ThseMouniaBenazza 2017 P

THÈSE
En vue de l’obtention du
DIPLOME DE DOCTORAT
En BIOTECHNOLOGIE
Option : Microbiologie
Présentée par
Mme BENAZZA-BOUREGBA MOUNIA
Thème :
INVENTAIRE ET IDENTIFICATION DES

BASIDIOMYCETES DE LA FORET DE M’SILA (ORAN)
Soutenue le : 04/07/2017
Devant le jury composé de :
Mr Hadjaj-Aoul S. Professeur, Université d’Oran 1 Ahmed Ben Bella Président

Mme.Merabet C. MCA,. Université d’Oran 1 Ahmed Ben Bella Examinatrice
Mme Kaid-Harche M. Professeur, Université Des sciences et de la Technologie Examinatrice
Mohammed Boudiaf d’Oran
Mr Bellahcene M. Professeur, Centre Universitaire Ain Témouchent Examinateur
Mr Bouhraoua R. Professeur, Université de Tlemcen Examinateur
Mme Fortas Z. Professeur, Université d’Oran 1 Ahmed Ben Bella Rapporteur
Mr. Savoie Jean-Michel Directeur de Recherche, INRA de Boredaux Invité
Année 2016/2017
Remerciements
Ce travail a commencé au laboratoire de Biologie des Microorganismes et de

Biotechnologie, Faculté des Sciences Université d’Oran1 sous la direction du Pr. Z.
Fortas, il a été réalisé dans sa grande partie à l’unité de recherche Mycologie et Sécurité
Alimentaire, INRA de Bordeaux sous la direction du docteur Jean-Michel Savoie.
Cette jonction entre les deux laboratoires n’aurait pas pu se faire sans le
financement du Ministère de l’enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique
d’Algérie et l’INRA de Bordeaux. Merci à la collaboration internationale des deux pays
«Algérie et France».
Je tiens exprimer ma plus profonde gratitude au Pr Z. Fortas, d’avoir était le
rapporteur de ma thèse, pour m’avoir accueilli dans son équipe de recherche et la
confiance qu’elle a placée en moi en me confiant un sujet aussi passionnant. Je la
remercie pour sa sagesse, sa patience et son humanité.
Je suis reconnaissante à Jean-Michel Savoie de m'avoir accueilli au sein de son
laboratoire de recherche. Pour ses lectures et ses remarques constructives qui ont
améliorés la rédaction de ma thèse.
Je remercie également le jury , Pr Kaid-Harche Meriem,
Pr Merabet Chahinez,
Pr Bouhraoua Rachid, Pr. Bellahcen Miloud et Pr. Hadjaj Aouel Sheghir de me faire
l’honneur de juger mon travail j’espère de tout mon cœur que cette lecture sera
intéressante et utile
Je voudrais exprimer ma vive reconnaissance à mon maitre de stage, Mr.
Christophe Billette, pour son encadrement, sa gentillesse et sa compétence, pour son
soutien et ses idées tout au long de cette thèse. Cela a été un plaisir aussi bien qu'un
enrichissement intellectuel de travailler avec lui.
Je remercie également, Philippe Callac pour nos discussions qui m'ont appris
énormément et de m’avoir fait bénéficier de son savoir-faire. Je te remercie pour tes
conseils et ton aide. Je n’oublie pas de remercier Florence Forget pour sa sympathie.
Christine Ducos pour sa gentillesse.
Tout au long de ma thèse, j'ai été soutenue par de nombreuses personnes mes
collègues, de l’université USTOMB, Nawel Selami, Brahim Salah, Abbad Ahmed, de
m’avoir donné généreusement de leur temps lors de mes échantillonnages sans
oublier, Katia Abdedaim pour son soutien et encouragement pendant les moments
difficiles, Kalfat Djamel, Chaa El Houari Nacima Draou, Hassiba Bokhari, Hannane
Sebaa pour leurs sympathies.
En évoquant «thèse» je ne peux avoir une pensée pour le défunt, Pr Zitouni
Boutiba grâce à lui j’ai pu réintégrer le monde de la recherche scientifique.
Mes collègues de l’université du laboratoire LBMB Fatima Zitouni, soulef Dib
tous les étudiant qui sont passés dans ce laboratoire les moments de joies et de partage
qu’on a passé ensemble, je n’oublierais jamais le sourire de la défunte Tlemsani
Mokhtaria.
Mes collègues de l’INRA, Christine Ducos, Magalie, Nathalie, Kati, je n’oublie
pas Enric, Theirry merci à toutes et à tous pour votre accueil, gentillesse les cafés
gourment de 10h.
Je voudrais remercier Mustapha le garde forestier de la forêt de M’Sila, il a mis
tous son cœur pour la réussite de mon travail, je n’oublie pas Mr Belkadi pour l’analyse
du sol.
Je garde ce paragraphe pour la famille et amis (e), mes parents mes frères et
sœurs, qui m'ont toujours soutenue dans mes choix, quels qu'ils soient, et qui m'ont
réellement aidée pendant les périodes les plus dures.
Mes enfants Hind et Yassine qui ont eu la patience de me supporter depuis le début de
cette aventure.
Nasr-eddine a rendu ces six dernières années merveilleuses. Je sais qu'il ne

réalise pas à quel point il m'a poussée à avancer. Le simple fait d'avoir un homme aussi
fantastique à mes côtés me rends heureuse : nous irons au bout du monde ensemble.
Dédicace
À la Mémoire de mon Père
Aux Miens…
RÉSUMÉ
La forêt de M’Sila, située dans le nord-ouest algérien, en zone semi-aride est soumise aux
contraintes biotiques, abiotiques et anthropiques des subéraies méditerranéennes. La
mycorhization peut aider les plants à résister aux contraintes environnementales responsables du
dépérissement. Or, pour une meilleure transplantation des semis la synthèse mycorhizienne avec
des partenaires fongiques du même écosystème est recommandée. Pour cela leur identification
formelle est nécessaire. Les inventaires de la mycoflore algérienne ont été effectués par les
techniques de la mycologie classique, mais restent fragmentaires. De nombreuses confusions
demeurent. Aucun travail n’a encore été effectué sur la mycoflore des subéraies du Nord-ouest
algérien. Notre étude vise à actualiser les connaissances sur les macromycètes du nord-ouest
algérien, à tester une démarche utilisant les outils modernes de biologie moléculaire avant
l’analyse anatomo-morphologique pour l’étude d’une mycoflore, et à proposer des espèces
candidates pour la mycorhization du chêne liège. 100 sporophores de la forêt de M’Sila sont
récoltés. L'analyse de 127 séquences ITS de l’ADNrn nous ont permis d'identifier 50 espèces
appartenant à 20 familles, 9 ordres et 29 genres. 90 taxons sont identifiés au niveau spécifique. La
position taxonomique de nos récoltes a été effectuée selon la phylogénie récente des
Agaricomycotina. 16 arbres phylogénétiques sont générés et analysés. Certaines ont révélé des
complexes d'espèces comme pour Inocybe tigrina et Psathyrella candolleana.
24 séquences sont identiques à des séquences connues dans les bases de données Genbank et
Unite et 16 sont nouvelles, 6 espèces sont potentiellement nouvelles, 4 ectomycorhiziennes :
Boletopsis sp., Russula sp. 3, Inocybe aff. tigrina, Cortinarius sp. et 2 espèces saprophytes :
Hygrocybe sp., Macrolepiota aff. phaeodisca. 27 espèces sont connues pour être mycorhiziennes
dont certaines sont comestibles telles que Tricholoma caligatum et Suillus collinitus. 23 espèces
sont saprophytes dont Agaricus devoniensis, bon comestible proche du champignon de Paris,
Agaricus bisporus. D’autres, comme Boletopsis sp., présentent des molécules à intérêt
pharmacologique. La confusion entre T. caligatum et T. anatolicum en Afrique du Nord a été
levée. T. caligatum identifié pour la première fois en Afrique du Nord par les outils moléculaires
appartient au groupe des Matsutake connus pour leur haute valeur gastronomique.
Trois espèces sont proposées comme candidates pour la mycorhization des jeunes plants de chêne
liège : Hebeloma limbatum, Inocybe malenconii et I. rufuloides. La méthodologie employée, la
distribution géographique des espèces et les photographies pourront servir de guide pour des
travaux ultérieurs.
Mots clés: Basidiomycètes, Agaricomycotina, ITS, phylogénie récente, saprophytes,

mycorhiziens, paramètres écologiques, chêne liège, Nord-ouest algérien, forêt de
M’Sila,
I
ABSTRACT
The M'Sila forest, located in the Northwest of Algeria, in semi-arid zone is subjected to the
biotic, abiotic and anthropic constraints of the Mediterranean cork forests. Mycorrhization can
help plants withstand the environmental stresses that cause dieback. However, for better
seedling transplantation, mycorrhizal synthesis with fungal partners of the same ecosystem is
recommended. For this purpose, their formal identification is necessary. The inventories of
the Algerian mycoflora were carried out by classical mycological methods, but remain
fragmentary. Many confusions remain. No work has yet been done on the cork forests
mycoflora of the Algerian Northwest. Our study aims to update knowledge on macromycetes
in the Algerian Northwest, to test an approach using modern molecular biology tools before
the anatomo-morphological analysis for the study of a mycoflora, and to propose candidate
species for the mycorhization of the cork oak. 100 sporophores from the M'Sila forest are
harvested. Analysis of 127 ITS sequences of the rDNA allowed us to identify 43 species
belonging to 20 families, 9 orders and 29 genera. 90 taxa are identified at the specific level.
The taxonomic position of our fungal collection was carried out according to the recent
phylogeny of Agaricomycotina. 16 phylogenetic trees are generated and analyzed. Some of
these trees have revealed species complex such as Inocybe tigrina and Psathyrella
candolleana.
24 sequences are identical to known sequences in the GenBank and UNITE databases and 16
are new, 6 are potentially new species, 4 ectomycorrhizal: Boletopsis sp., Russula sp., Inocybe
aff. tigrina, Cortinarius sp. and 2 saprophytic species: Hygrocybe sp., Macrolepiota aff.
phaeodisca. 28 species are known to be mycorrhizal, some of which are edible such as
Tricholoma caligatum and Suillus collinitus. 23 species are saprophytes including Agaricus
devoniensis, a good edible mushroom close to the "Champignon de Paris", Agaricus bisporus.
Others, such as Boletopsis sp., exhibit molecules of pharmacological interest. The confusion
between T. caligatum and T. anatolicum in North Africa was lifted. T. caligatum identified for
the first time in North Africa by molecular tools belongs to the group of Matsutake known for
their high gastronomic value.
Three species are proposed as candidates for the mycorrhization of young cork oak plants:
Hebeloma limbatum, Inocybe malenconii and I. rufuloides. The methodology used here, the
geographical distribution of the species and the photographs could serve as a guide for future
works.
Keywords: Basidiomycetes, Agaricomycotina, ITS, recent phylogeny, saprophytes,

mycorrhizal, Algerian, cork oak, ecological parameters, , Northwest, M’Sila forest.
II
LISTE DES ABRÉVIATIONS, SIGLES ET ACRONYMES
SSU: Smal Sub Unit : Petite sous unité

A.E.F.C.O : Administration des Eaux et Forêt de la Concervation d’Oran
BLAST: Basic Local Alignment Tool
BLASTn : BLAST de séquences nucléotidiques
C.F.W.O : Conservation des Forêt de la Wilaya d’Oran
C.O.I.O : Conservation d’Oran, Inspection d’Oran
CTAB : cetyltrimethylammonium bromide
DGF : Direction Générale des Forêts
dNTP: dinucléotide triphosphate
DZ : el-Djazair : Algérie
EDTA : Acide éthylène diamine tétra-acétique
EG : Egypte
FAO : Food and Agriculture Organization of the United Nations
IL : Israël
indel : Insertion/Délétion
JO : Jordanie
LB : Lebanon
MA : Maroc
MATE : Ministère de l’Aménagement du Territoire et de l’Environnement
ML: Maximum Likelihood (maximum de vraisemblance)
mn : minute
MycSA: Mycologie et Sécurité des Aliments
ONG : Organisation Non Gouvernemental
pb : Paire de base
PCR : Réaction de polymérisation en chaîne
PN sp. : Potential New specie, Espèces Potentiellement nouvelle
PS : Cisjordanie et bande de Gaza
T/mn : Tour par minute
SY : Syrie
TN : Tunisie
Tris: Trihydroxymethyl-amino-methane
µl : Microlitre
µM: Micromolaire
Glossaire
Affine (aff.) : est utilisé lorsque vous avez un spécimen qui est proche de quelque chose que
vous connaissez, mais vous êtes sûr qu'il est différent.
Amorce : courte séquence d'ADN, complémentaire du début de la séquence cible, servant de
point dedépart à la synthèse du brin complémentaire de cette séquence par une ADN
polymérase.
BLASTn : basic local alignment search tool : méthode de recherche utilisée en bio-
informatique permettant de trouver les régions similaires entre deux ou plusieurs séquences de
nucléotides ou d'acides aminés et de réaliser un alignement de ces régions homologues.
Confer (cf.) : est utilisé lorsque vous avez un spécimen qui est très proche de quelque chose
que vous connaissez, mais vous n'êtes pas sûr qu’il est différente.
Contig : séquences nucléotidiques obtenues par assemblages des reads (séquences)
Séquençage: processus permettant de déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides
d’un fragment d’ADN donné. La méthode classique dite de "Sanger" a valu le prix Nobel à
son auteur en 1980. Depuis le milieu des années 2000, de nouvelles méthodes dites à haut
débit (HTS pour highthroughput sequencing) aussi appelées NGS (next-generation
sequencing) permettent de produire des millions de séquences rapidement et à faible coût
(mais plus courtes que par la méthode Sanger).
Liste des Figures
Figure 1: 10 hotspotsdu pourtour méditerranéen définis par Medail et Quezel (1997) et Médail et
Diadema (2006)......................................................................................................................... 5
Figure 2: Distribution du chêne liège dans le bassin méditerranéen. (http://www.institutduliege.com)
13
Figure 3: Répartition actuelle du chêne liège dans les pays du bassin méditerranéen (d’après Santos
Peirera et al., 2008)................................................................................................................. 13
Figure 4: Aire de répartition du chêne liège en Algérie (DGF Direction Générale des Forêts, 2003)... 15
Figure 5: Situation géographique de la forêt domaniale de M’Sila. (Cartothèque de la direction des
forêts de la wilaya d’Oran, 2000 modifiée)..............................................................................20
Figure 6: Classification du climat en Algérie (Agence National d’Aménagement du territoire,
2004).http://vertigo.revues.org/docannexe/image/5375/img-2.jpg...................................... 23
Figure 7: Climagramme pluviothermique d’Emberger (Q2) montrant l’évolution du climat de la forêt
de M’Sila.(inBerriah, 2015)...................................................................................................... 24
Figure 8: Les cinq règnes du vivant selon le mode de nutrition d’après Whittaker (1969).................. 27
Figure 9: Relation phylogénétique basée sur les séquences des petites sous unités de l’ADN
ribosomique, entre les champignons, animaux et les plantes Photosynthétiques (Taylor et al.,
1993)........................................................................................................................................28
Figure 10: Phylogénie et classification des champignons d’après Hibbett et al (2007)........................ 29
Figure 11: Phylogénie des Agaricomycetes (Hibbett et al., 2007)........................................................ 30
Figure 12: Les relations phylogénétiques des principaux groupes d'Agaricomycètes et autres
Basidiomycota (Hibbett et al., 2014)....................................................................................... 34
Figure 13: Schéma de l’arbre phylogénétique du vivant basé sur les marqueurs moléculaires,
indiquant la position des champignons. (López-Garcia et Moreira, 2008).
…………………………….38
Figure 14: Marqueurs moléculaires utilisés pour l’identification des champignons (Halwachs et al.,
2017)........................................................................................................................................40
Figure 15: Illustration de la notion d’espèce hypothétique (SH) telle qu’elle est conçue dans la base
Unité et dans l’article de Kõljalg et al (2013)........................................................................... 42
Figure 16: Situation géographique de la forêt domaniale de M’Sila.................................................... 43
Figure 17: Parcs Nationaux algériens................................................................................................... 44
Figure 18 : Vue d’ensemble de la forêt domaniale de M’Sila............................................................... 45
Figure 19: Diversité des champignons récoltés au cours de nos prospections.....................................45
Figure 20 : Profil montrant les différentes couches de sol de la forêt de M’Sila.................................. 47
Figure 21: Prélèvement de sol à différents horizons. a: carottage; b: mélange du sol.........................48
Figure 22: Un exemple de récolte de champignons............................................................................. 49
Figure 23: Modèle de fiche signalétique utilisée au laboratoire.......................................................... 49
Figure 24: Technique de réalisation de la sporée................................................................................. 51
Figure 25: Exemple de mesure des caractères macroscopique et microscopique des champignons
après leur récolte.....................................................................................................................52
Figure 26: Matériel pour broyage manuel............................................................................................53
Figure 27: Extraction d’ADN sous hotte à flux à solvant....................................................................... 54
Figure 28: NanoDrop Spectrophotometer ND-1000 utilisé pour le dosage de l’ADN...........................55
Figure 29: Exemple de séquence (FJ845434 Russula sanguinea) de l’ADNr montrant la position des
différentes amorces utilisées dans notre travail. .................................................................... 57
Figure 30: Exemple de gel de contrôle des produits de PCR................................................................ 58
Figure 31: Appareil à fluorescence pour visualiser les gels d’agarose (ADN)....................................... 59
Figure 32: Lecture du chromatogramme des séquences..................................................................... 60
Figure 33: Chromatogramme montrant deux hétéromorphismes (Y) sur les deux séquences obtenues
avec les amorces sens (ITS1) et non sens (ALR0)..................................................................... 60
Figure 34: Exemple de chromatogramme présentant une double séquence sur une partie de la
sequence................................................................................................................................. 61
Figure 35: Chromatogramme des séquences obtenues avec les amorces ITS1 (sens)................. 62 à 63
Figure 36: Utilisation des espèces déjà décrites pour choisir les seuils les plus pertinents pour
attribuer un statut aux échantillons correspondants aux nouvelles séquences et nouveau
clade présenté dans un arbre phylogénétique........................................................................ 64
Figure 37: Évolution de l’indice d’aridité de DE-Martonne.................................................................. 66
Figure 38: Profil du sol de la forêt de M’Sila........................................................................................ 67
Figure 39: Répartition du Chêne liège sur le littoral algérien. (Nedjahi).............................................. 70
Figure 40: Arbre phylogénétique construit par la méthode du maximum de vraisemblance des
séquences IT1, ITS2, and 5.8S de l’ADNr, montrant la position phylogénétique de la séquence
du Volvopluteus algérien......................................................................................................... 78
séquences IT1, ITS2, and 5.8S de l’ADNr, montrant la position phylogénétique de la séquence
de notre Memanoleuca turrita algérien (en gras) dans le clade des Mélonoleuca................. 79
Figure 42 : Arbre phylogénétique construit par la méthode du maximum de vraisemblance des
séquences générées du gène ADNr (IT1, ITS2, and 5.8S), montrant la position phylogénétique
de l’espèce algérienne(en gras) dans le complexe de l’espèce Hygrocybe acutoconica (Babos
et al., 2011 et Lodge et al., 2014)............................................................................................ 80
séquences IT1, ITS2, and 5.8Sde l’ADNr, montrant la position phylogénétique des séquences
de nos Omphalotus algériens dans le clade des Omphalotus olearius............................ 84 à 85
Figure 44 : Arbre phylogénétique du maximum de vraisemblance des séquences ITS1, ITS2 et 5.8 S de
l’ADNr démontrant la position phylogénétique des séquences des spécimens algériens de,
Lyophyllum (Ly.), Lepista (L.) et Infundibulicybe (Inf.) dans le clade Tricholomatoide défini par
Matheny et al., 2007, Yu et al., 2011 et Alvarado et al., 2015. Phylogramme général des
quatre genres étudiés.............................................................................................................. 87
Figure 45: Arbre phylogénétique des séquences ITS des Lyophyllaceae, cladeVb (cf. Bellanger 2015)
avec un clade supplémentaire (/Vb-11) correspondant à L. Littoralis..................................... 88
Figure 46 : Début de l’alignement, obtenu par Clustaljp, des deux séquences de l’échantillon CM048
(séquences SMB91C et L, n° d’accession dans GenBank KP826745 et KP826746
respectivement) avec la séquence JX280410 de Lyophyllum littoralis, montrant le
polymorphisme important en début de séquence entre les deux allèles du même échantillon
algérien.................................................................................................................................... 90
Figure 47 : Arbre phylogénétique des séquences ITS des Tricholomes proches de T. batschii. La
séquence de l’échantillon algérien collecté pour cette étude est indiquée en gras................ 92
Figure 48 : Alignement des séquences sensu Vizzini et al. (2011) avec la séquence de notre
échantillon CM052 (séquence SMB83 n° d’accession dans GenBank KP826742 montrant le
caractère particulier de la population du nord-ouest algérien au sein de l’espèce Inf. gibba et
du complexe Inf. gibba............................................................................................................ 96
Figure 49 : Arbre phylogénétique des séquences ITS d’Hebeloma subsection Clepsydroida Beker et
Eberhardt (2004) et de quelques espèces des subsection Denudata et Hiemalia, construit par
la méthode du maximum de vraisemblance....................................................................97 à 98
Figure 50: Arbre phylogénétique construit par la méthode du maximum de vraisemblance, des
séquences ITS montrant la position phylogénétique des Inocybes récolté en Algérie
appartenant aux sous genre Inosperma, Mallocybe et Inocybe selon Ryberg et al. (2008) et
Larson et al. (2009)...................................................................................................... 101 à 102
Figure 51: Arbre phylogénétique des séquences ITS, construit par la méthode du maximum de
vraisemblance, montrant la position phylogénétique de la séquence AM882939, provenant
d’un échantillon identifié comme I. cervicolor...................................................................... 106
Figure 52:Alignement des séquences d’Inocybe cervicolor, I. calamistrata et I. aff. calamistrata
indiquant la position dans le 5,8S de l’ARNr qui permet de caractériser I. bongardhii……..107
Figure 53 : Localisation dans la phylogénie du sous-genre Inosperma, de l’espèce hypothétique
SH207079.07FU..................................................................................................................... 110
séquences ITS (ITS1, ITS2 et 5.8S) montrant la position phylogénétique dans le clade
Gymnomilus, définit par Guzman et al. (2003) des séquences Gymnopilus générées dans cette
étude..................................................................................................................................... 113
séquences du gène ADNr (IT1, ITS2, and 5.8S), montrant la position phylogénétique dans le
sous-genre Phlegmacium sensus Froslev et al. (2005) et Garnica et al. (2003) des Cortinaires
utilisées dans cette étude...................................................................................................... 118
Figure 56: Alignement de la séquences algérienne KP826759 de Cortinarius palazonianus et les
séquences européennes montrant l’allèle particulier «T» de notre échantillon................... 120
séquences IT1, ITS2, and 5.8Sde l’ADNr, montrant la position phylogénétique des séquences
de nos Psathyrella algériennes (en gras) dans le clade Psathyrella candolleana sensus Nagy et
al. (2011), générées dans cette étude................................................................................... 123
Figure 58 : Phylogramme basé sur les séquences d’ITS (méthode du maximum de vraisemblance) de
huit spécimens algérien d’agarics accompagnés de spécimens de références dont les numéros
de GenBank sont indiqués. Les supports de branche calculés en pourcentages (sur 100
bootstraps) sont indiqués lorsqu’ils dépassent 50%....................................................127 à 128
Figure 59: Deux scénarii possibles pour expliquer les différences moléculaires (ITS, positions 211 et
655-661) et morphologiques (taille des spores) entre les deux sous espèces américaines
d’Agaricus argenteus et l’entité méditerranéenne indiquée comme «A. argenteus Med.
(Algérie, Corse)».................................................................................................................... 132
Figure 60: Figure RW Kerrigan, 2016 modifiée; taille des spores (longueur X largeur µm) des espèces
de A. subg. Flavoagaricus incluant les deux sous-espèces de A. argenteus et les deux
spécimens méditerranéens (Algérie, Corse) CM071 et CA384 respectivement.................... 132
séquences des IT1, ITS2, et 5.8S de l’ADNr montrant la position phylogénétique de
l’échantillon algérien du Lycoperdon radicatum en gras, récolté en 2012 dans la forêt de
M’Sila, 164 années après le type récolté en Algérie par Durieu et Montagne...................... 136
Figure 62: extrait l’article de N. Patouillard du tome 15 du bulletin de la société mycologique de
France de 1899, donnant des précisions sur Bovistella radicata appelé actuellement
Lycoperdon radicatum........................................................................................................... 140
Figure 63: Arbre phylogénétique, construit par la méthode du maximum de vraisemblance, des
séquences des fragments IT1, ITS2, et 5.8S de l’ADNr, montrant la position phylogénétique
des échantillons algériens des sections Macrosporae et Macrolepiota définit par Vizzini et al.
(2011) et Yang et Vellinga (2010) dans le genre Macrolepiota.............................................. 141
Figure 64 : Arbre phylogénétique construit par la méthode du maximum de vraisemblance, des
séquences ITS (ITS1, ITS2 et 5.8S) montrant la position phylogénétique des espèces
appartenant au genre Suillus récolté en Algérie....................................................................147
Figure 65 : Portion du chromatogramme de la souche CM108 de Suillus bellinii montrant
l’hétéromorphisme (T/C) @522 (numérotée sur la séquence KP82675) sur les deux séquences
ITS1/1LR0, flèche noire montre les chromatogrammes superposés..................................... 148
séquences ITS (ITS1, ITS2 et 5.8S) montrant la position phylogénétique du Lactarius
sanguifluus récolté en Algérie, dans la section Deliciosi définie par ((Fr.) Redeuilh, Verbeken et
Walleyn, 2001) au sein des Lactarius........................................................................... 151 à 152
séquences du gène ADNr (IT1, ITS2, and 5.8S), montrant la position phylogénétique générée
dans le complexe Boletopsis leucomeleana, B. perplexa, B. subsquarosa, selon Cooper et
Leonard (2012)...................................................................................................................... 153
Figure 68: Nombre de sporophores et d’espèces fongiques récoltés dans les quatre parcelles
prospectées de 2010 à 2013..................................................................................................159
Figure 69: Vue générale des quatre parcelles prospectées au cours de notre étude........................ 160
Figure 70 : Inventaire des taxons récoltés dans la forêt de M’Sila..................................................... 163
Figure 71: Biologie des espèces fongiques par parcelle prospectée.................................................. 164
Figure 72: Espèces fongiques saprotrophes identifiées au cours de notre étude..............................164
Figure 73 : Espèces mycorhiziennes identifiées au cours de notre étude.......................................... 165
Liste des Photos
Photo 1: Chêne liège dans la forêt de M’Sila (Oran) (Photographie prise le 3/11/2012)....... 16
Photo 2: Vue d’ensemble de la forêt domaniale de M’Sila (Photographie, prise le
03/11/2012)................................................................................................................ 21
Photo 3: Exemple de récolte de champignons effectuée lors de nos prospections................51
Photo 4: Hygrocybec cf.sp.1 (CM016_KP826727) appartenant au complexe d’espèces........ 83
Photo 5: Omphalotus olearius (CM014)................................................................................. 85
Photo 6: Lepista sordida (CM003)...........................................................................................94
Photo 7 : Unfindibulcybe gibba (CM052) récolté dans la forêt de M’Sila............................... 95
Photo 8: Inocybe aff. tigrina (PN sp.), CM024....................................................................... 104
Photo 9: Inocybe malenconii (CM054).................................................................................. 109
Photo 10 : Inocybe aff. agardhii (CM092)............................................................................. 112
Photo 11: Gymnopilus spectabilis (CM087).......................................................................... 116
Photo 12: Cortinarius sp.1 (PN sp.), CM082..........................................................................117
Photo 13: Cortinarius palazonianus (CM053)....................................................................... 119
Photo 14 : Ps. candolleana (CM037)..................................................................................... 125
Photo 15 : Sporophore d’Agaricus littoralis récolté dans la forêt de M’Sila......................... 128
Photo 16 : Sporophore d’Agaricus freirei récolté dans la forêt de M’Sila.............................133
Photo 17: Echantillons de Lycoperdon récoltés dans la forêt de M’Sila................................139
Photo 18: KP826721 Macrolepiota aff.phaeodisca (PN sp.)..................................................143
Photo 19: Lactarius sanguifluus, récolté dans la forêt de M’Sila.......................................... 152
Photo 20: Boletopsis sp.1, récolté dans la forêt de M’Sila.................................................... 154
Liste des Tableaux
Tableau 1: Les principaux groupes floristiques en Algérie (MATE, 2009) 9

http://www.institut-numerique.org/8-la-biodiversite-en-algerie-
502fb2f3bcbda
Tableau 2: Caractéristiques botanique et écologique du chêne liège 11 à 12

(Quercus suber L.)
Tableau 3 : Superficies (ha) des subéraies de 1937 à 2008 dans les pays 14
méditerranéens
Tableau 4: Taux de réussite des reboisements en chêne-liège en Algérie 18 à 19

(campagnes 2001-2011) (Bouhraoua, 2013)
Tableau 5: Classification des Agaricomycotina au niveau ordinal (Hibbett, 2006) 32

modifié. Flèche noire : changement de rang des Tremellomycetidea
et Agaricomycetidea, l’encadré : création de nouvelles classes, cercle
noir les sous classes.
Tableau 6: Positions GPS des 4 parcelles prospectées. 44
Tableau 7: Couples d’amorces utilisées dans notre étude, permettant 56

l’amplification de la région ITS.
Tableau 8: Caractéristiques physico-chimiques du sol de la subéraies de la forêt 68
de M’Sila.
Tableau 9 : Espèces identifiées des champignons récoltés dans le Nord-ouest 72 à 76
Algérien (Oran).
Tableau 10: Position des hétéromorphismes et des deux l’indels dans les 84
séquences des échantillons CM017 et CM014.
Tableau 11 : Positions intra-spécifique chez L. littoralis. 89
Tableau 12 : Comparaisons des séquences ITS de A. indistinctus, A. essetei, et 130

des spécimens algériens et européens.
Tableau 13: Comparaison des séquences (ITS) méditerranéennes (Algérie et 131

Corse) et américaines des deux sous-espèces d’Agaricus argenteus.
Tableau 14 : Compaaraison des séquences ITS d’Agaricus nevoi. 134
Tableau 15: Les champignons du genre Agaricus connus dans le Maghreb 135
(Algérie, Maroc et Tunisie) identifiés par Malençon et Bertault
(1970), Nezzar-Hocine (1998) et ceux identifiés dans cette étude.
Tableau 16: Positions dans la zone ITS dans le genre Boletopsis, caractéristiques 155
de l’espèce (sp. 1) nord-africaine et de la somme de deux espèces
(sp. 1 et sp. 2) méditerranéennes.
Tableau 17: Espèces récoltées dans la forêt de M’Sila et identifiées. 161 à 162
Tableau 18: Bilan des résultats des analyses phylogénétiques des espèces 169 à171
étudiées.
Tableau 19: Données écologiques sur quelques espèces de champignons 172

mycorhiziens trouvées dans la forêt de M'Sila ou espèces
immédiatement apparentées
SOMMAIRE
Remerciements
Dédicace
Résumé
Abstract
‫ﻣﻠﺨﺺ‬
Abréviation, Sigles et Acronymes
Glossaire
Liste des Figures
Liste des Photos
Liste des Tableaux
Sommaire
Introduction 1
Chapitre I Synthèse bibliographique
I .1. Les « hotspots » en région méditerranéenne : 4
I. 2. Diversité de la mycoflore dans les subéraies méditerranéennes 5
I. 2. 1. Identification moléculaire des basidiomycètes des subéraies algériennes 9
I. 3. Le chêne liège (Quercus suber l.) 10
I. 3. 1. Caractéristiques botaniques du chêne liège 10
I. 3. 2. Distribution géographique du Q. suber dans le bassin méditerranéen. 12
I. 3. 3. Les subéraies algériennes 14
I. 4. Présentation de la station d’étude: la forêt deM’sila 19
I. 4. 1. Localisation géographique 19
I. 4. 2. Caractéristiques géologiques et pédoclimatiques de la forêt de M’Sila 21
I. 4. 2.1. Caractéristiques géologiques 21
I. 4. 2. 2. Caractéristiques pédoclimatiques 22
I. 4. 2. 3. Caractéristiques pédologiques 22
I. 4 .2. 4. Paramètres climatiques 22
I. 5. Végétation de la forêt de M’sila 25
I. 6. Situation économique de la forêt de M’sila 25
I. 7. État des connaissances sur la classification des champignons 27
I. 7. 1. Classification traditionnelle 27
I. 7. 2. Classification phylogénétique des champignons 28
I. 8. Classification des basidiomycota 29
8. 1. Anciennes classifications 29
8. 2. Classification phylogénétique des Basidiomycota 29
I. 9. Concept d’espèce 34
I. 9. 1. Les critères morphologiques 36
SOMMAIRE
I. 9. 2. Réactions macro-chimiques 36
I.9. 3. Compatibilité sexuelle : critères d’inter-fertilité 38
I. 9. 4. Caractères moléculaires 38
I. 9. 5. La contribution de la phylogénétique 39
I. 9. 6. Définition d’espèce 40
Chapitre II Matériels et méthodes

II.1. Choix du site d’étude: la forêt de M’Sila 43
II. 2. Prospections 44
II. 3. Analyse des paramètres écologiques du site d’étude 46
II. 3. 1. Données climatiques 46
II. 3. 2. Echantillonnage et analyse physico-chimique du sol 47
II. 3. 3. Relevé floristique 48
II. 4. Méthode de récolte et de conservation des sporophores 48
II .4. 1 .Méthode de récolte des échantillons de sporophores 48
II. 4. 1. 1. Confection d’un herbier 49
II. 4. 2. Identification des carpospores 50
II. 4. 2. 1. Approche morphologique 50
II. 4. 2. 1. 1. Examen macroscopique 50
II. 4. 2. 2. Examen microscopique 51
II. 4. 3. Approche moléculaire 52
II. 4. 3. 1. Préparation des échantillons pour extraction de l’ADN 53
II. 4. 3. 2. Extraction et précipitation de l’ADN 53
II. 4. 3. 3. Dosage de l’extrait d’ADN 55
II. 4. 3. 4. PCR: Réaction de Polymérisation en Chaîne 55
II. 4. 3. 5 Principe 55
II. 4. 3. 6. Amplification 56
II. 4. 3. 7. Les amorces utilisées 56
II. 4. 3. 8. Préparation du mélange réactionnel pour la PCR 57
II. 4. 3. 9. Programme d’amplification 58
II. 4. 3. 10. Visualisation des produits de PCR 58
II. 4. 3. 11. Séquençage des produits de PCR 59
II. 4. 4. Analyse bio-informatique des séquences nucléotidiques 59
II. 4. 3. 1. Séquences ambiguës 61
SOMMAIRE
II. 4. 3. 2. Interprétation des hétéromorphismes 62

II. 4. 3. 3. Publication des séquences dans GenBank 63
II. 4. 3. 4. Recherche de séquences homologues 63
II. 4. 3. 5. Alignement des séquences ADN 64
Chapitre III Résultats et discussion
III. 1. Analyse des paramètres écologiques des sites d’étude 66
III. 1. 1. Paramètres climatiques 66
III. 1. 2. Caractéristiques physico-chimiques du sol 67
III. 1. 3. Le couvert Végétal : 69
III. 1. 4. Conclusion 69
III. 2. Analyse phylogénétique. 71
III. 2. 1. Ordre des Agaricales 77
III. 2. 1. 1. Plutoid clade II 77
III. 2. 1. 1. 1. Volvopluteus gloiocephalus 77
III. 2. 1. 1. 2. Melanoleuca turrita 78
III. 2. 1. 2. Hygrophoroid calde III 80
III. 2. 1. 2. 1. Hygrocybe sp. 80
III. 2. 1. 2. 2. Omphalotus olearius 83
III. 2. 1. 3. Trichlomatoid clade V 86
III. 2. 1. 3.1. Lyophyllum littoralis 88
III. 2. 1. 3. 2. Tricholomataceae 91
III. 2. 1. 3. 2. 1. Tricholoma caligatum 91
III. 2. 1. 3. 2. 2. Tricholoma batschii 91
III. 2. 1. 3. 2. 3. Lepista sordida (Schumach.) Singer, Lilloa 22: 193 (1951) [1949] 93
III. 2. 1. 3. 2. 4. Infundibulicybe gibba: (Pers.) Harmaja, Ann. bot. fenn. 40(3): 217
(2003). 94
III. 2. 1. 4. Agaricoid Clade III 96
III. 2. 1. 4. 1. Hebeloma limbatum : Beker, Vesterh. et U. Eberh., (Fungal biology 120: 72
(2016). 96
III. 2. 1. 4. 2. Inocybe 100
III. 2. 1. 4. 2. 1. Analyse des séquences ITS d’Inocybe appartenant au sous-genre
Inocybe: 102
III. 2. 1. 4. 2. 1. 1. Inocybe rufuloides Bon 1984 102
III. 2. 1. 4. 2. 1. 2. Inocybe tigrina et I. aff. tigrina 103
III. 2. 1. 4. 2. 2. Analyse des séquences ITSs du sous-genre Inosperma 104
III. 2. 1. 4. 2. 2. 1. Analyse des séquences du clade Mallocybe 108
SOMMAIRE
III. 2. 1. 4. 2. 2. 2. Inocybe malenconii 108

III. 2. 1. 4. 2. 2. 3. Inocybe aff. agardhii 111
III. 2. 1. 4. 3. Gymnopilus spectabilis 113
III. 2. 1. 4. 4. Cortinarius : 116
III. 2. 1. 4. 4. 1. Clade Caeruleascentes 116
III. 2. 1. 4. 4. 2. Clade Dionysae 119
III. 2. 1. 4. 4. 3. Sous-genre Phlegmacium et phylo-géographie 121
III. 2. 1. 4. 5. Psathyrella cf. candolleana 122
III. 2. 1. 4. 6. Le genre Agaricus 126
III. 2. 1. 4. 6. 1. Agaricus subg. Spissicaules 128
Agaricus sect. Spissicaules 128
III. 2. 1. 4. 6. 2. Agaricus subg. Flavoagaricus 129
Agaricus sect. Arvenses 129
III. 2. 1. 4. 6. 3. Agaricus subg. Agaricus 130
Agaricus Sect. Agaricus 130
III. 2. 1. 4. 6. 4. Agaricus subg. Pseudochitonia 133
III. 2. 1. 4. 6. 4. 1. Agaricus sect. Hondenses 133
III. 2. 1. 4. 6. 4. 2. Agaricus sect. Bivelares 133
III. 2. 1. 4. 6. 4. 3. Agaricus sect. Chitinoides 134
III. 2. 1. 4. 7. Lycoperdon radicatum 136
III. 2. 1. 4. 8. Macrolepiota 141
III. 2. 1. 4. 8. 1. Les séquences algériennes appartenant au groupe Macrolepiota: 141
III. 2. 1. 4. 8. 2. Analyse des séquences de la section Macrosporae 142
Macrolepiota aff. phaeodisca (PN sp.) 142
III. 2. 1. 4. 8. 3. Analyse des séquences appartenant au clade Mastoidea 142
III. 2. 1. 4. 8. 4. Analyse des séquences appartenant à la section Macrolepiota 144
III. 2. 2. Ordre des Boletales 146
III. 2. 2. 1. Suillus 146
III. 2. 2. 2. Analyses des séquences de Suillus collinitus 149
III. 2. 3. Ordre des Russulales 150
Lactarius 150
III. 2. 4. Ordre des Théléphorales 153
Boletopsis 153
Chapitre IV Discussion générale

SOMMAIRE
IV. 1. Inventaire des espèces fongiques récoltées de 2010 à 2013 158

IV. 1. 1. Inventaire 158
IV. 1. 1. 1. Classification des espèces fongiques récoltées 160
IV. 1. 1. 2. Biologie des espèces fongiques récoltées 164
IV. 2. Analyse des séquences 166
Détermination des spécimens 167
IV. 3. Adaptation au biotope et choix des espèces pour mycorhizer les jeunes plants 173
Adaptation au climat méditerranéen: 174
IV. 4. Perspectives 174
IV. 5. Remarques sur la démarche utilisée 175
IV. 6. Conseil pour ceux qui voudraient utiliser cette méthodologie 176
Conclusion générale 178
Références bibliographiques 180
INDEXES
Indexe I: Données climatiques
Indexe II: Bulletins d'analyse de terre
Indexe III: Séquences entières
Indexe IV: Exemple de fichier Sequin
Article: Benazza–Bouregba, M., Savoie, J. M., Fortas, Z., Billette, C. (2016). A new record of
Tricholoma caligatum (Tricholomataceae) from North Africa with a discussion of
related species. Phytotaxa, 282(2): 119–128.
Introduction
INTRODUCTION
Les connaissances scientifiques portant sur le règne fongique se sont fortement

accumulées et multipliées ces dernières années dans de nombreux domaines, tant au niveau de
la diversité des espèces fongiques (Amandier, 2002; Richard et al., 2005; Azul et al., 2009;
Apont et al., 2010; Tedersoo et Smith, 2013) qu’au niveau de leur fonctionnement et de leurs
interactions au sein des écosystèmes (Simon et al., 1993; van der Heijden et al., 1998;
Vandenkoornhuyse et al., 2002 ; Read et Perez-Moreno, 2003) ou bien encore de leur
physiologie et de leurs modes de vie (Fitter et Moyersoen 1996 ; Jennings et Lysek, 1996;
Malloch et al.,1980; Selosse, 2000 ; Smith et Read, 2010). Cependant, il est important d’insister
sur le fait que, d’un point de vue global, le Règne fongique reste encore largement insondé
(Hawksworth, 1991; Le Calvez et al., 2009) en dépit de son rôle essentiel pour le
fonctionnement des écosystèmes (Mueller et Schmit , 2007). En effet, si le nombre d’espèces
recensées à ce jour avoisine les 100 000, on estime qu’un total de 1,5 millions d’espèces
fongiques peuple notre planète (Hawksworth, 1991).
Les collectes commerciales de champignons forestiers sont devenues de plus en plus

importantes dans de nombreux pays (Pays Bas, Chine, l’Amérique du nord..), des programmes
pour promouvoir la recherche, l'éducation, la durabilité, le marketing, le tourisme et le
développement rural associé aux champignons forestiers sont dotés d’important budget; 80
espèces sont considérées comme des champignons potentiellement comestibles et sont
expérimentalement cultivées, 40 cultivées économiquement et 5 à 6 seulement ont atteint une
échelle industrielle dans de nombreux pays (Savoie et Lagerteau, 2011).
En Algérie, l’inventaire mycologique sur une superficie de (2 382 000 km²) est encore
fragmentaire. à part les travaux de Maire (1907) et ceux de Malençon et Bertault (1970, 1975)
dans les forêts de Baïnem (Alger) et la présence d’un herbier de champignons au Musée
d’Histoire Naturelle de Montpellier (France) qui constitue la seule référence bibliographique
de base sur l’écologie et la connaissance des champignons d’Afrique du Nord. Les études
mycologiques dans les écosystèmes forestiers sont rares et très disparates. Les travaux effectués
par Nezzar-Hocine (1998) et Nezzar-Hocine et al. (1996) dans la cédraie du massif du Djurdjura
ont conduit à l’identification de la macroflore fongique (100 espèces sur 120 récoltées)
principalement des Homobasidiomycètes dont 48 genres appartiennent aux Tricholomatales,
Cortinariales et Russulales).
1
L’inventaire mycologique de Beddiar (2002) dans les forêts de Séraidi et El Kala (nord-
est algérien) a révélé une grande richesse de champignons surtout ectomycorhiziens dont plus
de 40 espèces sont associées au chêne liège, plus de 50 espèces au chêne zen et plus de 10
espèces au châtaignier. Les espèces les plus fréquentes appartenant majoritairement aux
genres : Amanita, Boletus, Cortinarius, Hygrophorus, Lactarius, Lepiota et Russula.
Les travaux de Djelloul et Samraoui (2011) et Djelloul (2014) sur l’écologie des
macromycètes et leur distribution dans les aulnaies du Parc National d’El Kala (Nord-Est de
l’Algérie) ont conduit à l’identification de 67 espèces dont 10 espèces spécifiques au site
d’étude et 45 espèces spécifiques au type de milieu (les aulnaies). Une analyse par groupes
fonctionnels de champignons a montré que les espèces saprotrophes sont déterminées par
plusieurs facteurs environnementaux d’importance comparable, les espèces
ectomycorhiziennes sont déterminées principalement par l’essence arborée dominante et les
espèces bryotrophes par la composition spécifique des strates herbacées.
Ces divers travaux montrent que les inventaires mycologiques effectués dans certains
écosystèmes forestiers algériens restent souvent incomplets car les critères anatomo-
morphologiques seuls ne sont pas toujours suffisants pour expliquer les relations systématiques
entre les espèces; d’où la nécessité d'utiliser des marqueurs moléculaires afin de résoudre les
ambiguïtés taxonomiques et évolutives. La compilation des méthodes traditionnelles,
moléculaires et phylogénétiques en mycologie est de plus en plus utilisée pour la description et
la caractérisation de nouvelles espèces, ou encore uniquement la biologie moléculaire pour
définir une nouvelle espèce selon certains auteurs (Taylor et Hibbett, 2014).
À notre connaissance, aucun travail n’a été effectué sur la diversité fongique des
subéraies du Nord-ouest algérien, en particulier sur la caractérisation des champignons
Basidiomycètes par analyse moléculaire, d’où l’intérêt de notre étude sur la biodiversité de la
mycoflore d’une forêt du nord-ouest algérien en zone semi-aride: la forêt de M’Sila de la wilaya
d’Oran.
L’objectif principal de notre étude est :
- d’une part, d’identifier, la mycoflore de la subéraie dans le nord-ouest algérien, de

repérer des espèces potentiellement mycorhiziennes du chêne liège, et de démontrer le
potentiel de l’utilisation de la biologie moléculaire à l’aide de gènes spécifiques aux
2
basidiomycètes, pour la détermination des espèces caractéristiques de cette zone semi-
aride à partir d’un d’échantillonnage de sporophores
- et d’autre part, combler les manques de données mycologiques sur cette forêt, et enfin
mettre à la disposition des utilisateurs potentiels, les responsables de la direction des
forêts, les scientifiques et les passionnés de la mycologie, un herbier avec des
illustrations et des séquences d’ADN, associé à l’alimentation d’une base internationale
avec les séquences d’ADN des champignons algériens.
Le manuscrit de la thèse comprend quatre chapitres avec une introduction, une conclusion
générale et quelques perspectives.
 Le chapitre I fait une synthèse bibliographique sur le statut écologique de la subéraie

de la forêt M’Sila située sur le littoral oranais (nord-ouest algérien), la phylogénie et la
taxonomie des espèces ayant suscité de nombreuses controverses au cours des dernières
décennies et un rappel des classifications les plus récentes de genres.
 Le chapitre II “Matériel et méthodes” présente l’origine du matériel fongique et décrit

avec précision toutes les méthodes taxinomiques d’identification des macromycètes par
analyse moléculaire: extraction de l’ADN par la méthode au CTAB, amplification des
ITSs de l’ADN ribosomique, séquençage des amplicons obtenus, le BLASTn des
séquences sur GenBank.
 Le chapitre III regroupe les résultats et leur discussion des analyses phylogénétiques
des espèces fongiques collectées dans la subéraies de la forêt de M’Sila (Oran)
 Le Chapitre IV regroupe l’inventaire des espèces fongiques récoltées de 2010 à 2013
et la discussion générale qui résume les différentes situations rencontrée lors des
identifications des espéces par des analyses phylogénétique.
Enfin, le manuscrit de la thèse s’achève par la présentation des références

bibliographiques, des annexes et l’article publié dans Phytotaxa portant sur la première
identification moléculaire de Tricholoma caligatum en Algérie.
3
Chapitre I
Synthèse Bibliographique
Chapitre I Synthèse Bibliographique
I .1. Les « hotspots » en région méditerranéenne :
La région méditerranéenne est l’un des 34 « hotspots » de la biodiversité mondiale, elle est
reconnue comme candidat hyper-chaud pour le soutien de la conservation de ses plantes
endémiques (13.000) (Myers et al., 2000).
Les « hotspots » selon la Conservation Internationale (CI), sont des secteurs géographiques
qui se caractérisent par leur concentration exceptionnelle en espèces animale et végétale et par
des niveaux critiques de pertes d’au moins 70% de leurs habitats. Une analyse statistique réalisée
par Nadin (2008) révèle que 25 000 espèces de plantes sont inventoriées en méditerranée,
correspondant à 9,2% des espèces connues dans le monde, sur un territoire correspondant à 1,5%
de la surface terrestre, la moitié sont des espèces particulièrement bien adaptées, notamment aux
périodes sèches et ne se trouvent nulle part ailleurs dans le monde (espèces endémiques) (Nadin,
2008). Sur les 9 pays participant alors au programme régional de coopération statistique euro-
méditerranéen METSTAT II et à Eurostat (DZ, EG, IL, JO, LB, MA, PS, SY, TN), l’Algérie
(DZ) est classée au deuxième rang par le nombre d’espèces de sa flore connues en 2008 (plantes
vasculaires, mousses, lichens, champignons et algues) et au quatrième rang par le nombre
d’espèces de sa faune et de sa flore. On peut donc s’attendre à ce que le nombre d’espèces de
champignons macromycètes soit relativement élevé en Algérie et que des espèces endémiques
particulièrement adaptées au climat semi-aride soient présentes. 10 secteurs sont définis par
Medail et Quezel ( 1997) dans le bassin méditerranéen
Le complexe Bético-Rifain fait partie de ces 10 hotspots. Il englobe la région sud-ouest

espagnole et quatre zones au Maghreb. La région du Détroit de Gibraltar, le Haut et Moyen Atlas
au Maroc, une zone dans le littoral oranais en Algérie (Véla et Benhouhou, 2007). De nouveaux
bilans floristiques (Médail et Diadema, 2006) ont ajouté deux autres « hotspots » régionaux (îles
de la Croatie et Kabylie-Djurdjura en Algérie) (Figure 1).
4
Ces « hotspots » périméditerranéens abritent environ 5500 végétaux endémiques, soit 44%
de la richesse floristique méditerranéenne sur 22 % des terres (Ca., 515 000 km2) (Abdel Samad,
2015).
Figure 1: 10 hotspotsdu pourtour méditerranéen définis par Medail et Quezel (1997) et Médail et
Diadema (2006). Le « hotspot »régional de Croatie n’est pas représenté dans cette
Figure. Le cercle vert représente le littoral oranais.
Ces points chauds de la méditerranée occidentale sont menacés par la désertification et une
extension des conditions d’aridité. Les modèles climatiques actuels projettent une élévation de la
température moyenne comprise entre 2,2 et 5,1 °C et une éventuelle baisse des précipitations
annuelles de 4-27% sur le bassin méditerranéen sur la période 2080-2099 par rapport à la période
1980-1999 (IPCC, 2008). En climat méditerranéen à période estivale sèche, les zones arides et
semi-arides représentent 36% des terres émergées (Nouaim et Chaussod, 1996). Les végétaux
vasculaires et les champignons sont particulièrement soumis à cette sécheresse.
5
I. 2. Diversité de la mycoflore dans les subéraies méditerranéennes
La désertification et la progression de la sécheresse sont en partie la cause de la dégradation

des subéraies sur le pourtour méditerranéen, auxquelles s’ajoutent la pression anthropique, la
coupe illicite, les incendies et le surpâturage. En Afrique du nord, trois millions d’hectares de
chêne liège ont été réduits au quart suite à la pression anthropique et à la sécheresse estivale de
plus en plus prolongée (Khiari et al., 2012).L’IPADE (Instituto de Promoción y Apoyo al
Desarrollo, Institut pour la Promotion et le soutien de Développement) est une ONG espagnole
appuyée par l’Organisation mondiale de protection de la nature (WWF, World Wide Fund for
Nature) qui milite pour la sauvegarde du chêne liège et la conservation de la biodiversité des
PFNL (Produits Forestiers Non ligneux) en particulier le miel, les pignons, les champignons, le
caroubier et le myrte. L’ensemble du Maghreb, majoritairement représenté par l’Algérie, est au
cœur de ces préoccupations mondiales en matière de Biologie de la conservation (Véla et
Benhouhou, 2007).
Pour la réussite et la gestion durable des forêts de chêne liège, il faut prendre en compte les
champignons qui sont importants dans le fonctionnement des écosystèmes et pour la croissance et
la survie des essences forestières. Il y a une grande diversité de champignons dans les pays du
bassin méditerranéen. Le nombre d’espèces est important en Europe et même en France où le
nombre est estimé à 30 000 espèces (Courtecuisse et Duhem, 2007) dont environ 15 000 sont
connues alors que 20% des espèces de champignons (ca. 1,5 million) sont connus dans le monde.
En Andalousie (Espagne), certains auteurs ont signalé la présence de plus de 3.800 espèces de
champignons épigés et truffes; ces derniers sont des PFNL économiquement très importants dans
les pays méditerranéens (Pettenella et Kloehn, 2008).
La diversité de la mycoflore des forêts méditerranéennes dépend aussi de la composition des

strates végétales (Richard et al., 2004; 2005; Azul et al., 2009). De nombreuses études ont été
effectuées essentiellement sur la mycoflore sous Quercus ilex (Richard et al., 2004; Richard et
al., 2011), Arbutus undo (Richard et al., 2004; Kennedy et al., 2012; Lancellotti et al., 2013) et
6
Pinus halepensis (Piou, 1979; Diaz et al., 1996). La plupart des travaux sur la mycoflore du
chêne liège ont été réalisés au Portugal par Azul et al. (1999, 2009, 2010 et 2011) mais ils ne
présentent aucune étude taxonomique ou phylogénétique. De Roman et al. (2005) ont identifié 10
espèces fongiques associées au chêne liège du Portugal (Cenococcum geophilum, Hebeloma
stoloniferum, Quercirhiza internangularis, Q. nodulosomorpha, Q. pedicae, Q. russulocystidiata,
Q. sclerotiigera, Russula, Xerocomus chrysenteron, Tuber brumale). Un bilan fongique (Azul et
al., 2011) dans les subéraies du Portugal a montré une grande diversité taxonomique des
champignons associés à Quercus suber, un total de 170 taxons et 19 genres. Cette analyse est
basée sur l’abondance des fructifications et le nombre cumulé d’individus par taxon et par
parcelle étudiée. Une étude comparative des champignons mycorhiziens présents chez Quercus
suber (malades et en bonne santé) a permis à Lancellotti et al. (2013) d’inventorier uniquement
les genres.
Dans le monde, 72 000 espèces de champignons sont décrites dont 78 seulement sont
connues en Algérie, la majorité sont probablement des champignons phytopathogènes (Tableau
1). Il est important de signaler qu’il n’existe actuellement aucune base de données algérienne sur
la diversité fongique. Les connaissances disponibles sur la diversité fongique au Maghreb, elles
se présentent soit sous forme de check-list bibliographique, par exemple « Inventaire fongique de
Tanger » (Outcoumit et al., 2014), soit sous forme d’études relatives à la synécologie des
macromycètes d’une région. On peut citer par exemple, l’étude de la mycoflore d’El Kala au
nord-est de l’Algérie (Djelloul et Samraoui, 2011) et la myco-écologie des subéraies du nord-est
de l’Algérie (Adouane, 2011) et de la Tunisie (Ben Hassine Ben Ali et Aschi-Smiti, 2013). Maire
et al. (2009) ont réalisés une actualisation de la mycolfore du Maroc. Les documents relatifs à la
mycoflore algérienne sont nombreux mais assez épars. L’inventaire le plus important dans la
littérature historique est celui de René Maire dans le bulletin de la société d’histoire naturelle
d’Afrique du Nord entre 1920 et 1938, concernant les champignons des environs d'Alger. Les
ouvrages Malençon et Bertault, (1970, 1975) font état de quelques descriptions de champignons
récoltés en Algérie. Les 25 espèces récoltées dans les zones humides d’El Kala, plus précisément
7
dans la cédraie d’El Kala, Cedrus atlantica (Parc National Algérien d’El Kala), sont décrites par
les méthodes classiques de mycologie (Nezzar, 1998). En Algérie, le Tricholoma caligatum est
signalé dans la cédraie de Chréa, dans le massif du Djurjura (Nezzar et al., 1996). En 2012, un
rapport de la FAO signale de possibles exportations vers le Japon, l’Espagne et l’Italie de
Tricholoma nauseosum ou T. caligatum, cette dernière est identifiée comme étant une espèce très
commune en Algérie (Boa, 2004) et pourrait avoir un potentiel économique. En Algérie, les
champignons comestibles forestiers sont récoltés et consommés surtout par les amateurs de ces
champignons. La consommation la plus importante de champignons hypogés comestibles est
celle des terfez ou truffes de désert qui se développent à l’état naturel dans les zones steppiques et
sahariennes et même dans les régions littorales (Fortas, 1990 ; Fortas et Chevalier 1992 a, b;
Fortas et Dib-Bellahoual, 2007; Fortas, 2009; Zitouni-Haouar et al., 2015). Les truffes du désert
vivent en associations mycorhiziennes avec des espèces végétales naturelles et exotiques en
méditerranée ; ils forment des endomycorhizes avec les Cistaceae et des ectomycorhizes avec
Pinus halepensis (Zitouni-Haouar et al., 2014; Zitouni-Haouar et al., 2015).
En ce qui concerne les forêts à Quercus suber en Algérie, un inventaire préliminaire des
Russules de chêne liège, a été réalisé sur les champignons du nord-Est algérien; ce dernier est
basé sur des données bibliographiques et des méthodes classiques de mycologie, six espèces de
Russula ont ainsi été décrites (Chekired et al., 2013).
La mycoflore des subéraies reste très mal connue dans les zones semi-arides au sud de la
méditerranée, et y est rarement ou partiellement décrite. Les résultats des travaux cités
précédemment constituent un point de départ pour l’évaluation de la biodiversité dans différentes
régions du sud de la méditerranée.
8
Tableau 1: Les principaux groupes floristiques en Algérie (MATE, 2009) http://www.institut-

numerique.org/8-la-biodiversite-en-algerie-502fb2f3bcbda
I. 2. 1. Identification moléculaire des basidiomycètes des subéraies

algériennes
Les critères anatomo-morphologiques seuls ne sont pas toujours suffisants pour expliquer
les relations systématiques entre les espèces. L’acquisition des connaissances approfondies de la
mycologie nécessite aussi de longues années de travail et d’apprentissage à partir de clefs
d’identification et d’analyse de nombreux échantillons récoltés sur le terrain. C’est pourquoi, il
est nécessaire d'utiliser des marqueurs moléculaires afin de résoudre les ambiguïtés taxonomiques
et évolutives. Le barcoding de l’ADN est basé sur l’hypothèse qu'une courte séquence normalisée
permet de distinguer les individus d'une espèce parce que la variation génétique entre les espèces
dépasse la variation au sein des espèces (Hebert et al., 2003). Les espaceurs transcrits internes
(ITS) ribosomiques du 18S - 5.8S -26S sont les régions cibles les plus couramment utilisées dans
le génome nucléaire pour l’identification des basidiomycètes (Gardes, 1993).
Il existe peu de travaux récents dans le Maghreb utilisant les outils moléculaires pour étudier
ces régions, on peut citer l’étude phylogénétique des champignons d’une subéraie marocaine
9
effectuée par Bakkali et al. (2009) qui ont utilisé les techniques du polymorphisme de longueur
des fragments de restriction (RFLP).
I. 3. Le chêne liège (Quercus suber L.)
I. 3. 1. Caractéristiques botaniques du chêne liège
Le chêne liège (Quercus suber.), décrit par Linné en 1753, est rattaché au sous genre
Cerris qui regroupe les chênes à feuillage caduc et le chêne à feuillage persistant (Natividade,
1950 in Aronson et al., 2009) le chêne liège appartient à cette dernière catégorie. C’est une
essence qui appartient à l’ordre des Fagales et à la famille des fagacées. Selon Amandier (2002),
le chêne-liège occupe une place bien particulière et un rôle écologique important. Il participe à la
protection et à la fixation du sol contre l’érosion et préserve les richesses floristiques et fauniques
(Bouhraoua, 2009) Quercus suber est une ressource renouvelable, cette essence nécessite des
exigences écologiques spécifiques (Tableau 2).
L'originalité de cette espèce est de produire une écorce épaisse fournissant du liège qui est
périodiquement récolté (Photo 1). Le démasclage, opération qui consiste à enlever le liège, se fait
tous les 7 à 12 ans (Riffard, 2008) sans endommager ou affaiblir les arbres; l’utilisation du liège
ne nécessite pas la coupe des arbres. L’âge moyen est de 120 ans (Bouhraoua, 2003). Ce tissu
végétal est un isolant naturel qui protège le chêne liège des incendies fréquents dans les forêts
méditerranéennes.
10
Tableau 2: Caractéristiques botanique et écologique du chêne liège (Quercus suber L.)

(www. institut du liège.com/exigences_ecolo.php).
Description botanique
Hauteur L’arbre adulte souvent de 10 -15 m de hauteur (exceptionnellement 25m)
Âge L’âge limite naturel d'un chêne-liège entre 300 et 500 ans. Cependant, pour un
arbre régulièrement écorcé, il est de 150 à 200 ans
Écorce Sur un arbre jamais écorcé, elle est grisâtre, très épaisse, peu dense et
fortement crevassée. En termes de production, on l'appelle "liège mâle". Elle
représente une bonne protection contre le feu et permet au chêne de reprendre
rapidement sa croissance après le passage d'un incendie. Dans le cas des
arbres écorcés, le liège mâle est remplacé par le "liège de reproduction" ou
"liège femelle", de couleur jaune, rouge puis noire
Système racinaire Il est pivotant, constitué d'une grosse racine principale servant de support à
l'arbre, et de racines secondaires plus superficielles. Il permet
l'approvisionnement en eau et en éléments minéraux
Feuilles Elles sont persistantes, coriaces et vert foncé, mesurant 3- 6 cm de long et 2 -4

cm de large. Le pétiole ≈ 2 cm
Fleurs Les fleurs mâles, en grappes de 4 à 8 cm apparaissent sur les rameaux de

l'année précédente. Les fleurs femelles poussent isolées ou en groupes de trois
maximum sur les rameaux de l'année en cours
Fruit Le gland de couleur brune à maturité (automne), avec un pédoncule ≈ 4 cm de

long ; il mesure 2 -5 cm de long et 1 -2 cm de large
Exigences écologiques
11
Héliophile Exigeant une forte insolation. C'est en peuplement pur, ou en lisière des
parcelles qu'il se développe le mieux (fournissant une protection contre le vent
grâce à la robustesse de son système racinaire).
Thermophile Il pousse sous des climats tempérés (températures moyennes annuelles 13 -

16°C et a besoin d'une période de sécheresse en été pour se développer.
Humidité Elle est également un facteur limitant, tout en étant xérophile, le chêne-liège
nécessite une humidité atmosphérique d'au moins 60%, même en saison sèche,
et d'une pluviométrie de 500 à 1200 mm/an.
Calcifuge Le chêne liège est une espèce calcifuge stricte se développant sur tous les
substrats siliceux et acides (schistes, grès, gneiss, granite), et craignant
l'hydromorphie. Il s'accommode aux sols peu fertiles, superficiels ou lourds
(riches en argiles), mais recherche plutôt des textures légères (sables), bien
aérées et riches en matière organique.
I. 3. 2. Distribution géographique du Q. suber dans le bassin méditerranéen.
On rencontre Q. suber dans sept pays du bassin méditerranéen dont l’Algérie (Figure 2).
Dans cette zone géographique, la méditerranée occidentale, sous l’influence de l’océan
atlantique, se trouvent réunies les conditions climatiques (Tableau 2) qui conviennent à la
végétation du chêne liège. Ces conditions ne se rencontrent que sur le littoral méditerranéen
12
Figure 2: Distribution du chêne liège dans le bassin méditerranéen.

(http://www.institutduliege.com)
Le Tableau 3 présente la superficie (ha) des subéraies dans les pays du bassin
méditerranéen de 1937 à 2008. On remarque que l’Espagne et le Portugal sont les principaux
pays producteurs de chêne liège; ils représentent à eux deux plus de la moitié de la surface
boisée. Les subéraies européennes possèdent les 2/3 de la subéraie mondiale. Quant aux subéraies
maghrébines, elles occupent le reste de la superficie (1/3) dont la moitié est localisée en Algérie.
4% 2%
5%
32%
14%
16%
27%
Figure 3: Répartition actuelle du chêne liège dans les pays du bassin méditerranéen (d’après
Santos Peirera et al., 2008).
13
Actuellement, l’Algérie occupe la troisième place (16%) de forêt occupée par le chêne
liège par rapport au total des subéraies du pourtour du bassin méditerranéen après le Portugal et
l’Espagne (Figure 3).
Tableau 3 : Superficies (ha) des subéraies de 1937 à 2008 dans les pays méditerranéens.
Santos
Saccardy Natividade Seigue Veillon Yassad
Pereira et al.
(1937) (1956) (1985) (1998) (2000)
(2008)
Portugal 600 000 765 000 600 000 60 000 605 000 862000
Espagne 340 000 350 000 365 000 340 000 352 000 725000
France 150 000 149 000 54 000 70 000 56 500 44000
Italie 75 000 107 000 70 000 70 000 70 000 99000
Algérie 444 000 426 000 440 000 200 000 450 000 375000
Maroc 300 000 360 000 320 000 300 000 345 000 440000
Tunisie 140 000 114 000 45 000 100 000 90 000 144000
Total 2 045 000 2 271 000 1 894 000 1 680 000 1 968 500 2689000
I. 3. 3. Les subéraies algériennes
En Algérie, le chêne liège (Quercus suber) est une espèce forestière économiquement
importante qui occupe une superficie ≈ 450 000 ha (Boudy, 1955) mais il ne reste que 229 000
ha, véritablement productifs (Chouial et Guettar, 1997).
14
Les subéraies algériennes sont localisées dans le Tell Oriental, essentiellement en zones
subhumides et humides au Nord-est de l’Algérie jusqu’à la frontière tunisienne (Figure 4);
quelques massifs isolés se rencontrent dans la partie occidentale dont les plus importants sont
ceux des Monts de Tlemcen, des régions d’Oran (Figure 5), Mascara, Ténès et l’Ouarsenis.
Figure 4: Aire de répartition du chêne liège en Algérie (DGF Direction Générale des Forêts,
2003)
Les peuplements sont situés dans deux grandes divisions phytogéographiques différentes en
fonction de l’influence maritime et de la structure géographique (Boudy, 1955). On distingue :
➢ les subéraies du secteur littoral au nord, dans une région englobant les sahels et les
plaines ;
➢ et les subéraies de montagne au sud, localisées dans l’Atlas tellien.
Les produits de la forêt algérienne sont essentiellement : le bois, le liège et divers sous-
produits (FAO, 2000). Le genre Quercus est reconnu pour sa capacité à former des
ectomycorhizes avec une diversité importante de champignons, principalement les
basidiomycètes, mais aussi les Ascomycètes (Malençon et Bertault, 1970; 1975). Sans ces
symbioses, la plupart des chênes liège ne pourraient pas survivre et inversement, sans les chênes
liège, certains macromycètes ne survivraient pas non plus.
15
Photo 1: Chêne liège dans la forêt de M’Sila (Oran) (Photographie prise le 3/11/2012).
Dans cette relation d’interdépendance, il est aisé de comprendre que les modifications de
l’écosystème se traduisent par une modification de son fonctionnement et montre l’importance
relative des différentes espèces de champignons (Azul et al., 2009, 2011).
Ainsi, la gestion de ces écosystèmes peut être conduite de sorte à favoriser certaines
espèces, notamment comestibles à valeur ajoutée élevée comme ce qui est pratiqué
traditionnellement depuis des siècles dans les truffières du pourtour méditerranéen. De plus,
certaines espèces peuvent favoriser la croissance de l’arbre, son adaptation à la sécheresse et au
sol calcaire (Piou, 1979).
Les facteurs climatiques (température élevée et sécheresse sévère) et anthropiques

(surpâturage, coupe illicite de bois et incendie volontaire ou non) ont abouti à une régression
chronique de la subéraie (Campos et al., 2007). Pour pallier à cette régression qui touche aussi
bien les subéraies marocaines, tunisiennes qu’algériennes, les forestiers ont développé des
16
procédés pour améliorer sa régénération, notamment dans les biotopes les plus arides (Métro,
1952; Motte, 1957).
Deux voies de régénération sont connues :
➢ La régénération naturelle par semis (Nsibi et al., 2006); ce type de régénération est très
délicat surtout en Afrique du Nord (Boudy, 1950). La régénération par rejets de souche. Grâce à
ce type de régénération un très grand nombre de massifs ont pu subsister malgré les incendies et
les dévastations de l’homme (Boudy, 1952).
➢ La régénération artificielle et assistée : elle se fait soit par semis direct des glands, soit par
transplantation des plants élevés en pépinière (Lepoutre, 1965).
Le semis direct est réalisé à partir de glands de chêne liège de bonne qualité. Une fois tombés
sur le sol humide, les glands commencent à germer, et la racine principale se développe
rapidement au cours des premiers mois et atteint une grande profondeur (Younsi, 2006). Les
glands doivent être semés le plus tôt possible après leur chute de l'arbre et sans qu’ils aient subi
une stratification préalable (Natividad, 1956).
Des efforts sont fournis de la part de la Direction Générale des Forêts (DGF) algérienne pour
développer des programmes de reboisement, afin de lutter contre la régression et le vieillissement
du couvert végétal en Algérie. Le Tableau 4 montre le faible taux de réussite du reboisement en
chêne liège. En effet, Aouadi et al. (2010) montrent l’absence de résultat dans les programmes de
la DGF.
La régénération par semis naturels reste insuffisante alors que les reboisements font
généralement défaut suite à la non maîtrise des techniques d’élevage des plants en pépinière, et
au choc de transplantation au sol.
L’effet bénéfique des champignons en général et des mycorhizes en particulier, n’est plus à
démontrer dans le cycle biogéochimique des sols (Barrico et al., 2012). Les travaux de et
Ponchet, (1981) dans sa conférence donnée à Juan-les-Pins et ceux de Caravaca et al. (2005);
17
Schutsendubel et Polle, (2002), Echave et al. (2005) ont également montré que la mycorhization
aide l’arbre à se défendre contre les agresseurs phytopathogènes et à se maintenir en conditions
de stress et à résister au calcaire Piou (1979).
Pour réussir une plantation de plants mycorhizés, il est indispensable de sélectionner

judicieusement les souches de champignons à utiliser en pépinière à partir de critères écologiques
et physiologiques adéquats. Parmi les critères écologiques à considérer, les deux principaux sont
l’aptitude du champignon à coloniser abondamment les racines courtes des jeunes arbres en
milieu naturel et l’importance de son aire de distribution; ces deux critères réunis témoignent de
l’adaptabilité du champignon aux variables climatiques et édaphiques.
En effet, l’association racine-champignon produite en pépinière doit, en plantation, établir

aussi rapidement que possible le contact avec le sol et le champignon introduit doit se familier
avec l’environnement du sol afin de subir peu de contraintes.
Tableau 4: Taux de réussite des reboisements en chêne-liège en Algérie (campagnes 2001-2011)

(Bouhraoua, 2013)
Surface Surface boisée Pourcentage de

parcourue (ha) (ha) réussite (%)
Skikda 3480 2135 61
Jijel 3470 1592 46
Boumerdes 418 164 39
El Taref 1555 584 38
Sétif 340 123 36
Tizi Ouzou 1562 394 25
18
Bejaia 1015 220 22
Tlemcen 630 83 13
Oran 210 10 05
Souk Ahras 885 45 5
I. 4. Présentation de la station d’étude: la forêt de M’Sila
I. 4. 1. Localisation géographique
La forêt de M’Sila, d’une superficie d’environ 1570 hectares (C.F.W.O., 1997) (Figure 5)
contient un parc zoologique de 500 ha. Elle est située à 30 Km de la ville d’Oran. Elle se trouve
entre 260 m d’altitude au nord-est, et 568m au sud-ouest, d’où un important dénivelé d’environ
308 m (A.E.F.C.O., 1914 in Bouhraoua, 2003). Elle occupe le versant nord-ouest à 35°, 38N de
latitude et 0°53 de longitude (Figure 6).
La forêt domaniale de M’Sila (Wilaya Oran) (Figure 7) a été soumise au régime forestier en 1867
(C.O.I.O, 1878). Elle englobe la forêt nommée aujourd’hui (M’Sila) laquelle s’est ajoutée la forêt
de Saint Pierre appelée après l’indépendance forêt du domaine autogéré (Cheikh Ben Khalifa)
(C.O.I.O, 1878).
19
Figure 5: Situation géographique de la forêt domaniale de M’Sila. (Cartothèque de la direction

des forêts de la wilaya d’Oran, 2000 modifiée).
La forêt de M’Sila est limitée par les communes d’El Ançor et les Andalouses au nord, les
peuplements de Terziza au sud, Ain El Kerma à l’ouest et Misserghine à l’est. Elle fait partie de
la circonscription forestière d’Oran et du district de Boutlélis (C.F.W.O, 1996).
Sur le littoral oranais, deux forêts sont connues :
➢ M’Sila (Photo 2) qui s’étend sur une superficie de 1570 ha, à 6 km des Andalouses (de la
mer) à vol d’oiseau.
➢ Terziza occupe une superficie de 1 504 ha dans le prolongement de la forêt de M’Sila sur les
flancs du Murdjadjo vers Misserghine (Boudy, 1955).
20
Photo 2: Vue d’ensemble de la forêt domaniale de M’Sila (Photographie, prise le 03/11/2012).
I. 4. 2. Caractéristiques géologiques et pédoclimatiques de la forêt de M’Sila
I. 4. 2.1. Caractéristiques géologique
D’un point de vue géologique, la forêt de M’Sila repose sur différents types de substrats
(Bouhraoua, 2003). Dans les peuplements de chêne-liège, des sables pliocènes et des schistes
jurassiques mis en place au Miocène moyen (BOUDY, 1950,1955, MOUSSA, 2011). Au sommet du
massif, sur son versant sud, ce sont des affleurements calcaires du Miocène inférieur qui
dominent mais aussi des quartzites et des grès siliceux (A.E.F.C.O., 1914 in Bouhraoua, 2003).
Cette forêt est couverte par endroit de dépôts marins et dunaires (Gourinard, in Dehane, 2012) et
de calcaire à Lithothamnies du Miocène supérieur.
21
I. 4. 2. 2. Caractéristiques pédoclimatiques
Un certain nombre de facteurs peuvent exercer une influence sur la diversité les
champignons. Parmi les plus importants sont le climat, la composition et structure de la
végétation et la nature physicochimique du sol.
I. 4. 2. 3. Caractéristiques pédologiques
Sur le plan édaphique, la forêt de M’Sila est caractérisée par un sol pauvre très profond et
perméables (supérieur à 2m), à texture argilo-sableuse dont l’origine proviendrait de la
décomposition de schiste et du quartz néocomien et la dégradation des grès sableux pliocène
(Thintoin, 1948) ou sableuse à argilo-limoneuse selon les endroits (BEKHADRA, 1991). Cette forêt
est recouverte par endroit de dépôts marins et dunaires et de calcaire à Lithothamnies du Miocène
supérieur (Gourinard, in Dehane, 2012).
Quatre types de sol ont été définis par Aimé (1991); les sols rouges sur formation
quartzique, les sols rouges décarbonatés sur grès calcaire, les sols rouges tirsifiés et les sols
polycycliques.
I. 4 .2. 4. Paramètres climatiques
L’Oranie est caractérisée par un climat méditerranéen de type Csa selon la classification
de Köppen (2007), à été chaud situé dans l’étage bioclimatique semi-aride (Figure 6). Les
températures maximales d’été atteignent 31°C à Oran et 29 à Cap Falcon; en hiver, elles varient
entre 16 et 17 °C tandis que les minimales varient entre 22 et 24 °C en été et se situent en hiver
entre 8 et 11 °C à Oran.
Selon Aimé (1991), la sécheresse est évidente depuis les années 80 dans cette région; elle
serait caractérisée par un déficit pluviométrique printanier et moins prononcé en hiver. Les
travaux de ce même auteur ont montré que le littoral est sous la dépendance du courant de surface
qui, par le détroit de Gibraltar, compense les pertes évaporatrices de la méditerranée. Pendant les
périodes chaudes, le littoral est sous la dépendance de la brise maritime.
22
Figure 6: Classification du climat en Algérie (Agence National d’Aménagement du territoire,

2004).http://vertigo.revues.org/docannexe/image/5375/img-2.jpg
L’analyse du climat de la forêt de M’Sila effectuée par Dehane (2012) sur deux périodes
(1913-1934 et 1971-2008) montre qu’elle est caractérisée par un climat de type littoral, selon
l’indice de continentalité dans la classification de Debrach (1953 in Dehane, 2012). La forêt est
caractérisée par un climat méditerranéen à sécheresse bien marquée (selon l’indice de sécheresse
<5) et se situe dans l’étage de végétation thermo-méditerranéen (m >3°C, T>=16°C (T :
températures moyennes annuelles, m : valeurs moyennes des minima du mois le plus froid) et
latitude <600m).
Selon le Quotient pluviothermique et climagramme (Q2) d’Emberger (1955), effectuée

sur deux périodes par Berriah (2015) a montré l’évolution du climat de la forêt de M’Sila. Cette
région est passée de l’étage bioclimatique subhumide inférieur à hiver chaud durant la période
23
ancienne (1913-1934) à l’étage bioclimatique semi-aride supérieur à hiver tempéré durant la

période 1971-2011 (Figure 7).
Figure 7: Climagramme pluviothermique d’Emberger (Q2) montrant l’évolution du climat de la

forêt de M’Sila.(inBerriah, 2015).
Quant à l’indice d’aridité défini par De Martonne (1942), il permet de positionner une
station dans un climat précis. Nous avons utilisé cet indice au cours de notre étude. Les
différentes analyses utilisant cet indice ont montré que la région est positionnée sous un climat
semi-aride (Dehane, 2012; Aimé, 1991).
24
I. 5. Végétation de la forêt de M’Sila
Les deux essences forestières principales qui recouvrent en grande partie ce massif
sont le pin d’Alep (Pinus halepensis) et le chêne liège (Quercus suber). Le chêne liège occupe
une superficie d’environ 3 000 ha (Boudy, 1955). Il repose sur des formations géologiques du
Crétacé inférieur.
La plupart des travaux concernant le chêne liège en Algérie se sont focalisés sur la
physiologie, l’édaphologie, et la phénologie de l’espèce, on peut citer ceux de Zeraia (1981) et
Yessad (2000) sur les paramètres écologiques, ceux de Bouhraoua (2003) et de Letreuch-
Belarouci (2010) sur l’écophysiologie et la typologie des subéraies, particulièrement en région
oranaise. En ce qui concerne les produits forestiers non ligneux, éléments indispensables à la
survie et l’équilibre des écosystèmes (ONG espagnol, in Berrahmouni et al., 2008)
particulièrement les champignons, à notre connaissance aucun travail n’a été effectué dans
l’Ouest algérien d’où l’intérêt de notre étude sur la diversité de la mycoflore de cette forêt.
I. 6. Situation économique de la forêt de M’Sila
La forêt de M’Sila, relevant de la commune de Boutlelis est bien plus qu’une forêt
récréative, elle représente un patrimoine économique certain. D’ailleurs, la direction des forêts
d’Oran lui porte un intérêt particulier ces dernières années. Avant l’indépendance, ces subéraies
offraient un volume moyen de liège de 3 000 qx/an (1,3 % du total national) d’excellente qualité,
surtout celui provenant d’Oran (M’Sila) et de la forêt de Hafir à Tlemcen (BOUDY, 1955).
Actuellement, la production de liège a sérieusement diminué pour atteindre en moyenne

500 qx/an (0,5 % du total national) (DGF, 2008). Le liège de bonne qualité est enlevé chaque
année pour l’approvisionnement des unités de transformation de l'Est du pays et pour
l’exportation car un quintal d’écorces est vendu à 300 euros (Ayane, 2015). Ce déclin est dû,
comme nous l’avons signalé précédemment, à l’action anthropique, au changement climatique et
également au vieillissement du chêne liège dans cette région.
25
Les produits forestiers non ligneux comme les champignons peuvent être une ressource
non négligeable pour les populations locales. La découverte de champignons à haute valeur
gastronomique (Tricholomes du groupe Matsutake) ou à intérêt pharmacologique (Boletopsis) ou
cultivables comme certaines espèces d’agarics pourraient représenter une rente économique non
négligeable dans cette région.
26
I. 7. État des connaissances sur la classification des champignons
I. 7. 1. Classification traditionnelle
La classification des champignons a été constamment remaniée. Les champignons

étaient classés sur la base de leur morphologie (Fries, 1821, Whittaker, 1969), selon leurs
caractères phénotypiques (morphologiques et/ou biochimiques) (Guarro et al. 1999; Taylor et
al., 2000), leurs mécanismes de reproduction et également selon leurs habitats, leurs
localisations géographiques et leurs modes de vie (Taylor et al., 2000). Whittaker (1969)
propose pour la première fois la séparation du règne des champignons du règne végétal
(Figure 8) et un remaniement de la classification du vivant par un système taxonomique basé
sur le mode de nutrition, en particulier, chez les organismes pluricellulaire et multinucléés,
plantes (photosynthèse), les animaux (ingestion) et champignons (absorption).
Figure 8: Les cinq règnes du vivant selon le mode de nutrition d’après Whittaker (1969).
27
I. 7. 2. Classification phylogénétique des champignons
Avec l'avènement de la Biologie moléculaire, la classification des organismes vivants

a été révisée et modifiée. On utilise maintenant de plus en plus une classification dite
phylogénétique qui regroupe les êtres vivants sur la base d'homologies de leur ADN
(génotype); alors que la classification traditionnelle établit des groupes ou taxons en fonction
d'un simple critère de ressemblance globale (phénotype). L’analyse des séquences du 18S
(SSU de l’ADNr) des différentes espèces du vivant a permis d’élucider les relations
évolutives entre les animaux, plantes et champignons (Wainright et al., 1993).
Il a été montré que les champignons forment un groupe monophylétique (Wainright et

al., 1993, Taylor et al., 2004) qui a une place bien individualisée dans l’arbre phylogénétique
du vivant. Ils sont aujourd'hui érigés en règne autonome (Figure 9), au même titre que les
Procaryotes ((Archéobactéries, Bactéries, Cyanobactéries), les Protistes, les Végétaux et les
Animaux.).
Figure 9: Relation phylogénétique basée sur les séquences des petites sous unités de l’ADN
ribosomique, entre les champignons, animaux et les plantes Photosynthétiques
(Taylor et al.,1993).
28
L'utilisation des outils de la phylogénétique a entraîné de profondes modifications

(Figure 10) dans la classification des champignons (Hibbett et al., 2007). Les champignons au
sens strict se trouvent éloignés des Myxomycètes et des Oomycètes qui sont maintenant
exclus du règne fongique. Par contre, les Chytridiomycètes sont considérés comme des
champignons sur la base d’homologies de séquences. Le règne fongique englobe aussi les
microsporidies (Figure 10), ces dernières sont des microorganismes parasites assez
particuliers (Hibbett et al., 2007).
Figure 10: Phylogénie et classification des champignons d’après Hibbett et al (2007).
I. 8. Classification des Basidiomycota
8. 1. Anciennes classifications
La classification des basidiomycètes est assez complexe, les récentes études de

Biologie moléculaire portant sur ces champignons ont remis en cause les anciennes
classifications essentiellement fondées sur les caractères morphologiques du basidiocarpe
(Ainsworth, 1971; Alexopoulos et al.,1996).
29
8. 2. Classification phylogénétique des Basidiomycota
La première classification phylogénétique basée sur l’étude de l’ARNr 18S a été

effectuée par Swann et Taylor (1993, 1995). Cette classification a permis de diviser les
Basidiomycota en trois grands groupes : les Hyménomycètes, les Ustilaginomycètes et les
Urédiniomycètes qui sont appelés respectivement Agaricomycotina, Ustilaginomycotina et
Pucciniomycotina dans la classification actuelle.
Une restructuration de la classification des Agaricomycotina (anciennement

Basidiomycètes) a montré que ce groupe est constitué de trois classes (Hibbett et al., 2007;
Hibbett, 2006): les Tremellomycètes, les Dacrymycètes et les Agaricomycètes (Figure 11).
Figure 11: Phylogénie des Agaricomycetes (Hibbett et al., 2007).
Par la suite, le projet AFTOL (Assembling the FungalTree of Life) appelé aussi
classification AFTOL, (Tableau 5), basé sur les travaux de nombreux chercheurs dont ceux de
Hibbett pour les basidiomycota, utilisant sept gènes (nuc-ssurDNA, nuc-lsurDNA, RPB2,
RPB1, EF-1, ATP6, et ITS) et près de 1500 espèces appartenant au grand groupe de
champignons ont résolu la relation phylogénétique dans la sous-division des
Agaricomycotina. Les sous-classes, Tremelllomycetidea et Agaricomycetidea, établies dans la
9ième édition du dictionnaire de champignons, sont élevées au rang de classe suite à la création
30
de la classe Dacrymycètes et la classe des Agaricomycètes dans le projet AFTOL. La nouvelle

classe des Agaricomycètes regroupe deux sous classes les Agaricomycetidea et
Phallomycetidea et la classe des agaricomycètes dont la position est incertaine (incerteasedis :
inc. Sed.); ce groupe comprend dix ordres dont les Russulales, les polyporales et les
téléphorales (Tableau 5).
La classification phylogénétique de Hibbett (2006), basée sur une analyse

multimarqueurs combinant les gènes de l’ARN ribosomique nucléaire (rpb1, rpb2 et tef1) et
sur l’analyse du gène LSU (Large SubUnit) de l’ADNr, montre, pour la première fois que
dans la classe des Agaricomycètes, les polyporales forment un clade monophylétique qui est
un clade frère des Théléphorales. Tandis que les Agaricales, les Bolétales et les Athéliales
sont regroupés dans la sous-classe des Agaricomycetidae et forment un clade frère avec les
Russulales (Figure 12) (Hibbett et al., 2014) alors que les classifications antérieures de
Hibbett et al. (2007) et Hibbett (2006), Hibbett et Thorn, (2001) ont regroupés les ordres de la
sous-classe des Agaricomycetidae dans le même clade que les Russulales, les Polyporales et
les Théléphorales (Figure 11).
31
Tableau 5: Classification des Agaricomycotina au niveau ordinal (Hibbett, 2006)

modifié.Flèche noire : changement de rang des Tremellomycetidea et
Agaricomycetidea, l’encadré : création de nouvelles classes, cercle noir les sous
classes.
32
Deux nouveaux ordres sont définis par Binder et al. (2010), l’ordre des
Amylocorticiales, regroupé dans la sous classe des Agaricomycetidea et l’ordre des Jaapiales;
ce dernier forme un clade frère avec la sous-classe des Agaricomycetidea (Figure 13).
L’apparition de ces deux nouveaux ordres sont les résultats de l’étude de l’évolution
des espèces de champignons résupinées à morphologie en croûte par l’analyse multigénique
(rpb1, rpb2 et tef1) de leurs séquences.
La synthèse de Hibbett et al (2014) révèle les derniers résultats sur la phylogénie des
Agaricomycètes. Ils montrent que l’analyse phylogénétique a confirmé certains aspects de la
phylogénie des Agaricomycètes tel que la monophylie chez Agaricomycetidae (Agaricales,
Boletales, Atheliales, Amylocorticiales et Lepidostromatales) et leurs relations avec les
Russulales qui ont été résolues avec les travaux antérieurs basés sur l’analyse de l’ARN
ribosomique et les gènes codant pour des protéines. Le nouveau résultat est la position du
clade formé par Jaapiales, Corticiales et Gloeophyllales (Figure 12), cependant leurs positions
à un niveau supérieur restent ambiguës.
Dans le groupe des Agaricomycota, de nouveaux taxons sont continuellement décrits,

en alimentant les bases de données avec de nouvelles séquences fongiques, ce qui suggère que
la diversité réelle dépasse de loin le catalogue actuel. On estime à 3,5 à 5 millions la
biodiversité fongique, ces valeurs continuent d’augmenter parallèlement avec
l’échantillonnage (O’Brien et al., 2005).
33
Figure 12: Les relations phylogénétiques des principaux groupes d'Agaricomycètes et autres
Basidiomycota (Hibbett et al., 2014).
I. 9. Concept d’espèce
On parlera d’espèces chez les basidiomycètes, ….
Il existe plusieurs définitions de l’espèce; celle du dictionnaire Larousse

(http://www.larousse.fr/dictionnaires/francais/esp.%C3%A8ce/31030) , définit l’espèce
comme un « ensemble d'individus animaux ou végétaux, vivants ou fossiles, à la fois
semblables par leurs formes adultes et embryonnaires et par leur génotype, vivant au contact
les uns des autres, s'accouplant exclusivement les uns aux autres et demeurant indéfiniment
féconds entre eux . Ces derniers aspects liés à la reproduction correspondent à la définition de
l’espèce biologique ».
La classification systématique des champignons basée uniquement sur les principaux

caractères morphologiques, associe à chaque espèce définie ses diverses propriétés
(comestibilité, toxicité, propriétés thérapeutique, aptitude à la culture, mode de vie
34
(saprophyte, parasite, symbiotique); L’utilisation de ces caractère permet d’identifier à

nouveau des individus appartenant à cette espèce.
En fait, trois voies peuvent être prises en considération:
- soit on veut définir une espèce en décrivant un spécimen comme une entité type
appelé aussi type d’espèce, dans ce cas c’est la définition du taxon (Giraud et al., 2008),
-soit définir les critères ou les outils (clés de détermination) pour circonscrire un taxon
dans une branche de l’arbre de la vie (Giraud et al., 2008),
- soit voir si un individu donné est considéré comme membre de cette espèce. Dans ce
cas-là, identifier une espèce est un concept que de nombreux mycologues cherchent à
uniformiser, or les différents critères qu’on s’impose à prendre en considération peuvent
changer au fil des découvertes (i) de nouvelles espèces trouvées dans les nouveaux biotopes
pas encore prospectés ou (ii) des espèces jamais récoltées.
Chaque spécialiste d’un genre établit une clé d’identification pour discriminer les
différentes espèces qui lui appartiennent. Cette clé reste valable jusqu’à ce que de nouveaux
critères révélés par des techniques récentes (Microscope Électronique à Transmission,
Biologie Moléculaire) amènent à modifier la clé. Cependant, certaines clés utilisant des
critères facilement accessibles à l’œil nu restent très utiles.
Le concept d’espèce demande de corréler au moins deux critères. Certains critères ne

peuvent pas être corrélés ensemble comme pour le groupe Pucciniomycota qui est d’un point
de vue écologique, physiologique et biologique très divers Seuls les caractères moléculaires,
biochimiques et les techniques de la microscopie électronique ont pu résoudre les positions
phylogénétiques des espèces appartenant au phylum Pucciniomycota (Aime et al., 2006).
Ainsi, pour identifier une espèce de champignons de nombreux critères peuvent être
pris en considération: morphologique, organoleptique, biochimique, moléculaire et la position
de l’espèce dans le processus évolutif. Certains critères morphologiques tels que la couleur et
les qualités organoleptiques dépendent du mycologue et restent subjectifs mais sont malgré
tout utilisés en essayant de les rendre les plus objectifs possible (planche montrant la gamme
de couleur des spores chez les russules, choix d’odeurs caractéristiques connues du plus grand
nombre, par exemple l’odeur de rave ou de radis, l’odeur d’anis).
35
I. 9. 1. Les critères morphologiques
La description des caractères morphologiques est aisée bien que ces derniers soient
liés à l’environnement dans lequel évolue le champignon, ils dépendent de l’âge du
champignon et des moyens utilisés pour les définir. Par exemple, avoir une bonne expérience
en Photographie (lumière, angle de prise de vue, balance des blancs, netteté, profondeur de
champ, ect...), consacrer du temps pour noter sur le terrain et récolter un maximum
d’informations sur le champignon et son environnement (type de sol, végétation...). Certains
caractères sont fragiles (Ndong et al., 2011) et ne se conservent pas au séchage comme
l’anneau chez certaines espèces. La notation des décorations sur le carpophore qui sont des
restes de voile partiel et général ainsi que les caractères organoleptiques, la couleur et les
réactions macro-chimiques doivent être réalisées sur le terrain (à l’exception de la réaction de
Schaeffer, réaction croisée entre l’aniline et un acide (Lachapelle, 2004), qui peut être réalisée
sur un spécimen séché (comm. pers. Callac). Les clés de détermination prennent en
considération ces nombreux caractères.
Le problème majeur pour les débutants en mycologie est la connaissance insuffisante

de toutes les clés de détermination des genres. Quelques genres de champignons comestibles
comme les truffes, les morilles peuvent être reconnues assez facilement, de même que
certaines espèces comme Agaricus campestris appelé aussi la rosée des près. Cependant des
confusions peuvent engendrer de graves accidents. Ceci n’exclut pas que certains spécialistes
d’un genre de champignons peuvent se tromper sur l’identité de ce dernier quand il n’est pas
originaire de la même région ou quand plusieurs espèces ont des morphologies très
semblables (ex. Agarics, Hébélomes …).
Pour certains genres, il est assez difficile de différencier les espèces car les caractères
distinctifs morphologiques (Lachapelle, 2002), organoleptiques, biochimiques, ou écologiques
sont peu nombreux et donc insuffisants. De plus, certains caractères sont susceptibles de
varier non seulement au sein d'une espèce (ex. chez Armillaria gallica) (Guillaumin et
Berthelay, 1981) mais encore en fonction de l'environnement (ex. chez les bolets).
I. 9. 2. Réactions macro-chimiques
L’oxydation des substances phénoliques est un caractère très utilisé par les
mycologues spécialistes des champignons lignivores. La cassure révèle chez certaines espèces
de bolets une réaction d’oxydation catalysée par une enzyme particulière appelée phénol-
36
oxydase. Par exemple, à la coupe Gyroporus cyanescens révèle une couleur bleu. Certaines
réactions colorées peuvent être induites en appliquant sur le carpophore ou une portion du
champignon de la teinture de Gaïac (Lachapelle, 2004). Une clé d’identification a été publiée
pour identifier des champignons lignivores uniquement à partir de la culture mycélienne
(Kuhner, 1978). Les critères biochimiques
La capacité d’une espèce à dégrader un substrat (le bois), à avoir des activités
enzymatiques particulières ou à produire une protéine, à partir d’un substrat simple peuvent
être des critères d’identification (Roussos, 1982). Les résultats de l’analyse des isoenzymes
ont montré que Tuber aestivum et T. uncinatum constituent une seule et même espèce
(Molinier, 2013).
Le mode de nutrition des organismes vivants a permis à Whittaker (1969) d’attribuer

aux champignons un règne autonome (Figure 8). Les marqueurs moléculaires ont permis de
placer beaucoup plus précisément les champignons dans l’arbre du monde vivant (Figure 13)
(López-Garcia et Moreira, 2008).
37
Figure 13: Schéma de l’arbre phylogénétique du vivant basé sur les marqueurs moléculaires,
indiquant la position des champignons. (López-Garcia et Moreira, 2008). La flèche
bleue indique le clade des champignons.
I.9. 3. Compatibilité sexuelle : critères d’inter-fertilité
En l’absence de tests d'inter-fertilité et d’analyse de populations, il reste difficile de

savoir si deux entités voisines selon des critères morphologiques et/ou moléculaires sont des
espèces biologiques distinctes ou des populations divergentes d'une même espèce (Guillaumin
et Berthelay, 1981)
I. 9. 4. Caractères moléculaires
Les caractères moléculaires (séquences d’ADN) sont plus nombreux que les caractères
traditionnellement utilisés en mycologie et sont insensibles à l’environnement. Les méthodes
actuelles se basent sur la comparaison de séquences d'ADN. Chaque individu possède sa
propre information génétique et les molécules d'ADN qui en sont le support sont présentes à
l'identique dans chacune de ses cellules.
38
L'ADN est une très longue molécule constituée de deux chaînes (ou séquences
complémentaires). Une séquence est un enchaînement de quatre motifs de bases (A, T, G, C)
dont l'ordre détermine l'information génétique transmise à l'identique de génération en
génération à moins d'une mutation. Les mutations sont à l'origine des variations rencontrées
dans les séquences d'ADN. Une mutation ponctuelle modifie une paire de bases à un endroit
donné (ou locus) de l'ADN; ce locus est alors variable (polymorphe) et les différentes formes
qu'il peut prendre sont appelées formes alléliques ou allèles. Ainsi par exemple, à la suite
d'une transition C-T à la cinquième position d'une séquence dont la longueur est de 11 bp
(paires de bases), on trouvera des individus qui portent l'allèle C (séquence ctgacCggta) et
d'autres l'allèle T (séquence ctgacTggtat). En alignant les deux séquences l'une au-dessus de
l'autre, on détecte très facilement le locus polymorphe et ses deux allèles. Selon que la
mutation est très ancienne ou relativement récente, une des formes alléliques peut caractériser
un groupe d'espèce, une espèce, ou simplement des individus au sein d'une espèce.
I. 9. 5. La contribution de la phylogénétique
La phylogénie est l’histoire de la descendance des organismes vivants. Avec les

nouvelles méthodes d’analyses et l’utilisation de nouveaux types de caractères moléculaires,
l’étude de l’évolution a regagné de l’intérêt. Certaines espèces de champignons, ne fructifient
pas, d’autres ne sont pas cultivables; ces espèces sont généralement ignorées dans les
inventaires mycologiques (O’Brien et al., 2005). Récemment la métagénomique qui permet
de rechercher tous les champignons présents dans un échantillon de sol ou de litière forestière
a révolutionné la connaissance de la biodiversité fongique (O’Brien et al., 2005; Scheffers et
al., 2012).
La phylogénie, consiste à circonscrire les différents taxons en entités monophylétiques

par l'intégration des données génétiques. Le choix de la région séquencée de l'ADN est très
important et dépend du rang taxinomique étudié. Elle doit être suffisamment variable pour
trouver des différences entre les taxons, et pas trop variable car un grand nombre de mutations
augmente le risque d'homoplasie (Nagy et al., 2012) (apparition indépendante du même
caractère chez deux lignées) et ne facilite pas l'alignement des séquences.
L’ADN ribosomique (ADNr) est un opéron composé de trois gènes appelés ARNr18S,
ARNr5,8S et ARNr28S chez les basidiomycètes, ces noms correspondant au niveau de
39
sédimentation des fractions du ribosome sur un gradient de Svedberg. Ces gènes sont séparés
par des espaceurs internes transcrits appelés couramment ITS « internal transcribed spacers » :
ITS1 et ITS2 (Figure 14).
Les séquences des trois gènes de cet opéron sont très conservées au cours de
l’évolution (Nilsson et al., 2006). Les régions non codantes (ITS1 et ITS2), sont considérées
comme neutres (absence de sélection). Elles ne sont pas essentielles pour une fonction, elles
subissent très peu de pression évolutive, ce qui maintient une forte variabilité dans ces
séquences (Halwachs et al., 2017). Les ITSs sont particulièrement adéquats pour circonscrire
et identifier un taxon (White et al., 1990 ; Gardes et Bruns, 1993). Le « FungalBarcoding
Consortium » considère que la région ITS (ITS1, 5,8S, ITS2) de l’ADN ribosomique est le
barecode universel pour l’identification des champignons supérieurs (Schoch et al., 2012).
Après avoir séquencé et aligné les séquences d'une région d'environ 700bp qui inclut
les ITS1 et ITS2 et le 5.8S, les locus polymorphes sont pris en compte pour les analyses
phylogénétiques et le résultat est représenté sous forme d'arbres ou dendrogrammes qui
montrent soit la distance génétique entre les taxons (Méthodes du Neibourg Joining et
UPGMA), soit les liens phylogénétiques supposés entre ces taxons (méthodes de Parcimonie,
du Maximum de Vraisemblance ML et PHYML et de Mr. Byes).
Figure 14: Marqueurs moléculaires utilisés pour l’identification des champignons (Halwachs
et al., 2017).
I. 9. 6. Définition d’espèce
Notre objectif est de circonscrire nos échantillons dans l’arbre phylogénétique des
champignons. Si une de nos séquences s’insère dans le même clade que des séquences d’une
40
espèce déjà connue, l’échantillon correspondant devrait partager les mêmes caractéristiques
que celle-ci. Ceci pourrait nous renseigner sur l’hôte possible, dans le cas des espèces
mycorhiziennes, ou sur l’environnement particulier dans lequel se développe habituellement
l’espèce, comme le sol calcaire. L’analyse de l’origine géographique des séquences du clade
auquel appartient notre séquence nous permettra encore de mettre en évidence des migrations
et de révéler les similitudes du cortège d’espèces entre des régions géographiques lointaines à
climats semblables.
Il est nécessaire de choisir des séquences d’ADN fiables dans les bases de données. De
nombreuses bases de données sont disponibles. La plus utilisée est l’International Nucleotide
Sequence Database Collaboration (INSDC) qui regroupe les bases de données GenBank
(NCBI aux Etats-Unis d’Amérique), EMBL (en Europe) et DDBJ (au Japon), ces bases de
données sont synchronisées très régulièrement. Cependant, ces dernières contiennent un
certain nombre de séquences mal identifiées (Nilsson et al., 2006) ou insuffisamment
renseignées. L’initiative de la base de données UNITE,
(http://www2.dpes.gu.se/project/UNITE/UNITE_intro.htm) (Kõljalg et al., 2005) associant
taxonomistes (mycologues), molécularistes (spécialistes de la biologie moléculaire) et bio-
informaticiens semble la plus adaptée pour l’usage du barcode ou marqueur moléculaire pour
identifier les espèces et en particulier pour nommer les espèces encore jamais décrites. Cette
initiative est basée sur l’espèce hypothétique (SH) pour les espèces dont les séquences ont un
pourcentage de similarité compris entre 97 et 99%. Une séquence est choisie pour représenter
chaque SH; Ces séquences sont appelées des séquences représentatives (RepSeq) lorsqu'elles
sont choisies automatiquement par l'ordinateur et des séquences de référence (RefSeq) lorsque
ces choix sont confirmés ou annulés par des experts ayant une connaissance approfondie du
taxon en question. "(Https: //UNITE.ut .ee / repository.php).
À chaque SH est associée un numéro d’accession unique, par exemple

Hymenoscyphus pseudoalbidus |GU586904|SH133781.05FU (Kõljalg et al., 2013), et un
identifiant d'objet numérique (Digital Object Identifier, DOI) unique et permanent qui permet
une identification sans ambiguïté même en l'absence d'un nom taxonomique complet
(Halwachs et al., 2017).
Dans la base de données UNITE, un regroupement des séquences en utilisant

différentes valeurs de seuil d’identité est proposé. En effet, aucun seuil unique ne permet de
41
délimiter la variabilité intraspécifique de la variabilité interspécifique dans tout le règne

fongique. Sept seuils d’identité sont définis : 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% et
>99,5% (Kõljalg et al., 2013). À chacun correspond un seuil de différence (de 3% à 0%).
Ainsi, dans chaque genre ou chaque rang taxonomique de niveau supérieur, on

utilisera le seuil le plus approprié en choisissant celui qui sépare le mieux les espèces déjà
décrites s’il y en a.
La Figure 15 explique la notion d’espèce hypothétique selon Kõljalg et al. (2013). les
dendrogrammes (a et b) illustrent les distances génétiques entre 7 séquences.
Figure 15: Illustration de la notion d’espèce hypothétique (SH) telle qu’elle est conçue dans la
base Unité et dans l’article de Kõljalg et al (2013).
En a) : 4 d’entre elles appartiennent respectivement aux espèces A et B déjà décrites. Trois
nouvelles séquences x, y et z ont été positionnées dans ce dendrogramme et forment une
nouvelle branche (NC). Ces trois séquences peuvent être considérées comme appartenant aux
deux espèces hypothétiques SH1 et SH2 au seuil de différence de 1,5%.
En b) : les espèces A et B ont été considérées comme deux populations d’une même espèce.
On applique alors le seuil de différence de 3% pour distinguer les espèces et les séquences, x,
y et z, sont alors considérés comme appartenant à une seule espèce hypothétique SH3. Ainsi
trois SH différents sont attribuées à ces séquences en utilisant deux seuils différents.
42
Il est important de distinguer la phylogénie des séquences de la phylogénie des

espèces. En effet, si l’on construit séparément des arbres phylogénétiques avec les séquences
de deux gènes différents, par exemple la zone ITS et la sous unité de la RNA polymérase II
(RPB2), les deux arbres peuvent être différents. On dit qu’ils ne sont pas congruents (les
arbres n’ont pas la même topologie). Ceci est dû au fait que l’histoire d’un gène est différente
de celle d’un autre et diffère aussi de celle de l’espèce. C’est en réalisant l’analyse combinée
de plusieurs gènes, voire des génomes entiers que l’on peut approcher le mieux l’arbre
phylogénétique des espèces. Cependant, les informations fournies par l’analyse
phylogénétique d’un seul gène permettent déjà d’approcher la structuration du monde vivant
en espèces différentes. D’autre part, il est important de distinguer la variabilité intraspécifique
des séquences d’un gène de la variabilité interspécifique, en effet deux allèles d’un même
gène peuvent s’apparier, subir des crossing over et se recombiner tant qu’ils appartiennent à
des individus de la même espèce. De plus la dérive génétique va faire disparaître certains
allèles rares et en particulier certains allèles formés il y a longtemps, qui ont accumulé
beaucoup de mutations par rapport aux allèles les plus fréquents. Ainsi, la divergence
génétique entre les allèles d’une même espèce reste limitée surtout si la dérive est forte, c'est-
à-dire quand l’effectif de la population est limité. Au contraire deux allèles d’un même gène
mènent une vie indépendante et une évolution indépendante une fois qu’ils appartiennent à
deux espèces distinctes. Ainsi les allèles vont diverger progressivement à mesure que le temps
passe depuis la séparation des deux espèces.
43
Chapitre II
Matériels et Méthodes
II.1. Choix du site d’étude: la forêt de M’Sila
La localisation géographique et les caractéristiques écologiques de la forêt de M’Sila,

ont été présentées dans le chapitre 1. On rappelle que cette forêt est située à 11 Km de la ville
d’Oran (Figure 16) et à 90-380 m d’altitude moyenne et qu’elle occupe le versant nord-ouest à
35°, 38N de latitude et 0°53 de longitude.
Elle n’est pas mentionnée comme parc national d’Algérie (Figure 17), encore moins
caractérisée comme aire protégée, bien qu’elle abrite deux essences forestières importantes : le
pin d’Alep (Pinus halepensis) et le chêne liège (Quercus suber). Le chêne liège est une espèce
végétale importante, aussi bien d’un point de vue écologique qu’économique. Cette forêt est
réputée comme riche en champignons macromycètes comestibles et non comestibles dont le
développement est influencé par de nombreux facteurs dont les plus importants sont le climat,
la composition et structure de la végétation et la nature physicochimique du sol.
Figure 16: Situation géographique de la forêt domaniale de M’Sila (a) : Google Map 2014, (b) :
cartothèque de la direction des forêts de la wilaya d’Oran, 2000 modifié.
Après l’indépendance du pays, la plupart des travaux effectués dans cette forêt se sont
focalisés sur la physiologie, l’édaphologie, et la phénologie du Quercus suber tels que les
paramètres écologiques (Zeraia ,1981; Yessad, 2000). D’autres travaux ont porté sur
l’écophysiologie et la typologie des subéraies, particulièrement en région oranaise (Bouhraoua,
2003, Letreuch-Belarouci, 2010). Quant à la diversité des champignons de cette forêt en
particulier les basidiomycètes, à notre connaissance, aucune étude n’a été effectuée. C’est dans
ce cadre que nous avons orienté notre travail.
43
Figure 17: Parcs Nationaux algériens.

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:01_GM_Algerian_National_Parks.png:
II. 2. Prospections
Les prospections sont effectuées dans 4 parcelles PI, PII, PIII et PIV, présentant des
biotopes différents, au niveau du parc zoologique de la forêt domaniale de M’Sila (FIGURE 18).
Le positionnement de ces parcelles a été effectué au GPS; les données sont regroupées dans le
Tableau 6.
Tableau 6: Positions GPS des 4 parcelles prospectées.
Données GPS Coordonnées UTM coordonnées géométrique
PI PII PIII PI PII PIII
x = Latitude 690 795 690 590 690889 35 38 17 35 38 43 35 38 37
y = longitude 3 945 862 3 946 659 39046 468 000 53 34 000 53 41 000 53 30
Z = Altitude
(m) 366 379 325
x = Latitude 35 38
différents lieux de la
PIV
forêt de M'Sila
y = longitude 000 53
44
Les parcelles PI, PII, PIII sont espacées d’un Km afin d’éviter que l’échantillonnage soit
effectué sur le même clone. 2 à 4 sorties ont été effectuées par parcelle ; les prospections sont
planifiées par un grade forestier pour des raisons de sécurité
a b
Figure 18 : Vue d’ensemble de la forêt domaniale de M’Sila. a) Entrée du parc zoologique, b)

A l’intérieur du parc zoologique
Pour la parcelle PIV, 20 prospections ont régulièrement été effectuées avec la précieuse
aide du garde forestier qui connait parfaitement les périodes de fructification des champignons
qu’il repère au cours de ses randonnées de surveillance. Ainsi, dès qu’il y a fructification d’un
champignon, deux ou trois échantillons de la même espèce sont récoltés, mais suffisamment
éloignés pour éviter qu’il s’agisse du même clone. Les récoltes d’échantillons ont été effectuées
en 2009, 2010, 2012 et 2013 (des échantillons ont aussi été récoltés en 2008) à différentes
périodes de l’année entre Novembre et Mai. La FIGURE 19, montre un exemple de la diversité
fongique durant notre campagne mycologique.
Avril Mai 2010 Septembre Novembre 2010

2010 2010
Décembre 2012
Novembre Décembre 2012 Janvier 2013
Figure 19: Diversité des champignons récoltés au cours de nos prospections
45
II. 3. Analyse des paramètres écologiques du site d’étude

II. 3. 1. Données climatiques
Oran est la plus importante ville côtière de l’Ouest algérien. La wilaya d’Oran comprend
26 communes dont quatorze communes côtières. Son littoral s’étend sur 124 kilomètres, soit le
1/10 environ du littoral national.
Le climat à une influence directe sur la fructification des champignons et la composition

fongique d’une région.
La station météorologique dans la forêt de M’Sila est inexistante durant notre étude.
Pour identifier l’influence climatique de cette zone, nous avons choisi les données climatiques
de la station météorologique de la Senia qui se trouve à proximité de la zone d’étude. L’Office
Nationale de Météorologie d’Oran (ONM) nous a fourni les données climatiques (pluviométrie
et température) (annexe 1)
L'indice de l'aridité est un indicateur quantitatif du degré du manque d'eau présente à un

endroit donné (BRAZEL, 2006). De nombreux indices et formules ont été élaborés pour
caractériser le climat d'une région, ils font intervenir essentiellement, la conjonction
température- pluviométrie.
Nous avons choisi de calculer cet indice (I) par la formule de DE MARTONNE (DE
MARTONNE, 1942)..L’indice d'aridité de De Martonne, noté I, permet de déterminer le degré
d'aridité d'une région.
Cet indice est calculé par la formule suivante:
où P désigne les précipitations totales annuelles et T la température moyenne annuelle. Pour

un mois, cet indice est calculé comme suit :
où p désigne les précipitations totales mensuelles et t la température moyenne mensuelles.
Cette formule est caractérisée par sa simplicité dans laquelle le chiffre 10 ajouté à la
température, permet d'éviter d'avoir un indice négatif. Cet indice est d'autant plus grand que le
climat est plus humide.
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0<I<5: climat hyperaride
5<I<10: climat aride
10<I<20: climat semi-aride
20<I<30: climat sub-humide
30<I<40: climat humide
II. 3. 2. Echantillonnage et analyse physico-chimique du sol
Un profil pédologique a été réalisé, afin de connaître la nature du sol de la forêt de

M’Sila (Figure 20). La réalisation d’un profil pédologique est une tâche fastidieuse et nécessite
un outillage adapté. La profondeur du profil pédologique est de 1 m. Un seul profil pédologique
a été réalisé. Afin de connaitre la nature physico-chimique du sol des différentes parcelles, des
carottages de sol (Figure 21 a) ont été réalisés.
Les prélèvements des échantillons de terre ont été effectués à différents horizons sur les
4 placettes prospectées. Plusieurs échantillons de terre sont prélevés à différents emplacements
sur le même site; ils ont été ensuite mélangés selon le guide pratique fourni par la société
FERTIAL, afin de constituer un échantillon significatif pour les analyses (FIGURE 21 b). Au
niveau de chaque point nous avons prélevé 1 Kg du sol.
Figure 20 : Profil montrant les différentes couches de sol de la forêt de M’Sila
47
Les échantillons de sol prélevés dans les différentes placettes de la zone d’étude, ont été
mis dans des sacs plastiques. L’analyse physico chimique a été réalisée au Laboratoire
agronomique (FERTIAL) d’Annaba, Algérie. Les bulletins des analyses de sol (profondeur 0-
20cm) sont regroupés dant l’annexe 2.
a b
Figure 21: Prélèvement de sol à différents horizons. a: carottage; b: mélange du sol
II. 3. 3. Relevé floristique
La diversité fongique dépend de la structure et la composition des forêts (Richard et al.,

2004 et 2005; Azul et al., 2009). En effet, O’Hanlon et Harrington (2011) ont montré que dans
les forêts naturelles et les zones à forte couverture forestière, les champignons
ectomycorhiziens, les décomposeurs de bois et de débris représentent une haute diversité alors
que l’insuffisance de substrat (humus, troncs d’arbres) ou d’hôtes peuvent être un facteur
limitant.
Un relevé floristique a été effectuée dans la forêt de M’Sila lors de nos prospections
fongiques. Les espèces les plus fréquentes sont recensées. Les identifications ont été réalisées
par un collègue du département de Biotechnologie végétale (USTOMB). Les espèces végétales
ont été photographiées in situ.
II. 4. Méthode de récolte et de conservation des sporophores

II .4. 1 .Méthode de récolte des échantillons de sporophores
Les carpophores récoltés sont photographiés in situ (Figure 22) avec un appareil photo
de type Kodak M1033 (10 MEGAPIXELS). Certains caractères sont immédiatement
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enregistrés comme la couleur, le diamètre du chapeau, présence ou absence d’anneau ou de

volve, l’odeur, etc.
Quand cela est possible, il est préférable de récolter plusieurs spécimens (Figure 22) de
différents âges d’une même espèce. Les champignons résupinés, les polypores et champignons
non visibles à l’œil nu ne sont pas récoltés. La présence des ascomycètes est notée, cependant
ces champignons sont seulement photographiés sur le terrain mais non récoltés.
Figure 22: Un exemple de récolte de champignons.
II. 4. 1. 1. Confection d’un herbier
Un lot de sporophores récoltés est séché aussi vite que possible particulièrement, les
spécimens charnus comme les bolets afin d’éviter la décomposition de la chair. Les gros
champignons sont coupés en deux pour un meilleur séchage. Une fois la déshydratation réalisée
une fiche signalétique est renseignée (Figure 23) et on attribue un numéro de collection à
chaque récolte. Les herbiers et les photos des spécimens collectés ont été réalisés au laboratoire
LBMB.
Figure 23: Modèle de fiche signalétique utilisée au laboratoire

MycSA de Bordeaux.
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Les exsiccata sont conservés et déposés dans l’herbier MPU de l’Université de

Montpellier, France ( http://www. collections.univ-montp2.fr/herbier-mpu-presentation/base-
de-donnees-botanique-herbier-mpu). Les exsicata du genre Agaricus sont conservés dans la
Collection Germoplasme des Agarics de Bordeaux (CGAB). Des numéros d’herbier sont
assignés à chaque collection.
II. 4. 2. Identification des carpospores
Il est connu que l’identification des champignons nécessite une approche macroscopique
et microscopique. Cependant, Taylor et Hibbett (2014) considèrent que les méthodes de
biologie moléculaire sont suffisantes pour identifier les espèces fongiques. En effet,
l’identification des champignons que nous avons collectés a été réalisée essentiellement par les
méthodes de biologie moléculaire.
II. 4. 2. 1. Approche morphologique
Certains caractères sont labiles après la récolte des champignons comme l’anneau. La
couleur peut changer selon le degré hygrométrique de l’échantillon.
II. 4. 2. 1. 1. Examen macroscopique
Un second lot de champignons récoltés, est examiné sur le terrain (Figure 22) et
photographié. Chaque échantillon est mis dans un sac en papier et transporté au laboratoire
(Photo 3) pour des observations complémentaires. Le diamètre du chapeau, la longueur et le
diamètre du stipe sont mesurés. L’insertion des lames est un caractère déterminant pour
l’identification des champignons.
50
Photo 3: Exemple de récolte de champignons effectuée lors de nos prospections.
La couleur des spores peut être devinée in situ, par contre pour déterminer le genre une
sporée (Figure 24) est absolument nécessaire dès l’arrivée des échantillons au laboratoire, cette
dernière peut être réalisée comme suit :
On coupe le pied bien droit tout en laissant une certaine hauteur, on place ce dernier sur une
feuille de papier blanc ou de couleur dépendant de la couleur vue sur les lames, on couvre avec
un cristallisoir afin de maintenir une certaine humidité (chambre humide). Au lendemain on
observe une belle sporée. L’observation des spores et leur dimension est importante lors de
l’identification des espèces.
Figure 24: Technique de réalisation de la sporée.
II. 4. 2. 2. Examen microscopique
Un examen microscopique est réalisé sur une partie des espèces potentiellement
nouvelles ou présentant un intérêt taxonomique.
51
Figure 25: Exemple de mesure des caractères macroscopique et microscopique des champignons
après leur récolte.
Les examens microscopiques des champignons (Figure 25) sont effectués

essentiellement sur des collections séchées à l’aide du microscope HB-LUX au grossissement
x100. L’échantillon séché est monté dans une goutte d’hydroxyde de potassium (KOH) à 3%
pour les spores et le rouge Congo ammoniacal, pour l’examen des basides et des cystides. 30
spores sont mesurées à l’aide d’un micromètre oculaire étalonné. Le microscope est équipé
d’une caméra (TOUPCAM CMOS 5.2MP); les basides, basidiospores sont mesurées à l’aide
du logiciel Piximètre (v.5.9).
Les mesures concernent la longueur moyenne x la largeur moyenne ±.l’écart type (SD).
Le quotient sporique (Q) est calculé par mQ = la moyenne des quotients. Le quotient sporique
renseigne sur la forme de la spore.
Q= Longeur/Largeur
II. 4. 3. Approche moléculaire
Depuis une vingtaine d’années, les champignons sont fréquemment étudiés par des
techniques de biologie moléculaire. L’extraction des acides nucléiques est la première étape
dans la plupart des études de biologie moléculaire. Les méthodes d’extraction les plus utilisées
font appel à trois étapes, une lyse et incubation en présence d’un détergent, l’extraction et la
précipitation des acides nucléiques.
52
L’extraction et l’amplification à partir de sporophores séchés ont été effectuées selon le

protocole de Doyle (1987) et de Noël et Labarère (1987) avec des modifications mineures; ce
protocole est couramment utilisé au laboratoire MycSA de l’INRA de Bordeaux.
II. 4. 3. 1. Préparation des échantillons pour extraction de l’ADN
L’ADN fongique est extrait de la matrice de départ. Pour chaque collection un sous
échantillon de carpophore séché est pesé. 25 mg sont broyés dans un mortier avec un pilon en
présence d’azote liquide jusqu’à l’obtention d’une poudre fine (Figure 26). Le broyat est réparti
dans 2 tubes eppendorf de 2 ml stériles.
II. 4. 3. 2. Extraction et précipitation de l’ADN
L’extraction de l’ADNr est réalisée après broyage par la technique au CTAB. Ce dernier
forme un complexe insoluble avec les acides nucléiques et précipite l’ADN sélectivement, en
laissant en solution les carbohydrates, protéines et autres composants contaminants.
L’extraction est effectuée sous hotte à flux à solvant (Figure 27).
Figure 26: Matériel pour broyage manuel.
La poudre résultante est mise en suspension dans 700 µL de tampon de lyse à chaud
(CTAB 2%, NaCl 1,4 M, EDTA pH 8,0 20 mM, Tris-HCl pH 8,0 100 mM) supplémenté avec
14 µL de β-mercaptoéthanol, il a pour rôle de protéger l’ADN contre son oxydation et sa
dégradation. Le rôle de l’EDTA est de former un complexe avec des ions divalents comme
53
Mg++, nécessaires pour l'activité des DNases. De même, en chélatant les éléments calcium
(Ca++), EDTA peut fragiliser les parois cellulaires. Quant à la combinaison Tris/HCl, elle
donne à la solution une capacité d’atténuation du pH (un pH faible ou un pH élevé endommage
l’ADN).
Le mélange obtenu est mis en incubation pendant 20 mn à 65 °C et mélangé par

retournement régulier et refroidi à température ambiante. Un volume de chloroforme: alcool
isoamylique (24: 1) est ajouté et mélangé doucement avec les échantillons jusqu'à ce qu'ils
soient émulsionnés. Le mélange est centrifugé pendant 10 mn à 13000 t/mn. La partie aqueuse
contenant l’ADN est transférée dans un nouveau tube.
Figure 27: Extraction d’ADN sous hotte à flux à solvant.
Une seconde extraction est effectuée avec 700μL de chloroforme: alcool isoamylique
(24: 1) et 5 mn de centrifugation à 13000 t/mn. Le chloroforme dénature les protéines et facilite
la séparation des phases aqueuses et organiques. L’extraction au chloroforme est répétée deux
fois afin d’enlever complètement les impuretés de la couche aqueuse.
L’ADN présent dans le surnageant est précipité avec 700 µL de tampon de précipitation
(1% de CTAB, NaCl 0,04 M) puis incubé à température ambiante pendant 30 mn puis
centrifugé pendant 10 mn à 13 000 t/mn. Le surnageant est jeté.
Le culot obtenu est lavé avec 500 µL de NaCl 1 M additionné de 1 mL d'éthanol absolu,
le sel est indispensable à la formation d’un précipité d’acide nucléique. La suspension est
soigneusement mélangée, incubée à température ambiante pendant 30 mn puis centrifugée
pendant 10 mn à 13 000 t/mn. Le culot est lavé trois fois avec 1 mL d'éthanol à 70%; pour
chaque rinçage, la suspension est centrifugée pendant 10 mn à 13 000 t/mn et le surnageant est
délicatement jeté. Enfin le culot est séché dans un Speed Vac (Thermosavant) et remis en
suspension dans 50 µL d’eau distillée UltraPure DNase / RNase-Free.
54
II. 4. 3. 3. Dosage de l’extrait d’ADN
Le dosage d’ADN en ng/µL est effectué à l’aide du spectrophotomètre Nanodrop

NanoDrop Spectrophotometer ND-1000, à une longueur d’onde de 260 nm (Figure 28). Le
dosage de l’ADN est réalisé en déposant 1,5 µL de l’extrait.
Figure 28: NanoDrop Spectrophotometer ND-1000 utilisé pour le dosage de l’ADN

et l’évaluation de la pureté de l’extrait d’ADN.
II. 4. 3. 4. PCR: Réaction de Polymérisation en Chaîne
II. 4. 3. 5 Principe
L’ADN récupérée lors de l’extraction correspond à la totalité du génome. Afin de

comparer les échantillons avec ceux déjà étudiés par les méthodes de biologie moléculaire par
d’autres chercheurs, on va multiplier le nombre de fragments d’une petite portion de l’ADN
total ce qui va permettre de séquencer cette petite portion du génome.
Ces petits fragments sont amplifiés par la réaction de polymérisation en chaîne (PCR).
Cette technique a été mise au point par Mullis et ses collaborateurs (1987) qui a obtenu le prix
Nobel de chimie en 1993. La PCR est communément utilisée en biologie moléculaire. Une
vingtaine de cycles permettent de multiplier le nombre de molécules d’ADN localisées entre
deux amorces, par un million (Lalam, 2006).
La technique PCR permet de fabriquer une grande quantité de fragment d’ADNr en

utilisant une paire d’amorces (fragment courts d’ADN, 20 nucléotides). Ces amorces ont des
55
séquences complémentaires à celle des brins opposés flanquant la région cible à copier. Ces
amorces définissent ainsi les extrémités du segment d’ADN que l’on veut reproduire.
Les fragments ITS1 et ITS2 de l'ARNr sont moins conservées entre les différents taxons
que les gènes 18S, 5.8S et 28S, mais cette variabilité reste faible, ce qui les rend porteuses
d'informations évolutives de qualité.
La zone ITS qui comprend l’ITS1, le gène 5.8S et l’ITS2 constitue le fragment d’ADN
le plus représenté dans les bases de données, couvrant ainsi un très grand nombre d'organismes
II. 4. 3. 6. Amplification
II. 4. 3. 7. Les amorces utilisées
Deux couples d’amorces sens et revers sont utilisés dans notre travail (Tableau 7). Ces
amorces sont utilisées pour amplifier la région ITS (ITS1, 5.8s et ITS2)
Tableau 7: Couples d’amorces utilisées dans notre étude, permettant l’amplification de la région ITS.
Amorce Séquence (5’-3’) Taille du Température Référence

fragment d’hybridation
(Tm)
ITS1 sens TCCGTAGGTGAACCTGCGG

White et al., 1990
ITS2 reverse GCTGCGTTCTTCATCGATGC 20 62
ALR0 reverse CATATGCTTAAGTTCAGCGGG 21 62 Collopy et al., 2001
ITS4 reverse TCCTCCGCTTATTGATATGC 20 58

White et al., 1990
ITS5 sens GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG 22 62
ITSPH sens ATACAACTTTCAGCAACGGATCT 24 68
ITS1F sens CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA 22 60 Gardes et Bruns,

1993
56
ITS5 ITS1 ITSPH ITS1F

TCCGGATTGGCTTTGGGGAGTCGGAAACGACACCCCGTCGCTGAGAAGTTGGTCAAACTTGGTCATTTAG
AGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTATCGTAAAACTGAGGC
GCGAGGGCTGTCGCTGACTTTTCGTCGTGCACGCCCAAGTGCTCTCAAACAATCCATCTCACCCTGTGCA
CCACCGCGTGGGTCCCCCTTCTGGCTCGTCCAGAAGGGAGGCTTGCGTTTTCACACAAACTCGATACGGT
GTAGAATGTCTCCTGCGATAACACGCAATTAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCG
ATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAAC
GCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAAATTCTCAAAAACCTTTC
TTTTGAAAGGGTTTTGGACTTGGAGGCTTTTTGCTGGCTTTTAAGCGAGCTCCTCCCAAATAAATTAGTG
GGGTCCGCTTTGCCGATCCTTGACGTGATAAGATGTTTTCTACGTCTCGGGTTTGGCGATGCCTCTTGGG
CACCTGCTTCTAACCGTCCGATGGACAATGATGGCGTCCCGGTCACCACCGTTTTATCGGTTGGGAGGCT
TGGCCCACCAAAAAAACCTTGACCTCAAATCGGGTGAGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC
GGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACTGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCTCAAATTTAAAAT
CTGGTGGTCTTTGGCCATCCGAGTTGTAATTTAGAGAAGCGTCTTCCGCGCTGGACCGTGCACAAGTCTC
CTGGAATGGAGCGTCGTAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTT
ITS2 ALRO ITS4
Figure 29: Exemple de séquence (FJ845434 Russula sanguinea) de l’ADNr montrant la
position des différentes amorces utilisées dans notre travail. En gras successivement
les séquences du 18S, le 5,8S et le 28S.
Les séquences d’amorces utilisées dans notre étude ont mis en évidence la séquence ITS
de Russule (Figure 29). La séquence de l’amorce ITSPH diffère par une base (surlignage jaune
dans Figure 31) ttcaA/Gcaa (A= Russule, G=Amorce ITSPH fabriquée pour les Agarics) par
rapport à la séquence équivalente dans la zone ITS de la russule donc cette amorce ne va pas
très bien s’hybrider avec cette séquence de russule, donc pour l’amplifier il est préférable
d’utiliser dans le cas des russules une autre amorce sens. L’amorce ITSPH a été utilisée pour
l’amplification de l’ADNr des agarics.
II. 4. 3. 8. Préparation du mélange réactionnel pour la PCR
Un mélange réactionnel est réalisé pour l’amplification du gène ITS. Il comprend 50 ng

de matrice ADN (2μl), 10 μL de GOTag tampon PCRX 5, 7 μL de dNTPs (1.2 mM par
nucléotide) (dATP, dCTP, dGTP et dTTP) ; 2 μL de chaque amorce spécifique (10mM) et 0,2
μL GOTag-ADN polymérase (5U/ µL) (Promega M830B, Corp., Madison, Wis, USA) le
volume est ajusté à 50 µL avec de l’eau distillée stérile exempte de DNase et RNase
(DNase/RNase- free). Les produits sont disposés dans de la glace pilée pendant la préparation
du mélange réactionnel.
57
II. 4. 3. 9. Programme d’amplification
Le cycle d’amplification commence par une phase de dénaturation de l’ADN à pendant

5 mn à 95°C, un second cycle se déroule comme suit : 40 secondes de dénaturation à 95°C, 45
secondes pour hybridation à 57°C et 1 mn d’élongation à 72°C. Ce cycle est répété 38 fois. Afin
d’arrêter l’amplification par PCR, une élongation finale de 5 mn à 72°C est réalisée. La taille
du fragment attendu est d’environ 600 bp.
II. 4. 3. 10. Visualisation des produits de PCR
Pour vérifier la qualité des amplicons d’ADN (FIGURE 30), une électrophorèse sur gel
d’agarose 1.2 % contenant du BET (Bromure d'éthidium) est réalisée dans du tampon TBE 0,5
X (80 mM Tris-HCl pH 8; 2,5 mM EDTA; 89 mM acide borique), en utilisant pour chaque
échantillon 10 µL de produit de PCR additioné de 2 µL de tampon de charge (bleu de
bromophénol 0,125%, saccharose 40%) dans chaque piste. La migration s’effectue grâce à une
tension de 100 V. Un marqueur Kb Ledder (1000 pb d’Invitrogen) est placé sur le gel comme
marqueur de poids moléculaire.
C4 C5 C6
C2 C3
C1
SMB3 Agaricus SMB2

SMB6
SMB4 SMB1 T.caligatum Russula queletii ? SMB5
indistinctus ?
Figure
Figure 1: Exemple de30
gel: de
Exemple
contrôlededes
gelproduits
de contrôle des produits de PCR
de PCR
Le gel est visualisé dans un appareil à fluorescence (Figure 31) relié à un ordinateur de
bureau par un système de réseau. La photo du gel est ainsi récupérée grâce au logiciel E-CAPT
compatible avec Microsoft Windows.
58
Figure 31: Appareil à fluorescence pour visualiser les gels d’agarose (ADN)
(Vilber Lourmat E-Box VX2)
II. 4. 3. 11. Séquençage des produits de PCR
Les amplicons ainsi que les amorces ITS (sens et revers) correspondant aux ADNr des
échantillons, sont envoyés à Genewiz, UK pour le séquençage. Les séquences obtenues
(Annexe 4) nous sont transmises par internet pour être traitées au laboratoire.
II. 4. 4. Analyse bio-informatique des séquences nucléotidiques
Les séquences obtenues sont éditées avec le logiciel gratuit BioEdit (V.7. 9. 9.0 (2007))
ou Chromas LITE (V. 2.01). Ces logiciels facilitent la lecture des séquences des nucléotides
d’ADN en visualisant leurs pics sur le chromatogramme. On supprime dans la séquence les
nucléotides des extrémités qui correspondent à un chromatogramme de mauvaise qualité ou à
des artéfacts (Figure 32) puis on réalise un alignement des deux séquences nettoyées obtenues
(sens et réverses) en utilisant l’outil CAP (Contig Assembly Program) dans Bioedit. La
séquence consensus obtenue (contig) est enregistrée dans un fichier et est considérée comme
non validée. On valide ensuite la partie de la séquence trouvée identique lors du séquençage par
l’amorce sens (F = forward) et réverse (R). Pour la partie de la séquence obtenue que dans un
seul sens, on utilise un alignement avec des séquences proches trouvées dans GenBank et si
elles sont identiques, on valide aussi cette partie. Si elles sont différentes à une position, on
remplace la base de notre séquence par un N, car on considère que la base de notre séquence
peut provenir d’une erreur de séquençage. Un fichier Sequin est préparé pour soumettre la
séquence dans la base de données NCBI comme une nouvelle séquence. La société nous renvoi
le fichier avec un numéros d’accession (un numéro GenBnk qui rend la séquence accessibile
sur le site NCBI)
59
a
Séquence non lisible
Figure 32: Lecture du chromatogramme des séquences. a) sens et b) revers complément.

Encadré : nucléotide de mauvaise qualité.
Par ailleurs; bien qu’au cours de tout ce travail on vérifie la qualité du séquençage, on
rencontre parfois des hétéromorphismes représentés par des doubles pics isolés (Figure 33).
Les hétéromorphismes sont validés quand ils sont présents dans les deux séquences (sens et
revers).
Les chromatogrammes peuvent être doubles sur un grand nombre de pics. Il s’agit alors
soit d’une séquence inexploitable quand elle est double sur toute sa longueur, soit d’un
hétéromorphisme de longueur (indel) quand le chromatogramme est double sur seulement une
partie de la séquence (Figure 34), d’un côté de l’indel.
Figure 33: Chromatogramme montrant deux hétéromorphismes (Y) sur les deux séquences
obtenues avec les amorces sens (ITS1) et non sens (ALR0), cette dernière étant
visualisée en revers complément. Y en code IUPAC correspond aux nucléotides C
ou T. la flèche montre les hétéromorphismes.
60
Il est impossible de déposer dans GenBank des séquences ayant des hétéromorphismes
(Figure 34), théoriquement ils n’acceptent que des taxons haploïdes. La solution est de déposer
deux séquences haploïdes
Figure 34: Exemple de chromatogramme présentant une double séquence sur une partie de la
sequence. Au milieu un poly A présente 6 A dans un allèle et 7 A dans l’autre.
II. 4. 3. 1. Séquences ambiguës
L’échantillon CM022 de la Psathyrella d’Algérie est utilisé pour montrer la méthode

employée pour lire la partie double du chromatogramme (Figure 35). On commence par lire la
double séquence de la séquence sens (a). On note la séquence (ligne 2) correspondant aux pics
les plus hauts, puis on note (ligne 3) celle correspondant aux pics les plus bas. Puis on complète
ces lignes avec les lettres correspondant aux pics simples. En ligne 1 on écrit les lettres de la
partie simple de la séquence. On complète ensuite avec la séquence du premier allèle (séquence
soulignée) en utilisant le fragment de séquence correspondant aux pics simples de la séquence
réverse complément de la séquence réverse (b).
Nous avons mis en gris dans les lignes 2 et 3 les nucléotides correspondants à la séquence
du premier allèle aux positions où ces deux lignes diffèrent. Nous déduisons, à ces positions,
les nucléotides du second allèle (non mis en gris dans les lignes 2 et 3) et nous complétons alors
la ligne 4 avec les nucléotides non grisés dans les lignes 2 et 3. Il en résulte que les lignes 1 et
61
4 correspondent aux allèles courts, notés « C », et longs, notés « L », respectivement. Les lignes
2 et 3 sont uniquement utilisées pour aider à déduire les séquences des deux allèles.
La même procédure est utilisée pour interpréter le chromatogramme de la séquence réverse

(b) pour confirmer les séquences des deux allèles. On observe la localisation de l’indel illustré
dans cet exemple par 6 et 7 A (en vert) présents dans l’allèle court et l’allèle long
respectivement.
II. 4. 3. 2. Interprétation des hétéromorphismes
Il existe pour chaque gène une diversité intra-spécifique. Celle-ci peut s’observer entre les
individus d’une même population mais aussi dans un individu hétérozygote. L’extrait d’ADN
qu’on amplifie est issu soit d’un fragment de sporophore ou des spores, en particulier quand on
travaille sur des spécimens séchés. La chair des sporophores est généralement hétérocaryotique
tandis que les spores sont homocaryotiques dans la plupart des espèces. Quand l’extrait d’ADN
est issu d’un hétérocaryon, la zone ITS que nous étudions peut être hétérozygote.
Le nombre de différences (indel et substitution) entre les séquences de la zone ITS (environ
700bp) d’espèces étroitement apparentées varie généralement entre trois et dix pour les espèces
proches de nos échantillons. Lors de la comparaison de séquences très proches, l’une provenant
d’un de nos échantillons, les autres provenant de GenBank, l'interprétation des
hétéromorphismes est très importante.
a)
1. GCCTATAAAAAAACTATACAACTTT
2. GCCTATAAAAAAACTATACAATTTT
3. GCCTATAAAAAACTATACAACCTTC
4. GCCTATAAAAAACTATACAACTTTC
62
b)
1. GCCTATAAAAAAACTATACAACTTT
2. GCCTTTTAAAAAACTATACAACTTT
3. _GCCAAAAAAAAACTATACAACTTT
4. _GCCTATAAAAAACTATACAACTTT
Figure 35: Chromatogramme des séquences obtenues avec les amorces ITS1 (sens) en (a) et
ALR0 (anti sens) visualisées en revers complément (b) de l’échantillon CM022 de
notre collection.
II. 4. 3. 3. Publication des séquences dans GenBank
Les séquences produites lors d'une étude doivent être déposées dans une base de données
publique (e.g. GenBank) pour permettre aux lecteurs des publications de les connaître et de les
utiliser. Un numéro d'accession est attribué à chacune d’elles. Pour déposer ces séquences, nous
avons utilisé le logiciel Sequin version 15.10 afin de les mettre dans le bon format et de les
annoter. Un model de fiche Sequin générées dans notre étude est présenté dans l’annexe 4)
II. 4. 3. 4. Recherche de séquences homologues
Le programme BLAST (Altschul et al., 1990) constitue un des outils de base pour la
recherche de similarité dans les banques de données de séquences nucléotidiques ou protéiques.
Nous avons comparé nos séquences avec celle de la base de données GenBank
(https://BLAST.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.cgi?PAGE_TYPE=BLASTSearch) pour trouver des
séquences homologues. Le premier résultat de BLAST (first BLAST hit) pour chaque séquence
et les séquences proches (pourcentage de similarité > 98%) sont récupérées.
63
Les alignements des séquences nucléotidiques ont été réalisés à l’aide du logiciel
BioEdit version 7. 9. 9.0 2007 (Hall, 1999) ou du logiciel Clustal W
(http://www.genome.jp/tools/clustalw/).
Les résultats de l’analyse phylogénétique dépendent de la fiabilité des séquences

utilisées. Les séquences BLAST peuvent être affinées en privilégiant l’utilisation de séquences
issues d’articles phylogénétiques dont l’auteur est considéré spécialiste du genre.
II. 4. 3. 5. Alignement des séquences ADN
L'analyse a été réalisée sur la plate-forme Phylogeny.fr. Les séquences ont été alignées
avec MUSCLE (v3.7) configuré pour la plus haute précision (MUSCLE avec les réglages par
défaut). Après l'alignement, des régions ambiguës (c'est-à-dire contenant des espaces et / ou
mal alignés) ont été éliminées avec GenBank locks (v0.91b).
L'arbre phylogénétique associant les séquences de GenBank et celles de nos échantillons

a été reconstruit en utilisant la méthode du maximum de vraisemblance mise en œuvre dans le
programme PhyML (v3.0). La fiabilité de la branche interne a été évaluée à l'aide de la méthode
bootstrap (100 répétitions bootstrap). La représentation graphique et l'édition de l'arbre
phylogénétique ont été réalisées avec TreeDyn (v198.3).
Figure 36: Utilisation des espèces déjà décrites pour choisir les seuils les plus pertinents pour
attribuer un statut aux échantillons correspondants aux nouvelles séquences et
nouveau clade présenté dans un arbre phylogénétique.
Notre démarche utilise d’une part des arbres phylogénétiques obtenus par la méthode
du maximum de vraisemblance, méthode qui prend en compte les substitutions mais pas les
indels. Les zones trop variables de la séquence pour lesquelles il n’est pas possible de repérer
64
les positions homologues ont d’abord été éliminées avec GenBank lock. Nous utilisons d’autre
part les espèces déjà décrites (Figure 36) dont une ou plusieurs séquences sont publiées, de
plus nous avons utilisé les alignements de séquence en repérant les positions conservées et en
exploitant non seulement les informations issues des substitutions mais aussi celles fournies par
les indels.
Enfin, dans certains cas, nous avons utilisé aussi les espèces hypothétiques définies dans
UNITE d’après une analyse de distance génétique. Dans tous les cas que nous avons étudiés, il
n’y a pas eu de conflit entre les résultats obtenus par la phylogénie qui prend en compte une
mutation que si elle est présente dans au moins deux séquences différentes et par la démarche
UNITE basée sur les distances génétiques, qui prend en compte toutes les différences, même
celles qui sont présentes que dans une seule séquence.
65
Chapitre III
Résultat et Discussion
III. 1. Analyse des paramètres écologiques des sites d’étude
III. 1. 1. Paramètres climatiques
Le calcul de la moyenne des indices d’aridité au cours des 30 dernières années est de 11.96.
Ceci indique selon la classification de De-Martonne ((cf. II. 3. 1.) Données climatiques) que la région
de la forêt de M’Sila est considérée comme zone semi-aride.
Le journal National, La Tribune, publie un article en 2016 (31/01/2016) sur la récolte du

liège dans la forêt de M’Sila qui dépasse les prévisions de la conservation de Forêt de l’ouest due
au climat favorable ces dernières années. L’état de santé du chêne liège et la qualité du liège dans
la forêt de M’Sila est mise en corrélation avec les paramètres climatique par Dehane (2012).
En effet notre indice est situé entre 10<I<20, intervalle qui caractérise le climat semi-aride.
Cependant la Figure 37, montre que cet indice augmente. Cela voudrait dire que la pluviométrie
augmente sans pour autant dépasser 20. Selon DE-Martonne l’indice d’aridité est d’autant plus
grand que le climat est plus humide.
20
18
16
14
Indice d'aridité
12
10
y = 0.098x - 183
8
R² = 0.0937
6
0
1 980 1 985 1 990 1 995 2 000 2 005 2 010
Année
Figure 37: Évolution de l’indice d’aridité de DE-Martonne
66
III. 1. 2. Caractéristiques physico-chimiques du sol
L’analyse physico chimique a été réalisée au Laboratoire agronomique (FERTIAL)

d’Annaba, Algérie. Les résultats sont résumés dans le Tableau (1).
Les trois parcelles prospectées (Tableau 8) se distinguent très peu en raison de leur
proximité. La zone d’étude se caractérise par un sol léger à texture sablo- argileuse (Tableau 8 et
Figure 38 b) avec une faible proportion de limon (< à 10%) Les résultats de la conductivité
électrique montrent que le sol est non salé (0,04 à 0,12 %) d’après l’échelle de salure Herrmann
(1980); avec un drainage interne bon et une bonne capacité de rétention de l’eau (FERTIAL)
(Figure 38 c). Profil du sol a montré la profondeur du sol > 90cm (Figure 38 a) sans arriver à la
roche mère comme l’a annoncé Aimé, (1991). Ce profil montre également que les racines des arbres
vont chercher l’eau assez loin dans le sol. En effet les racines de chêne liège peuvent atteindre de
grande profondeur (Figure 38 a) après germination des glands (Younsi, 2006).
Figure 38: Profil du sol de la forêt de M’Sila. a: profondeur du sol; b: texture du sol argilo sableuse;
c: rétention d’eau.
67
Le pourcentage de matière organique est relativement faible ; il varie entre 0.3 et 1.2 %.
Ces résultats rejoignent ceux de Jamai et al. (2011) qui montrent que la teneur en matière organique
est très faible en climat semi-aride. Le pH du sol est neutre à alcalin (PII), il se situe environ entre
7,2 et 7,9. La nature calcaire du sol de la forêt de M’Sila (zone de prospections) est probablement
due à son histoire géologique et la présence par endroit des vestiges de la mer (cf. I. 4. 2. 3.
Caractéristiques pédologiques).
Tableau 8: Caractéristiques physico-chimiques du sol de la subéraies de la forêt de M’Sila.
1: 0-20 cm profondeur des prélèvements de sol; 2: cation échangeables; 3: phosphore assimilable (Olsen);
4: calcaire total CaCO3; 5: matière organique; 6: EC conductivité
Le pH alcalin, caractéristique des zone semi-aride (Aimé, 1991), peut présenter des
problèmes édaphiques et écologiques (Krips et Horak, 2008). Ce qui explique la présence de
reliques isolées de chêne liège dans le nord-ouest algérien (Figure 39).
Ce type de sol est propice au développement des champignons mycorhiziens (Ascomycètes

et basidiomycètes). Il a été montré que les mycorhizes à arbuscules et à vésicules (VAM) et les
ectomycorhizes modifient la physiologie des racines en améliorant le comportement vis-à-vis de
certains facteurs limitant le développement des plantes (Gianinazzi, 1983 ; Read, 1991). «Mousain
et Chevalier ont montré que le pin maritime, bien que généralement calcifuge, peut résister au
calcaire lorsqu'il est inoculé par certains champignon» (Piou, 1997), Garnica et al. (2005) signalent
68
la présence de Cortinaires sur sol calcaire associés principalement aux feuillus (Fagus, Quercus).
Aussi, Alvarado et al. (2015) montrent dans leur analyse que certains agaricales à tonalité
blanchâtre et à lames légèrement décurrentes sont présentent sur sol calcaire.
Les zone semi-arides présentant des acides humiques complexés à de l’argile, ce type de
molécules complexes, difficile à digérer par les enzymes fongiques, peut expliquer la présence
d’une mycoflore particulière (Belhoucine, 2013).
III. 1. 3. Le couvert Végétal :
Les résultats concernant le couvert végétal de la zone d’étude a montré que la forêt de
M’Sila est composée de trois types de formation végétale : la strate arbustive, le matorral et l’erme.
La strate arbustive, est constituée d’un Vieille futaie naturelle d’un âge moyen supérieur à 90 ans
(Belhoucine et al., 2011), en mélangée avec du Pin d’Alep, mais aussi par endroit on peut trouver
quelques pieds de frênes, d’eucalyptus, de cyprès et de cèdre provenant d’anciens reboisements.
Le matorral représentant le sous boisement, est constitué essentiellement de Q. coccifera, Phillyrea
angustifolia, Arbutus unedo, Erica arborea, Cistus ladaniferus, C. salvaefolius, C. monspeliensis,
C. triflorus, Daphne gnidium, Halimium halimifolium, Ampelodesma mauritanica, Chamaerops
humilis, Pistacia lentiscus, Calycotome intermedia, Asparagus acutifolius, Smilax aspera, Hedera
helix, Lomicera implexa, Rosmarinus officinalis, Lavandula stoechas. Dès les premières pluies on
assiste à une formation végétale herbacée appelée aussi erme qui disparait dès la fin du printemps.
III. 1. 4. Conclusion
Le caractère calcaire du sol en oranie explique le taux réduit en chêne liège (Read, 1991).
Les mycorhiziens aident les essences forestières calcifuges à s’adapter au sol calcaire, d’où
l’importance de connaitre la diversité des champignons de cette région et de sélectionner les
mycorhiziens spécifique de cette forêt. L’objectif à long terme sera de favoriser la mycorhization
avec ces espèces fongiques issues de cette région
Le climat et la nature du sol de l’est du pays favorisent l’abondance des champignons, ce

qui peut expliquer qu’elle a une densité plus élevée en Quercus Suber que les autres régions
(Figure 39).
69
Figure 39: Répartition du Chêne liège sur le littoral algérien. (Nedjahi).

http://docplayer.fr/30258125-Note-synthetique-sur-la-gestion-sylvo-pastorale-des-
forets-de-chene-liege.html.
70
III. 2. Analyse phylogénétique.
Les espèces peuvent être identifiées selon différents critères comme nous l’avons
expliqué dans la partie ((cf. I. 9.) concept d’espèce).
Nous avons privilégié dans notre étude les critères moléculaires et phylogénétiques.
Nous avons identifié les espèces par ces approches en comparant les séquences de nos
échantillons à celles issues d’études phylogénétiques récentes portant sur les mêmes genres. Par
ailleurs, nous avons pris en considération le contexte morphologique quand des photos de
l’échantillon séquencé étaient disponibles. Les résultats présentés sont issus de taxonomie
moléculaire et d’analyses phylogénétiques.
Les caractères moléculaires particuliers (bases nucléotidiques particulières) de nos

échantillons sont indiqués par des majuscules et sont donnés avec des séquences flanquantes
des deux côtés, afin de faciliter les comparaisons de séquences dans les différents alignements.
La position du caractère particulier est indiquée par rapport à la séquence de notre échantillon
et est indiquée par @ qui veut dire «à» en latin ad. Nous avons utilisé ce signe pour remplacer
la phrase « à la position » pour alléger la rédaction des résultats, par exemple @x (à la position
x) ctctcA/Gaagtt (où A=Algérie et G = Espagne) le signe « = » veut dire que l’allèle «A» est
présent dans la séquence algérienne et l’allèle «G» est présent dans la séquence espagnole à la
même position.
Le TABLEAU 9 résume toutes les espèces identifiées et récoltées dans le parc zoologique
de la forêt de M’Sila (Oran). Les espèces sont ordonnées selon la classification phylogénétique
de l’ordre des Agaricales proposée par Matheny et al. (2006) et la révision du phylum des
Agaricomycètes réalisée par Hibbett et al. (2014).
Les espèces identifiées, appartiennent à la division des Basidiomycota, à la sous-division

des Agaricomycotina, à la classe des Agaricomycètes et la sous-classe des Agaricomycetideae.
Nos récoltes sont représentées dans les cinq clades majeurs nommés, « Pluteoid, Hygrophoroid,
Trichlomatoid, et Agaricoid clades »de l’ordre des Agaricales parmi les six groupes
taxonomiques, de l’ordre des Agaricales, définis par Hibbett et al. (2006). D’autres espèces sont
réparties et classées dans les ordres des Boletales, Russulales, Polyporales et Thelephorales
selon Hibbett et al. (2014).
71
TABLEAU 9 : Espèces identifiées des champignons récoltés dans le Nord-ouest Algérien (Oran).
Les références GenBank (numéros d’accession) des séquences générées dans cette
étude, le numéro d’échantillon (CM…) suivi du numéro du tube de l’amplicon
séquencé (SMB…), le numéro d’herbier et la date de récolte des échantillons prélevés
dans la forêt de M’Sila sont indiqués. En gras, sequences insérées dans une analyse
phylogénétique présentée dans la suite du texte.
Numéros Numéros Numéros Date de

Famille Espèce
d’échantillon d'accession d'herbier récolte
Agaricales (Plutoid/II)
Volvopluteus CM042_SMB79 KP826741 MPU028344 14/11/2008

Pluteaceae
gloiocephalus
Melanoleuca turrita CM019_SMB55 KP826730 MPU028333 16/12/2012
Agaricales (Hygrophoroid/III)
Hygrophoraceae Hygrocybe sp. CM016 _SMB51 KP826727 MPU028335 16/12/2012
Agaricales (Marasmioid/IV)
Omphalotaceae Omphalotus olearius CM017L_SMB61L KP826734 MPU028334 16/12/2012
O. olearius CM017C_SMB61C KP826733 MPU028334
O. olearius CM014C_SMB53C KP826728 MPU028336 16/12/2012
CM014L_SMB53L id KP826734
O. olearius CM001_SMB58 nd 16/12/2012
Agaricales (Trichlomatoid/V)
Lyophyllaceae Lyophyllum littoralis CM048_SMB91L KP826746 MPU028343 15/11/2008
Ly. littoralis CM048_SMB91C KP826745 MPU028343
Ly. littoralis CM046_SMB95 nd 01/03/2008
72
Tricholomataceae Tricholoma caligatum CM030_SMB1 KC565866 MPU028328 22/12/2012
T. batschii CM031_SMB4 KP826719 MPU028327 22/12/2012
Lepista sordida CM003_SMB54 KP826729 MPU028341 16/12/2012
Infundibulicybe gibba CM052_SMB83 KP826742 MPU028306 06/12/2012
I. gibba CM064_SMB97 idKP826742 08/11/2008
Agaricales (Agaricoid/III)
Hymenogastraceae Hebeloma limbatum CM023_SMB47 KP826724 22/12/2012
Inocybe aff. tigrina CM024_SMB6 KP826720 MPU028331 22/12/2012

Inocybaceae
(PN sp.)
I. aff. tigrina (PN sp.) CM005_SMB5 id KP826720 16/12/2012
I. tigrina CM013_SMB50 KP826726 MPU028337 16/12/2012
I. tigrina CM033_SMB77 KP826740 MPU028325 25/03/2013
I. cervicolor CM035_SMB76 KP826739 MPU028324 25/03/2013
I.cervicolor CM041_SMB92C KP826747 MPU028322 25/03/2013
I.cervicolor CM041_SMB92L KP826748 MPU028322 25/03/2013
I. malenconii CM054_SMB67C KP851944 MPU028308 06/12/2012
I.malenconii CM054_SMB67L KP851945 MPU028308 06/12/2012
I. malenconii CM010_SMB44 KP826723 MPU028338 16/12/2012
I. aff. agardhii CM092_SMB106 KP826751 MPU028319 30/03/2010
I. aff. agardhii CM080_SMB109 KP826754 MPU028314 07/12/2010
73
I. rufuloides CM044_SMB99 KP826750 MPU028339 11/11/2008
Gymnopilus CM087_SMB108 KP826753 MPU028318 30/05/2010

Gymnopileae
spectabilis
Cortinarius sp. (PN CM082_SMB120 KP826758 MPU028316 07/12/2010

Cortinariaceae
sp.)
C. palazonianus CM053_SMB129 KP826759 MPU028307 06/12/2012
Psathyrella cf. CM037_SMB75 -1 KP826737 MPU028323 25/03/2013

Psathyrellaceae
candolleana
/CM037_SMB75 -2 KP826738 MPU028323
P. cf. candolleana CM022_SMB56L id P826738 MPU028329 22/12/2012
CM022_SMB56C KP826731 MPU028329
Agaricaceae Agaricus devoniensis CM43_SMB135 CA 1242 11/11/2010
A. aff. essetei CM020_SMB62 CA 1236 22/12/2012
A. aff. argenteus CM070_SMB37 CA 1239 18/10/2010
A. aff. argenteus CM071_SMB38 CA 1240 22/10/2010
A. freirei CM009_SMB94 CA 1241 16/12/2010
A. littoralis CM057_SMB86 CA 1235 07/03/2013
A. nevoi CM102_SMB124 CA 1243
Lycoperdon radicatum CM032_SMB64 KP826735 MPU028326 22/12/2012
Lycoperdon radicatum CM073_SMB87 x MPU028311 22/10/2010
Macrolepiota aff. CM075_SMB39 KP826721 MPU028313 22/10/2010

phaeodisca (PN sp.)
74
M. cf. mastoïdea CM081_SMB119 KP826757 MPU028315 07/12/2010
M. cf. mastoïdea CM027_SMB48 KP826725 MPU028330 22/12/2012
CM098_SMB88L/ KP826744/ MPU028320 08/11/2010

M. procera
SMB88C KP826743
Boletales
Gyroporus aff. CM061_SMB147 KP826761 MPU028310 08/11/2010

castaneus
Scleroderma CM086_SMB107 KP826752 MPU028317 07/12/2010

Sclerodermataceae
verrucosum
S. verrucosum CM094_SMB72 id KP826752 24/05/2010
S. verrucosum CM077_SMB69 KP826736 MPU028312 22/12/2012
S. verrucosum CM078_SMB104 id KP826736 07/12/2010
Rhizopogonaceae Rhizopogon sp. CM084_SMB102 nd
Suillus aff. Collinitus CM063_SMB96 KP826749 27/11/2010

Suillaceae (S. collinitus 2)
CM006_SMB60 KP826732 MPU028342 16/12/2012

S. bellinii "T"
CM112_SMB116 KP826756 MPU028305 07/12/2013

S. bellinii "C"
CM108_SMB113 x MPU028304 07/12/2013

S. bellinii "C/T"
CM018_SMB52 id KP826732 16/12/2012

S. bellinii "T"
CM055_SMB85 id KP826732 06/12/2012

S. bellinii "T"
75
CM050_SMB93 id KP826732 15/11/2008

S. bellinii
"T"
Boletaceae Xerocomus sp. CM058_SMB140 KP826760 MPU028309 2010
X. tomentosus CM060 nd
Boletus subtomentosus CM066 nd
Russulales
Russulaceae Russula sp. (PN sp.) CM029_SMB2 KJ668591 MPU028332 déc-10
R. sp. CM101_SMB41 nd 10/11/2010
Lactarius sanguifluus CM002_SMB43 KP826722 MPU028340 12/12/2012
CM012_SMB49 id KP826722 22/12/2012
CM088_SMB133 id KP826722 08/11/2010
Steraceae Stereum hirsutum CM093_SMB71 nd
Stereum sp. CM040_SMB78 nd 03/07/2013
Polyporales 30/03/2010
Perenniporia CM011 nd
Polyporaceae
ochroleuca
Thelephorales
Bankeraceae Boletopsis sp.1 CM107_SMB110 KP826755 MPU028321 07/12/2013
nd : pas de numéro d’accession, le nom d’espèce correspond au premier BLAST hit.
76
III. 2. 1. Ordre des Agaricales
Ordre des Agaricales. Underw. 1899. Moulds, mildews and mushrooms. A guide to the
systematic study of the Fungi and Mycetozoa and their literature (New York): 97.
La majorité de nos échantillons identifiés appartiennent à l’ordre des Agaricales 26 espèces

sont identifiées réparties dans 13 familles: Amaitaceae (1 espèce), Pluteaceae (2 espèces),
Hygrophorceae (1 espèces), Omphalotaceae (1 espèce), Physalacriacea(1 espèce),
Lyophylaceae(1 espèce), Tricholomataceae (4 espèces), Hymenogastraceae (1 espèce),
Inocybaceae (7 espèces), Gymnopileae (1 espèce), Cortinariaceae (2 espèces), Psathyrellaceae
(3 espèce), Agaricaceae (12 espèces).
III. 2. 1. 1. Plutoid clade II
III. 2. 1. 1. 1. Volvopluteus gloiocephalus
Le BLASTn a montré que la séquence, KP826741 de l’échantillon CM042 (Tableau 17)

est identique à quatre séquences de GenBank de Volvoputeus gloiocephalus, trois d’origine
espagnole (HM562202, HM562208 et HM562209) et une d’origine italienne (HM246490). La
séquence de notre échantillon a aussi 99% d’identité avec une séquence californienne (USA)
(HM562203) et une portugaise (HM562207). Dans l’analyse phylogénétique de Justo et al.
(2011b) les séquences de Volvoputeus gloiocephalus du bassin méditerranéen et de Californie
sont réunies dans un même clade (FIGURE 40). L’analyse de la séquence KP826741 nous
permet de déterminer notre échantillon comme appartenant à l’espèce V. gloiocephalus (DC.)
Vizzini, Contu et Justo. Le genre Volvopluteus est un genre nouveau défini par Justo et al. (2011
a). L’espèce V. gloiocephalus a été signalée sur tous les continents à l’exception de
l’Antarctique. Les confirmations par l’analyse moléculaire ont montré que cette espèce est
présente au moins en Europe et en Californie (Justo et al., 2011b). Notre échantillon constitue
donc la première confirmation par l’analyse moléculaire de la présence de cette espèce sur le
continent africain, dans le Maghreb en climat méditerranéen.
77
séquences IT1, ITS2, and 5.8S de l’ADNr, montrant la position phylogénétique de la
séquence du Volvopluteus algérien (en gras) dans le clade correspondant à l’espèce
V. gloiocephalus. Les articles mettant à jour la phylogénie de V. gloiocephalus sont
indiqués (*1 Justo et al., 2011a ; *2 Justo et al., 2011b).
III. 2. 1. 1. 2. Melanoleuca turrita
Notre séquence KP826730 (CM019) est identique à JF908349 identifiée comme M.

turrita dans l’herbier italien (Osmundson et al., 2013) et qui correspond à un échantillon
collecté en Italie par A. Pergolini. Cependant dans UNITE, cette séquence est classée dans
l’espèce hypothétique Melanoleuca tristis M.M. Moser | SH217831.07FU |ainsi que la
séquences M. tristis UDB023906. À notre connaissance, aucune publication portant sur la
phylogénie des Melanoleuca, n’a pris en compte M. turrita. En revanche, M. tristis KP192280
et M. humilis KJ425530 et KJ425531 (Figure 41) ont été placés dans une phylogénie des
Melanoleuca (Antonin et al., 2015). Or KP192280 n’a que 47% d’identité avec notre séquence
et se trouve dans un clade très éloigné de M. humilis dans cet article, alors que les deux
séquences de M. humilis ont 89% et 88% d’identité avec notre séquence et se trouve dans un
clade frère de celui de notre échantillon dans notre analyse. La séquence KP192280 déposée
par Antonin auteur de l’article est celle de l’holotype (IB 1963/0722 récolté en Serbie à Tara,
Kaludjarskoe Bare) de M. tristis. La séquence M. tristis UDB023906 d’UNITE correspond au
spécimen IB19630722 (qui a donc la même identification que l’holotype) qui a été collecté par
M. Moser en Serbie et déposé à l’Université d’Innsbruck dans l’herbarium IB <IH>. Or
l’holotype de M. tristis est décrit dans l’article de ce même Moser, (1991) dans Zwei neue
78
Tricholomataceae:Melanoleuca tristis sp. n. und Lepista tomentosa sp. n. Boletus 15(3): 65-68,
85.
On a donc deux séquences de Melanoleuca totalement différentes et qui proviennent du

même holotype, ce qui illustre les erreurs possibles dans les bases de données et la nécessité
d’un examen approfondi avant de conclure sur l’identité d’un échantillon.
Dans un autre clade, une autre séquence JN392446 a été déposée dans GenBank sous le
nom de M. turrita, cependant dans la base UNITE elle correspond à l’espèce M. communis. En
conclusion, notre séquence correspondrait à un Melanoleuca turrita, la même espèce que celle
présente dans l’herbier italien. Cependant, seule une analyse morpho-anatomique de notre
échantillon ou une analyse morpho-anatomique d’un échantillon de ces deux espèces couplée à
un séquençage de la zone ITS permettra d’identifier avec certitude l’espèce à laquelle
correspond notre échantillon algérien.
L’espèce Melanoleuca turrita (FR.) Sing. anciennement appelée M. humilis ss. Bres. est
mentionnée en Afrique du nord, au Maroc par Malençon et Bertault (1975), sous Pinus
halepensis. Notre échantillon est le premier échantillon de cette espèce, récolté en Afrique du
Nord dont la séquence est publiée.
séquences IT1, ITS2, and 5.8S de l’ADNr, montrant la position phylogénétique de la
79
séquence de notre Memanoleuca turrita algérien (en gras) dans le clade des
Mélonoleuca.
Les origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap >50% sont indiquées
au-dessus ou à gauche des branches. La séquence de l’échantillon algérien collecté au cours de nos
prospections est indiquée en gras. Les références mettant à jour la phylogénie du genre Melanoleuca
(*1Osmundson et al., 2013, *2 Antonin 2014, *3 Sanchez-Garcia et al., 2013 *4 Vizzini 2011, *5Matheny
et al., 2006) sont indiquées, le cercle plein indique les séquences déposées dans GenBank sans article
associé. Abréviations: M: Melanoleuca, USA: Les États-Unis d’Amérique, UK: Grande Bretagne.
III. 2. 1. 2. Hygrophoroid calde III
III. 2. 1. 2. 1. Hygrocybe sp.

séquences générées du gène ADNr (IT1, ITS2, and 5.8S), montrant la position
phylogénétique de l’espèce algérienne(en gras) dans le complexe de l’espèce
Hygrocybe acutoconica (Babos et al., 2011 et Lodge et al., 2014).
Hygrocybe spadicea (Lodge et al., 2014) est utilisée comme extra-groupe pour raciner la phylogénie.Les
origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap >50% sont indiquées au-
dessus ou à gauche des branches. La séquence de l’échantillon algérien collecté au cours de nos
prospections est indiquée en gras. Les références mettant à jour la phylogénie des Hygrocybes de la
sous-section Macrosporae (*1Babos et al., 2011 et *2Lodge et al.,2014) sont indiquées. Abréviation: H:
Hygrocybe, USA: Les États-Unis d’Amérique, UK: Grande Bretagne.
Le premier BLAST hit de la séquence KP826727 correspondant à l’échantillon CM023

(Tableau 9) est Hygrocybe persistens (JF908062) d’Italie avec 99% de similarité. Le nom
actuel de cette espèce (Index Fungorum) est Hygrocybe acutoconica dont la position
taxonomique est la suivante :
80
Ordre des Agaricales, Famille des Hygrophoraceae, Sous-famille Hygrocyboideae,

Tribu Hybrocybeae, Genre Hygrocybe, Sous-genre Hygrocybe, Section Hygrocybe, Sous-
section Macrosporae R. Haller Aar. ex Bon, Doc. Mycol. 24(6): 42 (1976), l’espèce type est
Hygrocybe acutoconica (Clem.) Singer (1951) [synonyme Hygrocybe persistens (Britzelm.)
Singer (1940)]. De nombreuses variétés de cette espèce ont été décrites, mais elles sont
actuellement toutes considérées par l’Index Fungorum et par l’article de Lodge et al. (2014),
comme formant un complexe d’espèces regroupées sous le nom d’espèce H. acutoconica, et
comprenant l’ancienne espèce européenne H. persistens (Britzelm.) Singer avec ses différentes
variétés, et H. acutoconica f. japonica Hongo.
Dans la sous-section Macrosporae, on trouve aussi les espèces H. spadicea et H. cf.

acutoconica viscid cuspidate (NC-256, ITS KF291117) du Nord-Est de l’Amérique du Nord
(Lodge et al., 2014). La position d’H. noninquinans est basale entre la sous-section
Macrosporae et la sous-section Hygrocybe (Lodge et al., 2014).
L’analyse de l’arbre et de l’alignement des séquences suggère l’existence de 9 ou 10

espèces au sein du complexe H. acutoconica. Nous n’étudierons en détail que les espèces les
plus proches de notre échantillon. La base de données UNITE distingue parmi les H.
acutoconica au seuil de 1,5% de différence, les deux espèces hypothétiques SH192092.07FU
et SH192094.07FU (Figure 42). Nous observons un clade soutenu par une valeur de bootstrap
de 94 % correspondant à l’espèce hypothétique SH192092.07FU. Sur l’alignement des
séquences, nous observons trois positions caractéristiques de cette espèce (numéroté d’après la
séquence KP826727) : @26 ttggG/Agatgt (où G=Algérie et A=SH192092.07FU);@132
ctctcA/Gaagtt (où A=Algérie, G= SH192092.07FU) et@550 gttcaG/Tctgt (où G=Algérie et
T= SH192092.07FU). Il s’agit donc d’après notre analyse d’une véritable espèce dont l’aire de
répartition connue est limitée au nord de l’Europe.
Un autre clade contient l’espèce hypothétique SH192094.07FU ainsi que la séquence

de notre échantillon algérien. Sur l’alignement de ces séquences, nous observons des positions
caractéristiques permettant de délimiter une espèce qui correspond au clade regroupant les
séquences KM248897, JF908059, JF908062 provenant d’échantillons originaires du Québec et
d’Italie. Deux positions sont caractéristiques des séquences de ce clade : @401 caaT/Cgagg (où
T=algérie et C= SH192094.07FU) et @440 tggaA/Ttgtg (où A= Algérie et T=
SH192094.07FU). Il s’agit donc d’après nous d’une véritable espèce que nous avons nommé
H. sp.1 dans la Figure 42.
81
La séquence JF908052 correspond à un spécimen récolté en Italie, comme deux des

échantillons de H. sp.1. Pourtant JF908052 ne présente que 98,5 % d’identité avec chacune des
séquences de ces échantillons italiens. Il s’agit de la valeur seuil souvent prise pour distinguer
deux espèces de deux populations d’une même espèce. Elle possède des bases spécifiques aux
quatre positions suivantes : @59 tgtgG/Cactc (où G = JF908052 et C = toutes les séquences
des espèces de la Figure 42, @72-73 aaac[TC/AA]ttca (où TC = JF908052 et AA = toutes les
séquences des espèces de la Figure 42 et @615 taaccC/Tcaaatc (où C = JF908052 et T = toutes
les séquences des espèces de la Figure 42. Elle ne possède pas les bases caractéristiques de H.
sp.1 aux positions 401 et 440. De nouveaux échantillons partageant tout ou une partie de ces
caractéristiques moléculaires de la zone ITS sont nécessaires pour confirmer l’existence d’une
deuxième espèce en Italie ou pour définir une population particulière de cette espèce.
La séquence KP826727 de notre échantillon présente 99 % d’identité avec chacune des

séquences des échantillons Italiens de H. sp.1. L’échantillon algérien pourrait donc appartenir
à l’espèce H. sp.1. Cependant la séquence de l’échantillon algérien, ne possède pas les bases
caractéristiques de H. sp.1 aux positions 401 et 440. KP826727 présente aussi 99% (98,8 %)
d’identité avec JF908052, mais ne partage pas les bases spécifiques de cette séquence aux
quatre positions indiquées plus haut. Pour déterminer si l’on a affaire à une nouvelle espèce ou
s’il ne s’agit que d’une population particulière de la même espèce H. sp.1, l’étude de nouveaux
échantillons algériens serait nécessaire et, si l’on parvient à maîtriser le cycle biologique de
cette espèce, des tentatives de croisements entre souches provenant des deux côtés de la
Méditerranée permettraient de conclure avec plus de certitude.
En conclusion, deux espèces du complexe H. acutoconica nous paraissent clairement

identifiées: l’une correspond à l’espèce hypothétique SH192092.07FU et l’autre à H. sp.1.
L’échantillon Algérien et l’échantillon Italien de séquence JF908052 appartiennent soit à H.
sp.1, soit à une ou deux espèces nouvelles. Nous appelons donc l’échantillon algérien
Hygrocybe cf. sp.1 (Photo 4).
82
Photo 4: Hygrocybec cf.sp.1 (CM016_KP826727) appartenant au complexe d’espèces

regroupant H. sp.1 et l’espèce de séquence JF908052.
Ces hygrocybes ont été trouvés dans les dunes du littoral par exemple sur l’île
d’Oléron (France) ou sur l’île de Ré ou à la Pointe espagnole, où ils sont souvent observés
entre octobre et décembre et sur les pelouses calcaires (Fiche réalisée en 2015 par Patrice
Tanchaud, 2015. http://www.mycocharentes.fr/pdf1/1819.pdf)
III. 2. 1. 2. 2. Omphalotus olearius
Trois spécimens algériens (CM001, CM014 et CM017) ont généré quatre séquences
utilisables (Tableau 9) qui présentent un polymorphisme de longueur (Tableau 10): 2
séquences issues de l’échantillon CM017 [KP826734 (CM017L) et KP826733 (CM017C)] et
deux de l’échantillon CM014 [KP826728 (CM014C) et une séquence identique à la séquence
longue (KP826734) de CM017]. Les séquences courtes des 2 échantillons CM014 (Photo 5) et
CM017 diffèrent par deux substitutions. Suite à une erreur de l’entreprise de séquençage que
nous avons détecté trop tard, deux séquences sens nous ont été renvoyées pour CM001. Comme
la séquence présente un premier indel au même endroit (101-106) que CM017, l’absence de la
séquence non-sens nous a empêchés d’interpréter correctement les deux séquences de cet
échantillon (CM001).
83
Tableau 10: Position des hétéromorphismes et des deux l’indels dans les séquences des
échantillons CM017 et CM014. La numérotation est réalisée à partir de la
séquence KP826734 (CM017L).
Position 45 101-106 166 184-190 199 345 596
CM017L A AGGGGG G 7T T G A
CM017C G --GGGG A 6T T T G
CM014L A AGGGGG G 7T T G A
CM014C A --GGGG A 6T A T G
Nous avons utilisé 20 séquences issues d’analyse phylogénétique du genre Omphalotus

réalisée par (kirchmair et al., 2004; Mata et al., 2006). Nos échantillons ont des séquences
proches des séquences du sous clade O. olearius sensu stricto dans lequel elles s’insèrent sans
ambiguïté (Figure 43). Par conséquent, nous nommons nos spécimens O. olearius.
Légende page suivante
84

séquences IT1, ITS2, and 5.8Sde l’ADNr, montrant la position phylogénétique des
séquences de nos Omphalotus algériens dans le clade des Omphalotus olearius.
O. olivascens var olivascens (Kirchmair et al., 2004) O. olivascens (Mata et al., 2006) sont utilisées
comme extra-groupe pour raciner la phylogénie. Les origines géographiques des spécimens sont
indiquées. Les valeurs de bootstrap >50% sont indiquées au-dessus ou à gauche des branches. La
séquence de l’échantillon algérien collecté au cours de nos prospections est indiquée en gras. Les
références mettant à jour la phylogénie des Omphalotus (*1 Kirchmair et al., 2004, *2Mata et al., 2006,
* 3: Matheny et al., 2006) sont indiquées, le cercle plein indique les séquences déposées dans GenBank
sans article associé. Abréviations: O. Omphalotus, USA: Les États-Unis d’Amérique.
Le genre Omphalotus a d’abord été rapproché des Paxillaceae chez les Boletales. Suite
aux travaux de biologie moléculaire Thorn et al. (2000) ont montré qu’il fait partie du clade
Marasmioide des Agaricales. De nombreux auteurs ont montré sur la base d’analyses du gène
LSU, des ITS, par la méthode PCR-RFLP et par des expériences de croisement que le genre
Omphalotus comprend deux clades majeurs : O. olearius et O. illudens. Le clade O. olearius
comprend les sous clades O. olearius sensu stricto originaire d’Europe (Italie, Croatie, Corse,
Hongrie et Angleterre),O. japonicus originaire du Japon, O. olivascens var. olivascens de
Californie (USA), O. olivascens var. indigo de la péninsule de basse Californie au Mexique, O.
nidiformis de l’Ouest de l’Australieet O. subilludens Texas (USA). Il a été montré que ces sous
clades ont des répartitions géographiques bien distinctes (Moncalvo et al., 2002 ; Kirchmair et
al., 2004 ; Mata et al., 2006). Les essais de croisement ont montré que O. olearius, O. olivascens
et O. subilludens étaient intercompatibles. Si les descendances sont viables, ces taxons ne
devraient former qu’une seule et même espèce. Cependant, l’espèce australienne O. nidiformis
qui se situe à l’intérieur du même clade ne peut se reproduire avec ces dernières. Le
regroupement de ces trois taxons formerait donc alors une espèce paraphylétique (Kirchmair et
al., 2004).
Photo 5: Omphalotus olearius (CM014).
85
De nombreux travaux phylogénétiques concernant la position taxonomique d’O.

olearius d’Europe, d’Asie et du continent américain ont été entrepris. Aucune séquence
d’Omphalotus olearius originaire d’Afrique du nord, n’avait encore été publiée. C’est une
espèce connue dans les forêts marocaines, tunisiennes et algériennes particulièrement répandue
sur souches et racines mortes de Quercus suber (Malençon et Bertault, 1975). Trois spécimens
d’Omphalotus olearius originaires du Maroc sont enregistrés dans la collection de l’herbier de
Montpellier (collecteurs Malençon, 1963 et 65 et Boutin, 1964). Notre analyse phylogénétique
met à la disposition des mycologues de nouvelles séquences de l’espèce O. olearius et les
premières séquences d’échantillons collectés en Afrique du nord sur le littoral algérien.
Omphalotus olearius est un champignon lignicole et bioluminescent (Mata et al., 2006).
III. 2. 1. 3. Trichlomatoid clade V
Durant cette étude huit spécimens Tricholomatoides ont été collectés dans la forêt de
M’Sila dans le nord-ouest algérien entre 2010 et 2013 (Tableau 9). Quatre genres sont
identifiés Lepista, Infundibulicybe, Tricholoma, Lyophyllum (Figure 44). Pour chacun d’entre
eux la position phylogénétique et la taxonomie est clarifiée.
Le séquençage de l’ADNr (ITS) a généré 6 séquences. Deux séquences provenant du

même sporophore (KP826745 et KP826746), appartiennent au clade Lyophyllum ((cf. III. 2. 1.
3.1.) Lyophyllum littoralis). Une séquence (KP 826729) (Figure 44) appartient au clade Lepista
sensu Alvarado et al., 2015 ((cf III. 2. 1. 3. 2. 3.) Lepista sordida). Deux séquences, KC565866
et KP826719 (Figure 44) ((cf. III. 2. 1. 3. 2. 2.) Tricholoma batschii), appartiennent au clade
Tricholoma et la première d’entre elles correspond au Tricholoma caligatum (Benazza-
Bouregba et al., 2016) qui fait partie du groupe des Matsutakes (Ota et al., 2012, Murata et al.,
2013 a). Enfin une séquence (KP826742) appartient au clade Infundibulicybe sensu (VIzzini et
al., 2011).
86
Figure 44 : Arbre phylogénétique du maximum de vraisemblance des séquences ITS1, ITS2 et

5.8 S de l’ADNr démontrant la position phylogénétique des séquences des spécimens
algériens de, Lyophyllum (Ly.), Lepista (L.) et Infundibulicybe (Inf.) dans le clade
Tricholomatoide défini par Matheny et al., 2007, Yu et al., 2011 et Alvarado et al.,
2015. Phylogramme général des quatre genres étudiés.
Infundibulicybe gibba (Vizzini et al., 2011) est utilisé comme extra-groupe pour raciner la phylogénie.
Les origines des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap > 50% sont indiquées au-dessus ou
à gauche des branches. Les séquences des échantillons algériens collectés pour cette étude sont indiquées
en gras. Les séquences utilisées dans des articles mettant à jour la phylogénie des genres Lyophyllum,
Lepista, et Infundibulicybe sont indiqués. (*1 Huges et al., 2001 ; *2 Matheny et al., 2007 ; *3 Vizzini et
al., 2011 ; 4* Ota et al., 2012 ; *5 Murata et al., 2013 a; *6 Alvarado et al., 2015), le cercle plein indique
les séquences déposées dans GenBank sans article associé.
87
III. 2. 1. 3.1. Lyophyllum littoralis
Lyophyllum littoralis: (Ballero et Contu) Contu, (Boll. Gruppo Micol. 'G. Bresadola' (Trento)
4 1(3): 193 (1998)).
Figure 45: Arbre phylogénétique des séquences ITS des Lyophyllaceae, cladeVb (cf. Bellanger
2015) avec un clade supplémentaire (/Vb-11) correspondant à L. Littoralis.
Les séquences des échantillons algériens collectés pour cette étude sont indiquées en gras.
Entoloma sericeum est utilisé comme exta-groupe pour raciner la phylogénie. Les origines
géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap > 50% sont indiquées
au-dessus ou à gauche des branches. Les séquences utilisées dans des articles mettant à jour la
phylogénie du genre Lyophyllum (*1 Bellanger et al., 2015, *2 Larsson, 2011, *3 Hofstetter et al.,
2002) sont indiquées, le cercle plein indique les séquences déposées dans GenBank sans article
associé. Abréviation : L: Lyophyllum, T : Tricholoma.
La séquence JX280410 est la seule séquence de L. littoralis dans GenBank , il n’y a pas
d’article associé à cette séquence déposée par Agnello, C. et Alvarado, P.. Ce numéro
88
d’accession correspond à un spécimen italien. L’holotype de cette espèce est Calocybe

littoralis, Ballero et Contu (Ballero et Contu 1990) collecté en Sardaigne (Italie). La séquence
de ce dernier est inconnue.
Dans la Figure 45, les deux séquences algériennes sont proches de JX280410, du clade
Vb (Bellanger et al., 2015) des Lyophylaceae et forment un nouveau clade qu’on a nommé
Vb11.
Les deux séquences KP826745 et KP826746 sont issues du même sporophore (CM048)
et correspondent probablement à deux allèles différents (deux haplotypes alléliques de la zone
ITS) présent dans la souche hétérokaryotique. La séquence KP826745 diffère de la souche
JX280410 (L. littoralis) par une substitution à la position 469 et par deux indels. La séquence
KP826746 est identique à la séquence JX280410 au niveau des deux indels et en position 469,
mais diffère en position 70. D’autre part à la position 129 JX280410 est indéterminé (Tableau
11) et diffère de nos deux séquences.
Tableau 11 : Positions intra-spécifique chez L. littoralis. Numérotées d’après la séquence de

référence JX280410. En vert : position des indels.
Position pour 510bp* 3-4 70 129 390-391 469
SMB91_C= KP826745 - G A A G
SMB91_L= KP826746 T A A - A
JX280410_L T G N - A
* numérotées d’après JX280410
Les valeurs de boostraps des trois clades Vb-9, Vb-10 et Vb-11 sont au moins égales à
84 et la valeur est de 98 pour le clade Vb-11. La séquence KP826746 (Vb-11) diffère de
KP192601 (Vb-10) par 20 substitutions et 4 indels et de la séquence AF357059 (Vb-10) par 23
substitutions et deux indels pour une longueur de 591 et 577 bp respectivement. Le nombre de
nucléotides différents est nettement supérieur au seuil de 6,5 nucléotides différents pour 700 pb
identifié par Bellanger et al. (2015), correspondant au gap dans la distribution des distances
phylogénétiques des séquences prises 2 à 2 chez les Lyophyllaceae. Ce gap se situe entre la
distance maximale intraspécifique et la distance minimale interspécifique. Dans GenBank il
existe une seule séquence de L. littoralis correspondant au numéro d’accession JX280410. Cet
échantillon a été récolté en Italie.
89
Nous avons donc montré par la similitude des séquences et l’analyse phylogénétique
que notre échantillon (CM048) appartient à l’espèce L. littoralis.
Les séquences générées à partir de notre spécimen différent l’une de l’autre par 2
substitutions et 2 indels (Tableau 11) pour une longueur de 510 bp, qui correspondent aux 510
positions de la séquence publiée JX280410. Au niveau de ces positions, les séquences
KP826745 et KP826746 ont la même longueur. Par ailleurs, si on examine les séquences
obtenues dans leur totalité, la séquence KP826745 diffère de la séquence KP826746 par 4
indels, l’un d’eux étant de 2 bp (Figure 46) (dans un microsatellite poly « tg »au début de
l’ITS1) et 3 substitutions. Ceci indique que les variations totales intra-spécifiques dans la région
ITS chez L. littoralis sont d’au moins 7 évènements de mutation et que nos deux allèles ont
divergé depuis très longtemps. Ce taux de trois substitutions pour 510 bp reste inférieur au seuil
de 6,5 nucléotides pour 700 bp évoqué plus haut.
Figure 46 : Début de l’alignement, obtenu par Clustaljp, des deux séquences de l’échantillon
CM048 (séquences SMB91C et L, n° d’accession dans GenBank KP826745 et
KP826746 respectivement) avec la séquence JX280410 de Lyophyllum littoralis,
montrant le polymorphisme important en début de séquence entre les deux allèles du
même échantillon algérien.
Lyophyllum littoralis est une espèce commune du littoral méditerranéen sur sol sableux
acide ou calcaire des dunes fixées (Lantieri et al. 2009). Cette espèce a été signalée par (Ballero
et Contu, 1990) sous P. halepensis et Juniperus phoenicea (Siquier et al., 2012). Contu (1998)
et Para et al. (2011) ont indiqués que L. littoralis a été trouvé plusieurs fois sur le littoral en
Sardaigne (Italie) et sur l’ile d’Ibiza (Espagne) (Siquier et al., 2011) et affectionne les pinèdes
sur les sols sableux. Ce biotope est similaire à celui de la forêt de M’Sila où a été collecté notre
échantillon. L. littoralis n'a pas été mentionné par Malençon et Bertault (1970, 1975) en Afrique
du Nord. À notre connaissance, notre étude mentionne pour la première fois L. littoralis en
Afrique du Nord sur le littoral méditerranéen.
90
III. 2. 1. 3. 2. Tricholomataceae
III. 2. 1. 3. 2. 1. Tricholoma caligatum
L’échantillon CM030 récolté dans la parcelle PIII a fait l’objet d’une publication dans
Phytotaxa (benazza-bouregba et al., 2016): http://dx.doi.org/10.11646/phytotaxa.282.2.3. Dans
cet article nous avons montré la présence de deux espèces de Tricholomes annelés, T.
anatolicum et T. caligatum, en Afrique du Nord. Nous avons démontrés pour la première fois,
par les outils de la biologie moléculaire, la présence de cette dernière en Afrique du nord. Par
ailleurs, nous avons proposé des marqueurs moléculaires pour distinguer facilement T.
caligatum de T. anatolicum. La distribution géographique de cette espèce est largement discutée
et les nombreuses confusions d’espèces proches avec cette espèce sont relevées.
III. 2. 1. 3. 2. 2. Tricholoma batschii
Parmi les premiers résultats du BLASTn (1er hit) pour l’échantillon CM031 (Tableau
9), la séquence AY573541 d’un T. subannulatum présente 100% d’identité avec notre séquence
KP826719 (Figure 47). Dans la base de donnée, Index Fungorum T. batschii Gulden, Musseron
flora (Oslo): 60 (1969) est le nom actuel, accepté pour cette espèce. Tricholoma subannulatum
(Batsch) Bres. 1927 est un synonyme de T. batschii. Donc on nomme notre échantillon T.
batschii.
Par ailleurs, l’alignement des séquences de la collection algérienne et celle des espèces
T. subannulatum, T. batschii et T. fracticum, montre que tous ces numéros d’accessions forment
une seule espèce. T. batschii. La séquence de T. fracticum collectée à San-Francisco (USA) est
identique à la séquence courte de notre spécimen. La séquence longue de notre échantillon n’a
pas été déposée dans GenBank, elle contient un A supplémentaire en début de séquence: 3A au
lieu de 2 aux positions 1 et 2 de KP826719.
91
Figure 47 : Arbre phylogénétique des séquences ITS des Tricholomes proches de T. batschii.
La séquence de l’échantillon algérien collecté pour cette étude est indiquée en gras.
Les séquences de T. imbricatum et T. psammopus sont utilisées comme exta-groupe pour raciner la
phylogénie. Les origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap 50%
sont indiquées au-dessus ou à gauche des branches. Les séquences utilisées dans des articles mettant à
jour la phylogénie du genre Tricholoma est indiquée (*1Bidartondo et Bruns (2002)), le cercle plein
indique les séquences déposées dans GenBank sans article associé. Abréviation : T : Tricholoma
T. batschii est un champignon mycorhizien des feuillus et des conifères sur sol calcaire.
T. batschii, a été trouvé sur le littoral et à l’intérieure des terres dans l’Ile d’Oléron (Fiche
réalisée en mars 2016 par Patrice Tanchaud, http://www.mycocharentes.fr/pdf1/889.pdf), ainsi
qu’en Turquie (Kaya, 2009). Cette espèce a été aussi collectée à l’ouest d’Iles estonienne sur
sol calcaire sous Pinus sylvestris (Kalamees, 2010) ainsi qu’en Bulgarie dans une forêt de hêtres
caractérisée par un sol méditerranéen (Lacheva et Radoukouva, 2014).
Aucune mention n’est signalée de T. batschii ou T. subannulatus dans l’ouvrage de

Malençon et Bertault (1975) ni dans la base de donnée de l’université de Montpellier « Herbier
de Montpellier ». À notre connaissance le seul représentant de cette espèce en Algérie est notre
échantillon CM031 (séquence ITS KP826719 et SMB4L). Elle serait donc signalée pour la
première fois en Afrique du Nord.
92
III. 2. 1. 3. 2. 3. Lepista sordida (Schumach.) Singer, Lilloa 22: 193 (1951) [1949]
Pour notre analyse, nous avons utilisé d’une part les séquences de l’analyse d’Alvarado
et al. (2015) et d’autre part nous avons complété cet échantillonnage en prenant parmi les
premiers BLAST hit obtenus avec la séquence KP826729, les séquences des espèces L.
fibrosissima (AY995148) et Tricholoma mongolicum (KC413949) présentant avec KP826729
un pourcentage d’identité de 98 et 97% respectivement
La séquence correspondant au numéro d’accession KP826729, issue du spécimen algérien

(Photo 6) appartient au clade III de l’article d’Alvarado et al. (2015), clade qui regroupe les
Collybia et espèces proches (Figure 44). Au sein de ce clade il appartient à un sous-clade
regroupant Lepista nuda, L. sordida et L. personata. Dans ce sous-clade deux petits clades
contiennent des échantillons nommées L. sordida par les auteurs qui ont déposé ces séquences.
Dans l’un de ces clades sont inclus des séquences, signalées chacune par un cercle noir
plein, qui sont des dépôts directes dans GenBank, réalisés par des auteurs asiatiques (Figure
44). Ce clade correspond à l’espèce hypothétique Lepista tarda (Peck) Murrill |
SH218328.07FU | de la base de donnée UNITE. Dans un autre petit clade, sont regroupées,
notre séquence et des séquences proches issues d’échantillons identifiés par Alvarado et al.
(2015), dont deux échantillons espagnols (KJ681019 et KJ681018) (Figure 44), le premier
trouvé sous Pinus halepensis et le second sous Quercus ilex et Juniperus thurifera. Ce clade
correspond à l’espèce hypothétique Lepista sordida (Fr.) Singer | SH523244.07FU de la base
UNITE.
Le résultat du BLAST indique que notre séquence est identique aux séquences
KJ681019 et KJ681018 de Lepista sordida et présente 99% d’identité avec la séquence
KJ681017. De ce fait, on nomme l’échantillon CM003 (KP826729) L. sordida. L’espèce
sordida a été décrite par Schumacher sous le nom d’Agaricus sordidus Schumach., Enum. pl.
(Kjbenhavn) 2: 341 (1803) et replacée dans le genre Lepista par Singer (Lilloa 22: 193 (1951)),
cependant nous n’avons pas trouvé la trace d’un type pour cette espèce, ni l’origine de
l’échantillon ayant servi à la première description de l’espèce.
L’analyse d’Alvarado et al. (2015) montre que le genre Lepista est polyphylétique et
que les genres Lepista, Collybia et Clitocybe ne sont pas bien délimités. Ils proposent plusieurs
alternatives pour résoudre ce problème. L’une d’entre elles est de conserver le genre Clitocybe
pour le clade portant l’espèce C. nebularis (espèce type du genre) et le genre Lepista pour le
93
clade portant l’espèce Lepista densifollia (espèce type du genre). Ils proposent d’ajouter au
genre Collybia certaines espèces supplémentaires appelées auparavant Clitocybe ou Lepista.
On suppose donc qu’une fois la taxonomie de ces genres résolue, notre échantillon appartiendra
probablement à un autre genre que Lepista. Cependant la résolution de ces ambiguïtés dépasse
l’objectif de notre travail.
Photo 6: Lepista sordida (CM003)
Lepista sordida a été collecté dans les pâturages et les forêts claires de la Maseta cottière
de Rabat à Tanger au Maroc (Malençon et Bertault 1975), sous Q. ilex dans la région du moyen
et le Haut Atlas (El Kholfy, 2014). Nous avons identifiés pour la première fois l’espèce
Lepista sordida d’Algérie par les méthodes de la biologie moléculaire et précisé sa

position dans la phylogénie.
III. 2. 1. 3. 2. 4. Infundibulicybe gibba: (Pers.) Harmaja, Ann. bot. fenn. 40(3): 217 (2003).
Quatre spécimens (Tableau 9) collectés dans la forêt de M’Sila à des dates et/ou sur des
parcelles différentes ont générés des séquences identiques. La séquence de l’une d’entre elles
(Photo 7) est déposée dans GenBank sous le numéro d’accession KP826742 (Figure 44).
L’analyse par alignement des séquences révèle qu’elles sont identiques à la séquence
HM631723 sauf @474 (numérotée sur KP826742) cttcA/Taagc (où A=Algérie et T=Italie).
HM631723 correspond à l’isolat N d’Infundibulicybe gibba sensu stricto dans l’analyse
94
phylogénétique réalisée par Vizzini et al. (2011) du complexe Infundibulicybe gibba. Ce

complexe est formé d’Infundibulicybe gibba sensu stricto correspondant à Clitocybe gibba
(Pers.) P. Kumm. | SH221462.07FU | dans UNITE au seuil de 1,5% de différence, d’une espèce
hypothétique trouvée aux USA et au Japon et correspondant à Clitocybe gibba (Pers.) P.
Kumm. | SH221463.07FU | dans UNITE au seuil de 1,5 et d’Inf. mediterranea. On conclut que
notre spécimen appartient à Inf. gibba sensu stricto. L’Index Fungorum indique que le nom
correct de cette espèce serait Clitocybe gibba (Pers.) P. Kumm. 1871, la description initiale
étant Agaricus gibbus Pers., Syn. meth. fung. (Göttingen) 2: 449 (1801). Cependant la
délimitation du genre Clitocybe n’est pas stabilisée comme nous l’avons vu plus haut à propos
des Lepista.
Photo 7 : Unfindibulcybe gibba (CM052) récolté dans la forêt de M’Sila. Chapeau : 11,9cm ;
plat légèrement convexe. Couleur beige foncée. Lames blanches décurrentes.
L’analyse de toutes les séquences correspondant à l’espèce Inf. gibba déposées dans
GenBank montre que les échantillons algériens (Photo 7) sont les seuls à présenter un “A”
(Figure 48) à cette position (@474). Ceci indique qu’il y aurait une population particulière de
cette espèce dans le nord-ouest algérien, caractérisée par des allèles particuliers. L’étude d’un
plus grand nombre d’échantillons de cette espèce permettra de confirmer cette hypothèse.
95
Figure 48 : Alignement des séquences sensu Vizzini et al. (2011) avec la séquence de notre
échantillon CM052 (séquence SMB83 n° d’accession dans GenBank KP826742
montrant le caractère particulier de la population du nord-ouest algérien au sein de
l’espèce Inf. gibba et du complexe Inf. gibba.
III. 2. 1. 4. Agaricoid Clade III
III. 2. 1. 4. 1. Hebeloma limbatum : Beker, Vesterh. et U. Eberh., (Fungal biology 120: 72

(2016).
96
97
Figure 49 : Arbre phylogénétique des séquences ITS d’Hebeloma subsection Clepsydroida

Beker et Eberhardt (2004) et de quelques espèces des subsection Denudata et
Hiemalia, construit par la méthode du maximum de vraisemblance.
Hebeloma mediorufum est utilisé comme extra-groupe pour raciner la phylogénie. Les origines
géographiques des spécimens sont indiquées. En A l’arbre brut résultant de l’analyse, en B seules les
valeurs de bootstrap > 46% sont fournies au-dessus ou à gauche des branches, et les clades ayant un
support moindre ont été regroupés et forment des râteaux. La séquence de l’échantillon algérien collecté
pour cette étude est indiquée en gras. Les séquences utilisées dans des articles mettant à jour la
phylogénie du genre Hebeloma (*1Aanen et al., 2000, *2 Boyle et al., 2007, *3Morris et al., 2007,
98
*4Eberhardt et al., 2009, *5Bonito et al., 2011, *6Eberhardt et al., 2015, *7Eberhardt et al., 2016) sont
indiquées, le cercle plein indique les séquences déposées dans GenBank sans article associé.
Abréviation: H : Hebeloma, ICG: Inter Compatibility Group (Groupe d’inter-Compatibilité), HT:
Holotype, EH: Epitype.
La séquence de l’échantillon de la forêt de M’Sila (KP826724) diffère de celle de

l’holotype (KT217490) par une substitution @514 (gtgccccG/Rcgtggact) (numérotée à partir
du début de la séquence KP826724) (où G = Algérie, et R (A ou G) = l’holotype, KT217490).
Comme le séquençage de l’ITS de l’holotype (AF124709) a été fait sans avoir cloné le fragment
amplifié (Aanen, 2000), ce R peut donner lieu à deux interprétation : i) la présence chez
l’holotype, à cette position, de deux allèles distincts, A et G portés respectivement par les deux
noyaux d’un hétérocaryon, ou ii) l’existence d’une incertitude lors du séquençage portant sur
une séquence unique. Cette seule différence, en un site unique, entre ces deux échantillons, nous
conduit à identifier l’échantillon de la forêt de M’Sila come appartenant à l’espèce Hebeloma
limbatum.
Cette espèce présente une synapomorphie @431 ctttt-C/Gctga (où C = tout le clade d’H.
limbatum et G = toutes les autres séquences utilisées dans la Figure 49), sauf pour l’extra-
groupe, Hebeloma mediorufum, qui présente un T supplémentaire au niveau du microsatellite
(poly T) qui précède (cttttTGatga) et un « A « à la place du « C » @432. La seule souche
identifiée comme appartenant au groupe d’incompatibilité sexuel ICG 20 est présente dans ce
clade comme le signalent Eberhardt et al. (2016). Il semble donc y avoir coïncidence entre ce
groupe d’incompatibilité, les critères phylogénétique (clade, synapomorphie), morphologiques
et cytologiques (cf. article de 2016) pour cette espèce.
Le type de l’espèce H. limbatum a été collecté en Italie en 2016. Les autres souches du
clade limbatum proviennent du sud de l’Europe (France, Italie, Espagne). L’espèce a aussi été
trouvée plus au nord (Hollande) mais rarement. Ainsi notre échantillon constitue la première
collecte de cette espèce, décrite pour la première fois en 2016, sur le continent africain.
A la position 514, on constate la présence d’un « A » dans deux échantillons, l’un des
USA (EF411103) et l’autre d’Espagne (FJ946936) et un « G » ou un R (A ou G) dans les
échantillons européenne et dans l’autre échantillon des USA (HM849636). Il y a donc un
polymorphisme dans l’espèce à cette position.
Deux séquences correspondant vraisemblablement à cette espèce, proviennent des USA.

L’une, HM849636, issue d’un spécimen collecté dans une truffière cultivée de Tuber
99
melanosporum, possède des substitutions spécifiques en deux positions, mais pourrait

correspondre à une contamination provenant de plants truffiers si ceux-ci ont été importés de
France. L’autre EF411103 provient d’un échantillon californien et possède une substitution
spécifique @133 (numérotée à partir du début de KP826724) ctcggtC/Tgtgagg (où T =
EF411103 et Hebeloma mediorufum et C = toutes les autres séquences utilisées dans notre
analyse phylogénétique, Figure 49). Cette seule substitution, qui différencie cet échantillon des
échantillons européens et de l’autre échantillon américain (HM849636) correspond
probablement à la présence d’un allèle propre à une population nord-américaine de l’espèce.
La présence d’H. limbatum sur ces deux continents, en Californie pour l’un et principalement
en climat méditerranéen pour l’autre, montre une fois de plus une similitude entre les espèces
présentent en Europe sous climat méditerranéen et celles de Californie soumises à un climat
similaire. Ceci montre aussi que certaines espèces d’hébélomes ne sont pas cantonnées à un
seul continent et que la phyllogénie des hébélomes devrait être étudiée à l’échelle internationale,
ce qui pourrait constituer une suite aux travaux réalisés par Eberhardt et al. (2016).
L’habitat de cette espèce est caractérisé par une association presque systématique avec
des arbres du genre Quercus, et toujours sur terrain calcaire Eberhardt et al. (2016). Le type
provient d’une forêt mixte de Quercus cerris, Q. ilex et Q. suber. L’échantillon de la forêt de
M’Sila est donc très probablement mycorhizien du chêne liège. L’association avec les terrains
calcaire indique que ce champignon peut être un bon candidat pour tester un éventuel rôle de
champignons mycorhiziens dans l’adaptation du chêne liège au terrain calcaire partiellement
décalcifié à l’ouest de l’Algérie.
III. 2. 1. 4. 2. Inocybe
L’analyse des séquences ITSs de 12 échantillons d'Inocybe récoltées sous Qercus suber
et Pinus halepensis, nous a permis d’identifier six espèces qui appartiennent aux trois clades
majeurs du genre Inocybe définis par Larsson et al. (2009) et Ryberg et al. (2008) (Figure 50a).
100
101
séquences ITS montrant la position phylogénétique des Inocybes récolté en Algérie
appartenant aux sous genre Inosperma, Mallocybe et Inocybe selon Ryberg et al.
(2008) et Larson et al. (2009). a) Arbre phylogénétique général des trois sous-genres.
b) détail phylogénétique du sous-genre Mallocybe.
Crepidospsis mollis (Ryberg et al., 2008) est utilisé comme extra-groupe pour raciner la
phylogénie de l’arbre a). I. arthrocystis FN550941 (Ryberg et al., 2010) est utilisé comme extra-
groupe pour raciner la phylogénie de l’arbre b). Les origines géographiques des spécimens sont
indiquées. Les valeurs de bootstrap > 50% sont indiquées au-dessus ou à gauche des branches. Les
séquences des échantillons algériens collectés pour cette étude sont indiquées en gras. Abréviation : I,
Inocybe; M, Mallocybe; C, séquence courte; L, séquence longue. Les références des séquences issues
d’articles phylogénétiques sont indiquées (*1 Osmundson et al., 2013; *2 Kropp et al., 2013; *3 Iotti et
al., 2010; *4 Shahin et al., 2013; *5 Bougher et Matheny, 2011; *6 Vauras et Larsson, 2011; *7Larsson
et al., 2009; *8Ryberg et al., 2008; *9 Cripps et al., 2010; *10 Ryberg et al., 2010). Pour la Figure b) les
séquences n’ayant pas de référence sont issues de l’article de Ryberg et al. (2008) et indiquées par (*8)
sont issues d’échantillons de pays nordiques.
Les séquences des échantillons apparentées aux différents sous-genres sont analysées
comme suit :
III. 2. 1. 4. 2. 1. Analyse des séquences ITS d’Inocybe appartenant au sous-genre Inocybe:
Quatre échantillons (CM013, CM024, CM033 et CM044) représentent deux espèces

(CM013, CM033 et CM044) et une espèce potentiellement nouvelle(CM024) dans le sous-
genre Inocybe.
III. 2. 1. 4. 2. 1. 1. Inocybe rufuloides Bon 1984
La séquence de CM044 (Figure 50a) est identique aux séquences JN035291 et

JN035292 d'Australie (Bougher et Matheny, 2011). Elle diffère par une substitution de la
séquence FN550921 d'Italie (Ryberg et al., 2010) et par deux substitutions de la séquence
FJ908246 provenant d'un herbier d'Italie (Osmundson et al., 2013). Les substitutions entre ces
cinq séquences pourraient représenter une partie du polymorphisme intra-spécifique chez I.
rufuloides. C’est la première fois que cette espèce est signalée en Afrique du Nord et en
particulier en Algérie.
III. 2. 1. 4. 2. 1. 2. Inocybe .tigrina et I. aff. tigrina
102
Trois échantillons correspondent à ou sont proches de l’espèce I. tigrina (CM013,

CM024 et CM033) (Figure 50a). La séquence ITS de CM013 est identique à celle (JF908254)
d’un I .tigrina italien (Osmundson et al., 2013) et diffère de la séquence de CM033 par une
substitution (@13 (numérotée à partir de la sequence KP826726 (CM013)) atcattatC/Tgaataaa
(où C = CM013 et JF908254 et T = CM033) au début de l’ITS1 et par deux hétéromorphismes
pour lesquels, pour l’un et l’autre des hétéromorphismes, une des bases correspond à celle
présente dans CM013 et JF908254 : @144, gaaaatcC/Tgagtcag (où C = CM013 et JF908254 et
Y (C/T) = CM033) et @465, tgggggttG/Ttttttgc (où G = CM013 et JF908254 et K (G/T) =
CM033). Si l’on considère que les hétéromorphismes de CM033 correspondent à la présence
de deux allèles différents dans les deux noyaux de cet hétérocaryon, l’un des noyaux ne diffère
de CM013 et JF908254 que par 1 ou au maximum 2 substitutions. On peut donc considérer ces
trois séquences comme appartenant à la même espèce I. tigrina, la séquence JF908254 ayant
été indiquée comme correspondant à cette espèce dans la publication d’Osmundson et al.
(2013). Cependant plusieurs identifications faites dans l’herbier italien étudié par Osmundson
étant erronées, une confirmation de la correspondance entre ces séquences et l’espèce I. tigrina
est nécessaire en s’appuyant sur les caractères morphologiques et anatomiques de l’espèce.
La séquence de KP826720 (CM024) (Photo 8) diffère de la séquence JF506771 par un indel

(2 A en début de séquence de CM024, un seul à ces positions chez JF506771), cette séquence
représente un Inocybe non cultivé, isolé sous Q. ilex en France (Shahin et al., 2013).
L’échantillon CM024 est nommé I. aff. tigrina, car tandis que le nombre de A au début de la
séquence de CM024 est le même que celui de la séquence JF908254, les séquencse CM024 et
JF506771 diffèrent de la séquence JF908254, I. tigrina, par cinq différences conservées :
 un indel de 9bp (entre les positions 186 et 187 numérotées sur la séquence de CM024 :
tttgccttgCATCTCTAG/---------ggtctatgt (où CATCTCTAG = JF908254)
 un indel de 2bp (aux positions 431 et 432 : atcagatGA/--tgatgttg (où GA = CM024 et
JF506771),
 un indel d’une bp (@608 : taaattT/-gac (où T = CM024 et JF506771) et
 deux substitutions (@528 : actgtA/Gggtgtg (où A = JF908254 et G = CM024 et
JF506771 @590 : aacaaA/Cacaaa (où A = JF908254 et C = CM024 et JF506771).
CM024 et l’échantillon dont provient la séquence JF506771 (Figure 50a) appartiennent

donc à une espèce potentiellement nouvelle, trouvée tout d’abord en France puis pour la
première fois en Algérie (notre travail) et qui devra être décrite. Cette espèce correspond à
103
l’espèce hypothétique Inocybaceae | SH178667.07FU de la base UNITE au seuil de différence

de 1.5.
PHOTO 8: Inocybe aff. tigrina (PN sp.), CM024.
III. 2. 1. 4. 2. 2. Analyse des séquences ITSs du sous-genre Inosperma
Deux échantillons (CM041 et CM035) du sous-genre Inosperma (Figure 50 a),

collectés dans la forêt de M’Sila correspondent à la même espèce I. cervicolor.
La séquence ITS de CM035 (KP826739) est identique aux séquences JQ801394 et

JF908142 et diffère de la séquence AM882937 par un «T» supplémentaire dans un
microsatellite poly T (position 170-178 : ctacatg9T/8Tacacaca (où CM035 = 9T et
AM882937= 8T). La variation du nombre de répétitions dans une séquence microsatellite est
fréquente au sein d’une même espèce et ne justifie pas que la séquence AM882937 soit
considérée comme appartenant à une espèce différente de celle des trois autres séquences. La
valeur de boostrap (97%) montre la robustesse de ce clade cervicolor dans l’arbre
phylogénétique de la Figure 50 a.
Dans l’article de Ryberg et al. (2008), la séquence AM882937 appartient au même clade
I. cervicolor que AM882939 séquences issues toutes les deux d’échantillons collectés en Suède
et cette dernière séquence est aussi considérée comme I. cervicolor par Ryberg et al., en 2010
pour qui l’espèce I. calamistrata appartient à un autre clade. Cependant ces deux séquence
104
(AM882937 et AM882939) n’ont que 88% d’identité et si l’on retire le début de ces séquences
qui diffèrent beaucoup et contiennent peut-être des erreurs de séquençage, celles-ci n’ont alors
que 92% d’identité, valeur assez faible pour des échantillons d’une même espèce. Par exemple,
KX897419, I. aff. subrubescens et AM882940, I. bongardii, ont 92% d’identité sans retirer les
débuts de séquence.
Dans l’arbre phylogénétique ci-dessous, AM882939 se trouve à l’extérieur du clade

regroupant I. cervicolor et deux échantillons Nord-américains d’I. calamistrata (KC581320 et
KF007939), clade supporté par une valeur de bootstrap de 78%. Même si cette valeur de
bootstrap n’est pas encore très élevée, AM882939 devrait être considéré comme une espèce
différente (Figure 51) d’I. cervicolor.
Dans la base UNITE, les échantillons du clade cervicolor (Figure 50a.) correspondent
à l’espèce hypothétique Inocybe cervicolor (Pers.) Quél. | SH187098.07FU | au seuil de
différence de 1.5%, tandis que AM882939 correspond à une autre espèce hypothétique appelée
elle aussi
I. cervicolor: Inocybe cervicolor (Pers.) Quél. | SH187100.07FU |. Une troisième

espèce hypothétique avec ce même non d’espèce Inocybe cervicolor (Pers.) Quél. |
SH187103.07FU | est déduite de deux séquences JF908231 et JF908090. Cette dernière
séquence, provenant d’un échantillon italien, n’a que 90% d’identité avec AM882937 mais 96%
d’identité avec AM882939. Seule l’une de ces trois espèces hypothétiques correspond à I.
cervicolor sensu stricto. Comme mentionné plus haut, il est nécessaire de confirmer que c’est
bien le clade cervicolor que nous avons défini, et donc SH187098.07FU qui correspond à I.
cervicolor sensu stricto.
Il serait nécessaire de séquencer l’échantillon type qui a servi à la première description

de l’espèce pour pouvoir confirmer avec certitude quel est le clade cervicolor. Ce type n’existe
probablement plus. Voici les indications fournies par Index Fungorum.
Current Name:
Inocybe cervicolor (Pers.) Quél., Enchir. fung. (Paris): 95 (1886).
(Quélet, L. Enchiridion Fungorum in Europa Media et praesertim in Gallia Vigentium pp. i–

viii, 1–352: 95 (1886))
Synonymy:
Agaricus cervicolor Pers., Syn. meth. fung. (Göttingen) 2: 325 (1801)
105
Inocybe bongardii var. cervicolor (Pers.) R. Heim, Encyclop. Mycol. 1: 388 (1931)
Inocybe cervicolor (Pers.) Quél., Enchir. fung. (Paris): 95 (1886) f. cervicolor
Inocybe cervicolor f. inolens E. Ferrari, Boll. Assoc. Micol. Ecol. Romana 23(no. 72): 27 (2007)
Il faudrait donc chercher si un herbier contenant l’échantillon original est cité

dans Syn. meth. fung. de 1801. Si aucun échantillon d’herbier n’est cité ou si
l’échantillon original n’existe plus, il faudrait alors créer un epitype (cf. International
Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Melbourne Code) http://www.iapt-
taxon.org/nomen/main.php et l’article français indiquant les changements intervenus en
2011 http://www.tela-botanica.org/actu/article4933.html).
Figure 51: Arbre phylogénétique des séquences ITS, construit par la méthode du maximum de
vraisemblance, montrant la position phylogénétique de la séquence AM882939,
provenant d’un échantillon identifié comme I. cervicolor, par rapport au clade que
nous supposons correspondre à I. cervicolor sensu stricto. CM035: KP826739 I.
cervicolor, CM041L: KP826748 I. cervicolor
Kropp et al. (2013) ont aussi inclus AM882937 et JQ801394 dans leur arbre (échantillon
EL27_99 et TENN060527) et ces séquences appartiennent à un clade nommé I. cervicolor/I.
subrubescens, clade distinct du clade nommé I. bongardii. Ces articles consacrés
spécifiquement à la taxonomie et la phylogénie des Inocybes sont cohérents entre eux et peuvent
106
être considérés comme assez fiables bien que la circonscription de l’espèce cervicolor soit,
d’après nous, sujette à discussion.
La séquence JF908142 correspondant à un échantillon identifié comme I. bongardii,

dans l’article Osmundson et al. (2013), se retrouve dans le clade I. cervicolor. Cette séquence
présente plus de 99% d’identité avec AM882937. Cet échantillon d’herbier italien semble donc
avoir été mal identifié et serait un I. cervicolor.
L’espèce I. bongardhii est représentée dans notre Figure 50a par les séquences de
AM882940 à AM882943 citées dans l’article de Riberg et al. (2008) et Kropp et al. (2013). Ces
séquences présentent deux substitutions par rapport aux séquences des I. cervicolor (telles que
CM035 (KP826739) et JF908142) à deux positions dans la séquence très conservées du 5,8S de
l’ARNr (Figure 52): @333 (numérotée sur la séquence CM035) acgcaT/ACttgc (où T = I.
cervicolor, I. calamistrata, I. aff. calamistrata, I. sp. (Costa Rica) et l’extragroup I. tigrina
JF908254) et A = I. bongardhii (base spécifique)) et @353 tattcC/Tgagga (où C = I. cervicolor,
I. sp. (Costa Rica) et l’extragroup I. tigrina JF908254) et T = I. bongardhii, I. calamistrata et
I. aff. calamistrata).
L’identification du clade correspondant à l’espèce I. bongardhii a été confirmée en

analysant la séquence FN550943 (échantillon EL94-06 - I. bongardhii) utilisée dans l’article
de Riberg et al. (2010). En effet on y retrouve les mêmes bases permettant de caractériser d’I.
bongardhii aux positions 333 et 353 (numérotée sur la séquence CM035).
Figure 52 : Alignement des séquences d’Inocybe cervicolor, I. calamistrata et I. aff.

calamistrata indiquant la position dans le 5,8S de l’ARNr qui permet de caractériser
I. bongardhii @333 (numérotée sur la séquence CM035) acgcaT/ACttgc (où T = I.
cervicolor, I. calamistrata, I. aff. calamistrata, I. sp. (Costa Rica) et l’extragroup I.
tigrina JF908254) et A = I. bongardhii (base spécifique)) et @353 tattcC/Tgagga (où
C = I. cervicolor, I. sp. (Costa Rica) et l’extragroup I. tigrina JF908254) et T = I.
bongardhii, I. calamistrata et I. aff. calamistrata) est aussi clairement Visible.
107
La séquence KP826748 (CM041L) diffère de la séquence KP826747 (CM041C) par

deux substitutions et un indel de 8bp. D’autre part la séquence KP826748 diffère de la séquence
KP826739 (CM035) par deux substitutions, nombre de différences inférieur à celui qui sépare
deux allèles d’un même échantillon (CM041). Ces deux échantillons (CM041 et CM035)
appartiennent donc à la même espèce correspondant à notre clade « cervicolor ».
Les échantillons CM041 et CM035 appartiennent donc un complexe d’espèces connu,

le complexe I. cervicolor. L’espèce I. cervicolor a été mentionnée par Malençon et Berthault
(1970) en Algérie et au Maroc sans que soit connu l’existence des trois entités appelées du
même nom. I. bongardii, lui, n’a été indiquée qu’au Maroc par les mêmes auteurs. Au cours de
ce travail, nous avons déposé dans GenBank les premières séquences ITS d’un I. cervicolor
nord africain, appartenant à l’un des trois clades du complexe cervicolor.
III. 2. 1. 4. 2. 2. 1. Analyse des séquences du clade Mallocybe
Nous avons choisi la séquence FN550941 I. arthrocystis pour raciner l’arbre

phylogénétique du sous-groupe Mallocybe (Figure 50 b). Cependant dans GenBank, il existe
une deuxième souche d’I. arthrocystis correspondant au numéro d’accession AM882858. Ces
2 séquences sont utilisées dans les articles de Ryberg et al. (2008 et 2010). Dans notre étude,
nous avons utilisé la séquence FN550941, car sa position dans l’arbre phylogénétique de
Ryberg et al. (2010), montre qu’il est le meilleur extra-groupe pour raciner le clade Mallocybe.
Quatre échantillons collectés représentent deux espèces dans le clade Mallocybe :
III. 2. 1. 4. 2. 2. 2. Inocybe malenconii
L’échantillon CM054 (Photo 9) a généré deux séquences KP851945 (CL054L) et

KP851944 (CM054C) (Figure 50b). La séquence KP851944 diffère de la séquence espagnole,
I. malenconii FN550939, par une substitution et deux indels. On peut considérer que cette
différence caractérise un polymorphisme entre deux populations de la même espèce ayant des
représentants des deux côtés de la méditerranée.
Deux hétéromorphismes (ttatYgaat;gctgYactt) sont présents dans la séquence

KP826723 (CM015), celle-ci contient deux aplotypes dont les séquences exactes n’ont pas été
déterminées (les aplotypes aux positions contenant un Y sont soit i) C; T et T; C, soit ii) C; C
108
et T; T). La séquence CM054C (ttatCgaat;gctgTactt) et de l’un des aplotypes de CM015 sont

identiques (CM015 de type i)) ou différents au plus par une substitution (CM015 de type ii)).
Photo 9: Inocybe malenconii (CM054).
Par ailleurs, l’analyse phylogénétique montre que les collectes CM054 et CM015, qui
appartiennent à une population d'Afrique du Nord, diffèrent de la souche espagnole par des
mutations conservées: deux indels l’un entre les positions 4-5 de la séquence CM054C, ga-
/Atc (où A = Espagne et - = Algérie) et un @ 21 aaA/-cc (où A = Algérie et - = Espagne) et
une substitution @131, aaC/Tgc (où C = Algérie et T = Espagne) de la séquence ITS1. Les
deux allèles de CM054 provenant probablement de deux noyaux différents d'une souche
hétérocaryotique, diffèrent d'un indel et de deux substitutions sur la séquence ITS1.
Le clade I. malenconii est partagé en deux sous-clades, l’un regroupant des souches
uniquement originaires de pays nordiques, Europe du Nord (HM209787, HM209788 et
AM882862) et Canada (HQ604776) et une deuxième regroupant des souches du Sud de
l'Europe (Espagne - FN550939, Turquie - UDB027109), d'Afrique du Nord (nos deux
souches d’Algérie) et d’Europe du Nord (Estonie - UDB015831 et UDB027212). Ces sous-
clades sont phylogénétiquement distincts (Figure 50b), (valeurs de bootstrap de 100 pour
chacun) et leurs séquences diffèrent par 18 positions conservées dans les ITS ce qui nous
permet de proposer l'existence de deux espèces sœurs l’une au Nord de l’Europe et au
Canada et l’autre trouvée uniquement en Europe (surtout au Sud) et en Afrique du Nord.
L’espèce « Inocybe malenconii » a été décrite pour la première fois en 1931 par Roger Heim
(Le genre Inocybe : précédé d’une introduction générale à l’étude des Agarics ochrosporés,
Ed. Lechevalier, collection Encyclopédie mycologique tome 1) à partir d’un échantillon
109
récolté dans la lande d’Aubergenville (France, Yvenines, 78410) en mai 1928 (leg. G.
Malençon), mais le type n’a pas, semble-t-il, été déposé dans un herbier. L’un des deux
sous-clades ci-dessus n’étant uniquement originaire du nord de l’Europe et de l’Amérique,
nous pouvons considérer que la véritable espèce I. malenconii correspond au clade
regroupant les échantillons trouvés au Nord de l’Europe (Estonie) jusqu’à l’Afrique du
Nord. L’autre espèce serait donc une nouvelle espèce non encore décrite.
Ces deux clades correspondent à deux espèces hypothétiques (Inocybe malenconii R.

Heim | SH209549.07FU |et Inocybe malenconii R. Heim | SH209555.07FU |) de la base
UNITE (au seuil de 1.5% différence), la seconde correspondant à la séquence FN550939,
donc aux spécimens algériens et à Inocybe malenconii sensu stricto.
Cependant, cette base identifie une troisième espèce hypothétique (SH) à ce seuil pour
I. malenconii (Inocybe malenconii R. Heim | SH207079.07FU |). Deux séquences sont
présentes dans cette SH : FJ627030 et HQ604817, provenant de deux souches canadiennes.
L’origine américaine de ces souches montre que cette troisième espèce ne peut correspondre
au spécimen décrit par R. Heim et qu’elle correspond, elle aussi à une nouvelle espèce non
encore décrite.
Une analyse phylogénétique nous a montré que cette troisième espèce putative
appartenait en réalité au sous-genre Inosperma et non au sous-genre Mallocybe et qu’elle
est phylogénétiquement proche d’I. calamistrata (Figure 53).
Figure 53 : Localisation dans la phylogénie du sous-genre Inosperma, de l’espèce hypothétique

SH207079.07FU, représentée par les séquences SH : FJ627030 et HQ604817 et
incorrectement dénomée I. malenconii dans la base UNITE en fin 2016.
Deux autres séquences d’I.malenconii ont été trouvées dans la bibliographie et dans
GenBank : AM882867 et KM247693. La première publiée dans Ryberg et al. (2008) est en
110
réalité un I. arthrocystis Kühner, en effet de la base 35 à la base 628 elle a exactement la même
séquence que FN550941 identifiée comme I. arthrocystis dans Riberg et al. (2010). Et elle a
99% d’identité avec GU980649, GU980653, GU980654 qui correspondent à des I. arthrocystis
Nord-américains, décrits dans l’article de Cripps et al. (2010) sur la phylogénie des Inocybes
du sous genre Mallocybe dans lequel l’un des co-auteurs, Egon Horak a traduit et étudié le
protologue de cette espèce (Kühner, 1988) qui pousse sous des saules.
La deuxième séquence, KM247693, a été trouvée en 2015 dans une truffière naturelle
de Tuber melanosporum à Pézilla-de-Conflent, en France dans les Pyrénées orientales en
présence de Quercus ilex, Q. coccifera, Cistus albidus et Arbutus unedo sur un sol à pH 8,3.
L’alignement de cette séquence montre une très grande similitude avec les souches algériennes
et la souche espagnole d’I. malenconii sensu stricto et possède les mêmes bases aux 18 positions
conservées propres à cette espèce. Il s’agit donc de la seule souche française identique au type,
dont la séquence ITS a été publiée depuis la description de l’espèce en 1988.
III. 2. 1. 4. 2. 2. 3. Inocybe aff. agardhii
Les séquences des collectes CM092 (Photo 10) et CM080 sont identifiées comme I. aff.
agardhii (Figure 50 b): elles diffèrent de I. agardhii var. areneria (FN550937) collectée en
France par deux positions conservées, mais ITS1 de la séquence FN550937 n'est pas complète
et pourrait contenir d'autres positions différentes de nos échantillons. De nouvelles séquences
complètes sont nécessaires pour déterminer si les souches algériennes appartiennent à la même
espèce qu’I. agardhii var. areneria.
111
Photo 10 : Inocybe aff. agardhii (CM092).
Par ailleurs, I. agardhii est polyphylétique par exemple, I. agardhii HM209790

appartiennent à un clade différent du clade représenté par les souches algérienne et française.
Le spécimen type d’I. agardhii doit être séquencé pour clarifier sa position phylogénétique.
Notre analyse montre que deux clades du genre Inocybe présentés dans ce travail ont
une distribution géographique homogène, il s’agit du sous-genre Inocybe et un clade du sous-
genre Mallocybe représenté par I. malenconii (Figure 50 b). Dans le sous-genre Inocybe, tous
les échantillons du complexe I. rufuloides et I. tigrina sont d’origine méditerranéenne, plus
précisément, du sud de l’Europe (Espagne) et du nord-ouest de l’Afrique du nord (Algérie), à
l'exception de deux collections de l'Australie occidentale. Ces dernières, représentées par I.
rufuloides, ont été introduites du sud de l'Europe avec les plantations de Quercus et Pinus,
comme mentionné par Bougher et Matheny (2011).
Dans le sous-genre Mallocybe, dans le clade regroupant I. terrigena, I. dulcamara, I.

leucoblema, I. agardhii, I. fulvipes, I. arthrocystis et I. malenconii, les espèces les plus
divergentes proviennent des pays scandinaves. L’échantillon canadien de séquence ITS
HQ604776, du clade I. malenconii laisse supposer l’existence d’une migration récente de cette
espèce vers l’Amérique du Nord. Alors que le clade contenant I. malenconii FN550939 d'
Espagne et I. aff. malenconii d'Algérie est entièrement de la région méditerranéenne, ce qui
suggère une migration récente du nord vers le Sud. Ces observations peuvent être caduques s’il
existe un biais d’échantillonnage, les Inocybes d’Europe et surtout d’Europe du nord ayant peut-
112
être été les plus récoltés et les plus étudiés. La poursuite à l’international des travaux sur les
Inocybes permettra de vérifier ou non cette hypothèse.
Par ailleurs, I. dulcamara a été décrite au Maroc, en Algérie et en Tunisie, mais aucune
séquence de ces origines n'a été publiée jusqu'à présent. Or I. dulcamara est polyphylétique, il
sera donc nécessaire d'obtenir de nouvelles séquences d'Afrique du Nord pour compléter cette
analyse.
III. 2. 1. 4. 3. Gymnopilus spectabilis
Gymnoplilus spectabilis (Fr.) Singer synonym:Gymnopilus junonius (Fr.) P.D. Orton
séquences ITS (ITS1, ITS2 et 5.8S) montrant la position phylogénétique dans le clade
Gymnomilus, définit par Guzman et al. (2003) des séquences Gymnopilus générées
dans cette étude.
Gymnopilus picreus (**Peintner et al., 2001) est utilisée comme extra-groupe pour raciner la
phylogénie. Les origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap > 50%
sont indiquées au-dessus ou à gauche des branches. La séquence de l’échantillon algérien collecté pour
cette étude est indiquée en gras. Abréviation : G, Gymnopilus. Les références des séquences issues d’un
article portant sur la phylogénie du genre Gymnopilus (Guzman et al., 2003), sont indiquées par une
étoile : *.
113
Sur l’alignement des séquences ITS la séquence KP826753 de l’échantillon algérien

CM087 (Photo 11) est identique à une séquence d’un échantillon français (AY281008) et un
d’Argentine (AY281009) (Figure 54), mais elle a quatre différences avec G. spectabilis de
Finlande (AY281010) : @220 (numérotée surKP826753), gtatcG/A/-ttggg (où G = Algérie, A
= Finlande et - = Australie G. pampeanus AY280996) @447, gatG/Atgg (où G=Algérie et A =
Finlande), @479, atcT/Ggct (où T = Algérie et G = Finlande) et un indel @459,ctttT/-gctgg (où
T = Algérie et - = Finlande). Ces différences peuvent être considérées, dans une première
approche, comme le polymorphisme présent au sein de l’espèce, mais ceci devra être confirmé
par des travaux ultérieurs plus approfondis. Nous avons démontré par l’analyse des séquences
que la collection algérienne est une espèce connue G. spectabilis.
Le genre Gymnopilus P. Karst. 1879 (Gymnopilus P. Karst., Bidr. Känn, Fin. Nat. Folk
32: 21, 400 (1879)) (Agaricales) est bien connu, principalement dans les forêts, montrant une
diversité morphologique considérable, on compte plus de 200 espèces lignicoles. Ces
champignons saprotrophes sont largement répartis dans le monde entier, en Amérique du Nord,
au Mexique, en Europe, en Équateur et en Afrique. Il est caractéristique des zones à climat
chaud ou tempéré (Guzman et al., 2003 et Holec, 2005)
Les espèces Gymnopiloides appartenant au clade Gymnopilus sont des champignons

saprophytes (Moncalvo et al., 2002). Les analyses des séquences ITS montrent que le clade
Gymnopilus est monophylétique tel que proposé précédemment par Guzman et al. (2003) et
Gulden et al. (2005).
Cette analyse confirme par l’approche moléculaire l’existence de G. spectabilis en

Algérie. Gymnopilus spectabilis var. junonius (Lange) Fr. avait déjà été signalé au Maroc en
1957 (Herbier Virtuel de l'Université Montpellier 2).
Cette espèce a été collectée une seule fois lors de nos prospections (Tableau 17). Dans
le clade G. spectabilis-imperialis, les espèces du complexe formé par G. junonius, G.
pampeanus et G. spectabilis sont considérées par certains auteurs comme synonymes. Jusqu'à
présent aucune analyse approfondie de ce clade n'a été menée pour élucider si ces différentes
espèces sont en réalité une seule espèce variable.
Conflit sur le nom de cette espèce :
L’Index Fungorum précise :
Current name: Gymnopilus junonius (Fr.) P.D. Orton 1960.Trans. Br. mycol. Soc. 43(2): 176
(1960)
114
Synonymy:
Agaricus aureus Bull., Herb. Fr. (Paris) 2: tab. 92 (1782) [1781-82]
Agaricus (Pholiota) junonius Fr., Syst. Mycol. 1 (1821), 244-
L’article d’Orton precise son point de vue dans l’extrait suivant:
Malençon et Bertault (1970), quant à eux, fond l’observation suivante :
« En droit strict, ces raisons sont sans doute valables. Cependant comme l’Agaricus spectabilis
de Weinmann est depuis longtemps tombé en désuétude et que tout le monde aujourd’hui
connaît, sans s’y tromper, le Gymnopilus spectabilis (Fr.) Singer, il nous semble y avoir plus
d’inconvénients que d’avantages à modifier une appellation universellement adoptée ; aussi
maintenons-nous l’épithète de spectabilis, en souhaitant son inscription aux nomina
conservanda. »
Nous ne prendrons pas position dans ce débat, le champignon étant identifié sans
ambiguïté.
Gymnopilus spectabilis, ne doit cependant pas être confondu avec Phaeolepiota aurea (Matt.)
Maire, Icones selectae Fungorum, 6 Texte general 6: 111 (1928) qui pousse sur le sol (souvent
près des orties) et non sur le bois.
115
a b
Photo 11: Gymnopilus spectabilis (CM087). a: spoprophore Jaune orangé, étalé, le stipe
concolore au chapeau, montre un anneau membraneux ; b: coupe longitudinale du
chapeau montre des lames dentellées, sérées de couleur rouille qui révèle la couleur
de la sporée.
III. 2. 1. 4. 4. Cortinarius :
Le séquençage des extrait d’ADN des deux échantillons, CM053 et CM083, récoltés
sous Quercus suber et Pinus halepensis, nous a permis d’identifier deux espèces appartenant à
deux sous clades de Cortinarius dans le sous-genre Phlegmacium.
III. 2. 1. 4. 4. 1. Clade Caeruleascentes
La séquence algérienne KP826758 (CM082), est classée dans le clade Caeruleascentes

(Figure 55) de Garnica et al. (2005), clade polyphylétique d’après Liimatainen et al. (2014).
Cependant notre séquence, très proche de C. coerulescentium (DQ083780), appartient au clade
II de Froslev et al. (2005), clade qui regroupe les sous-clades Coerulescentes, Glaucopodes et
Multiformes. Malheureusement pour nous, dans l’analyse phylogénétique la plus récente
(Liimatainen et al., 2014), le clade contenant les espèces C. coerulescentium, C. boudieri et C.
mairei est absent. L’espèce apparentée la plus proche de notre échantillon est C. mairei
collectée en Autriche (séquence AY669548). Notre séquence diffère de cette dernière par 7
substitutions et 3 indels sur 556 bp. Elle diffère de 8 substitutions et 3 indels de C. boudieri
(AY174860) ainsi que de C. coerulescentium (DQ083780). L’analyse de ces positions dans la
séquence ITS nous permet de conclure que la collection récoltée (Photo 12 a, b, c) dans la forêt
de M’Sila est une espèce potentiellement nouvelle dans le genre Cortinarius. Nous nommons
donc cette espèce Cortinarius sp.1 (PN sp.).
116
a b c
Photo 12: Cortinarius sp.1 (PN sp.), CM082. a: sporophore sur feuilles de chêne liège, chapeau
violé; b: chapeau violé, mamelonné, diamètre 9 cm, présence de sporée rouille laissé
par le carpophore collé par-dessus (flèches, photo12 a, b) ; c: stipe 5,5 cm, présence
de cortine brune, bulbeux vers la base.
Toutes les espèces du clade Caerulescentes étudiées par Garnica et al. (2005) et les
échantillons correspondant aux séquences de GenBank utilisées dans notre analyse
phylogénétique sont d’origine européenne. La souche algérienne Cortinarius sp.1 diffère de ces
souches aux positions (numérotées sur la séquence KP826758) @128, tagtT/Cactc (où
KP826758 = T et les autres séquences = C), @413, atcaG/Acctc (où G =KP826758 et A = les
autres séquences) et @428 ttttA/Gtttt(où A =KP826758 et G = les autres séquences) (Figure
56).
Elle diffère aussi de toutes les séquences des espèces du sous-genre Phlegmacium. La
position 428 sépare deux microsatellites poly T. Celui situé coté 3’ possède 3T pour tous les
Phlegmacium que nous avons étudiés, sauf la séquence de l’extra-groupe qui a (CTT) alors que
l’espèce algérienne Cortinarius Pn.sp.a à cette position 4T.
Ces caractéristiques s’ajoutent à l’analyse phylogénétique pour montrer la présence en

Algérie d’une espèce potentiellement nouvelle dans le clade Caeruleascentes du genre
Cortinarius.
117
séquences du gène ADNr (IT1, ITS2, and 5.8S), montrant la position phylogénétique
dans le sous-genre Phlegmacium sensus Froslev et al. (2005) et Garnica et al. (2003)
des Cortinaires utilisées dans cette étude.
C. balteatocumatilis (Vila et al., 2008) est utilisé comme extra-groupe pour raciner la phylogénie. Le
résultat de l’analyse place la séquence KP826758 dans le clade Caerulescentes sensus Garnica et al.
(2005) tandis que KP826759 se trouve parmi les C. palzonianus, intégré dans clade Dionysae,
appartenant au clade Dionysae sensus lato proposé par Liimatainen et al. (2014). Ces deux clades
appartiennent au clade II de Froslev et al. (2005).
Les origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap >60% sont indiquées
au-dessus ou à gauche des branches. Les séquences des échantillons algériens collectés pour cette étude
sont indiquées en gras. Les références des séquences issues d’articles portant sur la phylogénie des
genres appartenant à la famille des Cortinariaceae (*1 Garnica et al., 2005 ; *2 Froslev et al., 2005 ; *3
Vila et al., 2008, *4 Liimatainen et al., 2014 ; *5 Fernández-Brime et al., 2014) ainsi que les séquences
issues d’autres articles (*6 Apont et al.,2010 ; *7 Lancellotti et Franceschini, 2013) sont indiquées.
118
Abréviations : C: Cortinarius, un: uncultured (littéralement: non cultivé; signifie: issu d’analyse
métagénomique ou d’analyse d’ADN de mycorhize).
III. 2. 1. 4. 4. 2. Clade Dionysae
L’analyse phylogénétique montre que la séquence de l’échantillon (CM053) récolté

dans la forêt de M’Sila portant le numéro d’accession KP826759, trouve sa place dans le clade
Dionysae au sein de l’espèce C. palazonianus. La séquence de notre échantillon est identique à
la séquence KF738110 sauf à une position ou cette dernière possède un «A» tandis que notre
échantillon a un R (A ou G) et diffère de celle de l’holotype de C. palazonianus à 3 positions.
Il est à noter que cette dernière a des nucléotides indéterminés (N) à ces positions. On conclut
donc que KP826759 est l’espèce C. palazonianus (Photo13).
Photo 13: Cortinarius palazonianus (CM053)
Jusqu’ à présent toutes les espèces du clade Dionysae déposées dans GenBank sont
européennes (cf. Liimatainen et al., 2014). L’échantillon algérien de C. palazonianus et 4
souches espagnoles sont différentes d’une autre souche espagnole et de toutes les séquences du
clade Dionysae @529 (numérotées sur la séquence KP826759)gttcT/Attgg (où T =
Algérie/Espagne (KF738110, KF738109, KF738108 et KF738106) et A = toutes les autres
séquences européennes du clade Dionysae étudiées incluant une souche espagnole KF738107).
L’alignement des séquences espagnole et algérienne de l’espèce C. palazonianus (Figure 56)
119
montre l’allèle particulier algérien pour cette espèce (@529 sur la séquence CM053=KP826759
déposée dans GenBank, mais @ 495 sur l’alignement des séquences tronquées).
Figure 56: Alignement de la séquences algérienne KP826759 de Cortinarius palazonianus et

les séquences européennes montrant l’allèle particulier «T» de notre échantillon.
Les échantillons C. dionysae sensu Frøslev et Garnica, C. dionysae var. avellanus Rob.
Henry ex Bidaud et Carteret et C. palazonianus Vila, A. Ortega et Fdez.-Brime, utilisés dans
les analyses phylogénétiques de Liimatainen et al. (2014) et de Fernandez-Brime et al. (2014),
se caractérisent par une odeur farineuse et forment un clade bien supporté (valeur de bootstrap:
de 92% à 100% selon les méthodes d’analyse utilisées). La séquence de notre échantillon
appartient à ce clade.
C. boreidionysae présente une odeur légèrement farineuse (Liimatainen et al., 2014) et

C. mahiquesii décrit par Vila et al. (2008) a aussi une odeur farineuse.
C. olivaceodionysae (clade frère du clade C. mahiquesii) est la seule espèce ne

présentant pas le caractère odeur farineuse dans le clade regroupant dionysae, palazonianus,
mahiquesii, boreidionysae et olivaceodionysae.
L’odeur de notre échantillon n’a pas été relevée durant nos prospections dans la forêt de
M’Sila; elle devrait désormais être prise en considération lors de futures prospections dans les
forêts du Maghreb et en particulier dans des forêts algériennes pour le genre Cortinarius.
Notre échantillon C. palazoniaus a été collecté sous Q. suber et P. halepensis. C’est la

première fois que ce spécimen est signalé sur sol calcaire (pH 7.2-8.2 selon l’horizon
considéré).
120
C’est aussi la première fois que C. palazoniaus est signalé dans le nord-ouest de
l’Afrique du Nord, tandis que C. dionysae, espèce très proche, a été décrite en Algérie sous
Quercus suber (Malençon et Bertault, 1970).
III. 2. 1. 4. 4. 3. Sous-genre Phlegmacium et phylo-géographie
L’analyse phylogénétique a permis de classer les 2 espèces du genre Cortinarius

collectées au Nord-Ouest de l’Algérie (C. sp.1 et C. palazonianus), dans les clades européens
Caerulescentes de Garnica et al. (2005) et Dionysae (Figure 55). L’analyse bibliographique
montre un premier signalement de C. coerulescentium R. Henry sous Pinus halepensis et sous
chênes au Maroc. C. boudieri Hry. var. pseudo-arcuatus Henry a été décrit au Maroc sous
Quercus faginea sur sol calcaire. L’espèce algérienne Cortinarius PN sp. possède un allèle
original qui diffère de ceux de l’ensemble des espèces que nous avons étudiées à 4 positions
(128, 413, 429 et 455). Les bases originales observées à ces positions correspondent donc
probablement à des mutations récentes qui se seraient peut-être produites en Afrique
puisqu’elles sont absentes chez des espèces européennes.
Ceci pourrait indiquer une récente migration de l’espèce de l’Europe vers l’Afrique du
Nord, mais il faudrait séquencer d’autres espèces de cortinaires africains pour pouvoir
confirmer cette hypothèse.
Toutes les espèces du clade Dionysae sensus lato analysées par Liimatainen et al. (2014)
sont originaire d’Europe, exception faite pour C. griseocoeruleus (proche de C. leonicolor dans
l’arbre de la Figure 1 de Liimatainen et al. (2014)) qui est d’origine californienne.
Dans le clade Dionysae sensus lato (Figure 56), @529, «A» est l’allèle ancestral,
puisqu’il est présent à l’extrémité des branches rattachées à la base de l’arbre, c'est-à-dire qui
ont divergé tôt au cours de l’évolution.
La collecte de nouveaux spécimens et l’analyse de leurs séquences nous permettra de

confirmer si la base «T» est systématiquement présente à cette position chez les échantillons de
C. palazonianus en Algérie. Cette vérification confirmerait l’hypothèse d’une migration de
l’espèce C. palazonianus d’Europe vers l’Afrique via l’Espagne. À ce jour, les 8 spécimens du
clade C. palazonianus représentés dans (Figure 56) et les 2 séquences KF738108, KF738109
non représentées dans notre étude (collection de Fernandez-Brime et al., 2014)) et collectées
en Espagne sont originaires du bassin méditerranéen.
121
De nouvelles collectes de Cortinaires appartenant aux sous-clades Caerulescentes et

Dionysae sont nécessaires pour déterminer par les méthodes classiques de la mycologie et la
biologie moléculaire, si les espèces collectées dans le passé et identifiées par les méthodes
anatomo-morphologiques peuvent être retrouvées. Ceci confirmera l’existence de toutes ces
espèces en Algérie.
III. 2. 1. 4. 5. Psathyrella cf. candolleana
Des séquences ITSs et 5.8 S de l’ADN ribosomique nous ont permis d’étudier les
relations phylogénétiques du genre Psathyrella. Deux exemplaires de nos récoltes ont généré
trois séquences KP826737, KP826738, KP826731. L’échantillon CM022 a généré deux
séquences une longue et une courte.La différence de longueur est due à la présence d’un indel.
La séquence longue CM022L est identique à la séquence KP826738 correspondant au spécimen
CM037 (Photo 14) (Tableau 9). Ces deux échantillons du genre Psathyrella appartiennent
donc à la même espèce.
Les quatre séquences algériennes appartiennent au clade Ps. candolleana sensus Nagy
et al. (2011). Nous avons ajouté à notre analyse deux séquences de Psathyrella cf. gracilis et
trois autres séquences (Ps. badiophylla, Ps. hymenocephala et Ps. leucotephra) espèces proches
de Ps. candolleana. Ces dernières ne sont pas utilisées dans l’anlyse phylogénétique des
Psathyrellaceae réalisée par Nagy et al. (2011) et Ogura-Tsujita et Yukawa (2008) D’après
notre analyse phylogénétique, Ps. leucotephra est proche mais à l’extérieur du clade
Candolleana (Figure 57).
Cependant, la valeur de bootstraps pour l’ensemble du clade Candolleana est trop faible
pour pouvoir affirmer cette organisation. Deux séquences de Psathyrella cf. gracilis sont
publiées dans GenBank . L’une porte le numéros d’accession AY228352 nommée Ps. gracilis
dans l’article d’Ogura-Tsujita et Yukawa (2008), cet échantillon est utilisé dans notre analyse
comme extra-groupe; l’autre séquence (JQ676209) est positionnée dans le clade Candolleana.
Ceci montre que la référence JQ676209 correspond soit à une autre espèce que l’extra-groupe,
soit le spécimen a été mal identifié.
122

séquences IT1, ITS2, and 5.8Sde l’ADNr, montrant la position phylogénétique des
séquences de nos Psathyrella algériennes (en gras) dans le clade Psathyrella
candolleana sensus Nagy et al. (2011), générées dans cette étude.
Les séquences des champignons mycorhiziens non cultivables des Orchidaceae sont indiquées par un
cercle plein pour les champignons associés à Eulophia Zollingeri (Ogura-Tsujita et Yukawa, 2008) et
par 2 cercles pleins pour ceux associés à Epipogenium roseum (Yamato et al., 2005). Les séquences de
Ps. pseudogracillis (Nagy et al. (2011)) et Ps. cf. gracillis sont utilisées comme extra-groupe pour
raciner la phylogénie Les origines géographiques des spécimens sont indiquées lorsqu’elles sont
disponibles. Les valeurs de bootstrap >50% sont indiquées au-dessus ou à gauche des branches. Les
références des séquences issues d’articles consacrés à la phylogénie des genres et espèces appartenant à
la famille des Psathyrellaceae sont indiquées (*1 Yamato et al., 2005, *3Ogura-Tsujita et Yukawa, 2008,
*4 Slot et al., 2010, *5 Nagy et al., 2011, *6 Matheny et al., 2014).Les deux séquences issues d’un autre
article (*2 Menkis et al ., 2006) sont indiquées. Abréviations : Un, littéralement non-cultivée
(Uncultured), séquences issues de l’ADN de mycorhizes ou d’études métagénomiques ; L, séquence
Longue ; CM022, référence de l’échantillon de Psathyrella Algérien (cf. Tableau 9)
123
Dans le clade Candolleana les trois séquences (KP826737, KP826738 et CM022L) sont
proches de l’espèce Ps. badiophylla et la quatrième (KP826731) a une position différente dans
l’arbre phylogénétique (Figure 57), cette dernière correspond à la séquence courte de
l’échantillon CM022 (CM022C (cf. Tableau 9), ceci indique que les séquences ITS et 5.8S ne
sont pas suffisantes pour identifier nos échantillons dans le clade Candolleana , d’autres gènes
sont nécessaires.
Avec le barcode ITS, ce clade peut être identifié soit comme un complexe,
candolleana/badiophylla/hymenocephala où l’espèce Ps. candolleana est polyphylétique, soit
considéré comme une seule espèce où candolleana/ badiophylla / hymenocephala sont des
synonymes. Une troisième possibilité, pourrait être une identification erronée d’échantillons
dont les références GenBank sont nommées badiophylla/hymenocephala. Ogura-Tsujita et
Yukawa (2008) considèrent le clade Ps. candolleana comme un groupe monophylétique, mais
ils n’ont pas inclus Ps. badiophylla et Ps. leucotephra lors de leur analyse. Nagy et al. (2011)
ont inclus Ps. badiophylla et Ps. leucotephra dans le clade Candolleana. Nous partageons la
conclusion de ces auteurs pour la monophylie de ce clade regroupant les quatres espèces, mais
notre analyse montre que la nomophylie de l’espèce Ps. candolleana n’est toujour pas
démontrée.
Les positions dans l’arbre des deux séquences du même échantillon CM022 (CM022 L
et KP826731) sont éloignées, ce qui indique que le polymorphisme génétique au sein de
l’espèce est important. Cela est confirmé par l’analyse des distances génétiques entre ces deux
séquences (3 substitutions, 1 indel), tandis que Ps. hymenocephala FJ168608 diffère de Ps.
candolleana KF281384 par 3 substitutions, 0 indel, et celle-ci diffère de Ps. badiophylla
FN430699 par 3 substitutions, 2 indels (dont un de 3bp). On peut donc considérer l’ensemble
des séquences basales du clade comme appartenant à une seule espèce. Ceci devra être confirmé
par l’étude des différents allèles des ITS présents dans d’autres souches, par l’étude d’autres
marqueurs et par des essais de croisements entre les différents membres du clade. Cependant,
on constate que certaines séquences des souches japonnaises qui mycorhizent des orchidées,
bien qu’appartenant au même clade, diffèrent nettement des séquences basales. Il y a peut-être
là un début de spéciation des populations associées aux orchidées.
Par ailleurs, l’espèce Ps. badiophylla n’a pas été signalée par Malençon et Bertault
(1970) alors que Ps. candolleana (Syn. Drosophila candolleana) est connue en Lybie, Tunisie
124
et en Algérie sous Quercus et autres essences forestières. Nous avons donc démontré par les
outils de la biologie moléculaire, qu’une espèce du clade Candolleana est présente en Algérie
(Photo 14), mais la position taxonomique à l’intérieur du clade n’est pas encore résolue.
Photo 14 : Ps. candolleana (CM037).
De nombreux champignons sauvages sont hétérokaryotiques et certains d’entres eux

presentent deux allèles dans l’ITS et le 5.8S de l’ADNr (Aanen et al., 2001, Eberhardt et al.,
2016).
D’après De Fine Licht et al. (2006), chez les basidiomycètes, les multibles types d’ITS
ne sont présents que chez les hétérocaryons et jamais chez les homocaryons. Ainsi, il y a
ségrégation des différents allèles dans la descendance homocaryotique.
L’analyse phylogénétique de Psathyrella spp. a montré l’intérêt de séquencer les deux

alléles des souches qui portent des hétéromorphismes ou des indels, ceci peut être réalisé, soit
en séquençant de nombreux clones, soit par déduction des deux alléles par un examen minutieux
du chromatogramme quand un indel ou un hétéromorphise est repéré dans les séquences,
démarche que nous avons choisie (cf. Matériel et méthode). Cette démarche est peu coûteuse
mais demande de la patience.
En général, quand plus d’une substitution est détectées, le séquençage est nécessaire pour
identifer l’haplotype. Leija et al. (2011) montrent que certains haplotypes peuvent être déduits
quand on étudie une population, cela donne une indication de l’amplitude du polymorphisme
dans une espèce et permet d’inclure dans un clade représentant une espèce, les séquences
125
d’espèces initialement considérées comme soeurs. Néanmoins, l’étude d’autres gènes

polymorphes et les espèces biologiques identifiées par des croisements permettent de clarifier
les limites du polymorphisme intraspécifique.
On constate avec cette analyse que l’étude des différents allèles d’une même souche peut
apporter des indications pour circonscrire l’espèce, indications que ne peuvent apporter une
étude du phénotype des souches.
III. 2. 1. 4. 6. Le genre Agaricus
Les espèces du genre Agaricus sont reconnaissables à leur anneau et à la couleur brune
ou brun-chocolat de leurs lames et leurs spores à maturité. Ce sont des espèces saprophytes
humicoles présentes en forêts, pelouses et divers habitats. L’identification moléculaire des
spécimens collectés dans la nature est basée sur la similarité de leurs séquences d’ADN (ITS)
avec des séquences de références c'est-à-dire à la fois disponibles dans GenBank et publiées
dans des travaux de taxonomie pour leur appartenance à des espèces reconnues. Des
comparaisons sont réalisées à l’aide de BLAST. Les alignements sont éventuellement
complétés avec des séquences disponibles dans la base de données de MycSA très riche en
agarics, ajustés manuellement, et examinés en détails. Les différences à des positions
auxquelles des hétéromorphismes sont présents dans la séquence étudiée ou sont déjà connus
au sein de l’espèce candidate ne sont pas comptabilisées comme différences entre espèces car
elles reflètent du polymorphisme allélique et donc de la diversité présumée intraspécifique. En
effet, chez les basidiomycètes, contrairement aux autres phylums des Fungi, les plus longues
phases du cycle de vie se déroulent essentiellement à l’état hétérocaryotique (n + n) et sont
souvent comme chez les animaux et les plantes (2n) plus ou moins hétérozygotes. Chez les
agarics, la variabilité intraspécifique peut être très élevée ainsi que le taux d’hétérozygotie par
exemple dans les populations sauvages d’Agaricus bisporus (le champignon de Paris).
Par ailleurs, dans un même spécimen le nombre de positions polymorphes peut

exceptionnellement dépasser trois (jusqu’à 10) et refléter dans ce cas une histoire compliquée
telle qu’une hybridation entre populations génétiquement divergentes. Après le décompte de
toutes les différences susceptibles de refléter du polymorphisme intraspécifique, la fiabilité de
l’identification à une espèce reconnue repose sur le nombre de différences restantes. Dans le
genre Agaricus, cette fiabilité est très élevée quand le nombre de différences est inférieur à
deux. Il n’existe à présent qu’un seul cas connu d’espèces ayant divergé récemment et
126
supposées distinctes bien que possédant des séquences ITS identiques (A. inapertus et A.
gemellatus; Kerrigan, 2016). L’identification est moins fiable avec deux différences, peu fiable
avec trois différences et généralement rejetée au-delà.
Nous avons suivi le nouveau système de classification de Zhao et al. (2016) dans lequel
les sous-genres et sections ont divergé il y a environ plus de 30 ou 20 millions d’années
respectivement.
Huit spécimens ont été collectés en Algérie (forêt de M’Sila) auxquels est adjointe une
collection de Corse (CA384) de l’herbier de Bordeaux (Collection du Gemoplasme des Agarics
à Bordeaux, CGAB). Les neuf spécimens ont été séquencés et les comparaisons par BLAST
révèlent que les neufs échantillons appartiennent ou sont affines à six espèces différentes
(Figure 58). Ces espèces sont connues dans la littérature pour appartenir à six sections et quatre
sous-genres dans le nouveau système de classification.
Figure 58 : Phylogramme basé sur les séquences d’ITS (méthode du maximum de

vraisemblance) de huit spécimens algérien d’agarics accompagnés de spécimens de
127
références dont les numéros de GenBank sont indiqués. Les supports de branche
calculés en pourcentages (sur 100 bootstraps) sont indiqués lorsqu’ils dépassent 50%.
III. 2. 1. 4. 6. 1. Agaricus subg. Spissicaules
Agaricus sect. Spissicaules
Agaricus littoralis
Le BLASTde la séquence de notre échantillon CM057 a montré que notre séquence

SMB86 est identique à des séquences de spécimens européens de A. littoralis dont CA829, et
LAPAG420 (Zhao et al., 2011, 2016) échantillon d’Espagne, qui sont représentés dans l’arbre
(Figure 58).
Notre échantillon appartient sans nul doute à A. littoralis qui est l’espèce type de la
section A. sect. Spissicaules. Nous connaissons une autre récolte de cette espèce en Algérie
mais elle n’est pas publiée. C’est donc la première fois que cette espèce est formellement
rapportée d’Algérie (Photo 15)
a b
c d
Photo 15 : Sporophore d’Agaricus littoralis récolté dans la forêt de M’Sila. a, Chapeau 9 cm

de diamètre, blanc, b) présence d’anneau ample; c Lames étroites de couleur rose
pale; d: Spores: 7.15x4.7 Q: 1.52.
128
III. 2. 1. 4. 6. 2. Agaricus subg. Flavoagaricus
Agaricus sect. Arvenses
Agaricus aff. essetei
Par le BLAST nos échantillons CM020, CM028 et CM34 sont très proches des
séquences de A. indistinctus, A. essetei et A. arvensis. L’un des spécimens de A. arvensis est
l’épitype de cette espèce qui est le type de A. sect. Arvensis et dans la nouvelle classification de
A. subg. Flavoagaricus. Dans le ML phylogramme (Figure 59), nos échantillons semblent très
proches de A. indistintus et A. essetei alors que A. arvensis est aussi proche mais dans un clade
statistiquement bien supporté.
Il est donc nécessaire d’étudier l’alignement en détail sachant qu’il y a de nombreux

hétéromorphismes dans les échantillons algériens. Nous avons aussi inclus trois séquences non
déposées et non publiées de la base de données de l’INRA MycSA. Deux collections sont du
CGAB et la troisième a été obtenue depuis un spécimen de Pedro Arrillaga (ARAN). Neuf
positions sont variables dans l’ITS entre les trois échantillons algériens, les trois échantillons
européens et les deux spécimens de référence de A. indistinctus et A. essetei, respectivement.
Dans le Tableau 12, les nucléotides aux neuf positions sont indiqués. Les deux espèces
diffèrent aux positions 70, 285, 480, et 629. Les trois échantillons algériens et un échantillon
européen sont hétéromorphes à quatre de ces positions et un échantillon européen est même
hétéromorphe aux cinq positions. Dans ces séquences il n’y a donc aucune différence
permettant de distinguer ces deux espèces. D’un point de vue moléculaire, du moins des
séquences ITS, ces deux espèces devraient être synonymisées, et comme A. essetei a
l’antériorité sur A. indistinctus, toutes ces collections appartiendraient finalement à A. essetei.
Les quatre ou cinq hétéromorphismes trouvés dans chacune des six séquences suggèrent que
des lignées divergentes se seraient recroisées.
L’hypothèse d’un complexe d’espèces n’est d’ailleurs pas exclue. En attendant des
études morphologiques plus avancées et/ou l’utilisation d’autres marqueurs, nous considérons
provisoirement ces collections algériennes comme Agaricus aff. essetei. Nous relevons par
ailleurs que A. arvensis reste une espèce peu éloignée car elle diffère de tous les huit spécimens
présentés dans le Tableau 12 à deux positions qui ne sont pas montrées dans ce Tableau.
129
Tableau 12 : Comparaisons des séquences ITS de A. indistinctus, A. essetei, et des spécimens

algériens et européens. «-/G» représente un hétéromorphisme de longueur (le
nucléotide G n’est présent que dans l’un des deux noyaux constitutifs du spécimen
ARAN3083314B).
III. 2. 1. 4. 6. 3. Agaricus subg. Agaricus
Agaricus Sect. Agaricus
Agaricus aff. argenteus
La séquence du spécimen algérien CM071 est similaire à celle du spécimen corse

CA384 car elles partagent au moins un allèle à quatre positions polymorphes (87, 198, 211,
469). Ces deux spécimens sont considérés appartenir à la même entité. Cette entité est proche
de A. argenteus dans A. subg. Agaricus, et clairement distincte de A. andrewi, A. campestris et
A. griseicephalus (Figure 58 et Tableau 13).
La comparaison avec A. argenteus est plus complexe car il existe plusieurs alignements
possibles. La Figure 59 propose plusieurs scénarii évolutifs en considérant une séquence
ancestrale [CTTTTT-] aux positions 655-661, qui est partagée par les espèces voisines. Selon
l’un des plus parcimonieux scénarii (évolution 1), l’entité méditerranéenne ne diffère qu’à une
position (127) de A. argenteus subsp. annettae. Mais il y a un problème car la nouvelle entité
n’a pas de petites spores comme cette sous-espèce mais des grosses spores (longueur moyenne
X largeur moyenne: 9.1 x 5.7 µm) plutôt comme celles de A. argenteus subsp. argenteus (voir
Figure 60); cependant, cette variété diffère à deux positions de l’entité méditerranéenne. Cette
entité pourrait appartenir à A. argenteus mais dans ce cas les deux sous-espèces récemment
proposées ne seraient plus très bien supportées car dans le scénario «évolution 1» elles
130
n’apparaissent pas comme des sous-espèces à moins que l’entité méditerranéenne soit elle-
même considérée comme une troisième sous espèce
Tableau 13: Comparaison des séquences (ITS) méditerranéennes (Algérie et Corse) et

américaines des deux sous-espèces d’Agaricus argenteus. Le surlignage vert montre
les caractères des séquences méditerranéennes qui diffèrent des séquences
américaines à une ou trois positions selon deux alignements correspondant à deux
possibles scenarii. Le surlignage jaune montre les polymorphismes présumés
alléliques (avec hétéromorphismes) au sein de l’entité méditerranéenne. CA :
California, PE : Pennsylvania.
Spécimen Positions dans

l’ITS
87 127 198 211 469 655 661
Evolution 1
CA384 C T T C T/C - T A. aff. argenteus Corsica
CM071 C/T T T/A -/C T - T A. aff. argenteus Algeria
Evolution 2
CA384 C T T C T/C T - A. cf. argenteus Corsica
CM071 C/T T T/A -/C T T - A. cf. argenteus Algeria

A. argenteus en Amérique
KJ877746 C C T - T - T A. argenteus subsp.ann USA CA.
RWK1998 C C T - T C T A. argenteus subsp. arg USA PE
Espèces voisines
RWK1917 C C T - T C - A. andrewii (+5 différences)
MF 80998 C C T - T C - A. campestris (+8 différences)
NR 144998 C C T - T C - A. griseicephalus SFSU-F-021060 (+12 dif)
Un autre scénario (évolution 2) (Figure 59) avec une substitution supplémentaire

propose que la nouvelle entité ait divergé d’A. argenteus et soit vraisemblablement une autre
espèce qui en diffère dans ce cas à trois positions. La séquence d’autres gènes sera nécessaire
pour clarifier la situation. En attendant, nous avons nommé cette espèce Agaricus aff.argenteus.
131
Figure 59: Deux scénarii possibles pour expliquer les différences moléculaires (ITS, positions
211 et 655-661) et morphologiques (taille des spores) entre les deux sous espèces
américaines d’Agaricus argenteus et l’entité méditerranéenne indiquée comme «A.
argenteus Med. (Algérie, Corse)»
Figure 60: Figure RW Kerrigan, 2016 modifiée; taille des spores (longueur X largeur µm) des
espèces de A. subg. Flavoagaricus incluant les deux sous-espèces de A. argenteus et
les deux spécimens méditerranéens (Algérie, Corse) CM071 et CA384
respectivement.
132
III. 2. 1. 4. 6. 4. Agaricus subg. Pseudochitonia
III. 2. 1. 4. 6. 4. 1. Agaricus sect. Hondenses
Agaricus freirei
Le BLAST de la séquence de l’échantillon CM009=CA1241, montre que notre

séquence identique à 5 séquences (DQ185557, DQ182512, DQ185555, DQ185554,
DQ185553) de GenBank. On considère par conséquent CM009 (Photo 16) comme A. freirei.
Photo 16 : Sporophore d’Agaricus freirei récolté dans la forêt de M’Sila. a : Chapeau

mechuleux brun acajou. b: baside :15x 9µm; c: Spores : 5,05x 3,89 µm, Q : 1,29.
III. 2. 1. 4. 6. 4. 2. Agaricus sect. Bivelares
Agaricus devoniensis
Le BLAST de la séquence de l’échantillon CM043 montre 100% d’identité avec la

séquence AJ418749 (Challen et al., 2003, Callac, 2008). L’alignement avec huit séquences A.
devoniensis montre que notre échantillon et l’échantillon DV1 (AJ418749) ne diffèrent qu’à
une seule position «163»; ces deux séquences ont un A et les autre ont un «G» à cette position.
Ce groupe est très variable selon Callac et Guinberteau (2005). On nomme sans ambiguïté notre
échantillon CM043 A. devoniensis.
133
III. 2. 1. 4. 6. 4. 3. Agaricus sect. Chitinoides
Agaricus nevoi
L’échantillon algérien a une séquence semblable à des séquences de spécimens

espagnols ou israéliens (Tableau 14). Certaines de ces dernières ont été identifiées comme A.
pequinii qui est une grosse espèce bien différente.
Tableau 14 : Compaaraison des séquences ITS d’Agaricus nevoi.
Collection ou Position (ITS)

GenBank n° 143 156 370 465 623 642 660
a
AJ887989 T G G C T T T
AJ884639a T G G C T T T
AJ887991a T G G C T T T
a
AJ887990 T G G C T T T
KM657922 C/T G G C T/A T -
KT951330 T G G C T T -
AJ884637 C G G C A T -
AJ884638 C G A T A G -
CM102 T A/G G C T T T/-b
a
Séquence de spécimens incorrectement identifiés comme A. pequinii
b
hétéromorphisme de longueur T ou absence de T dans les deux noyaux constitutifs de
CM102
En conclusion, trois espèces A. devoniensis, A. freirei et A. nevoi sont rapportées pour

la première fois en Algérie (Tableau 15), A. spissicaulis a été déjà collectée en Algérie et
décrite par Malençon et Bertault (1970). A ces espèces, il faudra probablement, après quelques
études morphologiques, rajouter A. essetei et synonymiser A. indistinctus à cette espèce à cause
d’échantillons possédant des allèles de ces deux taxa. Enfin, il restera à éclaircir le statut
(nouvelle espèce ou sous-espèce) d’échantillons proches d’A. argenteus, une espèce connue en
Amérique seulement. Environ 400 espèces d’agarics sont reconnues, dont une centaine en
Europe. La diversité des espèces en Afrique est mal connue. Les espèces de ce genre sont
probablement nombreuses en Algérie car les six espèces répertoriées ont été trouvées dans une
aire restreinte et des biotopes particuliers.
134
Tableau 15: Les champignons du genre Agaricus connus dans le Maghreb (Algérie, Maroc et
Tunisie) identifiés par Malençon et Bertault (1970), Nezzar-Hocine (1998) et ceux
identifiés dans cette étude. a: A. crocodilinus according PARRA (2013), b: Espèce
tropicale, c: L'auteur ne précise pas le pays de collecte
Taxon Publication Algérie Maroc Tunisie
A. aff. argenteus Ce travail +
Malençon et Bertault, 1970 Nezzar-Hocine,
A. arvensis (= A. nivescens) 1998 + +
A. augustus Malençon et Bertault ,1970 +
A. benesii Malençon et Bertault, 1970 +
A. bernardi (= A. maleolens) Malençon et Bertault, 1970 + +
A. bisporus Malençon et Bertault, 1970 +
A. bitorquis (= A. edulis) Malençon et Bertault, 1970 + +
A. brunneolus (= A. purpurascens) Malençon et Bertault, 1970 +
A. campestris Malençon et Bertault, 1970 + + +
A. comtulus Malençon et Bertault, 1970 + +
A. crocodilinus (= A. excellens) Malençon et Bertault, 1970 +
A. devoniensis Ce travail +
A. depauperatus (= A. annae) Malençon et Bertault, 1970 +
A. aff. essetei Ce travail +
A. freirei Ce travail +
A. fissuratus Malençon et Bertault, 1970 +
A. gennadii Malençon et Bertault, 1970 +
A. impudicus (= A. variegatus) Malençon et Bertault, 1970 +
A. iodosmus Malençon et Bertault, 1970 +
A. langei Malençon et Bertault, 1970 +
A. littoralis (= A. spissa, A.
spissicaules) Malençon et Bertault, 1970, ce travail + +
A. luteomaculatus Malençon et Bertault, 1970 +
A. moelleri Malençon et Bertault, 1970 +
A. nevoi Ce travail +
A. pampeanus Malençon et Bertault, 1970 +
A. phaeoxanthus Patouillard, 1905 (+)c (+)c
A. sylvaticus (= A.
haemorrhoidarius) Malençon et Bertault, 1970 + +
A. sylvicola Nezzar-Hocine, 1998 + +
A. xanthodermus Malençon et Bertault, 1970 + +
A. robustissima (taxon douteux a) Malençon et Bertault, 1970 +
A. semotus (taxon douteux) Malençon et Bertault, 1970 + +
b
A. heterocystis (ident. douteuse ) Malençon et Bertault, 1970 +
135
III. 2. 1. 4. 7. Lycoperdon radicatum
Lycoperdon radicatum Durieu et Mont., in Durieu, Expl. Sci. Alg., Fl. Algér. 1(livr. 10): 383
(1848) [1846-49]
séquences des IT1, ITS2, et 5.8S de l’ADNr montrant la position phylogénétique de
l’échantillon algérien du Lycoperdon radicatum en gras, récolté en 2012 dans la forêt
de M’Sila, 164 années après le type récolté en Algérie par Durieu et Montagne.
Vascellum pratense (Larsson et Jeppson, 2008) est utilisée comme extra-groupe pour raciner la
phylogénie. Les références mettant à jour la phylogénie du genre Lycoperdon (*Larsson et Jeppson,
2008, *2 Bates et al., 2009) sont indiquées. Abréviations : L : Lycoperdon, H : Handkea, USA : Les
États-Unis d’Amérique
Trois échantillons, CM032 (Photo 17 a), CM073 (Photo 17 c et d) et CM036 (Photo17

b) récoltés dans la forêt de M’Sila, ont été séquencés. Les deux échantillons (CM032 et CM073)
ont donné des séquences complètes, déposées dans GenBank sous les numéros KP826735 et
(non déposée encore) respectivement. Le chromatogramme de la séquence de l’échantillon
(CM032) possède deux positions hétéromorphes: @170, agtgcA/Gaaagc et @213,
tccctC/Tgagta.
136
Le chromatogramme de la séquence de l’échantillon (CM073) possède trois positions

hétéromorphes: une @92, tgcacC/Tttttg, et les deux mêmes positions hétéromorphes que
CM032. Les hétéromorphismes sont numérotés sur la séquence KP826735.
Les séquences (CM032 et CM073) n’ayant pas de polymorphisme de longueur (pas

d’indel), nous n’avons pas pu déterminer les séquences des deux haplotypes de chaque souche.
Par exemple, pour l’échantillon CM032, aux deux positions hétéromorphes les deux haplotypes
possibles sont :
 Haplotype a: AC et haplotype b: GT ou
 Haplotype a: AT et haplotype b: GC
Un clonage serait nécessaire pour déterminer la séquence exacte de chaque haplotype.

Compte tenu du nombre important de données à exploiter sans clonage, nous avons préféré
exploiter au maximum les données déjà recueillies avant de reprendre toute nouvelle
expérimentation. Nous avons donc déposé dans GenBank une seule séquence pour chaque
échantillon, en utilisant le code IUPAC pour les positions hétéromorphes.
L’analyse phylogénétique (Figure 61) a placé la séquence KP826735 à côté de

DQ112608, provenant d’un Lycoperdon radicatum d’Amérique du Nord, transféré du genre
Bovistalla au genre Lycoperdon par Larsson et Jeppson (2008). La séquence DQ112608 est
identique à KP826735 sur les 551 bp de recouvrement entre ces deux séquences, sauf @170
(où G = USA) et @213 (où C = USA) (numéroté sur KP826735).
La séquence des USA commence en position 122 par rapport à la séquence KP826735.
A la position 92 l’allèle n’est donc pas connu.
Dans la Figure 61, on peut constater la présence de deux autres séquences

correspondant à des Lycoperdon radicatum (FJ441028 et AJ237624), regroupées dans un autre
clade avec des séquences de Lycoperdon utriforme. La première séquence correspond à une
soumission directe par des chinois et l’origine de l’échantillon n’est pas précisée et la seconde
provient d’un échantillon allemand (Krueger et al., 2001). Deux articles (Larsson et Jeppsonn,
2008; Krueger et al., 2001) portant sur la phylogénie et la systématique des lycoperdons ont
utilisé respectivement deux séquences (DQ112608 et AJ237624) déterminées comme L.
radicatum par les critères anatomo-morphologiques. Ces deux séquences ont 98,6% d’identité
(6 substitutions et 2 indels sur 570 bp) et sont dans deux clades différents dans notre analyse.
Par ailleurs, les séquences DQ112608 (L. radicatum d’Allemangne) et DQ112607 (L. utriforme
des USA) ont 98,7% d’identité (5 substitutions et 2 indels sur les 570 bp communes avec
137
AJ237624). Donc avec 6 substitutions qui les séparent, les séquences DQ112608 et AJ237624
peuvent être considérées comme appartenant à deux espèces différentes.
De plus, il n’y a que 2 substitutions et 2 indels entre DQ112607 (L. utriforme) et

AJ237624 (L. radicatum). L. radicatum est donc une espèce polyphylétique. Cette espèce a
été décrite pour la première fois par Durieu et Montagne en 1848 sur un spécimen d’El Kala
(appelé La Calle en 1848) à l’est de l’Algérie. Notre échantillon provient de l’ouest de
l’Algérie, on peut donc considérer, jusqu’à preuve du contraire, que sa séquence correspond à
l’espèce L. radicatum initialement décrite et que la séquence DQ112608 du même clade, d’un
échantillon trouvé aux USA correspond au véritable L. radicatum, tandis que les séquences
AJ237624 et FJ441028 proviennent d’une ou deux espèces nouvelles d’Allemagne et de
Chine encore jamais décrites.
En conclusion, notre échantillon algérien serait le véritable Lycoperdon radicatum et

notre séquence serait la première séquence publiée de cette espèce provenant du pays où elle a
été décrite. Nous avons ainsi déterminé quel est le bon clade pour cette espèce.
Dans le tome 15 du bulletin de la société mycologique de France de 1889 (p55-57), N.

Patouillard signale déjà que l’espèce (appelée alors Bovistella radicata) a été retrouvée non loin
d’Alger en 1897 sous chêne liège à Reghaia (à 460 Km à l’est de la forêt de M’Sila), mais aussi
aux USA dans l’Ohio. L’espèce serait rare en Algérie mais abondante en divers points des Etats-
Unis.
Cette espèce serait voisine de Clavatia paludosa, or nous avons retrouvé une séquence
de cette espèce (DQ112609), appelée maintenant Bovista paludosa, dans l’article de Larsson et
Jeppson (2008), et celle-ci se trouve dans un tout autre clade que ceux contenant les différent
«L. radicatum» et L. utriforme.
138
Photo 17: Echantillons de Lycoperdon récoltés dans la forêt de M’Sila.

a: CM032, b: CM036, c, d: CM073
Un extrait de l’article de Patouillard est présenté à la Figure 62. On y lit aussi que les
types de cette espèce sont conservés à l’herbier Montagne dont nous avons retrouvé une trace
sur Internet, il s’agit de la collection Herbier Montagne dans l’herbier de Cryptogamie du
Muséum d’Histoire Naturel de Paris. Si ces types sont encore présents dans cet herbier, il serait
possible d’en séquencer un fragment pour confirmer la localisation de cette espèce dans la
phylogénie.
139
Bovistella radicata tab. IV fig. 2. – Lycoperson radicatum
Figure 62: extrait l’article de N. Patouillard du tome 15 du bulletin de la société mycologique

de France de 1899, donnant des précisions sur Bovistella radicata appelé
actuellement Lycoperdon radicatum.
140
III. 2. 1. 4. 8. Macrolepiota
III. 2. 1. 4. 8. 1. Les séquences algériennes appartenant au groupe Macrolepiota:
Le séquençage de l’ADN des 4 sporophores du genre Macrolepiota collectés dans la

subéraies au Nord-ouest algérien a généré 5 séquences. La séquence KP826721 est positionnée
dans clade orientiexcoriata/phaeodisca défini par Ge et al. (2010). Les séquences KP826757
et KP826725 sont incluses dans le clade défini comme Mastoide sensus Vizzini et al. (2011).
Ces 2 clades sont regroupés dans la section Macrosporae. Les séquences KP826743 et
KP826744 sont 2 haplotypes de la zone ITS, elles sont issues d’un même sporophore. Ces
séquences sont incluses dans le clade Procera appartenant à la section Macrolepiota (Figure
63).
Figure 63: Arbre phylogénétique, construit par la méthode du maximum de vraisemblance, des
séquences des fragments IT1, ITS2, et 5.8S de l’ADNr, montrant la position
phylogénétique des échantillons algériens des sections Macrosporae et Macrolepiota
définit par Vizzini et al. (2011) et Yang et Vellinga (2010) dans le genre
Macrolepiota.
M. velosa (Yang et Vellinga, 2010) d’une troisième section (sect. Volavatae) est utilisée comme
extra-groupe pour raciner la phylogénie. Les origines géographiques des spécimens sont indiquées
lorsqu’elles sont disponibles. Les valeurs de bootstrap >60% sont indiquées au-dessus ou à gauche des
141
branches. Les références des séquences issues d’articles portant sur la phylogénie du genre Macrolepiota
(*5 Barseghyan et al., 2012 ; *1Vizzini et al.,2011 ; *4 Ge et al.,2010 ; *2 Vellinga et al., 2003 ; *3 Johson,
1999) sont indiquées. Abréviations : M : Macrolepiota; Sect. : section.
III. 2. 1. 4. 8. 2. Analyse des séquences de la section Macrosporae
Macrolepiota aff. phaeodisca (PN sp.)
La séquence KP826721 forme un clade avec la séquence AF482847 d’une M.

phaeodisca collectée en Corse. Cette espèce, décrite à l’origine par Vellinga et al. (2003) est
originaire de la méditerranée (Sardaigne, Italie). Ce clade est phylogénétiquement proche du
clade M. excoriata, M. orientiexcoriata et Mastoidea définit par Ge et al. (2010). Par ailleurs,
la région ITS de la séquence KP826721diffère de la séquence de M. phaeodisca par 7
substitutions et un indel. De ce fait, notre échantillon est considéré comme appartenant à une
espèce potentiellement nouvelle, PN species (PN sp.) (Photo 18).
III. 2. 1. 4. 8. 3. Analyse des séquences appartenant au clade Mastoidea
Deux spécimens algériens du clade Mastoidea collectés dans la même forêt sont
différents par 3 substitutions, aux positions (numéroté à partir de la séquence KP826757)@140,
gaactT/Cctcgg, @195, tggtcA/Gcaaac et @498, ggaggT/Cttgct. La séquence KP826757
contient l’allèle « TAT », a ces positions et la séquence KP826725 présente l’allèle « CGC » à
ces positions. 2 spécimens de M. psammophila, décrit et identifiés par Guinberteau (Velinga et
al., 2003) ont les deux différents allèles « CGC” (AY243599) et « TAT » (AY243600). Cette
dernière référence n’est pas représentée dans la Figure 63.
L’allèle ancestral aux positions 140 et 195 est «TG» puisque M. excoriata (AF482840),
M. phaeodisca (AF482847) et M. velosa (AF482853) et de nombreuses espèces de branches
ayant divergé depuis l’origine du clade du genre Macrolepiota ont les mêmes nucléotides à ces
mêmes positions. Il n’y a pas de corrélation claire entre les noms d’espèces attribués d’après la
détermination par les méthodes classiques de la mycologie et les allèles identifiés dans la région
ITS des séquences. En effet, dans la région ITS, il n’y a pas de position conservée associée à
une espèce. Les espèces du clade Mastoidea sont soit synonymes, soit elles ont divergé
récemment et le barre code ITS n’est pas suffisant pour les distinguer. C’est pourquoi on nomme
les spécimens récoltés dans la forêt de M’Sila M. cf. mastoidea dans le complexe Mastoidea
142
i.e. tout le clade Mastoidea. Yang et Vellinga (2010), ont déjà défini Macrolepiota mastoidea
comme un complexe avec des espèces morphologiquement différentes mais avec de petites
différences dans l’ITS.
Les espèces, Macrolepiota mastoidea sous Quercus spp., M. excoriata var. squarrosa
sous Quercus suber ont été signalées en Algérie par Malençon et Bertault (1970), mais aucune
séquences Nord-africaine du clade étudié n’a été déposée dans GenBank . Un échantillon
tunisien (CBS H-21520) identifié par Ben Hassine Ben Ali (2014) comme M. rickenii a la même
séquence ITS que notre séquence KP826725.
Photo 18: KP826721 Macrolepiota aff.phaeodisca (PN sp.)
143
III. 2. 1. 4. 8. 4. Analyse des séquences appartenant à la section Macrolepiota
Le séquençage de l’extrait d’ADN de l’échantillon CM098 a généré 2 séquences

(KP826743 et KP826744) qui diffèrent uniquement par le nombre de nucléotides «A» (9A et
10A respectivement) dans un microsatellite poly «A» (@144 à @153 numérotées sur
KP826744). D’après notre analyse (Figure 63), ces séquences sont insérées dans le clade
Procera appartenant à la section Macrolepiota. La séquence courte, KP826743, est identique à
deux séquences de Macrolepiota procera, l’une du nord de la France déposée par Vellinga E.C.
(AY243590) et l’autre d’Espagne (HQ412658), ainsi qu’à JQ683121 (M. puellaris) et
HQ412661 (M. permixta).
Nous avons analysé 13 séquences du clade Procera, et parmi elles des séquences de M.
permixta et M. fuliginosa, espèces incluses dans l’espèce M. procera par Vizzini et al. (2011),
ainsi qu’une séquence de M. puellaris, toutes utilisées dans les analyses phylogénétiques de Ge
et al. (2010), Vizzini et al. (2011) et Barseghyan et al. (2012). Ces séquences ont toutes 9A au
niveau du poly A@144 à @153 sauf AY243591 qui possède 10 A à ce niveau comme
KP826744, et qui provient d’une M. aff. procera du Japon. Cependant, cette séquence diffère
de KP826744 par 6 substitutions et il s’agit donc probablement d’une espèce différente de M.
procera comme le suggère l’arbre de la Figure 3 de l’article de Vizzini et al. (2011) qui place
cette séquence à côté du clade Procera.
Cette analyse nous a permis d’identifier un polymorphisme à la position 472 (référence

KP826744) : tggagA/Gtttgcparmi les13 séquences du clade Procera. À cette position, la
séquence AY243591 (M. aff. procera du Japon), les échantillons des clades autres que Procera
de la section Macrolepiota ainsi que les échantillons des sections Macrosporae et Volvatae ont
un «G» (sauf M. detersa AY243586 qui a un «T» à cette position), ce qui suggère que l’allèle
«G» est ancestral et que le «A» résulte d’une mutation apparue récemment dans une population
du clade Procera.
Les 2 allèles (G et A) sont présents dans différentes régions de l'Europe du Nord jusqu’à
la Russie (Allemagne, Pays-Bas, Ukraine, Russie) et autour de la Méditerranée (Péninsule
Ibérique, Italie, Israël).
En Slovenie, Armenie et en Algérie seul l’allèle «A» est identifié, mais on dispose que
d’un ou deux échantillons pour chaque région. Le seul échantillon de M. puellaris dont la
séquence est dans GenBank (JQ683121) a l’allèle «A». Sa séquence est identique à celles de
plusieurs échantillons identifiés comme M. procera.
144
Le «R» (A ou G) à cette même position (472) présent dans la séquence HQ423291 de

M. procera, originaire des Pays-Bas, correspond sans doute à un hétéromorphisme (et non à
une mauvaise qualité du chromatogramme à cette position) ce qui laisse supposer que les deux
noyaux de cet échantillon auraient l’un des noyaux à un «A», l’autre un «G» ce qui est un
argument nouveau pour considérer que ce polymorphisme est intraspécifique et que ces deux
allèles appartiennent à la même espèce.
On suppose donc que ces deux allèles appartiennent à la même espèce. Les deux autres
positions polymorphes du clade Procera (@49 gtcttgT/Ctttttta et@227 ttgtaG/Aaatgt) C trouvé
dans un échantillon pour la première position, A trouvé dans deux échantillons pour la
deuxième, ne suffisent pas à justifier l’existence d’espèces distinctes de M. procera. M.
puellaris peut être considéré (jusqu’à preuve du contraire obtenue sur d’autres gènes) comme
synonyme de M. procera.
La différence dans le nombre de répétitions dans le microsatellite est un évènement

fréquent et la même mutation peut avoir eu lieu 2 fois dans deux espèces proches : M. procera
et M. aff. procera.
Ceci indique que les données moléculaires que nous avons analysées ne nous permettent
pas de confirmer l’existence de plus d’une espèce dans le clade Procera. Nous avons donc
démontré, par les outils de la biologie moléculaire, que notre collection MPU028320/CM098
(cf. Tableau 9) fait partie de l’espèce M. procera.
L’espèce M. proceraa été signalée sous Quercus et Cedrus en Algérie par Malençon et
Bertault (1970), mais aucune séquence n’a été déposée dans GenBank.
Un dernier échantillon CM015 (SMB45) non pris en compte dans l’étude ci-dessus est
identique à CM027, sauf aux trois positions présentant un hétéromorphisme et qu’il faudra
analyser en détail. Il correspond à l’espèce Macrolepiota cf. mastoidea.
145
III. 2. 2. Ordre des Boletales :
III. 2. 2. 1. Suillus
Le séquençage de l’extrait d’ADN de 8 carpophores récoltés dans la forêt de M’Sila a

généré 8 séquences, 7 d’entre elles ne diffèrent que par une substitution à une position de la
séquence et appartiennent donc à la même espèce. La huitième a une séquence nettement
différente et correspond à une autre espèce.
Parmi les 7 séquences d’une même espèce, l’une (CM112-KP826756) est identique à la
séquence HM347655, correspondant à un Suillus bellinii d’Espagne récolté sous Pinus brutia
et Cistus monspeliensis. Cinq sporophores (CM006, CM018, CM050, CM051 et CM055)
formant trois groupes en fonction de la date et du lieu de récolte (Tableau 9 et 17), ont des
séquences identiques entre elles mais se distinguent de cette première séquence (KP826756)
par une substitution @522 (numérotée sur KP826756) tgataaC/Tgatcgc (au sein de l’ITS2) où
T = CM006, CM018, CM050, CM051 et CM055 (Algérie) et C=Algérie (CM112) et Espagne
(HM347655). Pour ces 5 sporophores, une seule séquence (KP826749) a été déposée dans
GenBank.
Enfin, une 7ème séquence (CM108_SMB113), présente un hétéromorphisme T/C à cette

position (Figure 65).
L’analyse moléculaire et phylogénétique des séquences de Suillus montre que l’allèle

«T» @522 est présent chez S. bovinus (AY898623, Espagne), S. mediterraneensis (AY935512,
Espagne), S. collinitus (AY935517, Espagne), S. granulatus (AY898617, Espagne) et S.luteus
(L54110, USA) (Figure 64), tandis que l’allèle «C» @522 n’est présent que chez S. bellinii.
146

séquences ITS (ITS1, ITS2 et 5.8S) montrant la position phylogénétique des espèces
appartenant au genre Suillus récolté en Algérie.
S. weaverae (Kretzer, 1996 ; Nguyen et al., 2016) est utilisée comme extra-groupe pour raciner la
phylogénie. Les origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap > 50%
sont indiquées au-dessus ou à gauche des branches. Les séquences des échantillons algériens collectés
pour cette étude sont indiquées en gras. Les références des séquences issues d’articles portant sur la
phylogénie du genre Suillus (*1 Kretzer, 1996 ; *2 Qiu-Xin et al., 2000 ; *3 Manian et al., 2001; *4 Ruiz-
Diez et al., 2006, 2003; *5 Moreau et al., 2015; *6 Nguyen et al., 2016) sont indiquées. Cercle noir
plein : séquences sans publication associée. Abréviations : S : Suillus, USA : Les États-Unis
d’Amérique, CA : Californie.
À cette positon «T» serait ancestral et donc le «C» d’Algérie et d’Espagne serait une
mutation apparue récemment et probablement (jusqu’à preuve du contraire) dans cette espèce.
L’allèle «T» @522 a été trouvé pour le moment en Algérie, au Portugal (AJ419216), en Italie
au bord de la Méditerranée près de la frontière française (HM545734) et au sud de l’Espagne
147
(LT174720). L’allèle «C»@522 a été trouvé pour le moment en Algérie, en Espagne

(HM347655, HM347654, AY898621) et peut-être en France (KT883893). L’étude de la
fréquence des allèles «T» @522 et «C» de l’ITS2 dans les populations peut être utile pour
rechercher l’origine africaine ou européenne de l’espèce et pour étudier sa migration entre les
deux continents et le long de leurs côtes.
Figure 65 : Portion du chromatogramme de la souche CM108 de Suillus bellinii montrant

l’hétéromorphisme (T/C) @522 (numérotée sur la séquence KP82675) sur les deux
séquences ITS1/1LR0, flèche noire montre les chromatogrammes superposés.
Les Suillus forment un groupe de champignons réputés très spécifiques quant à leur
association avec leur hôte (Moreau et al., 2015). Ils mycorhizent tous des conifères. Suillus
bellinii est un mycorhizien des pins à deux aiguilles. Dans la forêt de M’Sila, on s’attend à ce
qu’ils soient donc associés au Pinus halepensis. Cependant au moins un échantillon, CM006 a
été trouvé sous chêne liège. Malheureusement la distance au pin d’Alep le plus proche n’a pas
été mesurée.
148
L’association avec le chêne liège, peu probable, devra donc être vérifiée. Une
association de Suillus brevipes avec un Quercus incana a déjà été signalée au Pakistan (Sarwar
et al., 2011)
Aucune séquence de cette espèce provenant d’Algérie n’est présente dans GenBank.
III. 2. 2. 2. Analyses des séquences de Suillus collinitus
Les deux séquences obtenues pour le huitième échantillon (CM063) sont doubles, voir
triples sur une partie importante du chromatogramme et très difficiles à interpréter sans clonage.
Les pics les plus élevés ont été pris en compte sur la portion de séquence sens pour une majeure
partie et antisens pour l’autre, dans les zones où ils étaient les plus nets. Chaque fois qu’une
ambiguïté persistait, le code IUPAC a été utilisé. La séquence non validée (nv) obtenue a été
utilisée pour faire un BLAST sur GenBank. Le premier BLAST Hit était Suillus collinitus
AY953421. L’alignement de séquences a permis de valider toutes les positions communes entre
notre séquence nv et celle trouvée sur GenBank. Pour les 18 positions ambiguës de notre
séquence correspondant à deux bases possibles, quand l’une des deux correspondait à la
séquence AY953421, c’est elle qui était choisie. Quand à une position de notre séquence (3
positions) la base était différente de celle de la séquence de GenBank, elle ne pouvait être
validée puisqu’elle n’avait été obtenue qu’une fois (dans un seul sens de séquençage), donc le
code IUPAC était utilisé pour indiquer l’incertitude présente à cette position. Pour 6 positions
présentant un pic double sur la séquence sens et un pic simple sur la séquence antisens, pic
correspondant à la même base que la séquence AY953421, c’est cette base qui était retenue.
Enfin 2 positions correspondant à des pics doubles dont aucun ne concordait avec AY953421
ont été conservées. Soit 29 positions examinées dont 24 modifiées pour supprimer l’incertitude
et 5 pour lesquelles l’incertitude est conservée en utilisant le code IUPAC sur une séquence de
471bp validée et déposée dans GenBank (KP826749).
Une fois ce travail réalisé, un nouveau BLAST a été réalisé et nous avons obtenu à
nouveau comme premier BLAST Hit la séquence AY953421 (Figure 64), correspondant à un
Suillus collinitus 2 dans l’article de Moreau et al. (2015) provenant d’un échantillon espagnol
trouvé sous Pinus halepensis, avec 99% d’identité sur le fragment de 471 bp. Les seules
différences correspondaient aux 5 positions ambiguës et aucun indel ne distinguait ces deux
séquences.
149
Il y a clairement deux allèles pour cette séquence ITS pour notre échantillon, avec un
décalage de la séquence de deux bp au niveau d’un microsatellite (poly T) en position 356 à
362 (numérotée sur KP826749). La séquence déposée dans GenBank est la plus courte, avec
un polyT de 7 bp comme AY953421. Un autre allèle est présent dans cet échantillon avec un
poly T de 9 bp. Un BLAST réalisé avec cet autre allèle donne pour premier BLAST Hit la
séquence HM347660 Suillus collinitus var. velatipes (de l’espèce Suillus collinitus 2) lui aussi
provenant d’un échantillon italien trouvé sous Pinus halepensis et Pinus brutia, mais présentant
un poly T de 8 bp. Tous les échantillons de cette espèce trouvée dans GenBank ont soit 7 soit 8
bp (polyT). La présence d’un allèle à 9 bp pour le Poly T pourrait être une particularité présente
dans la population algérienne de cette espèce. Un clonage ou un séquençage avec des amorces
dans le 5,8S devrait permettre d’obtenir la séquence exacte des deux allèles de cet échantillon,
mais ce travail n’a pu être réalisé dans le temps de la thèse. Cependant, le travail réalisé sur cet
échantillon a permis d’identifier sans ambiguïté un Suillus collinitus (espèce Suillus collinitus
2) (Figure 64) d’après Moreau et al. (2015). On remarquera que les espèces S. collinitus 1 (S.
collinitus sensu stricto), S. collinitus 2 et un clade asiatique, proposés dans l’article de Moreau
et al. (2015) forment une seule et même espèce hypothétique dans UNITE au seuil de 1,5% de
différence, mais forment trois espèces distinctes au seuil de 1% de différence.
Aucune séquence de Suillus collinitus d’Algérie n’avait été déposée jusqu’à présent dans
GenBank ni dans UNITE. Cette espèce, Suillus collinitus 2, est connue en Italie, Espagne et en
France (d’après UNITE et Moreau et al., 2015). Cette espèce n’est pas présente dans la flore
des champignons supérieurs du Maroc de Malençon et Bertault (1970 et 1975). Il s’agit à notre
connaissance de la première identification de cette espèce en Afrique du Nord.
III. 2. 3. Ordre des Russulales
Lactarius
Lactarius sanguifluus (Paulet) Fr. 1838
Trois carpophores, récoltés dans la forêt de M’Sila, ont généré 3 séquences identiques.
Ces 3 échantillons ont été récoltés à des périodes et sur des parcelles différentes (Tableau 17).
La séquence SMB43 (annexe 3) correspondant au carpophore CM002 est publiée dans
GenBank (KP826722).
150
Le BLASTn de notre séquence dans GenBank montre 100% d’identité avec deux
séquences de L. sanguifluus d’Espagne, FJ858747 et Q116908 (Hortal et al., 2005) et une
séquence du sud de la France, AF249291 (Guerin, 2002). Une dizaine de séquences de L.
sanguifluus de GenBank ont 1% de différence avec notre séquence. Nous nommons donc sans
ambiguïté notre échantillon (CM088) L. sanguifluus (Figure 66).
L. sanguifluus appartient à la section Deliciosi (Fr.) Redeuilh, Verbeken et Walleyn, Mycotaxon

77 :131 (2001) comme le confirme notre analyse phylogénétique (Figure 66)
Lactarius sanguifluus est un basidiomycète, il appartient à l’ordre des Russulales

(Tableau 9, 17) c’est un mycorhizien de type « Late stage » (Hortal et al., 2005). Il est commun
en méditerranée sur sol calcaire (Nuytinck, 2005) Il est largement étudié en Europe (Nuytinck,
2005; Hortal et al., 2005, Nuytinck et al., 2007). Les lactarius de la section Deliciosis sont des
mycorhiziens spécifiques, ils mycorhizent les Pins, exception fait pour L. indigo qui forme des
mycorhizes aussi bien avec Pinus qu’avec Quercus (Nuytinck, 2005).

séquences ITS (ITS1, ITS2 et 5.8S) montrant la position phylogénétique du Lactarius
sanguifluus récolté en Algérie, dans la section Deliciosi définie par ((Fr.) Redeuilh,
Verbeken et Walleyn, 2001) au sein des Lactarius.
L. indigo (Nuytinck et al., 2007) est utilisée comme extra-groupe pour raciner la phylogénie. Les
origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap > 50% sont indiquées
au-dessus ou à gauche des branches. La séquence de l’échantillon algérien collecté pour cette étude est
indiquée en gras. Les références des séquences issues d’articles portant sur la phylogénie du genre
Lactarius (*1Nuytinck et al., 2007; *2 Nuytinck et Verbeken, 2007; *3Hortal et al., 2006; *4 Nuytinck et
151
Verbeken, 2003; *5 Lalli et Pacioni 2002) sont indiquées; cercle noir plein : séquences sans
publication associée. Abréviation: L : Lactarius.
L. sanguifluus et L. deliciosus sont très appréciés en région méditerranéenne; au sud de

l’Europe il y a un marché important, en particulier dans les marchés locaux (Hortal, 2005). En
Afrique du nord, 7 collections sont dans l’herbier botanique de Montpellier. Nuytinck in Maire
et al., (2009) a réalisé une révision des espèces de Lactarius trouvées par Malençon et Berthault
au Maroc. Il a montré les caractères distinctifs entre L. deliciousis et L. sanguifluus. Notre
spécimen ressemble par les caractères macroscopiques au L. sanguifluus décrit par Malençon
(1960); le chapeau est de couleur paille-orangé, pied robuste de couleur rose présentant des
scrobicules sombre (fossettes sur le pied) (Photo 19).
À ce jour, aucune séquence des spécimens marocains n’est connue, notre échantillon
constitue la première identification de cette espèce en Afrique du Nord par la biologie
moléculaire.
Photo 19: Lactarius sanguifluus, récolté dans la forêt de M’Sila.
152
III. 2. 4. Ordre des Théléphorales
Boletopsis
séquences du gène ADNr (IT1, ITS2, and 5.8S), montrant la position phylogénétique
générée dans le complexe Boletopsis leucomeleana, B. perplexa, B. subsquarosa,
selon Cooper et Leonard (2012).
Sarcodon imbricatus (Cooper et Leonard, 2012) est utilisé comme extra-groupe pour raciner la
phylogénie. Les origines géographiques des spécimens sont indiquées. Les valeurs de bootstrap >50%
sont indiquées au-dessus ou à gauche des branches. Les séquences des échantillons algériens collectés
pour cette étude sont indiquées en gras. Les références mettant à jour la phylogénie des Théléphorales
((*5Kennedy et al., 2012) et des Boletopsis (*6Cooper et Leonard, 2012) ainsi que d’autres articles dans
lesquels les séquences utilisées dans notre arbre ont déjà été mentionnées (*1Matheny et al., 2006;
*2Walting et Milne, 2008; *3Van Der Lind et al.,2008; *4Kranabatter et al., 2009), sont indiquées.
Abreviations: B: Boletopsis, NZ: New Zeland, UK: Unite d Kingdom, Un.: clone non cultivé
(Uncultured clone).
Cinq échantillons (CM105, CM107, CM109, CM111 et CM114) ont été séquencés et
ont donné des séquences identiques. Seule la séquence de CM107 (KP826755) a donc été
déposée dans GenBank et utilisée dans notre analyse.
Un BLASTn de la séquence ITS de notre échantillon (KP826755) sur la base de données

GenBank nous a permis d’identifier les espèces connues, les plus proches.
Un alignement de ces séquences et la construction d’un arbre phylogénétique par la

méthode du maximum de vraisemblance (Figure 67) nous a permis de déterminer la position
153
phylogénétique de la séquence KP826755 parmi les séquences d’espèces du genre Boletopsis

(défini par Watling, 2008 et Cooper et Leonard, 2012).
Une séquence trouvée dans UNITE, UDB025522, provenant d’un échantillon marocain,
récoltée à Al-Hoceima par Leho Tedersoo le 9/12/2014, est identique à notre séquence à une
substitution près : @530 (numérotée sur KP826755) taattA/Gtctac (où A =Algérie et G =
Maroc). Le «A» à cette position se retrouve dans les séquences de toutes les espèces proches,
le «G» correspondrait donc à une mutation récente.
Photo 20: Boletopsis sp.1, récolté dans la forêt de M’Sila.
La séquence marocaine a été nommée Boletopsis sp. . L’échantillon marocain provient

lui aussi de la côte méditerranéenne à un peu plus de 250 Km en ligne directe et à 300 km
environ en suivant la côte, à l’ouest de la forêt de M’Sila. Il s’agit, semble-t-il, de la même
espèce que notre échantillon compte tenu de la similitude des séquences, de la similitude du
climat méditerranéen et côtier. On remarquera aussi la similitude des dates de récolte : au mois
de décembre (07/12/2013 l’échantillon algérien) et 9/12/2014 (l’échantillon marocain)).
La séquence la plus proches de KP826755 et UDB025522 est UDB014981 (base de

données UNITE) qui partage avec KP826755 96% d’identité: 1 indel de 6 bp, deux indels
154
monopositions et 16 substitutions. Ces différences suggèrent qu’il s’agit d’une autre espèce.
Cette séquence provient d’un échantillon italien, trouvé sur l’île de Pantelleria située à 100Km
de la Sicile et à 100km de la Tunisie.
Les positions spécifiques de l’espèce trouvée en Algérie et au Maroc, un indel et 4

substitutions, sont indiquées en vert dans le (Tableau 16).
Les positions communes et caractéristiques du clade regroupant les deux espèces

méditerranéennes (Tableau 16) (KP826755, UDB025522 et UDB014981), 2 indels et 7
substittutions, sont indiquées en orange. Les autres positions du Tableau 16 sont communes et
caractéristiques du clade regroupant les deux espèces méditerranéennes et une espèce des USA
(séquence JQ393031)
Tableau 16: Positions dans la zone ITS dans le genre Boletopsis, caractéristiques de l’espèce
(sp. 1) nord africaine et de la somme de deux espèces (sp. 1 et sp. 2) méditerranéennes. En vert,
Tableauxxx : Positions dans la zone ITS dans le genre Boletopsis, caractéristiques de l'espèce (sp1) nord africaine et de la somme des deux espèces (sp1 et
position caractéristique de l’espèce Nord-africaine, en orange position caractéristique des deux
sp2) méditerranéenes. En vert-position caractéristique de l'espèce Nord-africaine, en orange positions caractéristique des deux espèces méditérranéenes, les
espèces méditerranéennes, les autres positions sont caractéristiques du clade regroupant ces
autres positions
espèces et sont
unecaractéristiques
espèce des du clade
USA regroupant ces espèces
(Figure 67).et une espèce des USA (figsur
Numérotation boletopsis). Numérotation
la séquence basée sur KP826755
KP826755
16-17 40 47 80 145 204 209-210 382 409 505 512 520 542 544 546 547 567-573 574
KP826755 ------- T G T T C -- T T A T C A T C G GGTGTGA T
B.sp1
UDB025522 nd nd nd T T C -- T T A T C A T C G GGTGTGA T
B. sp1
UDB014981 AA-TGAA T G T T T -- A T A G C A T C A GGTGTGAT T
B. sp2
JQ393031 A--TGAA T C T C A TT A C G G C A C A A ---------- G
Un. Boletopsis
Autres séquences* A--TGAA/ C C/T C C/- G TT/AT A C G/T G T G C A A GGGGTTGCGA G/C
A--CAAA /TG--------/----------
* autres sequences (sauf l'extragroupe) utilisées dans la figure …
Ceci montre que notre échantillon (séquence KP836755) du nord-ouest algérien et

l’échantillon marocain (séquence UDB025522) appartiennent à la même espèce
potentiellement nouvelle qu’on nomme Boletopsis sp.1 PN sp. (Photo 20).
Toutes les espèces du genre Boletopsis étudiées par Walting et Milne (2008) et Cooper
et Leonard (2012) et les espèces dont les séquences sont déposées dans GenBank, que nous
avons utilisés dans notre analyse phylogénétique sont originaires d’Europe, du Canada, des
155
USA, de la Nouvelle-Zélande et du Maroc. Boletopsis est un petit genre et forme un groupe

monophylétique fortement soutenu sans parents proches. Cependant, il est phylogénétiquement
apparenté aux Théléphorales, aux Tomentella et aux champignons hydnoïdes stipités (Walting
et Milne, 2008; Kennedy et al., 2012). Ce genre est identifiable par son caractère poroïde
(Walting et Milne, 2008) et son odeur typique du fenugrec. Les sporophores et les mycorhizes
de ce groupe n'ont été isolés seulement deux fois dans les travaux dédiés aux champignons
ectomycorhiziens (Izzo et al., 2005; Bergemann et Garbelotto, 2006).
Le genre Boletopsis comprend deux sous-genres: Boletopis et Boletopsina (Watling et

Milne 2006). Six espèces sont connues dans le sous-genre Boletopsis: quatre mentionnées par
Watling et Milne (2006) et Stalpers (1993), le type B. grisea (Peck) Bond. et Sing., B.
leucomelaena, (Pers.) Fayod, B. smithii K. HARRISON et B. perplexa (Walting et al., 2008;
Cooper et Patrick, 2012), et deux y sont intégrés d’après notre analyse phylogénétique,
Boletopsis subsquamosa (L.) Kotl. et Pouzar, Česká Mykol. 11(3): 164 (1957) et B. nothofagi
Cooper et Leonard (2012), aucune séquence de B. smithii n’est actuellement disponible. Le
sous-genre Boletopsina contient Boletopsis atrata Ryvarden, in Hjortstam et Ryvarden, Nordic
Jl Bot.2(3): 278 (1982). Une autre espèce a été décrite Boletopsis staudtii Henn., in Engler et
Prantl, Nat. Pflanzenfam., Teil. I (Leipzig) 1**: 194 (1898) [1900] (Index Fungorum), mais
nous n’avons trouvé aucune indication sur sa position dans les deux sous-genres. Pour ces deux
dernières espèces, aucune séquence n’est actuellement disponible.
Enfin l’espèce B. subcitrina a été placée dans le genre Corneroporus (Cooper et Patrick, 2012).
Le genre Boletopsis est connu dans les zones tempérées et boréales de l’hémisphère
nord (Tedersoo et Smith, 2013), il est signalé en Europe, en Amérique du nord, sur la côte nord-
ouest du Pacifique, au Japon (Walting, 2008) et en Afrique tropicale (Yorou, 2008). Boletopsis
a été aussi trouvé dans les forêts de Nothofagus en Nouvelle Zélande. Cooper et Leonard (2012)
ont conclu dans leurs travaux que Boletopsis nothofagi a été introduit en Nouvelle Zélande
depuis l’hémisphère nord.
D’autres espèces sont signalées dans la littérature, Boletopsisgrisea (Peck) Bondartsevet

Singer (1941) particulièrement au sud des Alpes jusqu’à la région subalpine en France.
En Afrique du Nord, quatre échantillons sont conservés dans l’herbier de Montpellier,

nommées Boletopsis grisea et B. leucogrisea, ces deux espèces ont été collectées à Tanger
(Maroc) par Malençon et Bertault (1975). Ces derniers auteurs évoquent un B. leucogrisea sous
156
cèdre au Maroc dans l’introduction de leur livre. Cependant, aucun échantillon nommé B.
leucogrisea n’a encore été séquencé, et cette espèce n’est pas présente dans l’Index Fungorum.
Outcoumit et al. (2014) signalent la présence de B. grisea sous Pinus pinea dans son inventaire
mycologique de Tanger (Maroc).
Notre échantillon, est probablement le premier spécimen de Boletopsis trouvé dans une
forêt mixte de Pinus halepensis et Quercus suber. Il représente la première récolte de Boletopsis
du nord-ouest africain dont la position phylogénétique a été obtenue par les outils de la biologie
moléculaire.
La séquence d’ADNr de cet échantillon est très différente de celle de B. grisea. La

description morphologique et anatomique de cette espèce devra être réalisée dans le futur afin
de déterminer si elle correspond ou non à B. leucogrisa. De plus, l’analyse moléculaire des
spécimens de Boletopsis marocains de l’herbier de Montpellier devra être effectuée afin de
confirmer l’identification de Malençon et Bertault (1975).
157
Chapitre IV
Discussion Générale
Les travaux de cette thèse portent sur l’étude de la diversité des champignons
basidiomycètes saprophytes et mycorhiziens de la subéraie de la forêt de M’Sila située au
nord-ouest de l’Algérie (Oran) par les outils de la biologie moléculaire. À notre connaissance,
c’est la première étude sur la diversité fongique forestière en Algérie utilisant les techniques
de la biologie moléculaire en particulier le séquençage de la région ITS (Schoch et al., 2012;
Taylor et Hibbett 2014) de l’ADN. La prospection de nouveaux biotopes n'est pas toujours
effectuée par les rares spécialistes ayant une connaissance approfondie d'un grand nombre de
genres en mycologie, une approche indépendante de la mycologie classique a été choisie pour
obtenir une vue plus large des différentes espèces de champignons récoltées dans la forêt de
M’Sila.
IV. 1. Inventaire des espèces fongiques récoltées de 2010 à 2013

IV. 1. 1. Inventaire
Les prospections ont été effectuées dans 4 parcelles PI, PII, PIII et PIV dans le parc
zoologique de la forêt domaniale de M’Sila (Oran), présentant des biotopes différents. Il est
évident que la diversité des macromycètes récoltés et la richesse en espèces sont étroitement
liés au nombre de prospections effectuées dans chaque parcelle pendant les périodes de
fructification et également aux conditions climatiques annuelles favorables au développement
de ces champignons. L’analyse de cet inventaire est basée sur l’intégration des données de
taxonomie classique et moléculaire qui s’appuient sur les analyses phylogénétiques.
On constate que dans la parcelle PII prospectée à quatre reprises, nous avons récolté
16 espèces tandis qu’en PIII, 13 espèces seulement ont été récoltées au cours de 5
prospections; certaines espèces sont retrouvées à chaque visite. Dans la parcelle IV, occupant
une superficie plus importante que les trois autres parcelles, nous avons récolté 28 espèces au
cours de 19 prospections (Figure 68).
Ces résultats montrent qu'il existe une corrélation entre la superficie des parcelles, le
nombre de prospections et la diversité des espèces recensées. D’autres facteurs peuvent
également contribuer dans l’évaluation de la richesse fongique d’un écosystème forestier, en
particulier l’intensité des recherches au cours des prospections, les caractéristiques
écologiques des espèces ainsi que la dimension des sporophores (discernables ou non sur le
terrain). La rareté ou l’absence de sporophores dans la parcelle PI serait probablement due à la
quantité insuffisante d’humus, substrat essentiel pour les espèces fongiques détriticoles et
159
humicoles qu’on regroupe dans le type trophique saprophyte. En effet, cette parcelle (PI) de la
forêt constitue une partie récréative du parc (Figure 69) et le sol est piétiné et mit à
nu, ce qui nuit aussi aux champignons mycorhiziens. Par ailleurs, au cours de nos
prospections, nous avons souvent rencontré des bergers qui font pâturer leurs troupeaux de
moutons dans cette parcelle de forêt pour profiter des ressources fourragères situées sous les
arbres.
Figure 68: Nombre de sporophores et d’espèces fongiques récoltés dans les quatre parcelles
prospectées de 2010 à 2013.
En effet, dans la parcelle PI où le nombre de prospections est très réduit, nous avons
récolté 4 espèces fongiques car cette parcelle fait partie de la forêt récréative de la ville
d’Oran et ses alentours, elle contient une seule essence forestière et la pression anthropique y
est intense. Les parcelles PII, PIII et PIV sont au contraire, plus arborées (Figure 69) et moins
anthropisées ce qui explique l’abondance (Figure 68) et la diversité des champignons récoltés
au cours de nos prospections.
160
Parcelle I Parcelle
II
Parcelle III Parcelle IV
Figure 69: Vue générale des quatre parcelles prospectées au cours de notre étude.
IV. 1. 1. 1. Classification des espèces fongiques récoltées
Notre méthodologie consiste à comparer, les séquences ITS de nos échantillons avec
des séquences similaires trouvées dans GenBank et dans des articles décrivant la phylogénie
du genre, puis évaluer des critères phylogénétiques ou taxonomiques. Les données obtenues,
combinées à d'autres données disponibles (origine géographique, biotope, espèces forestières
dans notre zone d'étude, bibliographie, hôtes (dans le cas des espèces mycorhiziennes) ont
permis de capitaliser davantage de connaissances sur le biotope étudié, la population, les
espèces trouvées et leurs migrations potentielles.
Nous avons concentré notre intérêt sur les champignons du littoral du pourtour
méditerranéen, adaptés au sol calcaire et associés au chêne liège.
Le Tableau 17 reprend les résultats des identifications en précisant les auteurs des espèces,
les échantillons dont les séquences ont été utilisées pour les différentes analyses
phylogénétiques et les parcelles sur lesquelles les sporophores ont été collectés.
161
Tableau 17: Espèces récoltées dans la forêt de M’Sila et identifiées. En gras: les échantillons
séquencés ; a: échantillon choisi pour l’analyse phylogénétique.
N° de
Famille Espèce
l’échantillon
Agaricales (Plutoid/II)
Amanitaceae Amanita ovoidea (Bull.) Link, 1833 CM004
Pluteaceae Volvopluteus gloiocephalus (DC.) Justo 2011 CM042a
Melanoleuca turrita (Fr.) Singer 1935 CM019a
Agaricales (Hygrophoroid/III)
Hygrophoraceae Hygrocybe sp. CM016a
CM001
Omphalotaceae Omphalotus olearius
CM014a CM017a
Agaricales (Marasmioid/IV)
Physalacriaceae Armillaria tabescens (Scop.) Emel 1921 CM069
Agaricales (Trichlomatoid/V)
Lyophyllum littoralis(BalleroetContu) Contu
Lyophyllaceae CM046CM048a
1998
Tricholomataceae Tricholoma caligatum (Viv.) Ricken 1914 CM030a
Tricholoma batschii Gulden 1969 CM031a
Lepistasordida (Schumach.) Singer 1951 CM003a
Infundibulicybe gibba (Pers.) Harmaja 2003 CM052a CM064CM049CM085
Agaricales (Agaricoid/VI)
Hebeloma limbatum Beker, Vesterh. et U.
Hymenogastraceae CM023a
Eberh. 2016
Inocybaceae Inocybe aff. Tigrina (PN sp.) CM005 CM024a
Inocybe cervicolor (Pers.) Quél. 1886 CM035a CM041a
Inocybe tigrina R. Heim 1931 CM013a CM033a,
Inocybe malenconii R. Heim 1931 CM010a CM015 CM054 a
Inocybe aff.agardhii CM092a CM080a
Inocybe rufuloides Bon 1984 CM044a
Gymnopileae Gymnopilus spectabilis (Fr.) Singer 1828 CM087a
Cortinariaceae Cortinarius sp. (PNsp.) CM082a
Cortinarius palazonianus Vila, A. Ortega
CM053a
etFdez.-Brime 2014
Psathyrellaceae Psathyrella cf. candolleana CM037a CM022a
Psathyrella sp. CM045
Agaricaceae Agaricus devoniensis P.D. Orton 1960 CM043a
Agaricus aff. essetei CM020a CM028a CM034a
Agaricus argenteus Braendle 1899 CM070 CM071
Agaricus freirei Blanco-Dios 2001 CM009a
Agaricus littoralis (Wakef. et A. Pearson) Pilát
CM057a
1952
162
Agaricus nevoi Wasser 1995 CM102a

Lycoperdon radicatum Durieuet Mont. 1848 CM073a CM036 CM032a
Macrolepiota. aff.phaeodisca (PN sp.) CM075a
Famille Espèce N° de
l’échantillon
Macrolepiota cf. mastoïdea CM081a
Macrolepiota cf. mastoïdea CM027a
Macrolepiota procera (Scop.) Singer 1948 CM098a
Macrolepiota aff. phaeodisca CM099
Bolétales
Sclerodermataceae Gyroporus aff. castaneus CM061
Scleroderma verrucosum (Bull.) Pers. 1801 CM094 CM078 CM086 CM077
Rhizopogonaceae Rhizopogon sp. CM084
Suillaceae Suillus sp. CM051
Suillus aff. Collinitus (S. collinitus 2) CM063a
Suillus bellinii (Inzenga) Kuntze 1898 CM108a
Suillus bellinii (Inzenga) Kuntze 1898 CM112a
Suillus bellinii (Inzenga) Kuntze 1898 CM050 CM055 CM006a CM018
Boletaceae Boletus subtomentosus L. 1753 CM066
Xerocomus sp. CM058
Boletus tomentosus Raddi 1808 CM060
Russulales
Russulaceae Russula sp.1 CM072
Russula sp.2 CM101
Russula sp.3 (PN sp.) CM029a
Russula sp.4 CM115
Lactarius sanguifluus (Paulet) Fr. 1838 CM002a CM012 CM088
Steraceae Stereum hirsutum (Willd.) Pers. 1800 CM093
Stereum sp. CM040
Polyporales
Polyporaceae Perenniporia ochroleuca (Berk.) Ryvarden 1972 CM011
Théléphorales
Bankeraceae Boletopsis sp. (PN sp.) CM104 à CM114
CM105 CM107a CM109 CM111
CM114
163
IV. 1. 1. 2. Biologie des espèces fongiques récoltées
L’identification a porté sur 114 sporophores récoltés au cours de notre étude. Nous avons
réussi à identifier 90 taxons par les méthodes de la biologie moléculaire. Ceci nous a permis de les
répartir dans 20 familles, 9 ordres, 29 genres et 43 espèces dont 29 sont ectomycorrhiziennes et 24
saprophytiques. 28 de ces espèces sont connues et 16 ont des séquences inconnues dans GenBank
dont 6 sont potentiellement nouvelles, 4 ectomycorhiziennes : Boletopsis sp., Russula sp.3., Inocybe
aff. tigrina, Cortinarius sp. et 2 saprophytes : Hygrocybe sp., Macrolepiota aff. phaeodisca
(Tableau 17). Trois parasites ont été repérés mais n’ont pas fait l’objet d’analyse au cours de cette
étude.
La Figure (70) montre que les champignons mycorhiziens sont relativement plus abondants que les
saprophytes. Richard et al. (2004) ont montré que le faible taux de matière organique dans un sol
est plus favorable aux champignons mycorhiziens qu’aux saprophytes. Nos résultats corroborent
ceux de ces auteurs, l’analyse physico-chimique du sol de la forêt de M’Sila a montré un
pourcentage en matières organique faible (0.3-1.2) (cf. résultat zone d’étude).
60
40
Nbr de taxon
20
0
myco sapro parasite
Figure 70: Inventaire des taxons récoltés dans la forêt de M’Sila.
Les espèces saprotrophes sont présentes dans les parcelles PII, PIII et PIV avec une
dominance dans les parcelles PII et surtout PIV. Par contre, elles sont presque absentes dans la
parcelle PI dans laquelle seuls 4 échantillons ont été récoltés (Figure 71).
164
16
14
12
10 PI
8 PII
6 PIII
4 PIV
2
0
Sapro Myco
Figure 71: Biologie des espèces fongiques par parcelle prospectée.
Les espèces fongiques saprotrophes les plus abondantes sont représentées par les genres
Agaricus et Macrolepiota (Figure 72) Les espèces ectomycorhiziennes les plus abondantes sont
représentées par les genres Inocybe, Russula et Suillus (Figure 73).
Volvopluteus Stereum
Psathyrella
Agaricus
Perenniporia
Omphalotus Lycoperdon
Gymnopilus
Macrolepiota Hygrocybe
Melanoleuca
Infundibulicybe
Lepista
Lyophyllum
Figure 72: Espèces fongiques saprotrophes identifiées au cours de notre étude

dans la forêt de M’Sila.
Les champignons mycorhiziens sont plus abondants généralement dans des zones boisées où
la végétation est dense avec la présence de chêne liège, Pin d’Alep, arbousier, Chêne kermès et
d’espèces herbacées. Dans la parcelle PIV, on rencontre essentiellement le Chêne liège, Pin d’Alep
et quelques Pins pignon, le sol est plutôt nu sauf au printemps où c’est le trèfle qui recouvre le sol.
165
Nos observations rejoignent les analyses de Richard et al. (2004; 2005) et Azul et al. (2009)
qui ont signalé que la mycoflore des forêts méditerranéennes est très diverse et qu’elle dépend aussi
bien de la composition de la forêt que des strates végétales.
Xerocomus Amanita
Boletus Boletopsis
Tricholoma Cortinarius
Gyroporus
Suillus Hebeloma
Rhizopogon
Inocybe
Russula
Scleroderma Lactarius
Figure 73 : Espèces mycorhiziennes identifiées au cours de notre étude

dans la forêt de M’Sila.
Enfin, il est important de signaler que les quatre parcelles de la forêt de M’Sila prospectées
(2010 à 2013 ) regroupent une grande diversité d’espèces fongiques représentées actuellement par
90 taxons. Ce précieux patrimoine doit être préservé et régulièrement recensé. Ce nombre de taxons
connaîtra probablement un accroissement significatif suite à des travaux systématiques
complémentaires qui seront entrepris ultérieurement par d’autres chercheurs. Selon Guinberteau et
Courtecuisse (1997), il faudra 7 à 12 ans de prospections pour établir un diagnostic concret de la
diversité fongique d’un milieu.
IV. 2. Analyse des séquences
Parmi les 40 espèces différentes pour lesquelles des séquences exploitables ont été obtenues,
24 séquences étaient identiques à des séquences présentes dans GenBank et 16 séquences nouvelles
ont été ajoutées. Des caractéristiques moléculaires nouvelles permettant de compléter la description
des espèces ont été précisées, par exemple pour Hebeloma limbatum. Un polymorphisme a parfois
été mis en évidence au sein d'individus, révélateur de l'état hétérocaryotique du champignon. Il
s'agissait soit d'hétéromorphisme dû à la présence de substitutions, dans la zone ITS, entre les
allèles présents dans les deux types de noyaux, soit d'indels révélés par des chromatogrammes
d'abord simples puis se prolongeant avec des pics doubles (H dans le Tableau 18). Ces
166
polymorphismes intra individus, généralement non analysés dans les travaux mycologiques
antérieurs, nous ont permis de donner des informations sur l'étendue du polymorphisme intra
spécifique et donc, parfois, de remettre en question l'existence d'espèces différentes, comme par
exemple pour Psathyrella cf. candolleana. Pour certaines espèces, des allèles propres aux
échantillons algériens ont été trouvés, suggérant l'existence de populations particulières à l'Afrique
du Nord.
Détermination des spécimens
Nous avons distingué, à partir de plus de 100 sporophores récoltés en 3 ans, différentes
situations rencontrées à différent niveau de la classification des basidiomycètes.
Nous avons pu confirmer par l'analyse moléculaire des zones ITS, dans 11 et 16 cas pour
l'Algérie et l'Afrique du Nord respectivement (CM, Tableau 18), la présence d'espèces déjà
signalées par le passé mais faisant suite à des travaux s'appuyant sur des critères anatomo-
morphologiques. Dans 22 et 16 cas (PI, Tableau 18), nous avons pu démontrer pour la première
fois en Algérie et en Afrique du Nord respectivement, la présence d'espèces déjà connues sur
d'autres continents. Enfin six espèces potentiellement nouvelles (PN sp. Tableau 18) ont été
repérées, dont deux pour lesquelles des séquences très proches (du même clade) avaient déjà été
publiées, mais sans qu'aucune espèce n'ait été décrite. Pour ces six espèces, un complément de
recherche bibliographique permettra de déterminer si elles ont déjà été décrites mais sans qu'aucune
séquence de la zone ITS n'a jamais été publiée. Si ce n'est pas le cas, une description de ces espèces
nouvelles devra être publiée, en s'appuyant si possible sur des spécimens frais pour compléter cette
description.
Dans la situation idéale, notre échantillon correspond à une espèce déjà connue, bien
délimitée, dont le type, a déjà été séquencé et notre séquence est la même que celle du type. Notre
échantillon appartient donc à cette espèce. Nous cherchons alors dans la bibliographie si cette
espèce a déjà été signalée en Algérie ou en Afrique du Nord. Nous cherchons si une séquence de la
zone ITS de cette espèce provenant d’Algérie ou d'Afrique du Nord a déjà été déposée dans l’une
des deux bases de données GenBank (INSDC) et Unite. Si ce n’est pas le cas nous déposons notre
séquence dans la base GenBank avec toutes les informations utiles sur le lieu et la date de récolte, le
numéro de l’échantillon dans l’herbier de Montpellier où l’échantillon séché a été déposé et nous
associons dans la thèse la ou les photo(s) de l’échantillon qui a été séquencé. Les photographies
pourront ultérieurement être déposées dans une base de données en ligne telle que Face of fungy
(FOF), Unite ou Fliker.
167
Cependant, nous ne sommes pas souvent dans la situation idéale, et les relations entre la
structuration phylogénétique et la structuration taxonomique, basée sur le concept de classification
phénotypique, sont très variables. Pour l’interprétation des résultats, la complexité des situations
rencontrées a souvent rendu notre travail difficile.
Tout d'abord, certains genres créés d'après la morphologie et l'anatomie des sporophores
sont polyphylétiques. C'est le cas des genres Lepista et Clitocybe. La résolution de ce problème ne
faisait pas l'objet de notre travail, mais le nom de genre que nous avons attribué dans ces cas risque
fort d'être modifié dans un proche avenir.
Pour certaines espèces, la correspondance entre le clade auquel appartient notre échantillon
et une espèce déjà décrite d'après son phénotype macro et microscopique est mal établie. Par
exemple pour l'espèce Tricholoma caligatum, 5 clades différents contiennent encore des séquences
considérées par les mycologues comme appartenant à cette espèce, alors que nous avons montré
qu'il s'agissait de 5 espèces différentes. L'échantillon type de la plus part des espèces n'a jamais été
séquencé, parfois il n'existe plus. Dans certains cas, nous avons considéré que des séquences
d'échantillons provenant du pays ou de la région identique à ceux d'où provenait le spécimen qui
avait servi à décrire l'espèce, pouvaient être utilisées pour caractériser l'espèce au niveau de la
séquence ITS. Ce fut le cas pour Lycoperdon radicatum, décrit pour la première fois en Algérie en
1848 par Durieu, mais auquel deux clades différents pouvaient correspondre d'après deux articles
récents. C'est notre étude qui a permis de déterminer, avec l'argument géographique et la séquence
de notre échantillon, lequel des deux était le bon.
Parfois, la séquence de notre échantillon différait d'un clade clairement associé à une espèce
déjà décrite. Cependant la différence se situait aux environs de la valeur seuil permettant de séparer
le polymorphisme intraspécifique du polymorphisme interspécifique. D'autres échantillons auraient
été nécessaires et/ou le séquençage d'autres gènes, ou encore la présence d'un polymorphisme de la
zone ITS chez un même individu, ou enfin des expériences de croisement, afin de trancher et
d'affirmer l'existence d'une seule espèce ou de deux. Une situation analogue a aussi été rencontrée,
mais pour laquelle aucune espèce n'avait encore été associée au clade formé par des espèces déjà
publiées. Parfois, une polémique était en cours pour la dénomination d'une espèce, certains auteurs
s'appuient sur un usage très répandu, et d'autres sur la rigueur des règles officielles de la taxonomie.
Le cas des complexes d'espèces constituait aussi une situation difficile. Par exemple plusieurs
espèces proches mais de phénotypes différents ont été décrites, mais toutes les séquences sont
réunies dans un seul clade, sans qu'aucune caractéristique moléculaire au niveau de la zone ITS ne
permet de confirmer l'existence d'une seule de ces espèces. Dans ce cas, il se peut que la zone ITS
168
ne soit pas le bon marqueur pour différencier ces espèces au niveau moléculaire, mais il se peut
aussi que nous ayons à faire à une seule espèce mais très polymorphe. C'est la situation que nous
avons rencontré pour Psathyrella cf. candolleana.
Dans d'autres cas, le complexe d'espèces est formé de clades clairement distincts, mais sans
qu'un nom d'espèce soit nettement associé à chaque clade, des mycologues ayant donné le même
nom à des entités correspondant à des séquences appartenant à des clades différents et plusieurs
noms différents se retrouvant en mélange dans le même complexe. Il s'agit généralement d'espèces
très délicates à distinguer par le phénotype.
169
Tableau 18: Bilan des résultats des analyses phylogénétiques des espèces étudiées.
Espèce Photo Comestiblili Trophisme2 Hôte3 Nature Séquences5 Polymorphisme Espèce7 Première mention Divergence
té1 (C/T) du sol4 intra individus6 et confirmation "espèces
moléculaire8 morphologiques"
/"espèces
phylogénétiques"9
Algérie Afrique du
Nord
Agaricus aff. S I PI PI
argenteus
Agaricus aff .essetei S I PI PI
Agaricus devoniensis C S I PI PI
Agaricus freirei P S I PI PI
Agaricus littoralis P S I PI CM
Agaricus nevoi S I PI PI
Amanita ovoidea Ca M nd
Armillaria tabescens C S nd
Boletopsis sp. p M N PN sp. d CM une séquence
marocaine
dans UNITE
Boletus M nd
subtomentosus
Boletus tomentosus M nd
c
Cortinarius P M A I PI PI
palazonianus
Cortinarius sp. P M N PN sp. PI PI
Gymnopilus P T S I CM CM
spectabilis
Gyroporu s aff. M N
castaneus
Hebeloma limbatum T M HH Q; HP Q C I PI PI
suber
170
/"espèces
phylogénétiques"9
Hygrocybe sp. T S N PN sp. Algérie Afrique du
Nord
Infundibulicybe P M HH Q et C N CM CM
gibba
Inocybe aff. agardhii P T M N PI PI CME
Inocybe aff. tigrina P T M HH Q; N PN sp. PI PI
Inocybe cervicolor T M N H PI CM CME
Inocybe malenconii P T M I H PI PI CME; CL
Inocybe rufuloides T M I PI PI
Inocybe tigrina T M I H PI PI
b
Lactarius C M tardif HP Pinus C I CM CM
sanguifluus halepensis
Lepista sordida C S I PI CM CME
Lycoperdon P S N H CM CM CME; CC; CLe
radicatum
Lyophyllum littoralis S HP P. N H PI PI
halepensis
Macrolepiota cf. S I CM CM CME

mastoïdea
Macrolepiota C S N H CM CM
procera
Macrolepiota. aff. p S N PN sp. PI PI
phaeodisca
Melanoleuca turrita S HP P. I CM CM CME
halepensis
Omphalotus olearius T S N CM CM
Perenniporia S I
ochroleuca
171
/"espèces
phylogénétiques"9
Algérie Afrique du
Nord
Psathyrella cf. P S N H CM CM Psathyrella cf.
candolleana candolleana
Psathyrella sp. S nd
Rhizopogon sp. M nd
Russula sp.1 M nd
Russula sp.2 M nd
Russula sp.3 M N PN sp. PI PI
Russula sp.4 M nd
Scleroderma T M I nd nd
verrucosum
Stereum hirsutum S I nd nd
Stereum sp. S nd nd nd
Suillus aff.Collinitu M HP P. C N H PI CM CME
(S. collinitus2) halepensis
Suillus bellinii M HP P. C N/I H PI CM

halepensis ;
Q?
Suillus sp. M nd
Tricholoma batschii M HH F et C C I H PI CM
Tricholoma C M HH C ;HP C I CM CM CME;CC;CL
caligatum ou Q
Volvopluteus S I CM CM
gloiocephalus
Xerocomus sp. M N nd nd
172
Légende :
1. C/ comestible; T: Toxique
2. M: Mycorhizien; S: Saprophyte
3. HH: Hôte habituel; HP: hôte présumé ; C: conifère; F: feuillus ; Q: genre Quercus
4. Espèce connue sur ou préfèrent sol , C: calcaire; A: acide
5. I: Séquence identique à séquence connue; N:séquence nouvelle
6. Polymorphisme intra individu, hétéromorphisme ou indel (H)
7. PN sp.: Espèce potentiellement nouvelle
8. PI: Première identification (Espèce nouvellement identifiée sous réserve (certains documents bibliographiques anciens non trouvés)); CM:
Confirmation moléculaire de la présence de l'espèce ne Algérie et/ou au Maghreb
9: Correspondance entre clade et espèce morphologique mal établie (CME) mais clade de l'échantillon précisé; Correspondance clarifiée (CC);
confusion entre plusieurs espèces levée (CL)
a
comestible mais risque de confusion avec espèce mortelle (Amanita ovoidea)
Cb Lactarius sanguifluus , il existe un marché
Ac: première collecte sur sol calcaire, Cortinarius palazonianus
d
: confirmation nouvelle espèce (cf. discussion) Boletopsis sp. PN sp.
173
IV. 3. Adaptation au biotope et choix des espèces pour mycorhizer les

jeunes plants
Certaines espèces fongiques sont connues pour préférer les sols calcaires, d’autres sont
indifférentes à la présence de calcaire et d’autre préfèrent les sols acides (Tableau 19). Les
deux premières catégories pourraient être de bon candidats pour tester l’aptitude des espèces,
trouvées dans la forêt de M’Sila, à favoriser l’implantation du Chêne liège sur un terrain qui
ne lui est pas très favorable (calcaire partiellement décalcifié). Cependant, il faut s’assurer que
l’hôte est bien le chêne liège et non le pin d’Alep.
Parmi les champignons que nous avons identifiés, nous avons trouvé dans la
bibliographie des données concernant leurs plantes hôtes habituelles ainsi que sur la nature du
sol sur lequel ils se développent. Cortinarius palazoniaus mycorhize les Cistaceae, Quercus
suber et d’autres chênes à feuilles persistantes. Il pousse au sein des communautés adaptées à
la sécheresse en climat méditerranéen, sur sol siliceux acide (Fernandez-Brime et al., 2014).
Tableau 19: Données écologiques sur quelques espèces de champignons mycorhiziens

trouvées dans la forêt de M'Sila ou espèces immédiatement apparentées.
Statut
Préférence pour Préférence pour
nutritif du Hôte préféré
les sols calcaires l'humidité du sol
sol préféré
Oui, encore
Hebeloma Genre Quercus
jamais trouvé sur
limbatum principalement
sol acide
Inocybe.
Non Riche Intermédiaire Gymnosperme
cervicolor
Généraliste, a été
Non Intermédiaire, a été
trouvé sous chêne
A été trouvé sur trouvé dans les
I. malenconii Pauvre vert et chêne
sol à pH 8,3 dans Pyrénées avec 572
coccifera dans les
les Pyrénées mm de pluie/an
Pyrénées
I. agardhii var.
Oui Pauvre Sec Gymnosperme
areneria
I. rufuloides Non Pauvre Intermédiaire Généraliste
I. tigrina Pas de données
174
C’est donc la première fois, dans notre étude que Cortinarius palazonianus est signalé
sur sol calcaire en partie décalcifié (pH 7.2-8.2 selon l’horizon considéré).
Pour certaines espèces d’Hébélomes et d’Inocybes collectées au cours de cette étude,

certaines données écologiques reportées dans le Tableau 19 proviennent des publications
d’Eberhardt et al. (2016) et de Ryberg et al. (2010). Trois espèces, malheureusement non
comestibles, sont proposées par ces auteurs comme candidates pour la mycorhization des
jeunes plants de Quercus suber il s’agit de Hebeloma limbatum, Inocybe malenconii et I.
rufuloides.
En effet, ces trois espèces ont été trouvées dans la forêt de M’Sila sur sol calcaire
partiellement décalcifié ; à notre connaissance, H. limbatum n’a été trouvé jusqu’à présent que
sur sol calcaire, tandis que les deux Inocybes n’ont pas de préférence particulière pour les sols
calcaires. H. limbatum est un mycorhizien trouvé principalement sous Quercus et les deux
Inocybes sous feuillus et sous gymnospermes. Les hébélomes sont généralement des
champignons mycorhiziens des jeunes arbres. Enfin, H. limbatum est une espèce dont l’aire
de répartition connue est le sud de l’Europe avec quelques rares spécimens trouvés plus au
nord (Hollande), et les hôtes auxquels elle est associée sont généralement des chênes de
régions sèches (Q. ilex, Q. suber). C’est donc bien une espèce adaptée à un climat sec. Les
deux Inocybes sont considérés comme ayant une préférence intermédiaire (entre sec et
humide) pour l’humidité du sol (Ryberg et al., 2010).
Adaptation au climat méditerranéen:
Deux espèces H. limbatum et Lycoperon radicatum ont été rapportées sur les
continents nord-africain et nord-américain. La première a été trouvée en Californie soumise
aussi à un climat méditerranéen, l’autre dans l'Ohio. Certains Lycoperdons sont à la fois
saprotrophes et mycorhizogènes (http://www.smhv.net/les_hautes_vosges.ws), mais nous
n'avons pas trouvé de confirmation du caractère éventuellement mycorhizogène de L.
radicatum.
175
IV. 4. Perspectives:
Notre étude n’est pas exhaustive et notre échantillonnage représente certainement
qu’une petite partie de la richesse fongique de la forêt de M’Sila. D’autres espèces candidates
pour la mycorhization des jeunes plants de chêne liège pourront sans doute être identifiées. En
particulier, les mycorhizes présentent sur les racines de jeune chêne liège issus de semis
naturels devront être étudiées pour déterminer les espèces fongiques associées aux premiers
stades de développement de ces arbres.
Des espèces fongiques mycorhiziennes, non recherchées au cours de nos prospections,

devront aussi être étudiées. Il s’agit d’une part des espèces à fructification hypogé (Tuber,
Hymenogaster…), des espèces à fructification rare et discrète (Tomentella, Cenococcum) et
des espèces endomycoriziennes (Glomales).
IV. 5. Remarques sur la démarche utilisée
Sans être des experts de chacun des genres auxquels nous avons eu à faire, nous avons
apporté des données utiles et de nouvelles questions auxquelles il conviendra de donner des
réponses dans des travaux ultérieurs.
Voici différents aspects de la connaissance mycologique que la combinaison des données

phylogénétique et taxonomique obtenues et des données publiées pourront faire progresser :
➢ Écologie
➢ Taxonomie géographique
➢ Connaissance des populations
➢ Migrations
➢ Polymorphismes intra-spécifique
Nos données permettront d'aider à l'identification de populations nouvelles et

originales (chez Infundibulicybe gibba par exemple), à repérer des migrations d'espèces
fongiques (cortinaires, Psathyrella) en particulier en traversant la mer Méditerranée.
L'identification de l’hôte et la détermination de l'écologie de l’espèce sont difficiles à

réaliser dans le cas des forêts mixtes. De plus, on met parfois en évidence la migration d’une
espèce vers un nouvel hôte comme cela a été récemment montré par des travaux iraniens sur
des pins récemment plantés.
176
Les études moléculaires portant sur des mycorhizes devront être réalisées dans nos
travaux ultérieurs. Les outils de biologie moléculaire permettent en effet d’être sûr de
l'identification du champignon présent au sein d'une mycorhize même si l’on a pas pu mettre
un nom sur l’espèce.
La biologie moléculaire (BM) a par exemple permis de montrer que C. palazonianus

d’Algérie sur sol calcaire partiellement décalcifié, est la même espèce que celle déjà décrite
mais uniquement sur sol acide. Donc la BM aide à vérifier la tolérance étendue de cette
espèce par rapport à ce paramètre qui est très limitant pour certaines essences forestières
comme le chêne liège. Par la mycologie classique on aurait pu supposer l’existence de deux
espèces différentes puisque deux biotopes différents.
Les personnes qui prospecterons à nouveau cette région de l'Algérie auront des
indications utiles et pourront rechercher plus particulièrement les espèces que nous avons
repérées comme potentiellement nouvelles. Ils pourront, avant d'aller sur le terrain rechercher
les caractères important à examiner pour distinguer l'espèce potentiellement nouvelle des
espèces proches, caractères nécessitant parfois d'étudier des exemplaires frais.
IV. 6. Conseil pour ceux qui voudraient utiliser cette méthodologie
Pour les espèces connues les photographies et les échantillons d’herbier seront
archivés, la détermination moléculaire est déjà publiée.
Risque d’être trompé par les caractéristiques d’une espèce et de passer à côté d’un
échantillon très intéressant si on n’analyse pas au moins 1 spécimen de chaque type (ex : cas
des Agaricus bisporus tétrasporés Article (1993) (Callac-Imberon-Billette). On aurait pu ne
pas découvrir cette nouvelle variété si on avait cherché que des bisporus typiques et que l’on
avait éliminé tout ce qui n’était pas bisporé. La BM permet de déterminer qu’on a affaire à un
bisporus alors que l’échantillon n’a pas les caractéristiques de bisporus.
Avant de partir en prospection, prévoir des tubes Eppendorf contenant une solution de
CTAB, un séchoir à légumes transportable ou un dessiccateur réalisé avec une ou deux
ampoules utilisables dans une chambre d’hôtel. On peut aussi utiliser les cartes "FTA Plant
Card" (Whatman) (http://femaleandfungi.com/2014/07/15/using-dna-for-fungi-conservation-
an-interview-with-noah-siegel/).
Par ailleurs, selon le mycologue Pierre-Arthur Moreau (comm. pers.), le catalogue

complet des données bibliographiques sur l’inventaire des champignons forestiers en Algérie
177
reste encore à réaliser. À notre connaissance, aucune étude n’a été effectuée en Algérie sur les
basidiomycètes forestiers par les méthodes de la biologie moléculaire.
Dans le livre "Les noms qui changent" de Courtecuisse et Moreau (2013), il est
conseillé de ne pas se "jeter" immédiatement sur les articles les plus récents pour attribuer un
nom à un taxon. Nous avons rencontré un exemple de ce type. En effet, dans le cas des
Suillus, l’article le plus récent n’est pas bien documenté et nous avons choisi d'attribuer le
même nom que celui donné par une publication de Moreau et al. (2015), publication qui n'est
pas la plus récente sur le sujet.
178
Conclusion
Conclusion générale
CONCLUSION GÉNÉRALE
Malgré les limites méthodologiques développées tout au long du document, nous sommes
parvenus à trouver des résultats intéressants sur la diversité des basidiomycètes de la forêt de
M’Sila.
Ce travail a permis :
 Un enrichissement d’un herbier référencé (Herbier MPU de l’Université de Montpellier)

par des champignons algériens, avec pour la première fois pour notre pays les données
moléculaires et des illustrations de certains échantillons (Photos prises lors de la
collecte).
 Une actualisation de la connaissance sur les champignons algériens.
 Et enfin un enrichissement des bases de données internationales (GenBank , Unite) avec
des séquences de la zone ITS de l’ADNr d’espèces fongiques méconnues du pourtour
méditerranéen.
Si l’on compare notre travail aux études antérieures réalisées en Algérie, on peut noter les points
suivants :
Les études réalisées en Algérie par des mycologues renommés (René Maire, Malençon
et Bertault) au début du siècle dernier s’appuyaient sur les méthodes anatomo-morphologiques
et de nombreuses descriptions des espèces trouvées ont été publiées. Cependant, ces méthodes
n’ont toujours pas la finesse de l’analyse moléculaire comme nous l’avons montré pour la
confusion qui a perduré entre Tricholoma caligatum, Tricholoma anatolicum et Tricholoma
matsutake.
Aucune étude spécifique de la mycoflore de la forêt mixte de chêne liège, pin d’Alep et
Arbousier d’Algérie n’avait été publiée.
Par ailleurs, peu d’études portent sur l’identification des champignons mycorhiziens du
chêne liège. Nous avons trouvé plus de publications concernant la mycoflore sous Quercus ilex
(Richard et al., 2004), Arbutus unedo (Richard et al., 2005) Pinus halepensis (Diaz et al., 1998).
Un inventaire de la mycoflore du Cedrus atlantica (Nezzar-Hocine et al, 1998) du

massif du Djurdjura en Algérie a été réalisé, mais le sol étudié (acide) et l’hôte (cèdre) étant
très différents et la quasi-totalité des espèces mentionnées diffèrent de celles que nous avons
identifiées. De plus, aucune donnée moléculaire n’est fournie et nous ne savons donc pas si les
177
espèces Tricholoma caligatum et Boletopsis leucomelaena identifiées sous cèdre correspondent

ou non d’une part au véritable T. caligatum et d’autre part à la nouvelle espèce de Boletopsis
que nous avons mis en évidence dans la forêt de M’Sila.
Si l’on compare aux études antérieures réalisées sous chêne liège, chêne vert, pin d’Alep
dans le sud de l’Europe ou en Afrique du nord, de nombreux travaux d’inventaire limitent leur
identification au niveau du genre. Par exemple Lancellotti et al. (2013), ont fait une étude
comparative des mycorhiziens chez Quercus suber (malades et sains), cependant leur inventaire
ne va pas au-delà du genre. Le caractère général de ces inventaires nous a empêché de comparer
les espèces présentes dans les différents biotopes et aux différentes positions géographiques.
Parfois les séquences de la zone ITS sont disponibles, comme dans le cas du séquençage de très
nombreux échantillons de l’herbier italien de Venise (Osmundson et al., 2013) mais comme le
signalent ces derniers auteurs, la détermination de l’espèce de certains échantillons la
détermination de l’espèce n’est pas fiable, de plus le biotope d’origine (hôte pour les
champignons mycorhiziens, nature du sol) n’est pas indiqué.
Beaucoup de travaux de séquençage de la zone ITS des champignons, et en général les

travaux de métagénomique portant sur l’ensemble de l’ADN d’un sol, éliminent toutes les
séquences « de mauvaise qualité ». Par cette élimination, tous les échantillons
hétérocaryotiques portant une hétérozygotie avec un indel dans la zone ITS sont écartés car une
portion de la séquence est double, et donc interprétée comme de mauvaise qualité. Dans certains
cas, un clonage est réalisé systématiquement, mais un seul clone est séquencé si bien que la
séquence d’un seul haplotype est déterminée. L’exploitation des chromogrammes difficiles à
interpréter nous a permis, par une étude approfondie, de déterminer les deux haplotypes (L et
C) pour 6 échantillons (I. cervicolor CM041, I. malenconii CM054, Psathyrella cf. candolleana
CM022, Macrolepiota procera CM098), Psathyrella cf. candolleana CM037, Inocybe
rufuloides CM044
Par ailleurs, nous avons proposé une méthodologie fiable pour l’identification de la
diversité fongique d’une région à la mycoflore encore non explorée.
Alors qu’on aurait pu s’attendre à trouver les mêmes espèces que celles déjà décrites par
Maire et al. (2009), Malençon et Bertault (1970, 1975) en Algérie et au Maroc et celles connues
dans le pourtour méditerranéen, nous avons trouvé 4 espèces potentiellement nouvelles (I. aff.
tigrina (I. Pn. sp.), Cortinarius Pn. sp., Macrolepiota aff.phaeodisca (M. Pn. sp.), Boletopsis
178
Pn. sp.1), encore jamais décrites et 22 espèces dont (Hebeloma limbatum) déjà connues mais
jamais signalées en Algérie.
Le chêne liège n’est pas adapté à pousser sur sol calcaire. Dans la forêt que nous avons
étudiée, le sable calcaire est en partie décalcifié dans les couches superficielles du sol, ce qui a
permis au chêne liège de se maintenir. Dans ce contexte, on pouvait s’attendre à trouver des
espèces fongiques particulières associées au chêne liège, l’aidant à prélever les sels minéraux
dont il a besoin et à supporter l’excès de calcaire. La poursuite des comparaisons des
mycorhiziens du chêne liège sur ce type de sol et sur sol acide permettra de mettre en évidence
les espèces propres à ce type de sol. Des essais de co-culture sur sol calcaire en comparaison
avec des cultures sans partenaire mycorhizien devraient permettre de vérifier le rôle apporté par
le champignon mycorhizien et d’aider à choisir l’espèce ou les espèces les plus appropriées
pour la reprise après plantation.
Le pin d’Alep, comme les autres pins, a tendance à acidifier le sol en surface par la
décomposition de ses aiguilles. Il rend sans doute ainsi le sol plus propice à l’implantation du
chêne liège. Le maintien d’un mélange des deux essences est donc probablement favorable au
bon développement du chêne liège. Il est donc utile de s’intéresser aussi aux mycorhiziens du
pin d’Alep dont certains sont de plus des comestibles estimés (exemple Tricholoma caligatum).
179
Références
Bibliographiques
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Index
fungorum).http://www.indexfungorum.org/names/NamesRecord.asp?RecordID=480054).
198
Annexes
a
ANNEXE IDonnées climatiques
Tableau : Calcul de l'indice d’aridité dela zone d’étude selon De MARTONNE (1942):
Année Pannuelle Tmoy-an Iannuel

1980 359.60 17.20 13.22
1981 190.60 17.26 6.99
1982 320.70 17.61 11.62
1983 171.70 17.48 6.25
1984 408.80 17.04 15.12
1985 256.50 17.81 9.22
1986 392.70 17.50 14.28
1987 322.00 18.34 11.36
1988 263.40 18.05 9.39
1989 272.70 18.76 9.48
1990 457.10 18.29 16.16
1991 350.70 17.33 12.83
1992 339.40 17.23 12.46
1993 309.60 17.30 11.34
1994 231.30 18.54 8.10
1995 404.20 18.61 14.13
1996 346.10 17.88 12.42
1997 285.30 18.70 9.94
1998 226.40 18.28 8.01
1999 420.70 18.37 14.83
2000 259.50 18.09 9.24
2001 482.00 18.52 16.90
2002 259.20 18.29 9.16
2003 391.00 18.77 13.59
2004 379.90 18.38 13.39
2005 272.10 17.81 9.79
2006 324.50 18.82 11.26
2007 512.60 18.01 18.30
2008 418.00 18.39 14.72
2009 285.40 18.94 9.86
2010 422.90 18.81 14.68
2011 421.80 18.92 14.59
Annexe II
Bulletins d’analyse de terre
Fertial SPA Route des Salines
LABORATOIRE BP : 3088-23000 Annaba
AGRONOMIQUE BULLETIN D’ANALYSE DE TERRE Tel / Fa x : 038 53 94 05
Bulletin Parcelle I: PI
EXPLOITANT PARCELLE ECHANTILLON
BENAZZA MOUNIA Désignation : EAI N° :011761
Commune : BOUTLELIS Culture projetée: Prélevé le : 13/12/2012
Wilaya : ORAN Conduite : i/e Prof prélèvement :0-30 cm
CARACTERISTIQUES PHYSICO-CHIMIQUES DE LA PARCELLE
Granulométrie %
Argile 16
Limons 4
Sables 80
Texture : Limoneuse
Paramètres chimiques T.FAIBLE FAIBLE NORMAL ELEVE T.ELEVE

Conductivité (1/5 mS/cm) 0,04 non salé ------
pH eau (1/5) 7,24 neutre --------------------------------
% p.p.m
Calcaire total 0,01 100 -
Matière organique 0,3 2.800 ----
mé/100gr p.p.m
Phosphore assimilable (Olsen) 0,03 9,4 -------------------
Potassium échangeable 0,1 46,9 -----------
Magnésium échangeable 1,1 136,1 ------------------
Calcium échangeable 2,6 515,3 -------
Sodium échangeable 0,0 11,5 ----
Bulletin édité le 03/04/2013

Résultats analytiques
Email :Fertialcom@fertial-dz.com
Bulletin Parcelle II PII

BENAZZA MOUNIA Désignation : EAI N° :011757
Commune : ORAN Culture projetée : Prélevé le : 16/12/2012
Wilaya : ORAN Rendt Objectif : Prof prélèvement : 30 cm
Conduite : i
Granulométrie %
Argile 8
Limons 8
Sables 84
Texture : Sableuse

Conductivité (1/5 mS/cm) 0,12 non salé ------------------------
pH eau (1/5) 7,91 alcalin -----------------------------------------
% p.p.m
Calcaire total 12,8 128.200 ----------------------------
Matière organique 1,2 12.000 ---------------
mé/100gr p.p.m
Phosphore assimilable (Olsen) 0,04 11,8
----------------------
Potassium échangeable 0,2 82,1 --------------------
Magnésium échangeable 0,8 100,0 ---------------------
Calcium échangeable 8,0 1.600,0 -----------------------------------------------
Sodium échangeable 0,0 2,3 -
Bulletin édité le 03/04/2013
Il s’agit d’un sol léger, non salé, avec un drainage interne bon, et une capacité de rétention de l’eau
et des engrais faible . Le pH actuel du sol est alcalin. Le taux de matière organique dans le sol est
faible, la réserve calcaire est normale.
Bulletin Parcelle PIII

BENAZZA Mounia Désignation : privé N° :011765
Commune : ORAN Culture projetée Prélevé le : 13/03/2012
Wilaya : ORAN Rendt Objectif : Prof prélèvement : 0-20 cm
Conduite : sec
Granulométrie %
Argile 12
Limons 8
Sables 80
Texture : Limono - Sableuse

Conductivité (1/5 mS/cm) 0,04 non salé -----------
pH eau (1/5) 7,38 neutre -----------------------------------
% p.p.m
Calcaire total 0,01 100 -
Matière organique 0,8 8.400 -----------
mé/100gr p.p.m -------------------------
Phosphore assimilable (Olsen) 0,03 8,6
---------------------
Potassium échangeable 0,1 43,0
Magnésium échangeable 0,5 55,9 ----------
-------------
Calcium échangeable 3,5 693,7
Sodium échangeable 0,02 4,6 --
Bulletin édité le : 03-04-13
Il s’agit d’un sol léger, non salé ; avec un drainage interne bon et une capacité de rétention de l’eau
et des engrais faible. Le pH actuel du sol est neutre
Le taux de calcaire est très faible. La teneur de la matière organique est très faible.
ANNEXE III
Séquences entières
>SMB1 Trichoma caligatum

AAGGATCATTACTGAGTAAAGCTTGGTTTAGGCTGTTGCTGGCTCTTCTGAGGGCATGTGCACGTCTG
ACGACTCTTTCACCACCTGTGCACCTTTTGTAGACTTGGGATATTCGAGGAAGCTCGGTTTTCCGGTC
TATGTATCTTTATATATATAATCCAGTATTTCTTAGGATGTTATTCTAATGGGCTTAATTGCCTTTTA
AACTTATAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAA
GTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCC
AAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGAAATTCTCAACCTTTTCGGCTTTTGTTGATCAGGCTTGGAT
TTTGGGAGATATTGTAGGCTTCTTAGAAGTTTGCTCTCTTTAAATGCATTAGCAGAGCCCTTAGTTGT
TCTAGCATTTGGTGTGATAATTATCTACGCCATTGTGAACAATGCAATAAGAAAAGAGGCTCAGCATA
TAAAATGGTTTCGTGAGGGATCATTTCTGATATTTTTGACCTCAAATCAGGTAAGACTA
>SMB2 Russula sp. (PN. Sp.)

ACCTGCGGAAGGATCATTATCGTAAAACTGAGGNGCAAGGGCTGTCGCTGACTTTTGGTCGTGCACGC
CCGAGTGCTCTCAAACAATCCATCTCACCCTGTGCACCACCGCGTGGGTCCCCTTTTGGCTTGTCTCG
AGGGGGGCTTGCGTTTTCACACAAACTCGATACCGTGTAGAATGTCTCTTGCGATAACACGCAGTTAA
TACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAA
TGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGG
GGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAAATTCTCAAAAAACCTTTCTTTTGAAAGGCTTTTGGACTTGAAG
GCTTTTTGCTGGCTTTTGCCGGCTCCTTCCAAATGAATTAGTGGGGTCCGCTTTGTCGATCCTTGACG
TGATAAGATGTTTCTACGTCTCGGATTTGGCGACGCCTCTTGGGCACCTGCTTCTAACCGTCTTATGG
ACAATGATGGTGTTCCGGTCACCGCCGTTTCATCGGTCGGGAGGCTTGACCCACCAACAAAACCTTGA
CCTCAAATCGGGTGAGACTACCCGCTGA
>SMB3 Agaricus essetei

AAGGATCATTATTGAATTATGTTTCTAAATGGGTTGTAGCTGGCTCTTTAGAGCATGTGCACGCCTGT
TTGGACTTCATTTTCATCCACCTGTGCACCTATTGTAGTCTTTGGTTGGGTTAGGAGGAAGTGGTCAT
CCTGTCAGCATTTGCTGGATGTGAGGACTTGCATTGTGAAAACTGTGCTGTCYTTTATGTGATCATGA
AATCAYTTTCTCACCAGAGTCTATGTCTTTCATTATACTCTGTCGAATGTCATTGAATGTCTTTACAT
GGGCTTGTATGCCTATGAAAATTRTAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATG
AAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACG
CATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACTCTCTTA
TACTGTTTGGTAAARGAGAGCTTGGACTGTGGAGGCTTGCTGGCCACTCGTTTGAGGTCAGCTCCTCT
GAAATGCATTAGCGGAACCGTTTGCGATCTGCCACAAGTGTGATAAATTATCTGCACTGGCGAGGGGA
TTGCTCTCAGTAATGTTCAGCTTCTAAYTGTCTCTACTTTGTGAGACTACTTTTGAATGCTTGACCTC
AAATCAGGTAGGACTA
>SMB4 Tricholoma batschii

AAGCTTGGTTGGGTTGTCGCTGGCTCTTCGGAGCATGTGCACGCCTAACACCAATCTTCTTACCACCT
GTGCACTTTTTGTAGATCTGGATATCTCTCGAGGAAACTCGGTATTGAGGGCTGCTGTGCGTTAAAGC
CGGCTTTCCTTACATTTCCGGTCTATGTCTTTATATACACCATTTGTATGTCTACGAATGTTATTATA
GGACTTTGTCCAAATAAACCTTATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGA
ACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACC
TTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGAAATTCTCAACCTTTTTGGCTT
TTTCTTAAAGTTGATTAGGCTTGGATGTGGGGGTTTGCGGGCTTTGTCTGAAGTCGGCTCTCCTTAAA
TTCATTAGTAGGGACCTTTGTTGCCTTAGCTTTTGGTGTGATAATTATCTACGCCATTATGTGAAGCA
GCTTTAAATTGGAGGTTACTGCTCTCTAACCGTCTCTCATGGGACAATTTTC
>SMB6 Inocybe aff. tigrina
AAGGATCATTATCGAATAAACTTGAACAGGTTGTTGCTGGTCTCCTCTGGGGGATTATGTGCACGCTT
GTCTCATCTTTGTTATTTCTCCAACACTGTGCACCTTTTGTAGACCCTGGAACTTTTATGGATTTTCT
GAAAATCCGAGTCAGGATTGCTGTTGCTGTAAAAAGTCAGCTTTGCCTTGGGTCTATGTCATTTTTCA
CAAACCTCATATGTTTAGAATGTTGGAAAATATAAATTTGAAATATACAACTTTCAGCAACGGATCTC
TTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAA
TCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATT
TAACTTCTCAACCACATCAGATGATGATGTTGGCTTGGATGTGGGGGTTGTTTTTGCAGGCTTTCTGT
AGAAGGTCGGCTCCCCTGAAATGGATTAGTGGTATCTGAGGCTACTACTGTGGGTGTGATAACTATCT
ATGCCTTTGGTATGCCGCATGAACAGATTACACTGCTTCTAACAACACAAATTTTGATAAATTTGACC
TCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB38 Agaricus cf. argenteus

TGAACCTGCGGAAGGATCATTATTGAATTATGTTTCTAGATGGGTTGTAGCTGGCTCTTTGGAGCATG
TGCACGCCTGTTTGGATTTCATTTTCATCCACCTGTGCACYTATTGTAGTCTTTGGTTTGGGTATTGA
GGAAGTGGTCAGTCTATCAGCATTTGCTGGATATGAGGAGTTTGCAGTGTGAAAGCATTGCTGTCCTT
TACTTGGCCATGGAGWCTTTTGCCTGCCCAGAGTCTATGTCATTCATTATACCCTGTCGAATGTTATC
GAATGTCTTTACATGGGCTTTCATGCCTATGAAAATTATAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGG
CTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCAT
CGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTACTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAAT
TCTCAACTCTCTTATACTTTGTTGTGTAGGAGGGCTTGGATTGTGGAGGTTTGCTGGCAACTTGTTTG
CGGTCAGCTCCTCTGAAATGCATTAGCGGAACCGTTTGCGATCTGCCACAAGTGTGATAAACTATCTA
CACTGGCGAGGGGATTGCTCTCTGTGTTGTTCAGCTTCTAATCGTCTCAGTTTGAGACAATTTTTTGA
ATACTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB39 Macrolepiota aff. phaeodisca (PN. Sp.)

AAGGATCATTATTGAATATACTTGATGGGTTGTAGCTGGCTCTTAGGAGCAATGTGCACGCCTGTCTT
GCATTTTATTCATCCACCTGTGCACCTTTTGTAGTCTTCTGGGGATTGAGAGTGGCCGACTATCGAGT
TCTTCTCGGATGTGAGGGATGCTTGCAGCTCCCCTCAAATGGTCGCGAACTTCCCTGGAGTCTATGTT
TTTATATTCATATACCACATAGCATGTTGCAGAATGAATTCAGTGGGCCTTTGTGCCTATAAATGATC
TATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT
AATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGA
GGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCCCTCTAACTTTTGTTGGAAGGGGCTTGGATA
TGGAGGTTTGCTGGCCATTTGTTAAAGATGGTCAGCTCCTCTGAAATGCATTAGCGGAACCGTTTGCG
ATCCGTCACAGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGTATAGTCGCTCTCTGTCTGTTCAGCTTCCAATCG
TCTTCATGGACAATTCTATTGAATATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB43 Lactarius sanguifluus

AAGGATCATTATCGTACAACATGTGTGAGGCGTGCGAGGGCTGTCGCTGACTTCAAAGTCGTGCACGC
CGGAGCGTGTCCTCTCACATTAAAATCCATCTCACCCTTTTGTGCACCACCGCGTGGGCACCCTTTGG
GATCGAATCGATCCAGGAGGGGGCTTGCGTTTTCACACAAACCCCTTTTAAAAAGTGTAGAATGACCC
CACTTTGCGATGACACGCAATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAG
AACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAC
CTTGCGCCCCTTGGTATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAAAATCTCAACCTTCTCGGTT
TTCTTCTGGACGCCGAAGGAGGCTTGGACTTTGGAGGCCTTTGCTGGCATCTCTCTCTTTTTTTCGAG
AGCCAGCTCCTCTTAAACGAATTAGCGGGGTCCTCTTTGCCGATCCTCGACATGTGATAAGATGTTTC
CATGACTTGGTTTCTGGCTCTGTTGCCTTTGGGACCCGCTTCTAACCGTCTCGACGAGACAACGTTTG
GGCGTGTCTCCCTTCTCGGGAGACTCTCTCAACCCCACGAACCCTTGACCTCAAATCGGGTGAGACTA
>SMB44 Inocybe malenconii

AAGGATCATTATTGAATATAAACCTGGATGAACTGTTGCTGGCTTCTCTTTGAGGGGAGCATGTGCAC
GTTTATCCTCTTTATTTTTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGGCTTGGATTATCAGTGGTTCTAACGTGT
CTTTCAAAAGCACAAGAACTTTTTTGGGGCTGCTGTGTTTAAACACATGTTTATCGGCTTTCCCTTTT
ATTTTCCAAGTCTATGTTTGCTATATACACTCCAGAAATGTAATAGAATGCTGCACTTGGGTCATTTG
TACCTATAATAAAATCAGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCA
GCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCG
CTCCTTGGTATTCCAAGGAGCATGCCTGTTTGAGTATCATTAAATTATCAACTGTGCCACTTTGGTTA
CAGATTGGATGTGGGAGATTTCTTGCAGGCTTTCGACTTCTCTTTGAATGCCAGCTCTCCTGAAATGT
ATTAGCAGTGCCTTTGTTGGTTCATTAGGTGTGATAATTTATCTACATCTTCACATGGTGCCTTCATT
TGTAAAAGGTCATATTGCTTCTAATTGTCTTTGGACAAAAAACACGTTAATGTGTGACAAACTTGATC
TCAAATCAGGCAGGACTA
>SMB48 Macrolepiota cf. mastoidea

GCATTTTATTCATCCACCTGTGCACCTTTTGTAGTCTTCTGGGGATTGAGAGTGGCCGACTATCGAGA
ACTCCTCGGATGTGAGAGATGCTTGCACAACAAAAAGTGCAGCTCTCCTCAAATGGTCGCAAACCTTC
CCTGGAGTCTATGTTTTTATATTCATATACCACGTAGTATGTTGCAGAATGAATTCAGTGGGCCTTTG
TGCCTATAAATGATCTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAG
CGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGC
TCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCCCTCTAACTTTTGTTG
GAAGGGGCTTGGATATGGAGGCTTGCTGGCCCTTTGTTAAAGAAGGTCAGCTCCTCTGAAATGCATTA
GCGGAACCGTTTGCGATCCGTCACAGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGTATAGTCGCTCTCTGTCTG
TTCAGCTTCTAATCGTCTTCATGGACAATTCTATTGAATATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB50 Inocybe tirgina

AAGGATCATTATCGAATAAACTTGAACAGGTTGTTGCTGGTCTCCTCTGGGGGATTATGTGCACGCTT
GAAAATCCGAGTCAGGATTGCTGTTGCTGTAAAAAGTCAGCTTTGCCTTGCATCTCTAGGGTCTATGT
CATTTTTCACAAACCTCATATGTTTAGAATGTTGGAAAATATAAATTTGAAATATACAACTTTCAGCA
ACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAA
TTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTG
AGTGTCATTTAACTTCTCAACCACATCAGATTGATGTTGGCTTGGATGTGGGGGTTGTTTTTGCAGGC
TTTCTGTAGAAGGTCGGCTCCCCTGAAATGGATTAGTGGTATCTGAGGCTACTACTGTAGGTGTGATA
ACTATCTATGCCTTTGGTATGCCGCATGAACAGATTACACTGCTTCTAACAAAACAAATTTTGATAAA
TTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB51 Hygrocybe sp.

AAGGATCATTACTGAAGTGATTTGGGGATGTTGCTGGCCTCTCTCGGGAGGCAATGTGCACTCTCCAA
AACAATTCACGATTTCCATCACACCCCTTGTGCACATCCTGTAGGGCAATGCCACCCCCTCTCAAAGT
TGGGGCTGTTGTCCTATGTATTCTCTCATCTCACACATTTTGAATGGTGCTCTTGGATGCATCTTGTG
GATTATTTGTAACAAAGTAATCATAAAAACAACTTTCAACAATGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATG
AAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACG
CACCTTGCGCCTCTTGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAACCATCAATGAGGACC
TTTCTTTTCGGAGAGAGGCTTTCTTGTTGGAATGTGGAGTGTGCTGGCTTGTTCAGCTCCTCTGAAAT
GCATTAGCGACGTGGTGTTCCACCTGCTTGAGCTTGCATTGGCATTGATAGTCATTCATGTCAGAGTA
GTTCAGCTGTGGAAAGGTTCACTTGCTCCTAATCGTGATGGACTCTCTCCATCCTTTGACCCATATAA
CCTCAAATCAGGCAGGACTA
>SMB53C Omphalotus olearius

ACTGTTGCTGGCCTTGTAACAAAGGCATGTGCACGTTTCCTTTCAATCTGTTCATCCACCTGTGCACC
TTTCTGTAGAAGCTTTTTTCAGGTCGTTGTTAGGGGCTGTACTTCAGTNCAGCTCTGTTGATGATCCT
GGGCTTCTATGTCTTACAAACTCTAATAAAATGTATTTGAATGTCTTTTTTATTGGNACATAACTGGA
CCTTTAAAACTTGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAA
ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCT
TTGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACTTCAAAAGCTTTTGCTTCTGA
AGCTTGGACTGTGGAGGCTTGCTGGCATCACTAGATGTTCTCAGCTCCTCTCAAATGCATTAGTGGAA
ACCGGATTAGTCGGACCTAAGCCTTGGTGTGATAATTATCTACGCCTTGGTGGTTTGACAAGGCTCTT
TGGTTGGGATAGCTGCAACTAAGCTTGCTCTGTCTGCTTTCATTTCAANGAGCCGTTGGGGTGTCTGC
TCTCTAACCGTCTGTTTTCACGGACAAACTRACATTGACT
>SMB54 Lepista sordida

CCTAGCGCCATTTTTACCACCTGTGCACATTTTGTAGATTTGAAACAACTCTCGAGGAAACTCGGTTT
GAGAAATGCTGTGTGAAAGCTTAGCTTTTCTTGTGTTTCAAGTCTATGTTTTTATATACCCCATAAGA
ATGTAATAGAATGTCATTAATGGGCTTTATTGCCTTTAAATTAATACAACTTTCAACAACGGATCTCT
TGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT
CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTA
AATTCTCAACCTTTCCAGCTTTTGCGAGTTGGATTGGCTTGGATGTGGAGGGTTTTGCAGGCTTCTCA
GAAGTCAGCTCCTCTTAAATGCATTAGCAGAACCTTTGTGGACCAGCTTTGGTGTGATAATTATCTAT
GCCATGGTTGTGAAGCAGCTTATATATGGGGTTCAGCTTCTAACAGTCCATTGACTTGGACAATTTCT
GACATTTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB55 Melanoleuca turrita

AAGGATCATTAATGAATAAACTCGGTGGAATTGTTGCTGGCTCTTAGGAGCATGTGCACATCTGCCAT
TGTTTCATTCTTTCTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGGCTTGGATAACTCTCAAGGACTGAATTACATT
CATGATTCACTTCTTGGATTTGGGGATTGGTTTCAAGAAAACCTCTCCTTTGCATTTCCAGTCTATGT
TTTATATATCTACACCCCATTAGTATGTGTTTGAATGTTTATTATTTGGCCTTTCTTTTGATAGGCTT
TAAAACTTATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGC
GATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGT
ATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAATCCCAGAAAGGGTTTATTCTCAGCTG
GGCTTGGATATGGGGGTTTTGCCGGCTTTGTAAAGAGTCAGCTCTCCTGAAAAACATTAGCAAGACTC
TTATTGCAACCTTCTATTTGGTGTGATAATTATCTACATCATAGATTGTGTGCATGTCTGGCTTCTAA
CAGTCCATTGATTTGGACAAAACTCTGACAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB56C Psathyrella cf. candolleana

GTTGTAGCTGGCTCCTAGGAGCATTGTGCACGCCCGTCATTCATATCATCTTTCCACCTGTGAACCAT
GTGTAGGCCTGGATACCCCTCGCTTTGGCAACAGAGCGGATGCAAGGATTGCTGCGTCGACAAGGCCG
GCTCTCTTTGAATTTCCAGGTTCTATGTCTTTTACACACCCCATTTGAATGATTTAGAATGGAGTCAA
TGGGCTTTCATGCCTATAAAAACTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAA
GAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCA
CCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCACCAGT
TTTGTAACGAGACAGGTGAAGGCTTGGATGTGGGGGTTTTGCAGGCTGCCTCAGTGCTGGTCTGCTCC
CCTGAAATGCATTAGCGAGCTCATATTGAGCTTCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGA
TTGGACTCATGCTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGACAATTTACTGACCAATGACCCGCA
>SMB60 Suillus bellinii

AAGGATCATTAATGAAATTATAATCCGGCGAGGGAAAGGAAGGAGGGTTGTAGCTGGCCCTAGGGCAC
GTGCACGCTCTCTTTCTGGACTTTTCGCCGTATGGGCGTGGGGCAACCCGCGTCTTCATATACCTCTT
CGTGTAGAAAGTCTTTGAACGTTTTTACCATCATCGAGTCGCGACTTCCAGGAGACGCGATTCTTTGA
GACAAAAGTTATTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAT
CGCGATATGTAATGTGAATTGCAGATCTACAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCT
CGGTGTTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCAGTAAATTCTCAACCCCTCTCGATTTGCTTCGAGC
GGGTGCTTGGATGGTGGAGGCTGCCGGAGACCTTCCAGGACTCGGGCTCCTCTGAAATGAATCGGCTT
GCGGTCGACTTTCGACTTTGCATGACAAGGCCTTTGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCCGAAGTGCA
CGACAGAACGGTCCCGTGCCTCTAATGCGTCGACGCCTTCGGGCCGTCTTCCTCATTGACGTTTGACC
TCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB61C Omphalotus olearius
ACTGTTGCTGGCCTTGTAACAAAGGCATGTGCACGTTTCCTTTCGATCTGTTCATCCACCTGTGCACC
TTTCTGTAGAAGCTTTTTTCAGGTCGTTGTTAGGGGCTGTACTTCAGTGCAGCTCTGTTGATGATCCT
GGGCTTCTATGTCTTACAAACTCTAATAAAATGTATTTGAATGTCTTTTTTATTGGTACTTAACTGGA
CCTTTAAAACTTGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAA
ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCT
TTGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACTTCAAAAGCTTTTGCTTCTGA
AGCTTGGACTGTGGAGGCTTGCTGGCATCACTAGATGTTCTCAGCTCCTCTCAAATGCATTAGTGGAA
ACCGGATTAGTCGGACCTAAGCCTTGGTGTGATAATTATCTACGCCTTGGTGGTTTGACAAGGCTCTT
TGGTTGGGATAGCTGCAACTAAGCTTGCTCTGTCTGCTTTCATTTCAAGGAGCCGTTGGGGTGTCTGC
TCTCTAACCGTCTGTTTTCACGGACAAACTAACATTGACT
>SMB61L Omphalotus olearius

ACTGTTGCTGGCCTTGTAACAAAGGCATGTGCACGTTTCCTTTCAATCTGTTCATCCACCTGTGCACC
TTTCTGTAGAAGCTTTTTTCAGGTCGTTGTTAAGGGGGCTGTACTTCAGTGCAGCTCTGTTGATGATC
CTGGGCTTCTATGTCTTACAAACTCTAATGAAATGTATTTGAATGTCTTTTTTTATTGGTACTTAACT
GGACCTTTAAAACTTGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC
GAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCC
CCTTGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACTTCAAAAGCTTTTGCTTC
TGAAGCTTGGACTGTGGAGGCTTGCTGGCATCACTAGATGTTCTCAGCTCCTCTCAAATGCATTAGTG
GAAAC
AATCAYTTTCTCACCAGAGTCTATGTCTTTCATTATACTCTGTCGAATGTCATTGAATGTCTTTACAT
AAATCAGGTAGGACTA
>SMB64 Lycoperdon radicatum

AAGGATCATTATTGAATATTCTTGATGGGTTGTAGCTGGCTCTTCGGGGCATGTGCACACTTGTCTTG
ACTTTATTCATCCACCTGTGCACCTTTTGTAGTCTTGTGGGTTGAGAGCAGTCGACTATCGGATGGCT
ATGGCCTTTCCGGACATGAGGAATGCTGAGTGCRAAAGCATATAGCTCTTCTCAAATGACTTGCAAAA
CTCTCCCTYGAGTACTATGTATTCATATACCACATAGTATGTTGTCGAATGTGATCAATGGGCCTATG
TGCCTATAAAATCATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC
GAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCT
CCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCCCTCCAGCTTTTGCGAG
TTGTGATGGGGCTTGGATATGGGAGTTTGCGGGTCTTTATCAATAAAGGTCAGCTCTCCTGAAA

AATCACTTTCTCACCAGAGTCTATGTCTTTCATTATACTCTGTCGAATGTCATTGAATGTCTTTACAT
AAATCAGGTAGGACTA
>SMB67C Inocybe malenconii

CATTATCGAATATAAACCTGGATGAACTGTTGCTGGCTTCTCTTTGAGGGGAGCATGTGCACGTTTAT
CCTCTTTATTTTTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGGCTTGGATTATCAGTGGTTCTAACGTGTCTTTCA
AAAGCACAAGAACTTTTTTGGGGCTGCTGTGTTTAAACACATGTTTATCGGCTTTCCCTTTTATTTTC
CAAGTCTATGTTTGCTATATACACTCCAGAAATGTAATAGAATGCTGTACTTGGGTCATTTGTACCTA
TAATAAAATCAGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAA
TGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTT
GGTATTCCAAGG
>SMB67C Inocybe malenconii

CATTATTGAATATAAACCTGGATGAACTGTTGCTGGCTTCTCTTTGAGGGGAGCATGTGCACGTTTAT
CCTCTTTATTTTTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGGCTTGGATTATCAGTGGTTCTAACGTGTCTTTCA
AAAGCACAAGAACTTTTTTGGGGCTGCTGTGTTTAAACACATGTTTATCGGCTTTCCCTTTTATTTTT
CAAGTCTATGTTTGCTATATACACTCCAGAAATGTAATAGAATGCTGTACTTGGGTCATTTGTACCTA
TAATAAAAATCAGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAA
ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCT
TGGTATTCCAAGGAGCATGCCTGTTTGAGTATCATTAAATTATCAACTGTGCCACTTTGGTTACAGAT
TGGATGTGGGAGATTTCTTGCAGGCTTTCGACTTCTCTTTGAATGCCAGCTCTCCTGAAATGTATTAG
CAGTGCCTTTGTTGGTTCATTAGGTGTGATAATTTATCTACATCTTCACATGGTGCCTTCATTTGTAA
AAGGTCATATTGCTTCTAATTGTCTTTGGACAAAAAACACGTTAATGTGTGACAAACTTGATCTCAA
>SMB69 Scleroderma verrucosum

CCTGCGGAAGGATCATTATCGAAACAGAACGCCCGTGGGGGAAGGGGGAGCGCCGACGGCCGGAGACT
GTCGCACGGCCTCGTGCACGTCACTCGCCGTCGCTCCTTCCGACCCTTTGAGGCTTCGACCTTCTCAA
CACCCGTGCACCCACTGTAGGTCCTTCGGGATCTACGTCCTTCTTCGAACTCGCATGTCTACAGAACG
TATTCGTCGTGTCCCGGCCTCGACCCTCAGGGTCCCGCGTCGGCGACCGCAAAACCTATAATACAACT
TTCAGCRACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATCGCGATAAGTAATGTGAAT
TGCAGATTTTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATG
CCTGTTTGAGTGTCATCGAAACCTCAGATCGACGCTTCGACCCCGTCGGAGCTCGGTCTGGACTATGG
GAGTCTGCGGGCGAAGCGTCGCTTCGTCGGCTCTCCTCAAAAGCATTAGCCGTGGGTGGCGAGCCTGG
CGTGGCACGGCCTCTTCGACGTCGTAATGATCGTCGTGGGCTGGAAGCGTAAGGCTCGGCGGACCCAT
GCTTCGCAACCCTTGCGAGCCCGTCCCCTTGCGAGGGACGGCCGCGTCCCATCGAAGCTTGACCTCAA
ATCAGGTAGGACTA
>SMB75-1 Psathyrella cf. condolleana

AAGGATCATTAACGAATATCTATGGCGTTGGTTGTAGCTGGCTCCTAGGAGCATTGTGCACGCCCGTC
ATTCATATCATCTTTCCACCTGTGAACCATGTGTAGGCCTGGATACCCCTCGCTTTGGCAACAAAGCG
GATGCAAGGATTGCTGCGTCGACAAGGCCGGCTCTCTTTGAATTTCCAGGTTCTATGTTTTTTACACA
CCCCATTTGAATGATTTAGAATGTAGTCAATGGGCTTTCATGCCTATAAAAAAACTATACAACTTTCA
GCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCA
GAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGT
TTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCACCAGTTTTGTAACGAGACAGGTGAAGGCTTGGATATGGGGG
TTTTGCAGGCTGCCTCAGTGCTGGTCTGCTCCCCTGAAATGCATTAGCGAGCTCATATTGAGCTTCCG
TCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGATTGGACTCATGCTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGAC
AATTTACTTGACCAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB75-2 Psathyrella cf. condolleana
AAGGATCATTAACGAATATCTATGGCGTTGGTTGTAGCTGGCTCCTAGGAGCATTGTGCACGCCCGTC
ATTCATATCATCTTTCCACCTGTGAACCATGTGTAGGCCTGGATACCCCTCGCTTTGGCAACAAAGCG
GATGCAAGGATTGCTGCGTCGACAAGGCCGGCTCTCTTTGAATTTCCAGGTTCTATGTTTTTTACACA
CCCCATTTGAATGATTTAGAATGTAGTCAATGGGCTTTCATGCCTATAAAAAAACTATACAACTTTCA
GCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCA
GAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGT
TTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCACCAGTTTTGTAACGAGACAGGTGAAGGCTTGGATGTGGGGG
TTTTGCAGGCTGCCTCAGTGCTGGTCTGCTCCCCTGAAATGCATTAGCGAGCTCATATTGAGCTTCCG
TCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGATTGGACTCATGCTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGAC
AATTTACTTGACCAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB76 Inocybe cervicolor

AAGGATCATTACTGAAGTACCATAACAAGTTGTCGCTGATCCTAGATCGTGCACGCTTGTTATTCTTC
ATTTCTCCATTATTTGTGCATCACTTGTGTGGATCTTTGTTAGGACTGCTTCGCAAAGTTGCTATTTG
TGGGGCTTTCCTTGTATTCTTTTGATCTACATGTTTTTTTTTACACACACACCAATGTTTTAGAAGGA
ATGAAAATGAATTGTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAG
CGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGC
TCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAATATCTCAACCACATATTTTGATGTGT
GGCTTGGACTTGGAGGAAACGTGCAGGCTCTGACTCTTGTAGTCTGCTCCTCTGAAAAACATAAGCGG
TACCTATATTGGGACTTTGGCTAGGTGTGATACACATCTGCATCTAATCGAGGTTAGCCCGTTGGTCA
TGCTGCTGATCATTACAACTTGATGAACTTGACCTCAAATCAGGTAGGACCA
>SMB77 Inocybe tigrina

AAGGATCATTATTGAATAAACTTGAACAGGTTGTTGCTGGTCTCCTCTGGGGGATTATGTGCACGCTT
GAAAATCNGAGTCAGGATTGCTGTTGCTGTAAAAAGTCAGCTTTGCCTTGCATCTCTAGGGTCTATGT
CATTTTTCACAAACCTCATATGTTTAGAATGTTGGAAAATATAAATTTGAAATATACAACTTTCAGCA
ACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAA
TTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTG
AGTGTCATTTAACTTCTCAACCACATCAGATTGATGTTGGCTTGGATGTGGGGGTTNTTTTTGCAGGC
TTTCTGTAGAAGGTCGGCTCCCCTGAAATGGATTAGTGGTATCTGAGGCTACTACTGTAGGTGTGATA
ACTATCTATGCCTTTGGTATGCCGCATGAACAGATTACACTGCTTCTAACAAAACAAATTTTGATAAA
>SMB79 Volvopluteus gloiocephalus

AAGGATCATTATTGAATAAACCATGGCGGGCAGTCTTGCTGGCCTTTTCCCTCCTCCAGGGAGGAGAG
AGGGCATGTGCACGCTCGTCAAAAGTTTCATTCGCATACCCCTTTCCACCTGTGCACACACTGTAGGT
CCCGTTAGAAGGGGGGGAGCCTTGGGCCCTCCCCTTTTTCGGACCTACGTTTTACAACCCTACCCCCT
CGAATATGATACGAACGTAGTGACTTGGGCCACCGCGCCTAATAAAACATAATACAACTTTCAACAAC
GGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATT
CAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAG
TGTCATAAATCTCTCAGCTCCCCTCCAGTTTTGTCTGGTAGGATGGGTTGGATCATGGGGGGGAAAAC
TTTGTCGGCTCCATTGCGAATCGACTCCCCTGAAAAGCATTAGTAGTCCGTGCTGTCTGCCGCCGGTG
TGATAATAATCTTTATGCCGCCTGGTCCAGCATACACGTTGTCTGCTCCAAACAGTCCGAGCACAATC
TCGGACATCACAATTTTATTTTGACCACTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB83 Infundibulicybe gibba

AAGGATCATTATTGAATTAAACTGAAGTGAGTTGTTGCTGGCCCTTTGGGGCATGTGCACGCTTGCTC
TCATTTAAACCACCTGTGCACATATTGTAGACTTGGAATGATCCTCAAGGCTTTCATTAGCTTTGGTT
TGAGGAATTGCATTAGCTTTCCTTGTAATTCCTAGTCTACGTCTTCATATACCCCTAATGTATGTCTG
TGAATGTTATTAATGGGCCGTTAAAAAGCCTTTAAAATTAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGG
CGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAAT
TCTCAACCTCTTCAGTTTGTCTAACAAACTTGAATTGGCTTGGATATGGGAGTTGCGGGCTTCAAAGC
AAGTCGGCTCTTCTTAAATGCATTAGCAGAACTTTTGTTGACCATCATTGGTATGATAATTATCTATG
CCATTTCTGATGTGAAGCAGTTTATAATAAAGTTCAGCTTCTAACTGTCCATTGACTTGGACAATTTA
TTGACTATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB86 Agaricus littoralis
AAGGATCATTATTGAATTATGTTTCTAGATGGGTTGTAGCTGGCTCTTTAGAGCATGTGCACGCCTGT
TTGGATTTCATCTTCATCCACCTGTGCACCTATTGTAGTCTTTGGTTGGGTATCGATGAAGTGGTCAG
CCTATCAGCACTTGCTGGATGTGAGGACTTGCAGTGTGAAAGCTTTGCTGTCCTTTACTTGGCCACGG
ATTTGTTTTCTCACCAGAGTCTATGTCATTCATTATACCCTATCGAATGTTATTGAATGTCTTTACAT
GGGCTTGTATGCCTATGAAAATTGTAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATG
CATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATWAAATTCTCAACTCTCTTT
TGCTGTTTTGTAAAGGGGAGCTTGGATTGTGGAGGCTTGCTGGCCACTTGTTTGGGGTCAGCTCCTCT
GAAATGCATTAGCGGAACCGTTTGCGATCTGCCACAAGTGTGATAAACTATCTACACTGGCGAGGGGA
TTGCTCTCTGTGTTGTTCAGCTTCTAATTGTCTCTGTCTGTGAGACAACTTCTTGAATACTTGACCTC
AAATCAGGTAGGACTA
>SMB88C Macrolepiota procera

TTGATGGGTTGTAGCTGGCTCTCCGGAGCATTGTGCACACCTGTCTTGTTTTTTTATTCATCCACCTG
TGCACTTTTTGTAGTCTTCTAGGGATTGAGAGCAGCCAACTATCGAGTCTTCTCGGATGTGAGGAATG
CTTGCGCAAAAAAAAAGTGCAGCTCTCTTCAAATGGTTGTGAACCTTCCCTGGAGTCTATGTTTTTCA
TATACCACATAGCATGTTGTAGAATGTATTCAATGGGCCTTTGTGCCTATAAATGATCTATACAACTT
TCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATT
GCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCC
TGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCCCTCCAGTTTTCTGTGATGGGGCTTGGATATGGAGATTTGC
TGGCCTTTTAAAGGTCAGCTACTCTGAAATGCATTAGCGGAACCGTTTGCGATCCGTCACAGGTGTGA
TAATTATCTACGCCGTGTGGTCGCTCTCTGTCTGTTCAGCTGCCAATCGTCCAGTCTTCATGGACAAT
TATATTGAATATGAC
>SMB88L Macrolepiota procera

TTGATGGGTTGTAGCTGGCTCTCCGGAGCATTGTGCACACCTGTCTTGTTTTTTTATTCATCCACCTG
TGCACTTTTTGTAGTCTTCTAGGGATTGAGAGCAGCCAACTATCGAGTCTTCTCGGATGTGAGGAATG
CTTGCGCAAAAAAAAAAGTGCAGCTCTCTTCAAATGGTTGTGAACCTTCCCTGGAGTCTATGTTTTTC
ATATACCACATAGCATGTTGTAGAATGTATTCAATGGGCCTTTGTGCCTATAAATGATCTATACAACT
TTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAAT
TGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGC
CTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCCCTCCAGTTTTCTGTGATGGGGCTTGGATATGGAGATTTG
CTGGCCTTTTAAAGGTCAGCTACTCTGAAATGCATTAGCGGAACCGTTTGCGATCCGTCACAGGTGTG
ATAATTATCTACGCCGTGTGGTCGCTCTCTGTCTGTTCAGCTGCCAATCGTCCAGTCTTCATGGACAA
TTATATTGAATATGAC
>SMB91 C Lyophyllum littoralis

TGGTTGGGTTGCTGCTGGCTCCTAGGAGCATGTGCACGCCTAGCACCATTTTTACCACCTGTGCACCT
TTTGTAGACCTGGATACCTTTCGAGGAAACTCGGTTTGAGGACTGCTGAGCGAAAGCCTGGCTTTCCT
TACATTTCCGGTCTATGTCTTTACATACCCCATACAAACGTAACAGAATGTCGTTTACTGGCCTTTGT
GCCTTTAATCAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAA
ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTGGCGCTCCC
TGGTATTCCGGGGAGCATGTCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTTTCCAGCTTTTGCAAGCTT
GGTCAGGCTTGGATGTGGGGGTTGCGGGCTTCAACAGAAGTCGGCTCCTCTGAAATGCATTAGTGAAA
CCTTTGTTGACCATCTCTTGGTGTGATAATTATCTACGCCATTGGAGTGTCAGCCTCAACTAGCTGGG
AGGTTCTGCTTCTAACCGTCCTCTGTAGGACAGCTTCTGACT
>SMB91L Lyophyllum littoralis

TGGTTGGGTTGCTGCTGGCTCCCTAGGAGCATGTGTGCACGCCTAGCACCATTTTTTACCACCTGTGC
ACCTTTTGTAGACCTGGATACCTTTCGAGGAAACTCGGTTTGAGGACTGCTGAGCAAAAGCCTGGCTT
TCCTTACATTTCCGGTCTATGTCTTTACATACCCCATACAAACGTAACAGAATGTCGTTTACTGGCCT
TTGTGCCTTTAATCAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAG
CGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTGGCGC
TCCCTGGTATTCCGGGGAGCATGTCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTTTCCAGCTTTTGCAA
GCTTGGTCAGGCTTGGATGTGGGGGTTGCGGGCTTCACAGAAGTCGGCTCCTCTGAAATGCATTAGTG
AAACCTTTGTTGACCATCTCTTGGTGTGATAATTATCTACGCCATTAGAGTGTCAGCCTCAACTAGCT
GGGAGGTTCTGCTTCTAACCGTCCTCTATAGGACAGCTTCTGACT
>SMB92C Inocybe cervicolor

AGTTGTCGCTGATCCTAGATTGTGCACGCTTGTTATTCTTGATTTCTCCATTATTTGTGCATCACTTG
TGTGGATCTTTGTTAGGACTGCTTCGCAAAGTTGCTATTTGTGGGGCTTTCCTTGTATTCTTTTGATC
TACATTTACACACACACCAATGTTTTAGAAGGAATGAAAATGAATTGTTATACAACTTTCAGCAACGG
ATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCA
GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTG
TCATTAATATCTCAACCACATATTTTGATGTGTGGCTTGGACTTGGAGGAAACGTGCAGGCTCTGACT
CTTGTAGTCTGCTCCTCTGAAAAACATAAGCGGTACCTATATTGGGACTTTGGCTAGGTGTGATACAC
ATCTGCATCTAATCGAGGTTAGCCCGTTGGTCATGCTGCTGATCATTACAACTTGATGAAC
>SMB92L Inocybe cervicolor

AGTTGTCGCTGATCCTAGATCGTGCACGCTTGTTATTCTTGATTTCTCCATTATTTGTGCATCACTTG
TGTGGATCTTTGTTAGGACTGCTTTGCAAAGTTGCTATTTGTGGGGCTTTCCTTGTATTCTTTTGATC
TACATGTTTTTTTTTACACACACACCAATGTTTTAGAAGGAATGAAAATGAATTGTTATACAACTTTC
AGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGC
AGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTG
TTTGAGTGTCATTAATATCTCAACCACATATTTTGATGTGTGGCTTGGACTTGGAGGAAACGTGCAGG
CTCTGACTCTTGTAGTCTGCTCCTCTGAAAAACATAAGCGGTACCTATATTGGGACTTTGGCTAGGTG
TGATACACATCTGCATCTAATCGAGGTTAGCCCGTTGGTCATGCTGCTGATCATTACAACTTGATGAA
C
>SMB94 Agaricus freirei

GACCTGCGGAAGGATCATTATTGAACTATGTTTTCTAGATGGGTTGTAGCTGGCTCCCAGGAGCATGT
GCACGCCTGTCTGGACTTCATTTTCATCCACCTGTGCACCTTTTGTAGTCTTTGTTGGGTATTTGAGG
AAGTGGTCAACCTATCAGCCCTTGCTGGATATGAGGACTTGCAGTGTGAAAGCGCTGCTGTCCTTTAC
TTGGCCATGGAATCTTTTGCCTGCCAGAGTCTATGTCTTTCATTATACCCTATAGAATGTCATTGAAT
GTCTTTACATGGGCTTCTACGCCTATGAAAAATTGTAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTC
TCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA
ATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT
CAACCCTCCTATACTTTGTTGTAAAGGAGAGCTTGGATTGTGGAGGCTTGCTGGCCACTTGTCGAGGT
CAGCTCCTCTGAAATGCATTAGCGGAACCATTTGCGATCTGCCACAAGTGTGATAATTTATCTGCACT
GGCGAGGGGATTGCTCTCAGTGTTCAGCTTCTAATCGTCTCAGTTTTACGGGACAATTTCTTGAATGC
TTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB96 Suillus aff. Collinitus _Suillus collinitus2

AGTTGTAGCTGGCCCTAGGCMACGTGCACGCTCTCTTCTGGACTTTCGTCGTATGGGCGTGGGGGGGC
GACCCCTCGSGTCTTCMTATACCTCTTCGTGTAGAAAGTCTTTGAATGTSMTCATCATCATGGAGTCG
CGACTTCCAGGAGACGCGATTCTTTGAGACAAAAGTTATTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCT
CTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATCGCGATATGTAATGTGAATTGCAGATCTACAGTGAATCATC
GAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTCGGTGTTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGCGTCAGTAAATT
CTCAACCCCTCTCGATTTTTTTCGTGCGGGTGCTTGGATGGTGGGGGCTGCCGGAGACCTGGATACGT
TCAGGACTCGGGCTCCTCTGAAATGAATCGGCTTGCGGTCGACTTTTCGACTTTGCATGACAA
>SMB99 Inocybe rufuloides

AAGGATCATTATCGAATAAACATGAACAGGCTGTTGCTGGTCCTCCGGGATACGTGCACGCTTGTCAT
CTTTGTTATTTCTCCAAATGTGCACATATTGTAGACTCTGGATGCTTTGCTAATATGGATTCATGCCG
AGCTGGGACTGCTGTGCTTCAAAGACAAAGTCGGCTTTCCCTTTGCATCTCCAGGGTCTACGTCATTT
TTCACAACCTCTAATGTGTTTTGAATGTTGAATAAGGTCCTTTTTGTACCTATAAAAAGTTATAAATA
CAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATG
TGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAG
CATGCCTGTTTGAGTGTCATTTAAATTCTCAACCACATCGAGTTCTTTCTTTATGTGGCTTTGGATGT
GGGGGTTTCTGCTGGCTTCTCTTTCGAGTCGGCTCCCCTGAAATGCATTAGTGGTATCTGGAGCGGAA
ACTGCTAGGTGTGATAATATCATCTATGCCTTTGGTATGCCGCAATAAAAAAACAGATTGTGCTGCTT
CTAACGCACATTTTATTATGACAAACTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB 106 Inocybe aff. agardhii

AAGGATCATTATTGAATATAAACTTGGGTAGACTGTTGCTGGCTCCTCTTGGGGCATGTGCACGTTTA
TCCTCTTTATTTTTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGGCTTGGATTTATAAAACACTGTTTTTGACTATG
TCCCTAGGGGCATAAGAATTGTTTTGGGACTGCTGTGTTTAAACACATGTTTATCAGCTTTTCCTTTT
GTTTTTCCAAGTCTATGTTTTTTCATACACACGTCAGAGATGTTATAGGATGCTGTACTTTAGGTCAT
TTTGTAACCTATAATAAATCAGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAA
CGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCT
TGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTATCATTTAAATTATCAACTGTGCCAATTC
TGGTCACAGATTGGATGTGGGGGGATTTCTGCAGGCTTTGAAAAAAAGGCCTGCTCTCCTGAAATGTA
TTAGCAGTGCCTTTGTTGGTGCCTTGGGTGTGATAAACCATCTATGCCCTTATATATGGTACCTTCAT
TTTTTGAGGCCATACTGCTTCTAAATTGTCTTTATGGACAATGTCTCATGACAAACTTGATCTCAAAT
CAGGCAGGACTA
>SMB 107 Scleroderma verrucosum

CCTGCGGAAGGATCATTATCGAAACAGAACGCCCGTGGGGGAAGGGGGAGCGCCGACGGCCGGAGACT
GTCGCACGGCCTCGTGCACGTCACTYGCCGTCGCTCCTTCCGACCCTTTGAGGCTTCGACCTTCTCAA
CACCCGTGCACCCACTGTAGGTCCTTCGGGATCTACGTCCTTCTTCGAACTCGCATGTCTACAGAACG
TATTCGTCGTGTCCCGGCCTCGACCCTCAGGGTCCCGCGTCGGCGACCGCAAAACCTATAATACAACT
TTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATCGCGATAAGTAATGTGAAT
TGCAGATTTTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATG
CCTGTTTGAGTGTCATCGAAACCTCAGATCGACGCTTCGACCCCGTCGGAGCTCGGTCTGGACTATGG
GAGTCTGCGGGCGAAGCGTCGCTTCGTCGGCTCTCCTCAAAAGCATTAGCCGTGGGTGGCGAGCCTGG
CGTGGCACGGCCTCTTYGACGTCGTAATGATCGTCGTGGGCTGGAAGCGTAAGGCTCGGCGGACCCAT
GCTTCGCAACCCTTGCGAGCCYGTCCCCTTGCGAGGGACGGCCGCGTCCCATCGAAGCTTGACCTCAA
ATCAGGTA
>SMB108 Gymnopilus spectabilis

AAGGATCATTATTGAATAAACTTGATGTGGTTGTAGCTGACTTTCGCAAGAGAGTATGTGCTCGCCCG
TCACCTTTATCTTTCCACCTGTGCACTTTTTGTAGATTTGAATTGTAGCTTTCCGAGGTAACTCGGTT
GGGAGGAATGTCATTCGTGGCTTTTCTTGTAATACGTTCAAGTCTATGTTTTCATATACTCCAAAAAT
GTAACAGAATGTATCGTTGGGCCTTGTGCCTATAAACTTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGG
CGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTTAAT
TCTCAGCCTTATTAGCTTTTGCTTCTAATGGTCTGGATGTGGGGGTCTTTTGCTGGTTTCGCAAGAAA
TCTGCTCCCCTTAAATGTATTAGCCGGTGCCCTACGTGGACTGTCTACTGGTGTGATAATTATCTACG
CCGTTAGATGTCTGCTTTAAATGGGATGCGCTGCTTCTAATCGTCCTTTCAGGACAATTATTGACCAT
>SMB109 Inocybe aff. agardhii

AAGGATCATTATTGAATATAAACTTGGGTAGACTGTTGCTGGCTCCTCTTGGGGCATGTGCACGTTTA
TCCTCTTTATTTTTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGGCTTGGATTTATAAAACACTGTTTTTGACTATG
TCCCTAGGGGCATAAGAATCGTTTTGGGACTGCTGTGTTTAAACACATGTTTATCAGCTTTTCCTTTT
GTTTTTCCAAGTCTATGTTTTTTCATACACACGTCAGAGATGTTATAGGATGCTGTACTTTAGGTCAT
TTTGTAACCTATAATAAATCAGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAA
CGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCT
TGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTATCATTTAAATTATCAACTGTGCCAATTC
TGGTCACAGATTGGATGTGGGGGGATTTCTGCAGGCTTTGAAAAAAAGGCCTGCTCTCCTGAAATGTA
TTAGCAGTGCCTTTGTTGGTGCCTTGGGTGTGATAAACCATCTATGCCCTTATATATGGTACCTTCAT
TTTTTGAGGCCATACTGCTTCTAAATTGTCTTTATGGACAATGTCTCAT
>SMB110 Boletopsis sp.1

GGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAATGAAGCATGTGAAGGGTTGTAGCTGGCTTCTTTTGTGGGAGG
CATGTGCACACCTGGATCATTCATCTCCTTTACACACCTGTGCACAACCTGTAGCTTGGGATGATCAC
GGAGGCTGTCTTTCTGGCAGCATCTGAATGCCCTTGCTATGATCTTTTGATACACACACCTTTATAAC
GTTTCATGTTGATCAGATTTTTGAATGGAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATC
GATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTG
AACGCACCTTGCACTCCTTGGTATTCCGAGGAGTATGCCTGTTTGAGCGTCATGATATTCTCAACTGC
CTTGACCTTTTGTGTCAAAGTGAAGTTGGATTTGGAGGTTTTGTTGCTGGCAATTGGAGCATCTGATT
GATGCTTGCTTGTTGGCTCCTCCTAAAAGCATGCAGAGCTTGACAAAGCTGTGTCGACGTGATAATTA
TCTACGTTGTCATTACGGTGTTGCAGATCTGCTGTGGGTGTGATGTTTTGAACAATTTGACCTCAAAT
CAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAAGCATATGA
>SMB116 Suillus bellinii

AAGGATCATTAATGAAATTATAATCCGGCGAGGGAAAGGAAGGAGGGTTGTAGCTGGCCCTAGGGCAC
GTGCACGCTCTCTTTCTGGACTTTTCGCCGTATGGGCGTGGGGCAACCCGCGTCTTCATATACCTCTT
CGTGTAGAAAGTCTTTGAACGTTTTTACCATCATCGAGTCGCGACTTCCAGGAGACGCGATTCTTTGA
GACAAAAGTTATTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAT
CGCGATATGTAATGTGAATTGCAGATCTACAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCT
CGGTGTTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCAGTAAATTCTCAACCCCTCTCGATTTGCTTCGAGC
GGGTGCTTGGATGGTGGAGGCTGCCGGAGACCTTCCAGGACTCGGGCTCCTCTGAAATGAATCGGCTT
GCGGTCGACTTTCGACTTTGCATGACAAGGCCTTTGGCGTGATAACGATCGCCGTTCGCCGAAGTGCA
CGACAGAACGGTCCCGTGCCTCTAATGCGTCGACGCCTTCGGGCCGTCTTCCTCATTGACGTTTGACC
TCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB119 Macrolepiota cf. mastoidea

GCATTTTATTCATCCACCTGTGCACCTTTTGTAGTCTTCTGGGGATTGAGAGTGGCCGACTATCGAGA
ACTTCTCGGATGTGAGAGATGCTTGCACAACAAAAAGTGCAGCTCTCCTCAAATGGTCACAAACCTTC
CCTGGAGTCTATGTTTTTATATTCATATACCACGTAGTATGTTGCAGAATGAATTCAGTGGGCCTTTG
TGCCTATAAATGATCTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAG
CGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGC
TCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCCCTCTAACTTTTGTTG
GAAGGGGCTTGGATATGGAGGTTTGCTGGCCCTTTGTTAAAGAAGGTCAGCTCCTCTGAAATGCATTA
GCGGAACCGTTTGCGATCCGTCACAGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGTATAGTCGCTCTCTGTCTG
TTCAGCTTCTAATCGTCTTCATGGACAATTCTATTGAATATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB120 Cortinarius sp. (PN. Sp) CM082
AAGGATCATTATTGAATTAAAYCTGATAAGTTGCTGCTGGTTCTCTAGGGAGCATGTGCACGCTTGTC
ATCTTTATATCTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGACCTGGATATCTCTCTGAGTGCTAGTTACTCAGGT
TTGAGGATTGATGTTTGTCTTTNCCTTACATTTCCAGGCCTATGTTTATTCATATACCCAATGTATGT
CATAGAATGTAATCAATGGGCCTTTGTGCCTATAAACCTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGC
TCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATC
GAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAATAT
ATCAGCCTCTTCAAATTTTATTTTGTCGAGTGTTGGATGTGGGGGTTATTTCTTTGCTGGTCTTCTGA
AGATCAGCTCCCCTGAAATGCATTAGCGGAACAATTTGTGGACCGTTCATTGGTGTGATAACTATCTA
CGCTATTGGATGTCAAGCAGTTCAGCTTCTTAATAGTCCATTGACTTGGACAACTTTTCATTAATGTG
ACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB124 Aagaricus nevoi

CCTGCGGAAGGATCATTATTGAATTATGTTTTCTAGATGGGTTGTAGCTGGCTCTCTAGAGCATGTGC
ACGCCTGTTTGGATTTCATTTTCATCCACCTGTGCACCTTTTGTAGTCTTTGTTGGGTATTGGAGAAA
TGGTCAGCCTATCAGCCCTTGCTGGATATGAGRATTTGCAGTGTGAAAACATTGCTATCCTTTACTTG
GCCATGGATTCTTTTTCCTGCCAGAGTCTATGTCATTTATCATACCCTATAGAATGTCATTGAATGTC
TTTACATGGGCTTGTATGCCTATGAAAATTGTAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGC
ATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCT
TTGAACGCATCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAAC
TCTCTTATACTTTGTTGTAAAGGAGAGCTTGGATTATGGAGGTTTGCTGGCCACTTGTTAAGGTCAAC
TCCTCTGAAATGCATTAGCGGAATGGTTTGCAATCTGCCACAAGTGTGATAATTATCTACACTGGCGA
GGGGGTTGCTTTCTATGTTGTTCTGCTTCTAATCGTCTCAATTGTATGGGACAACTTTTTTGAATGCT
TGACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB129 Cortinarius palazonianus

AAGGATCATTATTGAAATAAAACTGATGGGTTGTTGCTGGTTCTCTAGGGAGCATGTGCACACTTGTC
ATCTTTATATCTCCACCCCGTGCACCTTTTGTAGACCTGGATATCTCTCTGAGTGCTAGTCACTCAGG
TTTGAGTATTGACTTCATGTCTTTTCTTACATTTCCAGGCCTATGTTTTTCCATRTACCCCAATGTAT
GTCTTAGAATGTATTCAATGGGCCTCTGTGCCTATAAAATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTC
TTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAA
TCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATT
AATATATCAACCTCTTCAAATTTTTTGTTTGACGAGTGTTGGATGTGGGGGGACTGCTTTGCTGGTCT
AAACAGGTCAGCTCCCCTGAAATGCATTAGCAGAACCATTTGCAGATCGTTCTTTGGTGTGATAATTA
TCTACGCTATTAACGTGAAGTAGTTCAGCTTCTAACAGTCCATTGATTTGGACAATTTTCATTAATGT
GACCTCAAATCAGGTAGGACTA
>SMB135 Aagaicus devoniensis

GCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTATTGAATTATGTTTTCTGGATGGGTT
GTAGCTGGCTCTTTGGAGCATGTGCACGCCTGCCTGGACTTCATTTTCATCCACCTGTGCACCTTTTG
TAGTCTTTTTCAGGTATTGAGTGAAGTGGTCAGTCTATCAGCTCTTTGCTGGATGTAAGAACTTGCAG
TGTGAAAACAGTGCTGTCCTTTACCTTGACCATGGAATCTTTTTCCTGTTAGAGTCTATGTTATTCAT
TATACTCTTAGAATGTCATTGAATGTCTTTACATGGGCTTTTATGCCTATGAAAATTATTATACAACT
TTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTC
>SMB140 Xerocomus sp.

AAGGATCATTATCGAATTCGGAGGGGGGGAAGACGGGAAGGTGGAGACTGTCGCTGGCTTTTCTGGCA
TGTGCACGTCTTCCTTTTCGTCGACCTCACTCTTTCTCTCACACCTGTGCACCCATTGTAGGTCTTCG
AAAGAGGATCTATGTCTTTATCATCACACGCGTCGTATGTCTATAGAATGTGTTGAAAACGTCGACCG
ACCTTCGGGTTGGAAGAGCGTTGGATAAATCATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCAT
CGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGATTTTCAGTGAATCATCGAATCTT
TGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATCGAATTCTCAACC
ATGTCTTGATTCATTTCGAGGCATGGGTTGGACTTGGGGGTTGCTGGCGGTGAAAAGCTATCAGCTCT
CCTGAAATGCATTAGCGACGGGCAGCAAGTCCCTGACGTGCACGGCCTTCCGACGTGATAATGATCGT
CGTGGCTGGAGCGTCGGACATGCATGAATCGTCTGTTTGCTTCCAATCCCTAGACTTGGACCTTTGGA
CCCTTCGAGCGAAGCTTGGCTACTAGTCGGTCTTGAGGCCGACGAACGCAGG
>SMB147 Gyrporus aff.castaneus

AAGGATCATTAAGGAAGTAAGACGGGCCGTATGACCGAGTCGATCTTGGTCATGTACGGTCCGGGTCG
GTCTTTCCTGTGCACCCATCGTAGGTCTTCGGACCTACGTTCATCACCTCGGTGTTCGAATGTCCATG
GAGTGTGACCGTCTGACCCTYGTGTCGGGCGAGAACAGATAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCT
CGCATCGATGAAGGACGCAGCGAATCGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGATCTTCCGTGAATCATCGA
ATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTCGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTCTGAGTGTCTGGATACTCT
CGGTTCCGAGATCTTTCGGGGTATCGGAACCGGAAATTGGGAGCTTGCGGGYGTCATCCTCGGTCGAG
GWGACGTCGGCTCTCCTGAAATGCATTAGCGGAGAGGAACGGCACCCGAAGTCCCAGCGAAACGGAGT
GCAACCCTTTTCCCTCGGCGTCGTAAGGATCGTCGTCGGCAGCTCGGGAAGCACAGAGCGGGGTTTCG
GGCAAATGGCGTGTCTCACGCTGCTAGCACGGTCGGGCGAGCCTCGCGGGTCGTCGGGCATGTTTTCA
GGACTCGGCCTCAGATCAGGCAGGGCTA
ANNEXE IV
Exemple de fichier Sequin
Exemple de fichier Sequin pour Inocybe aff. tigrina.
LOCUS KP826720 630 bp DNA linear PLN

14-JAN-2016
DEFINITION Inocybe aff. tigrina CM024 18S ribosomal RNA gene,
partial
sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal
RNA gene,
and internal transcribed spacer 2, complete sequence;
and 26S
ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION KP826720
VERSION KP826720
KEYWORDS .
SOURCE Inocybe aff. tigrina CM024
ORGANISM Inocybe aff. tigrina CM024
Eukaryota; Fungi; Dikarya; Basidiomycota;
Agaricomycotina;
Agaricomycetes; Agaricomycetidae; Agaricales;
Inocybaceae; Inocybe.
REFERENCE 1 (bases 1 to 630)
AUTHORS Benazza,M., Billette,C., Fortas,Z. and Savoie,J.-M.
TITLE Macromycete fungi in semi-arid climate of M'Sila cork
oak forestnear Oran (Algeria)
JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2 (bases 1 to 630)
AUTHORS Benazza,M., Billette,C., Fortas,Z. and Savoie,J.-M.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (19-FEB-2015) UR1264 MYCSA, INRA, CS 20032,
Villenave
d'Ornon F-33882, France
COMMENT ##Assembly-Data-START##
Assembly Method :: Cap v. 1991
Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing
##Assembly-Data-END##
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..630
/organism="Inocybe aff. tigrina CM024"
/mol_type="genomic DNA"
/isolation_source="Quercus suber and Pinus
halepensis
forest"
/specimen_voucher="CM024"
/db_xref="taxon:1779317"
/tissue_type="flesh"
/dev_stage="sporophore"
/country="Algeria: M'Sila forest, 50 km NW
Oran"
/lat_lon="35.38 N 0.53 E"
/altitude="325 m"
/collection_date="22-Dec-2012"
/collected_by="Mounia Benazza"
/identified_by="Mounia Benazza and Christophe
Billette"
/PCR_primers="fwd_name: ITS1, fwd_seq:
tccgtaggtgaacctgcgg, rev_name: ALRO, rev_seq:
catatgcttaagttcagcggg"
rRNA <1..11
/product="18S ribosomal RNA"
misc_RNA 12..252
/product="internal transcribed spacer 1"
rRNA 253..409
/product="5.8S ribosomal RNA"
misc_RNA 410..606
/product="internal transcribed spacer 2"
rRNA 607..>630
/product="26S ribosomal RNA"
ORIGIN
1 aaggatcatt atcgaataaa cttgaacagg ttgttgctgg tctcctctgg gggattatgt
61 gcacgcttgt ctcatctttg ttatttctcc aacactgtgc accttttgta gaccctggaa
121 cttttatgga ttttctgaaa atccgagtca ggattgctgt tgctgtaaaa agtcagcttt
181 gccttgggtc tatgtcattt ttcacaaacc tcatatgttt agaatgttgg aaaatataaa
241 tttgaaatat acaactttca gcaacggatc tcttggctct cgcatcgatg aagaacgcag
301 cgaaatgcga taagtaatgt gaattgcaga attcagtgaa tcatcgaatc tttgaacgca
361 tcttgcgctc cttggtattc cgaggagcat gcctgtttga gtgtcattta acttctcaac
421 cacatcagat gatgatgttg gcttggatgt gggggttgtt tttgcaggct ttctgtagaa
481 ggtcggctcc cctgaaatgg attagtggta tctgaggcta ctactgtggg tgtgataact
541 atctatgcct ttggtatgcc gcatgaacag attacactgc ttctaacaac acaaattttg
601 ataaatttga cctcaaatca ggtaggacta
//
Phytotaxa 282 (2): 119–128 ISSN 1179-3155 (print edition)
http://www.mapress.com/j/pt/
Article PHYTOTAXA
Copyright © 2016 Magnolia Press ISSN 1179-3163 (online edition)
http://dx.doi.org/10.11646/phytotaxa.282.2.3
A new record of Tricholoma caligatum (Tricholomataceae) from North Africa with

a discussion of related species
MOUNIA BENAZZA-BOUREGBA1,2,3, JEAN-MICHEL SAVOIE1, ZOHRA FORTAS2 & CHRISTOPHE
BILLETTE1
1
MycSA, INRA, CS 20032, 33882 Villenave d’Ornon, France
2
Laboratoire de Biologie des microorganismes et de Biotechnologie, Département de Biotechnologie, Faculté des Sciences, Université
des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Ahmed Benbella d’Oran 1, Algeria
3
Département de Biotechnologie végétale, Faculté de la Nature et de la Vie, Université des Sciences et Technologie d’Oran Mohammed
Boudiaf, Algeria
Corresponding authors. Email: benazzamounia@yahoo.fr; christophe.billette@inra.fr
Abstract
Among the Basidiomycota, matsutake are the most appreciated mushrooms in Japan. Some Tricholoma species belong-
ing to matsutake group are exported from North Africa to Japan. Until the beginning of the 21st century, the North African
‘matsutake’ was identified as T. caligatum, which is a circum-Mediterranean species described in 1834. However, recent
molecular analyses uncover some North African isolates as T. anatolicum, which is a species described from Turkey in 2003.
As a result, the presence of T. caligatum in North Africa remained to be confirmed. We analyzed a recent specimen collected
in Algeria from mixed forest and based on molecular and morphological data, we found that it belongs to T. caligatum, indi-
cating the existence of two species in North Africa. Morphological traits and molecular markers are proposed here to easily
distinguish these two species from each other. The concept of both the species and their respective geographic distributions
are discussed.
Key words: fungal taxonomy, phylogeny, polyphyly, species hypothesis
Introduction
Tricholoma matsutake (S. Ito & S. Imai) Singer and its allied species are ectomycorrhizal fungi that are the most
economically important edible mushrooms in Japan (Ota et al. 2012), where they are a delicacy popular as black
truffle in Europe. The collection of these fungi constitutes a valuable resource as a non-timber forest product (NTFP)
with an economic value that can outstrip that of timber production in the same forest (Chapela & Garbelotto 2004). In
North Africa, collection of Tricholoma species from matsutake group is very significant economically with an average
of 61 tons (t) collected each year (peaking at 80 t in 1997) in Morocco (under Cedrus atlantica (Endl.) G.Manetti ex
Carrière and Pinus halepensis Mill.), and exported to Japan (Harki & Hammoudi 2008, Abourouh 2013). A Tricholoma
identified as matsutake was also exported from Algeria to Japan Boa (2004). The North African matsutake is actually
not T. matsutake and was considered to be T. caligatum (Viv.) Ricken (1914) until the beginning of the 21st century. It
is also consumed by local populations.
Tricholoma caligatum was originally collected in Chiavari (Italy) and described by Viviani (1834). It was reported
as southern species occurring most commonly around the western Mediterranean Sea, especially in Southern France,
Eastern and South-Eastern Spain and in adjacent northwestern Africa. Maire (1915) reported Algerian specimens
under Cedrus atlantica. This description was complemented by Malençon & Bertault (1975) who found this species
under Cedrus and Pinus halepensis. Kytövuori (1988) considers the species found under Cedrus atlantica in North
Africa to be T. nauseosum (A. Blytt) Kytöv., a species described by Blytt as Armillaria nauseosa A. Blytt in 1904 and
transferred to genus Tricholoma by Kytövuori in 1988 (Tricholoma nauseosum). Later, Iwase, (1994) distinguished
three types of T. caligatum: T. caligatum1 distributed in North Africa and Southern Europe, T. caligatum2 found in
western North America and associated with conifers, and T. caligatum3 found in eastern North America and associated
Accepted by Samantha Karunarathna: 30 Sept. 2016; published: 27 Oct. 2016 119

Licensed under a Creative Commons Attribution License http://creativecommons.org/licenses/by/3.0
with oak trees. Matsushita et al. (2005), based on a molecular analysis, suggested that T. nauseosum and T. matsutake
were the same species (current name in Index fungorum: T. matsutake). Chapela & Garbelotto (2004), using ITS
polymorphism, considered T. caligatum as a polyphyletic group. Their analyses demonstrate that ITS region (ITS1,
ITS2 and 5.8S) alone was insufficient to clarify relationships between T. matsutake, T. bakamatsutake Hongo, T.
fulvocastaneum Hongo and T. caligatum. The addition of two other markers, tef and megB1, (Ota et al. 2012), allowed
to identify the clade corresponding to T. caligatum. This clade included two specimens morphologically identified
from Spain (AB699667) and Italy (AB699665, where the species was initially described).
Intini et al. (2003) identified a new species of Tricholoma from Turkey, T. anatolicum H.H. Doğan & Intini. Dogan
& Akata (2011) described the ecological features of this species and compared its characteristics with T. caligatum
and other species. He noticed that “T. anatolicum has been known erroneously as T. caligatum somewhere in Turkey”.
Two strains from Morocco found under Cedrus atlantica in the Atlas Mountains (ITS sequence: AF309532, collected
by T. Nakai, and D86572, strain MO1) were initially identified as T. caligatum, but were considered identical to T.
anatolicum by Chapela & Garbelotto (2004). Primers used by Murata & Yamada (2000) amplified DNA of several
T. matsutake and of two other strains from Morocco, MC1 and TM5 (collected in 1998 and 1992, corresponding to
AB699645 and AB699646 respectively) and not T. caligatum. In their analysis Ota et al. (2012) confirmed, based on
multilocus dataset, that these samples from Morocco belong to the clade T. anatolicum. Morphological characteristics
of T. caligatum are difficult to differentiate from that of T. anatolicum and these species might have been confused
for a century in North Africa. On the other hand, due to systematic uncertainties and probable misidentifications, the
sequences in public databases are confusing. Each time a molecular check was done from North African T. caligatum
specimens, it was found that they had similar sequences as T. anatolicum and differed from T. caligatum whose
phylogenetic position was specified by Ota et al (2012).
The objectives of the present work are to clarify the circumscription of the species previously confused with
T. caligatum, to formally confirm if T. caligatum is currently present in North Africa and to propose easy ways to
differentiate this species from T. anatolicum without ambiguity.
Materials and methods
Material and Study area

The basidiocarps used for this analysis were collected in December 2012 in Northwest Algeria in the 500 ha « Parc
Zoologique » which is part of the 1570 ha M’Sila Forest. The forest is a mixture of Quercus suber L. and Pinus
halepensis. This forest (elev. 90–380 m) is located in the municipality of Boutlelis, Wilaya of Oran, 7 km far from the
Mediterranean Sea and 11 km west of the city of Oran. The climate is typical of Mediterranean coasts (Berriah 2015)
with a mild winter; temperatures ranging between 7 and 18°C, with August being the hottest month with an average
temperature of 24.8°C. The area is known as semi-arid with rainfalls averaging 400 mm / year. However, the lack of
rain is compensated by the contribution of fresh sea breezes (Aimé 1991). Soil texture is clayey or siliceous, sand to
clay-loam in different places (Bouhraoua 2003). The pH of the soil is slightly alkaline, approximately between 7.2
and 7.9. Alkaline pH is characteristic of semi-arid zones in the west of Algeria (Aimé 1991). The soil has very low
limestone content, following a decarbonatation (Aimé 1991). This low limestone content explains the presence of the
cork oak, a calcifuge tree. However, it is present only in the form of relic forests insulated in the northwest of Algeria.
The specimen (voucher number MPU028328) was deposited in Herbarium MPU Montpellier, France, http://www.
collections.univ-montp2.fr/herbier-mpu-presentation/base-de-donnees-botanique-herbier-mpu. The other specimens
mentioned in this study are named with their ITS GenBank number which are indicated in the phylogenetic tree of
Fig. 1.
Taxonomy
The basidiocarps were photographed with a Kodak M1033 (10 MEGAPIXELS) camera in their natural habitat, brought
back to the laboratory where their morphological characteristics were recorded. Dried specimen (number CM030)
were kept in a zip lock bag. Identification was made according to Viviani (1834), Bigelow (1979) and Dogan & Akata
(2011). For micromorphological features, sections of lamellae from dried specimens were mounted in 3% KOH and
ammoniacal Congo red to observe spores and basidia using a HB-LUX microscope at X 1000 magnification and a
camera (TOUPCAM CMOS 5.2MP). Basidiospores and basidia were measured with Piximètre software v.5.9. Size
values reported for basidiospores were based on at least 30 measurements and included the mean length × mean width
± SD; Q, the quotient of basidiospore length to width, and Qm, the mean of Q-values.
120 • Phytotaxa 282 (2) © 2016 Magnolia Press Benazza-BOUREGBA ET AL.

FIGURE 1. PhyML Phylogram of Tricholoma caligatum sensu strico, Tricholoma identified in the past as T. caligatum, T. anatolicum
and similar species. The tree was obtained after analyzing rDNA ITS (ITS1, 5,8S and ITS2) sequences. T. flavovirens (AB036895) and
T. portentosum (AB699671) (Ota et al. 2012) are used as outgroup to root the phylogeny. Thickened black branches refer to species that
were initially identifed as T. caligatum but correspond to different species. The origins of the specimens are indicated. Clade numbering
follows Murata et al. 2013a. Bootstrap values >50% are shown above or left of branches. Sequence in bold corresponds to the Algerian
sample collected for this study. In red are RefSeq or RepSeq for SH in Unite database, corresponding to different clades in this phylogram.
Sequences used in articles updating phylogeny of Tricholomatoid clade and Tricholoma genera are indicated (*1 Kikuchi et al. 2000; *2
Chapela & Gabelotto 2004; 3* Ota et al. 2012; *4 Murata et al. 2013a).
Tricholoma caligatum (Tricholomataceae) Phytotaxa 282 (2) © 2016 Magnolia Press • 121
DNA extraction, PCR amplification and sequencing
DNA extraction and amplification from dried specimens were performed following Doyle (1987) and Noël & Labarère
(1987) with minor modifications. Mass of 25 mg of dried basidiocarps was ground in liquid nitrogen before extraction.
The resulting powder was re-suspended in 700 µl of hot lysis buffer (CTAB 2 %, NaCl 1.4 M, EDTA pH 8.0 20 mM,
Tris–HCl pH 8.0 100 mM) supplemented with 14 µl of β-mercapto ethanol. The resulting mixture was incubated for
20 min at 65°C, mixed by regular inversion and cooled to room temperature. One volume of chloroform:isoamyl
alcohol (24:1) was added and gently mixed with the samples until they emulsified. The mix was centrifuged for
10 min at 20 000 g. The aqueous portion containing rDNA was transferred to a new tube. A second extraction was
carried with 700 µl of chloroform:isoamyl alcohol (24:1) and 5 min centrifugation at 20 000 g. DNA present in the
supernatant was precipitated with 700 µl of precipitation buffer (CTAB 1 %, NaCl 0.04 M) and incubated at room
temperature for 30 min. The supernatant was discarded and pellet was washed with 500 µl of NaCl 1M and 1 ml of
absolute ethanol. The suspension was carefully mixed, incubated at room temperature for 30 min and centrifuged 10
min. The pellet was washed three times with 1 ml 70% ethanol; for each rinse, the suspension was centrifuged for 10
min at 20 000 g and the supernatant was discarded. The pellet was dried in a Speed Vac (Thermosavant) and finally
resuspended in 50 µl of UltraPure DNase/RNase-Free distilled water. DNA quantification was performed using a
NanoDrop Spectrophotometer ND-1000.
Amplification of ITS1 and ITS2 regions and 5.8S rDNA was carried out in PCR reaction mixture containing
50–100 ng of fungal DNA, 2 µl of each primer solution (10 mM): ITS1(5′-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3′) (White
et al. 1990), and ALR0 (5′- CATATGCTTAAGTTCAGCGGG-3′) (Collopy et al. 2001), seven micro litre of mix dNTP
(10 mM) (GAE PCR 11–5D, Amersham Pharmacia Bioth inc.), 10 µl of GoTag buffer (5X), 0.4 µl of GoTag DNA
polymeras (Promega Corp., Madison, Wis, USA), and adjusted to a final volume of 50 µl.
Reactions were performed in a thermocycler (Eppendorf Mastercycler) using the following program: (a)
denaturation at 95°C for 5 min; (b) 38 cycles of denaturation at 95°C for 40 s, annealing at 57°C for 45 s and elongation
at 72°C for 1 min; (c) final extension 5 min at 72°C. PCR products were checked in 1 % agarose gels, and DNA was
sent to Beckman coulter Genomics for sequencing of both stands (Sanger dideoxy sequencing method). CAP (v.1991)
was used to assemble sequences.
Phylogenetic analyses
Samples from different geographic regions, with sequence data published in GenBank and originally identified as
T. caligatum were used in the analyses. These sequences were derived from mushrooms originating from Spain
(AB738881), Costa Rica (AF309520), Mexico (AF309518, AF30952219) and the USA, North Carolina (AF309522).
We also added five sequences derived from samples originally identified as T. caligatum, but belonging to T. dulciolens
according to Murata et al. (2013a) who sequenced the type specimen (AB738883) and positioned it in the phylogeny
of Tricholoma spp. producing “matsutake” mushrooms.
The phylogenetic tree was constructed using the maximum likelihood method implemented in the PhyML program
(v3.0 aLRT). First sequences were aligned with MUSCLE (v3.7) and then ambiguous regions were removed with
Gblocks (v0.91b) with default settings. In ML analysis (http://www.phylogeny.fr/), the default substitution model was
selected assuming an estimated proportion of invariant sites and four gamma-distributed rate categories to account
for heterogeneity rate across sites. The gamma shape parameter was estimated directly from the data. Reliability for
internal branch was assessed using the bootstrapping method (100 bootstrap replicates). Graphical representation and
editing of the phylogenetic tree were performed with TreeDyn (v198.3). Editing of sequence alignment was performed
with BioEdit software (v7.0.9.0) Hall (1999).
Results and discussion
Phylogenetic position of North African specimens

The ITS sequence (KC565866) of the specimen recently isolated in Algeria (MPU028328) was identical to sequences
of two specimen vouchers of T. caligatum: AB738884 from Calabria (Italy) and LT000152 from Valencia (Spain).
In the phylogenetic analyses (Fig. 1), the sequences of the recent Algerian sample clustered in the same clade as
AB699665 from Italy, as AB699666 and AB699667 from Spain. These three samples were considered as the reference
for T. caligatum by Ota et al. (2012) and Murata et al. (2013a). One more sequence, AB738885, from an Italian
sample, considered as the reference sequence (RefSeq) for the species hypothesis (SH), corresponding to the southern

European T. caligatum (Tricholoma caligatum|AB738885|SH221552.07FU Threshold 1.5) in UNITE database, belong
to the same clade. These five specimens were found under, P. halepensis (AB699666), Pinus pinea (AB738885 and
AB699665) or Pinus sp. (AB699667), and M’Sila mixed forest (P. halepensis and Quercus suber) for KC565866.
The present analyses confirm the presence of T. caligatum in Algeria. Other samples originally misidentified as T.
caligatum, clustered together in different clades well supported by bootstraps values and different from clade I (T.
caligatum sensu stricto).
In our phylogenetic ML tree (Fig. 1) we observe four strongly supported major clades (bootstrap support value >
80) corresponding to the previous clades of Murata et al. (2013a), except that clade II and IV cluster together in our
study.
Taxonomy
Tricholoma caligatum: (Viv.) Ricken, Die Blätterpilze 1: 331 (1915)
Description based on the specimen CM030.

Macroscopic characteristics: Pileus 9–10 cm diam., broadly convex, covered with large appressed brown-
ochraceous scales on a whitish background which is well-visible near the margin; Margin inrolled. Lamellae whitish,
narrow, slightly adnexed, edges smooth. Stipe 9 X 3.5 mm; completely buried in the ground, sub-equal, slightly
attenuated towards the base, with a boot opening at the top in a large white annulus, brown scales on the boot, giving
ornamentation streaks or stripes across white background; stipe white above the ring. Microscopic characteristics:
Basidiospores:—white (4.8–)5.5–6.1–6.5(–6.7) × (3.8–)4.4–4.8–5.3(–5.6) μm; Ovoid to ellipsoid; thin-walled, smooth,
sometimes with a guttule. Basidia:—23.8–34.5 × 5.8–8.1 μm clavate, 4-spored. Cystidia and Clamp connections not
observed.
Species-specific ITS markers:—Tricholoma caligatum possesses fourteen species-specific ITS markers among the
whole species used in our phylogenetic analyses (Table 1).
Specimen examined:—ALGERIA. Wilaya of Oran, M’Sila forest, Parc zoologique, 35° 64’ 36’’N, 0° 89’ 16’’E
(DD), elev. 90–380 m, December 2012, collector M. Benazza, CM030 (MPU 028328).
Note:—The main characteristics that allow to distinguish T. caligatum from T. anotolicum have been recalled
and summarized in Table 2. Microscopic characteristics such as basidiospore size and basidia don’t allow distinction
between T. anatolicum and T. caligatum, except the maximum width of the hyphae on pileal surface (Table 2), a
character not available in our dried specimen. Morphological criteria cannot be used for accurate species identification.
Some of these specific characteristics, pileipellis, lamellae, odor and taste need to be confirmed in the future on fresh
specimens from North Africa. According to its basic morphology, cytology and molecular specific traits (Fig. 2) the
specimen isolated in M’Sila forest, Algeria, in 2012 corresponds to T. caligatum. This result is concordant with the
phylogenetic analyses.
TABLE 1. The fourteen species-specific ITS markers that distinguish species T. caligatum from all species used in this
study. Positions are measured from the first base of sequence KC565866 (Aaggatcatta).
Species Positions
ITS1 5.8S ITS2 28S
12 16 33 51 65 71 182 341 423 439 447 477 598
T. caligatum C G C A T G C A T T T T A
Other species* T A T G C C A G C C C C G
*T. matsutake and allied species
Taste and fragrance

The diversity of opinions on the taste and fragrance of these mushrooms could be due to taxonomical misidentification,
genetic diversity among populations of the same species and/or variations with the environment. With molecular tools,
it will now be possible to determine the real species. For each population of T. caligatum and related species, and for
T. anatolicum it will be possible to determine taste and fragrance in relation with host tree.
FIGURE 2. Tricholoma caligatum from M’Sila forest near Oran in Algeria. Bars: 2cm. A. mushroom buried in sandy soil, B. stipe with
brown scales.

TABLE 2. Main characters, selected from Dogan & Akata (2011), which allow distinguishing T. caligatum from T.
anotolicum.
T. anatolicum T. caligatum
Pileus 4 to 20 cm, hemispherical, convex to plane, white 3 to 12 cm, subumbonate, blackish brown, with dark
to pale creamy when young, brown to brownish- brown scales.
ochraceous with age.
Odour and taste Fragrant, like that cedar of Lebanon (C. libani), taste Strong, just like that Inocybe corydalina, taste
very mild, pleasant sweetish-bitter to bitter
Lamellae Narrow, adnexed Close, broad, sinuate
Annulus very close the lamellae 7 to 25 mm down from the lamellae
Stipe above the annulus white, below the annulus more or less transverse, blackish brown zones on a
ochraceous-brown zones lighter background
Pileal surface hyphae, 7 to 28 μm wide, 7 to 16 μm wide
FIGURE 3. Indel (42bp) that distinguish ITS1 sequence of T. caligatum and T. anatolicum. The black box indicats the position of
unspecific primer ITScalf used with ITScalr to amplify this region and identify the two species present in North Africa.
Clarification of T. caligatum species concept in UNITE database

Kõljalg et al. (2013) proposed the concept of species hypotheses (SHs) for taxa arising from two rounds of clustering
of ITS sequences. In Unite database (http://www2.dpes.gu.se/project/unite/UNITE_intro.htm), clustering using
different similarity threshold values are proposed as no single threshold “will demarcate intraspecific from interspecific
variability in all fungi”. One sequence is chosen to represent each SH; these sequences are called representative
sequences (RepSeq) or reference sequences (RefSeq) depending on the sequence choice (https://unite.ut.ee/repository.
php).
The 98.5 similarity threshold is sufficient to distinguish species without ambiguity as the four different species of
the matsutake group, which are T. matsutake, T. anatolicum, T. sp. from Mexico and T. magnivelare (Peck) Redhead,
Trans. Mycol. Soc. Japan 25(1): 6 (1984), species confirmed by Ota et al. (2012) and Murata et al. (2013b), cluster in
a single SH at this similarity cut-off. With this setting the present analysis shows that many samples initially identified
as T. caligatum did not belong to the clade T. caligatum s. str. and these accessions correspond to species distinct
phylogenetically from the European T. caligatum to which the original specimen collected in Italy belong. Sequences
of the four Moroccan samples clustered in the T. anatolicum clade that were clearly circumscribed in the analyses
done by Ota et al. (2012) using three partial genes and that have AB699644 as RefSeq in UNITE database. The
Algerian sample Tc1(AF204813—Kikuchi et al. 2000), the fifth strain of the north African T. “caligatum” of which
ITS sequence was obtained and released in GenBank before we released the sequence KC565866 in May 2013, is
actually a T. anatolicum in the phylogenic tree (see Fig. 1). Among the five hypothetical species identified with the
name T. caligatum in UNITE database in May 2016, only one should keep this identification (clade I in Fig. 1). The
four others need to be described and re-named accordingly.
Finally, phylogenetic analyses and SH discrimination using similarity cut-off confirms that T. caligatum cannot be
considered as a polyphyletic group. This species is well circumscribed by phylogenic analyses of rDNA ITS sequences.
Among the eight different species that have been identified in the past as T. caligatum, three have been described and
named (the two first correspond to T. caligatum1 of Iwase 1994):
− Tricholoma caligatum s. str., described by Viviani in 1834; according to the current state of knowledge, its
distribution is limited to south Europe and Algeria (SFig. 1). In North Africa this species must not be confused with T.
anatolicum. The type has not been sequenced yet and AB738885 can be used as RefSeq.
− Tricholoma anatolicum (RefSeq AB699644); the holotype was sequenced (Intini et al. 2003) but the sequence is
not yet available in INSDC.
− Tricholoma dulciolens (RefSeq AB738883 from the type), corresponding to T. caligatum2 of Iwase 1994, collected
in Sweden and western North America.
Five are new species that should be described, named and a holotype designated:
− Tricholoma sp.1 (Tricholoma sp. | AB738881 | SH214407.07FU), sister species to T. dulciolens, found in Spain.
It is found in literature as Tricholoma ilkkaii nom. prov. (Gulden et al. 2013, Christensen & Heilmann-Clausen 2013)
− Tricholoma sp.2 (Tricholoma sp. | AF309522 | SH202219.07FU) and T. sp.3 (Tricholoma sp. | KC152249/
SH202218.07FU) clustered in a same clade, the first one from eastern North America (corresponding to T. caligatum3
of Iwase 1994), the other one collected in Costa Rica and Mexico.
− Tricholoma sp.4 (Tricholoma sp. | AF309518 | SH187071.07FU) collected in Mexico
− Tricholoma sp.5 (Tricholoma sp. | AF319425 | SH460882.07FU) origin unspecified (not included in our
phylogenetic analyses)
A large indel (42 bp) distinguishes ITS sequences from T. caligatum and T. anatolicum
To find a secure and easy method to distinguish these two species growing in North Africa, we examined the differences
between their aligned sequences. A large indel of 42 bp was found (Fig. 3) that may be used to develop a fast and
efficient discriminating molecular method for the distinction between the two North African Tricholoma species. A fast
DNA extraction using microwave oven (Goodwin & Lee 1993) or Whatman FTA Cards (Borman et al. 2006), followed
by PCR with the primers ITScalf (CCACCTGTGCACCTTTTGTAG) and ITScalr (ACTCAAACAGGCATGCTCCT)
are expected to amplify two DNA fragments of 282 bp and 328 bp for T. caligatum and T. anotolicum respectively (Fig.
3). The size of the amplicon can be measured by electrophoresis on a concentrated gel (1.5 % agarose) or on a high
resolution agarose gel (with MetaPhor Agarose LONZA WALKERSVILLE INC) with a benchtop DNA ladder beside
the samples. Two other ways to distinguish these two species are (i) to digest an amplicon obtained with universal
fungal rDNA primers (ex ITS1/ALR0) using an appropriate restriction enzyme (EcoRII (/CCWGG) by example), or
(ii) to amplify the ITS fragment by qPCR, using a specific probe for the longest sequence. In these cases a good quality
DNA extract is required.
Distribution of the 4 European and North African species of T. matsutake and allied species
Kytövuori (1988) has presented the distribution of T. caligatum, T. dulciolens and T. nauseosum. Specimens of T.
nauseosum examined and identified by Kytövuori in Algeria in 1988 were found under Cedrus atlantica. This author
considers that specimens collected under the same tree in Morocco by Malençon and Bertault also are T. nauseosum.
All specimen of T. nauseosum found under this tree in Morocco actually belong to T. anatolicum as revealed with
molecular studies (Ota et al. 2012). Then, we predicate that specimens collected in North Africa were misidentified and
are T. anatolicum and not T. nauseosum because T. nauseosum is synonym of T. matsutake (Kytövuori 1988) ), which is
confirmed by molecular study by Bergius & Danell (2000) and Matsushita et al. (2005). The presence of T. matsutake
in North Africa as not yet been demonstrated.
Based on molecular analyses, the distribution of the four Europeans and North African species of T. matsutake and
allied species is the following:
− Tricholoma caligatum distribution (http://dx.doi.org/10.15156/BIO/SH221552.07FU) is illustrated by SFig. 1. In

Unite databases the RefSeq is AB738885 and our sample (KC565866) is the first African specimen reported confirmed
by molecular tools. Specimens of T. caligatum from Cyprus (Loizides 2008) and Switzerland (Breitenbach & Kränzlin
1991), should be sequenced to determine if they belong to the same species as T. caligatum s. str.
− Tricholoma anatolicum distribution is different. It was found in Turkey, Morocco, Algeria (AF204813) and one
sample (AF458443) was collected in western United States.
− Tricholoma matsutake is present in North of Europe (Norway, Finland—Ota 2012, Sweden—Matsushita et al.
2005), South Europe (Italy, Switzerland—Matsushita et al. 2005) and on other continents.
− Tricholoma dulciolens was found in Sweden (Murata et al. 2013a)
Host
It is now necessary to confirm if, in Algeria and Morocco, T. anatolicum is specifically associated with Cedrus atlantica
and T. caligatum with Pinus halepensis similar to the association of T. anatolicum with Cedrus libani (in Turkey) and
T. caligatum with Pinus spp. in Southern Europe.

Conclusion
Tricholoma caligatum is not a polyphyletic group as previously proposed, but a well delimited species, according
to phylogenetic analyses of rDNA ITS sequences and the Species Hypothesis concept from UNITE database. Five
samples from North Africa for which ITS sequences were available had actually been misidentified and finally
correspond most likely to T. anatolicum. Nontheless, with a recent collection from the Algerian coast (Oran) in a
mixed forest of Quercus suber and Pinus halepensis, the presence of T. caligatum in North Africa is reported for the
first time using molecular tools. This work demonstrates that T. caligatum and T. anatolicum are both present in North
Africa. Considering the economic importance of these species as non-timber forest products, it is necessary to have
strong criteria for distinguishing them. Both morphological and molecular keys for an efficient and rapid distinction
will be required.
Acknowledgements
A special thanks to Philippe Callac for advice and assistance. Nawel Selami, Salah Brahim, Ahmed Abad and Mostapha
are acknowledged for their help and support during forest outings. We wish also to thank the MESRS ‘Ministère
de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique d’Algérie’ and INRA (Institut National de Recherche
Agronomique, France) for financial support.
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THÈSE

INVENTAIRE ET IDENTIFICATION DES

Devant le jury composé de :

Mr Hadjaj-Aoul S. Professeur, Université d’Oran 1 Ahmed Ben Bella Président

Ce travail a commencé au laboratoire de Biologie des Microorganismes et de

Nasr-eddine a rendu ces six dernières années merveilleuses. Je sais qu'il ne

À la Mémoire de mon Père

Mots clés: Basidiomycètes, Agaricomycotina, ITS, phylogénie récente, saprophytes,

Keywords: Basidiomycetes, Agaricomycotina, ITS, recent phylogeny, saprophytes,

SSU: Smal Sub Unit : Petite sous unité

Tableau 1: Les principaux groupes floristiques en Algérie (MATE, 2009) 9

Tableau 2: Caractéristiques botanique et écologique du chêne liège 11 à 12

Tableau 4: Taux de réussite des reboisements en chêne-liège en Algérie 18 à 19

Tableau 5: Classification des Agaricomycotina au niveau ordinal (Hibbett, 2006) 32

Tableau 6: Positions GPS des 4 parcelles prospectées. 44

Tableau 7: Couples d’amorces utilisées dans notre étude, permettant 56

Tableau 11 : Positions intra-spécifique chez L. littoralis. 89

Tableau 12 : Comparaisons des séquences ITS de A. indistinctus, A. essetei, et 130

Tableau 13: Comparaison des séquences (ITS) méditerranéennes (Algérie et 131

Tableau 14 : Compaaraison des séquences ITS d’Agaricus nevoi. 134

Tableau 19: Données écologiques sur quelques espèces de champignons 172

Chapitre II Matériels et méthodes

II. 4. 3. 2. Interprétation des hétéromorphismes 62

III. 2. 1. 4. 2. 2. 2. Inocybe malenconii 108

Chapitre IV Discussion générale

IV. 1. Inventaire des espèces fongiques récoltées de 2010 à 2013 158

Les connaissances scientifiques portant sur le règne fongique se sont fortement

Les collectes commerciales de champignons forestiers sont devenues de plus en plus

L’objectif principal de notre étude est :

- d’une part, d’identifier, la mycoflore de la subéraie dans le nord-ouest algérien, de

 Le chapitre I fait une synthèse bibliographique sur le statut écologique de la subéraie

 Le chapitre II “Matériel et méthodes” présente l’origine du matériel fongique et décrit

Enfin, le manuscrit de la thèse s’achève par la présentation des références

I .1. Les « hotspots » en région méditerranéenne :

Le complexe Bético-Rifain fait partie de ces 10 hotspots. Il englobe la région sud-ouest

I. 2. Diversité de la mycoflore dans les subéraies méditerranéennes

La désertification et la progression de la sécheresse sont en partie la cause de la dégradation

La diversité de la mycoflore des forêts méditerranéennes dépend aussi de la composition des

Tableau 1: Les principaux groupes floristiques en Algérie (MATE, 2009) http://www.institut-

I. 2. 1. Identification moléculaire des basidiomycètes des subéraies

I. 3. Le chêne liège (Quercus suber L.)

I. 3. 1. Caractéristiques botaniques du chêne liège

Tableau 2: Caractéristiques botanique et écologique du chêne liège (Quercus suber L.)

Hauteur L’arbre adulte souvent de 10 -15 m de hauteur (exceptionnellement 25m)

Feuilles Elles sont persistantes, coriaces et vert foncé, mesurant 3- 6 cm de long et 2 -4

Fleurs Les fleurs mâles, en grappes de 4 à 8 cm apparaissent sur les rameaux de

Fruit Le gland de couleur brune à maturité (automne), avec un pédoncule ≈ 4 cm de

Thermophile Il pousse sous des climats tempérés (températures moyennes annuelles 13 -

I. 3. 2. Distribution géographique du Q. suber dans le bassin méditerranéen.

Figure 2: Distribution du chêne liège dans le bassin méditerranéen.

France 150 000 149 000 54 000 70 000 56 500 44000

Italie 75 000 107 000 70 000 70 000 70 000 99000

I. 3. 3. Les subéraies algériennes

Les facteurs climatiques (température élevée et sécheresse sévère) et anthropiques

Deux voies de régénération sont connues :

Pour réussir une plantation de plants mycorhizés, il est indispensable de sélectionner

En effet, l’association racine-champignon produite en pépinière doit, en plantation, établir

Tableau 4: Taux de réussite des reboisements en chêne-liège en Algérie (campagnes 2001-2011)