Programme de la formation spcialise pour lanne 2017-2018

ouvert aux doctorants de lED 548

Module de formation spcialise : ouvert ds la premire anne de doctorat.

30h minimum valider
Ce module comprend :

-Des modules denseignement doctoraux thmatiques sont proposs par les enseignants-chercheurs de
lcole doctorale.

-Des modules des masters M2 de lUSTV (aprs accord de lenseignant, directeur de thse et directeur
de lED)

-les cycles de confrences organiss par les Professeurs trangers invits par lUSTV.

-Colloques, congrs extrieurs, coles dt. La participation du doctorant des manifestations

scientifiques (Colloques, congrs extrieurs, coles dt) est reconnue dans le cadre de la formation
spcialise, le doctorant ne peut valider plus de 20 heures de formation spcialise dans ce cadre.

modules denseignement doctoraux thmatiques

Pour avoir plus de dtails sur ces formations veuillez contacter

directement les intervenants.

Vous devrez vous inscrire au pralable auprs du secrtariat de lED

548
 Introduction la modlisation molculaire
12h
Y. Blache
Blache@univ-tln.fr

Ce cours est une introduction la modlisation molculaire. Il se dcompose en une partie

thorique ou seront rapidement abordes les diffrentes mthodes : la mcanique
molculaire, les mthodes semi-empiriques, les mthodes ab-initio ainsi que les aspects
pratiques de mise en uvre.
Lobjectif est
La deuxime partie est un apprentissage sur machine. Les doctorants pourront aborder ici des
exemples concrets de leur thse.

Ce module sadresse aux chimistes et galement aux biologistes.

Estimation, observation, identification

Eric Busvelle
Dure : 10 heures

En sciences appliques, la premire tape dune tude, et parfois mme sa finalit, consiste
souvent laborer un modle capable destimer des paramtres cachs, de calculer des
fonctions indtermines, ou de prdire un comportement. Cela va du simple calcul dune
moyenne, pour estimer un paramtre, lidentification dun modle dynamique complet. Les
mthodes permettant dlaborer des algorithmes destimation efficaces (convergents,
robustes, rapides) sont bases sur des approches probabilistes (esprance mathmatique,
maximum de vraissemblance) ou dterministes (moindres carrs, observateurs).

Le but de ce cours est de dcrire des mthodes permettant dlaborer des outils destimation
adapts aux problmes rencontrs en physique, en chimie, ou en sciences de lingnieur,
suivant leur nature : stochastique ou dterministe, statique ou dynamique, continu ou discret.

Ce cours sadresse des tudiants scientifiques de toutes disciplines, maitrisant le calcul

mathmatique de base et sachant programmer. Il sera bas sur des problmes concrets,
ventuellement sur des cas pratiques apports par les tudiants.

"Caractrisation structurale de molcules organiques par rsonance magntique nuclaire (RMN)".

Contact: Grald CULIOLI, X175, 04 94 14 29 35, culioli@univ-tln.fr

Dure: 10h (5 crneaux de 2h)

Priode: 2me semestre (crneaux dterminer sur la priode allant de janvier avril)
Rsum: Ce module a pour but d'initier des tudiants, ayant suivi un cursus initial en sciences, la
rsonance magntique nuclaire (RMN). Il s'agit d'une technique de caractrisation structurale trs
utilise pour l'analyse des molcules organiques. Cet enseignement permettra de donner les bases
thoriques et pratiques ncessaires pour interprter des spectres de RMN mono- et bidimensionnels
afin de pouvoir dterminer la structure chimique d'une molcule organique.
Recueil, analyse et interprtation de signaux biomdicaux chez lhomme.

Gruet Mathieu, MCF UFR STAPS

mathieu.gruet@univ-tln.fr

10h
Priode envisage : Premier ou second semestre
Lobjectif de ce module est dacqurir des connaissances de base concernant le
recueil, lanalyse et linterprtation de diffrents signaux utiliss dans un
environnement biomdical chez lhomme. Il sera abord notamment les signaux
relatifs au fonctionnement du muscle (ex : lectromyographie, mcanographie), du
cerveau (ex : lectroencphalographie, spectroscopie dans le proche infrarouge) et du
systme cardiopulmonaire (ex : lectrocardiographie, recueil des changes gazeux
pulmonaires) dans diverses conditions exprimentales comme lexercice physique et
la fatigue.

"Spectroscopie de Fluorescence : sparation de source et

rsolution temporelle Du photon la source"
Contacts : mounier@univ-tln.fr et redon@univ-tln.fr

Total de la formation : 25H

Effectif maximum : 10

Priode prvue : 1er semestre 2018 Date confirmer Universit de Toulon

Langue : Franais susceptible d'tre en anglais en fonction des inscrits

Utilisation de la spectroscopie de fluorescence en continue et temporelle applique la

sparation de sources

Date prvisionnelle : : du 29 janvier 2018 au 2 fvrier 2018 (4 jours ) 19h de formation

Dure Totale :
3H PARAFAC et la thorie du traitement du signal (R. Redon, MdC MIO)
3H PARAFAC et ses applications en analyse (S. Mounier, MdC MIO).
3H Fluorescence Induite Rsolue en Temps (R. Redon, MdC MIO)
3H La microscopie Confocal et la Spectroscopie de Fluorescence (H. Hajjoul, IR MIO)
3H Mesure de temps de Vie (LASER nano/pico seconde) (par groupe de 5) (H.
Hajjoul, IR MIO)
4H Mesure 3D sur un HITACHI F4500 et HIFATICHF7000 plaque en laboratoire
(par groupe de 5)
6H de pratique en salle informatique sur donne de la pratique et personnelles
(groupe de 10)) (R. Redon,

MdC MIO) ProgMEEF & ProgTIME

Public : tudiants de lED548, et doctorant extrieur dsireux dapprofondir leur

connaissance en spectroscopie de fluorescence stationnaire et rsolue en temps appliques.
Niveau moyen de connaissance en mathmatique et physique requis.

Prsentation du cours :
Ce cours aborde lutilisation de la spectroscopie de fluorescence pour l'tude des mlanges
en solutions. Dans un premier temps, un rappel thorique sur le le phnomne de fluorescence
molculaire sera fait (loi de Beer Lambert, effet d'cran interne, quenching...), ainsi que son
application particulire en environnement (matrice de fluorescence totale). D'autres
applications, en biologie par exemple, pourront tre abordes succinctement.

La thorie de la rsolution en temps, bas sur la spectroscopie de fluorescence induite LASER

sera abord partir de la dconvolution et dcomposition du signal ainsi que les mthodes de
traitement et le type d'appareillage utiliser, et les techniques impulsionnelle ou par amplitude.

Un cours sur lutilisation de la spectroscopie de fluorescence en microscopie confocale et ses

applications dans divers domaines sera prsent en complment de la formation.

Par la suite, les bases mathmatiques thoriques seront dtailles en ce qui concerne la
sparation de sources, et l'application particulire de l'outil CP/PARAFAC la fluorescence
sera propose : prtraitement des matrices de fluorescence totale, correction de l'effet d'cran
et dcompositions, choix du nombre optimal de composants fluorescents. Les limites du
modle seront galement abordes en ce qui concerne la variation de position des pics, le
choix du nombre de composant fluorescent.

Une partie pratique de mesure sera effectue sur un spectrofluorimtre partir d'chantillons
rels (HITACHIF4500 & HITACHIF7000). L'analyse de ces solutions sera faite durant
l'preuve pratique qui suivra ainsi qu'une preuve pratique sur des lasers nano/pico seconde
comprenant la mesure et le traitement des donnes.

La partie traitement de donnes s'effectuera sur le programme ProgMEEF et ProgTIME

dvelopps par le laboratoire PROTEE qui permet l'utilisation rapide et conviviale des
algorithmes de corrections et de dcompositions. Les diffrents traitements seront appliqus
aux donnes de la partie dmonstration, mais aussi, la demande des participants, aux
donnes personnelles.

En fin de module, les programmes de traitements de donne dvelopps par R. Redon seront
donns pour une application dans le futur.

De la Mcanique hamiltonienne l'Optique quantique.

Intervenant: Michel Rouleux (laboratoire CPT)
Tel: 0678293114, e-mail : rouleux@univ-tln.fr
Priode et nombre d'heures prvu : 8h au Semestre

Rsum: L'objectif de mini-cours est d'introduire aux techniques de la Mcanique

Lagrangienne et Hamiltonienne, en ciblant particulirement les applications l'Optique. La
thorie s'appuie sur le principe de moindre action qui a d'abord t nonc pour des systmes
de points matriels, mais s'applique aussi bien l'tude des rayons lumineux et la
propagation des ondes. On commence par rappeler le principe de moindre action
(Maupertuis, Fermat, Lagrange, Jacobi) et l'quivalence entre systmes lagrangiens et
hamiltoniens, via la transformation de Legendre. On s'intressera ensuite aux solutions
haute frquence de l'quation des ondes dans un milieu d'indice de rfraction non constant.
Grce la transformation de Fourier dans la variable de temps on se ramne une quation
stationnaire, dite quation de Helmholtz, associe un hamiltonien. Ceci fournit un cadre
gomtrique adquat pour tudier le front d'onde et les caustiques (singularits des varits
lagrangiennes). Les quations de Maxwell dcrivent en fait plus prcismment les ondes
lumineuses dont on tudiera la polarisation (rectiligne, elliptique) en gnralisant le cadre
ci-dessus un systme. Aux ondes lumineuses sont aussi associes des particules (photons)
dotes d'un spin. Ceci donne un ``degr de libert'' supplmentaire aux quations et la
thorie, appele ``spin-optique'', rend compte d'une lgre dflexion des rayons lumineux
polariss, simule plus grande chelle dans les fameux ``mta-matriaux'' ou ``mta-
surfaces''. On conclut ce cours en voquant la proprit (de nature purement quantique)
d'intrication des photons polariss, qui se traduit par la violation des ingalits de Bell.
 Formations validables dans les modules de formation
transversale et professionalisante
Culture scientifique : Les Grandes Dcouvertes de lHistoire de la Physique et leurs
Dmonstrations
Jean-Marc Ginoux
10h

Cette formation a pour but de prsenter les Grandes Dcouvertes de lHistoire de la Physique depuis
Thals de Milet jusqu Albert Einstein en les situant par rapport au contexte de leur poque et en
rappelant travers une biographie dtaille leurs principales contributions. Plus prcisment, il sagit
de placer l'tudiant dans les mmes conditions de connaissances que les physiciens qui les ont alors
ralises. Ce voyage dans le temps lui fera ainsi dcouvrir, par exemple, que Thals naurait pas pu
faire appel au thorme de Pythagore pour mesurer la hauteur de la pyramide de Khops pour la simple
raison quau moment o il exposa son calcul Pythagore ntait pas encore n ! Ainsi, lapproche
propose dans cette formation consiste revenir lorigine de la Physique et reconstruire toute la
connaissance que nous possdons aujourdhui. La prcision tonnante des rsultats obtenus par ces
physiciens tout comme les difficults parfois insurmontables auxquelles ils ont t confronts donneront
plus de sens et plus de poids leurs dcouvertes. Chacune delle donne lieu un problme qui est
prsent dans les conditions o il sest pos chaque physicien et dont la solution est ensuite dtaille.
Cette formation est le cours dispens lEcole Centrale Paris depuis 2015. Il sadresse aux tudiants
et toutes les personnes curieuses de savoir comment la physique sest constitue au cours des vingt-
cinq derniers sicles.

Priode : fvrier-mars.

MEDIATION SCIENTIFIQUE
(10H)
Contacts :
-Sandrine Ihler, P.E. coordonnatrice du Centre Pilote varois sandrine.ihler@ac-nice.fr
-M-A Frmy (UTLN-IM2NP) : fremy@univ-tln.fr

Calendrier : dbut formation initiale : octobre (selon le calendrier de l UFR ST). Intervention pendant
les premier ou/et second semestres dans les coles.
Public concern : doctorants de disciplines scientifiques,
Forme : formation initiale + formation par interaction personnelle du doctorant avec un enseignant
dcole lmentaire et des formateurs de lEducation Nationale qui assurent le suivi sur le terrain.
Modalits spcifiques de validation : attestation de suivi de la formation initiale signe par un
formateur + attestation dintervention signe par lenseignant dcole primaire

Cette action est mene pour favoriser lengagement des tudiants de formation scientifique auprs
des enseignants de lcole primaire et de leurs lves selon les principes de la fondation La main
la pte ( www.fondation-lamap.org ). Lobjectif du partenariat est de mettre en place un projet
scientifique dfini par un professeur des coles pour sa classe tout en favorisant la dmarche
dinvestigation. Le doctorant, en partageant ses comptences et ses connaissances, joue le rle
daccompagnateur et de rfrent scientifique de la classe.
Le module se droulera en deux temps distincts
Un temps de formation et de clarification des missions daccompagnateur scientifique (octobre 2017et
janvier 2018) suivi dune rencontre enseignant / doctorant permettant de dfinir prcisment le projet.
Une formation par interaction personnelle du doctorant avec un enseignant de lcole lmentaire et
des formateurs de lEducation Nationale.

Rq : Chaque doctorant pourra planifier ses interventions en fonction de ses disponibilits

Prparation aux concours acadmiques

Yves Blache : 3h

Ce module consiste en une information sur les diffrentes phases des concours de recrutement sur des
postes dATER et Maitre de Confrences.

-Connaitre les procdures

-Prparer son dossier de candidature
-Prparer son audition

Risques et prvention Laser

Houssam HAJJOUL : 3h

Lutilisation des lasers dans la vie quotidienne est de plus en plus rpandue dans tous les domaines.
Aujourdhui, ce rayon lumineux est partout dans la maison (jouets denfants, lecteur de DVD..), dans
l'industrie (machine de dcoupe, ), dans le domaine mdical (dermatologie, ophtalmologie, ) et
aussi dans la recherche (microscope, cytomtre..).
La nature et la gravit des risques pour les utilisateurs comme pour leur entourage sont souvent
mconnues. Les lasers peuvent tre dangereux pour l'utilisateur et pour son entourage. Le rayonnement
peut causer des effets sur l'il, sur la peau.

Contenu de la formation :

Principe de fonctionnement du laser

Application du laser

Effets physiologiques et impact des rayonnements sur les yeux et la peau

Risques lis une installation laser (lectriques, incendie, mcaniques)

Bases de la rglementation et de la normalisation laser

Moyens de prvention

Limites dexposition DNRO, ZNRO

Consignes de scurit et quipements de protection individuelle (EPI)

Travaux pratiques

Le Monde de ldition scientifique

Alexandre MERLEN : 2 x 1h30

Deuxime semestre

La communication de ses travaux fait partie intgrante du travail de chercheur. Or le monde de

l'dition scientifique possde son propre mode de fonctionnement avec ses rgles, ses codes et ses
coutumes qui peuvent paratre parfois compliqus au chercheur dbutant. L'enjeu est d'autant plus
important qu'outil de diffusion de la connaissance, le monde de la publication scientifique est aussi
devenu outil dvaluation. Dans ce module je propose de prsenter de manire gnrale le monde de
ldition scientifique. Il s'adresse plutt aux tudiants en premire anne de thse.
Univers brevet : exploration, fouille, tats de l'art
Enseignant : David REYMOND
Dure de la formation : 10 h
Priode : janvier avril

La documentation brevet est rarement utilise en tant que ressource documentaire bien qu'utile
pour la construction d'tats de l'art, l'identification d'experts, la dfinition de stratgies de recherche,
ou encore le positionnement de stratgies de dveloppement. Pour de jeunes docteurs ce peut-tre
aussi une source d'informations utiles au ciblage de CV de candidatures. La base de donnes
mondiale de l'Office Europen des Brevets, la plus grande collection libre de document brevets de
plus de 90 millions dentres datant de 1836 nos jours, a ouvert un accs libre aux documents
brevets. Nous avons labor une solution logicielle d'analyse de ces documents pouvant, minima,
servir aux objectifs prcdents (http://dx.doi.org/10.1016/j.wpi.2016.05.002) qui permet de
proposer le plan de formation suivant (max 8-10 personnes pour la mise
en uvre pratique) :
- prsentation du document brevet (2h)
- la formulation de requtes et la construction d'un "univers brevet" (2h)
- l'outil P2N (UTLN - I3M) et instruments associs (2h)
- mise en uvre pratique (4h)
--------

Ce module de formation peut donner lieu un second module d'accompagnement, plus proche des
recherches de chaque doctorant, pour tablir un tat de l'art dans leur domaine : requte,
traitements, analyse, cartographies, rfrences bibliographiques
Programme statistiques

Anne 2017-2018

Intervenants : S. Mounier (6h) (MdC MIO) & M. Raynaud (12h) (Collaborateur MIO, vac.)

Priode : Premier semestre 2018

Dure totale : 18 h

Objectifs :

Savoir utiliser les test statistiques monovariant de comparaison, application au droite

dtalonnage et lexprimentation. Effectuer une analyse factorielle (ACP, ALS, ...) et savoir
traiter statistiquement ses donnes.

Une partie de la formation se fera sur ordinateur en utilisant des tableurs, R ou matlab.Public
/ Niveau requis

La formation sadresse principalement aux tudiants qui souhaite faire un rappel sur les
traitements statistique et savoir utiliser les outils danalyse en composante principale simple,
ou faire des analyses factorielle discriminante.

Programme prvisionnel :

1- Statistiques infrentielles (6h)

- Lois statistiques

- Echantillonnage estimation

- Intervalles de confiance

- Tests d'hypothse. (Tests paramtriques et non paramtriques)

2 - Analyse de donnes : Statistiques descriptives (12h+projet)

- Analyse gnrale

- Analyse en Composantes Principales

- Analyse Factorielle Discriminante

- Rgression linaire et non linaire (PLSR) . Application la discrimination

- Mthodes de classification
 PROPOSITION DE DEUX MODULES DE FORMATION A LED 548

Module 1 : Accompagnement TPE dlves de 1re S du lyce Raynouard

Nom et contact : JL Caccia, rfrent mines de la russite ,
caccia@univ-tln.fr 04 94 14 24 15
Priode : doctobre fvrier.

Nombre dheures valides : 5h par lve encadr. Ces heures correspondent de la diffusion
scientifique auprs dun public potentiellement intress par une poursuite dtude
scientifique.

CADRE GENERAL : MINES DE LA REUSSITE : Partenariat Lyce Raynouard

UFR Sciences et Techniques / Universit de Toulon
NB : les mines de la russite est un dispositif national, appel cordes de la russite ,
soutenu par le ministre de lducation nationale, via le rectorat de lacadmie concerne.
Lobjectif gnral est de promouvoir les tudes suprieures scientifiques auprs de jeunes
du secondaire.

Module 1 : Accompagnement TPE dlves de 1re S du lyce Raynouard

Objectif : Cadrer les actions du tutorat des lves de 1re S du lyce Raynouard de Brignoles
engags dans le dispositif labellis Mines de la russite par les doctorants allocataires
Rgion PACA (ou autres si possible) de lcole doctorale 548 de lUTLN.

Descriptif : Laccompagnement TPE signifie prendre contact avec le ou les lves par email
sous la coordination de lenseignant du ou des lves, suivre lavance du TPE en apportant
conseil sur la mthodologie de recherche, sur la prparation du rapport crit et sur la
prparation de la soutenance orale. Pendant lanne scolaire, le tuteur doit recevoir au-moins
une fois le ou les lves sur son lieu de recherche et lui ou leur faire visiter les locaux, et doit
se dplacer au-moins une fois au lyce pour rencontrer la classe entire et dialoguer avec les
lves. Toutes ces diffrentes phases sont coordonnes par le ou les enseignants responsables
du ou des lves.

Module 2 : Participation active au forum des mtiers et de lorientation au lyce Raynouard

Nombre dheures valides : 5h correspondant la journe complte passe au lyce

Nom et contact : JL Caccia, rfrent mines de la russite ,

caccia@univ-tln.fr 04 94 14 24 15
Priode : une journe entre la mi et la fin janvier

La participation au forum signifie venir au lyce Raynouard pour rencontrer tous les lves de
sections scientifiques par groupes successifs (systme ateliers). Lobjectif est de prsenter aux
lves le cursus suivre pour devenir chercheur (thse de doctorat) et, en guise dillustration,
leurs propres travaux de recherche. Cette approche sinscrit dans lide gnrale de susciter
des vocations scientifiques aux lves, dans ce cas, pour la recherche.