別居後、彼氏ができた。離婚話で不利になる？

まだ離婚が成立していないのでしたら、行動は慎重にされたほうが良いですよ。

妹さんにとって精神的に大変なときに支えてくれる人が欲しいのはわかりますが、全て片付いてからのお付き合いをお勧めいたします。
下手をすればその彼氏さんを巻き込むことになると思います。
くれぐれも慎重になさってください。
裁判を見越しているなら尚更です。
破綻後のお付き合いだとは言え、旦那様が突き止めてお二人に慰藉料を請求したりや奥様側の不貞があったと言い始めたらそのことについて証明するのは妹さん側ですし、多少なり調停員の方や裁判官の心証を悪くする可能性があります。金額的なものについても減額されると聞いたことがあります。

私は現在主人の女性問題のため慰藉料、財産分与のことで裁判まで行っていますが、私の弁護士いわく、今の状況で男性とのお付き合いなどは考えられないと言われております。
専門家から聞いた意見ですので投稿させていただきました。

別居は、離婚目的での別居になりますか？

あくまでも、冷却期間としての別居であれば、体の関係があれば『不倫（不法行為）』となります。
当然、彼女に不利な事実となりますから、旦那側からの不法行為への慰謝料請求の対象になります。

離婚を目的として、基本的に離婚には合意があり、条件の話し合いのをしていて、別居をしている場合には既に婚姻破綻と見なされ、既成離婚になり不倫にはならない場合があります。

＞彼女の方は不利となるのでしょうか？

素人考えですが、そのようになる可能性は出て来ることは有り得ない話ではないでしょう。むしろ知られた段階で、相手の男性に対して慰謝料請求事案になりかねません。
いずれご主人のキャラによるところが相当影響する話ではないでしょうか。

理性的な懐の深い人であれば、それはそれ、これはこれ・・と区別して判断してくれることでしょうが、そういう心に余裕のないタイプであれば、どこまでもこじつけられる危険はあるでしょうね。

いづれ今の段階ではあまり派手な行動は慎んだほうが、というよりやめておいたほうが無難でしよう

別居しているとは言えまだ法的には妻なのですから、不倫以外の何物でもありませんよね。