DrugBank
| Konten | |
|---|---|
| Deskripsi | Basis data obat |
| Jenis data | Struktur kimia, molekul obat kecil, obat bioteknologi, target obat, transporter obat, urutan target obat, target obat SNP, metabolit obat, deskripsi obat, asosiasi penyakit, data dosis, interaksi makanan dan obat, efek samping obat, farmakologi, mekanisme kerja, metabolisme obat, sintesis kimia, paten data dan harga, sifat kimia, tata nama, sinonim, taksonomi kimia, spektrum NMR obat, spektrum GC-MS obat, spektrum LC-MS obat |
| Kontak | |
| Pusat penelitian | University of Alberta and The Metabolomics Innovation Centre |
| Laboratorium | Dr. David Wishart |
| Akses | |
| Situs web | www |
| URL pengunduhan | www |
| Perangkat | |
| Lain-lain | |
| Frekuensi rilis data | Setiap 2 tahun dengan koreksi bulanan dan pembaruan |
| Kebijakan kurasi | Secara manual dikuratori |
DrugBank merupakan basis data daring yang komprehensif dan dapat diakses secara bebas yang berisi informasi tentang obat dan target obat.[1] Baik sebagai sumber bioinformatika dan informatika kimia, DrugBank menggabungkan rincian mengenai data obat (yaitu sifat kimia, farmakologi dan farmasi) dengan informasi dari target obat (yaitu urutan, struktur, dan jalur) secara komprehensif.[1][2] Karena cakupannya yang luas, referensi yang komprehensif dan deskripsi data yang luar biasa rinci, DrugBank lebih mencerminkan sebuah ensiklopedia obat dibanding basis data obat. Akibatnya, pranala ke DrugBank dikelola untuk hampir semua obat yang tercantum dalam Wikipedia. DrugBank banyak digunakan oleh industri obat, ahli kimia obat, apoteker, dokter, mahasiswa dan masyarakat umum. Luasnya data obat dan target obat drug and drug-target data telah memungkinkan penemuan dan pengajuan kembali sejumlah obat yang ada untuk mengobati penyakit langka dan baru diidentifikasi.
Rilis terbaru basis data (versi 5.0) berisi 8227 entri obat termasuk 2003 obat molekul kecil yang disetujui oleh FDA, 221 obat bioteknologi (protein/peptida) yang disetujui-FDA, 93 nutraseutikal dan lebih dari 6000 obat percobaan.[3] Selain itu, sekuens 4270 protein non-redundan (yaitu target obat /enzim/transporter/pembawa) dihubungkan dengan entri obat tersebut.
Setiap entri DrugCard berisi lebih dari 200 bidang data dengan setengah dari informasi yang ditujukan untuk data kimia/obat dan setengah lainnya yang ditujukan untuk data target obat atau protein.[3]
Empat basis data tambahan, HMDB,[4] T3DB,[5] SMPDB [6] dan FooDB juga merupakan bagian dari Suite umum basis data metabolomika/informatika kimia. HMDB berisi informasi setara dengan lebih dari 40.000 metabolit manusia, T3DB berisi informasi tentang 3100 racun umum dan polutan lingkungan, SMPDB berisi diagram jalur untuk hampir 700 jalur metabolisme manusia dan jalur penyakit, sementara FooDB berisi setara dengan informasi mengenai ~28.000 komponen makanan dan aditif makanan.
Sejarah
Versi pertama dari DrugBank dirilis pada tahun 2006.[1] Rilis awal ini berisi informasi yang relatif sederhana tentang 841 obat molekul kecil dan 113 obat bioteknologi yang disetujui oleh FDA. Ini juga termasuk informasi mengenai 2133 target obat. Versi kedua dari DrugBank dirilis pada tahun 2009.[2] Versi basis data ini sangat diperluas dan ditingkatkan termasuk 1344 obat molekul kecil dan 123 obat bioteknologi yang disetujui serta 3037 target obat yang unik. Versi 2.0 juga termasuk, untuk pertama kalinya, obat yang ditarik dan obat terlarang, interaksi yang luas antara makanan-obat dan obat-obat serta parameter ADMET (penyerapan, distribusi, metabolisme, ekskresi dan toksisitas). Versi 3.0 dirilis pada tahun 2011.[7] Versi ini terdapat 1424 obat molekul kecil dan 132 obat bioteknologi yang disetujui serta >4000 target obat yang unik. Versi 3.0 juga termasuk data transporter obat, data jalur obat, harga obat, data paten dan manufaktur serta data pada >5000 obat percobaan. Versi 4.0 dirilis pada tahun 2014.[3] Versi ini termasuk di antaranya 1.558 obat molekul kecil, 155 obat bioteknologi dan 4200 target obat unik yang disetujui oleh FDA. Versi 4.0 juga menggabungkan informasi lengkap tentang metabolit obat (struktur dan reaksi), taksonomi obat, spektrum obat, konstanta pengikatan obat dan informasi sintesis obat.
Lihat pula
Referensi
- ^ a b c Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D668-D672. doi:10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430
. PMID 16381955.
- ^ a b Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889 . PMID 18048412.
- ^ a b c Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (Jan 2014). "DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102 . PMID 24203711.
- ^ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, I; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Lim, E; Sobsey, CA; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Fang, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clements, M; Lewis, A; De Souza, A; Zuniga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazyrova, A; Shaykhutdinov, R; Li, L; Vogel, HJ; Forsythe, I (Jan 2009). "HMDB: a knowledgebase for the human metabolome". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D603-10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599 . PMID 18953024.
- ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). "T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D781-6. doi:10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899 . PMID 19897546.
- ^ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (Jan 2014). "Small Molecule Pathway Database". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D478-84. doi:10.1093/nar/gkt1067. PMC 3965088 . PMID 24203708.
- ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D1035–41. doi:10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709 . PMID 21059682.