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5. Biologia Molecular
Replicação e recombinação do DNA

Introdução

A duplicação exata da quantidade de informação genética armazenada no

DNA, que ocorre antes que a célula produza duas células-filhas geneticamente
iguais, é denominada replicação do DNA. Além dessa duplicação, para que a
informação correta seja repassada, é necessário também que a sequência do
DNA seja protegida de alterações; embora essas alterações, denominadas
mutações, ocorrem numa taxa extremamente baixa e variável para
determinados organismos; no entanto, o valor aproximado de 1 nucleotídeo
alterado a cada 1010 cada vez que o DNA é replicado é praticamente o mesmo
para organismos diferentes (em bactérias seria 1 para cada 108 ).

Esse valor é, de certa forma, subestimado, já que existem mutações

silenciosas (que alteram o códon mas não alteram o aminoácido produzido, ou
que alteram o aminoácido sem alterar a função da proteína) e mutações letais,
que não são passadas para a prole; mas esses dois tipos de mutações são tão
pouco frequentes que a taxa de 1 : 1010 é uma aproximação aceita.

As células germinativas devem ser protegidas dessas mutações para que a

informação correta seja transmitida do progenitor aos seus descendentes; no
caso das células somáticas, as mutações podem gerar células variantes, que se
proliferam rapidamente às custas do resto do organismo, podendo, em casos
extremos, gerar câncer.

Replicação do DNA

Inicialmente, foram propostos três modelos para a replicação do DNA:

5. Biologia Molecular 1
 Na replicação conservativa, a molécula inteira de DNA de fita dupla serve
como molde para uma nova molécula inteira de DNA, e a molécula original
é totalmente conservada durante a replicação;

Na replicação dispersiva, as duas fitas de nucleotídeos se rompem em

fragmentos, que servem como molde para a síntese de novos fragmentos
de DNA, que, de alguma forma, se juntam novamente em duas moléculas
de DNA completas;

A replicação semiconservativa é um meio termo entre esses dois modelos:

a natureza complementar das duas fitas de nucleotídeos sugere que,
durante a replicação, cada fita serve como molde para a síntese de uma
nova fita. As duas fitas de nucleotídeos se desenrolam, e cada uma serve
como molde para uma nova molécula de DNA; a especificidade dos pares
de bases (A-T / C-G) indica que apenas uma sequência específica de bases
pode ser especificada para cada molde, logo, as duas moléculas de DNA
construídas a partir do par de moldes serão idênticas à molécula original. A
replicação semiconservativa tem esse nome porque cada fita original de
DNA permanece conservada, porém dividida ao meio (semi).

Modos de replicação

5. Biologia Molecular 2
 Replicação teta: Comum em bactérias que possuem DNA circular. Nesse
tipo de replicação, o DNA de fita dupla começa a se desenrolar num ponto
conhecido como origem da replicação (pontos de origem dos replicons),
produzindo duas fitas que servirão como molde para a síntese do novo
DNA; esse desenrolamento, que pode ocorrer em apenas uma ou nas duas
extremidades, gera uma alça denominada bolha de replicação, que vai
aumentando de tamanho à medida em que as fitas vão se separando. A
replicação do DNA vai ocorrendo simultaneamente à medida em que as
fitas vão se desenrolando. O ponto de desenrolamento, onde as fitas se
separam uma da outra, é conhecido como forquilha de replicação.

Replicação eucariótica linear: ao contrário das moléculas de DNA

circulares, o DNA eucariótico, que é linear, tem milhares de origens de
replicação, e os replicons eucarióticos têm entre 20.000 a 30.000 PBs de
comprimento. Em cada origem de replicação, o DNA vai se desenrolando e
formando duas forquilhas de replicação, uma em cada ponta da fita. Ao fim
do processo, as forquilhas de replicação formadas em cada uma das
origens de replicação vão se unindo, até formar um único longo trecho de
DNA recém-sintetizado; o resultado disso são duas moléculas idênticas de
DNA lineares.

5. Biologia Molecular 3
5. Biologia Molecular 4
 Requisitos da replicação e criação da nova fita

Os 3 principais componentes da replicação do DNA são:

1. Um molde de DNA de fita dupla;

2. Matérias-primas a serem montadas em uma nova fita de nucleotídeos;

3. Enzimas e outras proteínas que leem o molde e reúnem os substratos em

uma nova molécula de DNA.

Como a nova fita é criada: as matérias primas a partir dos quais novas
moléculas de DNA são sintetizadas são os trifosfatos de
desoxirribonucleosídeo (dNTPs), cada um composto por um açúcar
desoxirribose e uma base (ou seja, um nucleosídeo) ligado a três grupos
fosfato. Durante a síntese de DNA, os nucleotídeos vão sendo adicionados ao
grupo 3’-OH da fita de nucleotídeos crescente; o grupo 3'-OH do último
nucleotídeo se liga ao grupo 5’-fosfato do dNTP de chegada e dois grupos
fosfato são rompidos a partir do dNTP de chegada, formando uma ligação
fosfodiéster entre o último nucleotídeo da fita e o dNTP adicionado.

5. Biologia Molecular 5
 → A fita recém-sintetizada é complementar e antiparalela à fita molde

→ As duas fitas são mantidas unidas por ligações de hidrogênio que são formadas
espontaneamente entre as bases da fita molde e da fita que está sendo sintetizada

→ As enzimas que adicionam nucleotídeos à fita são denominadas DNA polimerases

→ As DNA polimerases só podem adicionar nucleotídeos na extremidade 3’ da fita; logo, as

novas fitas de DNA vão se alongando sempre no sentido 5’ → 3

Replicação semidescontínua e os Fragmentos de Okazaki

5. Biologia Molecular 6
 A fita que vai sendo formada no mesmo sentido em que o DNA está sendo
desenrolado é chamada de fita líder, e sua replicação é contínua porque
acompanha o desenrolamento da dupla fita original. A outra fita, que é
formada a partir da forquilha de replicação e em sentido contrário ao
desenrolamento, é chamado de fita tardia. Nessa situação, a síntese é
interrompida várias vezes porque, à medida que o DNA ainda está enrolado,
não há molde exposto para formar a nova fita; as sucessivas quebras da
síntese vão formando “pedaços” curtos de DNA, conhecidos como fragmentos
de Okazaki, consequência da replicação descontínua da fita tardia.

→ Em bactérias, os fragmentos de Okazaki têm aproximadamente 1.000-2.000 nucleotídeos de

extensão

→ Em células eucarióticas, essa extensão é de cerca de 100-200 nucleotídeos

→ Os fragmentos de Okazaki são unidos posteriormente pela DNA ligase para formar uma única
fita contínua de DNA

5. Biologia Molecular 7
5. Biologia Molecular 8
 Etapas da replicação: enzimas e proteínas envolvidas

A replicação do DNA ocorre em quatro estágios:

1. Iniciação

2. Desenrolamento

3. Alongamento

4. Terminação

Iniciação

Em bactérias, uma proteína de iniciação liga-se à (única) origem de

replicação e faz um segmento curto do DNA circular se desenrolar. Esse
pequeno desenrolamento inicial permite que a helicase e outras proteínas que
se ligam à fita simples prendam-se à ela.

Desenrolamento

A célula depende de 3 proteínas para fazer o desenrolamento do DNA. São

elas:

1. DNA helicase: é responsável por romper as ligações de hidrogênio entre

as bases da dupla de fita de DNA. Ela não consegue iniciar o
desenrolamento; quem faz isso é a proteína de ligação, que abre um
pequeno segmento a partir da origem de replicação, que é onde a helicase
irá se fixar inicialmente.

2. Proteínas ligadoras de DNA de fita simples (SSBs - Single Strand DNA

Binding): prendem-se às fitas simples de DNA que são expostas pela ação
da helicase para evitar que se formem estruturas secundárias que
interferem na replicação, como os grampos, além de evitar que as fitas
complementares que foram separadas voltem a interagir. Diferente de
muitas proteínas que se ligam ao DNA, as SSBs são indiferentes à

5. Biologia Molecular 9
 sequência de bases, podendo se ligar em qualquer segmento do DNA de
fita simples.

3. DNA girase: é uma topoisomerase tipo 2, que faz rupturas de fita dupla
(topoisomerases tipo 1 fazem rupturas de fita simples). Elas são
responsáveis por promover o relaxamento da tensão que vai se formando à
frente das forquilhas de replicação conforme o DNA vai sendo desenrolado,
reduzindo o superenrolamento da parte que ainda está enrolada.

Alongamento

Nessa fase ocorre a replicação propriamente dita, onde o DNA de fita única
é usado como molde para a síntese da nova fita de DNA. Esse processo
também depende de várias enzimas e possui várias “subetapas”:

Síntese dos primers pelas primases: os primers servem como o ponto

inicial da replicação. A primase adiciona um pequeno trecho de RNA
iniciador, denominado primer, que vai se parear à fita molde e permitir que
a DNA polimerase possa iniciar a replicação, ligando-se ao primer no trecho
3’-OH e fazendo a construção da fita complementar. Na fita líder, que tem
síntese contínua, a construção pode continuar de uma vez a partir de um
único primer; já na fita tardia, que tem síntese descontínua, novos

5. Biologia Molecular 10
 primers vão sendo adicionados à medida em que a forquilha de replicação
se abre. Em cada ponto da fita tardia em que um primer é inserido teremos
um fragmento de Okazaki.

Síntese de DNA pelas DNA Polimerases: as principais DNA Polimerases

envolvidas na replicação são a I e a III. A DNA Polimerase III adiciona
nucleotídeos de DNA (dNTPs) ao primer na extremidade 3'-OH, sintetizando
o DNA das fitas líder e tardia. A DNA Polimerase III tem duas atividades
enzimáticas:

1. sua atividade polimerase 5'→ 3’ permite que ela adicione novos

nucleotídeos no sentido 5’→ 3’;

2. sua atividade exconuclease 3'→5’ permite que ela remova nucleotídeos

no sentido 3’→5', facilitando a correção de erros removendo
nucleotídeos que possam ter sido inseridos incorretamente; essa
“verificação” é feita sempre antes de adicionar um novo nucleotídeo à
fita em formação num processo conhecido como revisão.

A DNA Polimerase I tem atividade exonuclease 5'→3’, diferente da DNA

Polimerase III; isso porque ela é responsável por remover os primers fixados
pela primase e substitui-los por nucleotídeos de DNA, sintetizando na
direção 5'→3’ (às vezes o primer contém uracila).

→ Após a DNA Polimerase III iniciar a síntese no primer e mover-se na direção 3', a DNA
Polimerase I retira os nucleotídeos de RNA do primer e os substitui por nucleotídeos de DNA

→ As DNA Polimerases II, IV e V participam do processo de reparo do DNA

União pela DNA ligase: após a polimerase I ter substituído o último primer
por nucleotídeos de DNA, uma ruptura estará presente na nova fita de DNA
(a fita está “partida” ao meio); a DNA ligase fica responsável por fechar
essa ruptura, catalizando uma reação fosfodiéster entre o grupo 3’OH do
último nucleotídeo e o grupo 5’fosfato do primeiro nucleotídeo, sem
precisar adicionar outro nucleotídeo à fita.

5. Biologia Molecular 11
5. Biologia Molecular 12
 Término

Em algumas moléculas de DNA, a replicação se encerra quando uma

forquilha de replicação encontra outra e o DNA está completamente estendido;
em outras, existem sequências de término específicas (sítios ter) que
bloqueiam a replicação: uma proteína de término liga-se a esse sítio, formando
um complexo molecular que bloqueia a ação da helicase, paralisando a
forquilha de replicação.

→ Além da revisão, um processo chamado reparo de pareamento errado corrige erros de

replicação após o fim dela (e não durante, como a revisão);

→ Nucleotídeos inseridos incorretamente produzem uma deformidade na estrutura

secundária do DNA, que é detectada por enzimas que retiram o nucleotídeo incorreto que
causou a deformidade; em bactérias, a fita antiga de DNA é metilada, e, em caso de
haver necessidade de reparo de pareamento errado, as enzimas irão corrigir apenas as
fitas não metiladas (as que foram recém sintetizadas)

Replicação em eucariotos e bactérias: semelhanças

5. Biologia Molecular 13
 A replicação em eucariotos é mais dificultosa que em bactérias, devido a 3
aspectos:

1. O tamanho do genoma eucariótico é muito maior; logo, as células

eucarióticas utilizam muito mais origens de replicação que as bactérias

2. O DNA dos eucariotos é linear, e não circular como nas bactérias;

3. O molde de DNA está associado a proteínas histonas na forma de

nucleossomos, e a montagem dos nucleossomos deve ser feita
imediamente durante a replicação.

Devido às milhares de origens de replicação encontradas nos eucariotos, é

preciso um esforço maior para que o genoma seja replicado apenas uma vez
em cada origem; isso é contornado por meio da divisão da replicação em duas
etapas:

1. Na primeira etapa ocorre o licenciamento da replicação, onde um fator

de licenciamento de replicação se prende a uma origem;

2. Na segunda etapa o maquinário de replicação a inicia apenas nas

origens licenciadas; à medida que as forquilhas de replicação se afastam
da origem, o fator de licenciamento é removido, deixando a origem num
estado não licenciado, evitando que ela seja replicada novamente.

→ As topoisomerases (girases) atuam no desenrolamento do DNA das bactérias e dos

eucariotos da mesma forma

→ O ponto de verificação na fase G1/S mantém o ciclo celular em G1 até o DNA estar pronto
para ser replicado; após a replicação, o sistema de licenciamento garante que ele não será
replicado novamente até a célula ter passado pela mitose.

As DNA Polimerases eucarióticas se diferenciam das procarióticas

principalmente em número e funções; os eucariotos possuem várias DNA
Polimerases que atuam tanto na replicação quanto na recombinação e no
reparo do DNA.

As DNA Polimerases mais importantes para a síntese de DNA na replicação

são as DNA Polimerase α, δ e ε;

A DNA Polimerase α tem atividade primase e inicia a síntese de DNA

nuclear ao sintetizar um primer de RNA, seguida por uma sequência curta

5. Biologia Molecular 14
 de nucleotídeos de DNA.

A DNA Polimerase δ completa a replicação na fita tardia a partir dos

primers de RNA na fita tardia inseridos pela DNA Polimerase α (atua nos
fragmentos de Okazaki);

A DNA Polimerase ε, assim como a δ, também completa a replicação a

partir dos primers, porém na fita líder.

As DNA Polimerases δ e ε replicam o DNA com alta fidelidade devido ao

modo justo e exclusivo com o qual seus sítios ativos acomodam os
nucleotídeos normais de DNA (ATCG); por esse motivo, moldes distorcidos de
DNA e bases anormais não são replicados por essas enzimas. Outros tipos de
DNA Polimerases, denominados DNA Polimerases translesão possuem um sítio
ativo mais aberto e podem acomodar e copiar moldes com bases anormais e
estruturas distorcidas.

Na replicação, as enzimas de alta fidelidade são usadas até encontrar um

bloqueio na replicação; nesse ponto, uma ou mais polimerases translesão
contornam o bloqueio e continuam replicando uma seção curta do DNA; a partir
daí, as DNA Polimerases translesão se desprendem da forquilha de replicação e
as DNA Polimerase de alta fidelidade encerram a replicação;

→ Fica a cargo das enzimas de reparo de DNA reparar os erros produzidos pelas DNA
Polimerase translesão

DNA Polimerase Função celular

Iniciação da síntese de DNA

nuclear e reparo do DNA
α
Atividade
primase

Síntese de fita tardia do DNA

δ nuclear, reparo do DNA e síntese
do DNA translesão

ε Síntese da fita líder

Montagem dos nucleossomos

5. Biologia Molecular 15
 O DNA eucariótico está associado a proteínas histonas em estruturas
chamadas de nucleossomos, que contribuem para a estabilidade e o
empacotamento da molécula de DNA. Para que a replicação ocorra, esses
nucleossomos são desmontados, mas precisam ser remontados novamente
logo em seguida. Esse processo ocorre em 3 etapas:

1. Primeiramente os nucleoossomos originais são rompidos à frente da

forquilha de replicação;

2. Em seguida as histonas provenientes são redistribuídas para novas

molécula de DNA;

3. Por fim, são adicionadas histonas recém-sintetizadas para completar a

formação de novos nucleossomos.

As estruturas recém-montadas são uma mistura de histonas antigas que

foram redistribuídas e histonas recém-sintetizadas. A remontagem dos
nucleossomos é facilitada por chaperonas de histonas que se associam à DNA
helicase.

Telomerase e replicação na extremidade dos cromossomos

Uma possível consequência da replicação nos cromossomos lineares dos

eucariotos seria o encurtamento progressivo do cromossomo a cada
replicação, visto que as extremidades ficariam sempre sem trecho adjacente
para fornecer um grupo 3’-OH após a remoção do primer. Essa questão é
chamada de problema da replicação da extremidade. Isso ocorre em células
somáticas (o envelhecimento é consequência disso):

5. Biologia Molecular 16
5. Biologia Molecular 17
 A solução para esse problema é trabalho das telomerases, enzimas que
replicam os cromossomos em suas extremidades; a telomerase se liga à
extremidade 3’ do cromossomo sem a necessidade de um molde complementar
e a alonga.

→ A maioria das células somáticas tem pouca ou nenhuma atividade de telomerase, e seus
cromossomos são progressivamente encurtados a cada divisão celular

5. Biologia Molecular 18
5. Biologia Molecular 19
 Recombinação do DNA

A recombinação consiste na troca de informações entre moléculas de DNA;

quando essa troca é entre moléculas homólogas de DNA, o processo é
chamado de recombinação homóloga, que ocorre no crossing over, onde as
regiões homólogas dos cromossomos são trocadas.
Além de ser essencial para a evolução devido ao aumento da variabilidade
genética que promove, a recombinação também é um processo essencial no
reparo do DNA.

Modelos de recombinação e enzimas associadas ao processo

A recombinação homóloga pode ocorrer de duas formas diferentes: por

rompimento de uma fita simples em cada uma das duas moléculas de DNA,
ou por um rompimento da fita dupla em uma das duas moléculas; no modelo
de rompimento de fitas simples, o ponto no qual as fitas de nucleotídeos
passam de uma molécula de DNA para a outra é denominado junção de
Holliday.
A recombinação entre duas moléculas de DNA obedece o seguinte processo:

Desenrolamento das hélices de DNA → Clivagem das fitas de nucleotídeos

→ Invasão das fitas → Clivagem adicional da fita e união para remover as
junções de Holliday.

Resumo Geral sobre Replicação e Recombinação do DNA

→ A replicação é semiconservativa: duas fitas de DNA se separam e cada uma

serve como molde para a síntese de uma nova fita

5. Biologia Molecular 20
 → Toda a síntese de DNA é feita no sentido 5’ → 3’. como as duas fitas são
antiparalelas, a replicação ocorre de maneira contínua em uma fita (líder) e de
maneira descontínua na outra fita (tardia); o processo é semidescontínuo
→ A replicação se inicia quando uma proteína de iniciação se liga à origem de
replicação e desenrola um pequeno trecho de DNA, ao qual a helicase se liga e
começa a desenrolar na forquilha de replicação; as SSBs se ligam às fitas
simples para evitar a formação de estruturas secundárias enquanto a DNA
girase remove a torção à frente da forquilha de replicação e evita o
superenrolamento

→ Durante a replicação, a primase sintetiza primers (trechos curtos de

nucleotídeos de RNA) que fornecem o grupo 3’OH ao qual a DNA polimerase
pode adicionar os DNTPs

→ A DNA polimerase adiciona novos nucleotídeos na extremidade 3’ da fita

crescente

→ A DNA ligase fecha as rupturas que permanecem pela formação dos

fragmentos de Okazaki e quando os primers são substituídos por DNTPs
→ Os principais mecanismos de controle de exatidão da replicação são a
seleção precisa de nucleotídeos, a revisão e o reparo de pareamento errado
→ A replicação em múltiplas origens precisa de um fator de licenciamento para
ser iniciada nesses pontos
→ Nucleossomos são rapidamente remontados em novas molécula de DNA,
em uma mistura de histonas novas e antigas

→ A recombinação homóloga ocorre por meio de ruptura nas fitas de

nucleotídeos, alinhamento de segmentos homólogos e reunião das fitas

Referências:

PIERCE (págs. xxx-542)

5. Biologia Molecular 21
 Mutação e Reparo do DNA [DETALHAR
BEM OS TIPOS DE MUTAÇÃO E TIPOS DE
REPARO, POIS CAIU NA POLITEC 2022]

Introdução

Mutações são definidas como mudanças herdadas na informação genética.

Os descendentes dessas mutações podem ser células (como em mutações
somáticas) ou organismos (como em mutações germinativas). As mutações são
a fonte de todas as variações genéticas, a matéria-prima da evolução.
Podemos diferenciar as mutações em duas grandes categorias: somáticas e
germinativas. Muitas mutações somáticas não têm efeito claro no fenótipo
porque a função da célula mutada é substituída pela função das células
normais, ou porque a célula mutante morre e é substituída por outras normais.
Quando falamos em mutações em organismos multicelulares, em geral,
estamos falando de mutações germinativas.
Dentre as mutações germinativas, usamos o termo mutações
cromossômicas para descrever a alteração genética de grande escala que
afeta a estrutura do cromossomo ou o número de cromossomos, e mutação
gênica para uma lesão de DNA relativamente pequena que afeta um único
gene.

Tipos de mutações gênicas

Substituições de base

É o tipo mais simples de mutação gênica. Consiste na alteração de um

nucleotídeo de DNA por outro; essa alteração pode ser classificada em dois
tipos:

5. Biologia Molecular 22
 Transição: substituição de uma purina por uma purina diferente (Adenina
por Guanina ou Guanina por Adenina) ou de uma pirimidina por uma
pirimidina (Citosina por Timina ou Timina por Citosina). Surgem com maior
frequência que as transversões;

Transversão: substituição de uma purina por uma pirimidina

Inserções e deleções (indels)

Indels são adições/remoções de um par de nucleotídeos. Essas mutações

podem levar a mutações no quadro de leitura (frameshift), alterando os
aminoácidos codificados pelos nucleotídeos após a mutação; por esse motivo,
indels têm efeitos drásticos no fenótipo.

5. Biologia Molecular 23
 Transcrição (não explícito no edital)

Introdução

A transcrição pode ser definida como a síntese de uma molécula de RNA a

partir de um molde de DNA. Todos os tipos de RNA celulares - mRNA, tRNA,
rRNA, pré-mRNA etc. - são sintetizados a partir de moldes de DNA.
O processo de replicação e transcrição são bastante semelhantes,
diferenciando-se basicamente na seletividade: enquanto na replicação todo o
molde de DNA é copiado a partir do molde (duplicado), na transcrição apenas
alguns genes do DNA são transcritos para uma molécula de RNA. Isso ocorre
porque nem todos os genes/produtos são necessários ao mesmo tempo nas
células (a transcrição é célula-específica), e também porque nem todas as
regiões do DNA codificam genes; a transcrição integral dos moldes de DNA
seria um gasto desnecessário para a célula.

Assim como a replicação, a transcrição necessita de 3 componentes

básicos:

1. Um molde de DNA;

2. Nucleotídeos (rNTPS) que servirão de substrato para a construção da

molécula de RNA;

3. Enzimas e proteínas que serão o aparato de transcrição, catalisando a

síntese de RNA

Componentes da transcrição

O molde para a síntese de RNA também é uma dupla-fita de DNA,

semelhante ao molde usado para replicação. A diferença na transcrição é que,
em vez de ambas as fitas serem utilizadas para sintetizar DNA, apenas uma das
duas fitas é utilizada para a síntese de RNA. A fita que é transcrita é chamada
de fita molde, enquanto a fita não transcrita é chamada de fita não-molde (há
algumas exceções em que ambas as fitas são copiadas).

5. Biologia Molecular 24
 → O RNA transcrito tem a mesma polaridade da fita não-molde, com nucleotídeos U em vez de
T.

Unidades de Transcrição

A unidade de transcrição é um segmento do DNA que codifica a molécula de

RNA, ou seja, delimita qual parte da fita molde de DNA será transcrita. A
unidade de transcrição é dividida em 3 regiões:

1. Promotor: é uma sequência de DNA que o aparato de transcrição

reconhece e se liga; ele indica qual das duas fitas de DNA será
transcrita e qual será o sentido da transcrição. O promotor também
indica qual será o sítio de início do transcrição (o primeiro nucleotídeo a
ser transcrito para o RNA), possuindo função bastante semelhante à da
origem de replicação. Geralmente o promotor está próximo ao sítio de
início de transcrição, mas ele em si não é transcrito.

2. Região codificadora de RNA: é a sequência de nucleotídeos que será

transcrita em RNA, iniciada a partir do promotor e encerrada no fim do
terminador.

3. Terminador: sequência de nucleotídeos que determina onde a

transcrição deverá parar. O terminador é parte da sequência
codificadora de RNA, e é transcrito em RNA, diferente do promotor.

5. Biologia Molecular 25
 Substrato para Transcrição

O RNA é sintetizado a partir de trifosfatos de ribonucleotídeos (rNTPS), que

são adicionados sempre à extremidade 3’ da molécula de RNA que está sendo
construída; a síntese é, portanto 5’ → 3', o mesmo da síntese de DNA na
replicação. A síntese de RNA não necessita de primer, diferente da síntese de
DNA.

5. Biologia Molecular 26
 Aparato de transcrição

Na transcrição, uma única enzima, a RNA polimerase, é responsável por

todas as etapas. No entanto, ao longo do processo, várias proteínas se ligam e
se desprendem da RNA polimerase, cada uma fornecendo ou regulando uma
função especial. Logo, a transcrição, assim como a replicação, requer várias
proteínas e enzimas.

As bactérias possuem apenas um tipo de RNA polimerase, que catalisa a

síntese de todas as classes de RNA bacterianos: mRNA, tRNA, rRNA.

Os eucariotos possuem três tipos diferentes de RNA polimerase, cada uma

responsável por sintetizar uma classe de RNA:

→ RNA polimerase I transcreve rRNA

→ RNA polimerase II transcreve pré-mRNA

5. Biologia Molecular 27
 → RNA polimerase III transcreve tRNA

O processo de transcrição em bactérias

A transcrição é melhor compreendida em bactérias, sendo comumente

estudada antes para que depois seja feita uma análise das (poucas) diferenças
entre a transcrição procariótica e a eucariótica. A transcrição bacteriana é
dividida em 3 etapas:

1. Iniciação: o aparato de transcrição se liga ao promotor e inicia a síntese

de RNA

2. Alongamento: síntese propriamente dita com a ligação da RNA

polimerase à fita molde e adição de novos nucleotídeos

3. Término: identificação do terminador e desprendimento da molécula de

RNA do molde de DNA

→ A transcrição não possui a fase de desenrolamento, como ocorre na replicação

Iniciação

A iniciação pode ser subdividida em 4 etapas necessárias ao início da

sintese de RNA:

1. Identificação do promotor

2. Formação da bolha de transcrição

3. Criação das primeiras ligações entre os rNTPS

4. Saída do aparato de transcrição do promotor

→ A seletividade da transcrição é garantida pela etapa de identificação do promotor; a

ligação da RNA polimerase ao promotor delimitará QUAIS partes do molde do DNA serão
transcritos e em QUAL FREQUÊNCIA .

5. Biologia Molecular 28
 Os promotores bacterianos carregam em suas sequências de nucleotídeos
as seguintes instruções para a unidade de transcrição:

onde se inicia a transcrição

qual fita molde de DNA será lida

em que sentido a RNA polimerase irá se mover

→ Existem trechos curtos de nucleotídeos que são comuns à maioria dos

promotores, chamadas de sequências consenso:

Na etapa inicial da transcrição, a RNA polimerase é posicionada sobre o sítio

de início da transcrição e desenrola o DNA para produzir um molde de fita
simples; quem vai determinar qual será essa fita e qual será o sentido da
transcrição são as sequências consenso, porque elas ajudam a direcionar a
RNA polimerase para o sítio de início

5. Biologia Molecular 29
 → Se as sequências consenso forem artificialmente removidas upstream ou
downstream , a localização do ponto de início de transcrição se altera

Alongamento

Após o início da transcrição, a RNA polimerase sofre uma mudança na

conformação que não permite que ela continue se ligando ao promotor. Essa
mudança possibilita que ela possa se mover ao longo da fita molde enquanto
faz a transcrição downstream. A transcrição ocorre dentro de um segmento
curto de 18 nucleotídeos denominado bolha de transcrição, na qual o RNA vai
sendo sintetizado de forma contínua.
Pode ocorrer a formação de estruturas secundárias tanto no DNA transcrito
quanto no RNA que está sendo sintetizado, ou os nucleossomos no DNA podem
dificultar a transcrição, fazendo com que a RNA polimerase pause o processo
algumas vezes; essas pausas na transcrição costumam ser importantes na
coordenação entre a transcrição e a tradução.

→ A RNA polimerase faz uma espécie de revisão durante a replicação; quando ela incorpora
um nucleotídeo incorreto na fita de RNA, os dois últimos nucleotídeos (o incorreto e o
anterior) são removidos e a transcrição é recomeçada a partir dali

→ Topoisomerases também removem a tensão que se forma como enrolamento da fita, assim como
ocorre na replicação

Término

A RNA polimerase continua transcrevendo nucleotídeos à extremidade 3’ do

RNA crescente até ela transcrever um terminador; a RNA polimerase só encerra
a transcrição APÓS o terminador ter sido transcrito. A finalização da transcrição
ocorre com os seguintes eventos após a transcrição do terminador:

A RNA polimerase para de sintetizar RNA;

A molécula de RNA recém-sintetizada se desprende da RNA polimerase;

A molécula de RNA recém-sintetizada se desprende da fita molde;

A RNA polimerase se desprende da fita molde

5. Biologia Molecular 30
 Transcrição eucariótica

A transcrição em eucariotos difere muito pouco da observada em bactérias;

uma das principais diferenças é o fato dos eucariotos possuírem 3 RNA
polimerases, cada uma transcrevendo uma classe distinta de RNA e
identificando um tipo diferente de promotor. Logo, não observa-se promotor
genérico nos eucariotos, como pode ocorrer em células procarióticas.
Como o DNA dos eucariotos é envolto em proteínas histonas na forma de
cromatina comprimida, é necessário que essa estrutura da cromatina seja
modificada antes da transcrição para que o DNA possa ser acessado pelo
maquinário de transcrição. Essa modificação ocorre, principalmente, através da
modificação das histonas, como acetilação.

Promotores eucarióticos

Enquanto nas células bacterianas a holoenzima (RNA polimerase + fator

sigma) se ligam diretamente às sequências do promotor, nos eucariotos a
identificação do promotor é feita pelas proteínas acessórias que se ligam ao
promotor e então recrutam um tipo específico de RNA polimerase (I, II ou III).
Os promotores identificados pela RNA polimerase II são os responsáveis
pela transcrição dos genes que codificam proteínas. Tais promotores são
compostos por duas partes principais:

Cerne do promotor: é o sítio ao qual o aparato basal de transcrição se

liga. Possui uma ou mais sequêcias consenso, sendo a TATA BOX
(TATAAA) a mais comum e responsável pelo início da transcrição.

Promotor regulador: localizado diretamente upstream do cerne do

promotor. Afetam a taxa na qual a transcrição é executada.

5. Biologia Molecular 31
 Iniciação, alongamento e término em eucariotos

Iniciação: a transcrição em eucariotos se inicia com a montagem do

maquinário de transcrição no promotor. Esse maquinário, composto pela
RNA polimerase II e vários fatores de transcrição, se montam no cerne do
promotor e alteram a conformação do DNA e da RNA polimerase, fazendo
com que alguns pares de bases se desprendem do DNA e sirvam como
molde para o início da transcrição.

Alongamento: após cerca de 30 pB db de RNA serem sintetizados, a RNA

polimerase deixa o promotor e entra no estágio de alongamento da
transcrição.

Término: o término da transcrição é diferente para cada uma das três RNA
polimerases; a RNA polimerase II encerra a transcrição quando uma
exonuclease se liga à extremidade 5’ de uma parte RNA que é arrastado
para fora da RNA polimerase (a parte que continuou na RNA polimerase é o
mRNA, que irá codificar a proteína).

Resumo geral de transcrição [INSERIR EM UMA DAS REVISÕES]

→
→

5. Biologia Molecular 32
 →
→
→
→
→

→
→
→

Moléculas de RNA e Processamento de

RNA

Introdução - Organização dos genes

Em 1958, Francis Crick propôs que os genes eram colineares, ou seja,

existia uma relação de proporção direta entre o tamanho da sequência de
nucleotídeos que compõe o gene e a quantidade de aminoácidos da proteína
que aquele gene codifica. Para as células eucarióticas, no entanto, esse
conceito não se aplica perfeitamente porque elas possuem muito mais DNA do
que o necessário para codificar proteínas; ou seja, nas células eucarióticas os
genes são frequentemente interrompidos por sequências não codificadoras.
As sequências codificadoras de genes, portanto, não são contínuas nem
colineares.
→ As sequências que não codificam proteínas são chamadas de íntrons.
→ As sequências que codificam proteínas são chamadas de éxons.

Também foi observado que muitas molécula grandes de RNA que existem no
núcleo não estão presentes no citoplasma; isso levou à conclusão de que os
RNAs nucleares sofrem algum tipo de transformação antes de serem
exportados para o citoplasma.

5. Biologia Molecular 33
 → O processo que retira os íntrons do RNA e cola os éxons, diminuindo
assim o tamanho total do RNA, é chamado de splicing.

Íntrons

As regiões não codificadoras, chamadas de íntrons ou sequências

supervenientes, são transcritas em RNA juntamente com os éxons, porém
removidas no processo de splicing para que os éxons sejam unidos e uma
molécula de RNA maduro seja formada.
Os íntrons podem ser encontrados tanto nos genes nucleares quanto nos
genes mitocondriais e de cloroplastos. O tamanho e o número dos íntrons está
diretamente relacionado à complexidade do organismo: moscas têm mais
íntrons em seu genoma que leveduras, enquanto vertebrados possuem muito
mais íntrons que esses dois grupos.

→ Os íntrons são comuns nos eucariotos e raros nas bactérias

→ Os íntrons tendem a ser mais longos que os éxons, e a maioria dos genes eucarióticos têm
mais nucleotídeos não codificadores do que codificadores

Existem quatro tipos principais de íntrons:

1. Íntrons do grupo 1: encontrados em bactérias e eucariotos, são auto-

splicing (catalisam a sua própria remoção).

2. Íntrons do grupo 2: encontrados em alguns genes de mitocôndrias e

cloroplastos, também são auto-splicing.

5. Biologia Molecular 34
 3. Íntrons do pré-mRNA: são os íntrons localizados entre os genes que
codificam proteínas; não são auto-splicing: sua remoção requer snRNAs
e várias proteínas.

4. Íntrons do RNA transportador: encontrados nos genes de tRNAs.

→ O splicing de todos os íntrons do pré-mRNA ocorre no núcleo;

→ A sequência de éxons não se altera após o splicing: eles são unidos uns aos outros após
a remoção dos íntrons, mas não se misturam (por exemplo, o último éxon não fica no lugar do
primeiro).

-> Com a descoberta dos íntrons, passou-se a definir o gene como uma sequência de DNA que
codifica uma molécula de RNA (incluindo todos os éxons, íntrons e sequências que não são
traduzidos em uma proteína).

RNA mensageiro (mRNA)

Estrutura do RNA mensageiro

Nas bactérias, o DNA é transcrito diretamente em mRNA; nos eucariotos,

uma molécula intermediária chamada pré-mRNA é transcrita primeiro, somente
passando a ser chamada de mRNA após o seu processamento, quando estarão
aptas a serem traduzidas.
As moléculas de RNA mensageiro são divididas em três regiões:

1. Região 5’ não traduzida (UTR): em bactérias, possui uma sequência

consenso chamada de sequência de Shine-Dalgarno; os eucariotos não
possuem essa sequência consenso, e a região 5’UTR serve para que os
ribossomos se liguem ao mRNA na tradução

2. Região codificadora de proteínas: inclui os códons (sequências de 3

nucleotídeos que codificam 1 aminoácido); essa região se inicia com um
códon de início e um códon de parada

3. Região 3’ não traduzida (UTR): afeta a estabilidade do mRNA e a tradução

da região codificadora de proteínas

5. Biologia Molecular 35
 Processamento do RNA mensageiro

Como já observado, a transcrição e tradução das bactérias ocorre

simultaneamente: à medida em que a extremidade 3’ do mRN está sendo
transcrita, o ribossomo se liga à sequência de Shine-Dalgarno e inicia a
tradução. Por esse motivo, o RNA bacteriano tem pouca ou quase nenhuma
oportunidade de se modificar entre a transcrição e a tradução
Nas células eucarióticas ocorre o oposto: a transcrição ocorre no núcleo,
enquanto a tradução ocorre no citoplasma; essa separação fornece uma
oportunidade para que o RNA eucariótico seja modificado várias vezes (e isso
de fato acontece) após a transcrição e antes da tradução. Essas modificações
ocorrem em todas as regiões do mRNA: tanto nas regiões UTR quanto na região
codificadora:

Adição do cap 5’: o cap 5’ é uma estrutura formada por um nucleotídeo

extra na extremidade 5’ do mRNA associado a uma metila (CH3). A
adição do cap é feita rapidamente após a transcrição, e essa estrutura
auxilia na ligação do ribossomo ao mRNA no início da tradução, fazendo
com que ele se mova downstream ao longo do mRNA até encontrar o
códon de início; o cap 5’ também aumenta a estabilidade do mRNA e
influencia na remoção dos íntrons.

Adição da cauda poli(A): consiste na adição de 50-250 nucleotídeos

adenina pelo processo de poliadenilação, após a transcrição; como a
maioria dos genes transcritos pela RNA polimerase II é transcrito muito
além das regiões codificadoras do DNA, a maior parte do material extra
da região 3’ é retirada e essa cauda poli(A) é adicionada em seu lugar. A

5. Biologia Molecular 36
 cauda poli(A) confere estabilidade à molécula de mRNA, aumentando o
tempo em que ele estará disponível para tradução antes de ser
degradado, além de facilitar a fixação do ribossomo ao mRNA.

Splicing: consiste na remoção dos íntrons e ocorre no núcleo, antes que

o mRNA se desloque para o citoplasma. É a modificação mais complexa
do RNA.

Edição do RNA: alteração da sequência de nucleotídeos que foi

transcrita a partir do DNA.

Splicing

O splicing requer três sequências específicas no íntron:

→ (1) em uma extremidade, teremos o sítio de splicing 5’
→ (2) em outra extremidade, teremos o sítio de splicing 3’
→ (3) entre 18 e 40 nucleotídeos upstream do sítio 3’ teremos o ponto de
ramificação

→ A maioria dos íntrons nos pré-mRNA começam com GU e terminam com AG

→ O splicing ocorre dentro de uma estrutura chamada de spliceossomo,
composta por 5 moléculas de RNA e cerca de 300 proteínas.

No processo de splicing, o pré-mRNA é unido em duas etapas que ocorrem no

spliceossomo:

1. Na primeira etapa, o pré-mRNA é cortado no sítio de splicing 5’ e a

extremidade 5’ do íntron se prende ao ponto de ramificação, causando
um dobramento no íntron conhecido como lariat

2. Na segunda etapa, o sítio de splicing 3’ é cortado, e as extremidades de

éxons são unidas; nessa etapa, o íntron é liberado como um lariat

→ Após essa duas etapas, o mRNA maduro, composto por éxons unidos, é liberado no
citoplasma pela ação de um complexo de junção de éxon

-> As etapas catalíticas importantes são feitas pelos snRNAs que compõem o spliceossomo

5. Biologia Molecular 37
 -> A maioria das moléculas de mRNA são produzidas a partir de um único pré-mRNA que é
tratado por splicing; no entanto, alguns organismos como tripanossomos e nematódeos formam
uma molécula de mRNA a partir da união de vários produtos de pré-mRNAs num processo chamado
de trans-splicing .

-> Cerca de 15% das substituições de bases que causam doenças genéticas causam alteração
no splicing do pré-mRNA.

Splicing alternativo

Existe uma via alternativa de modificação chamada splicing alternativo que

confronta a ideia de que “um gene é uma sequência de nucleotídeos que
especifica a sequência de aminoácidos": no processo de splicing alternativo,
um único pré-mRNA é processado de várias formas diferentes para produzir
diferentes moléculas de mRNA, resultando na produção de várias proteínas
diferentes a partir de uma mesma sequência de DNA.

→ No splicing alternativo podem ser removidos, além dos íntrons, alguns éxons, para que
diferentes moléculas de mRNA sejam produzidas a partir da mesma sequência de DNA

→ Assim como no splicing comum, o splicing alternativo não altera a ordem dos éxons ,
mesmo sendo capaz de produzir diferentes combinações de éxons no mRNA! O éxon 3 nunca vai
ser colocado antes do éxon 2, por e

-> Estima-se que mais de 90% de todos os genes humanos sofram splicing alternativo

-> O splicing alternativo é uma das razões pelas quais o tamanho do genoma de um organismo
não está associado à sua complexidade (existem plantas com genoma tão grande quanto o dos
humanos)

5. Biologia Molecular 38
 Edição do RNA

A hipótese de que todas as informações sobre a sequência de aminoácidos

de uma proteína estão localizadas no DNA é contestada por um processo
chamado de edição do mRNA. Nesse processo, a sequência codificadora de
uma molécula de mRNA é modificada após a transcrição para produzir uma
proteína diferente daquela codificada pela sequência original codificada pelo
gene.

5. Biologia Molecular 39
 Já foram observadas modificações em mRNAs, tRNAs e rRNAs de diversos
organismos. Essas modificações podem ocorrer a partir de substituições ou
deleções de bases, causando mudança nos códons e consequente produção
de aminoácidos diferentes que alteram a estrutura final da proteína formada.

Visão geral das modificações sofridas pelo RNA

Modificação Função

Facilita a ligação do ribossomo à extremidade 5’ do mRNA,

Adição do cap 5’
aumenta a estabilidade do mRNA e potencializa o splicing

Clivagem do 3’ e
Aumenta a estabilidade do mRNA e facilita a ligação do
adição de uma cauda
ribossomo ao mRNA
poli(A)

Remove os íntrons do pré-mRNA, facilita a exportação do

Splicing do RNA mRNA para o citoplasma e possibilita que múltiplas proteínas
sejam produzidas por meio do splicing alternativo

Edição do RNA Altera a sequência de nucleotídeos do mRNA

RNA transportador (tRNA)

Visão geral

O tRNA serve como elo entre o código genético do mRNA e os aminoácidos

que compõem a proteína: é a molécula de tRNA quem transporta aminoácidos
para o ribossomo a partir das instruções contidas no mRNA, colocando-os na
ordem correta.
Cada tRNA é capaz de se ligar a apenas um único aminoácido, então pode-
se concluir que existem no mínimo 20 tipos diferentes de tRNA (na verdade
esse número é um pouco maior). O complexo de tRNA mais o seu aminoácido
correspondente pode ser escrito da seguinte forma: tRNA(ala) para o RNA
transportador que carrega alanina.

5. Biologia Molecular 40
 Estrutura e processamento do RNA transportador

Uma característica particular do tRNA é a presença de bases modificadas;

em vez de ter apenas A,U,C e G, o tRNA possui também bases adicionais como
ribotimina e pseudouridina. Essas bases modificadas surgem a partir de
modificações ocorridas após a transcrição por enzimas modificadoras de
tRNA (por exemplo, a adição de uma metila à uracila forma a ribotimidina).

→ Uma importante estrutura do tRNA é chamada de anticódon , que possui 3 bases e se

pareia com o códon correspondente no mRNA e garante que os aminoácidos sejam ligados na
ordem correta

-> Todas as moléculade tRNA sofrem processamento após a transcrição

-> Não existe uma via genérica de processamento de tRNA: todos os tRNAs são processados
de maneiras diferentes

-> Os íntrons dos tRNAs são bem mais curtos que os dos mRNAs, e o processo de splicing
para os tRNAs é bem diferente do ocorrido nos spliceossomos dos mRNAs

Resumo geral de processamento de RNA

→
→

→
→
→

Tradução - Visão resumida (não explícito

no edital)

Introdução - Como o código genético determina a

sequência de nucleotídeos que especifica os

5. Biologia Molecular 41
 aminoácidos de uma proteína

Um aminoácido é codificador por três nucleotídeos consecutivos no mRNA

(códons), e cada nucleotídeo pode ter uma das 4 bases (U,C,A e G), resultando
em 4³ (64) possíveis códons. Desses, 3 códons são de parada (UAA, UAG e
UGA), e não codificam nenhum aminoácido. Logo, temos 61 códons chamados
de códons com sentido, que de fato codificam aminoácidos.
Como existem 61 códons com sentido mas apenas 20 aminoácidos nas
proteínas, o código genético tem mais informação que o necessário para a
produção de proteínas; por esse motivo, dizemos que o código genético é
degenerado (possui múltiplos estados com significado equivalente).

→ Apenas o triptofano (UGG) e a metionina (AUG) são codificados por um único códon

→ Os códons que especificam um mesmo aminoácido são chamados de códons sinônimos

-> Os tRNAs que aceitam o mesmo aminoácido, mas com anticódons diferentes, são chamados de
tRNA isoaceptores

→ O códon de iniciação (AUG) codifica a metionina

UGU (Cys)
UAU (Tyr)
UUU (Phe) UCU (Ser) UGC (Cys)
UAC (Tyr)
UUC (Phe) UCC (Ser)
UUA (Leu) UCA (Ser) UGA (stop)
UAA (stop)
UUG (Leu) UCG (Ser)
UAG (stop)
UGG (Trp)

CUU (Leu) CCU (Pro) CAU (His) CGU (Arg)

CUC (Leu) CCC (Pro) CAC (His) CGC (Arg)
CUA (Leu) CCA (Pro) CAA (Gln) CGA (Arg)
CUG (Leu) CCG (Pro) CAG (Gln) CGG (Arg)

AUU (Ile)
ACU (Thr) AAU (Asn) AGU (Ser)
AUC (Ile)
ACC (Thr) AAC (Asn) AGC (Ser)
AUA (Ile)
ACA (Thr) AAA (Lys) AGA (Arg)
ACG (Thr) AAG (Lys) AGG (Arg)
AUG (Met)

GUU (Val) GCU (Ala) GAU (Ap) GGU (Gly)

GUC (Val) GCC (Ala) GAC (Asp) GGC (Gly)

5. Biologia Molecular 42
 GUA (Val) GCA (Ala) GAA (Glu) GGA (Gly)
GUG (Val) GCG (Ala) GAG (Glu) GGG (Gly)

Quadro de leitura e códons de iniciação

Para qualquer sequência de nucleotídeos, existem 3 potenciais conjuntos de

códons, ou seja, 3 formas diferentes de se fazer a leitura de um códon. Cada
maneira diferente de ler a sequência é chamada de quadro de leitura, e
qualquer sequência de nucleotídeos tem 3 quadros de leitura em potencial.
O quadro de leitura é definido pelo códon de iniciação, que é o primeiro
códon do mRNA a especificar um aminoácido (metionina); após o códon de
iniciação, outros códons são lidos como grupos sucessivos de 3 nucleotídeos.
Nenhuma base é pulada entre os códons.

→ Os códons de parada (UAA, UAG e UGA) não codificam aminoácidos, e sinalizam o final da
proteína; esses códons são chamados de códons de parada/terminação/ sem sentido

→ Nenhum tRNa possui anticódons capazes de parear com os códons de parada

→ O código genético não é 100% universal

Como ocorre o processo de tradução nos ribossomos

A tradução inclui uma série de interações entre as diferentes moléculas de

RNA:

o rRNA prende o mRNA ao ribossomo;

o anticódon do tRNA pareia como códon do mRNA;

os rRNAs dos ribossomos interagem com o tRNA

A síntese proteica pode ser dividida em 4 etapas:

1. Carga do tRNA, onde o tRNA se liga aos aminoácidos;

5. Biologia Molecular 43
 2. Início, no qual os componentes necessários para a tradução são
montados nos ribossomos;

3. Alongamento, onde os aminoácidos são unidos, um por vez, à cadeia

polipeptídica crescente;

4. Término, no qual a síntese proteica é encerrada com o códon de

terminação e os componentes da tradução são liberados dos
ribossomos

De maneira geral a tradução ocorre da seguinte maneira: um ribossomo se liga

à extremidade 5’ do mRNA e se move para a extremidade 3', traduzindo o
códon à medida em que se desloca:

Expressão Gênica

5. Biologia Molecular 44
 Controle da Expressão Gênica em bactérias

Introdução - Importância da expressão gênica

Nas bactérias, a regulação gênica é importante para a flexibilidade do

organismo em diferentes ambientes: na ausência de uma fonte de energia, a
bactéria pode utilizar outras que estejam disponíveis, ativando diferentes genes
em resposta a essa mudança de ambiente; nos eucariotos, todas as células
carregam a mesma informação gênica, mas em cada tipo celular um
subconjunto de genes diferentes é expresso, o que garante a diferenciação
celular (por exemplo, os genes contidos nos neurônio e nos leucócitos são
iguais, mas apenas uma parte deles é expressa em cada uma dessas células). A
regulação gênica é, portanto, essencial para a flexibilidade unicelular e a
especialização multicelular, sendo crucial para o sucesso de todos os
organismos. Muitos aspectos da expressão gênica em bactérias e eucariontes
são semelhantes.

Genes e elementos regulatórios

Os genes podem ser classificados em alguns tipos, a depender do produto

que geram:

Genes estruturais são aqueles responsáveis por codificar proteínas

responsáveis pelo metabolismo energético ou por funções estruturais nas
células;

Genes regulatórios atuam na regulação dos genes estruturais, ativando-os

em determinadas ocasiões por meio da regulação da transcrição/tradução
de algumas sequências de DNA ao interagir com elas

Genes constitutivos são genes estruturais que não são sofrem regulação
dos genes regulatórios, sendo expressos de maneira contínua (geralmente
estão ligados a funções celulares essenciais);

5. Biologia Molecular 45
 Elementos reguladores são sequências de DNA que não são transcritas,
mas que interagem com os genes regulatórios para controlar a expressão
dos genes estruturais

A regulação da expressão gênica ocorre de duas formas: por controle

positivo, por meio de processos que estimulam a expressão gênica, ou por
controle negativo, com processos que inibem a expressão gênica. Nas
bactérias, o controle negativo é mais usual, enquanto nos eucariotos o controle
positivo parece ser mais importante.

Níveis de regulação gênica

A expressão gênica pode ser regulada em qualquer um de vários níveis ao

longo da via molecular DNA→Proteína, seja por alteração na estrutura da
cromatina, transcrição, processamento do mRNA, estabilidade do RNA,
tradução ou nas modificações pós-traducionais:

1. O primeiro nível de regulação pode ser feita a partir da alteração da

estrutura do DNA (principalmente nos eucariotos): as modificações no DNA
ou no seu acondicionamento podem influenciar quais genes estarão
disponíveis para serem transcritos ou a taxa de transcrição desses
genes. Os principais meios de regulação nesse nível são a metilação do
DNA e as alterações na cromatina

2. O segundo nível de regulação é na transcrição, que é a etapa mais

importante na regulação gênica das bactérias;

3. O terceiro nível de regulação é por meio do processamento do mRNA: tanto

a remoção de íntrons quando a adição da cauda poli(A) e do cap 5’
determinam a estabilidade do mRNA e influenciam o movimento do mRNA
e se ele poderá ser traduzido e em qual taxa essa tradução ocorrerá;

4. Um quarto nível de regulação é a taxa de degradação do mRNA; um mRNA

mais estável tem menor taxa de degradação, e será traduzido em volumes
diferentes de um mRNA mais instável;

5. O quinto nível de regulação é na tradução do mRNA, no qual o maquinário

de tradução dos ribossomos, além da disponibilidade de aminoácidos a
serem organizados, influencia a taxa de produção de proteínas;

5. Biologia Molecular 46
 6. O sexto e último nível de regulação é a modificação da própria proteína, por
meio das modificações pós-traducionais, que afetam a atividade das
proteínas já produzidas (algumas proteínas necessitam de carboidratos
para serem ativas, por exemplo).

5. Biologia Molecular 47
 Proteínas ligadoras de DNA

A maior parte da regulação gênica em bactérias e eucariotos ocorre por

meio da ligação de proteínas às sequências de DNA. Essa ligação ocorre a
partir do domínio das proteínas reguladoras, por meio de alguns aminoácidos
presentes no domínio que formam pontes de hidrogênio com as bases do
DNA ou com o esqueleto de açúcar-fosfato do DNA.
As proteínas reguladoras também podem ter outros domínios, que vão atuar
na ligação delas com outras proteínas reguladoras. A maioria das proteínas
reguladoras se liga de forma dinâmica ao DNA, o que significa que elas se
ligam para regular a expressão gênica e depois se desprendem; essa natureza
dinâmica permite que outras moléculas possam competir com as proteínas pela
ligação do DNA (como uma competição enzimática), provavelmente com
potencial uso em fármacos (?)

As proteínas reguladoras podem ser agrupadas de acordo com o motivo de

cada uma delas; os principais motivos são a hélice-giro-hélice, os motivos
dedo-de-zinco e o zíperes de leucina:

5. Biologia Molecular 48
 → Os aminoácidos que atuam na ligação das proteínas reguladoras ao DNA costumam ser
asparagina, glutamina, glicina, lisina e arginina.

Óperons

Os óperons são um conjunto de genes que estão agrupados em uma única

estrutura, compartilhando o mesmo promotor e sendo transcritos
conjuntamente. O óperon regula a expressão dos genes estruturais ao regular
a transcrição, que é o nível de regulação gênica mais importante nas bactérias.

A estrutura de um óperon é formada por um conjunto de genes estruturais

(com um promotor em comum para todos) + um sítio operador, ao qual o
produto do gene regulador se liga para regular a transcrição. Os genes
reguladores não fazem parte do óperon, eles são separados e possuem seus
próprios promotores.

5. Biologia Molecular 49
 Controles negativo e positivo em óperons induzíveis e reprimíveis

A transcrição pode ser controlada de duas formas por um óperon: por

controle negativo, no qual a proteína reguladora é repressora, ligando-se ao
DNA e inibindo a transcrição e por controle positivo, no qual a proteína
reguladora é ativadora, estimulando a transcrição.

Os óperons também podem ser induzíveis ou reprimíveis:

Óperons induzíveis são aqueles em que a transcrição está normalmente

desligada, sendo necessário algum mecanismo para ligá-la;

Óperons reprimíveis são aqueles em que a transcrição está

normalmente ligada, sendo necessário algum mecanismo para desligá-
la.

Os mecanismos de controle ocorrem da seguinte forma:

Controle negativo por óperons induzíveis: em óperons induzíveis

negativos, o gene regulador codifica um repressor que se liga ao operador;
como o sítio do operador se sobrepõe ao sítio do promotor, a RNA
polimerase não consegue se ligar no promotor e iniciar a transcrição. Para
que a transcrição ocorra, alguma intervenção deve ocorrer para que o
repressor não se ligue ao sítio do operador; para isso, um indutor liga-se ao
repressor e altera sua conformação, impedindo que ele se ligue ao DNA.

5. Biologia Molecular 50
 Controle negativo por óperons reprimíveis: nos óperons com controle
negativo reprimíveis a transcrição ocorre normalmente, e precisa ser
desligada. A proteína reguladora nesse tipo de óperon também é uma
proteína repressora, mas está em uma forma inativa, incapaz de se ligar ao
operador. Por esse motivo, a RNA polimerase consegue se ligar facilmente
ao promotor e manter a transcrição dos genes estruturais. Para que o
repressor seja ativado e a transcrição seja interrompida, é necessário que
um correpressor se ligue ao repressor e mude sua conformação para que
ele seja capaz de se ligar ao operador.

5. Biologia Molecular 51
 → A diferença dos óperons reprimíveis para os óperons induzíveis é que nos induzíveis um
INDUTOR DESLIGA O REPRESSOR , enquanto nos reprimíveis um CORREPRESSOR ATIVA O
REPRESSOR .

Controle positivo induzível: Nesse tipo de controle a transcrição está

desligada porque a proteína reguladora (ATIVADORA) é produzida em sua
forma inativa; a transcrição ocorre quando um indutor se liga à proteína
ativadora e esta consegue se ligar ao DNA.

5. Biologia Molecular 52
 Controle positivo reprimível: Aqui a proteína reguladora está em sua forma
ativa, ou seja, a transcrição ocorre normalmente e deve ser reprimida; para
que a repressão ocorra, um substrato se fixa à proteína reguladora
(ativadora) e a torna incapaz de se ligar ao DNA.

5. Biologia Molecular 53
 Óperon lac da E. coli

O óperon lac é o maior exemplo de óperon induzível negativo. As

5. Biologia Molecular 54