Fabien Canal devient coureur professionnel en 2015 au sein de l'équipe continentaleArmée de terre. Le , il est le Français le mieux classé lors du championnat du monde de cyclo-cross, prenant la quatorzième place[1]. Lors de la seconde partie de saison, il ressent une sensation d'étouffement lors des efforts intenses, des examens médicaux décèlent alors une anomalie cardiaque et un risque de mort subite qui le contraignent à arrêter sa carrière[2],[3].
Finalement, fin , après avoir diagnostiqué et soigné son mal, la maladie de Lyme, il annonce qu'il est prêt à reprendre le cyclo-cross[4]. Débarrassé de ses douleurs, il remporte 3 épreuves régionales sur le mois d'octobre. Il retrouve même rapidement le niveau national, terminant le 1er novembre cinquième, derrière Francis Mourey, du cyclo-cross de Dijon. Ces performances lui permettent de réintégrer l'effectif de l'Armée de terre et de renouer avec l'ambition de participer de nouveau aux manches de Coupe du Monde de la discipline[5].
Sur route, il retrouve le peloton professionnel dès janvier 2017, prenant part au GP La Marseillaise (86e) et se distingue dès le mois d'avril, 5e d'une étape sur le Circuit des Ardennes, 11e du Tro Bro Leon et vainqueur de Paris-Mantes. Il effectue son retour en Coupe du Monde de cyclo-cross le 22 octobre 2017 sur le circuit de Coxyde (33e). Le 5 novembre, il participe aux championnats d'Europe de la discipline (28e) en compagnie de Steve Chainel et Matthieu Boulo.
Il est élu maire de son village, Riervescemont, en juin 2019[6]. Il arrête la compétition fin 2019[7].