Par Pekanbaru (‘Jaunais tirgus’) dibināšanas gadu tiek uzskatīts 1784. gads, kad Siakas sultāns netālu no savas pils Siakas upes krastā nolēma izveidot tirdzniecības ostu. No 1760. līdz 1830. gadam pilsēta bija sultanāta galvaspilsēta. Vēlākos gados pilsēta kļuva par kafijas audzēšanas un akmeņogļu ieguves reģiona centru. 1960. gadā pilsēta kļuva par Riau provinces administratīvo centru Tandžunpinanas vietā.