1995年、東京。阪神淡路大震災のニュース映像を見続けていた未名(橋本愛)は、突然家を出ていく。夫の小村(岡田将生)は、妻の行方も分からないまま、後輩に依頼された「届け物」をするため釧路へ赴く。妻はなぜ出ていき、どこに行ってしまったのか?小村は、釧路で出会った女性たちに奇妙な旅へと導かれていく。
2011年、茨城。家出して海辺の町に暮らす順子(鳴海唯)は、流木を集め焚(た)き火をするのが趣味の画家、三宅と出会う。順子は、自分と同じくこの町に流れ着いた三宅に惹(ひ)かれ、いつしか焚き火を共にするようになる。3月11日の明け方、焚き火の大きな炎を前に、神戸にいた三宅の過去が明かされていく。
善也(渡辺大知)は、熱心な宗教団体の中で、母親から「神の子ども」と言われ育ったが、2011年、東日本大震災を機に信仰をすてた。9年後の2020年、善也は、地下鉄の中で、耳の欠けた男を見つける。それは父親かもしれない男の特徴だった。自分の父親とは誰なのか?はたして神とは?善也は男を追いかけていく。
2025年、東京。銀行を定年退職し漫画喫茶で暮らす片桐(佐藤浩市)の元へ、突然巨大な“かえる”の姿をした「かえるくん」が現れ、間もなく地震が起こるという。「かえるくん」は30年前にも片桐と共に戦い、東京を地震から救ったと言うが、片桐にはまったく身に覚えがない。再び、2人の戦いが始まる。