De club werd in 2002 opgericht en promoveerde een jaar later naar de 2e klasse, daar werd de club 12e op 16 en zou degraderen maar werd gered door de terugtrekking van 2 teams. In 2005 werd de club echter kampioen en won zo de promotie naar de hoogste klasse.
In het eerste seizoen in de Oemghalesi Liga werd FK Ameri 7e op 16 clubs en won ook de beker. Voor het seizoen 2008/2009 trok het zich terug voor Oemghalesi Liga om financiële redenen. Het speelde dat seizoen in Pirveli Liga. In 2009 werd de club opgeheven.
