ChEBI
Biološko pomembne kemijske entitete (iz angleškega Chemical Entities of Biological Interest)[2][3] je zbirka podatkov in ontologij molekularnih entitet, osredotočena predvsem na »majhne« kemijske spojine.
| Vsebina | |
|---|---|
| Opis | Kemijska podatkovna zbirka |
| Tipi zajetih podatkov | Chemical Entities of Biological Interest |
| Kontakt | |
| Raziskovalni center | European Molecular Biology Laboratory |
| Laboratorij |  European Bioinformatics Institute |
| Glavni citat | [1] |
| Dostop | |
| Spletna stran | ChEBI |
| URL za prenos | Downloads |
| Web service URL | Web Service |
| Sparql dostopna točka | BIO2RDF |
| Orodja | |
| Web | ChEBI Website |
| Razno | |
| obnavljanje podatkov | mesečno |
| stališče do kuratiranja | Manually curated |
Izraz »molekularna entiteta« zajema »vse atome in njihove izotope, molekule, ione, ionske pare, radikale, radikalske ione, komplekse, konformacije itd., ki so prepoznavni kot samostojni subjekti«.[4] Molekularne entitete so bodisi naravni ali sintetični produkti, ki imajo potencialno biološko aktivnost. Gensko kodirane molekule, kot so nukleinske kisline, proteini in peptidi, ki nastajajo s proteolizo, se praviloma ne vnašajo v ChEBI.
Področje uporabe in dostopnost
urediVsi podatki v zbirki so nezaščiteni ali pridobljeni iz nezaščitenih virov in zato dostopni vsakomur preko javnega spletnega vmesnika. Vsi podatki so popolnoma sledljivi in se izrecno sklicujejo na vir.
Slici
uredi- ↑ de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (Januar 2010). »Chemical Entities of Biological Interest: an update«. Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D249-54. doi:10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869. PMID 19854951.
- ↑ P. De Matos, R. Alcantara, A. Dekker, M. Ennis, J. Hastings, K. Haug, I. Spiteri, S. Turner, C. Steinbeck (2009). Chemical Entities of Biological Interest: An update. Nucleic Acids Research 38: D249–54. DOI: 10.1093/nar/gkp886.PMID 19854951.
- ↑ K. Degtyarenko, P. De Matos, M. Ennis, J. Hastings, M. Zbinden, A. McNaught, R. Alcantara, M. Darsow in drugi (2007). ChEBI: A database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Research 36: D344–50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832. PMID 17932057.
- ↑ molecular entity. IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2. izdaja, 1997.