Sec 1 Covid PDF
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net/publication/340264844
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Nouhoum Bouare
National Institute Of Public Health (Ex INRSP)
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GWAS Hepatitis viral (HBV) and chronic diseases in Mali View project
All content following this page was uploaded by Nouhoum Bouare on 08 May 2020.
INTRODUCTION
Le syndrome respiratoire aigu sévère (SARS) est une maladie causée par un coronavirus
appelé SARS-CoV, infection connue depuis 2003. L’enveloppe structurale de l’agent
infectieux porte de spicules ou pointes rappelant l’allure d’une couronne, d’où la
dénomination coronavirus. Ces péplomères (spicules) saillent de l’enveloppe structurale pour
participer à la fixation et à l’entrée du virus dans la cellule hôte. Le nouveau coronavirus (ou
SARS-CoV2) dont il est question aujourd’hui et qui est à l’origine de la pandémie en cours, a
été découvert pour la première fois en fin 2019 à Wuhan en Chine dans la province de Hubei.
C’est un nouveau virus respiratoire, qui est responsable de la maladie infectieuse de 2019
encore appelée COVID-19 (CoronaVirus Disease), se manifestant sous la forme d’un
syndrome pneumonique. D’après l’analyse des données récoltées chez les premiers patients
en Chines, l’infection semble diffusée de personne-à-personne. Des études génétiques sont en
cours pour spécifier la source du virus.
Vers la fin du mois de février 2020 la flambée épidémique a pris une ampleur d’envergure
mondiale. Elle s’est intensifiée dans un premier temps avec des foyers en Corée du Sud, au
Japon et à Singapour, puis de nouveaux foyers sont apparus en Iran et en Italie. Cette
intensification semble due à une diffusion communautaire sans lien démontré avec des cas
importés de Chine. Cette situation embarrassante suscite des questions notamment sur le
diagnostic de la maladie, la période de contagiosité et la durée d’incubation.
De même, le phénomène de pandémie (i.e., la propagation de l’infection de par le monde)
oblige à prendre des dispositions de prévention et/ou d’éventuelle riposte. Les autorités
Maliennes à travers le gouvernement et le secteur de la santé s’investissent avec l’appui des
partenaires par des interventions de communication sur les mesures de réduction du risque de
contamination et/ou propagation de COVID-19, surveillance de l’épidémie et prise en charge
des patients.
Comment contribuer par l’expertise professionnelle à la lutte contre la pandémie actuelle au
Mali et d’ailleurs ?
La réponse à cette question est la source de notre motivation pour ce travail, qui en fait
constitue un outil pratique destiné aux décideurs, aux professionnels de santé, aux chercheurs
et à la population.
Nous sommes persuadés que la réponse aux maladies épidémiques est intimement
dépendante des connaissances avérées sur l’épidémiologie, l’infectiologie, la biologie, le
traitement, et la recherche scientifique. Pour le cas spécifique des épidémies liées aux
maladies émergentes (dont le COVID-19) et ré-émergente, la recherche scientifique occupe
une place de choix.
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D’autre part, la qualité et la stratégie de communication est capitale pour l’atteinte des
objectifs escomptés.
Dans ce travail nous développerons sur base d’arguments scientifiques ces différents aspects
de compétence sous forme d’informations et/ou messages.
Sources :
- Prescott, Harley, Klein, Wiley, Sherwood et Woolverton. Microbiologie De Boeck 3ème édition, 2010.
1195P
- ABSA Portal https://nextstrain.org/ncov
- https://absa.org/coronavirus/
- https://www.pasteur.fr/fr/journal-recherche/actualites/nouveau-coronavirus-ce-que-sait-maladie-
covid-19-aujourd-hui
- https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan
EPIDEMIOLOGIE
L’épidémiologie est une discipline, qui étudie non seulement les facteurs de risque
intervenant dans l’apparition des maladies, leur fréquence, leur mode de distribution, leur
évolution, mais aussi et surtout, contribue à la mise en œuvre des moyens nécessaires à leur
prévention. De même l’épidémiologie (du latin épi signifie porte sur; démos : peuple et
logos : discours) est la science qui porte sur le peuple. Une épidémie est le développement
rapide d’une maladie contagieuse, le plus souvent d’origine infectieuse, dans une population.
Elle peut rester localisée ou s’étendre à une région plus importante. Lorsqu’elle s’étend à
l’ensemble du globe, on l’appelle pandémie. En revanche, lorsqu’une maladie demeure
constante dans une population, on l’appelle endémie. D’autre part, une maladie peut persister
ou se développer de façon chronique dans le temps et revêt donc la connotation de maladie
chronique. Une épidémie peut se greffer sur une maladie endémique et/ou chronique pour
revêtir un tableau clinique gravissime. La pandémie à COVID-19 fait l’objet de notre travail
puisque d’actualité.
Globalement plus de 71 000 cas confirmés (dont 70463 enregistrés en Chine), plus de 1700
décès et plus de 10 000 survivants. Le Mali compte, ce jour 28 Mars 2020, 18 cas d’infection
à SARS-CoV2 (dont les deux premiers cas déclarés trois jours auparavant). Certains pays
limitrophes ont plus ou moins enregistré des cas d’infection, parfois accompagnées de décès.
A la date du 27 Mars 2020, le Burkina Faso compte 180 cas positifs (12 guérisons et 9 décès).
Le Sénégal compte 130 cas positifs, dont 18 guéris à la date du 28 Mars 2020.
Il est très vraisemblable que la chauve-souris soit le réservoir du virus, depuis qu’un virus à
96% identique au SARS-Cov-2 a été identifié chez des chauves-souris capturées en Chine.
Par conséquent il est très vraisemblable qu'un mammifère ait servi d’hôte intermédiaire entre
la chauve-souris et l’homme. Cet animal intermédiaire n'est pas identifié avec certitude, mais
le pangolin (mammifère édenté d’Asie et d’Afrique au corps couvert d’écailles) est suspecté.
L’évidence de la transmission soutenue de nCov (new Coronavirus) d’homme à homme, a été
démontrée à partir de l’analyse de données épidémiologiques portant sur les premiers 425 cas
confirmés d’infection à Wuhan en Chine.
Les mesures de prévention doivent a priori être basées sur le risque. Avant la détection de cas
confirmer dans le pays, toute personne qui tousse ou éternue doit porter des bavettes ou autre
matériels de protection et adopter un comportement sain. A partir de la détection des premiers
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cas en général importés des zones d’épidémie, les mesures individuelles de protection doivent
être généralisées. Ces mesures peuvent être durcies en fonction de l’ampleur de l’épidémie.
Quel que soit la situation épidémique, les contrôles relatifs aux trafics aériens et terrestres
doivent considérer entre autres la période d’incubation et/ou de contagion, l’épidémiologie
clinique (signes cliniques), les maladies endémiques et le risque épidémique dans le ou les
pays d’accueil et/ou de provenance des passagers. Il n’est pas exclu qu’à cause de la fenêtre
d’incubation, certains sujets asymptomatiques échappent au contrôle pour développer la
maladie en quelques jours. En outre, des personnes en provenance des zones d’épidémie
(COVID-19) où sévit une endémie palustre ou typhique pourraient être (à cause de la fièvre)
suspectées, isolées et éventuellement diagnostiquées négative au test de COVID-19. En de
pareille circonstance, en période d’épidémie et/ou de pandémie, une prophylaxie par les
antipaludiques et anti-salmonelloses pourrait se révéler efficace. Le même cas de figure peut
s’observer avec les passagers ou voyageurs souffrant de pneumopathie autre que celle liée à
COVID-19.
Parmi les moyens de protection et/ou de prévention nous pouvons citer :
- Lavage des mains avec de l’eau et du savon;
- Antiseptiques (solutions hydro-alcooliques);
- Désinfectants;
- Huile Goménolée (solution pour instillation nasale);
- Port de matériels de protection (bavettes, masques, gant);
- Découragement des regroupements;
- Le confinement à la maison si possible;
- Etc.
Sources :
- Yves Morin et coll. Petit Larousse de Médecine. Edith Ybert. Larousse/VUEF 2002. 1087P
- https://ij-healthgeographics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12942-020-00202-8#Fig2;
Screenshot date: 16 February 2020
- https://www.maliweb.net/communique/communique-du-gouvernement-de-la-republique-du-mali-sur-
les-premiers-cas-de-coronavirus-au-mali-2864940.html
- https://www.maliweb.net/sante/covid-19-le-mali-compte-desormais-18-cas-positifs-2865132.html
- http://french.xinhuanet.com/afrique/2020-03/28/c_138923985.htm
- http://french.xinhuanet.com/afrique/2020-03/28/c_138926247.htm
- Ref. Mission (coordination opérationnelle recherche épidémiologique et biologique (COREB)
nationale. France. Repérer et prendre en charge un patient suspect d’infection à nouveau Coronavirus
2019 INFORMATION pour les SAMU et autres soignants de 1ère ligne (au 22 janvier 2020)
- https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2004973
INFECTIOLOGIE
L’apparition des symptômes cliniques semble favoriser la contagiosité. Chez certains sujets,
la contagiosité peut survenir quelques jours bien avant les symptômes. Elle serait plus
importante chez les personnes symptomatiques, en général lorsqu’elles toussent.
Selon certaines sources d’information, la durée de l’incubation est en moyenne de 5 à 6 jours,
avec des extrêmes de 2 à 12 jours, ce qui justifie la période de quarantaine de 14 jours.
D’autres sources rapportent une période d’incubation variant entre 2 et 14 jours.
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Les premiers symptômes (maux de tête, douleurs musculaires, fatigue) sont peu spécifiques.
La fièvre et les signes respiratoires arrivent secondairement, souvent deux ou trois jours après
les premiers symptômes.
Les études préliminaires descriptives, sur les bases de données de la Chine, montrent qu’il
s'écoule en moyenne une semaine entre l'apparition des premiers symptômes et l'admission à
l'hôpital à la phase d'état de la maladie. A ce stade, les symptômes associent fièvre, toux,
douleurs thoraciques et gêne respiratoire; le scanner thoracique montre presque toujours une
pneumonie touchant les deux poumons. D'autres signes cliniques ont été décrits depuis les
premières études : des signes d'atteinte du système nerveux central s'exprimant en particulier
chez les personnes âgées sous la forme d'une désorientation; des pertes brutales du goût ou/et
de l'odorat, événement qui restent peu fréquents mais qui permettent d'affirmer le diagnostic
de COVID-19.
La gravité des signes cliniques nécessite le maintien à l'hôpital d'environ 20% des malades et
5% nécessitent une admission en réanimation. Les formes les plus graves sont observées
principalement chez des personnes vulnérables en raison de leur âge (plus de 70 ans) ou de
maladies associées.
Des études observationnelles privilégiées (comme celle menée chez les passagers du bateau
de croisière Diamond Princess) ainsi que des travaux de modélisation ont montré que
l'infection peut être asymptomatique ou paucisymptomatique (entrainer pas ou peu de
manifestations cliniques) chez 30 à 60 % des sujets infectés.
Sources :
- https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan
- https://absa.org/coronavirus/
BIOLOGIE DU VIRUS
SARS-CoV2 est un virus à ARN+ simple brin (or ssRNA positive-strand viruses) appartenant
à la famille des Coronaviridae.
Au vu des données disponibles, la survie des coronavirus dans le milieu extérieur est de
quelques heures sur surface inerte sèche. Les mesures d’hygiène standard telles que lavage
des mains, nettoyage de surfaces sont efficaces.
La transmission de SRAS-CoV-2 à partir des aérosols et véhicule (main ou objets
contaminés) est plausible, car le virus peut rester viable et infectieux dans les aérosols
pendant des heures et sur des surfaces jusqu'à plusieurs jours (en fonction de l'inoculum
versé). Les investigateurs ont estimé la stabilité de SARS-CoV-2 (COVID-19) et SARS-
CoV-1 sous expérimentales conditions. La plus longue viabilité de SARS-CoV2 et SARS-
CoV1 était observée avec l’acier inoxydable et matière plastique. La demi-vie médiane de
SARS-CoV2 était approximativement de 6 heures sur l’acier inoxydable et 7 heures sur la
matière plastique.
Les échantillons de crachats (spécimen) collectés chez un patient pour le test de diagnostic
moléculaire peuvent fréquemment contenir de la matière mucoïde ou mucopurulente qui rend
le spécimen trop visqueux pour une efficiente extraction de l’acide nucléique de SARS-
CoV2. Le CDC fournit le guide sur la procédure de liquéfaction (ramollissement sous forme
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liquide) du spécimen avant de procéder à l’extraction de l’acide nucléique afin de passer au
test moléculaire.
Le diagnostic de COVID-19 est suspecté devant des signes d’infection respiratoire chez une
personne revenant d’une zone de circulation du virus dans les 14 jours précédant l’apparition
des symptômes, conformément à la définition de cas de Santé publique France (SPF).
Des charges virales élevées (peu après le début des symptômes) indiquent le besoin de
stratégies d’isolation différentes de celles utilisées pour la précédente épidémie de severe
acute respiratory syndrome (SARS).
Dans le cadre de l’offre de tests pour le diagnostic de COVID-19, le FDA (Food and Drug
Administration) fournit des autorisations d’urgence à des firmes biotechnologiques (Roche,
Thermo Fisher Scientific, Hologic, LabCorp, BioMérieux, etc.).
L’OMS fournit la liste (régulièrement mise à jour) des laboratoires de référence habilités à
faire le test de confirmation du COVID-19.
Sources :
- https://viralzone.expasy.org/8996
- https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan
- https://www.pasteur.fr/fr/journal-recherche/actualites/nouveau-coronavirus-ce-que-sait-maladie-
covid-19-aujourd-hui
- https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2004973
- https://www.cdc.gov/lab/pdf/CDCBiosafetyMicrobiologicalBiomedicalLaboratorie-2009-P.PDF.
Status APPROVED Effective 2/7/2020
- https://mk.ambafrance.org/Qu-est-ce-que-le-coronavirus-COVID-19
- https://www.genomeweb.com/
Home » Business, Policy & Funding » Regulatory News & FDA Approvals » FDA Dramatically
Expands Enforcement Discretion to Speed COVID-19 Test Access
- https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-reference-laboratories-providing-
confirmatory-testing-for-covid-19.pdf?sfvrsn=a03a01e6_2
TRAITEMENT
Pour éviter tout préjudice pour le patient il faut poser le diagnostic avant de débuter un
éventuel traitement anti-infectieux probabiliste, antigrippale, oseltamivir, et/ou antibiotique,
d’autant que co-infections possibles.
D’autres médicaments et/ou candidats vaccins sont suggérés pour le traitement même si des
études cliniques sont parfois indispensables pour apporter la preuve (arguments scientifiques)
solide. Des chercheurs pensent que le traitement nécessitera une combinaison de
médicaments pour efficacement lutter contre les maladies émergentes dont COVID-19 tout
comme pour les infections par le VIH et l’hépatite à virus C (VHC).
Sources :
- Mission (coordination opérationnelle recherche épidémiologique et biologique (COREB) nationale.
France. Repérer et prendre en charge un patient suspect d’infection à nouveau Coronavirus 2019
INFORMATION pour les SAMU et autres soignants de 1ère ligne (au 22 janvier 2020)
- CLINICAL TRIALS & RESEARCH NEWS Former SARS, MERS Vaccine Could Treat COVID-19
Patients. PharmaNews IntelligenceXtelligent Healthcare Media. Share on Twitter By Samantha
McGrail. March 05, 2020
COMMUNICATION
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Les stratégies de communication doivent mettre l’accent sur :
- Les voies de transmission (voies aériennes supérieures);
- Les modes de transmission et/ou contamination : contact direct avec les sécrétions
respiratoires à travers la projection dans l’air de gouttelettes infectantes, contact
indirect possible à travers les mains ou objets souillés;
- Les moyens de prévention.
Les stratégies de communication doivent s’inspirer des informations fiables et crédibles via
les gouvernements, les publications scientifiques et/ou autres sources notamment OMS, CDC
(US), China CDC, SPF, etc. La communication doit être focalisée sur des messages simples
et utiles. En observant scrupuleusement les mesures de protection individuelles, d’autres
mesures collectives (confinement, découragement des regroupements) contribuent de façon
synergique à la rupture de la chaine de transmission et/ou de contamination. Les mesures
telles que le confinement et découragement des regroupements, permettent de diminuer la
densité de la population et par conséquent réduire la transmission de la maladie.
Il faut surtout éviter des messages distractifs et/ou ennuyants ainsi que des mesures partiales
parfois injustifiées. Eviter des messages qui sèment la panique, le stress, facteurs émotionnels
pouvant faiblir la fonction immunitaire et exposer l’organisme humain aux agents
pathogènes.
Le port des gants médicaux, sans motif valable, n’est pas recommandé en dehors des
structures sanitaires.
Il est important de signaler que les informations peuvent varier conformément à l’évolution
de l’épidémie et aux résultats de la recherche scientifique.
L’OMS élabore entre autres des guides régulièrement mis à jour : guide pour les soins à
domicile des patients infectés COVID-19 présentant des symptômes faibles et le management
de leurs contacts; guides opérationnels pour la prise en charge de COVID-19 dans les
structures sanitaires et les communautés; guides pour la mise en quarantaine des individus
dans le contexte de COVID-19; guide pour la prise en charge clinique d’infection respiratoire
aigüe sévère (IRAS or SARI in English) lorsque COVID-19 est suspectée; guide pour le test
en laboratoire de COVID-19 chez les personnes suspectées.
En plus des directives nationales et internationales, une attention particulière doit être portée
aux agents chimiques ou physiques. Les agents chimiques existent sous forme liquide ou
gazeuse ; les agents physiques sont - entre autres - la chaleur, les UV, les rayons gamma. Si
les agents chimiques peuvent servir pour l’antisepsie, la désinfection et/ou la stérilisation, les
agents physiques servent en général pour la stérilisation. L’accent sera mis sur les agents
chimiques en raison de l’usage parfois inadéquat (des antiseptiques et désinfectants) constaté
sur le terrain en cette période de pandémie à COVID-19.
Utilisation de l’alcool éthylique (ou éthanol) : Agent chimique liquide qui s’utilise comme
antiseptique contre les bactéries, uniquement sur la peau et en l’absence de plaie. Il est
commercialisé sous forme de solution hydro-alcoolique à des degrés de dilution variable : 90,
70 ou 60% Vol. La forme à 70% Vol (70mL d’alcool dilués dans 30mL d’eau) assure la
meilleure antisepsie (ensemble des procédés utilisés pour lutter contre l’infection
microbienne de surface peau et plaies superficielles). Par conséquent, son usage pour la
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prévention de COVID-19 (infection virale) sans lavage des mains (avec l’eau et du savon)
associé peut se révéler inapproprié et même inefficace. Cependant, les gels hydro-alcooliques
recommandés par l’OMS, qui contiennent du peroxyde d’hydrogène
(antiseptique/désinfectant virucide) peuvent être utilisées en friction des mains dans la
prévention de COVID-19.
RECHERCHE
La flambée de l’épidémie à COVID-19 est en fait un saisissant rappel du besoin constant de
surveillance, prompt diagnostic et robuste recherche.
Un effort de recherche international se poursuit pour comprendre la pandémie à COVID-19
afin de trouver des réponses à certaines questions concernant : l’épidémiologie et/ou
épidémio-clinique (période de contagiosité, durée d’incubation, signes cliniques), la biologie
et thérapie. Les chercheurs s’évertuent à travers des études épidémiologiques, biologiques et
des essais cliniques dont les résultats sont publiés dans des revues scientifiques.
Les données récoltées chez les voyageurs en provenance des zones qui enregistrent beaucoup
de cas de Covid-19, peuvent être utiles dans l’estimation de l’incidence.
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Une collection d’articles et autres ressources sur la flambée de Covid-19, incluant des
rapports cliniques, guides de prise en charge et commentaires est disponible sur le site Web
du New England Journal of Medicine (NEJM).
Il est désormais permis aux chercheurs de développer des vaccins et des médicaments pour
combattre le virus, depuis que la structure de la pointe (or spike) du coronavirus SARS-CoV-
2 a été cartographiée à l’échelle atomique par des équipes de chercheurs de l’université de
Texas (UT) à Austin et ceux des Instituts Nationaux de Santé (NIH for National Institutes of
Health).
Sources:
https://www.nejm.org/medical-articles/correspondence. jan/feb/march
https://www.genengnews.com/topics/drug-discovery/coronavirus-sars-cov-2-spike-structure-mapped-at-atomic-
scale-by-cryo-em/
CONCLUSION
Les paramètres tels que le mode de transmission de la maladie, la période de contagiosité, le
temps d’incubation, la biologie et/ou virologie et la recherche scientifique sont déterminants
pour la mise en place de toute stratégie de prévention et/ou de riposte à une flambée
épidémique. La qualité et la stratégie de communication sont indispensables à la réussite des
interventions de riposte. La collaboration en équipe multidisciplinaire en local ou sur le plan
international s’avère indispensable pour apporter une réponse rapide, efficace et efficiente à
la maladie, à l’épidémie et/ou la pandémie. L’occasion est opportune pour rendre un vibrant
hommage à Louis Pasteur, un des grands scientifique du XIXème siècle ayant marqué l’âge
d’or de la microbiologie, qui affirmait : « La science n’a pas de patrie, car la connaissance
appartient à l’humanité, c’est un flambeau qui illumine le monde ». Pour savoir il faut
comprendre, pour comprendre un seul moyen, la recherche scientifique. C’est aussi
l’occasion de rendre un hommage mérité au même célèbre microbiologiste Louis Pasteur qui
affirmait, je cite : « Prenez soin de ces demeures sacrées que l’on désigne du nom spécifique
de laboratoire, demander qu’on les multiplie, ce sont les temples de l’avenir ».