MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

SINTESIS PROTEIN PADA BAKTERI

Nama : Ulin Nuha Latifa

NIM : 1651600007

Semester : VI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

PROGRAM STUDI BIOLOGI

UNIVERSITAS VETERAN BANGUN NUSANTARA SUKOHARJO

2019
Daftar Isi

Daftar isi .......................................................................................................................... ii

Pembahasan
A. Sintesis Protein .................................................................................................... 1
B. Tahapan Sintesis Protein ..................................................................................... 1
C. Sintesis Protein pada Bakteri .............................................................................. 4
D. Perbedaan Sintesis Protein pada Prokariot dan Eukariot .................................. 13

Daftar Pustaka

ii
 PEMBAHASAN

A. Sintesis Protein
Ekspresi gen merupakan proses bagaimana informasi yang ada di dalam DNA bisa
dicopy memalui proses transkripsi dalam organisme eukariota dan prokariota. Ekspresi
gen merupakan proses penterjemahan informasi yang dikode di dalam gen menjadi
urutan asam amino selama sintesis protein.
Protein ialah polipeptida yaitu gabungan dari beberapa asam amino dan merupakan
penyusun utama dari semua organel sel maupun penggandaan kromosom.
Sintesis protein adalah peristiwa penyusunan protein dengan bahan dasar asam amino
yang bertujuan untuk mendapatkan protein struktural dan protein fungsional. Protein
struktural digunakan oleh sel untuk menyusun membran sel dan sebagai bahan
pembangun atau menggantikan sel-sel yang rusak. Protein fungsional yang dihasilkan
dari sintesis protein berupa enzim dan hormon yang berfungsi untuk metabolisme dan
pertumbuhan serta perkembangan sel. Enzim yang dibutuhkan dalam sintesis protein
berupa:
1. RNA polymerase berfungsi saat transkripsi untuk memutuskan ikatan hidrogen
yang menghubungkan antara rantai double heliks DNA.
2. Aminoasil sintetase berfungsi pada saat pengikatan asam amino di sitoplasma oleh
RNAt. Pengikatan asam amino oleh RNAt juga membutuhkan energi (ATP) untuk
mengaktifkan asam amino sehingga dapat diikat oleh RNAt.

B. Tahapan Sintesis Protein

1. Transkripsi adalah proses pencetakan mRNA oleh DNA yang terjadi di dalam inti
sel. Pada tahap ini, mRNA berfungsi sebagai pembawa informasi yang merupakan
kode-kode genetik atau kodon. DNA berfungsi sebagai perancang pola penyusunan
protein. Dalam proses transkripsi terdapat urutan regulator spesifik yaitu promotor
dan terminator. Promotor merupakan urutan dari awal gen yang dikenali oleh RNA
polymerase untuk memulai transkripsi, sedangkan terminator merupakan urutan
yang memberikan sinyal penghentian transkripsi. Transkripsi terdiri dari tiga
tahapan, yaitu :
a. Inisiasi (Permulaan)
Inisiasi dimulai dari prometer yaitu daerah DNA yang merupakan tempat
melekatnya RNA polimerase. Promoter mencakup titik awal (start point)

1
 transkripsi yaitu adanya nukleotida yang menunjukkan dimulainya sintesis
protein (kodon start). Promoter berfungsi untuk menentukan tempat
dimulainya transkripsi dan menentukan satu rantai DNA yang akan digunakan
sebagai cetakan.
b. Elongasi (Pemanjangan)
Elongasi terjadi saat RNA bergerak di sepanjang DNA, pilinan ganda DNA
terbuka secara berurutan. Enzim RNA polimerase menambahkan nukleotida
dari molekul RNA yang sedang tumbuh disepanjang rantai DNA. Setelah
sintesis RNA selesai, rantai DNA terbentuk kembali dan molekul RNA baru
terlepas dari cetakkannya.
c. Terminasi (Pengakhiran)
Proses transkripsi akan berhenti setelah sampai pada terminator. Terminator
adalah urutan DNA yang berfungsi menghentikan transkripsi (kodom
terminasi)
2. Translasi adalah proses penerjemahan kode-kode oleh tRNA dengan bantuan
enzim polymerase II menjadi asam-asam amino dan terjadi di ribosom. Tahap
translasi dibagi menjadi tiga tahap, yaitu :
a. Inisiasi
Ribosom kecil mengikatkan diri pada mRNA dan tRNA inisiator. Ribosom
melekat pada salah satu ujung mrna. Di dekat pelekatan tersebut terdapat kodon
start AUG (yang membawa kode untuk membentuk asam amino metionin).
Kodon ini memberikan sinyal dimulainya proses tanslasi.
b. Elongasi
Selanjutnya terbentuk asam – asam amino yang berikatan dengan metionin.
Molekul rrna dari ribosom subunit besar berfungsi sebagai ezim. Enzim itu
mengkatalis pembentukkan ikatan pepida yang menghubungkan polipeptida ke
asam amino yang dibawa trna. Setelah itu, trna keluar dari ribosom. Ribosom
dan mrna bergerak dengan arah yang sama, kodon demi kodon. Peristiwa ini
belangsung sampai terbentuk polipeptida.
c. Terminasi
Elongasi akan berhenti setelah ribosom mencapai kodon stop. Triplet basa
kodon stop yaitu UAA, UAG, atau UGA. Kodon stop bertindak sebagai tanda

2
untuk menghentikan proses translasi serta tanda berakhirnya pula proses
sintesis protein.

Gambar 1. Table Kode Genetik (kodon) RNA

Gambar 2. Transkripsi dan Translasi

3
 Sumber : www.prezi.com

C. Sintesis Protein Pada Bakteri

Bakteri merupakan organisme yang tergolong dalam prokariotik, sel bakteri tidak
memiliki membran yang mengelilingi DNA. Proses sintesis protein pada sel prokariotik
memlalui dua tahap yaitu transkripsi dan translasi dimana masing- masing terdiri dari
tiga langkah yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.

Gambar 3. Sintesis Protein pada Prokariotik

Tahapan sintesis protein pada sel prokariotik tidak terputus dan bersambung, artinya tahap
translasi dapat dilakukan meskipun tahap transkripsi belum selesai. Hal ini dikarenakan sel
prokariotik tidak memiliki inti sel sehingga tahap transkripsi dan translasi dilakukan di
sitoplasma.
1. Transkripsi
Transkripsi merupakan tahap pembentukan mRNA dari untai DNA template (sense). DNA
yang tidak ditranskripsi disebut antisense. Transkripsi pada sel prokariotik berlangsung di
sitoplasma. Sel prokariotik hanya memerlukan satu enzim RNA polimerase untuk
melakukan transkripsi.
a. Pada tahap Inisiasi, RNA Polimerase menempel pada promotor.
b. Tahap Elongasi, RNA polimerase membuka untai double helix DNA dan bergerak di
sepanjang DNA untuk membentuk mRNA dari arah 3’-5’. Basa nukleotida yang
dibawa mRNA komplementer dengan basa nukeotida pada DNA template.
c. Pada tahap Terminasi, Saat RNA Polimerase mencapai terminator, proses transkripsi
berhenti dan mRNA yang membawa kodon bergerak menuju ribosom.

4
 Gambar 4. Tahapan inisiasi, elongasi dan terminasi

Sumber : www.prezi.com

2. Translasi
Pada proses translasi hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan
tRNA tidak ditranslasi, translasi dilakukan secara hampir serentak dengan proses
transkripsi, artinya sebelum transkripsi selesai maka proses translasi sudah dimulai.
Hal ini disebabkan oleh perbedaan dalam hal struktur sel prokaryot sangat
sederhana dan belum ada pembagian ruang sehingga molekul DNA genom berada
di dalam sitoplasma bersama-sama dengan komponen sel yang lain. Dengan
demikian, molekul mRNA hasil transkripsi dapat langsung melakukan kontak
dengan ribosom sebelum untaian mRNA tersebut selesai disintesis.
Translasi dapat berlangsung memerlukan 3 komponen:
1. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun
suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka),
didalamnya terdapat rangkaian kodon-kodon yang akan diterjemahkan.
2. Molekul tRNA merupakan pembawa asam-asam amino yang akan
disambungkan menjadi rantai polipeptida, tRNA sebagai penterjemah, yang
membawa antikodon.

5
3. Ribosom merupakan tempat penterjemahan berlangsung/proses translasi,
disusun oleh molekul rRNA dan beberapa macam protein, ribosom tersebar
diseluruh bagian sel.

ORF dicirikan oleh:

a. Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau AUG (pada
mRNA).
b. Terdapat serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon yang
dibaca tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan
pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG
pada mRNA).
c. Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada
mRNA), atau TGA (UGA pada mRNA).

Translasi, atau pada hakekatnya sintesis protein, berlangsung di dalam ribosom,

suatu struktur organel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma. Ribosom terdiri
atas dua subunit, besar dan kecil, yang akan menyatu selama inisiasi translasi dan
terpisah ketika translasi telah selesai. Ukuran ribosom sering dinyatakan atas dasar
laju pengendapannya selama sentrifugasi sebagai satuan yang disebut satuan
Svedberg (S). Pada jasad prokaryot, subunit kecil mempunyai koefisien
sedimentasi sebesar 30S sedangkan subunit besar berukuran 50S, tetapi pada saat
kedua unit tersebut bergabung koefisien sedimentasinya adalah 70S, sedangkan
pada jasad eukaryot, subunit kecil berukuran 40S, sedangkan subunit besar
berukuran 60S, tetapi pada saat kedua unit tersebut bergabung koefisien
sedimentasinya adalah 80S. Tiap ribosom mempunyai dua tempat pengikatan
tRNA, yang masing-masing dinamakan tapak aminoasil (tapak A) dan tapak
peptidil (tapak P). Molekul aminoasil-tRNA yang baru memasuki ribosom akan
terikat di tapak A, sedangkan molekul tRNA yang membawa rantai polipeptida
yang sedang diperpanjang terikat di tapak P. Gambaran penting sintesis protein
adalah bahwa proses ini berlangsung dengan arah tertentu sebagai berikut.
Molekul mRNA ditranslasi dengan arah 5’→ 3’, tetapi tidak dari ujung 5’ hingga
ujung 3’. Polipeptida disintesis dari ujung amino ke ujung karboksil dengan
menambahkan asam-asam amino satu demi satu ke ujung karboksil.

6
 Gambar. Subunit 30S dan subunit 50S

Translasi terdiri dari 3 tahap, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.

1. Inisiasi (initiation)
Tahap pertama pada inisiasi dimulai dengan disosiasi/pemisahan ribosom 70S
menjadi subunit besar (50S) dan subunit kecil (30S) dengan menggunakan
faktor IF-1, kemudia pada tahapan inisiasi ini subunit ribosom 30S terbebas
dari ikatan dengan subunit 50S melalui interaksinya dengan protein IF-3,
kemudian terjadinya penggabungan mRNA, subunit 30S, dan formilmetionil-
tRNAf (fMet-tRNAf) membentuk kompleks inisiasi 30S dengan membutuhkan
GTP (guanosin triphosphat) dan beberapa protein/faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-
3) yang dilakukan oleh IF-2, IF-3. IF-3 tersebut akan mengikat pada subunit
30S (ribosom kecil), setelah kompleks inisiasi 30S terbentuk selanjutnya
subunit 50S (ribosom besar) bergabung dan membentuk kompleks inisiasi 70S
dengan menggunakan energi hasil hidrolisis GTP yang terjadi pada waktu IF-
1, IF-2 dan IF-3 terlepas dari kompleks, kompleks inisiasi 70S inilah yang siap
melakukan proses pemanjangan polipeptida.

7
2. Pemanjangan (elongation)
Proses pemanjangan polipeptida secara umum mempunyai mekanisme 3
tahapan: 1) pengikatan aminoasil –tRNA pada sisi A yang ada di ribosom, 2)
pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P ke
arah sisi A dengan membentuk ikatan peptide, 4) translokasi ribosom sepanjang
mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di sisi A.
Di dalam kompleks ribosom, molekul fMet-tRNAf Met menempati sisi P
(peptidil), sisi yang lain pada ribosom, yaitu sisi A (aminoasil), masih kosong
pada saat awal sintesis protein. Berpasangannya triplet kodon
inisiasi (AUG/GUG) pada mRNA dengan antikodon pada metionil-
tRNAfMet di tapak P menentukan urutan triplet kodon dan aminoasil-
tRNAfMet berikutnya yang akan masuk ke tapak A. Pengikatan aminoasil-
tRNAfMet berikutnya, misalnya alanil- tRNAala, ke tapak A memerlukan

8
protein-protein elongasi EF-Ts dan EF-Tu. Pembentukan ikatan peptida antara
gugus karboksil pada metionil-tRNAfMet di tapak P dan gugus amino pada
alanil-tRNAala di tapak A dikatalisis oleh enzim peptidil transferase, suatu
enzim yang terikat pada subunit ribosom 50S. Reaksi ini menghasilkan
dipeptida yang terdiri atas f-metionin dan alanin yang terikat pada tRNAala di
tapak A. Langkah berikutnya adalah translokasi, yang melibatkan (1)
perpindahan f-met-ala- tRNAala dari tapak A ke tapak P dan (2) pergeseran
posisi mRNA pada ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang
semula berada di tapak A masuk ke tapak P. Dalam contoh ini triplet kodon
yang bergeser dari tapak A ke P tersebut adalah triplet kodon untuk alanin.
Triplet kodon berikutnya, misalnya penyandi serin, akan masuk ke tapak A dan
proses seperti di atas hingga translokasi akan terulang kembali. Translokasi
memerlukan aktivitas faktor elongasi berupa enzim yang biasa dilambangkan
dengan EF-G. Pemanjangan atau elongasi rantai polipeptida akan terus
berlangsung hingga suatu tripet kodon yang menyandi terminasi memasuki
tapak A, Sebelum suatu rantai polipeptida selesai disintesis terlebih dahulu
terjadi deformilisasi pada f-metionin menjadi metionin. yang kemudia
berlanjut pada proses terminasi.

9
10
11
3. Pengakhiran (termination)
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA,UGA,UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom.
Dimana RF1 yang mengenali kodon UAA atau UAG sehingga rantai kodon
tersebut akan terlepas, kemudian RF2 akan mengenali kodon UAA atau UGA
sehingga rantai kodon tersebut terlepas. Proses terminasi ditandai oleh
terlepasnya mRNA, tRNA di tapak P, dan rantai polipeptida dari ribosom.
Selain itu kedua subunit ribosompun memisah, pada terminasi diperlukan
aktivitas dua protein yang berperan sebagai faktor pelepas atau releasing
factors, yaitu RF-1 dan RF-2 yang bekerja sama dengan RF-3.

12
D. Perbedaan Proses Sintesis Protein pada Sel Eukariotik dan Sel Prokariotik
Sintesis protein pada sel eukariotik, tahap transkripsi terjadi di dalam inti sel karena
terdapat membrane inti dan tahap translasi terjadi di sitoplasma proses transkripsi dan
translasi lebih rumit dibandingkan dengan sintesis protein yang terjadi pada sel
prokariotik. Sedangkan sintesis protein pada sel prokariotik, tahap transkripsi dan
translasi terjadi di sitoplasma karena pada sel prokariotik tidak memiliki membran inti.
Proses translasi pada sel prokariotik dapat terjadi pada saat proses transkripsi belum
tuntas serta prosesnya lebih simple daripada sintesis protein yang terjadi pada sel
eukariotik.

13
Daftar Pustaka

Dina. 2014. Makalah Sintesis Protein . http://dinanonblok.blogspot.com/2014/03/makalah-

sintesis-protein.html. Diakses pada Sabtu 22 Juni 2019 di Sukoharjo
Anonimus. 2012. Substansi Genetika. https://www.generasibiologi.com/2012/09/substansi-
genetika.html. Diakses pada Sabtu 22 Juni 2019 di Sukoharjo
Aulia, Septiana Nur. 2015.sintesis Protein pada Sel Prokariotik.
http://septiananuraulia.blogspot.com/2015/12/sintesis-protein-pada-sel-eukariot-
dan.html. Diakses pada Sabtu 22 Juni 2019 di Sukoharjo
Ramli, Kamrianti. 2016. Inisiasi Sel Prokariotik.
https://kamriantiramli.wordpress.com/tag/inisiasi/. Diakses pada Sabtu 22 Juni
2019 di Sukoharjo