ↑ «New, more infectious strain of COVID-19 now dominates global cases of virus: study» (en inglés). medicalxpress.com. Archivado desde el original el 17 de noviembre de 2020. Consultado el 16 de agosto de 2021. 
  40. ↑ Korber, Bette; Fischer, Will M.; Gnanakaran, Sandrasegaram; Yoon, Hyejin; Theiler, James; Abfalterer, Werner et al. (2 de julio de 2020). «Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus». Cell (en inglés) 182 (4): 812-827.e19. ISSN 0092-8674. PMC 7332439. PMID 32697968. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043. 
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