Université de Toulouse 2015-2016

L3 SID
TP2 : Analyse de données quantitatives avec le logiciel R

1 Données quantitatives discrètes

Dans le cas d'une variable quantitative discrète, le nombre de valeurs possibles (ou modalités) est ni et vous
pouvez résumer ces données sous la forme d'un tableau de fréquences.
Exemple 1.1 Le nombre d'arbres plantés sur les parcelles d'un lotissement a été compté. Les données obtenues
sont les suivantes :
1,2,4,1,6,3,2,1,2,0,1,2,2,1,3,0,3,2,1,2,2,3,2,3.
1. Rentrez ces données sous la forme d'un vecteur nommé arbres et achez ce vecteur.
2. Triez les valeurs de ce vecteur par ordre croissant.
3. Donnez la taille de l'échantillon (c'est-à-dire le nombre de composantes de ce vecteur) en la notant n et
achez sa valeur.

1.1 Eectifs et eectifs cumulés

La fonction unique() permet d'acher les modalités (ou valeurs possibles) de la valeur étudiée. Retournons à
l'exemple 1.1 :

>effectif<-table(arbres)
>effectif
arbres
0 1 2 3 4 6
2 6 9 5 1 1
Vous obtenez la séquence des modalités et la séquence des eectifs correspondants : 2 parcelles n'ont aucun arbre,
6 parcelles ont un arbre. . . Si vous n'aviez pas tapé la deuxième ligne de commande effectif, que se serait-il passé ?

Le tableau des fréquences (en pourcentage) s'obtient en divisant les eectifs par la taille n de l'échantillon :

>frequence<-effectif*100/n
>frequence

Retour à l'exemple 1.1 :

>frequence<-effectif*100/24
>frequence
arbres
0 1 2 3 4 6
8.333333 25.000000 37.500000 20.833333 4.166667 4.166667
Vous pouvez obtenir ce tableau des eectifs par les eectifs cumulés que vous pouvez obtenir avec la fonction
cumsum().

Retour à l'exemple 1.1 :

>effcum<-cumsum(effectif)
>effcum
0 1 2 3 4 6
2 8 17 22 23 24
Vous obtenez la séquence des eectifs cumulés de chaque modalité : 8 parcelles ont un arbre ou moins, 17 parcelles
ont au maximum 2 arbres,. . .

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De la même façon que pour les fréquences, vous pouvez obtenir les fréquences cumulées (en %) :

>effcum*100/n

Retour à l'exemple 1.1 :

>effcum*100/24
0 1 2 3 4 6
8.333333 33.333333 70.833333 91.666667 95.833333 100.000000
La fonction sum() calcule la somme des valeurs.
Retour à l'exemple 1.1 :

>sum(arbres)
[1] 49

Dans l'exemple, cette fonction calcule le nombre total d'arbres plantés sur les 24 parcelles.

1.2 Indicateurs de tendance centrale

Vous pouvez obtenir quelques indicateurs de tendance tels que la moyenne, le maximum, le minimum ou le
range (minimum, maximum), la médiane par les fonction mean(), max(), min(), range(), median() que vous
avez déjà rencontrés.

Retour à l'exemple 1.1 :

> mean(arbres) # nombre moyen d'arbres par parcelle

[1] 2.041667
> max(arbres) # nombre maximum d'arbres sur une parcelle
[1] 6
> min(arbres) # nombre minimum d'arbres sur une parcelle
[1] 0
> range(arbres) # intervalle des valeurs possibles
[1] 0 6
> median(arbres) # nombre médian d'arbres par parcelle
[1] 2

Conclusion sommaire sur les résultats produits : vous observez donc près de 2 arbres en moyenne par parcelle,
pouvant aller de 0 à 6 arbres sur une parcelle. Le nombre médian d'arbres est égal à 2, c'est-à-dire que la moitié
des parcelles ont 2 arbres ou plus, et l'autre moitié des parcelles ont 2 arbres ou moins.
La fonction summary() permet d'obtenir un tableau récapitulatif des indicateurs avec en complément les premier
et troisième quartiles.

Retour à l'exemple 1.1 :

> summary(arbres)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
0.000 1.000 2.000 2.042 3.000 6.000

1.3 Indicateurs de dispersion

Vous pouvez calculer la variance et l'écart-type avec les fonctions var() et sd().
Retour à l'exemple 1.1 :

> var(arbres) # variance

[1] 1.693841

Calculez la variance non-corrigée vous-même :

> sum((arbres-mean(arbres))ˆ2)/length(arbres)
[1] 1.623264

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La variance obtenue est diérente de la précédente, pourquoi ?

> ?var

Vous constatez que le logiciel R utilise n − 1 pour le dénominateur dans la dénition de la variance, c'est-à
1 ∑
n
dire (xi − x)2 (d'écart-type noté σn−1 sur les calculettes. Cette quantité est souvent préférée dans les
n − 1 i=1
applications numériques pour des questions d'estimation). Vériez-le :

> (n-1)*var(arbres)/n
[1] 1.623264

Calculez maintenant l'écart-type et vériez que l'écart-type est la racine carrée de la variance :

> sd(arbres)
[1] 1.301476
> (sd(arbres))ˆ2
[1] 1.693841

Vous retrouvez la variance donnée par la fonction var(). Une alternative robuste pour l'estimation de
la dispersion est la fonction mad() :

> mad(arbres)
[1] 1.4826

1.4 Représentations graphiques

Pour toutes les fonctions graphiques que vous allez voir, vous pouvez donner des titres au graphique, à l'axe
des abscisses ou l'axe des ordonnées en utilisant les options main="...", xlab="..." ou ylab="...".
Quand vous exécutez une fonction graphique avec le logiciel R, une nouvelle fenêtre graphique s'ouvre (que vous
pouvez réduire ou agrandir) dans laquelle les gures sont achées. Plusieurs représentations graphiques sont pos-
sibles sur ce type de données :
 un nuage de points ou
 un diagramme en bâtons.
La fontion plot() ache un nuage de points avec en abscisse le numéro de l'observation (ici de 1 à 24) et en
ordonnée le nombre d'arbres :

> plot(arbres)

Vous pouvez aussi demander la courbe des eectifs cumulés, avec en abscisse le nombre d'arbres par parcelles
et en ordonnée les eectifs cumulés :

> plot(effcum)

Vous pouvez également tracer un diagramme en bâtons par la fonction barplot à partir du tableau des ef-
fectifs ou des fréquences :

> barplot(effectif, xlab="nombre d'arbres", ylab="effectif")

> barplot(frequence, xlab="nombre d'arbres", ylab="frequence")

À noter que l'allure du diagramme n'est pas modiée, seul change l'axe des ordonnées.

2 Données issues d'un caractère quantitatif continu

Une des principales caractéristiques des données continues réside dans le fait qu'elles sont pratiquement toutes
diérentes (les égalités sont dues à la nécessité d'arrondir et/ou au fait que les instruments de mesure sont gradués) ;
les eectifs des modalités sont alors pratiquement tous égaux à 1. Pour tracer un histogramme de ces données,
nous procédons à un regroupement de ces données en classes. Les raisons du choix du nombre de classes, de leurs
amplitudes ou de leurs eectifs ne seront pas abordées ici.

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2.1 Un exemple
Nous avons relevé les poids (en grammes) de souris soumises à une expérience de supplémentation en vitamines :
74, 85, 95, 84, 68, 93, 84, 87, 78, 72, 81, 91, 80, 65, 76, 81, 97, 69, 70, 98.
1. Créez la séquence souris et l'acher.
2. Vériez que les eectifs des modalités sont pratiquement tous égaux à 1 en achant le tableau des eectifs.
3. Combien de souris ont subi l'expérience ?
4. Donnez les indicateurs de tendance centrale de ce jeu de données.

2.2 Représentations graphiques

Sur des données quantitatives, il est conseillé de représenter la  boîte à moustaches  que vous obtenez avec
la fonction boxplot :

> boxplot(souris)

La boîte à moustaches permet de représenter la distribution d'une variable avec les éléments suivants (de bas
en haut) : le minimum, le 1er quartile, la médiane, le 3ème quartile et le maximum. Plus la boîte est étirée en
hauteur, plus les valeurs de la variable sont dispersées. Vous pouvez également représenter les données continues
en traçant un histogramme. Le problème de l'histogramme est la dénition des classes. Voyons ce que le logiciel
R nous trace si vous ne spéciez aucune option :

> hist(souris)

Il y a ici plusieurs remarques à faire. D'abord, il faut noter que le logiciel R a choisi, par défaut, de regrou-
per les données par classes d'amplitude 5, soit 7 classes : la première étant [65, 70] et ensuite du type ]a, b]. Si on
souhaite obtenir des classes ouvertes à droite, il sut de le préciser :

> hist(souris,right=FALSE)

Une autre remarque : R a marqué en ordonnée  Frequency  mais en fait, ce qu'il représente correspond
plutôt aux eectifs. Ceci vient d'une légère diérence de vocabulaire entre pays. Ce que nous appelons nous  eec-
tif  s'appelle en fait  frequency  en anglais et nos  fréquences françaises s'appellent  relative frequencies .
De plus, puisque les classes sont de même amplitude, les densités d'eectif sont proportionnelles aux eectifs,
et R donne alors directement les eectifs en ordonnée. Vous pouvez modier le nombre de classes par l'option
nclass(...) de la façon suivante (en 4 classes par exemple) :

> hist(souris, nclass=4)

Les classes restent d'amplitude égale. Si on veut maintenant dénir d'autres classes, il sut de spécier dans
la fonction hist, les bornes des classes par l'option br=c(...) sous la forme :

> hist(souris, br=c(65,70,90,100))

Dans le cas où les classes ont des amplitudes diérentes, il faut noter que le logiciel R choisit par défaut de
représenter les fréquences (et non les eectifs). Notez qu'ici, comme les classes n'ont pas la même amplitude, R a
bien représenté en ordonnée les densités de fréquence.

Pour résumer :
 lorsque les classes ont même amplitude, R choisit de représenter les eectifs.
 Lorsque les classes ont des amplitudes diérentes, R choisit de représenter les fréquences (à l'aide des densités
de fréquence).
Vous pourrez, si vous le souhaitez, consulter la notice de la commande hist en tapant :

> ?hist

2.3 Décomposition d'un vecteur selon des groupes

L'expérience à laquelle on s'intéresse porte sur des souris soumises à une supplémentation en vitamines. On sait
nalement que les 10 premières données concernent des souris eectivement soumises à cette supplémentation et

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les 10 dernières données correspondent aux souris non supplémentées en vitamines. Il peut donc être intéressant de
décomposer les données en deux groupes selon la présence ou l'absence de cette supplémentation.
Dans un premier temps, on crée un vecteur vitamine de 20 composantes : les 10 premières prenant la valeur s
(comme supplémentée) et les 10 suivantes, la valeur ns (comme non supplémentée).
Pour pouvoir comparer les résultats de l'expérience sur les souris supplémentées et sur les souris non supplémentées,
on décompose le vecteur souris en deux listes par la fonction split :

> split(souris,vitamine)
$ns
[1] 81 91 80 65 76 81 97 69 70 98
$s
[1] 74 85 95 84 68 93 84 87 78 72

Pour analyser les données en fonction de la supplémentation, vous conservez les résultats de la fonction split sous
le nom souris.sup :

> souris.sup <- split(souris,vitamine)

R crée alors automatiquement deux nouveaux vecteurs :

 l'un pour les souris supplémentées, souris.sup$s,
 l'autre pour les souris non supplémentées, souris.sup$ns.
Vous pouvez étudier ces deux vecteurs :

> summary(souris.sup$s)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
68.0 75.0 84.0 82.0 86.5 95.0
> summary(souris.sup$ns)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
65.0 71.5 80.5 80.8 88.5 98.0
Vous observez qu'en moyenne et en médiane, le poids des souris supplémentées en vitamines est légèrement plus
élevé que le poids des souris non supplémentées.
Vous pouvez aussi appliquer toutes les autres fonctions vues précédemment. Si vous demandez seulement une ana-
lyse sur souris.sup, R vous ache des informations la composition de cet objet.

Représenter l'histogramme du poids des souris supplémentées et non supplémentées :

> hist(souris.sup$s, main="Histogramme du poids des souris supplementees en vitamine",

+ xlab="poids", br=c(60,70,80,90,100))
> hist(souris.sup$ns, main="Histogramme du poids des souris non supplementees",
+ xlab="poids", br=c(60,70,80,90,100))

À noter qu'il est préférable de dénir des classes pour la construction des 2 histogrammes pour être sûr que
les histogrammes soient comparables. En eet, si on ne spécie pas de classes pour cet exemple, l'échelle de l'axe
des abscisses n'est pas la même sur les deux histogrammes.

2.4 Épilogue
Vous pouvez également utiliser la commande split pour fragmenter une table.
Chargez la table CO2 avec la commande data(CO2) puis copiez la dans un objet appelé tab.

> data(CO2)
> tab<-(CO2)

Achez le contenu de tab avec summary.

>summary(tab)

Identiez les vecteurs qui contiennent des données qualitatives, par exemple Type, Treatment.
Fragmentez le vecteur uptakeselon ces deux vecteurs.
ATTENTION ! uptake tout seul n'existe pas.

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> uptake
Error : Object "uptake" not found

Il faut le voir comme élément de notre table tab.

Exemple :

> split(tab$uptake,tab$Type)
> split(tab$uptake,tab$Treatment)

Commentez les intructions suivantes :

> (fragments <- lapply(split(tab,tab$Type),split,tab$Treatment))

> str(fragments)

3 Exercice 1 : le chier Forbes2000

Le chier de données que nous allons utiliser dans ce TD est constitué d'un ensemble de 2000 lignes qui re-
présentent les 2000 premières entreprises au monde, suivant les critères du classement  Forbes 2000  de l'année
2004.
Téléchargez ce chier :

>data("Forbes2000", package="HSAUR")

1. Imprimez-le à l'écran.
2. Quelle est la structure de Forbes2000 ?
3. Quelle est la classe ou le type de Forbes2000 ?
4. Combien de lignes comporte ce chier ?
5. Combien de colonnes comporte ce chier ?
6. Quels sont les noms des colonnes et les classes des objets qui les composent ?
7. Quelle est la longueur d'une colonne ?
8. Quelle est le nom de la première entreprise du jeu de données ?
9. Combien il y a-t-il de catégories d'entreprises diérentes ?
10. Quels sont les noms des diérentes catégories d'entreprises ?
11. Donnez le tableau de contingence de ces catégories.
12. Quelle est la classe de la colonne sales ?
13. Donnez la médiane, la moyenne, l'étendue puis un ensemble de statistiques descriptives de la variable  Sales .
14. Donnez un ensemble de statistiques descriptives pour l'ensemble du jeu de données.
Nous allons maintenant passer à la représentation graphique du jeu de données.
15. Que font les lignes suivantes ?

> layout(matrix(1 :2,nrow=2))

> hist(Forbes2000$marketvalue)
> hist(log(Forbes2000$marketvalue))
16. Avez-vous compris la commande layout ? Si oui, que se passera-t-il si vous la supprimez des lignes de
commande ?
17. Tracer les log(marketvalue) en fonction des log(sales).
18. Tracer les boxplot de la variable log(marketvalue) des quatre pays suivants :
 Germany,
 India,
 Turkey,
 United Kingdom.

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