We show we can control an epidemic reaction-diffusion on a directed, and heterogeneous, network b... more We show we can control an epidemic reaction-diffusion on a directed, and heterogeneous, network by redirecting the flows, thanks to the optimisation of well-designed loss functions, in particular the basic reproduction number of the model. We provide a final size relation linking the basic reproduction number to the epidemic final sizes, for diffusions around a reference diffusion with basic reproduction number less than 1. Experimentally, we show control is possible for different topologies, network heterogeneity levels, and speeds of diffusion. Our experimental results highlight the relevance of the basic reproduction number loss, compared to more straightforward losses.
Recent innovations in tissue clearing and imaging technologies have enabled us to analyse biologi... more Recent innovations in tissue clearing and imaging technologies have enabled us to analyse biological systems directly in three-dimensions using thick samples. In this review, we discuss two of these recently reported tissue-clearing technologies (CLARITY and CUBIC) that are compatible with archival formalin-fixed human brain materials that have been fixed in formalin for a long period of time. We will discuss the pros and cons of these two technologies, examples of visualisation of Alzheimer neuropathological hallmarks and the exact protocols that we regularly use in the laboratory.
Objectifs Les techniques de « clarification » des tissus ont fait des progres recents, permettant... more Objectifs Les techniques de « clarification » des tissus ont fait des progres recents, permettant une meilleure appreciation de la localisation tridimensionnelle (3D) des proteines. Nous avons compare la qualite des immunomarquages et des images obtenues par differentes techniques : CLARITY [1] , SeeDB [2] , 3DISCO [3] et Scale [4] . La methode CLARITY nous a permis d’obtenir une peneatration exceptionnelle des anticorps. Des echantillons post-mortem de tissu humain Alzheimer ont ete traites par la methode CLARITY afin de mettre en evidence en 3D les lesions de la maladie d’Alzheimer (plaques amyloides et degenerescences neurofibrillaires) et leur effet sur la morphologie axonale [5] . Materiel et methodes Des echantillons de tissu humains Alzheimer (banque GIE-NeuroCEB) obtenus post-mortem et fixes dans le formol ont ete coupes en tranches de 500 μm d’epaisseur et incubees dans une solution d’hydrogel pendant 1 semaine, suivi par une polymerisation a 37 °C et la clarification [1] , [5] . Les coupes clarifiees ont ete immunomarquees, post-fixees, puis incubees dans la solution Scale 2. Ces immunomarquages ont ete observes par microscopie confocale, a 2 photons ou light sheet. Des Z-stacks d’images ont permis des reconstructions 3D grâce au logiciel Imaris. Resultats Les plaques amyloides, les degenerescences neurofibrillaires et les axones ont ete visualises par double ou triple marquage avec des anticorps anti-As, anti-tau, et anti-neurofilaments. L’espacement regulier des plaques amyloides dans le cortex a pu etre clairement demontre. De nombreux neurites dystrophiques etaient associes aux plaques amyloides matures. A la fois les depots d’amyloide et les degenerescences neurofibrillaires modifiaient la morphologie des axones : les axones traversant les plaques amyloides matures montraient des trajectoires deviees, et nous n’avons pas observe de projection axonale evidente emises par les neurones contenant des degenerescences neurofibrillaires. Conclusion Notre etude a permis de demontrer l’architecture tridimensionnelle des lesions de la maladie d’Alzheimer et leur impact sur le reseau axonal.
We show we can control an epidemic reaction-diffusion on a directed, and heterogeneous, network b... more We show we can control an epidemic reaction-diffusion on a directed, and heterogeneous, network by redirecting the flows, thanks to the optimisation of well-designed loss functions, in particular the basic reproduction number of the model. We provide a final size relation linking the basic reproduction number to the epidemic final sizes, for diffusions around a reference diffusion with basic reproduction number less than 1. Experimentally, we show control is possible for different topologies, network heterogeneity levels, and speeds of diffusion. Our experimental results highlight the relevance of the basic reproduction number loss, compared to more straightforward losses.
Recent innovations in tissue clearing and imaging technologies have enabled us to analyse biologi... more Recent innovations in tissue clearing and imaging technologies have enabled us to analyse biological systems directly in three-dimensions using thick samples. In this review, we discuss two of these recently reported tissue-clearing technologies (CLARITY and CUBIC) that are compatible with archival formalin-fixed human brain materials that have been fixed in formalin for a long period of time. We will discuss the pros and cons of these two technologies, examples of visualisation of Alzheimer neuropathological hallmarks and the exact protocols that we regularly use in the laboratory.
Objectifs Les techniques de « clarification » des tissus ont fait des progres recents, permettant... more Objectifs Les techniques de « clarification » des tissus ont fait des progres recents, permettant une meilleure appreciation de la localisation tridimensionnelle (3D) des proteines. Nous avons compare la qualite des immunomarquages et des images obtenues par differentes techniques : CLARITY [1] , SeeDB [2] , 3DISCO [3] et Scale [4] . La methode CLARITY nous a permis d’obtenir une peneatration exceptionnelle des anticorps. Des echantillons post-mortem de tissu humain Alzheimer ont ete traites par la methode CLARITY afin de mettre en evidence en 3D les lesions de la maladie d’Alzheimer (plaques amyloides et degenerescences neurofibrillaires) et leur effet sur la morphologie axonale [5] . Materiel et methodes Des echantillons de tissu humains Alzheimer (banque GIE-NeuroCEB) obtenus post-mortem et fixes dans le formol ont ete coupes en tranches de 500 μm d’epaisseur et incubees dans une solution d’hydrogel pendant 1 semaine, suivi par une polymerisation a 37 °C et la clarification [1] , [5] . Les coupes clarifiees ont ete immunomarquees, post-fixees, puis incubees dans la solution Scale 2. Ces immunomarquages ont ete observes par microscopie confocale, a 2 photons ou light sheet. Des Z-stacks d’images ont permis des reconstructions 3D grâce au logiciel Imaris. Resultats Les plaques amyloides, les degenerescences neurofibrillaires et les axones ont ete visualises par double ou triple marquage avec des anticorps anti-As, anti-tau, et anti-neurofilaments. L’espacement regulier des plaques amyloides dans le cortex a pu etre clairement demontre. De nombreux neurites dystrophiques etaient associes aux plaques amyloides matures. A la fois les depots d’amyloide et les degenerescences neurofibrillaires modifiaient la morphologie des axones : les axones traversant les plaques amyloides matures montraient des trajectoires deviees, et nous n’avons pas observe de projection axonale evidente emises par les neurones contenant des degenerescences neurofibrillaires. Conclusion Notre etude a permis de demontrer l’architecture tridimensionnelle des lesions de la maladie d’Alzheimer et leur impact sur le reseau axonal.
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