D- interprtation dune ACP

1- choix du nombre daxes 3- interprtation des axes 2- reprsentation graphique 4- Qualit de reprsentation 5- Synthse

D-Interprtation dune ACP

La dcomposition prcdente est faite par des logiciels

statistiques (Statistica, R , SAS.). Non automatique (interprtation des rsultats): choisir le nombre q daxes factoriels (ou de composantes principales) retenir pour obtenir un rsum suffisamment prcis de linformation contenue dans le tableau initial construire les graphiques Donner une signification aux nouvelles variables. Evaluer la qualit de ce rsum

On dispose de 6 variables reprsentant les taux de diffrents dlits commis pour 100000 habitants dans 20 Etats des Etats-unis. Ces donnes peuvent tre mises dans un tableau individu*variable
ETAT Alabama Alaska Arizona Arkansas California Colorado Connecticut Delaware Florida Georgia Hawaii Idaho Illinois Indiana Iowa Kansas Kentucky Louisiana Maine Maryland Meurtre 14.2 10.8 9.5 8.8 11.5 6.3 4.2 6.0 10.2 11.7 7.2 5.5 9.9 7.4 2.3 6.6 10.1 15.5 2.4 8.0 Rapt 25.2 51.6 34.2 27.6 49.4 42.0 16.8 24.9 39.6 31.1 25.5 19.4 21.8 26.5 10.6 22.0 19.1 30.9 13.5 34.8 vol 96.8 96.8 138.2 83.2 287.0 170.7 129.5 157.0 187.9 140.5 128.0 39.6 211.3 123.2 41.2 100.7 81.1 142.9 38.7 292.1 attaque 278.3 284.0 312.3 203.4 358.0 292.9 131.8 194.2 449.1 256.5 64.1 172.5 209.0 153.5 89.8 180.5 123.3 335.5 170.0 358.9 viol 1135.5 1331.7 2346.1 972.6 2139.4 1935.2 1346.0 1682.6 1859.9 1351.1 1911.5 1050.8 1085.0 1086.2 812.5 1270.4 872.2 1165.5 1253.1 1400.0 larcin 1881.9 3369.8 4467.4 1862.1 3499.8 3903.2 2620.7 3678.4 3840.5 2170.2 3920.4 2599.6 2828.5 2498.7 2685.1 2739.3 1662.1 2469.9 2350.7 3177.7

D-1 Choix du nombre daxes retenir

Deux critres empiriques pour slectionner le nombre daxes :
Critre du coude : sur leboulis des valeurs propres, on observe un dcrochement (coude) suivi dune dcroissance rgulire. On slectionne les axes avant le dcrochement Critre de Kaiser: on ne retient que les axes dont linertie est suprieure linertie moyenne I/p (un peu troit). Kaiser en ACP norme: I/p= 1 : On ne retiendra que les axes associs des valeurs propre suprieures 1

Dans la pratique, on retient en fait les q axes que lon sait interprter Rq: Critre du Scree-test : on slectionne les axes correspondant
des diffrences secondes >0 (un peu large)

D-1 Choix du nombre daxes

Critre de Kaiser : nous conduit retenir 2 axes, expliquant 82% de linertie totale.

Critre du coude :Dcrochement au troisime axe, puis dcroissance rgulire partir du troisime axe : seuls les deux premiers axes prsentent un ventuel intrt.

D-1 Choix du nombre daxes retenir (ou du nombre de composantes principales)

Conclusion : Le premier axe conserve 58% de linertie du nuage. Il est peu probable quil soit d au hasard. Il existe une structuration importante des donnes qui va se manifester sur le premier axe (1/2 au lieu de 1/6). Le second axe conserve une part importante de linertie totale, 24%. La chute est importante ds le troisime axe qui ne conserve plus que 7% de linertie totale (<seuil moyen 1/6=17%)

On peut dcider de ne retenir que les deux premiers axes (le premier plan factoriel) car il comprhensible par lil (cest un plan) et ne dforme pas trop le nuage (il explique 82% de linertie du nuage)

D-2 Construction des nuages de points projets

Chaque nuage de points (variables et individus) est construit en projection sur les plans factoriels : un plan factoriel est un repre du plan dfini par deux des q axes factoriels retenus.
Ex : Si lon retient 3 axes, on tracera 3 graphiques pour chaque nuage: le nuage projet sur le plan (axe1, axe2), celui projet sur le plan (axe1, axe3), celui projet sur le plan (axe2,axe3).

Lexamen des plans factoriels permettra de visualiser les corrlations entre les variables et didentifier les groupes dindividus ayant pris des valeurs proches sur certaines variables. Mais il faut avant de lire directement les graphiques interprter les axes et sassurer que la projection est fidele a la realite (voir d-4)

D-2 Construction des nuages de points projets (SOUS R)

D-2 Construction des nuages de points projets (SOUS R)

a=seq(0,2*pi,length=100) plot( cos(a), sin(a), type='l', lty=3,xlab='comp 1', ylab='comp 2', main="Cercle des corrlations" ) v =t(acp$loadings)[1:2,] arrows(0,0, acp$sdev[1]*v[1,], acp$sdev[2]*v[2,], col='red') text(acp$sdev[1]*v[1,], acp$sdev[2]*v[2,],labels=colnames(v) )

D-2 Construction des nuages de points projets (SOUS SAS)

D-2 Construction des nuages de points projets

Deux types de facteurs :
Effet taille : les variables sont toutes du mme cot de laxe. (i.e. elles contribuent toutes dans le mme sens la formation de laxe) Effet forme : Deux groupes de variables opposes : celles qui contribuent positivement laxe, celles qui contribuent ngativement.

D-3 Interprtation des axes

Interprtation des axes Pour chaque axe retenu et chaque nuage, on regarde Quelles sont les variables qui participent le plus la formation de laxe Quels sont les individus qui participent le plus la formation de laxe Outil de mesure : contributions des points (individus si non anonymes et variables) linertie de cet axe. Ce sont les points dont la contribution est suprieure la moyenne qui permettent de donner un sens laxe.

D-3 Interprtation des axes : nuage des points individus

Contribution de lindividu i linertie de laxe k : Somme des contributions des individus = 100%.

pi c 2 ik CTR (ei ) = k k

En pratique: On retient pour linterprtation les individus dont la contribution est > la contribution moyenne (>1/n), le sens de la contribution dpend du signe de cik. CP (poids gaux ): les individus contribuent dautant + que cik grand en v.a. Contribution importante :

c > ik k

D-3 Interprtation des axes : nuage des points variables

Contribution de la variable j linertie de laxe k : Somme=100%
d2 jk

CTR ( X j ) = =u k jk k

En pratique: On retient pour linterprtation les variables dont la contribution le sens de la est > la contribution moyenne (>1/p), u > 1/ p jk contribution dpend du signe de ujk. CP en ACP norme, ce sont les variables qui sont proches du bord du cercle qui contribuent le plus : d = r (C , X ) jk k j

D-3 Interprtation des axes : synthse

A noter
Une contribution trop importante dun des points un axe doit tre regard avec prudence (~25% dinertie) . Il faut sassurer que les points contribuant le plus laxe sont bien reprsents sur laxe (sinon il faut les mettre en lments supplmentaires.) La contribution est juste une aide linterprtation :
La contribution de certains points peuvent tre trs lgrement infrieures au seuil et mais conforter linterprtation de laxe qua lon aurait faite sans eux. On les inclut alors dans linterpr tation. Inversement, lorsquune contribution est trs forte par rapport dautre qui sont pourtant en dessus du seuil, le point dtermine laxe presque exclusivement

D-3 Interprtation des axes : synthse

Linterprtation des nouvelles variables (des axes factoriel) se fera laide des individus et variables contribuant le plus laxe avec la rgle suivante : si une variable a une forte contribution positive laxe, les individus ayant une forte contribution positive laxe sont caractriss par une valeur leve de la variable.

D-3 Interprtation des axes : exemple

Interprtation de laxe 1 : Contribution des individus
Etat Prin1 -3.08934 -2.34364 -2.17767 -1.91969 -1.47135 -1.35301 -1.07052 -1.04117 -0.46221 -0.15469 0.00534 0.11528 0.29111 0.71862 1.33963 1.87662 1.91888 2.39884 2.79934 3.61964 Prin2 -1.08465 -0.98693 1.24149 -0.31927 -0.94414 1.09825 0.15404 -0.32997 2.11791 0.54064 -1.93088 1.28686 -1.38315 2.17636 0.59409 0.28145 -1.22840 -1.48610 0.03244 0.16998

c > 1 = 1,86 i1

Iowa Maine Kentucky Idaho Connecticut Arkansas Indiana Kansas Alabama Illinois Hawaii Georgia Delaware Louisiana Alaska Maryland Colorado Arizona Florida California

D-3 Interprtation des axes : exemple

acp$scores[,1] Alabama Alaska Arizona Arkansas California Colorado -0.47421533 1.37443010 2.46115288 -1.38815961 3.71367458 1.96872562 Connecticut Delaware Florida Georgia Hawaii Idaho -1.50957496 0.29867735 2.87206179 0.11827435 0.00547835 -1.96955979 Illinois Indiana Iowa Kansas Kentucky Louisiana -0.15871175 -1.09833052 -3.16959921 -1.06821737 -2.23424734 0.73729346 Maine Maryland -2.40452228 1.92536969

D-3 Interprtation des axes : exemple

Interprtation de laxe 1 : Contribution des variables
Eigenvectors Prin1 0.268358 0.474074 0.421853 0.445704 0.429817 0.376675 Prin2 0.648880 0.134920 0.045097 0.287959 -.411955 -.553255

Meurtre Rapt Viol Attaque Vol Larcin

u jk > 1/ p = 0, 408

D-3 Interprtation des axes : exemple

loadings(acp)[,1]
Meutre Rapt Vol Attaque Viol Larcin 0.2683577 0.4740738 0.4218529 0.4457038 0.4298167 0.3766750

D-3 Interprtation des axes : exemple

Interprtation axe 1 Individus:

Variables :

Iowa, Maine, Kentuky, Idaho

+
Californie, Floride Arizona, Maryland, Colorado

+
rapt, attaque, vol et viol

Conclusion : Laxe 1 isole les dlits rapt, attaque, vol et viol. En ralit, isole lensemble des variables sur sa partie positive (effet taille). Cest un axe taux de dlits en tout genre. : il oppose les tats de Iowa, Maine, Kentuky, Idaho aux tats de Californie, Floride Arizona, Maryland, Colorado, marqus par une forte proportion de dlits.

D-3 Interprtation des axes : exemple

Interprtation de laxe 2 : Contribution des individus
c > 2 = 1,19 i2
Etat Iowa Maine Kentucky Idaho Connecticut Arkansas Indiana Kansas Alabama Illinois Hawaii Georgia Delaware Louisiana Alaska Maryland Colorado Arizona Florida California Prin1 -3.08934 -2.34364 -2.17767 -1.91969 -1.47135 -1.35301 -1.07052 -1.04117 -0.46221 -0.15469 0.00534 0.11528 0.29111 0.71862 1.33963 1.87662 1.91888 2.39884 2.79934 3.61964 Prin2 -1.08465 -0.98693 1.24149 -0.31927 -0.94414 1.09825 0.15404 -0.32997 2.11791 0.54064 -1.93088 1.28686 -1.38315 2.17636 0.59409 0.28145 -1.22840 -1.48610 0.03244 0.16998

acp$scores[,2] Alabama Alaska Arizona Arkansas California Colorado 2.17292554 0.60952764 -1.52470179 1.12678123 0.17439369 -1.26030699 Connecticut Delaware Florida Georgia Hawaii Idaho -0.96866341 -1.41908466 0.03328554 1.32028630 -1.98104269 -0.32756870 Illinois Indiana Iowa Kansas Kentucky Louisiana 0.55468133 0.15803896 -1.11283017 -0.33854617 1.27374136 2.23289720 Maine Maryland -1.01257392 0.28875974

D-3 Interprtation des axes : exemple

Interprtation de laxe 2 : Contribution des variables
Eigenvectors Prin1 0.268358 0.474074 0.421853 0.445704 0.429817 0.376675 Prin2 0.648880 0.134920 0.045097 0.287959 -.411955 -.553255

Meurtre Rapt Viol Attaque Vol Larcin

u jk > 1/ p = 0, 408

> loadings(acp)[,2] Meutre Rapt Vol Attaque Viol Larcin 0.6488797 0.1349197 0.0450971 0.2879586 -0.4119546 -0.5532552

D-3 Interprtation des axes : exemple

Interprtation de laxe 2

Individus

Variable

Hawaii, Delaware, Colorado, Arizona

+
Kentuky, Alabama, Gorgie, Louisiane

Vol larcin

+
meurtre

Conclusion : Laxe 2 est un axe de gravit des dlits: il oppose les

tats dHawaii, Delaware Colorado et Arizona, caractriss par un taux lev de dlits mineurs aux tats de Kentuky, Alabama Gorgie et Louisiane, marqus par un taux relativement lev de meutres.

D-4 Etude des proximits entre points

Qualit de reprsentation des points Une fois les axes interprts, on peut regarder les graphiques et analyser plus finement les proximits entre points. Les proximits entre points observes sur un axe ou un plan factoriel doivent correspondent la ralit (et non tre artificiellement cres par lopration de projection). Pour pouvoir interprter les proximits entre points, il faut quils soient bien reprsents sur laxe ou le plan en question Un point est dit bien reprsent sur un axe ou un plan factoriel si il est proche de sa projection sur laxe ou le plan. Sil est loign, on dit quil est mal reprsent. Indicateur =angle form entre le point et sa projection sur laxe

D-4 Etude des proximits entre points

Qualit de reprsentation de lindividu i sur laxe k:

c ik qlt k ( ei ) = cos ( ik ) = ei
ei = cik
k =1 p

Lorsque langle est proche de 0, c'est--dire que le cosinus est proche de 1, lindividu est bien reprsent. Dans le cas inverse, langle est proche de 90 et le cosinus est proche de 0.

D-4 Etude des proximits entre points

Qualit de reprsentation de la variable j sur laxe k:

qltk ( X j ) = cos ( kj ) =
En ACP norme,

d jk Xj

qltk ( X j ) = d jk = r (Ck , X j )
une variable est dautant mieux reprsente sur un axe quelle est proche du bord du cercle des corrlations et de laxe, dautant plus mal reprsente quelle est proche de lorigine.

les variables qui contribuent le plus laxe sont aussi celles qui sont le mieux reprsentes et inversement, donc pas besoin dtude spcifique de la reprsentativit.

D-4 Etude des proximits entre points

Qualit s de reprsentation sur un plan factoriel Individus : Le cosinus carr est est additif sur des sous-espaces orthogonaux. La qualit de reprsentation sur le plan dfini par les axes k et l est gale
qltkl (ei ) = qltk (ei ) + qltl (ei )

Variables: idem. En ACP norme, on interprte les proximits de variables bien reprsentes sur le plan i.e. proches du bord du cercle de corrlations

D-4 Etude des proximits entre points

Analyse des proximits Lexamen des qualits de reprsentation permet de mettre en vidence des proximits ventuelles que lon na pas remarques Lors de linterprtation des axes. On interprte les proximits dlments bien reprsents sur le plan factoriel Permet de reprer les points qui ne contribuent pas fortement linertie de laxe, mais qui sont bien reprsents par cet axe, c'est--dire qui prsentent des caractristiques propres laxe.

D-4 Etude des proximits entre points

La proximit dans lespace entre deux individus bien reprsents traduit la ressemblance relle de ces deux individus du point de vue des valeurs prises par les variables. (Lorsque la qualit de reprsentation de deux individus est bonne, leur proximit observe retrace leur proximit relle dans lespace) Rappel : La lecture directe des proximits sur le graphique peut donc savrer errone (pas dinterprtation des proximits entre individus mal reprsents). La proximit entre deux variables sur un axe donne, si les deux variables sont bien reprsentes sur laxe ( proches de laxe et du bord du cercle) , une approximation de leur corrlation.
Deux variables proches sont corrles positivement Deux variables qui sopposent sont corrles ngativement Deux variables orthogonales sont non corrles.

D-5 Synthse

Dfinition des composantes principales Synthse globale des proximits des points sur les plans factoriels. Construction ventuelle du tableau rduit C de dimension n*q : ses lignes sont les valeurs prises par les n individus sur les q composantes principales retenues. La k composante principale aura la mme signification que le k axe.

D-6 Exemple
ETAT Iowa Maine Kentucky Idaho Connecti Arkansas Indiana Kansas Alabama Illinois Hawaii Georgia Delaware Louisian Alaska Maryland Colorado Arizona Florida Californ Prin1 -3.08934 -2.34364 -2.17767 -1.91969 -1.47135 -1.35301 -1.07052 -1.04117 -0.46221 -0.15469 0.00534 0.11528 0.29111 0.71862 1.33963 1.87662 1.91888 2.39884 2.79934 3.61964 Prin2 -1.08465 -0.98693 1.24149 -0.31927 -0.94414 1.09825 0.15404 -0.32997 2.11791 0.54064 -1.93088 1.28686 -1.38315 2.17636 0.59409 0.28145 -1.22840 -1.48610 0.03244 0.16998 QLT1 0.85597 0.73178 0.71555 0.86602 0.59764 0.54374 0.75524 0.90431 0.03970 0.01044 0.00000 0.00694 0.03901 0.08889 0.31012 0.50093 0.65410 0.59333 0.86745 0.93149 QLT2 0.10551 0.12977 0.23256 0.02395 0.24608 0.35826 0.01564 0.09083 0.83364 0.12747 0.62744 0.86522 0.88054 0.81527 0.06099 0.01127 0.26806 0.22771 0.00012 0.00205

D-6 Exemple
>x=acp$loadings >QLT=x^2/matrix(rep(apply(x^2,1,sum),ncol(x^2)),dim(x^2));QLT[,1:2]
Comp.1 Comp.2 Alabama 3.970450e-02 0.8336393299 Alaska 3.101184e-01 0.0609914688 Arizona 5.933328e-01 0.2277146491 Arkansas 5.437433e-01 0.3582567065 California 9.314876e-01 0.0020541441 Colorado 6.541030e-01 0.2680578029 Connecticut 5.976402e-01 0.2460799462 Delaware 3.900634e-02 0.8805363057 Florida 8.674495e-01 0.0001165112 Georgia 6.943376e-03 0.8652185301

D-6 Exemple
Qualit de reprsentation des individus sur le plan principal
Iowa Maine Kentucky Idaho Connecti Arkansas Indiana Kansas Alabama Illinois Hawaii Georgia Delaware Louisian Alaska Maryland Colorado Arizona Florida Californ 0,85597 0,73178 0,71555 0,86602 0,59764 0,54374 0,75524 0,90431 0,0397 0,01044 0 0,00694 0,03901 0,08889 0,31012 0,50093 0,6541 0,59333 0,86745 0,93149 0,10551 0,12977 0,23256 0,02395 0,24608 0,35826 0,01564 0,09083 0,83364 0,12747 0,62744 0,86522 0,88054 0,81527 0,06099 0,01127 0,26806 0,22771 0,00012 0,00205 0,96148 0,86155 0,94811 0,88997 0,84372 0,902 0,77088 0,99514 0,87334 0,13791 0,62744 0,87216 0,91955 0,90416 0,37111 0,5122 0,92216 0,82104 0,86757 0,93354

D-6 Exemple Arizona: fort taux de dlits en tous Colorado,

certains groupes de pays se dtachent quant leur comportement de dlit : Californie, Floride : caractris par un fort taux de dlits en tous genre, mais pas trs diffrenci en ce qui concerne leur gravit genre, et particulirement ceux de faible gravit Louisiane, Alabama Georgie, kentuky: taux de dlit moyen en tout genre mais forte reprsentativit de meurtres Iowa, maine : peu de dlites et de faible gravit

D-6 Exemple

Etat

Prin1 -3.08934 -2.34364 -2.17767 -1.91969 -1.47135 -1.35301 -1.07052 -1.04117 -0.46221 -0.15469 0.00534 0.11528 0.29111 0.71862 1.33963 1.87662 1.91888 2.39884 2.79934 3.61964

Prin2 -1.08465 -0.98693 1.24149 -0.31927 -0.94414 1.09825 0.15404 -0.32997 2.11791 0.54064 -1.93088 1.28686 -1.38315 2.17636 0.59409 0.28145 -1.22840 -1.48610 0.03244 0.16998

Tableau C

Iowa Maine Kentucky Idaho Connecticut Arkansas Indiana Kansas Alabama Illinois Hawaii Georgia Delaware Louisiana Alaska Maryland Colorado Arizona Florida California

E- Limites

Principale faiblesse de lACP: sensibilit aux points extrmes. Ce manque de robustesse est notamment lie au rle central qu'y joue le coefficient de corrlation : les points extrmes, en perturbant les moyennes et corrlations, polluent fortement l'analyse - on peut cependant envisager de les dplacer en point supplmentaire. l'ACP est inadapte aux phnomnes non linaires qui plus est en grande dimension. Pour ce genre de problme, d'autres mthodes ont t dveloppes, comme l'ACPN (Analyse en Composantes Principales par Noyau).