Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA
ACARA 2
EKSTRASI DNA PADI DAN KEDELAI (TRANSGENIK DAN NON-
TRANSGENIK)
I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
DNA merupakan materi terkecil dari setiap makhluk hidup yang mempunyai
fungsi sangat penting dalam mengatur dan mengendalikan sifat organisme. DNA
memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-
komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa.
Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter
pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetik
Sifat suatu organisme dapat ditemukan dalam genom yang terdiri dari
kumpulan beberapa gen dan terangkai menjadi suatu urutan nukleotida yang
sangat panjang. Penyandian gen sangat berhubungan dalam pencarian sifat atau
karakter tertentu suatu tanaman. Perbaikan suatu sifat atau karakter tanaman
hama penyakit, dll. Sifat-sifat atau karakter suatu tanaman didasari oleh adanya
gen yang menyandi sifat tertentu. Sehingga, hal yang paling mendasar dalam
perbaikan suatu sifat adalah identifikasi dan rekayasa gen dari sumbernya yaitu
DNA.
dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan
karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Prinsip ekstraksi DNA pada berbagai jenis sel atau jaringan
pada berbagai organisme pada dasarnya sama namun memiliki modifikasi dalam
B. Tujuan
DNA adalah suatu asam nukleat yang menyimpan segala informasi biologis
yang unik dari setiap makhluk hidup. Peran utama dari molekul DNA adalah
kompleks yang terdiri atas 3 macam molekul, yaitu gula pentosa (deoksiribosa),
asam fosfat, dan basa nitrogenDNA dapat mereplikasi yaitu membentuk salinan
dirinya sendiri. Setiap untaian DNA berisi sekuens basis tertentu. Setiap basis
juga dihubungkan oleh molekul gula dan fosfat. Bila basis membentuk anak
tangga (horizontal), maka molekul gula dan fosfat membentuk bagian vertikal dari
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA.
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada
setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini
karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
memasukkan sebanyak 100 mg setiap jenis sampel ke dalam tabung mikro 1,5 ml
yang telah berisi 500 µl larutan lysis buffer. Sampel tersebut kemudian
pemanas dengan suhu 95 °C, lalu disentrifusi dengan kecepatan 12.000 rpm
selama 10 menit. Dari hasil sentrifusi tersebut diambil 200 µl supernatan, dan
dimasukkan ke dalam tabung mikro baru 1,5 ml yang telah berisi 400 µl larutan
etanol 95%, lalu dihomogenkan dengan bantuan vortex dan disentrifusi kembali
dengan kecepatan yang sama selama 5 menit. Setelah sentrifusi selesai, larutan
etanol dibuang, sedangkan butiran DNA yang terbentuk dilarutkan dalam 200 µl
komponen seluler lainnya. Prinsip dari ekstraksi DNA ini ada dua diantaranya
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul
ringan akan berada pada bagian atas tabung.Hasil sentrifugasi akan menunjukkan
dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada
Pada ekstraksi DNA dari tanaman, tahapan ini terjadi perusakan dinding sel
dan membran seluler (membran plasma dan nukleus).Dinding sel (terbuat dari
dinding sel dapat dilakukan dengan dua cara yaitu dengan cara mekanik
Prinsip dari purifikasi ini yaitu memisahkan DNA dari komponen seluler
DNA genom adalah langkah kunci dalam proses purifikasi. DNAse dapat
asetat. DNA tersebut dicuci dengan larutan etanol 70% untuk menghilangkan
garam dan impurities lain yang larut air, tanpa meresuspensi DNA.
Ekstraksi DNA adalah langkah pertama yang sangat penting dalam langkah-
langkah kerja analisis DNA sequencing. Kualitas secara keseluruhan, akurasi dan
panjang pembacaan urutan basa DNA dapat dipengaruhi secara signifikan oleh
karakter sample itu sendiri, dan metode yang dipakai untuk ekstraksi DNA.
Mengisolasi DNA dengan kualitas tinggi dari berbagai jenis sample memiliki
tantangan tersendiri, dan metode yang ideal akan beragam bergantung pada jenis
sample ditangani atau disimpan sebelum diekstrak. Metode untuk isolasi asam
Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk
dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prisnsip utama dalam
isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA
dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Dolphin,
2008). Menurut Surzycki (2000), ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam
proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA tanpa adanya
kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif dan bisa dilakukan
untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan
Bahan yang digunakan meliputi biji kedelai transgenik (GMO) dan kedelai
non-transgenik, daun tanaman padi, PTL buffer, enzym solution, PPT buffer, PGB
Buffer, GW1 Buffer, buffer GW2, buffer-GE. Sedangkan alat yang digunakan
pada praktikum acara 1 meliputi mortar, pestle, mikro pipet, pipet tip, mikro tube
B. Prosedur Kerja
2. Tambahkan 400 µl PTL buffer and 40 µl enzym solution. Vortex dan inkubasi
selama 15 menit pada suhu 650C. Bolak-balikan tabung 2-3 kali selama
7. Pindahkan 700 µl dari campuran ke dalam kolom putar dan sentrifudge selama
rpm.
10. Setelah sentrifudge, buang cairan yang turun dan pindahkan kolom putar ke
11. Tambahkan 500 µl buffer GW2 ke kolom putar dan sentrifudge selama 1
12. Setelah sentrifudge, buang cairan yang dibawah dan satukan kolom putar
dengan tabungnya.
13. Sentrifudge sekali lagi pada 12.000 rpm selama 1-2 menit untuk
bawah tabung.
14. Pindahkan kolom putar ke tabung 1.5 yang baru untuk elusi. Tambahkan 100
µl buffer-GE ke tabung dan tunggu paling lama 1 menit pada suhu ruang.
A. Hasil Pengamatan
B. Pembahasan
Masalah-masalah dalam ekstraksi DNA masih merupakan hal penting yang perlu
diatasi. Jumlah dan kualitas DNA hasil ekstraksi bervariasi tergantung dari spesies
lain di inti sel. Prosedur ini memiliki beberapa tujuan analisis yaitu visualisasi
gen, dan amplifikasi DNA. Terdapat tiga tahapan dasar dan dua tahapan tambahan
dalam prosedur isolasi DNA ini, yaitupreparasi ekstrak DNA (perusakan dinding
sel dan lisis membran sel), purifikasi DNA, dan presipitasi DNA, serta pemisahan
terhadap protein (dengan protease) dan RNA (dengan RNAse). Setiap maksud
berbeda. Kualitas DNA tersebut ditentukan oleh hal-hal berikut yaitu kemurnian
mengalami modifikasi selama proses isolasi berlangsung. Oleh sebab itu, terdapat
Macam teknik isolasi DNA mempunyai prinsip dasar yang sama yaitu untuk
mendapatkan kualitas DNA murni. Prinsip dasar pengerjaan isolasi DNA adalah
pemecahan atau penghancuran (lysis) sel, purifikasi DNA, dan presipitasi DNA.
hal yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus
metodenya harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang
dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul DNA; dan
Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Deoxyribo
nucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam
makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
penghancuran membran dan dinding sel. Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan
dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel (Holme dan
Hazel, 1998). Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni
dengan cara fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan
dan iradiasi (Giacomazzi et al., 2005). Cara lain yakni dengan menggunakan
penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran sel sehingga
atau penghancuran (lysis) sel. daun padi dipotong kecil-kecil lalu dimasukkan ke
dalam tube ukuran 1,5 ml sebanyak 0,5g atau setengah dari ukuran tube.
Penggerusan dilakukan menggunakan mortar dan pestle. Setelah daun biji kedelai
berikut :
10.000 rpm. Setelah sentrifudge, buang cairan yang turun dan pindahkan
10. Tambahkan 500 µl buffer GW2 ke kolom putar dan sentrifudge selama 1
11. Setelah sentrifudge, buang cairan yang dibawah dan satukan kolom putar
dengan tabungnya.
12. Sentrifudge sekali lagi pada 12.000 rpm selama 1-2 menit untuk
bawah tabung.
13. Pindahkan kolom putar ke tabung 1.5 yang baru untuk elusi. Tambahkan
100 µl buffer-GE ke tabung dan tunggu paling lama 1 menit pada suhu
ruang.
14. Sentrifudge pada 10.000 rpm selama 1 menit. Diperoleh hasil ekstraksi
Selain daun padi, kedelai juga diekstrak dengan langkah yang sama, kedelai
yang digunakan adalah kedelai transgenik dan kedelai lokal. Sehingga sampel
yang dimiliki ada 4 untuk daun padi dan 2 untuk kedelai. Hasil yang diperoleh
adalah ekstraksi DNA yang selanjutnya dilakukan uji PCR dari DNA tersebut.
Campbell et al. (2002), hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi
yang terpisah, yaitu supernatant pada bagian atas dan pellet pada bagian bawah.
Hasil yang didapatkan berupa sampel yang terdiri dari 2 frasa, frasa bagian atas
berupa larutan bening yang disebut supernatant dimana DNA larut sedangkan
frasa bagian bawah terbentuk endapan protein dan zat pengotor lainnya yang
disebut pellet. Bagian supernatant inilah yang diambil dan dimurnikan karena
bagian supernatant ini agar bagian frasa lainnya tidak terambil. Supernatant
sebanyak 2/3 volume larutan teratas yang dipindahkan. Sampel DNA yang telah
etanol atau isopropanol akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus sehingga
dilakukan sentrifugasi.
DNA dalam air akan larut, tetapi protein tidak dapat larut dalam air. Tahap
(coiling) dan berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi
terlihat. Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-benang endapan DNA
pada dasar tabung. Menurut Alberts et al. (1994), presipitasi merupakan langkah
A. Kesimpulan
lain di inti sel. Terdapat tiga tahapan dasar dalam prosedur isolasi DNA,
yaitu preparasi ekstrak DNA (perusakan dinding sel dan lisis membran sel),
B. Saran