Op 9 februari 2009 kreeg Timmer van Feyenoord te horen dat hij niet in de plannen voorkwam van toekomstig trainer Mario Been en dat zijn aflopende contract daarom niet verlengd werd. Dit ondanks een clausule dat zijn contract automatisch verlengd zou worden, bij een bepaald aantal wedstrijden. Op 19 november 2009 meldde hij in het tv-programma Pauw & Witteman het einde van zijn voetbalcarrière. Hij keerde in maart 2010 voor korte tijd terug in het profvoetbal. SC Heerenveen deed toen een beroep op hem voor de rest van het seizoen 2009/10, vanwege blessures van de eerste drie doelmannen. Van 2010 tot 2012 was Timmer trainer bij amateurclub FC Horst uit Ermelo, destijds uitkomend in de Tweede klasse op zaterdag. Sinds 2014 is Timmer trainer van Hierden.
Timmer is een van twee Nederlandse doelmannen, die voor twee verschillende Nederlandse clubs in de UEFA Champions League hebben gespeeld. Voor zowel Feyenoord als Ajax speelde hij in die competitie, net zoals Kenneth Vermeer.
Sinds medio 2012 was hij technisch- en commercieel manager bij AGOVV Apeldoorn, totdat de club failliet ging op 8 januari 2013.
Hierden, Nederland
Thailand – Nederland 
Oostenrijk – Nederland 
KNVB beker
Johan Cruijff Schaal
·
2 Jaliens ·
3 Boulahrouz ·
4 Mathijsen ·
5 Van Bronckhorst ·
6 Landzaat ·
7 Kuijt ·
8 Cocu ·
9 Van Nistelrooij ·
10 Van der Vaart ·
11 Robben ·
12 Kromkamp ·
13 Ooijer ·
14 Heitinga ·
15 De Cler ·
16 Maduro ·
17 Van Persie ·
18 Van Bommel ·
19 Vennegoor of Hesselink ·
20 Sneijder ·
21 Babel ·
22 Timmer ·
23 Stekelenburg ·
Coach: Van Basten