Aquatic ecosystems are historically overlooked regarding the occurrence of Arbuscular Mycorrhizal... more Aquatic ecosystems are historically overlooked regarding the occurrence of Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF). Tropical lakes in the southern hemisphere are generally impacted by human actions, such as those in Brazil, although they still preserve a great diversity of macrophyte species that can support AMF communities. Thus, the study aimed to test (i) whether AMF community structure (composition, richness, diversity, dominance, and evenness) differs between aquatic and terrestrial conditions, and (ii) between seasons—rainy and dry. A total of 60 AMF species, distributed in 10 families and 17 genera, were found, with a difference in AMF composition between conditions (terrestrial and aquatic) and seasons (dry and rainy). The absolute species richness differed between conditions, seasons, and interactions. The aquatic/rainy season, which retrieved the most significant number of species, had the highest absolute richness and number of glomerospores and differed significantly from the...
Metodologia. estirpes de fungos MA avaliadas. Amostras de solo. Extracao e preparacao de esporos ... more Metodologia. estirpes de fungos MA avaliadas. Amostras de solo. Extracao e preparacao de esporos para analise de DNA. Experimento teste de PCR para verificar a especificidade dos "primers" para a familia Gigasporaceae. Experimento de casa-de-vegetacao. Amplificacao de DNA de esporos utilizando um PCR em "nested". PCR utilizando primers especificos para analise de comunidades de fungos MA da familia Gigasporaceae. Analise . T. S. C. Analise de DGGE. Teste de reprodutibilidade. Sequenciamento de DNA a apartir da recuperacao de DNA de bandas de geis de DGGE. Clonagem do rDNA de fungos MA. Selecao de clones via PCR-DGGE e sequenciamento de DNA. Alinhamento de sequencias. Numero de acesso no EMBL das sequencias de nucleotideos obtidas neste projeto. Resultados. Perfil de DGGE obtidos da regiao V3-V4 do 18S rDNA. Perfil de DGGE obtidos da regiao V9 do 18S rDNA. Analise das sequencias obtidas dos perfis de bandas do PCR-DGGE. Deteccao de especies de Gigasporaceae em amo...
O processo de recuperação de áreas degradadas pode ser favorecido pela inoculação de plantas com ... more O processo de recuperação de áreas degradadas pode ser favorecido pela inoculação de plantas com fungos micorrízicos arbusculares (FMA), selecionados para efetividade e competitividade. Com o objetivo de avaliar o estabelecimento e a capacidade infectiva (CI) de fungos introduzidos em relação à comunidade de fungos autóctones (FA), foram conduzidos dois experimentos em casa-de-vegetação. No primeiro, foram cultivadas 10 espécies de plantas (três gramíneas e sete leguminosas) com três tratamentos de inoculação [controle; G. margarita (CNPAB 001); G. clarum (CNPAB 005)]. No segundo, a Cl dos FMA foi avaliada no solo após o primeiro experimento, em bioensaio com plantas-iscas repicadas semanalmente para vasos contendo solo autoclavado. O estabelecimento e a Cl dos FMA foi baseada na presença de esporos após os cultivos. Os FMA introduzidos e as espécies vegetais influenciaram de modo diferenciado a esporulação dos FMA (Acaulospora rugosa, Entrophospora colombiana, Gigaspora margarita e...
Avaliou-se o efeito de pré-cultivos com adubos verdes sobre o potencial de inóculo de fungos mico... more Avaliou-se o efeito de pré-cultivos com adubos verdes sobre o potencial de inóculo de fungos micorrízicos arbusculares e produção de mandioca (Manihot esculenta, Crantz). O experimento foi conduzido no campo experimental da Embrapa-Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia (CNPAB), em solo Podzólico Vermelho-Amarelo, localizado no Município de Seropédica, RJ, em parcelas experimentais de 30 m², dispostas em delineamento de blocos casualizados com quatro repetições. Os pré-cultivos constaram de Canavalia ensiformis, Mucuna aterrima, Crotalaria juncea, Cajanus cajan e Sorghum bicolor (BR 005) e o tratamento-controle (solo mantido sem plantas). Após um período de 82 dias de crescimento, sobre as mesmas parcelas cultivou-se mandioca, por oito meses. A produtividade de raízes de mandioca variou de 12,76 a 17,20 t ha-1, porém não foi detectada diferença estatística entre os tratamentos. Foram identificadas 16 espécies de fungos micorrízicos arbusculares e foi constatado que o número de ...
In spite of the importance of many members of the genus Burkholderia in the soil microbial commun... more In spite of the importance of many members of the genus Burkholderia in the soil microbial community, no direct method to assess the diversity of this genus has been developed so far. The aim of this work was the development of soil DNA-based PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), a powerful tool for studying the diversity of microbial communities, for detection and analysis of the Burkholderia diversity in soil samples. Primers specific for the genus Burkholderia were developed based on the 16S rRNA gene sequence and were evaluated in PCRs performed with genomic DNAs from Burkholderia and non- Burkholderia species as the templates. The primer system used exhibited good specificity and sensitivity for the majority of established species of the genus Burkholderia . DGGE analyses of the PCR products obtained showed that there were sufficient differences in migration behavior to distinguish the majority of the 14 Burkholderia species tested. Sequence analysis of amplicons ...
RESUMO - O presente estudo foi conduzido no campo com o objetivo de avaliar a influência do pré-c... more RESUMO - O presente estudo foi conduzido no campo com o objetivo de avaliar a influência do pré-cultivo com leguminosas e vegetação espontânea sobre o potencial de inóculo dos fungos micorrízico-arbusculares (MA) indígenas de um Planossolo e sobre a produção da batata-...
Despite the importance of arbuscular mycorrhizal fungi in the majority of terrestrial ecosystems,... more Despite the importance of arbuscular mycorrhizal fungi in the majority of terrestrial ecosystems, their ecology, genetics, and evolution are poorly understood, partly due to difficulties associated with detecting and identifying species. We explored the inter- and intraspecies variations of the 18S rRNA genes of the genus Gigaspora to assess the use of this marker for the discrimination of Gigaspora isolates and of Gigasporaceae populations from environmental samples. Screening of 48 Gigaspora isolates by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) revealed that the V3-V4 region of the 18S rRNA gene contained insufficient variation to discriminate between different Gigaspora species. In contrast, the patterns of 18S ribosomal DNA (rDNA) heterogeneity within the V9 region of this marker could be used for reliable identification of all recognized species within this genus. PCR-DGGE patterns provided insight into some putative misidentifications and could be used to differentiat...
Aquatic ecosystems are historically overlooked regarding the occurrence of Arbuscular Mycorrhizal... more Aquatic ecosystems are historically overlooked regarding the occurrence of Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF). Tropical lakes in the southern hemisphere are generally impacted by human actions, such as those in Brazil, although they still preserve a great diversity of macrophyte species that can support AMF communities. Thus, the study aimed to test (i) whether AMF community structure (composition, richness, diversity, dominance, and evenness) differs between aquatic and terrestrial conditions, and (ii) between seasons—rainy and dry. A total of 60 AMF species, distributed in 10 families and 17 genera, were found, with a difference in AMF composition between conditions (terrestrial and aquatic) and seasons (dry and rainy). The absolute species richness differed between conditions, seasons, and interactions. The aquatic/rainy season, which retrieved the most significant number of species, had the highest absolute richness and number of glomerospores and differed significantly from the...
Metodologia. estirpes de fungos MA avaliadas. Amostras de solo. Extracao e preparacao de esporos ... more Metodologia. estirpes de fungos MA avaliadas. Amostras de solo. Extracao e preparacao de esporos para analise de DNA. Experimento teste de PCR para verificar a especificidade dos "primers" para a familia Gigasporaceae. Experimento de casa-de-vegetacao. Amplificacao de DNA de esporos utilizando um PCR em "nested". PCR utilizando primers especificos para analise de comunidades de fungos MA da familia Gigasporaceae. Analise . T. S. C. Analise de DGGE. Teste de reprodutibilidade. Sequenciamento de DNA a apartir da recuperacao de DNA de bandas de geis de DGGE. Clonagem do rDNA de fungos MA. Selecao de clones via PCR-DGGE e sequenciamento de DNA. Alinhamento de sequencias. Numero de acesso no EMBL das sequencias de nucleotideos obtidas neste projeto. Resultados. Perfil de DGGE obtidos da regiao V3-V4 do 18S rDNA. Perfil de DGGE obtidos da regiao V9 do 18S rDNA. Analise das sequencias obtidas dos perfis de bandas do PCR-DGGE. Deteccao de especies de Gigasporaceae em amo...
O processo de recuperação de áreas degradadas pode ser favorecido pela inoculação de plantas com ... more O processo de recuperação de áreas degradadas pode ser favorecido pela inoculação de plantas com fungos micorrízicos arbusculares (FMA), selecionados para efetividade e competitividade. Com o objetivo de avaliar o estabelecimento e a capacidade infectiva (CI) de fungos introduzidos em relação à comunidade de fungos autóctones (FA), foram conduzidos dois experimentos em casa-de-vegetação. No primeiro, foram cultivadas 10 espécies de plantas (três gramíneas e sete leguminosas) com três tratamentos de inoculação [controle; G. margarita (CNPAB 001); G. clarum (CNPAB 005)]. No segundo, a Cl dos FMA foi avaliada no solo após o primeiro experimento, em bioensaio com plantas-iscas repicadas semanalmente para vasos contendo solo autoclavado. O estabelecimento e a Cl dos FMA foi baseada na presença de esporos após os cultivos. Os FMA introduzidos e as espécies vegetais influenciaram de modo diferenciado a esporulação dos FMA (Acaulospora rugosa, Entrophospora colombiana, Gigaspora margarita e...
Avaliou-se o efeito de pré-cultivos com adubos verdes sobre o potencial de inóculo de fungos mico... more Avaliou-se o efeito de pré-cultivos com adubos verdes sobre o potencial de inóculo de fungos micorrízicos arbusculares e produção de mandioca (Manihot esculenta, Crantz). O experimento foi conduzido no campo experimental da Embrapa-Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia (CNPAB), em solo Podzólico Vermelho-Amarelo, localizado no Município de Seropédica, RJ, em parcelas experimentais de 30 m², dispostas em delineamento de blocos casualizados com quatro repetições. Os pré-cultivos constaram de Canavalia ensiformis, Mucuna aterrima, Crotalaria juncea, Cajanus cajan e Sorghum bicolor (BR 005) e o tratamento-controle (solo mantido sem plantas). Após um período de 82 dias de crescimento, sobre as mesmas parcelas cultivou-se mandioca, por oito meses. A produtividade de raízes de mandioca variou de 12,76 a 17,20 t ha-1, porém não foi detectada diferença estatística entre os tratamentos. Foram identificadas 16 espécies de fungos micorrízicos arbusculares e foi constatado que o número de ...
In spite of the importance of many members of the genus Burkholderia in the soil microbial commun... more In spite of the importance of many members of the genus Burkholderia in the soil microbial community, no direct method to assess the diversity of this genus has been developed so far. The aim of this work was the development of soil DNA-based PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), a powerful tool for studying the diversity of microbial communities, for detection and analysis of the Burkholderia diversity in soil samples. Primers specific for the genus Burkholderia were developed based on the 16S rRNA gene sequence and were evaluated in PCRs performed with genomic DNAs from Burkholderia and non- Burkholderia species as the templates. The primer system used exhibited good specificity and sensitivity for the majority of established species of the genus Burkholderia . DGGE analyses of the PCR products obtained showed that there were sufficient differences in migration behavior to distinguish the majority of the 14 Burkholderia species tested. Sequence analysis of amplicons ...
RESUMO - O presente estudo foi conduzido no campo com o objetivo de avaliar a influência do pré-c... more RESUMO - O presente estudo foi conduzido no campo com o objetivo de avaliar a influência do pré-cultivo com leguminosas e vegetação espontânea sobre o potencial de inóculo dos fungos micorrízico-arbusculares (MA) indígenas de um Planossolo e sobre a produção da batata-...
Despite the importance of arbuscular mycorrhizal fungi in the majority of terrestrial ecosystems,... more Despite the importance of arbuscular mycorrhizal fungi in the majority of terrestrial ecosystems, their ecology, genetics, and evolution are poorly understood, partly due to difficulties associated with detecting and identifying species. We explored the inter- and intraspecies variations of the 18S rRNA genes of the genus Gigaspora to assess the use of this marker for the discrimination of Gigaspora isolates and of Gigasporaceae populations from environmental samples. Screening of 48 Gigaspora isolates by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) revealed that the V3-V4 region of the 18S rRNA gene contained insufficient variation to discriminate between different Gigaspora species. In contrast, the patterns of 18S ribosomal DNA (rDNA) heterogeneity within the V9 region of this marker could be used for reliable identification of all recognized species within this genus. PCR-DGGE patterns provided insight into some putative misidentifications and could be used to differentiat...
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Papers by Francisco Adriano de Souza