DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

DIRECT D’UNE INFECTION

Les prélèvements, principales bactéries en
cause, interprétation.

Maryse ARCHAMBAUD
Danielle CLAVE

DCEM 1

Laboratoire de Bactériologie-Hygiène
Faculté de Médecine Toulouse-Rangueil

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

1
 - Sommaire -

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES URINES = ECBU ............................................................................................................ 3

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES SELLES = COPROCULTURE ........................................................................................ 6

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE GORGE ...................................................................................... 10

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE SECRETIONS BRONCHIQUES ........................................ 13

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ LA FEMME.................................................. 17

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ L’HOMME.................................................... 22

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE SUPPURATIONS CUTANEES,

PLAIES SURINFECTEES .................................................................................................................................................................. 25

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES FOYERS D’INFECTIONS FERMEES ....................................................................... 28

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DU LIQUIDE CEPHALO-RACHIDIEN (LCR) .................................................................. 30

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DU SANG = HEMOCULTURE ............................................................................................... 32

MODE OPERATOIRE DES HEMOCULTURES AU CHU ............................................................................................................ 36

FEUILLE DE MARQUE POUR LES DEMANDES D’ANALYSE BACTERIOLOGIQUE AU CHU ...................................... 37

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 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES URINES = ECBU
ECBU = Examen Cytobactériologique des Urines
Examen explorant essentiellement les cystites simples ou leurs complications les pyélonéphrites,
prostatites.
„ CIRCONSTANCES DE PRELEVEMENT
- L’urine est un liquide biologique normalement stérile. Toute présence confirmée de germes dans
l’urine intravésicale est pathologique.
- L’urètre peut contenir des germes commensaux qui peuvent être emmené par le flot urinaire.
- Infection spontanée ou après manœuvres instrumentales (iatrogène, infection urinaire arrive au
premier rang des infections nosocomiales).
- Attention les urines sont un bon milieu de culture, prolifération facile des bactéries.

Signes cliniques évocateurs :

o Dysurie, pollakiurie : infection basse
o Douleurs lombaires, fièvre : infection haute
Signes moins évocateurs :
Fièvre chez femme enceinte, immunodéprimé, diabétique, enfant, personne âgée.
Complications :
- Une cystite peut évoluer vers une pyélonéphrite avec passage de bactéries dans le sang et
entrainer un état septicémique.
- Chez l’homme toute infection urinaire doit faire rechercher une atteinte de la prostate.

„ PRELEVEMENT
Conditions de prélèvement :
Il existe une possibilité de retrouver une flore bactérienne commensale de l’urètre si le prélèvement
est mal fait. Un traitement semi quantitatif de celui-ci permet d’éviter cet écueil.
Adulte : Lavage des mains puis nettoyage soigneux du méat urinaire et chez la femme des régions
génitales externes, désinfection locale douce et enfin recueil du milieu du jet des urines du matin de
préférence, ou ayant séjourné au moins 4 heures dans la vessie.
Sondé à demeure : après clampage de la sonde, la ponctionner après désinfection à l’alcool iodé.
Nourrisson : poche collectrice, à vérifier après 30 mn.

Test de screening : utilisation de bandelette réactive chimique

Dès l’émission des urines
Détection de la présence de polynucléaires (normaux ou altérés).
Détection de nitrites (présence d’une entérobactérie)
Bien respecter les temps de lecture (amélioration par lecture automatique par des
petits automates qui en plus assurent un enregistrement papier).
Bonne valeur prédictive négative (98%) si polynucléaires - et nitrites -.

Echantillon Conteneur Transport Conservation Commentaires

Poudrier stérile ≤ 2 heures ≤ 24 heures 4°C La qualité du prélèvement est
+ lame immergée température essentielle ; le recueil et le transport
ambiante doivent être effectués selon des règles
Urines précises pour éviter la contamination et
la multiplication bactérienne
Monovette® avec ≤ 24 heures
conservateur température
ambiante

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„ CONDUITE DE L’EXAMEN
Aspect Macroscopique : limpide ou trouble, couleur (hématique ?), présence de sédiment ?

Cytologie
Leucocytes : présence de plus de 104/ml de leucocytes ou plus de 10/mm3 (attention à l’expression du
résultat). Noter l’éventuelle altération des cellules.
Autres cellules : toujours regarder la présence ou l’absence de
- cellules rénales
- cylindres (hyalins, hématiques, leucocytaires, granuleux)
- cellules épithéliales (ex cellules vaginales)
- cristaux : urate, phosphate ammoniacomagnésien, oxalate de calcium,...

Examen direct
o État Frais : noter la présence de bactéries et leur éventuelle mobilité. Il est difficile de
s’engager plus sur un résultat uniquement sur cet examen.
o Gram : examen possible mais rarement fait en pratique courante. Sensibilité augmentée après
cytocentrifugation.

Automates effectuant la cytologie et la numération des bactéries par cytométrie de flux + ou –

associé à de la fluorescence. Ils permettent de cibler en moins d’une demi-heure les urines positives.
Seuls les échantillons détectés positifs sont secondairement ensemencés.

Mise en culture
Sur des milieux normaux usuels ou chromogènes (ont l’avantage de faire une identification directe des
bactéries le plus souvent impliquées dans les infections urinaires).
Ensemencer une quantité fixe pour dénombrer les bactéries (UFC /ml).
Incuber 24 heures.
Identifier la ou les (les infections urinaires à 2 germes sont rares mais existent) bactéries isolées.
Faire un antibiogramme en testant des antibiotiques qui ont une bonne élimination urinaire.

„ RESULTATS INTERPRETATION
Seuils de significativité

Leucocyturie > 10 /mm3ou > 104/ml

Hématurie > 10 /mm3ou > 104/ml

≥ 103 UFC/ml Pour cystite aigue E.coli et S. saprophyticus

Bactériurie ≥ 105 UFC/ml Pour cystite aigue Autres germes

≥ 104 UFC/ml Pour pyélonéphrite, prostatite

≥ 104 UFC/ml Pour infection nosocomiale

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„ ETIOLOGIE DES INFECTIONS URINAIRES (IU)

IU communautaires IU nosocomiales *

Escherichia coli (80%) Escherichia coli (50%)

Proteus mirabilis Pseudomonas aeruginosa
Klebsiella – Enterobacter – Serratia Enterobacteriaceae
Staphylococcus saprophyticus Enterococcus faecalis
Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus
Enterococcus faecalis Acinetobacter spp
Levures
Bactéries rares
Oligella urethralis
Aerococcus urinae
Corynebacterium urealyticum
Lactobacillus spp

* surtout chez les sujets porteurs de sonde urinaire à demeure ou après cathétérisme.

Les espèces pathogènes diffèrent suivant les terrains.

Penser chez la femme jeune à Staphylococcus saprophyticus qui peut représenter dans cette
population jusqu’à 15% des cystites aiguës.

„ DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobacterium tuberculosis
Leptospira spp
Chlamydia spp
Antigènes urinaires (légionellose, pneumocoque)

„ CONCLUSIONS
Examen apparemment « facile » à réaliser en pratique mais difficile en fait car l’interprétation des
résultats n’est pas toujours aisée.
Il est important d’avoir les renseignements cliniques précis.

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 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES SELLES = COPROCULTURE

L’objectif de cette analyse consiste à rechercher le(s) micro-organisme(s) pathogène responsable de la

diarrhée (entéroinvasif ou entérotoxique) ou à rechercher un déséquilibre de flore. Il faut isoler ce
pathogène au sein d’une flore fécale complexe.

„ CIRCONSTANCES de demande
Diarrhée aigüe.
Le portage d’une bactérie entéropathogène est orienté par la clinique.

„ FLORE DIGESTIVE
Les selles sont composées de résidus alimentaires et de bactéries vivantes et surtout mortes. Les
bactéries représentent 2/3 du poids sec des selles. Dans 1g de matières fécales il y a 5 x 1011
bactéries viables.
La coproculture habituellement pratiquée ne comporte pas
- d’étude quantitative de la flore
- d’étude de la flore anaérobie.
La composition de cette flore est bien connue : essentiellement constituée de bactéries anaérobies
11 12
strictes (10 - 10 bactéries/ml). Les Entérobactéries avec prédominance d’Escherichia coli ne
représentent que 5 à 10% de cette flore. C’est la flore “ résidante ”. De plus il y a une flore de
“ transit ” provenant de l’alimentation et de la flore des autres parties du corps.
La composition de cette flore se modifie en fonction de l’âge et de l’alimentation : le nouveau-né a le
méconium stérile puis sa flore varie selon qu’il est nourri au sein ou au biberon.
La présence de Staphylococcus aureus est fréquente à l’état normal mais en petite quantité.

„ PHYSIOPATHOLOGIE DES TROUBLES DIGESTIFS

I-Bactéries entéropathogènes = pathogènes spécifiques normalement absentes.
a) bactéries invasives : syndrome dysentériforme.
Après adhésion et envahissement de l’épithélium intestinal par la bactérie il peut y avoir
- multiplication au sein des entérocytes et ulcérations de la muqueuse (iléo-colique) entrainant des
nécroses. Il y aura donc une mauvaise réabsorption de l’eau et des électrolytes : les selles seront
glaireuses, muco-sanglantes. La sous-muqueuse réagira par une inflammation : présence de
polynucléaires dans les selles.
C’est le cas des Shigella, E. coli entéro-invasifs (“ Shigella-like ”), Yersinia et Campylobacter.
- simple traversée des entérocytes et *soit colonisation des ganglions (Salmonella responsables des
fièvres typho-paratyphoïdiques)
*soit se multiplier dans la sous-muqueuse (Salmonella
responsables des gastro-entérites).
b) bactéries entérotoxiques : syndrome cholériforme.
La toxine peut être ingérée avec un aliment (Staphylococcus aureus, Clostridium botulinum) ou le plus
souvent sécrétée sur place au niveau de l’intestin grèle.
Les souches bactériennes adhèrent à la muqueuse, se multiplient sans pénétrer dans les cellules et
élaborent des toxines qui provoquent sur les entérocytes des altérations fonctionnelles réversibles et
transitoires, sans modifications morphologiques, et dont le résultat est la sortie d’eau et d’électrolytes
dans la lumière du tube digestif.
Les selles sont abondantes, fréquentes, aqueuses sans polynucléaires ni mucus.
C’est le cas de Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus, des E. coli entérotoxinogènes (ETEC), Aeromonas.

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II-Dysmicrobisme ou déséquilibre de flore :
C’est le cas après certains traitements antibiotiques. Il y a prolifération anormale de bactéries
résistantes présentes de façon habituelle mais en petite quantité (rupture de l’équilibre
microécologique) : Staphylococcus aureus, Pseudomonas, Clostridium difficile.
Les signes sont soit une diarrhée simple, soit une colite droite hémorragique (après amoxicilline
souvent), soit une colite pseudo-membraneuse (C. difficile).

„ BACTERIES A RECHERCHER

Dans tous les cas Demande spécifique/tableau clinique

particulier
Salmonella spp. Clostridium difficile toxinogènes
Shigella spp. Vibrio spp.
Campylobacter spp. Escherichia coli producteur de vérotoxine
Yersinia spp. Bactéries multi résistantes (BMR)
Aeromonas spp.

„ PRELEVEMENT

Echantillon Conteneur Transport Conservation Commentaires

Selles Poudrier ≤ 1 heure ≤ 24 heures Si hospitalisation ≥ 3 jours la

stérile température 4°C coproculture standard n’a pas
ambiante d’utilité* ; seule une recherche
de Clostridium difficile doit
être effectuée

Ecouvillonnage Ecouvillon ≤2 heures ≤24 heures Non recommandé sauf parfois

rectal température température en pédiatrie
ambiante ambiante ou Non recommandé pour détecter
4°C la présence de C. difficile.
* sauf pour les patients ≥ 65 ans et/ou présentant des pathologies associées neutropéniques, infectés
avec le VIH, hospitalisés pour gastroentérite ou manifestations non diarrhéiques des infections
entériques
Biopsie : rectales ou coliques sous endoscopie : sont à analyser comme des matières fécales.
jamais pour Clostridium difficile.

„ RESULTATS
EXAMEN MACROSCOPIQUE
L’aspect macroscopique de la selle est important pour orienter sur la physiopathologie de la diarrhée .
Si selle solide : rechercher du sang, du pus, des glaires.
Si selle liquide, l’aspect fécal avec des glaires sanglantes oriente vers un syndrome dysentériforme
alors que l’aspect incolore ou eau de riz évoque un syndrome cholériforme.

EXAMEN MICROSCOPIQUE

• Présence de polynucléaires si les bactéries sont invasives mais inconstant parfois.

• Absence de polynucléaires : si les bactéries sont entérotoxiques.

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MISE EN CULTURE : importance des renseignements cliniques (âge, notion de voyage récent,
antibiothérapie en cours, toxi-infection alimentaire possible...). Il est indispensable de préciser si l’on
doit rechercher un Vibrion cholérique ou un Clostridium difficile, car ceci fait appel à des techniques
particulières.
L’isolement sera suivi de l’identification et éventuellement, d’un typage sérologique (Salmonella,
Shigella,...) et d’un antibiogramme (impératif pour Salmonella, Shigella, E. coli, Vibrio cholerae). Si le
biologiste se doit de le réaliser devant toutes bactéries pathogènes isolées de coproculture, c’est le
clinicien qui seul jugera ensuite de l’intérêt d’une antibiothérapie.
Dans certains cas une bactériologie quantitative avec numération des différentes espèces
microbiennes peut être demandée.

TEMPS DE REPONSE D’UNE COPROCULTURE :

- en moins de 2h : entérotoxine de C.difficile
- il faut au moins 48h d’incubation pour donner un premier résultat de la culture.

AU TOTAL : interprétation

1 - Culture de routine à la recherche d’une bactérie pathogène spécifique :

* adulte ou enfant de plus de 2 ans :
Voir tableau plus haut.
* enfant de moins de 2 ans :
- rajouter la recherche des E.coli entéropathogènes (EPEC) : sérums agglutinants (4
mélanges) ou recherches génotypiques (PCR de la toxine).
- penser que les étiologies virales sont très fréquentes dans cette tranche d’âge.
* chez le nouveau-né : dans le méconium on recherchera des bactéries responsables
d’infections néonatales : Listeria monocytogenes, E.coli K1, Streptococcus agalactiae.
2 - Notion de voyage récent en “pays tropical” et syndrome cholériforme :
- Vibrio cholerae
- Escherichia coli entérotoxiques ETEC (laboratoires spécialisés) :
= “ Turista ” ou diarrhée des voyageurs (35M de cas/an). Le coût annuel de ces
infections est élevé. La recherche de la toxine n’est pas facile et ne se fait pas en routine.
- Aeromonas spp : diarrhée sérosanglante
- Plesiomonas shigelloïdes se rencontre principalement en zone tropicale.
3 - Malade sous traitement antibiotique : dysmicrobisme ou infection nosocomiale.
- C. difficile : importance de la recherche de la toxine.
La technique de référence est la mise en évidence de la cytotoxine (Tox B) dans les
filtrats de selles sur des cultures cellulaires.
Des méthodes rapides immunoenzymatiques sont actuellement à la disposition des
laboratoires avec des délais de réponse inférieurs à 2h. Ils utilisent des AC monoclonaux
anti-toxine A + B. Ils sont très spécifiques et très sensibles.
- S. aureus s’il est en très grande quantité.
- P.aeruginosa
4 - Syndrome hémolytique et urémique (SHU) : EHEC (E. coli entérohémorrhagiques)
surtout O157 H7.
C'est une recherche difficile car il est souvent en faible quantité. Il est infectant à faibles doses. Il
est fréquent en Amérique du Nord. On le rencontre en France à bas bruit sans que l’on puisse dire les
modes de transmission. Il est trouvé dans la viande bovine, le lait non pasteurisé, le cidre et le jus de
pomme.
Autres sérotypes possibles.

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5 - Intoxication alimentaire
- TIAC (le coût de ces maladies transmises par les aliments est très élevé. C’est un
problème de santé publique).
. d’incubation courte non fébrile ( 1 à 4h)
S.aureus
Bacillus cereus
. d’incubation longue (12 à 72h)
Salmonella spp
Y.enterocolitica (lait et porc)
C. perfringens
- Botulisme (à part car on ne recherche pas la bactérie dans la coproculture).
Prélever du sérum pour rechercher la présence de toxine.
- Penser aux recherches dans les aliments, dans les vomissements,...
6 - Détection de la colonisation par des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques
surtout en milieu hospitalier.
- Entérocoques résistants à la vancomycine
- Entérobactéries productrices de ß lactamase à spectre étendu BLSE.
- Staphylococcus aureus multi-résistant (SAMR).
7 - Portage lors d’une épidémie documentée de la bactérie pathogène dans l’entourage d’un
patient ou parmi le personnel soignant.
Recherche orientée.
Se pratique sur des selles même solides.
8 - Portage chez le personnel de restauration. Les selles sont solides le plus souvent.
- Salmonella spp
- Staphylococcus aureus : si isolement, il faudrait faire la recherche d’entérotoxine car les
souches non productrices ne donnent pas de TIAC.
9 - Patients infectés par le VIH
Coproculture de routine : fréquence de Campylobacter ssp.

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 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE GORGE

„ CIRCONSTANCES

Angines aiguës
- angines érythémateuses et érythématopultacées : infection à Streptococcus pyogenes ou
Streptocoques hémolytiques du groupe C ou G) ou infection virale. Si la souche de
Streptococcus pyogenes est productrice de toxines érythrogènes, une scarlatine peut se
déclarer. En l’absence de traitement les complications poststreptococciques (RAA, GNA) peuvent
survenir.
- angine pseudomembraneuse (les amygdales sont recouvertes de pellicules blanc nacrée ou
grisâtres, fermes, adhérentes, épaisses) : infection à Corynebacterium diphtheriae ou
monocucléose infectieuse : prélèvement obligatoire surtout si on ne connaît pas l’antécédent
vaccinal contre la diphtérie.
- angine vésiculeuse (vésicules visibles ou ulcérations minimes) : pharyngite herpétique, associée à
une gingivostomatite.
- angine ulcéronécrotique (lésion unilatérale, avec perte de substance à fond noirâtre saignotant) :
Angine de Vincent, association de 2 bactéries anaérobies Fusobacterium necrophorum et Borrelia
ou Chancre syphilitique.

Recherche de porteurs de bactéries à potentialité pathogène, ou de bactéries responsables

d’infections en milieu hospitalier (Staphylococcus aureus Méticilline résistant), ou de toxi-infections
alimentaires chez le personnel des cuisines (Staphylococcus aureus producteur d’entérotoxine,
Streptococcus pyogenes)

Bilan d’une IST

Phlegmon de l’amygdale : la collection est fermée, prélèvement au cours d’une ponction évacuatrice,
prélèvement de gorge sans intérêt
Epiglottite aigue : à proscrire car dangereux (agent étiologique Haemophilus influenzae b)

„ PRELEVEMENTS
La mise en culture d’un prélèvement pharyngé dans le cadre des angines érythémateuses est peu
réalisé, en raison de la mise sur le marché d’un Test de diagnostic rapide (TDR) par réaction
immunoenzymatique = Doctor Test pour le diagnostic de Streptococcus pyogenes.
Par contre cette culture est indiquée pour les personnes allergiques aux β-lactamines pour tester la
sensibilité aux macrolides de S. pyogenes.

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 Site Conteneur Transport Recherches

Amygdales ou paroi postérieure Ecouvillon ≤ 2 heures Bactéries des angines aigues ou

pharynx Avec ou sans température bactéries de portage
milieu de ambiante
Abaisse langue pour éviter la transport
contamination salivaire
Emission du son AAA
Ecouvillon de coton ou d’alginate :
Dans le cadre d’une angine à
fausses membrane : écouvillon à
la périphérie des membranes.

„ RESULTATS

EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram : Aspect de la flore bactérienne

Site Résultat Diagnostic

gorge Gram association Angine de Vincent : diagnostic par

fusospirillaire examen direct et pas par culture

CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES

Germes de la flore pharyngée

Streptocoques α hémolytiques ou non hémolytiques
Neisseria commensales
Corynebactéries commensales
Staphylococcus à coagulase négative
Stomatococcus mucilaginosus
Anaérobies de la Flore de Veillon
Staphylococcus aureus
+ des bactéries en transit : Entérobactéries, Pseudomonas en petite quantité

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 Germes à potentialité pathogène Type d’infections
Streptococcus pyogenes (groupe A)
Streptocoques β hémolytiques du groupe C ou G

Angine de Vincent Angine ulcéronécrotique

Arcanobacterium haemolyticum possibilité d’un rash cutané

Corynebacterium diphtheriae avec recherche de la Exceptionnelle en France. Maladie à

production de la toxine déclaration obligatoire
Dépistage des porteurs dans
l’entourage
Neisseria gonorrhoeae
Candida (Champignon)

Germes de portage

Staphylococcus aureus : recherche des porteurs de SAMR (souches résistantes à la méthicilline)

Neisseria meningitidis : ne pas rechercher dans l’entourage d’un patient atteint d’une méningite

„ CONCLUSION
Rarement réalisé mais de grande importance dans le cadre des angines à fausses membranes

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 .

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE SECRETIONS BRONCHIQUES

„ CIRCONSTANCES

Atteinte des voies respiratoires

Bronchite aigue ou chronique
Broncho-pneumopathie chronique obstructive BPCO

Atteinte du parenchyme pulmonaire

- Pneumopathies communautaires, extrahospitalières : pneumonie franche lobaire aigue
- Pneumopathies atypiques
- Mucoviscidose
- Pneumopathies nosocomiales sous ventilation artificielle
- Abcès pulmonaire

„ PRELEVEMENTS

Type Conteneur Transport

Expectoration. Flacon stérile ≤ 2 heures
prélevée le matin à jeun, après toilette buccale température
et mise dans pot stérile à l'issue d'une toux ambiante
profonde pour recueillir un crachat, ou après
effort induit par kinésithérapie
méthode non agressive mais contamination
oropharyngée

Prélèvements distaux, guidés ou non par fibroscopie pneumopathies nosocomiales

Aspiration endotrachéale Flacon stérile
si intubation ou trachéotomie (soins intensifs)

Fibro-aspiration Flacon stérile

sécrétions d'un territoire bronchique
lors d’une fibroscopie
≤ 2 heures
Lavage broncho-alvéolaire (LBA) : 100 à 200ml Flacon stérile température
instillé dans le chenal du fibroscope ambiante
puis réaspiré
miniLBA : 20 ml

Brossage distal bronchique protégé Extrémité de la

brosse dans 1 ml de
solution saline stérile
Aspiration distale protégée par cathéter Flacon stérile

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„ RESULTATS

EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram :
Examen cytologique : numération des polynucléaires par champ microscopique (objectif x10 et oculaire
x10)
Aspect de la flore bactérienne : noter bactérie prédominante, ou bactérie ramifiée (aspect de
Nocardia)

type Résultat Diagnostic

Expectoration Gram Permet de contrôler la qualité du

prélèvement par les critères de Murray et
Washington
quantité abondante de cellules épithéliales : contamination salivaire
>25/champ et à une absence de
polynucléaires <10/champ
bonne expectoration

<10 cellules épithéliales/champ et>25

polynucléaires/champ.

Permet de suspecter une bactérie à confirmer par la culture

prédominante

Aspiration endotrachéale

Fibro-aspiration
Gram
Lavage broncho- Evaluer la quantité de polynucléaires
alvéolaire (LBA) : Permet de suspecter une bactérie à confirmer par la culture
miniLBA prédominante
après cytocentrifugation Pour certains auteurs la présence de
bactéries intrapolynucléaires (5% de PN
Brossage distal avec des bactéries) dans le lavage broncho
bronchique protégé alvéolaire est un élément de diagnostic
entre infection et colonisation
Aspiration distale
protégée par cathéter

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CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES

Germes de la flore pharyngée

Streptocoques α hémolytiques ou non hémolytiques
Neisseria commensales
Corynebactéries commensales
Staphylococcus à coagulase négative
Stomatococcus mucilaginosus
Anaérobies de la Flore de Veillon
Staphylococcus aureus
+ des bactéries en transit : Entérobactéries, Pseudomonas en petite quantité

Germes à potentialité pathogène Seuil numération

Infection communautaire
Streptococcus pneumoniae Expectoration : >=107 bactéries /ml
Haemophilus influenzae
Branhamella catarrhalis

Germes à potentialité pathogène Seuil numération

Infection nosocomiale
Staphylococus aureus La difficulté est de distinguer la
Toutes les Entérobactéries colonisation de l’infection : à interpréter
Pseudomonas aeruginosa avec les données cliniques, radiologiques et
Acinetobacter baumannii biologiques
Autres bactéries opportunistes …
Fibroaspiration : >=106 bactéries /ml
LBA : >=104 bactéries /ml
Brosse : >=103 bactéries /brosse

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 Germes considérés toujours comme Recherche complémentaire
pathogènes
Pas de seuil de numération
Legionella pneumophila et autres -Antigènes urinaires par une méthode ELISA,
espèces de Legionella unitaire, rapide (15 minutes) pour L.pneumophila
Communautaire ou nosocomiale sérogroupe 1.
-Sérologie (2 sérums à 6 semaines d’intervalle)
Déclaration obligatoire
séroconversions ou titres élevés (taux
significatif : 1/ 256)

Nocardia spp : à la coloration de

Gram, présence de bâtonnets ramifiés

Rhodococcus equi : chez les

immunodéprimés, particulièrement SIDA

Bactéries anaérobies : dans les

abcès pulmonaires

Pasteurella multocida : dilatations

des bronches

Germes dans la mucoviscidose Seuil numération

Staphylococcus aureus Expectoration :
Haemophilus influenzae 102 /ml pour P. aeruginosa, B. cepacia
Pseudomonas aeruginosa avec des 105 /ml pour les autres bactéries
souches mucoides
Burkholderia cepacia
autres bactéries non fermentants,
Entérobactéries

„ CONCLUSION
Pour le diagnostic de certaines bactéries intracellulaires, responsables de pneumopathies dites
atypiques et qui ne poussent pas sur les milieux de culture standard, le diagnostic repose sur la
sérologie : Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia psittaci, Chlamydia pneumoniae, ou sur des techniques de
biologie moléculaire (PCR) à partir des sécrétions bronchiques.

Un bon nombre de pneumopathie sont encore non documentées : il est important de réaliser des
hémocultures dans le cadre des atteintes du parenchyme pulmonaire.

Le diagnostic de la tuberculose n’a pas été abordé dans ce chapitre.

Il n’est pas toujours simple de faire la différence entre colonisation et infection dans le cadre des
pneumopathies nosocomiales.

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EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ LA FEMME

„ CIRCONSTANCES
Mycose : Candida albicans
Vulvovaginite à Trichomonas vaginalis (IST)
Vaginoses bactériennes : prolifération polybactérienne, diminution Lactobacilles
Vaginites bactériennes : prolifération d’une espèce bactérienne fillette et femme ménopausée

Endocervicites à Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis (IST)

Infections utéroannexielles (endométrite, salpingite, pelvipéritonite)

Portage vaginal : BVHRI bactéries vaginales à haut risque infectieux pour le nouveau-né
Recommandation de l’ANAES : dépistage systématique de Streptococcus agalactiae à
35-37 semaines de grossesse

Renseignements cliniques obligatoires pour la conduite de l’examen cyto-bactériologique et pour

son interprétation.

„ PRELEVEMENTS
Site Conteneur Transport Recherches

Vulve écouvillon ≤ 2 heures Levures,

température Staphylocoques, Streptocoques
ambiante

Vaginal écouvillon ≤ 2 heures BVHRI pendant grossesse

auto prélèvement température Vaginose bactérienne
ambiante
C. trachomatis et N. gonorrhoeae
(par PCR)

Vaginal 2 ≤ 2 heures 1 écouvillon : examen direct

Sous spéculum écouvillons température 1 écouvillon : culture
ambiante
- Levures
-Trichomonas vaginalis
- Vaginose bactérienne
- Vaginite bactérienne
- BVHRI pendant grossesse

Endocol 2 écouvillons ≤ 2 heures

Après désinfection de Avec milieu température Par Culture
l’exocol de transport ambiante
1 écouvillon coton : N. gonorrhoeae
1 écouvillon dacron : C. trachomatis
Urètre 1 autre écouvillon : Mycoplasmes
Par PCR
N. gonorrhoeae et C. trachomatis
Sous coelioscopie Flacon ≤ 2 heures
température
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
17
 Prélèvements tubo- stérile ambiante
péritonéaux

Premier jet des urines Flacon ≤ 2 heures C. Trachomatis par PCR

stérile température
ambiante

Stérilet Flacon ≤ 2 heures

stérile température
ambiante

Orifice glande de Ecouvillon ≤ 2 heures

Bartholin température
ambiante

Ulcération génitale Ecouvillon ≤ 2 heures Ecouvillon : Levures, Streptocoques

Grattage température Grattage :
avec ambiante
Syphilis :Trepomema pallidum
vaccinostyle
Autres :
Haemophilus ducreyi
C. Trachomatis : LGV
Donovanose
Herpes : HSV-1 et HSV-2

„ RESULTATS

EXAMEN DIRECT
Etat Frais : polynucléaires PN et cellules épithéliales CE
Aspect inflammatoire : très nombreux PN, rares CE
Aspect non inflammatoire : nombreuses CE, même si nombreux PN
Coloration de Gram : Présence de levures et Aspect de la flore bactérienne (Score de Nugent qui
permet de faire le diagnostic de vaginose avec disparition des Lactobacilles, prolifération de plusieurs
espèces bactériennes)
Immunofluorescence : recherche d’antigène C. trachomatis
Fond noir : Treponema pallidum morphologie hélicoïdale et mouvement de rotation caractéristique sur
sérosité fraîchement prélevée

Site Résultat Diagnostic

Vulve Etat frais Mycose

Levures

Vaginal Etat frais

Auto prélèvement Inflammatoire
et Trichomonas vaginalis Infection à Trichomonas
Sous spéculum Non inflammatoire
Levures Mycose
Gram
Score de Nugent : à 7-10 Permet de poser le diagnostic de
vaginose bactérienne

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

18
 Flore monomorphe et Vaginite bactérienne petite fille et
aspect inflammatoire femme ménopausée

Endocol
Stérilet Etat frais et Gram Diagnostic repose sur la culture ou
Prélèvements tubo- Peu informatif la PCR
péritonéaux
Orifice glande de
Bartholin
Premier jet des urines

Endocol Immunofluorescence C. trachomatis

Urètre

Ulcération génitale Fond noir Syphilis :Trepomema pallidum

CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES

Germes de la flore vaginale

Flore dominante – Groupe I
Lactobacillus spp. : plusieurs espèces
Flore de voisinage digestive et cutanée - Groupe II
Anaérobies : plusieurs espèces
Streptocoques du groupe B (S.agalactiae)
Entérocoques
Corynebacterium spp.
Staphylocoques à coagulase négative
Gardnerella vaginalis
Mobiluncus spp.
Mycoplasma hominis, genitalium
Ureaplasma urealyticum
Entérobactéries : Escherichia coli, …
Candida spp
Flore oropharyngée - Groupe III
Streptocoques
Haemophilus spp
Flore de l’environnement
Pseudomonas spp
Acinetobacter spp

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

19
Selon les bactéries recherchées, les milieux de culture sont spécifiques pour N. gonorrhoeae, pour les
Mycoplasmes. Pour C. trachomatis, la culture se réalise sur des cultures cellulaires.

Germes considérés toujours comme pathogènes Type d’infections

ITS
Neisseria gonorrhoeae Endocervicite
Chlamydia trachomatis Complications :
Endométrite, Salpingite, Pelvipéritonite
Trichomonas vaginalis Infection vaginale

Germes à potentialité pathogène Type d’infections

Flore de voisinage digestive et cutanée -Groupe II
Anaérobies : plusieurs espèces
Streptocoques du groupe B (S.agalactiae)
Entérocoques Endométrite :
Corynebacterium spp. Circonstances cliniques à risque
Staphylocoques à coagulase négative Port d’un stérilet, investigation
Gardnerella vaginalis endoutérine postpartum, postabortum
Mobiluncus spp.
Mycoplasma hominis, genitalium Salpingite
Ureaplasma urealyticum
Entérobactéries : Escherichia coli, …
Candida
Flore oropharyngée -Groupe III
Streptocoques
Haemophilus

Germes de portage Type d’infections

BHVRI
Streptococcus agalactiae ++++ Infections maternofoetales et
Escherichia coli néonatales
Staphylococcus aureus Situation à risque : rupture prématurée
Streptococcus pneumoniae de la poche des eaux, menace
Streptococcus pyogenes d’accouchement prématuré
Haemophilus spp

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

20
„ CONCLUSION
Les prélèvements génitaux chez la femme sont divers
Deux sont couramment effectués
- le prélèvement vaginal qui permet de poser le diagnostic de mycose, vaginose bactérienne et de
rechercher les bactéries à risque d’infection materno-foetale et néonatale.
- le prélèvement de l’endocol qui permet de diagnostiquer deux bactéries fragiles N. gonorrhoeae
et C. trachomatis.
Les techniques par biologie moléculaire permettent aujourd’hui d'effectuer le diagnostic de ces
deux espèces fragiles pour la culture.
L’auto prélèvement vaginal peut être prescrit pour la recherche de N. gonorrhoeae et C.
trachomatis par PCR.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

21
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ L’HOMME

„ CIRCONSTANCES
Urétrite avec écoulement ou sans écoulement
Infection profonde : prostatite, épididymite
Ulcération génitale

Renseignements cliniques obligatoires pour la conduite de l’examen cyto-bactériologique et pour son

interprétation.

„ PRELEVEMENTS
Le matin avant toute toilette
Site Conteneur Transport Recherches

Prélèvement urétral Ecouvillons ≤ 2 heures 1 écouvillon : examen direct

Si écoulement Avec milieu température 1 écouvillon : culture standard
de transport ambiante
recueil d’une goutte Par Culture
Si pas d’écoulement : 1 écouvillon coton : N. gonorrhoeae
Ecouvillon 1cm dans l’urètre 1 écouvillon alginate : C. trachomatis
2 Ecouvillons alginate 2 à 3cm 1 autre écouvillon : Mycoplasmes
dans urètre Par PCR
N. gonorrhoeae et C. trachomatis

Premier jet des urines Flacon ≤ 2 heures C. Trachomatis et N. gonorrhoeae

stérile température par PCR
ambiante

Sécrétions prostatiques Flacon ≤ 2 heures Prostatite aigue ou chronique

Après massage prostatique stérile température
ambiante
Recueil des urines

Ulcération génitale Grattage ≤ 2 heures Grattage :

avec température Syphilis :Trepomema pallidum
vaccinostyle ambiante
Ponction ganglion Autres :
Réalisée au
Haemophilus ducreyi : chancre
laboratoire
mou
C.Trachomatis :LGV
Ponction lymphogranulomatose vénérienne
dans flacon
Donovanose
stérile
(Herpes : HSV-1 et HSV-2)

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

22
„ RESULTATS

EXAMEN DIRECT
Etat Frais : polynucléaires PN
Aspect inflammatoire : très nombreux PN,
Coloration de Gram : si cocci gram- en diplocoque : suspicion de Neisseria gonorrhoeae
Immunofluorescence : C. trachomatis (corps élémentaire), et Treponema pallidum
Fond noir : Treponema pallidum morphologie hélicoïdale et mouvement de rotation caractéristique sur
sérosité fraîchement prélevée

Site Résultat Diagnostic

Prélèvement endo urétral Etat frais

Si écoulement Trichomonas vaginalis Infection à Trichomonas
recueil d’une goutte Gram
Si pas d’écoulement : Cocci diplo Gram- intra Infection à Neisseria gonorrhoeae
Ecouvillon 1cm dans l’urètre polynucléaires ou extra : fortement suspectée
2 Ecouvillons alginate 2 à
3cm dans urètre
Immunofluorescence C. trachomatis

Ulcération génitale Fond noir Syphilis : Treponema pallidum

Immunofluorescence
Ponction ganglion May Grünwald Giemsa Haemophilus ducreyi et Klebsiella
granulomatis (agent de la
donovanose)

CULTURE MICRO-ORGANISMES ISOLES

Selon les bactéries recherchées, les milieux de culture sont spécifiques pour N. gonorrhoeae, pour les
Mycoplasmes. Pour C. trachomatis, la culture se réalise sur des cultures cellulaires.

Germes de la flore cutanée

Flore peu abondante
Staphylocoques à coagulase négative
Entérocoques
Corynebacterium spp.

Germes considérés toujours comme pathogènes Type d’infections

ITS
Neisseria gonorrhoeae Urétrite gonococcique : écoulement
dans 90% des cas
Chlamydia trachomatis Urétrite non gonococcique : souvent
symptomatique
Complications :
Epididymite
Trichomonas vaginalis Infection
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
23
 Germes à potentialité pathogène Type d’infections
Mycoplasmes
U. urealyticum Seuil 104 /ml urètre,
M.hominis 103 /ml premier jet urine:
M. genitalium (par PCR, pas de quantitatif) Urétrite à Ureaplasma urealyticum
M. genitalium : urétrite récidivante
chez homosexuel
M. hominis : ?

Autres bactéries Infection urétrale possible à ces

En culture pure et abondante bactéries
Entérobactéries Prostatite
S. pneumoniae
Haemophilus influenzae
P. aeruginosa
…….

„ CONCLUSION
Les prélèvements génitaux chez l’homme :
Deux prélèvements chez l’homme sont couramment effectués
- le prélèvement urétral
- le prélèvement du premier jet des urines pour la recherche de N. gonorrhoeae et C.
trachomatis.
Les techniques par biologie moléculaire permettent aujourd’hui d'effectuer le diagnostic de deux
espèces fragiles N. gonorrhoeae et C. trachomatis pour la culture.

Ne pas oublier de réaliser les sérologies Syphilis, et Chlamydia trachomatis dans le cadre des
infections hautes ou de la lymphogranulomatose vénérienne en augmentation dans la population
homosexuelle masculine.

La conduite au laboratoire de ce type de prélèvement ne peut être réalisée sans les

renseignements cliniques.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

24
 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE
SUPPURATIONS CUTANEES, PLAIES SURINFECTEES

„ CIRCONSTANCES :
Une grande diversité d’espères bactériennes peut être isolée à partir de ces prélèvements et souvent
il s’agit d’infections mixtes associant des germes aérobies et anaérobies.
Dermatoses bactériennes
Furoncle – Anthrax – Impétigo- Panaris
Erysipèle- Cellulite
Les principales bactéries responsables :
S. aureus, S. pyogenes
Bien souvent pas de prélèvement
Attention aux souches S. aureus LPV + (toxine leucocidine de Panton-Valentine) : lésions nécrotiques
graves
Acné (Propionibacterium acnes)
Si tissu nécrosé : Clostridium perfringens

Infection après effraction accidentelle

Piqûres
Piqûre aiguille
Abcès au point de piqûre, Toxicomanes, …
Bactéries transitaires de la flore commensale : S. pyogenes ou autres Streptocoques β-hémolytiques,
S. aureus, ….
Piqûre insecte
peut se surinfecter avec bactéries présentes sur la peau
Piqûre Tique : transmission de Borrelia (maladie de Lyme)
atteinte cutanée Erythème migrant
diagnostic par PCR sur biopsie tissulaire
Surinfection brûlure
Dans un premier temps la lésion est stérile
Puis la zone brûlée va se coloniser avec bactéries :
le diagnostic d’infection sera clinique et biologique
les prélèvements : biopsie ou empreintes au niveau de la brûlure
avec évaluation semi-quantitative des bactéries par gramme de tissu ou cm2 de peau
Les bactéries retrouvées : S. aureus, Pseudomonas aeruginosa, Entérobactéries, Bacillus cereus,
Importance de la surveillance : sepsis et cause de mortalité importante
Traumatisme avec plaie ouverte :
ne pas oublier Clostridium tetani pour la prévention (par contre rarement retrouvée)
Accident de la voie publique, agricole, domestique ……
Importance de savoir le lieu de la contamination pour la recherche des bactéries de l’environnement.
Pas de prélèvement avant le nettoyage de la plaie. Antibioprophylaxie. Prélèvement si surinfection.
¾ Terre : Bacillus (cereus), Entérobactéries, Pseudomonas, Clostridium, Actinomyces…..
¾ Eau : Aeromonas,Vibrio (halophiles eaux de mer), Entérobactéries, Pseudomonas,…..
Attention aux formes fulminantes pour Aeromonas et Bacillus cereus : pouvoir nécrotique important
Mycobacterium marinum : eaux d’aquarium, piscine. Formation d’un granulome.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

25
Morsure, Griffades, Léchage plaie, par animal
Infections très fréquentes
Les bactéries proviennent de la flore pharyngée de l’animal : grande diversité des espèces (habitat des
petits bacilles à gram- de culture difficile)
Abcès hyperalgique très précoce pour Pasteurellose.
Infections polymicrobiennes
Morsure de chien
Pasteurella multocida (20 à 30 %)
Staphylococcus aureus (20 à 30 %)
Streptocoques α et β hémolytiques
Staphylococcus intermedius (±)
Capnocytophaga canimorsus (±)
Bergeyella, …
Neisseria animales
Morsure, griffade de chat
Pasteurella multocida (≥ 50 %)
Bartonella henselae (maladie des griffes du chat : diagnostic par sérologie)
Morsure d’homme
Au cours de rixe, rugby…
Complication à distance : abcès cerveau, arthrite ….
Bactéries de la flore pharyngée de l’homme :
- Anaérobies (55 %)
Bacilles à Gram – : Prevotella pigmentés et non pigmentés
Porphyromonas
Fusobacterium nucleatum, necrophorum
Coques à Gram + : Peptostreptococcus
- Streptocoques oraux
- Staphylococcus aureus
- Eikenella corrodens (25 %)
- Haemophilus influenzae (±)

Infections chroniques
Escarre : utilité des prélèvements ?
malade en choc septique
recherche de BMR
Ulcère pied diabétique : problématique fréquente
Aucun moyen formel permettant de différencier une colonisation d’une infection!!!
Pas de prélèvement sans nettoyage sérieux avec du sérum physiologique de la lésion.
Privilégier les prélèvements profonds : aspiration à l’aiguille, biopsies osseuses
L’interprétation doit tenir compte:
- des conditions de recueil du prélèvement
- des conditions et du délai de transport du prélèvement au laboratoire
- du nombre de prélèvements où le même germe est isolé (germes commensaux)
Les bactéries retrouvées : souvent plusieurs
Plaie récente : S.aureus, Streptocoques, Corynebactéries (attention à C. ulcerans toxinogène)
Plaie >1 mois : + Entérobactéries, Entérocoques, P. aeruginosa,
Antibiothérapie antérieure : Bactéries multirésistantes SAMR, P.aeruginosa, Acinetobacter…

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

26
„ PRELEVEMENTS

Réalisation Conteneur Transport

Après nettoyage de la plaie

Ecouvillon ≤ 2 heures
Par écouvillonnage température
Avec ou sans milieu de
transport ambiante

Aspiration liquide Flacon stérile

Biopsie

„ RESULTATS

EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram : Aspect de la flore bactérienne et noter bactérie prédominante

CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES

Germes de la flore cutanée

Flore résidente:
- 3 genres prédominants : Staphylococcus (coagulase -) Corynebacterium
(lipophiles et non lipophiles) et Propionibacterium (acnes, avidum)
- autres espèces : Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus (portage nasal,
périnée), autres Streptocoques, …
- spécificité selon les territoires cutanés : face, cuir chevelu, aisselles, main, tronc,
périnée, pied.
- différence entre zones humides et sèches : quantité et espèces
3 6-7
- 10 bact/cm2 de peau (10 aine, aisselles)

Flore en transit :
- implantation transitoire à partir :
- du milieu extérieur : Pseudomonas, Acinetobacter, …
- du tube digestif : Entérobactéries, Entérocoques,…
- importance dans le portage et la transmission des bactéries responsables
d’infections nosocomiales : SAMR fosses nasales et cutané (périnée)

„ CONCLUSION
Etant donné la diversité des localisations et des bactéries à potentialité pathogène il est important
d’accompagner le prélèvement des renseignements cliniques notamment la circonstance du prélèvement.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

27
 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES FOYERS D’INFECTIONS FERMEES

„ TYPES DE SUPPURATIONS
Les localisations sont nombreuses et l’infection se fait :
- soit par contiguïté, à partir d’une flore commensale
- soit après un traumatisme ou des manœuvres chirurgicales
- soit par une métastase septique
Il s’agit :
* d’infections profondes : abcès sous-cutanés (cou,...), abcès viscéraux (cerveau, poumon, os,
articulation), phlegmons, adénites.
* d’infections des séreuses : plèvre, péritoine, articulation, péricarde.
Nous ne parlerons pas ici du LCR.

„ ETIOLOGIE
Une grande diversité d’espères bactériennes peut être isolée à partir de ces prélèvements et souvent il
s’agit d’infections mixtes associant des germes aérobies et anaérobies.
On distingue les suppurations proches d’une flore commensale (flore bucco-dentaire pour les abcès du
cou, flore intestinale pour les péritonites..., flore vaginale pour les pyosalpinx et les péritonites
pelviennes) qui seront souvent plurimicrobiennes de celles éloignées des flores commensales (os et
articulation, abcès du cerveau, abcès du poumon, abcès du foie) qui seront souvent monomicrobiennes.

„ PRELEVEMENT
Echantillon Conteneur Transport Conservation Commentaires
Liquide d’aspiration à Poudrier ou ≤ 15 minutes ≤ 24 heures Examen peu sensible
l’aiguille fine au tube stérile température température (culture informative dans
niveau de la lésion ambiante ambiante peu de cas). Attention si
Cellulite
(éventuellement Streptococcus pyogenes.
après irrigation avec
du sérum
physiologique
stérile)

Abcès Matériel purulent Poudrier ≤ 2 heures ≤ 24 heures

fermé aspiré à la seringue stérile température température
ambiante ambiante
ou
séreuse

Tissu Biopsie Poudrier ≤ 15 minutes ≤ 24 heures Pour éviter le

solide stérile température température dessèchement, les petits
ambiante ambiante morceaux doivent être
humidifiés avec quelques
gouttes de sérum
physiologique stérile.

Moelle Matériel aspiré à la flacon ≤ 2 heures ≤ 24 heures La myéloculture peut être

seringue d’hémoculture température température utile pour le diagnostic des
osseuse
ou poudrier ambiante ambiante infections mycobactériennes
ou fongiques disséminées, mais
stérile
elle est pratiquement dénuée
d’intérêt pour le diagnostic
des infections bactériennes
courantes

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

28
„ PRELEVEMENT DES CAVITES SEREUSES
Echantillon Conteneur Transport Conservation Commentaires
Poudrier stérile ≤ 15 minutes ≤ 24 heures Les bactéries anaérobies
température étuve 35-37°C d’intérêt clinique sont capables,
ambiante pour la plupart, de présenter
une survie courte dans un
Liquide récipient contenant de l’air.
- pleural Mettre suffisamment de liquide.
- péricardique Le transport au laboratoire doit
- péritonéal se faire le plus rapidement
- amniotique possible
- articulaire Flacon ≤ 2 heures ≤ 24 heures L’inoculation « au lit du malade »
- bile d’hémoculture température étuve 35-37°c dans un flacon d’hémoculture
ambiante est intéressante surtout pour
les liquides de dialyse
péritonéale (grand volume et,
souvent, densité faible de
germes) et les liquides
articulaires. Il n’est pas possible
de réaliser l’examen direct
(dilution du prélèvement).

„ DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobactéries
Brucella spp
Legionella spp
Bartonella spp
Francisella tularensis
Mycoplasma spp (péricardite, arthrite)
Helicobacter pylori (biopsie gastro-duodénale)
Nocardia spp
Chlamydia spp (péricardite, liquide péritonéal)
Borrelia spp (arthrite)

„ RESULTATS
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Un examen minutieux est réalisé sur un état frais et après coloration au bleu et au gram.
MISE EN CULTURE
Elle est réalisée sur milieux gélosés riches et bouillon enrichissant de façon à couvrir toutes les
bactéries.
L’isolement sera suivi de l’identification et d’un antibiogramme.
DELAI DE REPONSE
Variable, au minimum 72h avec antibiogramme.
Peut aller jusqu’à 2 mois (Mycobactéries, Maladie des Griffes du chat)
INTERPRETATION
Si monomicrobien : pas de grands problèmes d’interprétation.
Si polymicrobien : il s’agit par exemple de péritonites et des pleurésies dans lesquelles interviennent
souvent les germes de la flore anaérobie de Veillon.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

29
 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE
DU LIQUIDE CEPHALO-RACHIDIEN (LCR)

Celui-ci est pratiqué devant toute suspicion de méningite.

DEFINITION D’UNE MENINGITE BACTERIENNE : encore appelée méningite
« purulente », celle-ci est une réaction méningée à polynucléaires abondants d’origine bactérienne à
l’exclusion du BK et des spirochètes : leptospires, Borrelia et tréponème de la syphilis.

„ ETIOLOGIE DES MENINGITES BACTERIENNES

Méningites communautaires primitives * Méningites secondaires **

Streptococcus agalactiae
Nouveau-né Entérobactéries (surtout Escherichia coli K1) Staphylococcus aureus
Listeria monocytogenes Staphylococcus spp
Nourrisson Neisseria meningitidis Streptococcus pneumoniae
et Streptococcus pneumoniae Streptococcus spp
enfant <5 ans Haemophilus influenzae (rarement depuis la Enterobacteriaceae
commercialisation du vaccin) Pseudomonas spp. et apparentés
Adulte Neisseria meningitidis Anaérobies
et Streptococcus pneumoniae
enfant > 5 ans Listeria monocytogenes
* Bactéries à tropisme méningée
** Soit a)lésion proche des méninges
- traumatisme crânien (ex. Pneumocoque)
- suppuration ORL (idem)
- malformation du SN central et de ses enveloppes ayant nécessité une valve de
dérivation (Staphylocoque coagulase-)
- intervention neurochirurgicale ou neuroradiologique (injection septique ou point
d’appel)
Soit b) foyers infectieux à distance : méningite métastatique
Soit c) altération de l’état général avec déficit immunitaire (cancer, hémopathie - cirrhoses -
transplanté - ...) ex : Listeria.

„ PRELEVEMENT

Echantillon Conteneur Transport Conservation Commentaires

Liquide céphalo-rachidien Tube stérile ≤15 minutes ≤ 2 heures Le transport au
temperature température laboratoire doit être
ambiante ambiante fait le plus rapidement
possible
Ne jamais réfrigérer le
prélèvement

„ DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobacterium tuberculosis
Leptospira spp
Borrelia spp

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

30
„ CONDUITE DE L’EXAMEN
EXAMEN MACROSCOPIQUE
- LCR clair (eau de roche) avec faible quantité de polynucléaires.
- LCR hémorragique par piqûre vasculaire ou hémorragie méningée; dans ce cas il peut devenir
xanthochromique lorsque l’hémorragie méningée est ancienne.
- LCR trouble dû à l’hyperleucocytose et en fonction de son intensité, tous les degrés existent depuis
une légère opalescence jusqu’au pus en passant par l’aspect « eau de riz ».
EXAMEN BIOCHIMIQUE
- protéinorachie augmentée
- glycorachie souvent abaissée voire indosable.
- chlorurachie le plus souvent normale.
EXAMEN MICROSCOPIQUE
* Cytologie quantitative : c’est le dénombrement à l’aide d’un hématimètre des éléments cellulaires du
LCR ; le LCR normal contient moins de 2 éléments/mm3. Le nombre des éléments augmente au cours des
méningites « purulentes ».
* Cytologie qualitative
Celle-ci sera réalisée si le nombre d’éléments est supérieur à 10/mm3. Une coloration hématologique est
pratiquée sur un culot de centrifugation du LCR. La nature des éléments est analysée : polynucléaires,
lymphocytes, monocytes et leur pourcentage relatif (formule).
Une polynucléose oriente vers une méningite purulente bactérienne.
* Bactériologie
Un examen minutieux est réalisé sur un état frais et un culot de centrifugation coloré au bleu et au
gram.
MISE EN CULTURE :
Elle est réalisée sur milieux gélosés riches et bouillon enrichissant de façon à couvrir toutes les
bactéries rencontrées dans les méningites purulentes.
L’isolement sera suivi de l’identification et d’un antibiogramme.

„ RESULTATS
1) Présence de PN et d’une bactérie : pas de problème, la bactérie est responsable de la méningite
2) PN rares, à la limite de la normale et bactérie :
• si bactérie à tropisme méningé, méningite purulente au début ou avec sidération cellulaire
d’évolution suraiguë (cas du purpura fulminans à Méningocoque) ;
• si bactéries telles que S. aureus ou Bacilles à gram -, confrontation avec la clinique.
• si bactéries telles que Staphylocoque à coagulase - ou Corynebacterium : souillure cutanée
probable (sauf si valve de dérivation).
3) PN présents et pas de bactérie
1/ Méningite décapitée par antibiothérapie ou mauvaises conditions de transport
2/ Méningite virale au début (parfois présence de PN)
3/ Processus expansif intra crânien : infectieux (abcès du cerveau) ou non infectieux
(tumeur, hématome)
4/ Certaines leucoses
5/ Certaines maladies inflammatoires (Lupus)
6/ Intervention neuro-chirurgicale ou neuro-radiologique (dans les heures qui suivent)
7/ Hémorragie méningée
8/ Endocardite.

Surveillance de l’efficacité du traitement

Stérilisation du LCR - normalisation des constantes chimiques et cytologiques.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

31
 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DU SANG = HEMOCULTURE

Culture du sang circulant qui est normalement stérile pour pouvoir diagnostiquer une
bactériémie et identifier l’agent infectieux responsable.
Bactériémie :
* transitoire : décharge brève de bactéries dans le sang sans manifestations cliniques et
spontanément résolutive (physiologique).
* continue : endocardite, brucellose, fièvre typhoïde….
* intermittentes : décharges répétées à la suite d’infections diverses.
Septicémie = bactériémie prolongée + état infectieux qui peut aller du sepsis simple à l’état de choc
septique.

„ CIRCONSTANCES CLINIQUES
- fièvre : surtout après acte chirurgical ou instrumental, perfusion depuis quelques jours, déficit
immunitaire, toxicomane, état général altéré, valvulopathie.
- chocs inexpliqués, CIVD
- souffrance néonatale...
- infections localisées sévères (méningite, endocardite, pneumonie, pyélonéphrite, abcès intra-
abdominal...)
- aggravation de l'état général chez un immuno-déprimé.

„ PRELEVEMENT
Faible quantité des bactéries dans le sang (1 bact/mL, trop peu pour examen direct) donc besoin de
prélever une quantité de sang importante (10 mL)

Par ponction veineuse : chez l’adulte au pli du coude, chez le nouveau né et le nourrisson par une veine
épicrânienne ou jugulaire ou ombilicale.

Echantillon Conteneur Transport Conservation Commentaires

Sang 2 Flacons ≤ 2 heures ≤ 24 heures Importance d’une antisepsie
d’hémocultures : température température correcte de la peau au
flacon aérobie ambiante ambiante moment du prélèvement
et flacon Ne jamais pour éviter les
anaérobie* réfrigérer contaminations

* des flacons « pédiatriques » sont commercialisés pour certains automates d’hémoculture, contenant
un volume réduit de milieu de culture pour maintenir le ratio sang : bouillon nutritif entre 1 :5 et 1 :10
lorsque seulement de petits volumes de sang peuvent être prélevés.

Quand prélever :
- le plus tôt possible dans l'évolution de la maladie,
- avant tout traitement antibiotique (ou avant l’administration de la prochaine dose d’antibiotique)
- pendant l'accès fébrile s'il existe, sinon systématiquement toutes les 3-4 heures.
- répéter les prélèvements, mais au maximum six hémocultures (aérobie + anaérobie) en deux jours
: 3x2 à 30-60 min d’intervalle le 1er jour et si c’est (-) au bout de 24h, 3x2 à 30-60 min d’intervalle le
2e jour.

„ DUREE D’INCUBATION DES FLACONS D’HEMOCULTURE

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

32
 Durée Commentaires
d’incubation
(jours)
Hémoculture standard 5 Pour les systèmes manuels : 7 jours avec 2
lectures/jour les premières 48 heures et 1
lecture/jour après.
Endocardite infectieuse 14-30 Une durée d’incubation de 4 semaines est
recommandée par le « Rémic » avec réalisation
de subcultures en cas de négativité des
hémocultures après 48 heures et éventuellement
après 7 jours d’incubation ; cette démarche est
lourde et, jusqu’à présent, il n’y a pas d’étude
démontrant son utilité en cas d’utilisation d’un
système automatisé.
Brucellose 10-21 Pour les systèmes manuels, une incubation de 21
jours semble indiquée même si la plupart des
cultures deviennent positives durant la première
semaine ; il est préférable d’utiliser un milieu
diphasique pour éviter les subcultures. Pour les
systèmes automatisés, il a été démontré que
95% des cultures se sont positivées en 7 jours ;
la prudence fait que la plupart des auteurs
recommande une incubation de 21 jours avec
éventuellement la réalisation de subcultures.

„ CULTURE
Toute bactérie détectée doit être identifiée. Un antibiogramme est réalisé.

„ RESULTATS
BACTERIES Brucella spp Une seule hémoculture
PATHOGENES Salmonella Typhi ou Salmonella spp positive suffit.
SPECIFIQUES Listeria monocytogenes
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pyogenes
Haemophilus spp
Groupe HACEK
Pasteurella spp
Campylobacter spp….

BACTERIES Staphylocoques à coagulase négative Bactéries de la flore cutanée

POTENTIELLEMENT Corynébactéries pouvant parfois être
CONTAMINANTES Propionibacterium acnes responsable du sepsis.
Bacillus spp Renouveler les prélèvements.
Micrococcus spp
Streptocoques « viridans »

ETIOLOGIE LES PLUS FREQUENTES DES BACTERIEMIES

Plusieurs hémocultures sont positives avec la même bactérie et la clinique est évocatrice. Il faut
rechercher le point de départ.
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
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 Staphylococcus aureus
Escherichia coli
Staphylocoques à coagulase négative
Klebsiella pneumoniae
Enterococcus spp
Pseudomonas aeruginosa
Streptococcus pneumoniae
Streptocoques « viridans »
Candida albicans

BACTERIES DES ENDOCARDITES

Streptococcus spp (« viridans » surtout)
Staphylococcus epidermidis et aureus
Enterococcus spp
Groupe HACEK rarement.

BACTERIES DES INFECTIONS LIEES AUX DISPOSITIFS INTRAVASCULAIRES

Cathéter intravasculaire, chambre implantable, pace maker…….

Staphylococcus epidermidis
Autres staphylocoques à coagulase négative
Staphylococcus aureus
Enterobacteriaceae
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter spp
Candida spp
Enterococcus spp
Corynebacterium spp

MOYEN DE DIRE QUE LE MATERIEL EST INFECTE

Chez les patients recevant des chimiothérapies lourdes.
Comparaison des délais positivité de 2 hémocultures réalisés en parallèle et au même moment :
hémoculture à partir du cathéter ou du dispositif implantable
hémoculture par ponction veineuse.

Une précocité du temps de pousse d’au moins 120 minutes en faveur de l’hémoculture sur dispositif par
rapport à l’hémoculture périphérique signe un dispositif infecté qui pourrait être à l’origine de la
septicémie. Le retrait du dispositif est fortement recommandé si l’état général du patient le permet.

HEMOCULTURE POLYMICROBIENNE
Chez les patients immunodéprimés.
Dans les infections cutanées : brûlures, escarres, etc….
Après chirurgie abdominale avec effraction.
Patient au stade d’agonie : par rupture des barrières. Pas de signification clinique.

HEMOCULTURE NEGATIVE
Absence de bactéries dans le sang.
Sepsis du à une autre étiologie (virale, tuberculeuse, rickettsies, chlamydia…….)
Causes d'échec :
prélèvement pas au bon moment ou trop tardivement au cours de la maladie.
traitement antibiotique avant le prélèvement.
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
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 quantité trop faible de sang ensemencé
milieux de culture non adaptés à la bactérie en cause ou microorganisme de culture impossible.
temps d'observation insuffisant.
infection localisée sans bactériémie.

„ DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobactéries
Legionella spp
Leptospira spp
Bartonella spp
Brucella spp
Francisella tularensis

„ CONCLUSIONS
Examen est très demandé en bactériologie.
Dans certaines circonstances c’est le seul moyen d’identifier l’agent causal : ne pas oublier de le
demander.
devant certaines pneumopathies (Streptococcus pneumoniae)
devant un tableau de fièvre chez la femme enceinte (Listeria monocytogenes)
dans les endocardites.
Il faut savoir répéter ce prélèvement dans le temps pour tout patient présentant une fièvre prolongée
surtout en présence de matériel étranger (valve, prothèse…..).

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

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Système actuel au CHU de Toulouse

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 M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
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